************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 stat2.phase.inp stat2.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST stat2.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates stat2.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual stat2.phase.out_recom : estimates of recombination parameters stat2.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 22 Positions of loci: 744 806 1398 1727 2042 3710 4002 5127 5660 11419 11442 11588 11773 12166 12497 12867 15182 16002 17891 19874 20615 22333 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file stat2.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 ATGAGGGGGACGTAAAGITCTC 133.000000 2 ATGAGGGGGACGGAAAGITCTC 6.000000 3 ATGAGGAGGACCTAGACICCTC 1.000000 4 ATGATAGAAGTCTAGACDCATT 12.000000 5 ATAAGGGGGACGGAAAGITCTC 2.000000 6 ATACGGAGGACCTGGAGICCTC 1.000000 7 ATACGGAGGACCTGGGGICCCC 1.000000 8 ACGAGGGGGACCGGGGGICCCC 1.000000 9 ACACGGAGGACCTGGAGICCTC 3.000000 10 ACACGGAGGACCTGGAGICCCC 10.000000 11 GCGAGGGGGACGTAAAGITCTC 1.000000 12 GCACGGAGGACCTGGGGICCTC 1.000000 13 GCACGGAGGACCTGGGGICCCC 8.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (1,1) P002: (1,1) P003: (5,10) P004: (10,10) P005: (1,1) P006: (1,1) P007: (1,1) P008: (1,2) P009: (1,1) P010: (1,2) P011: (1,10) P012: (1,1) P013: (2,4) P014: (1,3) P015: (1,1) P016: (1,1) P017: (1,13) P018: (1,7) P019: (1,1) P020: (1,1) P021: (1,10) P022: (1,1) P023: (1,1) P024: (1,4) P025: (1,1) P026: (1,1) P027: (1,1) P028: (1,1) P029: (9,10) P030: (1,1) P031: (1,1) P032: (4,13) P033: (1,4) P034: (1,1) P035: (1,4) P036: (1,1) P037: (1,1) P038: (10,10) P039: (1,13) P040: (1,4) P041: (1,13) P042: (1,9) P043: (1,4) P044: (1,4) P045: (1,1) P046: (1,1) P047: (1,1) P048: (1,1) P049: (1,1) P050: (9,11) P051: (1,1) P052: (1,1) P053: (1,5) P054: (1,1) P055: (1,1) P056: (1,13) P057: (1,1) P058: (1,1) P059: (1,1) P060: (1,1) P061: (13,13) P062: (1,2) P063: (1,4) P064: (2,13) P065: (1,1) P066: (1,1) P067: (1,1) P068: (1,1) P069: (1,1) P070: (1,1) P071: (1,4) P072: (1,2) P073: (1,1) P074: (1,1) P075: (1,1) P076: (1,1) P077: (1,1) P078: (1,4) P079: (1,1) P080: (6,10) P081: (1,1) P082: (1,1) P083: (1,1) P084: (1,4) P085: (1,1) P086: (1,1) P087: (1,10) P088: (8,12) P089: (1,1) P090: (1,1) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P002 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P003 A T A A G G G G G A C G G A A A G I T C T C A C A C G G A G G A C C T G G A G I C C C C 0 P004 A C A C G G A G G A C C T G G A G I C C C C A C A C G G A G G A C C T G G A G I C C C C 0 P005 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P006 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P007 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P008 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G G A A A G I T C T C 0 P009 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P010 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G G A A A G I T C T C 0 P011 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A C A C G G A G G A C C T G G A G I C C C C 0 P012 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P013 A T G A G G G G G A C G G A A A G I T C T C A T G A T A G A A G T C T A G A C D C A T T 0 P014 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G A G G A C C T A G A C I C C T C 0 P015 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P016 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P017 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C G C A C G G A G G A C C T G G G G I C C C C 0 P018 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T [A] C G G A G G A C C T G G G G I C C C C 0 P019 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P020 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P021 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A C A C G G A G G A C C T G G A G I C C C C 0 P022 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P023 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P024 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A T A G A A G T C T A G A C D C A T T 0 P025 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P026 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P027 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P028 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P029 A C A C G G A G G A C C T G G A G I C C T C A C A C G G A G G A C C T G G A G I C C C C 0 P030 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P031 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P032 A T G A T A G A A G T C T A G A C D C A T T G C A C G G A G G A C C T G G G G I C C C C 0 P033 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A T A G A A G T C T A G A C D C A T T 0 P034 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P035 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A T A G A A G T C T A G A C D C A T T 0 P036 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P037 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P038 A C A C G G A G G A C C T G G A G I C C C C A C A C G G A G G A C C T G G A G I C C C C 0 P039 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C G C A C G G A G G A C C T G G G G I C C C C 0 P040 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A T A G A A G T C T A G A C D C A T T 0 P041 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C G C A C G G A G G A C C T G G G G I C C C C 0 P042 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A C A C G G A G G A C C T G G A G I C C T C 0 P043 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A T A G A A G T C T A G A C D C A T T 0 P044 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A T A G A A G T C T A G A C D C A T T 0 P045 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P046 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P047 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P048 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P049 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P050 A C A C G G A G G A C C T G G A G I C C T C G C G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P051 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P052 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P053 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T A A G G G G G A C G G A A A G I T C T C 0 P054 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P055 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P056 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C G C A C G G A G G A C C T G G G G I C C C C 0 P057 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P058 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P059 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P060 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P061 G C A C G G A G G A C C T G G G G I C C C C G C A C G G A G G A C C T G G G G I C C C C 0 P062 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T [G] A G G G G G A C G G A A A G I T C T C 0 P063 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A T A G A A G T C T A G A C D C A T T 0 P064 A T G A G G G G G A C G (G) A A A G I T C T C G C A C G G A G G A C C (T) G G G G I C C C C 0 P065 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P066 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P067 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P068 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P069 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P070 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P071 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A T A G A A G T C T A G A C D C A T T 0 P072 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G G A A A G I T C T C 0 P073 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P074 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P075 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P076 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P077 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P078 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A T A G A A G T C T A G A C D C A T T 0 P079 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P080 A (T) A C G G A G G A C C T G G A G I C C T C A (C) A C G G A G G A C C T G G A G I C C C C 0 P081 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P082 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P083 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P084 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A T A G A A G T C T A G A C D C A T T 0 P085 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P086 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P087 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A C A C G G A G G A C C T G G A G I C C C C 0 P088 (A) C G A G G G G G A C C (G) G G G G I C C (C) C (G) C A C G G A G G A C C (T) G G G G I C C (T) C 0 P089 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C 0 P090 A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C A T G A G G G G G A C G T A A A G I T C T C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = 0 P002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P003 = T = A = = G = = = = G G A A = = = T = T = = C = C = = A = = = = C T G G = = = C = C = 0 P004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P005 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P006 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P007 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0 P008 = = = = = = = = = = = = T = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = ? = = 0 P009 = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = 0 P010 = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = 0 P011 = T G A = = G = = = = G = A A = = = T = T = = C A C = = A = = = = C = G G = = = C = C = 0 P012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P013 = = = = G G = G G A C G G = A = G I T C = C = = = = T A = A A G T C T = G = C D C A = T 0 P014 = = = = = = G = = = = G = = A = G = T = = = = = = = = = A = = = = C = = G = C = C = = = 0 P015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P016 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0 P017 A T G A = = G = = = = ? ? ? A A = = T = T = G C A C = = A = = = = ? ? ? G G = = C = C = 0 P018 = = ? A = = G = = = = G = A A A = = T = T = = = ? C = = A = = = = C = G G G = = C = C = 0 P019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P020 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P021 = T ? A = = G = = = = G = A A = = = T = T = = C ? C = = A = = = = C = G G = = = C = C = 0 P022 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P023 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P024 = = = = G G = G G A C G = = A = G I T C = C = = = = T A = A A G T C = = G = C D C A = T 0 P025 = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? = = 0 P026 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P027 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P028 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P029 = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = T = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = C = 0 P030 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P031 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P032 A T G A T A G A A G T = = A = A ? ? = A T T G C A C G G A G G A C = = G = G ? ? = C C C 0 P033 = = = = G G = G G A ? ? ? ? A = G I T C = C = = = = T A = A A G ? ? ? ? G = C D C A = T 0 P034 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P035 = = = = G G = G G A C G = = A = G I T C = C = = = = T A = A A G T C = = G = C D C A = T 0 P036 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P037 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P038 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P039 A T ? A ? = G = = = = G = A A A = = T = T = G C ? C ? = A = = = = C = G G G = = C = C = 0 P040 = = ? = G G = G G A C G = = A = G I T C = C = = ? = T A = A A G T C = = G = C D C A = T 0 P041 A T ? A = = G = = = = ? ? ? A A = = T = T = G C ? C = = A = = = = ? ? ? G G = = C = C = 0 P042 = T G A = ? G = = = = G = A A = = = T = = = = C A C = ? A = = = = C = G G = = = C = = = 0 P043 = = = = G G = G G A C G = = A = G I T C = C = = = = T A = A A G T C = = G = C D C A = T 0 P044 = = = = G G = G G A C G = = A = G I T C = C = = = = T A = A A G T C = = G = C D C A = T 0 P045 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P046 = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = 0 P047 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P048 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 P049 = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = 0 P050 A = A C = = A = = = = C = G G = = = C = = = G = G A = = G = = = = G = A A = = = T = = = 0 P051 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P052 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 P053 = = G = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = G = = = = = = = = = 0 P054 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P055 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P056 A T ? A = = G = = = = G = A A A = = T = T = G C ? C = = A = = = = C = G G G = = C = C = 0 P057 = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? = = 0 P058 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = 0 P059 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0 P060 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P061 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P062 = = ? = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = G = = = = = = = = = 0 P063 = = ? = G G = G G A C G = = A = G I T C = C = = ? = T A = A A G T C = = G = C D C A = T 0 P064 A T ? A = = G = = = = G (G) A A A = = T = T = G C ? C = = A = = = = C (T) G G G = = C = C = 0 P065 = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = 0 P066 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P067 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P068 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P069 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P070 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P071 = = = = G G = G G A C G = = A = G I T C = C = = = = T A = A A G T C = = G = C D C A = T 0 P072 = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = 0 P073 = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = 0 P074 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P075 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P076 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 P077 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P078 = = ? = ? G = G G A C G = = A = G I T C = C = = ? = ? A = A A G T C = = G = C D C A = T 0 P079 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 P080 = (T) = = ? = = = = = = = = = = = = = = = T = = (C) = = ? = = = = = = = = = = = = = = = C = 0 P081 = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = 0 P082 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P083 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P084 = = ? = G G = G G A C G = = A = G I T C = C = = ? = T A = A A G T C = = G = C D C A = T 0 P085 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P086 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P087 = T ? A = = G = = = = G = A A = = = T = T = = C ? C = = A = = = = C = G G = = = C = C = 0 P088 (A) = ? A = = G = = = = = (G) = = = = = = = (C) = (G) = ? C = = A = = = = = (T) = = = = = = = (T) = 0 P089 = = = = = = = = ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? = = = = = = = = 0 P090 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.97 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = ? ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = ? 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 ? = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = = ? ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = 0.99 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 0.99 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 0.85 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0.50 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 0.87 = ? 1.00 = = 1.00 = = = = = 0.51 = = = = = = = 0.53 = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS