Site Genotype1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 HD-chi2 XD-chi2 Total-chi2 000108 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 1 0 1 TT 27 22 20 24 93 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 000163 GG 0 0 0 0 0 GT 0 0 0 1 1 TT 27 22 21 23 93 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 000173 CC 21 22 20 24 87 CT 6 0 1 0 7 TT 0 0 0 0 0 0.422 0.000 0.012 0.000 0.141 000174 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 27 22 21 23 93 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 000277 CC 0 0 0 0 0 CT 9 0 1 0 10 TT 18 22 20 24 84 1.080 0.000 0.012 0.000 0.297 000326 CC 24 22 21 24 91 CG 3 0 0 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.093 0.000 0.000 0.000 0.025 000569 AA 0 0 0 0 0 AG 3 0 0 0 3 GG 24 22 20 22 88 0.093 0.000 0.000 0.000 0.026 000626 -- 9 17 7 4 37 +- 12 5 9 10 36 ++ 6 0 4 8 18 0.270 0.362 0.126 0.079 2.715 001277 CC 27 22 22 22 93 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 1 1 0.000 0.000 0.000 9.967 41.548 001331 CC 27 21 21 24 93 CT 0 0 1 0 1 TT 0 1 0 0 1 0.000 22.000 0.012 0.000 41.548 001344 AA 0 0 0 0 0 AG 0 2 0 0 2 GG 27 20 22 24 93 0.000 0.050 0.000 0.000 0.011 001448 AA 1 0 0 0 1 AG 3 0 0 0 3 GG 23 22 22 24 91 3.099 0.000 0.000 0.000 13.993 001571 -- 0 0 0 0 0 +- 4 0 0 0 4 ++ 23 22 21 24 90 0.173 0.000 0.000 0.000 0.044 001842 CC 26 20 18 22 86 CT 0 2 3 1 6 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.050 0.124 0.011 0.105 001855 GG 27 22 21 22 92 GT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 001861 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 1 0 1 TT 27 22 21 23 93 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 001903 GG 0 0 0 0 0 GT 0 0 0 2 2 TT 27 22 22 21 92 0.000 0.000 0.000 0.048 0.011 002043 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 1 0 1 TT 27 22 21 23 93 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 002061 CC 15 15 17 20 67 CT 10 7 4 3 24 TT 2 0 1 0 3 0.034 0.787 1.144 0.112 0.217 002381 CC 26 22 14 23 85 CT 0 0 6 0 6 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.623 0.000 0.106 002602 AA 0 0 0 0 0 AG 0 2 1 0 3 GG 26 20 19 22 87 0.000 0.050 0.013 0.000 0.026 002694 AA 0 0 0 0 0 AG 0 2 2 1 5 GG 27 20 20 23 90 0.000 0.050 0.050 0.011 0.069 002719 AA 26 22 22 24 94 AT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 002811 AA 0 0 0 0 0 AG 3 0 0 0 3 GG 24 22 22 23 91 0.093 0.000 0.000 0.000 0.025 002882 AA 0 0 0 0 0 AC 0 1 0 0 1 CC 27 21 22 23 93 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 002934 CC 27 22 22 22 93 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 003042 CC 26 22 22 23 93 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 003054 AA 27 22 22 22 93 AG 0 0 0 1 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 003084 CC 27 22 21 23 93 CT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 003267 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 21 22 91 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 003273 AA 0 0 0 0 0 AG 6 0 2 0 8 GG 21 22 19 22 84 0.422 0.000 0.053 0.000 0.190 003560 AA 0 0 0 0 0 AC 1 0 0 0 1 CC 26 22 20 24 92 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 003639 GG 27 22 18 21 88 GT 0 0 2 3 5 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.055 0.107 0.071 003854 CC 22 19 20 21 82 CT 5 3 2 3 13 TT 0 0 0 0 0 0.281 0.118 0.050 0.107 0.512 004215 CC 26 19 20 20 85 CT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 004216 GG 0 0 1 0 1 GT 4 4 5 1 14 TT 22 15 15 19 71 0.181 0.263 0.429 0.013 0.107 004286 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 19 19 19 17 74 0.013 0.000 0.000 0.000 0.003 004629 AA 1 0 0 0 1 AG 3 0 0 3 6 GG 23 22 20 21 86 3.099 0.000 0.000 0.107 4.351 004776 CC 24 21 22 23 90 CG 0 0 0 1 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 004792 AA 21 21 22 24 88 AG 3 0 0 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.107 0.000 0.000 0.000 0.026 004920 AA 18 22 22 24 86 AG 5 0 0 0 5 GG 0 0 0 0 0 0.342 0.000 0.000 0.000 0.073 005247 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 1 0 1 GG 22 22 21 23 88 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 005525 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 2 2 4 GG 27 20 19 19 85 0.000 0.000 0.053 0.053 0.047 005990 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 22 23 93 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 006022 AA 1 0 1 0 2 AC 6 6 5 2 19 CC 20 16 16 21 73 0.386 0.548 0.499 0.048 0.325 006255 CC 21 15 16 16 68 CT 0 2 1 1 4 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.066 0.016 0.016 0.059 006264 AA 0 0 0 0 0 AC 5 0 1 0 6 CC 16 17 16 17 66 0.383 0.000 0.016 0.000 0.136 006951 CC 21 22 22 24 89 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.012 0.000 0.000 0.000 0.003 006975 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 21 22 22 24 89 0.012 0.000 0.000 0.000 0.003 007001 CC 21 22 22 24 89 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.012 0.000 0.000 0.000 0.003 007013 CC 21 22 22 24 89 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.012 0.000 0.000 0.000 0.003 007035 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 0 0 1 TT 21 22 22 24 89 0.012 0.000 0.000 0.000 0.003 007249 AA 27 22 21 24 94 AG 0 0 1 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 007425 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 22 24 94 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 008248 CC 0 0 0 0 0 CG 1 0 0 0 1 GG 26 22 21 24 93 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 008421 CC 23 14 19 18 74 CT 3 8 1 5 17 TT 0 0 0 0 0 0.097 1.086 0.013 0.342 0.966 008648 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 0 0 1 GG 27 21 22 23 93 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 008760 CC 20 21 16 8 65 CG 7 1 3 11 22 GG 0 0 0 4 4 0.599 0.012 0.140 0.004 1.353 009175 CC 27 21 18 22 88 CT 0 1 3 2 6 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.124 0.045 0.102 009187 GG 26 22 21 24 93 GT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 009222 -- 0 0 0 0 0 +- 0 1 3 2 6 ++ 27 21 18 22 88 0.000 0.012 0.124 0.045 0.102 009542 AA 25 21 18 9 73 AG 2 1 4 11 18 GG 0 0 0 4 4 0.040 0.012 0.220 0.042 3.722 009653 AA 0 0 0 0 0 AG 0 2 0 0 2 GG 27 20 22 24 93 0.000 0.050 0.000 0.000 0.011 010030 CC 24 22 22 24 92 CT 3 0 0 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.093 0.000 0.000 0.000 0.024 010158 CC 26 22 22 24 94 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 010236 AA 0 0 0 0 0 AG 3 0 0 0 3 GG 24 22 22 24 92 0.093 0.000 0.000 0.000 0.024 010239 GG 2 0 0 4 6 GT 12 3 8 13 36 TT 13 19 14 7 53 0.117 0.118 1.086 0.243 0.001 010500 AA 26 22 22 24 94 AT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 010518 AA 0 0 0 4 4 AG 11 3 8 12 34 GG 15 19 14 7 55 1.872 0.118 1.086 0.087 0.194 010545 GG 27 22 21 24 94 GT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 010566 GG 26 21 22 24 93 GT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 010785 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 1 0 1 GG 27 21 21 24 93 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 011584 CC 23 21 22 23 89 CT 3 0 0 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.097 0.000 0.000 0.000 0.025 011609 CC 26 21 20 21 88 CT 0 0 1 2 3 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.048 0.026 011616 CC 26 21 20 23 90 CG 0 0 1 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 011646 -- 24 21 21 22 88 +- 2 0 1 0 3 ++ 0 0 0 0 0 0.042 0.000 0.012 0.000 0.026 012631 CC 25 21 19 9 74 CG 0 0 2 11 13 GG 0 0 0 3 3 0.000 0.000 0.053 0.016 4.972 012638 GG 25 21 21 23 90 GT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 012653 AA 11 9 12 6 38 AG 13 11 6 14 44 GG 1 1 4 3 9 1.417 1.068 3.035 1.308 0.530 012991 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 2 2 6 GG 25 21 20 22 88 0.040 0.000 0.050 0.045 0.102 013170 -- 0 1 0 0 1 +- 0 0 2 0 2 ++ 27 20 20 24 91 0.000 21.000 0.050 0.000 22.489 013393 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 27 21 22 23 93 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 013881 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 1 0 1 GG 27 22 21 24 94 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 013945 AA 0 0 0 0 0 AG 3 9 1 3 16 GG 24 13 21 21 79 0.093 1.455 0.012 0.107 0.803 013985 CC 0 0 0 0 0 CT 3 0 0 0 3 TT 24 22 22 24 92 0.093 0.000 0.000 0.000 0.024 014014 CC 26 22 22 24 94 CG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 014120 CC 0 0 0 4 4 CT 9 0 4 12 25 TT 18 22 18 8 66 1.080 0.000 0.220 0.020 0.657 014363 CC 26 21 22 24 93 CG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 014432 AA 0 0 0 0 0 AC 1 0 0 0 1 CC 26 21 22 24 93 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 014607 AA 26 18 22 21 87 AC 0 1 0 0 1 CC 0 0 0 0 0 0.000 0.014 0.000 0.000 0.003 014721 CC 0 0 0 0 0 CT 0 1 0 0 1 TT 26 18 22 21 87 0.000 0.014 0.000 0.000 0.003 014733 CC 0 0 0 0 0 CG 2 0 0 0 2 GG 24 19 22 21 86 0.042 0.000 0.000 0.000 0.012 014778 CC 0 0 0 0 0 CG 3 8 1 3 15 GG 23 11 21 18 73 0.097 1.351 0.012 0.124 0.764 014962 CC 21 21 21 23 86 CG 6 0 1 0 7 GG 0 0 0 0 0 0.422 0.000 0.012 0.000 0.142 015609 CC 24 22 22 24 92 CT 3 0 0 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.093 0.000 0.000 0.000 0.024 015750 AA 26 22 22 24 94 AT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 015803 CC 1 0 0 6 7 CT 12 9 7 13 41 TT 14 13 15 5 47 0.667 1.455 0.787 0.174 0.230 015917 -- 26 22 22 23 93 +- 1 0 0 0 1 ++ 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 015961 AA 0 0 0 0 0 AC 0 0 0 1 1 CC 27 21 22 23 93 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 016421 AA 27 19 22 23 91 AG 0 2 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.053 0.000 0.000 0.011 016527 AA 5 9 10 3 27 AG 14 11 7 7 39 GG 8 1 5 13 27 0.068 1.068 2.381 1.431 2.419 016868 AA 24 21 19 8 72 AG 3 0 3 12 18 GG 0 0 0 4 4 0.093 0.000 0.118 0.020 3.633 017347 CC 0 0 0 0 0 CT 2 0 0 0 2 TT 25 21 22 24 92 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 017649 CC 25 21 19 8 73 CG 0 0 3 12 15 GG 0 0 0 4 4 0.000 0.000 0.118 0.020 5.966 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000626: G 001571: cagaactcggca 009222: ctcattataCAAGTCA 011646: CA 013170: ca 015917: ggggagtccagggctcccggag