************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /net/nickerson/lims/bin/phase/PHASE2 -d1 tmlss.phase.inp tmlss.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST tmlss.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates tmlss.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual tmlss.phase.out_recom : estimates of recombination parameters tmlss.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 95 Number of Loci: 34 Positions of loci: 603 713 813 1269 17468 18628 19181 19352 19354 19374 19383 19413 19425 19489 19601 19851 20092 20956 20971 22785 23165 26180 26242 27871 28186 28350 29242 29512 29883 30511 30594 30908 32896 34416 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file tmlss.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CAGCCGTGATCTAITGTAGATDGTGGGGGTAIAC 1.000000 2 CAGCCGTGATCTAITGTAGATDGTGGGGGTADAC 2.000000 3 CAGCGACCGCTTADTACGATCIGTGGAGACCDAC 1.000000 4 CAGCGACCGCTTADTACGATCIATATAGACCIAC 1.000000 5 CAGCGACCGCTCGITACGATCIGTGGAGACCIAC 2.000000 6 CAGCGACCGCTCGDTACGATCIGTGGAGACAIAC 1.000000 7 CAGCGACCGCTCGDTACGATCIGTGGAGACCIAC 17.000000 8 CAGCGACCGCTCGDTACGATCIGTGGAGACCDAC 59.000000 9 CAGCGACCGCTCGDTACGATCIGTGGAGACCDTT 1.000000 10 CAGCGACCGCTCGDTACGATCIGTGGAGATAIAC 1.000000 11 CAGCGACCGCTCGDTACGATCIGTGGAGGCAIAC 1.000000 12 CAGCGACCGCTCGDTACGATCIGTGGAGGTAIAC 5.000000 13 CAGCGACCGCTCGDTACGATCIGTATAGACCITT 1.000000 14 CAGCGACCGCTCGDTACGATCIATATAGACCITT 12.000000 15 CAGCGACCGCTCGDTACGATCIATATAGACCDTT 4.000000 16 CAGCGACGATCTAICGTAGATDGTGGGGACAIAC 1.000000 17 CAGCGATGATCTAITGCGATCIGTGGAGACCDAC 2.000000 18 CAGACGTGATCTAITGTAGATDGTGGGGGTAIAC 5.000000 19 CAGACGTGATCTAITGTAGATDGCGGGAATAIAC 1.000000 20 CAACCGTGATCTAITGTAGATDGTGGGGGTAIAC 1.000000 21 CAAACGCGATCTAITGTAGATDGTGGGGGTAIAC 1.000000 22 CAAACGTGATCTAITGTAGATIGTGGGGGTAIAC 1.000000 23 CAAACGTGATCTAITGTAGATDGTGGGGGCCITT 1.000000 24 CAAACGTGATCTAITGTAGATDGTGGGGGTAIAC 30.000000 25 CAAACGTGATCTAITGTAGATDGTGGGGGTADAC 2.000000 26 CAAACGTGATCCAITGTAGATDGTGGGGGTAIAC 1.000000 27 CGGCCGTGATCTAITGTAGATDGTGGGGATAIAC 1.000000 28 CGGCCGTGATCTAITGTAGATDGCGGGAACAIAC 1.000000 29 CGGACGTGATCTAITGTAGATDGCGGGAATAIAC 6.000000 30 CGGACGTGATCTAITGTAGATDGCGGGAATAITC 2.000000 31 TAGCCGTGATCTAITGTAGATDGTGGGGACAIAC 5.000000 32 TAGCCGTGATCTAITGTAGATDGTGGGGATAIAC 1.000000 33 TAGCCGTGGTCTAICGCGATCIGTGGAGACCDAC 1.000000 34 TAGCCGTGGTCTAICGTAGATIGTGGGGACCIAC 4.000000 35 TAGCCGTGGTCTAICGTAGATIGTGGGGACCITC 2.000000 36 TAGCCGTGGTCTAICGTAGATIGTGGGGACCDAC 2.000000 37 TAGCCGTGGTCTAITGTAGATDGTGGGGACAIAC 1.000000 38 TAGCGACCGCTCGDTACGATCIGTATAGACCIAC 2.000000 39 TAGCGATGGTCTAITGTAGATDGTGGGGACADAC 1.000000 40 TAGCGATGGTCTAITGTAGATDGTGGGGACADTC 5.000000 41 TAGCGATGGTCTADTATAGATDGTGGGGACAIAC 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (16,33) D002: (8,31) D003: (31,38) D004: (18,26) D005: (7,31) D006: (19,36) D007: (24,41) D008: (8,40) D009: (18,37) D010: (7,30) D011: (31,38) D012: (8,29) D013: (27,35) D014: (18,24) D015: (8,29) DY01: (29,29) DY02: (8,40) DY03: (29,39) DY04: (34,34) DY05: (1,30) DY06: (29,34) DY07: (35,40) DY08: (7,13) DY09: (28,40) DY10: (7,23) DY11: (36,40) DY12: (20,34) E101: (2,8) E102: (8,24) E103: (8,14) E104: (7,8) E105: (6,7) E106: (10,24) E107: (24,24) E108: (24,24) E109: (24,24) E110: (14,24) E111: (8,24) E112: (8,14) E113: (7,8) E114: (24,24) E115: (7,8) E116: (7,24) E117: (7,21) E118: (8,24) E119: (8,24) E120: (7,8) E121: (24,24) E122: (5,5) H101: (7,7) H102: (8,8) H103: (8,14) H104: (8,8) H105: (12,24) H106: (8,14) H107: (12,31) H108: (2,9) H109: (8,24) H110: (7,14) H111: (3,4) H112: (8,8) H113: (8,12) H114: (7,24) H115: (14,32) H116: (8,14) H117: (8,15) H118: (14,15) H119: (8,14) H120: (7,12) H121: (8,8) H122: (7,8) X101: (8,8) X102: (8,8) X103: (8,8) X104: (8,8) X105: (8,24) X106: (8,24) X107: (8,8) X108: (17,24) X109: (14,15) X110: (8,22) X111: (12,18) X112: (8,8) X113: (11,24) X114: (8,24) X115: (8,8) X116: (24,24) X117: (8,8) X118: (8,25) X119: (8,18) X120: (8,8) X121: (15,24) X122: (8,25) X123: (8,14) X124: (8,17) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 (C) A G C (G) (A) (C) [G] [A] [T] C T A I C G T A G A T D G T G G G G A C A I A C (T) A G C (C) (G) (T) [G] G [T] C T A I C G C G A T C I G T G G A G A C C [D] A C 0 D002 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C T A G C C G T G A T C T A I [T] G T A G A T D G T G G G G A C A I A C 0 D003 T A G C C G T G A T C T A I [T] G T A G A T D G T G G G G A C A I A C T A G C G A C C G C T C G D [T] A C G A T C I G T A T A G A C C I A C 0 D004 C A (G) [A] C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C C A (A) [A] C G T G A T C C A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 D005 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C T A G C C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G A C A I A C 0 D006 C A G A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G C G G G A A T A (I) A C T A G C C G T G G T C T A I C G T A G A T I G T G G G G A C C (D) A C 0 D007 C A A A C G T G A T C T A (I) T (G) T A G A T D G T G G G G G T A I A C T A G C G A T G G T C T A (D) T (A) T A G A T D G T G G G G A C A I A C 0 D008 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C T A G C G A T G G T C T A I T G T A G A T D G T G G G G A C A D T C 0 D009 C A G A C G T G (A) T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C T A G C C G T G (G) T C T A I T G T A G A T D G T G G G G A C A I A C 0 D010 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C C G G [A] C G T G A T C T A I T G T A G A T D G C G G G A A T A I T C 0 D011 T A G C C G T G A T C T A I [T] G T A G A T D G T G G G G A C A I A C T A G C G A C C G C T C G D [T] A C G A T C I G T A T A G A C C I A C 0 D012 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C G G A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G C G G G A A T A I A C 0 D013 (C) (G) G C C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G A T A I A C (T) (A) G C C G T G G T C T A I C G T A G A T I G T G G G G A C C I T C 0 D014 C A G A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 D015 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C G G A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G C G G G A A T A I A C 0 DY01 C G G A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G C G G G A A T A I A C C G G A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G C G G G A A T A I A C 0 DY02 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C T A G C G A T G G T C T A I T G T A G A T D G T G G G G A C A D T C 0 DY03 C G G A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G C G G G A A T A I A C T A G C G A T G G T C T A I T G T A G A T D G T G G G G A C A D A C 0 DY04 T A G C C G T G G T C T A I C G T A G A T I G T G G G G A C C I A C T A G C C G T G G T C T A I C G T A G A T I G T G G G G A C C I A C 0 DY05 C A G (C) C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C C G G (A) C G T G A T C T A I T G T A G A T D G C G G G A A T A I T C 0 DY06 C G G A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G C G G G A A T A I A C T A G C C G T G G T C T A I C G T A G A T I G T G G G G A C C I A C 0 DY07 T A G C C G T G G T C T A I C G T A G A T I G T G G G G A C C I T C T A G C G A T G G T C T A I T G T A G A T D G T G G G G A C A D T C 0 DY08 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T A T A G A C C I T [T] 0 DY09 C G G C C G T G A T C T A I T G T A G A T D G C G G G A A C A I (A) C T A G C G A T G G T C T A I T G T A G A T D G T G G G G A C A D (T) C 0 DY10 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G C C I T [T] 0 DY11 T A G C C G T G G T C T A I C G T A G A T I G T G G G G A C C D A C T A G C G A T G G T C T A I T G T A G A T D G T G G G G A C A D T C 0 DY12 C A A C C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C T A G C C G T G G T C T A I C G T A G A T I G T G G G G A C C I A C 0 E101 C A G C C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A D A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 E102 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 E103 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C (D) A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I A T A T A G A C C (I) T T 0 E104 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 E105 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C A I A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C 0 E106 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A T A I A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 E107 C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 E108 C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 E109 C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 E110 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I A T A T A G A C C I T T C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 E111 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 E112 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C (D) A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I A T A T A G A C C (I) T T 0 E113 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 E114 C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 E115 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 E116 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 E117 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C C A A A C G C G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 E118 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 E119 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 E120 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 E121 C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 E122 C A G C G A C C G C T C G I T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C C A G C G A C C G C T C G I T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C 0 H101 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C 0 H102 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 H103 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C (D) A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I A T A T A G A C C (I) T T 0 H104 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 H105 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G G T A I A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 H106 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C (D) A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I A T A T A G A C C (I) T T 0 H107 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G G T A I A C T A G C C G T G A T C T A I [T] G T A G A T D G T G G G G A C A I A C 0 H108 C A G C C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A D (A) (C) C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D (T) (T) 0 H109 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 H110 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I A T A T A G A C C I T T 0 H111 C A G C G A C C G C T T A D T A C G A T C I G T G G A G A C C (D) A C C A G C G A C C G C T T A D T A C G A T C I A T A T A G A C C (I) A C 0 H112 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 H113 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G G T A I A C 0 H114 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 H115 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I A T A T A G A C C I T T T A G C C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G A T A I A C 0 H116 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C (D) A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I A T A T A G A C C (I) T T 0 H117 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I A T A T A G A C C D T T 0 H118 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I A T A T A G A C C I T T C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I A T A T A G A C C D T T 0 H119 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C (D) A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I A T A T A G A C C (I) T T 0 H120 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G G T A I A C 0 H121 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 H122 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C I A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 X101 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 X102 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 X103 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 X104 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 X105 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 X106 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 X107 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 X108 C A G C G A T [G] [A] [T] C [T] A I T G C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 X109 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I A T A T A G A C C I T T C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I A T A T A G A C C D T T 0 X110 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T I G T G G G G G T A I A C 0 X111 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G G T A I A C C A G A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 X112 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 X113 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G G (C) A I A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G (T) A I A C 0 X114 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 X115 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 X116 C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 X117 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 X118 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A D A C 0 X119 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A I A C 0 X120 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C 0 X121 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I A T A T A G A C C (D) T T C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A (I) A C 0 X122 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A A A C G T G A T C T A I T G T A G A T D G T G G G G G T A D A C 0 X123 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C (D) A C C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I A T A T A G A C C (I) T T 0 X124 C A G C G A C C G C T C G D T A C G A T C I G T G G A G A C C D A C C A G C G A T [G] [A] [T] C T A I T G C G A T C I G T G G A G A C C D A C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 (C) = = = (G) (A) (C) ? ? ? ? = = = = = ? A G A ? D = = = ? ? = = = A ? = ? (T) = = = (C) (G) (T) ? ? ? ? = = = = = ? G A T ? I = = = ? ? = = = C ? = ? 0 D002 C = = = G A ? C G C ? C G D ? ? ? G A T ? I = = = ? A = = = C D = = T = = = C G ? G A T ? T A I ? ? ? A G A ? D = = = ? G = = = A I = = 0 D003 = = = = C G T G A T C T A I ? ? T A G A T D = = G G G = = = A = = = = = = = G A C C G C T C G D ? ? C G A T C I = = A T A = = = C = = = 0 D004 = = (G) ? = = = = = = = T ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = (A) ? = = = = = = = C ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? 0 D005 C = = = G A C C G C ? C G D = A ? G A T C I = = = ? A = = = C = = ? T = = = C G T G A T ? T A I = G ? A G A T D = = = ? G = = = A = = ? 0 D006 C = = A = = = = A = = = = = T = = = = = = D = C = = = A = T A (I) = ? T = = C = = = = G = = = = = C = = = = = = I = T = = = G = C C (D) = ? 0 D007 C = A A C G = = A = = = = (I) = (G) = = = = = = = = = = = = G T = = = ? T = G C G A = = G = = = = (D) = (A) = = = = = = = = = = = = A C = = = ? 0 D008 C = = = = = ? ? ? ? ? ? ? D = A ? ? ? T C ? ? = = ? A = = ? ? = A ? T = = = = = ? ? ? ? ? ? ? I = G ? ? ? A T ? ? = = ? G = = ? ? = T ? 0 D009 C = = A = = = = (A) = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = G T = = = = T = = C = = = = (G) = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = A C = = = = 0 D010 = A = ? G A C C G C T C G D ? A C G A ? C I = T = = A G = C C = A = = G = ? C G T G A T C T A I ? G T A G ? T D = C = = G A = T A = T = 0 D011 = = = = C G T G A T C T A I ? G T A G A T D = = G G G = = = A = = = = = = = G A C C G C T C G D ? A C G A T C I = = A T A = = = C = = = 0 D012 = A = C G A ? C G C T C G D = A ? G A T C I = T = = A G = C C D = = = G = A C G ? G A T C T A I = G ? A G A T D = C = = G A = T A I = = 0 D013 (C) (G) = = = = = = A = = = = = T = = = = = = D = = = = = = = T A = A = (T) (A) = = = = = = G = = = = = C = = = = = = I = = = = = = = C C = T = 0 D014 = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 D015 = A = C G A C C G C T C G D = A ? G A T C I = T = = A G = C C D = = = G = A C G T G A T C T A I = G ? A G A T D = C = = G A = T A I = = 0 DY01 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = ? 0 DY02 C = = = = = C C = C T C G D ? A ? G A T C I = = = = A = = = C = A ? T = = = = = T G = T C T A I ? G ? A G A T D = = = = G = = = A = T ? 0 DY03 C G = A C G = = A = = = = = = = = = = ? = = = C = = = A = T = I = ? T A = C G A = = G = = = = = = = = = = ? = = = T = = = G = C = D = ? 0 DY04 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? 0 DY05 = A = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = G G = = = A = = G = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = A A = = = T = 0 DY06 C G = ? = = = = A = = = = = T = = = = = = D = C = = = A = T A = = ? T A = ? = = = = G = = = = = C = = = = = = I = T = = = G = C C = = ? 0 DY07 = = = = C G = = = = = = = = C = = = = ? = I = = = = = = = = C I = = = = = = G A = = = = = = = = T = = = = ? = D = = = = = = = = A D = = 0 DY08 ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G G = = = = = = A ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T = = = = = = T ? 0 DY09 C G = = C G = = A = = = = = = = = = = ? = = = C = = = A = = = I (A) = T A = = G A = = G = = = = = = = = = = ? = = = T = = = G = = = D (T) = 0 DY10 = = G ? G A C C G C T C G D ? A C G A ? C I = = = = A = A = = = A ? = = A ? C G T G A T C T A I ? G T A G ? T D = = = = G = G = = = T ? 0 DY11 = = = = C G = = = = = = = = C = = = = = = I = = = = = = = = C = A = = = = = G A = = = = = = = = T = = = = = = D = = = = = = = = A = T = 0 DY12 C = A = = = = = A = = = = = T = = = = ? ? D = = = = = = G T A = = = T = G = = = = = G = = = = = C = = = = ? ? I = = = = = = A C C = = = 0 E101 = = = = C ? ? G A T C T A I ? ? ? A G ? T D = = = = ? = G T A = = = = = = = G ? ? C G C T C G D ? ? ? G A ? C I = = = = ? = A C C = = = 0 E102 = = G C G A C C G C T C G D ? A ? ? ? T C ? ? = = = A = A C C D = = = = A A C G T G A T C T A I ? G ? ? ? A T ? ? = = = G = G T A I = = 0 E103 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = G G = = = = = (D) A C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = A = A T = = = = = (I) T T 0 E104 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = 0 E105 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = 0 E106 = = G C G A C C G C T C G D = A ? G A T C I = = = = A = A = = = = ? = = A A C G T G A T C T A I = G ? A G A T D = = = = G = G = = = = ? 0 E107 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E108 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? 0 E109 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? 0 E110 = = G C G A C C G C T C G D ? A C G A T C I A = A T A = A C C = T T = = A A C G T G A T C T A I ? G T A G A T D G = G G G = G T A = A C 0 E111 = = G ? G A C C G C T C G D ? ? ? G A T C I = = = = A = A C C D = = = = A ? C G T G A T C T A I ? ? ? A G A T D = = = = G = G T A I = = 0 E112 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = G G = = = = = (D) A C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = A = A T = = = = = (I) T T 0 E113 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = 0 E114 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = 0 E115 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = ? 0 E116 = = G C ? A C C G C T C G D = A ? G A ? C I = = = = A = A C C = = ? = = A A ? G T G A T C T A I = G ? A G ? T D = = = = G = G T A = = ? 0 E117 = = G ? G A = C G C T C G D ? ? ? G A ? C I = = = = A = A C C = = ? = = A ? C G = G A T C T A I ? ? ? A G ? T D = = = = G = G T A = = ? 0 E118 = = G C G A C C G C T C G D ? A ? G A T C I = = = = A = A C C D = = = = A A C G T G A T C T A I ? G ? A G A T D = = = = G = G T A I = = 0 E119 = = G C G A C C G C T C G D ? ? ? G A ? C I = = = = A = A C C D = = = = A A C G T G A T C T A I ? ? ? A G ? T D = = = = G = G T A I = = 0 E120 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = ? 0 E121 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = 0 E122 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0 H101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H102 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H103 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = G G ? = = = = (D) A C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = A = A T ? = = = = (I) T T 0 H104 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H105 = = G C G A C C G C T C G D = A ? G A ? C I = = = = A = = = = = = = = = A A C G T G A T C T A I = G ? A G ? T D = = = = G = = = = = = = 0 H106 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = G = G G = = = = = (D) A C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = A = A T = = = = = (I) T T 0 H107 C ? ? = G A C C G C T C G D ? A ? G A ? C I = = = = A = G T = = ? = T ? ? = C G T G A T C T A I ? G ? A G ? T D = = = = G = A C = = ? = 0 H108 = = = = C G T G A T C T A I ? ? ? A G A T D = = = = G = G T A = (A) (C) = = = = G A C C G C T C G D ? ? ? G A T C I = = = = A = A C C = (T) (T) 0 H109 = = G C G A ? C G C T C G D ? A ? G A T C I = = = = A = A C C D = = = = A A C G ? G A T C T A I ? G ? A G A T D = = = = G = G T A I = = 0 H110 = ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = G G = = = = = = A ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = A = A T = = = = = = T ? 0 H111 = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = G = G G = = = = = (D) = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = A = A T = = = = = (I) = ? 0 H112 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0 H113 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A C C D = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G T A I = ? 0 H114 = = G C G A C C G C T C G D ? A ? G A T C I = = = = A = A C C = = = = = A A C G T G A T C T A I ? G ? A G A T D = = = = G = G T A = = = 0 H115 C = = = G A C C G C T C G D = A C G A T C I A = A ? A = = C C = T T T = = = C G T G A T C T A I = G T A G A T D G = G ? G = = T A = A C 0 H116 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = G G = = = = = (D) A C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = A = A T = = = = = (I) T T 0 H117 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = G G = = = = = = A ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = A = A T = = = = = = T ? 0 H118 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = ? 0 H119 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = G G = = = = = (D) A C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = A = A T = = = = = (I) T T 0 H120 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = A C C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = G T A = = = 0 H121 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H122 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = D = = 0 X101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X102 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X103 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X104 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X105 = = G C G A C C G C T C G D ? A ? G A T C I = = = = A = A C C D = = = = A A C G T G A T C T A I ? G ? A G A T D = = = = G = G T A I = = 0 X106 = = G C G A C C G C T C G D ? A ? G A T C I = = = = A = A C C D = = = = A A C G T G A T C T A I ? G ? A G A T D = = = = G = G T A I = = 0 X107 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 0 X108 = = G C G A = ? ? ? ? ? ? = = = ? G A T C I = = = = A = A C C D = = = = A A C G = ? ? ? ? ? ? = = = ? A G A T D = = = = G = G T A I = = 0 X109 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = D = = 0 X110 = = G C G A C C G C T C G D ? A ? G A T C = = = = = A = A C C D = = = = A A C G T G A T C T A I ? G ? A G A T = = = = = G = G T A I = = 0 X111 = = = C G A C C G C T C G D = A ? G A T C I = = = = A = = = = = = = = = = A C G T G A T C T A I = G ? A G A T D = = = = G = = = = = = = 0 X112 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X113 = = G C G A C C G C T C G D ? A ? G A T C I = = = = A = = (C) = = = = = = A A C G T G A T C T A I ? G ? A G A T D = = = = G = = (T) = = = = 0 X114 = = G C G A C C G C T C G D = A ? G A T C I = = = = A = A C C D = ? = = A A C G T G A T C T A I = G ? A G A T D = = = = G = G T A I = ? 0 X115 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 X116 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0 X117 = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 X118 = = G C G ? C C G C T C G D = A ? G A T C I = = = = A = A C C = = = = = A A C ? T G A T C T A I = G ? A G A T D = = = = G = G T A = = = 0 X119 = = = C G A C C G C T C G D ? A ? G A T C I = = = = A = A C C D = = = = = A C G T G A T C T A I ? G ? A G A T D = = = = G = G T A I = = 0 X120 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X121 = = G C G A C C G C T C G D = A C G A T C I A = A T ? = A C C (D) T T = = A A C G T G A T C T A I = G T A G A T D G = G G ? = G T A (I) A C 0 X122 = = G C G A C C G C T C G D ? A ? G A T C I = = = = A = A C C = = = = = A A C G T G A T C T A I ? G ? A G A T D = = = = G = G T A = = = 0 X123 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = G G = = = = = (D) A C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = A = A T = = = = = (I) T T 0 X124 = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? D = A = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? I = G = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS 0.59 = = = 0.59 0.59 0.59 ? ? ? ? = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = ? ? = = = 1.00 ? = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 0.51 ? = = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = = = 1.00 = = ? 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 0.89 = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 0.66 = 0.65 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 ? ? = = ? 1.00 = = ? ? = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = = 0.55 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 0.98 = = 0.59 0.58 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = ? 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 0.95 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = 0.77 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 0.97 = 1.00 1.00 = ? = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 0.99 = = = = = = 0.99 ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 0.99 0.86 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 0.96 ? = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 0.97 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = ? ? 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 0.87 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 0.94 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 0.88 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.97 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = = 0.87 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 0.87 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 0.99 0.96 = = ? = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 0.50 0.50 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.97 = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 ? = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 0.82 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 0.88 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 0.87 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.97 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? ? = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 0.53 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.97 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 0.78 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 0.87 1.00 1.00 = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = END PHASEPROBS