Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop hz 000219 C 0.01 T 0.99 0.01 000225 A 0.12 T 0.88 0.21 000248 T 0.03 G 0.97 0.05 000249 A 0.04 G 0.96 0.08 000779 - 0.01 + 0.99 0.01 000793 C 0.01 A 0.99 0.01 000807 C 0.01 T 0.99 0.01 000842 C 0.02 T 0.98 0.04 001261 A 0.01 C 0.99 0.01 001550 G 0.02 A 0.98 0.03 001596 A 0.03 G 0.97 0.07 001626 T 0.01 C 0.99 0.02 001692 - 0.25 + 0.75 0.37 001815 + 0.01 - 0.99 0.01 001847 + 0.03 - 0.97 0.06 001976 T 0.01 G 0.99 0.01 001992 T 0.01 C 0.99 0.01 002023 + 0.02 - 0.98 0.04 002212 G 0.02 C 0.98 0.03 002286 C 0.01 A 0.99 0.01 002751 C 0.02 G 0.98 0.04 002775 G 0.01 A 0.99 0.01 002781 G 0.01 C 0.99 0.02 003143 A 0.01 G 0.99 0.02 003224 A 0.01 G 0.99 0.01 007713 C 0.35 T 0.65 0.45 007867 A 0.01 G 0.99 0.01 007905 T 0.01 C 0.99 0.01 007915 T 0.02 C 0.98 0.04 007968 A 0.06 G 0.94 0.10 008211 T 0.01 C 0.99 0.01 008574 T 0.01 C 0.99 0.01 008600 A 0.01 C 0.99 0.01 008661 T 0.28 C 0.72 0.40 009425 A 0.01 T 0.99 0.01 009432 C 0.01 G 0.99 0.02 009684 A 0.01 G 0.99 0.01 009792 C 0.04 T 0.96 0.08 010078 A 0.01 G 0.99 0.02 010226 G 0.01 A 0.99 0.01 010338 G 0.02 A 0.98 0.04 010351 T 0.01 C 0.99 0.01 010363 T 0.01 C 0.99 0.02 013735 G 0.02 C 0.98 0.04 013793 T 0.03 C 0.97 0.06 013876 T 0.05 C 0.95 0.09 013949 A 0.01 G 0.99 0.01 013995 A 0.07 G 0.93 0.13 014057 T 0.01 C 0.99 0.02 014426 T 0.02 C 0.98 0.04 014435 T 0.01 C 0.99 0.01 014436 A 0.04 G 0.96 0.08 014489 G 0.01 A 0.99 0.01 014904 T 0.01 C 0.99 0.01 014955 A 0.02 G 0.98 0.03 015003 A 0.01 G 0.99 0.01 015052 T 0.01 A 0.99 0.02 015246 T 0.01 A 0.99 0.01 015300 G 0.01 A 0.99 0.01 015321 G 0.01 C 0.99 0.02 015502 T 0.01 A 0.99 0.01 015525 C 0.01 T 0.99 0.01 015582 A 0.11 G 0.89 0.20 015628 G 0.05 T 0.95 0.09 015730 G 0.18 T 0.82 0.30 015956 C 0.03 T 0.97 0.06 016168 C 0.01 T 0.99 0.02 016375 G 0.01 A 0.99 0.01 016517 A 0.01 G 0.99 0.01 016578 A 0.01 G 0.99 0.01 016657 T 0.01 C 0.99 0.01 016761 G 0.11 T 0.89 0.19 016892 T 0.01 C 0.99 0.01 016897 A 0.13 G 0.87 0.23 017002 T 0.02 C 0.98 0.04 021914 G 0.08 C 0.92 0.14 022034 T 0.01 C 0.99 0.02 022168 A 0.01 G 0.99 0.01 022216 G 0.09 A 0.91 0.17 022272 G 0.01 A 0.99 0.01 022846 T 0.02 C 0.98 0.04 022849 T 0.01 G 0.99 0.01 023147 - 0.08 + 0.92 0.15 023197 C 0.15 G 0.85 0.26 023256 A 0.01 G 0.99 0.01 023331 A 0.15 T 0.85 0.25 023409 A 0.08 G 0.92 0.15 023464 A 0.01 G 0.99 0.01 023591 A 0.01 G 0.99 0.01 023645 T 0.01 A 0.99 0.02 023848 G 0.16 A 0.84 0.27 023871 G 0.16 A 0.84 0.27 023926 T 0.15 C 0.85 0.25 023937 A 0.48 G 0.52 0.50 023990 G 0.01 C 0.99 0.01 024032 T 0.01 C 0.99 0.01 024135 A 0.01 C 0.99 0.01 024138* 024211 T 0.02 C 0.98 0.03 024280 T 0.01 C 0.99 0.01 024474 C 0.06 A 0.94 0.11 024549 T 0.15 A 0.85 0.25 024676 A 0.15 G 0.85 0.25 024735 G 0.14 A 0.86 0.24 024771 C 0.14 G 0.86 0.24 024894 A 0.14 G 0.86 0.24 024910 C 0.02 T 0.98 0.03 025000 C 0.01 T 0.99 0.01 025094 A 0.02 C 0.98 0.03 025343 A 0.16 G 0.84 0.27 025575 G 0.01 A 0.99 0.01 025794 C 0.06 T 0.94 0.11 025800 G 0.01 T 0.99 0.01 025885 T 0.04 C 0.96 0.08 026097 A 0.09 T 0.91 0.17 026224 A 0.12 G 0.88 0.20 026247 C 0.02 A 0.98 0.04 026379 G 0.01 A 0.99 0.01 026406 T 0.01 C 0.99 0.03 026452 A 0.01 G 0.99 0.01 026512 + 0.01 - 0.99 0.01 026567 - 0.01 + 0.99 0.01 026690 G 0.16 T 0.84 0.27 026733 G 0.25 T 0.75 0.37 026968 T 0.01 C 0.99 0.01 026986 T 0.01 C 0.99 0.01 027498 T 0.01 C 0.99 0.02 027817 T 0.13 C 0.87 0.23 027852 A 0.02 G 0.98 0.03 027880 G 0.13 T 0.87 0.23 027987 A 0.02 G 0.98 0.04 027999 A 0.01 G 0.99 0.01 028142 - 0.01 + 0.99 0.01 028223 T 0.01 C 0.99 0.01 028276 C 0.10 T 0.90 0.19 028379 A 0.01 G 0.99 0.01 028940 C 0.01 T 0.99 0.01 029126 A 0.10 G 0.90 0.19 029584 G 0.01 A 0.99 0.01 029674 + 0.01 - 0.99 0.01 029709 T 0.01 G 0.99 0.02 030084 A 0.01 G 0.99 0.01 030114 T 0.01 G 0.99 0.01 030202 C 0.01 G 0.99 0.01 030286 C 0.09 A 0.91 0.17 030551 A 0.01 G 0.99 0.01 030554 C 0.01 T 0.99 0.01 030674 C 0.01 G 0.99 0.01 030730 G 0.01 C 0.99 0.01 031209 A 0.01 G 0.99 0.01 031213 G 0.01 A 0.99 0.01 031241 G 0.01 A 0.99 0.01 031279 G 0.01 A 0.99 0.01 035606 G 0.01 A 0.99 0.01 035667 + 0.01 - 0.99 0.01 035794 A 0.01 G 0.99 0.02 035796 A 0.01 G 0.99 0.01 036769 T 0.01 C 0.99 0.01 036899 G 0.08 A 0.92 0.15 036928 T 0.01 C 0.99 0.01 037225 A 0.14 G 0.86 0.24 037353 T 0.10 C 0.90 0.18 037603 T 0.01 C 0.99 0.02 037616 A 0.12 G 0.88 0.21 037617 C 0.10 A 0.90 0.18 037658 A 0.01 G 0.99 0.01 037719 G 0.10 A 0.90 0.17 037721 A 0.01 G 0.99 0.01 041380 C 0.01 T 0.99 0.02 041518 G 0.10 A 0.90 0.18 041539 G 0.15 A 0.85 0.25 041583 T 0.01 G 0.99 0.03 042192 G 0.46 A 0.54 0.50 042219 T 0.41 C 0.59 0.48 042375 + 0.01 - 0.99 0.01 042395 A 0.11 C 0.89 0.19 042461 G 0.01 A 0.99 0.01 042480 C 0.01 T 0.99 0.01 042486 G 0.03 C 0.97 0.05 042668 T 0.01 C 0.99 0.01 042846 G 0.01 C 0.99 0.02 042930 T 0.21 C 0.79 0.34 042959 + 0.08 - 0.92 0.15 043189 T 0.01 C 0.99 0.02 043434 A 0.08 G 0.92 0.15 043506 G 0.06 A 0.94 0.11 043565 A 0.01 C 0.99 0.01 043572 T 0.02 C 0.98 0.04 043656 A 0.07 G 0.93 0.14 043772 A 0.01 G 0.99 0.01 044267 G 0.12 A 0.88 0.21 044642 A 0.01 G 0.99 0.03 044695 G 0.01 C 0.99 0.03 044783 T 0.01 C 0.99 0.01 044882 G 0.43 A 0.57 0.49 045157 T 0.04 C 0.96 0.08 Note: pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000779: GTATTAGGGCTGGCACT 001692: GCCGGGCAGGTGGAG 001815: TGCTGGAGTGGTCGGGTCGG 001847: AGC 002023: GCGAGGGC 023147: TG 026512: GCGACTGCGGAGGACGAGC 026567: gggactgcggagagtagc 028142: TCTT 029674: A 035667: C 042375: GTTT 042959: TGAA * Site 24138 was observed to have 3 alleles. The frequency for each allele is given below. Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Allele3 Total-pop 024138 C 0.02 A 0.12 T 0.86