Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000108 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 000163 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 000173 T 0.11 0.00 0.02 0.00 0.04 C 0.89 1.00 0.98 1.00 0.96 0.20 0.00 0.05 0.00 0.07 000174 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 000277 C 0.17 0.00 0.02 0.00 0.05 T 0.83 1.00 0.98 1.00 0.95 0.28 0.00 0.05 0.00 0.10 000326 G 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 000569 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 000626 + 0.44 0.11 0.42 0.59 0.40 - 0.56 0.89 0.57 0.41 0.60 0.49 0.20 0.49 0.48 0.48 001277 T 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 C 1.00 1.00 1.00 0.94 0.98 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 001331 T 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 C 1.00 0.95 0.98 1.00 0.98 0.00 0.09 0.04 0.00 0.03 001344 A 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 001448 A 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 001571 - 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 + 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 001842 T 0.00 0.05 0.07 0.02 0.03 C 1.00 0.95 0.93 0.98 0.97 0.00 0.09 0.13 0.04 0.06 001855 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 001861 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 001903 G 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 002043 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 002061 T 0.26 0.16 0.14 0.07 0.16 C 0.74 0.84 0.86 0.93 0.84 0.38 0.27 0.24 0.12 0.27 002381 T 0.00 0.00 0.15 0.00 0.03 C 1.00 1.00 0.85 1.00 0.97 0.00 0.00 0.26 0.00 0.06 002602 A 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 G 1.00 0.95 0.97 1.00 0.98 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 002694 A 0.00 0.05 0.05 0.02 0.03 G 1.00 0.95 0.95 0.98 0.97 0.00 0.09 0.09 0.04 0.05 002719 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 002811 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 002882 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 002934 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 003042 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003054 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 003084 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 003267 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003273 A 0.11 0.00 0.05 0.00 0.04 G 0.89 1.00 0.95 1.00 0.96 0.20 0.00 0.09 0.00 0.08 003560 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003639 T 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 G 1.00 1.00 0.95 0.94 0.97 0.00 0.00 0.10 0.12 0.05 003854 T 0.09 0.07 0.05 0.06 0.07 C 0.91 0.93 0.95 0.94 0.93 0.17 0.13 0.09 0.12 0.13 004215 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 004216 G 0.08 0.11 0.17 0.03 0.09 T 0.92 0.89 0.83 0.97 0.91 0.14 0.19 0.28 0.05 0.17 004286 A 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 004629 A 0.09 0.00 0.00 0.06 0.04 G 0.91 1.00 1.00 0.94 0.96 0.17 0.00 0.00 0.12 0.08 004776 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 004792 G 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 004920 G 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.19 0.00 0.00 0.00 0.05 005247 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 005525 A 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 G 1.00 1.00 0.95 0.95 0.98 0.00 0.00 0.09 0.09 0.04 005990 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 006022 A 0.15 0.14 0.16 0.04 0.12 C 0.85 0.86 0.84 0.96 0.88 0.25 0.24 0.27 0.08 0.21 006255 T 0.00 0.06 0.03 0.03 0.03 C 1.00 0.94 0.97 0.97 0.97 0.00 0.11 0.06 0.06 0.05 006264 A 0.12 0.00 0.03 0.00 0.04 C 0.88 1.00 0.97 1.00 0.96 0.21 0.00 0.06 0.00 0.08 006951 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 006975 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 007001 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 007013 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 007035 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 007249 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 007425 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 008248 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 008421 T 0.06 0.18 0.03 0.11 0.09 C 0.94 0.82 0.97 0.89 0.91 0.11 0.30 0.05 0.19 0.17 008648 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 008760 G 0.13 0.02 0.08 0.41 0.16 C 0.87 0.98 0.92 0.59 0.84 0.23 0.04 0.15 0.48 0.28 009175 T 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03 C 1.00 0.98 0.93 0.96 0.97 0.00 0.04 0.13 0.08 0.06 009187 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 009222 - 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03 + 1.00 0.98 0.93 0.96 0.97 0.00 0.04 0.13 0.08 0.06 009542 G 0.04 0.02 0.09 0.40 0.14 A 0.96 0.98 0.91 0.60 0.86 0.07 0.04 0.17 0.48 0.24 009653 A 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 010030 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 010158 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 010236 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 010239 G 0.30 0.07 0.18 0.44 0.25 T 0.70 0.93 0.82 0.56 0.75 0.42 0.13 0.30 0.49 0.38 010500 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 010518 A 0.21 0.07 0.18 0.43 0.23 G 0.79 0.93 0.82 0.57 0.77 0.33 0.13 0.30 0.49 0.35 010545 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 010566 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 010785 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 011584 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 011609 T 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 C 1.00 1.00 0.98 0.96 0.98 0.00 0.00 0.05 0.08 0.03 011616 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 011646 + 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 - 0.96 1.00 0.98 1.00 0.98 0.07 0.00 0.04 0.00 0.03 012631 G 0.00 0.00 0.05 0.37 0.11 C 1.00 1.00 0.95 0.63 0.89 0.00 0.00 0.09 0.47 0.19 012638 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 012653 G 0.30 0.31 0.32 0.43 0.34 A 0.70 0.69 0.68 0.57 0.66 0.42 0.43 0.43 0.49 0.45 012991 A 0.04 0.00 0.05 0.04 0.03 G 0.96 1.00 0.95 0.96 0.97 0.07 0.00 0.09 0.08 0.06 013170 - 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 + 1.00 0.95 0.95 1.00 0.98 0.00 0.09 0.09 0.00 0.04 013393 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 013881 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 013945 A 0.06 0.20 0.02 0.06 0.08 G 0.94 0.80 0.98 0.94 0.92 0.10 0.33 0.04 0.12 0.15 013985 C 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 014014 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 014120 C 0.17 0.00 0.09 0.42 0.17 T 0.83 1.00 0.91 0.58 0.83 0.28 0.00 0.17 0.49 0.29 014363 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 014432 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 014607 C 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 014721 C 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 014733 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 014778 C 0.06 0.21 0.02 0.07 0.09 G 0.94 0.79 0.98 0.93 0.91 0.11 0.33 0.04 0.13 0.16 014962 G 0.11 0.00 0.02 0.00 0.04 C 0.89 1.00 0.98 1.00 0.96 0.20 0.00 0.04 0.00 0.07 015609 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 015750 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 015803 C 0.26 0.20 0.16 0.52 0.29 T 0.74 0.80 0.84 0.48 0.71 0.38 0.33 0.27 0.50 0.41 015917 + 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 - 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 015961 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 016421 G 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 016527 A 0.44 0.69 0.61 0.28 0.50 G 0.56 0.31 0.39 0.72 0.50 0.49 0.43 0.47 0.41 0.50 016868 G 0.06 0.00 0.07 0.42 0.14 A 0.94 1.00 0.93 0.58 0.86 0.10 0.00 0.13 0.49 0.24 017347 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 017649 G 0.00 0.00 0.07 0.42 0.12 C 1.00 1.00 0.93 0.58 0.88 0.00 0.00 0.13 0.49 0.22 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000626: G 001571: cagaactcggca 009222: ctcattataCAAGTCA 011646: CA 013170: ca 015917: ggggagtccagggctcccggag