************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 tnff9.phase.inp tnff9.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST tnff9.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates tnff9.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual tnff9.phase.out_recom : estimates of recombination parameters tnff9.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 36 Positions of loci: 155 156 825 2020 2174 2198 2437 4439 4728 4988 5144 5288 7595 9011 10423 10490 11259 11335 11440 11928 11994 12060 12340 12604 13123 13481 13937 14074 14555 15264 15826 19592 19974 19984 20173 21293 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file tnff9.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CTAGCGCCCCDGAATTTTGACAAGTCAACAGAAGAT 48.000000 2 CTAGCGCCCCDGAATTTTGACGAGTCAACAGAAGAT 15.000000 3 CTAGCGCCCCDGAATCTTGACAAGTCAACAGAAGAT 8.000000 4 CTAGCGCCCCDGAGCTCTGACGAGTCAACAGAAGGT 2.000000 5 CTAGCGCCCCIGAATTTTGACAAGTCAACAGAAGAT 2.000000 6 CTAGCGCCCCIGGGCTCCAGCGGGGTTGAACGGGGC 1.000000 7 CTAGCGCCTCDGAGCTCTGACGAGTCAACAGAAGGT 1.000000 8 CTAGCGCCTCDGGGCTCCGACGAGTTAACAGAGGGC 5.000000 9 CTAGCGCCTCDGGGCTCCGACGAGTTAACAGGGGGC 1.000000 10 CTAGCGCCTCIGGGCTCCGACGAGTTAGCAGAGGGC 1.000000 11 CTAGCGCCTCIGGGCTCCGAGGAGTTAGCACGGGGT 2.000000 12 CTAGCGCTTCDGAACTCCGACGAGTTAACAGAGGGT 2.000000 13 CTAGCGCTTCIGAATTTTGACAAGTCAACAGAAGAT 1.000000 14 CTAGCGCTTCIGAGCTCTGACGAATCAACAGAAGAT 22.000000 15 CTAGCGCTTCIGAGCTCCGACGAGTTAACAGAGGGT 1.000000 16 CTAGTGCCTTDGAGCTCTGACGAGTCAACAGAAGGT 26.000000 17 CGAGCGCCTCDGGGCTCCGACGAGTTAACAGAGGGC 2.000000 18 CGGGCTCCTCDGGGCTCCGACGAGTTAACAGAGGGC 1.000000 19 CGGGCTCCTCDGGGCTCCGAGGGGTTAACAGAGGGC 5.000000 20 CGGGCTCCTCDGGGCTCCAGCGGGTTAGAACGGGGC 1.000000 21 CGGGCTCCTCIGGGCTCCGAGGGGTTAACAGAGGGC 2.000000 22 TGAACGGCTCIAGGCTCCAGCGGGGTTGAGCGGTGC 1.000000 23 TGGACGGCTCDAGGCTCCAGCGGGGTTGAACGGGGC 2.000000 24 TGGACGGCTCIGGGCTCCAGCGAGGTTGAACGGGGC 1.000000 25 TGGACGGCTCIGGGCTCCAGCGGGGTTGAACGGGGC 3.000000 26 TGGACGGCTCIAGGCTCCAGCGAGGTTGAACGGGGC 1.000000 27 TGGACGGCTCIAGGCTCCAGCGGGGTTGAACGGGGC 13.000000 28 TGGACGGCTCIAGGCTCCAGCGGGGTTGAACGGTGC 2.000000 29 TGGACGGCTCIAGGCTCCAGCGGGGTTGAGCGGTGC 8.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (1,1) P002: (1,14) P003: (1,19) P004: (20,25) P005: (16,16) P006: (1,16) P007: (2,16) P008: (1,14) P009: (14,16) P010: (2,14) P011: (2,15) P012: (1,1) P013: (3,29) P014: (1,27) P015: (14,14) P016: (1,14) P017: (5,12) P018: (1,2) P019: (2,3) P020: (1,22) P021: (16,24) P022: (27,29) P023: (17,27) P024: (16,27) P025: (1,16) P026: (27,28) P027: (1,14) P028: (2,16) P029: (7,25) P030: (1,2) P031: (1,26) P032: (11,19) P033: (14,16) P034: (1,16) P035: (3,16) P036: (1,27) P037: (23,23) P038: (1,18) P039: (14,29) P040: (1,16) P041: (14,17) P042: (2,8) P043: (14,16) P044: (1,2) P045: (2,27) P046: (1,1) P047: (2,27) P048: (1,16) P049: (1,16) P050: (14,25) P051: (1,1) P052: (27,29) P053: (1,14) P054: (1,4) P055: (14,29) P056: (2,10) P057: (2,19) P058: (1,1) P059: (19,21) P060: (1,5) P061: (6,8) P062: (14,16) P063: (1,29) P064: (8,21) P065: (1,11) P066: (1,3) P067: (1,3) P068: (3,29) P069: (1,27) P070: (1,29) P071: (1,1) P072: (2,16) P073: (1,1) P074: (1,1) P075: (14,28) P076: (27,27) P077: (1,16) P078: (14,14) P079: (1,16) P080: (8,12) P081: (16,16) P082: (16,27) P083: (14,14) P084: (2,14) P085: (1,16) P086: (16,16) P087: (4,13) P088: (1,19) P089: (8,9) P090: (3,3) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 C T A G C G C C C C D G A A T [T] T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T 0 P002 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T 0 P003 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C G G G C T C C T C D G G G C T C C G A G G G G T T A A C A G A G G G C 0 P004 C G G G C T C C T C D G G G C T C C A G C G G G (T) T (A) G A A C G G G G C T G G A C G G C T C I G G G C T C C A G C G G G (G) T (T) G A A C G G G G C 0 P005 C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G [G] T 0 P006 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P007 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C G A G T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P008 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T 0 P009 C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P010 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C G A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T 0 P011 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C G A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C T T C I G A G C T C C G A C G A G T T A A C A G A G G [G] T 0 P012 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T 0 P013 C T A G C G C C C C D G A A T C T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G G G G T T G A G C G G T G C 0 P014 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G G G G T T G A A C G G G G C 0 P015 C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T 0 P016 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T 0 P017 C T A G C G C C C C (I) G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C T T C (D) G A A C T C C G A C G A G T T A A C A G A G G [G] T 0 P018 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C G A G T C A A C A G A A G A T 0 P019 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C G A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C D G A A T C T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T 0 P020 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T T G A A C G G C T C I A G G C T C C A G C G G G G T T G A G C G G T G C 0 P021 C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T T G G A C G G C T C I G G G C T C C A G C G A G G T T G A A C G G G G C 0 P022 T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G [G] G G T T G A A C G G G G C T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G G G G T T G A G C G G T G C 0 P023 C G A G C G C C T C D G G G C T C C G A C G A G T T A A C A G A G G G C T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G G G G T T G A A C G G G G C 0 P024 C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G G G G T T G A A C G G G G C 0 P025 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P026 T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G [G] G G T T G A A C G G G G C T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G [G] G G T T G A A C G G T G C 0 P027 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T 0 P028 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C G A G T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P029 C T A G [C] G C C T C D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G [G] T T G G A C G G C T C I G G G C T C C A G C G [G] G G T T G A A C G G G G C 0 P030 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C G A G T C A A C A G A A G A T 0 P031 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G A G G T T G A A C G G G G C 0 P032 C T A G C G C C T C I G G G C T C C G A G G [A] G T T A G C A C G G G G T C G G G C T C C T C D G G G C T C C G A G G G G T T A A C A G A G G G C 0 P033 C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P034 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P035 C T A G C G C C C C D G A A T C T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P036 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G [G] G G T T G A A C G G G G C 0 P037 T G G A C G G C T C D A G G C T C C A G C G [G] G G T T G A A C G G G G C T G G A C G G C T C D A G G C T C C A G C G [G] G G T T G A A C G G G G C 0 P038 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C G G G C T C C T C D G G G C T C C G A C G A G T T A A C A G A G G G C 0 P039 C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G G G G T T G A G C G G T G C 0 P040 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P041 C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T C G A G C G C C T C D G G G C T C C G A C G A G T T A A C A G A G G G C 0 P042 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C G A G T C A A C A G A A G A T C [T] A G C G C C T C D G G G C T C C G A C G A G T T A A C A G A G G G C 0 P043 C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P044 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C G A G T C A A C A G A A G A T 0 P045 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C G A G T C A A C A G A A G A T T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G G G G T T G A [A] C G G [G] G C 0 P046 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T 0 P047 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C G A G T C A A C A G A A G A T T G G A C G G C T C I [A] G G C T C C A G C G [G] G G T T G A A C G G G G C 0 P048 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P049 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P050 C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T T G G A C G G C T C I G G G C T C C A G C G G G G T T G A A C G G G G C 0 P051 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T 0 P052 T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G G G G T T G A A C G G G G C T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G G G G T T G A G C G G T G C 0 P053 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T 0 P054 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P055 C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G G G G T T G A G C G G T G C 0 P056 C T A G C G C C C C (D) G A A T T T T G A C G A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C T C (I) G G G C T C C G A C G A G T T A G C A G A G G G C 0 P057 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C G A G T C A A C A G A A G A T C G G G C T C C T C D G G G C T C C G A G G G G T T A A C A G A G G G C 0 P058 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T 0 P059 C G G G C T C C T C D G G G C T C C G A G G G G T T A A C A G A G G G C C G G G C T C C T C I G G G C T C C G A G G G G T T A A C A G A G G G C 0 P060 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C I G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T 0 P061 C T A G C G C C (C) C I G G G C T C C A G C G [G] G G T T G A A C G G G G C C T A G C G C C (T) C D G G G C T C C G A C G A G T T A A C A G A G G G C 0 P062 C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P063 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G G G G T T G A G C G G T G C 0 P064 C T A G C G C C T C D G G G C T C C G A C G A G T T A A C A G [A] G G G C C G G G C T C C T C I G G G C T C C G A G G G G T T A A C A G A G G G C 0 P065 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C T C I G G G C T C C G A G G [A] G T T A G C A C G G G G T 0 P066 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C D G A A T C T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T 0 P067 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C D G A A T C T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T 0 P068 C T A G C G C C C C D G A A T C T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T T G [G] A C G G C T C I A G G C T C C A G C G G G G T T G A G C G G T G C 0 P069 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G [G] G G T T G A A C G G G G C 0 P070 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G G G G T T G A G C G G T G C 0 P071 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T 0 P072 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C G A G T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P073 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T 0 P074 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T 0 P075 C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G [G] G G T T G A A C G G T G C 0 P076 T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G G G G T T G A A C G G G G C T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G [G] G G T T G A A C G G G G C 0 P077 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P078 C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T 0 P079 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P080 C T A G C G C C T C D G G G C T C C G A C G A G T T A A C A G [A] G G G C C T A G C G C [T] T C D G A A C T C C G A C G A G T T A A C A G A G G [G] T 0 P081 C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P082 C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T T G G A C G G C T C I A G G C T C C A G C G [G] G G T T G A A C G G G G C 0 P083 C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T 0 P084 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C G A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C T T C I G A G C T C T G A C G A A T C A A C A G A A G A T 0 P085 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T 0 P086 C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T C T A G T G C C T T D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G [G] T 0 P087 C T A G C G C C C C D G A G C T C T G A C G A G T C A A C A G A A G G T C T A G C G C T T C I G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T 0 P088 C T A G C G C C C C D G A A T T T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C G G G C T C C T C D G G G C T C C G A G G G G T T A A C A G A G G G C 0 P089 C T A G C G C C T C D G G G C T C C G A C G A G T T A A C A G A G G G C C T A G C G C C T C D G G G C T C C G A C G A G T T A A C A G G G G G C 0 P090 C T A G C G C C C C D G A A T C T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T C T A G C G C C C C D G A A T C T T G A C A A G T C A A C A G A A G A T END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = 0 P002 = = = = = = = C C = D = = A T = T = = = = A = ? = = = ? ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = T T = I = = G C = C = = = = G = ? = = = ? ? ? = ? ? ? ? = 0 P003 = T A = = G = = C = = = A A T = T T = = C A ? = = C = = = = = = A = ? T = G G = = T = = T = = = G G C = C C = = G G ? = = T = = = = = = G = ? C 0 P004 ? ? ? G = T C = = = D = = = = = = = = = = = = = (T) = (A) = = = = = = = ? = ? ? ? A = G G = = = I = = = = = = = = = = = = = (G) = (T) = = = = = = = ? = 0 P005 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = ? = 0 P006 = = = = C = = = C C = = = A T = T = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = = = = = T = = = T T = = = G C = C = = = = G = = = = = = = = = = = = ? = 0 P007 = = = = C = = = C C = = = A T = T = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = T = = = T T = = = G C = C = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 P008 = = = = = = = C C = D = = ? ? ? ? ? ? ? = A = G = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = T T = I = = ? ? ? ? ? ? ? = G = A = = = = = = = = ? ? = = 0 P009 = = = = C = = T = C I = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = A ? = = = = T = = C = T D = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = G ? 0 P010 = = = = = = = C C = D = = A T = T = = = = = = G = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = T T = I = = G C = C = = = = = = A = = = = = = = = = = ? = 0 P011 ? ? = = = = = C C = D = = A T = T T = = = = = = = C = = = = = = A = ? = ? ? = = = = = T T = I = = G C = C C = = = = = = = T = = = = = = G = ? = 0 P012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P013 C T A ? ? ? C = C = D G A A T C T T G A = A A ? T C A A C A G ? ? ? ? T T G G ? ? ? G = T = I A G G C T C C A G = G G ? G T T G A G C ? ? ? ? C 0 P014 C T A G = = C = C = D G A A T = T T G A = A A = T C A A C = G A A = ? T T G G A = = G = T = I A G G C = C C A G = G G = G T T G A = C G G = ? C 0 P015 = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = ? ? = ? ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = ? ? = ? ? = = ? ? ? ? = 0 P016 = = = = = = = C C = D = = A T = T = = = = A = ? = = ? ? ? = ? ? ? ? ? = = = = = = = = T T = I = = G C = C = = = = G = ? = = ? ? ? = ? ? ? ? ? = 0 P017 = = = = = = = C C = (I) = = = T = T T = = = A = ? = C = ? ? = = = A = ? = = = = = = = = T T = (D) = = = C = C C = = = G = ? = T = ? ? = = = G = ? = 0 P018 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = ? = 0 P019 = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = G = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = A = ? = = = = = = = = = = = = 0 P020 C T = G = = C = C = D G A A T = T T G A = A ? = T C A A C A G A A G ? T T G = A = = G = T = I A G G C = C C A G = G ? = G T T G A G C G G T ? C 0 P021 C T A G T = C = ? ? D = A = = = = T G A = = = ? T C A A C = G A A = ? T T G G A C = G = ? ? I = G = = = = C A G = = = ? G T T G A = C G G = ? C 0 P022 = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = A = ? = G ? = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = G = ? = T ? = 0 P023 C = A G = = C = = ? D G = = = = = = G A = = A = T ? A A C = G ? ? ? ? = T = G A = = G = = ? I A = = = = = = A G = = G = G ? T G A = C ? ? ? ? = 0 P024 C T A G T = C = = T D G A = = = = T G A = = A = T C A A C = G ? ? ? ? T T G G A C = G = = C I A G = = = = C A G = = G = G T T G A = C ? ? ? ? C 0 P025 = = = = C = = = C C = = = A T = T = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = = = = = T = = = T T = = = G C = C = = = = G = = = = = = = = = = = = ? = 0 P026 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = T = = 0 P027 = = = = = = = C C = D = = A T = T = = = = A = G = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = T T = I = = G C = C = = = = G = A = = = = = = = = = = ? ? 0 P028 = = = = C = = = C C = = = A T = T = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = T = = = T T = = = G C = C = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = 0 P029 C T A ? ? ? C = = = D = A = = = = T G A = = ? ? T C A A C = G A A = ? T T G G ? ? ? G = = = I = G = = = = C A G = = ? ? G T T G A = C G G = ? C 0 P030 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = A = ? = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = G = ? = = = = = = = ? = ? = = 0 P031 C T A G = = C = C = D G A A T = T T G A = A = = T C A A C = G A A = ? T T G G A = = G = T = I A G G C = C C A G = G = = G T T G A = C G G = ? C 0 P032 = T A = = G = = = = I = = = = = = = = = = = ? = = = = G = = C ? ? ? ? ? = G G = = T = = = = D = = = = = = = = = = = ? = = = = A = = G ? ? ? ? ? 0 P033 = = = = C = = T = C I = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = A = = = = = T = = C = T D = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = G = 0 P034 = = = = C = = = C C = = = A T = T ? ? = = A ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = T = = = T T = = = G C = C ? ? = = G ? = = = = = = = = = = = ? ? 0 P035 = = = = ? ? = = C C = = = A T C ? ? ? = = A ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? ? = = T T = = = G C T ? ? ? = = G ? = = = = = = = = = = = ? ? 0 P036 C T A G = = C = C ? D G A A T = T T G A = A ? = T C A A C = G A A = ? T T G G A = = G = T ? I A G G C = C C A G = G ? = G T T G A = C G G = ? C 0 P037 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = ? = = 0 P038 = T A = = G = = C = = = A A T = T T = = = A = = = C = = = = = ? ? ? ? T = G G = = T = = T = = = G G C = C C = = = G = = = T = = = = = ? ? ? ? C 0 P039 C T A G = = C T = = = G A = = = = T G ? = = A A T C A A C A G ? ? ? ? T T G G A = = G C = = = A G = = = = C A ? = = G G G T T G A G C ? ? ? ? C 0 P040 = = = = C = = = C C = = = A T = T = = = = A = = = = = ? ? = ? ? ? ? ? = = = = = T = = = T T = = = G C = C = = = = G = = = = = ? ? = ? ? ? ? ? = 0 P041 = T = = = = = T = = I = A = ? ? = T = = = = = A = C = = = = = = A = ? ? = G = = = = = C = = D = G = ? ? = C = = = = = G = T = = = = = = G = ? ? 0 P042 = ? = = ? = = = ? = = = A ? ? ? T ? ? = = = ? = = ? = = = = = = A = ? T = ? = = ? = = = ? = = = G ? ? ? C ? ? = = = ? = = ? = = = = = = G = ? C 0 P043 = = = = C = = T = C I = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? ? = = ? ? ? A = = = = = T = = C = T D = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? ? = = ? ? ? G = 0 P044 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A ? = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G ? = = = = = = = = = ? = ? = 0 P045 C T ? G = = C = C = D G A A T = T T G A = = ? ? T C A A C ? G A ? ? ? T T G ? A = = G = T = I A G G C = C C A G = = ? ? G T T G A ? C G ? ? ? C 0 P046 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? ? = 0 P047 C T A G = = C = C = D ? A A T = T T G A = = ? = T C ? A C = G ? ? ? ? T T G G A = = G = T = I ? G G C = C C A G = = ? = G T ? G A = C ? ? ? ? C 0 P048 = = = = C = = = C C = = = A T = T = = = = A = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = T = = = T T = = = G C = C = = = = G = = = = = = = = ? ? ? ? ? = 0 P049 = = = = C = = = C C = = = A T = T = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = = = = = T = = = T T = = = G C = C = = = = G = = = = = = = = = = = = ? = 0 P050 C T A G = = C T = = = = A = = = = T G A = = A A T C A A C = G A A = ? T T G G A = = G C = = = = G = = = = C A G = = G G G T T G A = C G G = ? C 0 P051 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P052 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = T = = 0 P053 = = = = = = = C C = D = = A T = T = = = = A = G = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = T T = I = = G C = C = = = = G = A = = = = = = = = = = ? = 0 P054 = = ? = = = = = = = = = = A ? ? T = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = G ? ? C = = = = G = = = = = = = = = = = = ? = 0 P055 C T A G = = C T = = = G A = = = = T G A = = A A T C A A C A G A A G ? T T G G A = = G C = = = A G = = = = C A G = = G G G T T G A G C G G T ? C 0 P056 = = = = = = = = C = (D) = A A T = T T = = = = = = = C = A = = = = A ? ? T = = = = = = = = T = (I) = G G C = C C = = = = = = = T = G = = = = G ? ? C 0 P057 = T A = = G = = C = = = A A T = T T = = C = A = = C = = = = = = A = ? T = G G = = T = = T = = = G G C = C C = = G = G = = T = = = = = = G = ? C 0 P058 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0 P059 = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? ? = 0 P060 = = = = = = = = = ? D = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? I = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = 0 P061 = = = = = = = = (C) = I = = = = = = = A G = = ? ? G = T G A = C G = = = = = = = = = = = = (T) = D = = = = = = = G A = = ? ? T = A A C = G A = = = = 0 P062 = = = = C = = T = C I = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = ? = = = = = T = = C = T D = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = ? = 0 P063 C T A G = = C = C = D G A A T = T T G A = A A = T C A A C A G ? ? ? ? ? T G G A = = G = T = I A G G C = C C A G = G G = G T T G A G C ? ? ? ? ? 0 P064 = T A = = G = ? = = D = = = ? ? = = = = C = ? = = ? = = = = = ? ? ? ? ? = G G = = T = ? = = I = = = ? ? = = = = G = ? = = ? = = = = = ? ? ? ? ? 0 P065 = = = = = = = = C = D = A ? T = T T = = C A ? = = C = A = = G A A = ? ? = = = = = = = = T = I = G ? C = C C = = G G ? = = T = G = = C G G = ? ? 0 P066 = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P067 = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0 P068 C T ? G = = C = C = D G A A T C T T G A = A A = T C A A C A G A A G ? T T G ? A = = G = T = I A G G C T C C A G = G G = G T T G A G C G G T ? C 0 P069 C T A G = = C = C ? D G A A ? ? T T G A = A ? = T C A A C = G A A = ? T T G G A = = G = T ? I A G G ? ? C C A G = G ? = G T T G A = C G G = ? C 0 P070 C T A G = = C = C ? D G A A T = T T G A = A ? ? T ? A A C A G ? ? ? ? T T G G A = = G = T ? I A G G C = C C A G = G ? ? G ? T G A G C ? ? ? ? C 0 P071 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = ? = = ? = 0 P072 = = = = C = = = C C = = = A T = T = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = T = = = T T = = = G C = C = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? = 0 P073 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = 0 P074 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 P075 C T A G = = C T = = = G A = = = = T G A = = ? ? T C A A C = G A A G ? T T G G A = = G C = = = A G = = = = C A G = = ? ? G T T G A = C G G T ? C 0 P076 = = = ? ? ? = = = = = = = ? ? ? = ? ? = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = ? ? ? = ? ? = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = 0 P077 = = = = C = = = ? ? = = = A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? = = = = = T = = = ? ? = = = G ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? = 0 P078 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P079 = = = = C = = = C C = = = A T = T = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = = = = = T = = = T T = = = G C = C = = = = G = = = = = = = = = = = = ? = 0 P080 = = = = = = = ? = = = = G G ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? C = = = = = = = ? = = = = A A ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? T 0 P081 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P082 C T A G T = C = = T D G A = = = = T G A = = ? = T C A A C = G A A = ? T T G G A C = G = = C I A G = = = = C A G = = ? = G T T G A = C G G = ? C 0 P083 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = 0 P084 = = = = = = = C C ? D = = A T = T = = = = = = G = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = T T ? I = = G C = C = = = = = = A = = = = = = = = = = ? = 0 P085 = = = = C = = = C C = = = A T = T = = = = A ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = T = = = T T = = = G C = C = = = = G ? = = = = = = = = = = = ? = 0 P086 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = 0 P087 = = = = = = = C ? ? D = = ? C = C = = = = G = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = T ? ? I = = ? T = T = = = = A = = = = = = = = = ? ? ? ? = 0 P088 = T A = = G = = C = = = A A T = T T = = C A ? = = C = = = = = = ? ? ? T = G G = = T = = T = = = G G C = C C = = G G ? = = T = = = = = = ? ? ? C 0 P089 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = A = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = G = = ? = 0 P090 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = ? = = = ? ? ? = ? ? ? ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 0.51 = 0.51 = = = = = = = ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? ? ? ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = ? ? = ? ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = ? = = ? ? ? = ? ? ? ? ? = = = = = = = = 0.99 0.99 = 0.53 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? = 1.00 = ? ? = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 = ? = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? ? 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = ? = ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 0.91 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = = 1.00 ? ? ? ? ? = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? ? = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = ? = = = 0.92 0.92 = = 0.92 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = ? ? = ? ? ? ? ? = = 0.99 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? ? = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? ? = ? = = ? = = = ? = = = 1.00 ? ? ? 1.00 ? ? = = = ? = = ? = = = = = = 1.00 = ? 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? ? = = ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = ? = ? = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? ? 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 ? ? 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 0.68 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.87 = 0.90 = = = = = = = 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? = = 0.92 = = = ? ? = = = = 1.00 = ? = = ? = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = ? = = ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = ? ? ? = = = = = = = ? ? ? = ? ? = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? = = = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = 1.00 1.00 ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = 1.00 ? ? 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS