Site Genotype1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 HD-chi2 XD-chi2 Total-chi2 000183 AA 14 22 21 23 80 AG 8 0 1 0 9 GG 3 0 0 0 3 1.064 0.000 0.012 0.000 11.061 000230 AA 6 21 20 23 70 AT 14 1 2 0 17 TT 5 0 0 0 5 0.371 0.012 0.050 0.000 6.320 000298 AA 0 0 0 0 0 AG 2 1 1 0 4 GG 23 21 21 24 89 0.043 0.012 0.012 0.000 0.045 000308 CC 23 21 21 24 89 CG 2 1 1 0 4 GG 0 0 0 0 0 0.043 0.012 0.012 0.000 0.045 000411 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 1 0 1 GG 25 22 21 23 91 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 000515 AA 1 0 0 0 1 AG 1 0 0 0 1 GG 10 15 15 21 61 4.599 0.000 0.000 0.000 27.321 000584 AA 8 11 15 20 54 AG 3 0 1 0 4 GG 1 0 0 0 1 0.703 0.000 0.017 0.000 5.226 000786 CC 0 0 0 0 0 CT 0 2 1 0 3 TT 21 16 15 24 76 0.000 0.062 0.017 0.000 0.030 000915 -- 1 0 0 0 1 +- 4 0 1 0 5 ++ 22 18 20 24 84 1.688 0.000 0.012 0.000 5.936 001009 -- 23 16 15 24 78 +- 2 2 6 0 10 ++ 0 0 0 0 0 0.043 0.062 0.583 0.000 0.319 001013 AA 0 0 0 0 0 AG 6 0 0 0 6 GG 21 18 22 24 85 0.422 0.000 0.000 0.000 0.106 001037 GG 23 18 18 24 83 GT 3 0 3 0 6 TT 1 0 0 0 1 3.099 0.000 0.124 0.000 4.165 001039 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 2 1 3 GG 27 18 19 23 87 0.000 0.000 0.053 0.011 0.026 001212 -- 0 0 0 0 0 +- 1 0 0 0 1 ++ 25 18 21 24 88 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 001230 CC 23 18 21 24 86 CG 3 0 0 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.097 0.000 0.000 0.000 0.026 001236 -- 0 0 0 0 0 +- 2 0 0 0 2 ++ 25 18 21 24 88 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 001237 AA 0 1 5 3 9 AG 9 7 9 10 35 GG 18 10 7 11 46 1.080 0.025 0.383 0.094 0.369 001420 AA 20 19 21 22 82 AG 3 0 0 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.112 0.000 0.000 0.000 0.027 001550 AA 0 2 4 3 9 AG 16 5 15 8 44 GG 8 11 2 11 32 6.000 1.210 4.096 0.577 1.165 001728 AA 0 9 2 9 20 AG 3 6 10 9 28 GG 20 3 9 4 36 0.112 1.125 0.107 0.414 7.981 001895 AA 15 3 7 3 28 AT 2 4 8 7 21 TT 0 8 2 9 19 0.066 2.400 0.016 0.626 9.377 002058 AA 1 0 0 0 1 AC 3 0 1 0 4 CC 14 16 18 22 70 1.655 0.000 0.014 0.000 7.002 002284 CC 0 0 0 0 0 CG 0 1 0 0 1 GG 27 21 22 24 94 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 002468 AA 0 0 0 0 0 AC 1 0 0 0 1 CC 26 22 22 24 94 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 002493 AA 21 22 22 23 88 AG 5 0 0 0 5 GG 0 0 0 0 0 0.294 0.000 0.000 0.000 0.071 002780 GG 0 0 0 0 0 GT 0 0 0 3 3 TT 26 22 22 21 91 0.000 0.000 0.000 0.107 0.025 002838 CC 25 22 22 24 93 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 003029 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 22 24 94 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 003105 AA 27 21 22 23 93 AT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 003202 AA 0 0 0 0 0 AG 1 4 3 4 12 GG 25 18 18 18 79 0.010 0.220 0.124 0.220 0.453 003336 -- 1 0 0 0 1 +- 5 0 0 0 5 ++ 21 22 22 22 87 0.868 0.000 0.000 0.000 6.180 003410 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 2 0 2 TT 27 22 20 22 91 0.000 0.000 0.050 0.000 0.011 003524 GG 27 21 20 18 86 GT 0 0 1 4 5 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.220 0.073 003791 AA 1 0 0 0 1 AG 5 0 0 0 5 GG 21 22 22 23 88 0.868 0.000 0.000 0.000 6.261 003968 AA 14 18 11 12 55 AG 10 2 7 9 28 GG 3 1 3 3 10 0.338 4.203 1.018 0.389 4.250 004034 CC 0 0 0 0 0 CG 0 1 0 0 1 GG 27 20 21 24 92 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 004112 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 1 0 2 GG 27 20 20 24 91 0.000 0.012 0.012 0.000 0.011 004135 CC 10 1 2 0 13 CT 11 5 11 4 31 TT 6 15 8 20 49 0.752 0.429 0.416 0.198 4.332 004262 AA 0 0 0 0 0 AG 5 0 0 0 5 GG 22 21 20 24 87 0.281 0.000 0.000 0.000 0.072 004713 AA 22 21 21 23 87 AG 5 0 0 0 5 GG 0 0 0 0 0 0.281 0.000 0.000 0.000 0.072 004848 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 0 0 1 GG 27 20 21 23 91 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 004913 CC 25 20 19 23 87 CG 2 1 1 0 4 GG 0 0 0 0 0 0.040 0.012 0.013 0.000 0.046 004926 AA 0 0 0 0 0 AC 0 0 1 0 1 CC 27 21 19 23 90 0.000 0.000 0.013 0.000 0.003 004985 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 21 20 22 89 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 005034 GG 12 18 10 11 51 GT 11 2 7 8 28 TT 4 1 2 1 8 0.308 4.203 0.207 0.089 1.912 005236 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 23 20 22 24 89 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 005351 CC 0 0 0 0 0 CG 2 1 1 0 4 GG 22 19 21 24 86 0.045 0.013 0.012 0.000 0.046 005484 CC 20 20 21 24 85 CG 4 0 0 0 4 GG 0 0 0 0 0 0.198 0.000 0.000 0.000 0.047 005590 CC 20 2 11 5 38 CT 4 10 8 9 31 TT 0 8 2 10 20 0.198 0.196 0.093 1.119 6.665 006062 AA 0 0 0 0 0 AC 0 0 1 0 1 CC 23 20 21 24 88 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 006089 CC 7 1 2 0 10 CT 9 5 11 4 29 TT 6 14 9 20 49 0.714 0.360 0.279 0.198 2.845 006368 AA 0 8 2 10 20 AG 4 10 8 9 31 GG 22 3 11 5 41 0.181 0.002 0.093 1.119 7.686 006386 CC 7 1 3 3 14 CT 10 3 5 8 26 TT 8 15 10 11 44 0.987 1.815 2.148 0.577 7.086 006440 AA 23 20 20 22 85 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.043 0.000 0.000 0.000 0.012 006693 CC 22 21 19 22 84 CT 2 0 1 0 3 TT 1 0 0 0 1 5.210 0.000 0.013 0.000 12.872 006764 AA 24 20 20 22 86 AG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 006889 -- 25 16 19 22 82 +- 0 4 2 0 6 ++ 0 0 0 0 0 0.000 0.247 0.053 0.000 0.110 006899 CC 10 16 11 11 48 CT 11 3 7 8 29 TT 4 1 3 3 11 0.110 1.976 1.018 0.577 3.498 007173 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 25 19 21 21 86 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 007188 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 1 0 2 GG 24 19 19 22 84 0.010 0.000 0.013 0.000 0.012 007327 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 0 0 2 GG 21 17 17 18 73 0.048 0.000 0.000 0.000 0.014 007545 AA 0 0 0 0 0 AT 0 0 1 0 1 TT 23 17 16 18 74 0.000 0.000 0.016 0.000 0.003 007546 AA 0 0 0 0 0 AC 0 0 1 0 1 CC 23 17 16 18 74 0.000 0.000 0.016 0.000 0.003 007607 CC 19 14 11 18 62 CT 1 3 5 0 9 TT 0 0 0 0 0 0.013 0.159 0.549 0.000 0.325 008283 AA 0 0 1 0 1 AG 0 4 2 3 9 GG 23 12 13 14 62 0.000 0.327 2.939 0.159 0.938 008382 CC 3 1 3 3 10 CT 8 2 5 6 21 TT 12 13 7 8 40 0.733 2.939 1.195 0.878 5.562 008593 AA 21 17 19 20 77 AT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.015 0.000 0.000 0.003 008598 AA 18 18 19 20 75 AG 1 0 0 0 1 GG 2 0 0 0 2 12.547 0.000 0.000 0.000 49.097 009682 AA 23 19 17 19 78 AG 0 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.013 0.000 0.000 0.003 009961 GG 27 16 20 23 86 GT 0 3 2 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.140 0.050 0.000 0.073 010473 CC 9 19 13 24 65 CG 12 3 8 0 23 GG 5 0 1 0 6 0.077 0.118 0.027 0.000 3.484 010634 CC 1 0 0 0 1 CT 2 3 2 2 9 TT 16 16 13 14 59 3.698 0.140 0.077 0.071 0.849 010635 AA 1 0 0 0 1 AG 2 0 0 0 2 GG 16 19 15 16 66 3.698 0.000 0.000 0.000 16.236 010701 AA 15 20 18 19 72 AG 4 0 0 0 4 GG 0 0 0 0 0 0.263 0.000 0.000 0.000 0.056 010896 CC 1 0 0 0 1 CT 2 4 2 3 11 TT 17 16 16 16 65 3.951 0.247 0.062 0.140 0.443 011003 AA 0 0 0 0 0 AG 0 3 2 0 5 GG 20 15 15 18 68 0.000 0.149 0.066 0.000 0.092 011319 AA 2 1 3 3 9 AG 8 6 6 6 26 GG 5 9 7 8 29 0.185 0.000 0.640 0.878 0.634 011431 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 22 19 19 18 78 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 011540 CC 5 0 1 0 6 CG 10 3 7 0 20 GG 5 13 9 18 45 0.000 0.171 0.057 0.000 2.650 011567 CC 5 13 9 18 45 CT 10 3 7 0 20 TT 5 0 1 0 6 0.000 0.171 0.057 0.000 2.650 011795 AA 20 16 16 18 70 AG 0 0 1 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004 011812 AA 20 14 16 18 68 AG 0 2 1 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.071 0.016 0.000 0.033 011952 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 19 16 17 17 69 0.013 0.000 0.000 0.000 0.004 012040 AA 22 15 15 17 69 AG 0 3 3 3 9 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.149 0.149 0.131 0.292 012061 AA 0 0 0 0 0 AG 3 1 1 0 5 GG 20 18 19 23 80 0.112 0.014 0.013 0.000 0.078 012087 CC 26 22 20 22 90 CT 0 0 0 2 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.045 0.011 012248 AA 0 0 0 0 0 AT 0 0 0 1 1 TT 27 22 20 23 92 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 012255 CC 3 0 0 0 3 CT 8 4 3 4 19 TT 16 18 17 20 71 1.411 0.220 0.131 0.198 1.384 012439 AA 22 3 9 5 39 AG 5 10 9 9 33 GG 0 9 2 10 21 0.281 0.007 0.013 1.119 6.418 012447 CC 0 0 0 0 0 CT 2 0 0 0 2 TT 25 22 20 24 91 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 012451 GG 22 22 20 24 88 GT 3 0 0 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.102 0.000 0.000 0.000 0.026 012553 CC 0 0 1 0 1 CT 2 4 3 4 13 TT 23 18 17 20 78 0.043 0.220 2.136 0.198 0.293 012613 GG 18 22 21 24 85 GT 6 0 0 0 6 TT 3 0 0 0 3 3.444 0.000 0.000 0.000 20.405 012650 AA 21 22 21 24 88 AG 4 0 0 0 4 GG 2 0 0 0 2 4.606 0.000 0.000 0.000 21.458 012939 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 23 22 22 24 91 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 012949 AA 21 18 18 20 77 AG 2 4 3 4 13 GG 0 0 1 0 1 0.048 0.220 2.296 0.198 0.280 013064 CC 22 18 20 24 84 CG 0 4 2 0 6 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.220 0.050 0.000 0.107 013250 AA 0 13 3 10 26 AG 9 7 10 9 35 GG 17 2 9 5 33 1.139 0.505 0.007 1.119 5.930 013299 AA 24 17 18 20 79 AG 2 4 3 4 13 GG 0 0 1 0 1 0.042 0.233 2.296 0.198 0.305 013348 -- 19 18 13 12 62 +- 7 3 6 9 25 ++ 0 1 3 3 7 0.629 2.296 2.148 0.389 3.436 013669 AA 24 18 18 20 80 AG 2 4 4 4 14 GG 0 0 0 0 0 0.042 0.220 0.220 0.198 0.609 013791 CC 0 0 0 0 0 CT 0 1 0 0 1 TT 26 19 22 24 91 0.000 0.013 0.000 0.000 0.003 013851 AA 26 16 18 20 80 AG 0 4 4 4 12 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.247 0.220 0.198 0.448 013969 CC 26 19 22 23 90 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.013 0.000 0.000 0.003 014063 CC 0 0 0 0 0 CT 0 4 2 0 6 TT 26 15 18 17 76 0.000 0.263 0.055 0.000 0.118 014451 AA 26 12 16 8 62 AC 1 3 4 2 10 CC 0 0 0 0 0 0.010 0.185 0.247 0.123 0.401 014945 CC 20 18 18 19 75 CT 0 4 4 5 13 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.220 0.220 0.324 0.560 015124 AA 0 0 0 0 0 AT 1 0 1 0 2 TT 24 22 21 23 90 0.010 0.000 0.012 0.000 0.011 015180 CC 0 0 0 0 0 CT 4 0 0 0 4 TT 22 22 22 23 89 0.181 0.000 0.000 0.000 0.045 015361 AA 26 21 21 24 92 AG 0 1 1 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.012 0.000 0.011 015387 CC 25 22 22 23 92 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 015898 AA 0 0 0 0 0 AT 4 0 0 0 4 TT 22 21 21 24 88 0.181 0.000 0.000 0.000 0.045 015974 GG 0 0 0 0 0 GT 0 0 0 2 2 TT 25 17 13 21 76 0.000 0.000 0.000 0.048 0.013 015984 AA 24 15 8 24 71 AG 1 2 5 0 8 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.066 0.737 0.000 0.225 016014 AA 23 13 9 19 64 AG 1 4 4 5 14 GG 0 0 0 0 0 0.011 0.302 0.430 0.324 0.758 016051 AA 24 17 13 23 77 AG 0 0 0 1 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 016074 -- 0 0 0 0 0 +- 2 4 8 0 14 ++ 24 17 13 24 78 0.042 0.233 1.163 0.000 0.624 016180 AA 26 18 18 18 80 AG 1 4 4 5 14 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.220 0.220 0.342 0.609 016187 AA 0 0 0 0 0 AG 1 4 4 5 14 GG 26 18 18 18 80 0.010 0.220 0.220 0.342 0.609 016211 AA 0 0 0 0 0 AG 1 4 4 5 14 GG 25 18 18 18 79 0.010 0.220 0.220 0.342 0.616 016378 GG 21 22 20 23 86 GT 5 0 2 0 7 TT 0 0 0 0 0 0.294 0.000 0.050 0.000 0.142 016430 GG 0 0 0 0 0 GT 0 4 4 5 13 TT 26 18 18 18 80 0.000 0.220 0.220 0.342 0.525 016437 AA 0 2 1 1 4 AG 0 12 6 4 22 GG 26 8 15 18 67 0.000 0.702 0.153 1.252 1.468 016839 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 3 3 GG 26 22 22 21 91 0.000 0.000 0.000 0.107 0.025 016854 CC 22 22 22 24 90 CT 4 0 0 0 4 TT 0 0 0 0 0 0.181 0.000 0.000 0.000 0.044 016889 CC 25 22 22 24 93 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 017217 AA 26 22 21 24 93 AG 0 0 1 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 017349 AA 0 0 0 0 0 AG 1 4 4 5 14 GG 25 16 18 18 77 0.010 0.247 0.220 0.342 0.632 017405 CC 25 21 22 23 91 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 017463 AA 25 20 22 23 90 AC 1 0 0 0 1 CC 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 017490 CC 25 20 22 23 90 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 017567 CC 0 0 0 0 0 CT 1 4 4 2 11 TT 24 15 18 14 71 0.010 0.263 0.220 0.071 0.424 017575 CC 25 20 22 22 89 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 017597 GG 0 0 0 0 0 GT 0 0 1 0 1 TT 23 16 20 17 76 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 017638 AA 0 8 1 8 17 AG 8 6 12 8 34 GG 16 3 8 2 29 0.960 0.878 1.714 0.000 1.361 017689 CC 15 16 20 18 69 CT 5 2 0 0 7 TT 2 0 0 0 2 2.001 0.062 0.000 0.000 7.757 017717 -- 22 14 17 15 68 +- 1 4 4 2 11 ++ 0 0 0 0 0 0.011 0.281 0.233 0.066 0.442 017768 AA 22 15 17 16 70 AT 1 4 4 2 11 TT 0 0 0 0 0 0.011 0.263 0.233 0.062 0.430 017795 CC 23 20 21 17 81 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.015 0.003 017839 CC 19 20 21 17 77 CT 4 0 0 0 4 TT 0 0 0 0 0 0.209 0.000 0.000 0.000 0.052 017864 AA 21 20 18 17 76 AG 1 0 1 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.012 0.000 0.014 0.000 0.013 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000915: TAGGAGGAGAAGGAG 001009: C 001212: GTAAGTA 001236: C 003336: A 006889: G 013348: A 016074: A 017717: T