Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Total-hz 000229 T 0.48 A 0.52 0.50 000325 A 0.01 G 0.99 0.01 000600 A 0.01 T 0.99 0.01 000851 - 0.03 + 0.97 0.06 001133 A 0.46 T 0.54 0.50 001396 T 0.01 A 0.99 0.01 001409 A 0.01 G 0.99 0.02 001502 C 0.01 T 0.99 0.01 001743 A 0.42 G 0.58 0.49 001803 A 0.01 G 0.99 0.01 001836 T 0.01 A 0.99 0.01 006085 T 0.01 C 0.99 0.01 006132 G 0.01 A 0.99 0.01 006338 T 0.01 C 0.99 0.01 006426 A 0.01 G 0.99 0.02 006595 A 0.01 G 0.99 0.01 006681 G 0.29 A 0.71 0.41 006736 T 0.43 C 0.57 0.49 006764 C 0.01 T 0.99 0.01 006950 C 0.16 T 0.84 0.26 007039 T 0.26 C 0.74 0.38 007101 A 0.01 G 0.99 0.01 007146 G 0.11 A 0.89 0.19 007164 G 0.01 T 0.99 0.01 007344 T 0.01 A 0.99 0.01 007375 T 0.01 A 0.99 0.03 007454 C 0.11 T 0.89 0.20 008128 - 0.01 + 0.99 0.01 008211 G 0.01 A 0.99 0.01 008216 A 0.29 G 0.71 0.41 008279 C 0.44 T 0.56 0.49 008300 C 0.44 T 0.56 0.49 008435 T 0.01 C 0.99 0.01 019017 A 0.01 G 0.99 0.01 019030 G 0.11 A 0.89 0.19 019070 A 0.01 G 0.99 0.01 019149 A 0.11 G 0.89 0.20 019342 C 0.02 T 0.98 0.04 025836 C 0.01 G 0.99 0.02 025985 A 0.01 G 0.99 0.01 026078 G 0.01 C 0.99 0.01 026282 A 0.12 G 0.88 0.21 026290 - 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0.01 + 0.99 0.01 179853 T 0.02 C 0.98 0.03 179883 T 0.01 C 0.99 0.01 180228 A 0.11 C 0.89 0.20 180524 C 0.06 T 0.94 0.12 180913 A 0.01 T 0.99 0.01 181098 A 0.07 C 0.93 0.13 181125 G 0.01 C 0.99 0.02 181131 A 0.01 G 0.99 0.02 181186 C 0.01 T 0.99 0.01 184314 C 0.07 T 0.93 0.13 184452 T 0.01 C 0.99 0.01 184520 T 0.01 C 0.99 0.02 184690 C 0.01 T 0.99 0.01 184849 + 0.01 - 0.99 0.01 184936 C 0.06 T 0.94 0.11 185014 A 0.07 G 0.93 0.12 185763 T 0.01 C 0.99 0.01 185904 G 0.01 C 0.99 0.01 186340 T 0.01 C 0.99 0.01 186496 A 0.07 G 0.93 0.13 186604 T 0.28 A 0.72 0.40 186666 A 0.29 G 0.71 0.42 186721 G 0.24 A 0.76 0.36 186736 A 0.01 G 0.99 0.02 186913 T 0.02 C 0.98 0.03 186945 C 0.01 G 0.99 0.02 187172 T 0.01 C 0.99 0.02 187250 A 0.35 G 0.65 0.46 187556 G 0.01 A 0.99 0.02 187646 - 0.07 + 0.93 0.13 187722 A 0.34 G 0.66 0.45 188093 A 0.19 C 0.81 0.31 188163 A 0.24 G 0.76 0.36 188234 T 0.24 C 0.76 0.36 189215 T 0.01 C 0.99 0.01 190140 - 0.01 + 0.99 0.02 190153 A 0.01 G 0.99 0.01 190208 A 0.02 C 0.98 0.03 190615 G 0.04 A 0.96 0.08 191018 T 0.01 C 0.99 0.01 191229 C 0.21 A 0.79 0.33 191237 T 0.20 G 0.80 0.32 191657 A 0.01 G 0.99 0.01 191933 G 0.01 A 0.99 0.01 192004 A 0.02 G 0.98 0.03 192989 A 0.02 G 0.98 0.05 193452 A 0.01 G 0.99 0.01 193459 T 0.02 C 0.98 0.03 193504 A 0.30 G 0.70 0.42 193505 A 0.30 G 0.70 0.42 193524 A 0.15 C 0.85 0.26 193552 G 0.30 A 0.70 0.42 193651 C 0.30 T 0.70 0.42 193759 T 0.30 C 0.70 0.42 193760 A 0.01 G 0.99 0.02 193927 A 0.01 C 0.99 0.01 194120 C 0.04 A 0.96 0.08 194154 T 0.30 C 0.70 0.42 194244 C 0.01 A 0.99 0.01 194369 A 0.30 G 0.70 0.42 194470 T 0.28 C 0.72 0.40 194496 G 0.01 A 0.99 0.02 194572 C 0.12 G 0.88 0.21 194647 T 0.10 C 0.90 0.17 194648 A 0.34 G 0.66 0.45 194844 A 0.01 G 0.99 0.01 194969 C 0.30 T 0.70 0.42 195226 - 0.04 + 0.96 0.08 195244 C 0.17 A 0.83 0.28 195247 A 0.01 G 0.99 0.01 195254 C 0.01 G 0.99 0.02 195295 G 0.09 T 0.91 0.17 195415 C 0.09 T 0.91 0.17 195506 A 0.01 G 0.99 0.01 195513 T 0.30 A 0.70 0.42 195555 G 0.02 A 0.98 0.04 195633 G 0.30 A 0.70 0.42 195711 C 0.01 T 0.99 0.02 195845 A 0.17 G 0.83 0.28 195876 C 0.01 A 0.99 0.02 195895 G 0.09 A 0.91 0.17 196181 G 0.03 A 0.97 0.07 196602 T 0.10 A 0.90 0.17 196788 - 0.01 + 0.99 0.02 196863 T 0.37 C 0.63 0.47 197079 - 0.01 + 0.99 0.01 197690 C 0.01 A 0.99 0.01 197855 G 0.01 A 0.99 0.02 197899 A 0.16 G 0.84 0.27 197993 A 0.19 G 0.81 0.31 198153 G 0.01 A 0.99 0.02 198170 A 0.18 G 0.82 0.29 198255 T 0.18 C 0.82 0.30 198344 T 0.19 C 0.81 0.31 198492 T 0.21 C 0.79 0.33 198647 T 0.09 C 0.91 0.16 198698 A 0.01 G 0.99 0.01 198745 A 0.03 C 0.97 0.06 198817 G 0.01 C 0.99 0.02 198915 - 0.01 + 0.99 0.02 199031 G 0.01 A 0.99 0.01 199060 A 0.20 G 0.80 0.32 199067 G 0.21 T 0.79 0.33 199111 A 0.29 G 0.71 0.41 199185 C 0.18 A 0.82 0.29 199467 T 0.01 C 0.99 0.01 199536 A 0.15 G 0.85 0.26 199753 C 0.03 T 0.97 0.06 207542 T 0.01 C 0.99 0.01 207641 C 0.01 A 0.99 0.01 207681 T 0.02 C 0.98 0.03 207692 - 0.01 + 0.99 0.01 208022 + 0.01 - 0.99 0.01 208038 G 0.22 T 0.78 0.35 208401 C 0.03 G 0.97 0.07 208416 A 0.27 T 0.73 0.40 208552 C 0.01 G 0.99 0.01 208559 A 0.01 G 0.99 0.01 208578 G 0.19 A 0.81 0.31 208732 A 0.01 G 0.99 0.01 208737 C 0.11 T 0.89 0.20 208814 A 0.19 G 0.81 0.30 208915 - 0.11 + 0.89 0.20 208916 C 0.10 G 0.90 0.18 208960 A 0.02 G 0.98 0.03 209128 A 0.11 C 0.89 0.20 209137 G 0.01 A 0.99 0.02 209232 C 0.02 G 0.98 0.03 209436 C 0.06 T 0.94 0.11 209571 A 0.28 G 0.72 0.40 209584 C 0.25 T 0.75 0.38 209663 T 0.01 G 0.99 0.01 209740 C 0.18 T 0.82 0.30 209994 G 0.26 A 0.74 0.38 210076 - 0.01 + 0.99 0.01 210130 C 0.05 A 0.95 0.10 210218 G 0.01 A 0.99 0.01 210235 A 0.17 T 0.82 0.29 210622 A 0.09 G 0.91 0.16 210923 C 0.11 A 0.89 0.20 210996 - 0.01 + 0.99 0.01 211097 G 0.01 A 0.99 0.01 211336 C 0.20 T 0.80 0.32 211399 T 0.21 A 0.79 0.34 211890 + 0.21 - 0.79 0.33 211961 G 0.24 A 0.76 0.36 211977 A 0.21 G 0.79 0.33 212032 G 0.19 A 0.81 0.31 212097 T 0.04 C 0.96 0.07 212157 T 0.18 C 0.82 0.29 212199 G 0.01 A 0.99 0.01 212216 - 0.01 + 0.99 0.01 212455 - 0.02 + 0.98 0.03 212618 C 0.16 T 0.84 0.28 221158 G 0.12 T 0.88 0.21 221254 G 0.03 T 0.97 0.06 222098 T 0.02 C 0.98 0.04 222418 A 0.01 G 0.99 0.01 222627 G 0.01 T 0.99 0.01 222860 T 0.40 C 0.60 0.48 223007 G 0.01 A 0.99 0.01 223082 G 0.22 T 0.78 0.35 223586 A 0.01 G 0.99 0.01 223641 A 0.10 G 0.90 0.18 223779 A 0.10 G 0.90 0.17 223822 A 0.10 G 0.90 0.17 224079 G 0.12 A 0.88 0.21 224691 G 0.18 C 0.82 0.29 224905 A 0.20 G 0.80 0.32 224964 - 0.01 + 0.99 0.01 226001 T 0.20 G 0.80 0.32 226028 C 0.13 T 0.87 0.23 Note: Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000851: c 008128: a 026290: g 061580: a 063020: t 075852: A 076284: a 082406: AGTGCGATCTTGGCTCACTGCAGC 084139: t 100851: C 101483: C 124641: a 124897: acacacatgattccgtgttgggc 134993: CCTAAACAAAAATGGGAT 150099: gaGA 173396: C 179732: t 184849: a 187646: ag 190140: CATTAGGTCCTTCGCTGCTGACTCCAACCAAACTTTCTACAACTCTTAAAGGATATATATAACCAAA 195226: at 196788: gc 197079: g 198915: a 207692: T 208022: TCTGCTG 208915: t 210076: A 210996: t 211890: TTGT 212216: aaat 212455: tctt 224964: a Tri-allelic sites: Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Allele3 Total-pop 102672 T 0.02 G 0.08 C 0.91