Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Total-hz 000310 C 0.02 G 0.98 0.04 000323 A 0.01 G 0.99 0.01 000724 C 0.09 T 0.91 0.16 000744 G 0.49 A 0.51 0.50 000979 A 0.03 C 0.97 0.06 001120 A 0.01 G 0.99 0.01 001320 A 0.05 G 0.95 0.09 001359 - 0.01 + 0.99 0.01 004305 A 0.01 T 0.99 0.01 004332 - 0.47 + 0.53 0.50 004502 G 0.01 A 0.99 0.01 004531 T 0.47 C 0.53 0.50 004541 G 0.47 A 0.53 0.50 004810 C 0.01 A 0.99 0.01 004938 C 0.16 G 0.84 0.26 005270 C 0.38 T 0.62 0.47 005390 T 0.47 C 0.53 0.50 005527 C 0.09 T 0.91 0.17 005593 G 0.01 A 0.99 0.02 005694 A 0.48 G 0.52 0.50 005738 * 005841 T 0.47 A 0.53 0.50 005977 T 0.01 C 0.99 0.01 006143 C 0.01 A 0.99 0.01 006185 T 0.16 C 0.84 0.27 006386 + 0.25 - 0.75 0.38 006596 A 0.03 G 0.97 0.06 006667 C 0.01 T 0.99 0.01 006750 - 0.49 + 0.51 0.50 006821 - 0.01 + 0.99 0.02 006830 - 0.50 + 0.50 0.50 006853 C 0.49 T 0.51 0.50 006934 T 0.49 G 0.51 0.50 006951 C 0.09 T 0.91 0.17 006969 C 0.01 T 0.99 0.01 007085 G 0.02 A 0.98 0.03 007146 A 0.02 G 0.98 0.03 007267 T 0.01 C 0.99 0.01 007299 T 0.10 C 0.90 0.18 007364 A 0.03 G 0.97 0.07 007372 C 0.01 A 0.99 0.02 007435 G 0.01 T 0.99 0.01 007482 A 0.08 G 0.92 0.15 007633 G 0.01 A 0.99 0.01 007845 - 0.01 + 0.99 0.01 008033 A 0.06 G 0.94 0.11 008075 G 0.01 C 0.99 0.01 008126 G 0.01 A 0.99 0.02 008344 A 0.01 G 0.99 0.01 008390 A 0.02 G 0.98 0.05 008408 G 0.02 A 0.98 0.05 008456 C 0.01 T 0.99 0.01 008575 C 0.44 A 0.56 0.49 008737 T 0.01 G 0.99 0.01 009097 - 0.03 + 0.97 0.07 009108 T 0.02 C 0.98 0.05 009137 G 0.44 A 0.56 0.49 009220 T 0.01 C 0.99 0.01 009344 C 0.01 T 0.99 0.01 009376 G 0.43 A 0.57 0.49 009808 T 0.01 C 0.99 0.01 009944 G 0.09 C 0.91 0.16 010401 A 0.48 G 0.52 0.50 010450 A 0.02 G 0.98 0.04 010480 T 0.18 C 0.82 0.29 010512 A 0.48 G 0.52 0.50 010560 C 0.48 T 0.52 0.50 010624 A 0.01 G 0.99 0.02 010701 A 0.01 G 0.99 0.01 010704 G 0.13 T 0.87 0.23 010712 A 0.42 G 0.58 0.49 010788 C 0.15 T 0.85 0.25 010789 C 0.01 T 0.99 0.01 010800 A 0.48 T 0.52 0.50 010813 T 0.01 A 0.99 0.01 010895 T 0.48 C 0.52 0.50 011366 G 0.01 A 0.99 0.01 011394 T 0.48 C 0.52 0.50 011408 G 0.48 A 0.52 0.50 011439 G 0.41 A 0.59 0.49 011450 G 0.49 A 0.51 0.50 011452 G 0.01 C 0.99 0.01 011458 - 0.49 + 0.51 0.50 011543 A 0.01 G 0.99 0.01 011665 C 0.01 A 0.99 0.01 011926 C 0.01 T 0.99 0.01 012123 A 0.01 C 0.99 0.01 012177 C 0.01 T 0.99 0.01 012492 T 0.01 C 0.99 0.02 012504 G 0.18 A 0.82 0.29 012654 C 0.11 T 0.89 0.19 012913 A 0.01 G 0.99 0.01 013059 C 0.01 A 0.99 0.01 013165 G 0.47 T 0.53 0.50 013168 G 0.02 A 0.98 0.04 013395 C 0.01 A 0.99 0.01 013590 A 0.06 G 0.94 0.11 013685 A 0.03 G 0.97 0.06 013727 A 0.01 G 0.99 0.01 013914 A 0.01 C 0.99 0.01 013916 T 0.42 C 0.58 0.49 014078 T 0.03 A 0.97 0.06 014336 A 0.03 C 0.97 0.06 014388 A 0.01 G 0.99 0.01 014706 C 0.03 T 0.97 0.05 014858 - 0.01 + 0.99 0.03 015290 T 0.01 C 0.99 0.01 015308 A 0.01 G 0.99 0.01 015481 C 0.01 G 0.99 0.03 015528 G 0.44 A 0.56 0.49 015653 C 0.15 T 0.85 0.25 015680 G 0.39 C 0.61 0.48 015745 - 0.12 + 0.88 0.21 015847 G 0.01 A 0.99 0.03 015872 T 0.01 G 0.99 0.01 016067 - 0.01 + 0.99 0.01 016201 - 0.01 + 0.99 0.01 016436 G 0.06 T 0.94 0.12 016543 T 0.01 A 0.99 0.01 017002 C 0.39 T 0.61 0.48 017385 G 0.12 A 0.88 0.21 017400 T 0.01 C 0.99 0.01 017438 - 0.12 + 0.88 0.22 017714 C 0.12 T 0.88 0.21 017770 C 0.43 T 0.57 0.49 017785 T 0.01 C 0.99 0.01 018137 T 0.17 C 0.83 0.29 018185 G 0.13 C 0.87 0.23 018272 G 0.07 A 0.93 0.14 018430 T 0.18 C 0.82 0.29 019466 T 0.01 C 0.99 0.02 019595 G 0.01 A 0.99 0.01 019755 G 0.39 A 0.61 0.48 019843 A 0.03 G 0.97 0.06 019861 A 0.01 G 0.99 0.01 020092 T 0.02 C 0.98 0.05 020245 C 0.12 T 0.88 0.21 020254 A 0.44 G 0.56 0.49 020277 + 0.08 - 0.92 0.15 020452 C 0.01 T 0.99 0.01 020639 + 0.02 - 0.98 0.05 020685 T 0.06 G 0.94 0.11 020797 C 0.38 T 0.62 0.47 020886 - 0.44 + 0.56 0.49 020939 T 0.01 C 0.99 0.01 021172 T 0.01 C 0.99 0.01 021238 G 0.42 C 0.58 0.49 021533 G 0.01 A 0.99 0.03 021651 C 0.17 T 0.83 0.28 022304 G 0.08 A 0.92 0.14 022411 A 0.12 G 0.88 0.22 022628 T 0.17 C 0.83 0.28 022680 G 0.01 T 0.99 0.01 022949 A 0.12 G 0.88 0.22 023071 T 0.19 G 0.81 0.31 023998 A 0.02 G 0.98 0.03 024097 - 0.01 + 0.99 0.01 024102 A 0.50 G 0.50 0.50 024162 A 0.20 C 0.80 0.31 024220 C 0.08 G 0.92 0.15 024293 G 0.40 T 0.60 0.48 024324 A 0.01 G 0.99 0.02 024393 C 0.01 T 0.99 0.01 024580 C 0.02 T 0.98 0.04 024912 T 0.01 C 0.99 0.01 025148 G 0.03 A 0.97 0.06 025395 G 0.01 A 0.99 0.01 025571 T 0.01 A 0.99 0.02 025771 C 0.08 T 0.92 0.15 026090 T 0.17 C 0.83 0.28 026132 A 0.01 G 0.99 0.01 026300 T 0.01 A 0.99 0.01 026339 T 0.01 G 0.99 0.01 026428 A 0.49 G 0.51 0.50 026455 G 0.01 C 0.99 0.01 026470 A 0.01 T 0.99 0.01 026535 T 0.01 C 0.99 0.02 026550 A 0.02 C 0.98 0.05 026555 G 0.12 A 0.88 0.21 026882 A 0.16 G 0.84 0.28 026990 A 0.02 C 0.98 0.03 027133 C 0.08 T 0.92 0.15 027148 T 0.12 C 0.88 0.22 027195 A 0.17 G 0.83 0.29 027219 A 0.01 G 0.99 0.01 027285 C 0.12 T 0.88 0.22 027295 A 0.01 G 0.99 0.01 027910 T 0.13 C 0.87 0.23 027973 T 0.08 C 0.92 0.15 028137 A 0.09 G 0.91 0.17 028156 A 0.01 T 0.99 0.02 028175 C 0.15 T 0.85 0.26 028215 + 0.01 - 0.99 0.01 Note: Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001359: c 004332: AA 006386: A 006750: T 006821: GTT 006830: T 007845: GTCTTGAGA 009097: T 011458: G 014858: gaa 015745: GAGG 016067: TA 016201: t 017438: A 020277: AGTTGTC 020639: CT 020886: ag 024097: aat 028215: TC Tri-allelic sites: Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Allele3 Total-pop 005738 A 0.01 T 0.47 G 0.52