Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000045 A 0.07 0.64 0.53 0.36 0.38 G 0.93 0.36 0.47 0.64 0.62 0.14 0.46 0.50 0.46 0.47 000446 T 0.06 0.64 0.52 0.38 0.38 C 0.94 0.36 0.48 0.62 0.62 0.10 0.46 0.50 0.47 0.47 000545 T 0.19 0.05 0.00 0.08 0.09 C 0.81 0.95 1.00 0.92 0.91 0.31 0.09 0.00 0.15 0.16 000943 * 000952 G 0.54 0.06 0.00 0.12 0.15 A 0.46 0.94 1.00 0.88 0.85 0.50 0.10 0.00 0.21 0.25 001009 A 0.26 0.00 0.00 0.00 0.06 G 0.74 1.00 1.00 1.00 0.94 0.39 0.00 0.00 0.00 0.12 001038 - 0.93 0.13 0.14 0.08 0.31 + 0.07 0.87 0.86 0.92 0.69 0.14 0.23 0.24 0.15 0.43 001070 A 0.23 0.03 0.09 0.00 0.09 G 0.77 0.97 0.91 1.00 0.91 0.35 0.05 0.17 0.00 0.16 001326 C 0.52 0.19 0.33 0.53 0.40 T 0.48 0.81 0.67 0.47 0.60 0.50 0.31 0.44 0.50 0.48 001328 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 001484 * 002706 G 0.61 0.14 0.05 0.07 0.24 A 0.39 0.86 0.95 0.93 0.76 0.48 0.24 0.09 0.13 0.36 002839 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 002878 A 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 G 1.00 0.95 0.98 1.00 0.98 0.00 0.09 0.04 0.00 0.03 002972 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 003050 G 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 C 1.00 1.00 1.00 0.93 0.98 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 003357 C 0.05 0.29 0.06 0.00 0.11 G 0.95 0.71 0.94 1.00 0.89 0.10 0.41 0.10 0.00 0.19 003410 T 0.26 0.03 0.00 0.00 0.08 G 0.74 0.97 1.00 1.00 0.92 0.39 0.05 0.00 0.00 0.15 003570 T 0.24 0.16 0.36 0.50 0.32 C 0.76 0.84 0.64 0.50 0.68 0.36 0.27 0.46 0.50 0.43 003772 T 0.22 0.05 0.00 0.08 0.09 C 0.78 0.95 1.00 0.92 0.91 0.35 0.09 0.00 0.15 0.17 003824 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 003833 A 0.22 0.05 0.00 0.08 0.09 G 0.78 0.95 1.00 0.92 0.91 0.35 0.09 0.00 0.15 0.17 003836 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003837 A 0.30 0.05 0.00 0.02 0.10 G 0.70 0.95 1.00 0.98 0.90 0.42 0.09 0.00 0.04 0.18 003980 A 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 C 0.98 0.95 1.00 1.00 0.98 0.04 0.09 0.00 0.00 0.03 004128 G 0.23 0.05 0.00 0.08 0.10 C 0.77 0.95 1.00 0.92 0.90 0.36 0.09 0.00 0.15 0.17 004165 A 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 G 0.98 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.04 0.00 0.00 0.02 004300 C 0.15 0.00 0.02 0.00 0.05 T 0.85 1.00 0.98 1.00 0.95 0.26 0.00 0.04 0.00 0.09 004530 A 0.19 0.05 0.00 0.08 0.09 G 0.81 0.95 1.00 0.92 0.91 0.31 0.09 0.00 0.15 0.16 004959 A 0.22 0.05 0.00 0.08 0.09 G 0.78 0.95 1.00 0.92 0.91 0.35 0.09 0.00 0.15 0.17 005054 G 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 C 1.00 0.95 0.98 1.00 0.98 0.00 0.09 0.04 0.00 0.03 005134 A 0.22 0.05 0.00 0.08 0.09 G 0.78 0.95 1.00 0.92 0.91 0.35 0.09 0.00 0.15 0.17 005211 T 0.29 0.05 0.00 0.00 0.09 C 0.71 0.95 1.00 1.00 0.91 0.41 0.09 0.00 0.00 0.17 005264 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 005318 G 0.22 0.05 0.00 0.09 0.10 A 0.78 0.95 1.00 0.91 0.90 0.35 0.09 0.00 0.16 0.17 005374 T 0.15 0.00 0.02 0.00 0.05 C 0.85 1.00 0.98 1.00 0.95 0.25 0.00 0.04 0.00 0.09 005601 G 0.22 0.05 0.00 0.09 0.10 A 0.78 0.95 1.00 0.91 0.90 0.35 0.09 0.00 0.16 0.17 006651 T 0.25 0.17 0.38 0.50 0.32 C 0.75 0.82 0.62 0.50 0.68 0.38 0.29 0.47 0.50 0.43 006782 C 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 T 1.00 0.95 0.97 1.00 0.98 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 006890 A 0.19 0.05 0.00 0.10 0.09 G 0.81 0.95 1.00 0.90 0.91 0.30 0.10 0.00 0.17 0.17 007583 A 0.22 0.05 0.00 0.09 0.10 G 0.78 0.95 1.00 0.91 0.90 0.35 0.09 0.00 0.16 0.17 007664 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 007762 T 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 C 1.00 0.95 0.98 1.00 0.98 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 007763 G 0.23 0.09 0.02 0.08 0.11 A 0.77 0.91 0.98 0.92 0.89 0.36 0.17 0.05 0.15 0.20 007849 C 0.22 0.02 0.00 0.08 0.09 G 0.78 0.98 1.00 0.92 0.91 0.35 0.04 0.00 0.15 0.16 007925 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 008103 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 008318 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 008451 G 0.26 0.05 0.00 0.03 0.09 A 0.74 0.95 1.00 0.97 0.91 0.39 0.10 0.00 0.06 0.17 010211 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 010245 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 010250 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 010382 G 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 C 0.98 0.95 1.00 0.98 0.98 0.04 0.09 0.00 0.04 0.04 010395 G 0.48 0.14 0.02 0.08 0.18 A 0.52 0.86 0.98 0.92 0.82 0.50 0.24 0.04 0.15 0.30 010455 A 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 010580 C 0.17 0.05 0.00 0.07 0.07 T 0.83 0.95 1.00 0.93 0.93 0.29 0.09 0.00 0.13 0.14 010778 C 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 010811 T 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 C 1.00 0.95 0.98 1.00 0.98 0.00 0.09 0.04 0.00 0.03 010956 G 0.52 0.09 0.00 0.08 0.19 A 0.48 0.91 1.00 0.92 0.81 0.50 0.17 0.00 0.15 0.31 011163 A 0.22 0.05 0.00 0.08 0.09 G 0.78 0.95 1.00 0.92 0.91 0.35 0.09 0.00 0.15 0.17 011196 - 0.20 0.05 0.00 0.09 0.09 + 0.80 0.95 1.00 0.91 0.91 0.32 0.09 0.00 0.16 0.17 011198 G 0.56 0.23 0.39 0.52 0.43 A 0.44 0.77 0.61 0.48 0.57 0.49 0.35 0.47 0.50 0.49 011401 T 0.26 0.25 0.43 0.50 0.36 C 0.74 0.75 0.57 0.50 0.64 0.38 0.38 0.49 0.50 0.46 011402 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 011489 A 0.29 0.03 0.00 0.00 0.09 G 0.71 0.97 1.00 1.00 0.91 0.41 0.05 0.00 0.00 0.16 011520 C 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 011753 C 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 011831 G 0.54 0.08 0.00 0.07 0.20 A 0.46 0.92 1.00 0.93 0.80 0.50 0.15 0.00 0.14 0.32 011892 A 0.22 0.07 0.00 0.08 0.10 G 0.78 0.93 1.00 0.92 0.90 0.35 0.13 0.00 0.15 0.19 012588 T 0.46 0.07 0.00 0.08 0.16 C 0.54 0.93 1.00 0.92 0.84 0.50 0.13 0.00 0.15 0.27 012627 T 0.32 0.05 0.02 0.00 0.10 C 0.68 0.95 0.98 1.00 0.90 0.44 0.09 0.05 0.00 0.19 012630 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 013107 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 013109 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 013158 G 0.52 0.09 0.00 0.08 0.19 T 0.48 0.91 1.00 0.92 0.81 0.50 0.17 0.00 0.15 0.31 013176 T 0.31 0.05 0.00 0.00 0.10 C 0.69 0.95 1.00 1.00 0.90 0.43 0.09 0.00 0.00 0.18 013350 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 013499 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 013578 T 0.07 0.64 0.52 0.23 0.35 C 0.93 0.36 0.48 0.77 0.65 0.14 0.46 0.50 0.35 0.45 013608 A 0.07 0.64 0.52 0.42 0.39 G 0.93 0.36 0.48 0.58 0.61 0.14 0.46 0.50 0.49 0.48 013717 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 013718 T 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 C 1.00 0.95 0.98 1.00 0.98 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 013721 G 0.28 0.18 0.36 0.50 0.33 A 0.72 0.82 0.64 0.50 0.67 0.40 0.30 0.46 0.50 0.44 014379 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 014390 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 014451 C 0.54 0.14 0.02 0.08 0.21 T 0.46 0.86 0.98 0.92 0.79 0.50 0.24 0.04 0.15 0.33 014587 G 0.54 0.09 0.02 0.08 0.20 A 0.46 0.91 0.98 0.92 0.80 0.50 0.17 0.04 0.15 0.32 014608 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 014701 T 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 014919 C 0.54 0.14 0.02 0.08 0.21 T 0.46 0.86 0.98 0.92 0.79 0.50 0.24 0.04 0.15 0.33 015062 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 015089 G 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 A 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 015152 C 0.50 0.09 0.02 0.10 0.19 G 0.50 0.91 0.98 0.90 0.81 0.50 0.17 0.04 0.19 0.31 015365 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 015384 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 015488 C 0.50 0.09 0.02 0.10 0.19 T 0.50 0.91 0.98 0.90 0.81 0.50 0.17 0.04 0.19 0.31 015612 T 0.07 0.64 0.52 0.42 0.39 C 0.93 0.36 0.48 0.58 0.61 0.14 0.46 0.50 0.49 0.48 015838 A 0.18 0.00 0.02 0.00 0.05 C 0.82 1.00 0.98 1.00 0.95 0.30 0.00 0.04 0.00 0.10 015839 A 0.18 0.00 0.02 0.00 0.05 G 0.82 1.00 0.98 1.00 0.95 0.30 0.00 0.04 0.00 0.10 016048 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 016074 T 0.02 0.05 0.05 0.00 0.03 C 0.98 0.95 0.95 1.00 0.97 0.04 0.10 0.09 0.00 0.05 016165 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 016188 A 0.36 0.05 0.00 0.00 0.09 G 0.64 0.95 1.00 1.00 0.91 0.46 0.10 0.00 0.00 0.16 016423 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 016483 A 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 G 0.85 1.00 1.00 1.00 0.96 0.25 0.00 0.00 0.00 0.07 016878 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 016891 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 016898 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 016989 T 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 017018 T 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 017059 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 017072 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 017077 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 017156 C 0.67 0.19 0.10 0.14 0.30 T 0.33 0.81 0.90 0.86 0.70 0.44 0.31 0.17 0.24 0.42 017281 A 0.15 0.00 0.02 0.00 0.05 G 0.85 1.00 0.98 1.00 0.95 0.26 0.00 0.04 0.00 0.09 017300 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 017312 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 017339 T 0.02 0.05 0.05 0.00 0.03 C 0.98 0.95 0.95 1.00 0.97 0.04 0.09 0.09 0.00 0.05 017344 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 017346 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 017377 C 0.02 0.09 0.05 0.00 0.04 T 0.98 0.91 0.95 1.00 0.96 0.04 0.17 0.09 0.00 0.07 017394 A 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 017663 G 0.02 0.05 0.05 0.00 0.03 C 0.98 0.95 0.95 1.00 0.97 0.04 0.09 0.09 0.00 0.05 017697 A 0.02 0.05 0.05 0.00 0.03 G 0.98 0.95 0.95 1.00 0.97 0.04 0.09 0.09 0.00 0.05 017792 G 0.02 0.05 0.05 0.00 0.03 A 0.98 0.95 0.95 1.00 0.97 0.04 0.09 0.09 0.00 0.05 018182 A 0.02 0.05 0.05 0.00 0.03 G 0.98 0.95 0.95 1.00 0.97 0.04 0.09 0.09 0.00 0.05 018541 T 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 018680 C 0.02 0.05 0.05 0.00 0.03 T 0.98 0.95 0.95 1.00 0.97 0.04 0.09 0.09 0.00 0.05 018684 T 0.02 0.05 0.05 0.00 0.03 C 0.98 0.95 0.95 1.00 0.97 0.04 0.09 0.09 0.00 0.05 018948 A 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 019039 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 019088 G 0.02 0.05 0.05 0.00 0.03 C 0.98 0.95 0.95 1.00 0.97 0.04 0.09 0.10 0.00 0.05 019621 C 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 T 1.00 0.91 0.95 1.00 0.97 0.00 0.17 0.09 0.00 0.07 019628 C 0.02 0.09 0.05 0.00 0.04 T 0.98 0.91 0.95 1.00 0.96 0.04 0.17 0.09 0.00 0.07 019724 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 019726 T 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 019742 T 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 019850 A 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 G 0.98 0.98 0.98 1.00 0.98 0.05 0.05 0.05 0.00 0.04 019880 C 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 019981 C 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 020048 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 020232 T 0.16 0.59 0.55 0.37 0.42 C 0.84 0.41 0.45 0.63 0.58 0.27 0.48 0.50 0.47 0.49 020531 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.99 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001038: G 011196: aggc Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop 000943 G 0.55 0.07 0.00 0.00 0.14 T 0.00 0.11 0.23 0.72 0.23 C 0.45 0.82 0.77 0.28 0.62 001484 T 0.39 0.00 0.03 0.00 0.10 C 0.11 0.68 0.50 0.32 0.40 G 0.50 0.33 0.47 0.68 0.49