************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 stat1.phase.inp stat1.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST stat1.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates stat1.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual stat1.phase.out_recom : estimates of recombination parameters stat1.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 69 Positions of loci: 69 161 426 458 1061 1191 1368 1511 2274 2441 2812 4859 5027 5557 5893 6261 6739 6771 7376 15715 15761 15978 18034 18537 19184 19558 20705 21250 21945 22105 23231 24049 24524 25414 26061 26296 26512 26996 27044 27516 27648 28489 28938 29038 29450 30169 30369 30836 34945 35151 35212 37107 37492 39058 39178 40228 40961 41473 41765 42423 42733 44166 44247 44266 45019 45341 47397 48275 48445 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file stat1.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CGGCGTGAGGICTIGTDIADGTACGAGTCCAGAACTATGATAGCGGACGDGTTTCGGTGTGGGAGAAAG 2.000000 2 CGGCGTGAGGICGIGTDITDGGACGGGACCAGGGCGATCATAGCGTGCGDGTCTCGGCGCGGGAGCAAA 1.000000 3 CGGCGTGAGGITTIGTDDTDGTACGGGACCAGGGTGACCACAGCGTATGIGTCTCGGCGCGGGCAACAG 1.000000 4 CGGCGTGAGGITTIGTDIADGTACGGGACCAGGGCTATCATAATGTGCGICTCTCGGCGCGGGAGCAAA 1.000000 5 CGGCGTGAGGITTIGTDIADGTACGGGACCAAGGCTATCATAATGGACGICTCTCGGCGTGAGCGCAAG 1.000000 6 CGGCGTGGGADCTIGTDIADGTACGGGTCTGGGATGACCACAACGTGCGICTCTCGGCGTGAGAGAAAG 1.000000 7 CGGCGTGGGGICGIGTDITDGTACGGGACCAGGATGACCACAACGGATGDCTCTCGGCGCGAGCAACAA 1.000000 8 CGGCGTGGGGICGIGTDITDGTACGGGACCAGGATGACCACAACGGATGDGTCTCGGCGCGAGCAACAA 1.000000 9 CGGCGTGGGGICGIGTDITDGTACGGGACCAGGATGACCACAACGGATGICTCTCGGCGCGAGCAACAA 1.000000 10 CGGCGTGGGGICGIGTDITDGTACGGGACCAGGATGACCACAACGTATCICTCTCGGCACGGGAGCAAA 3.000000 11 CGGCGTGGGGICGIGTDITDGTACGGGTCCAGGATGACCACAACGGATGDGTCTCGGCGCGAGCAACAA 2.000000 12 CGGCGTGGGGICGIGTDITDGTACGGGTCCAGGATGACCACAACGGATGICCCCTGACGTAAAAGAAGG 1.000000 13 CGGCGTGGGGICGIGTDITDGTACGGGTCCAGGATGACCACAACGTATCICTCTCGGCACGGGAGCAAA 2.000000 14 CGGCGTGGGGICGIGTDITDGTACGGGTCCAGGACTATGGTAACGTGCGICTCTCGGCGTGAGAGAAAG 1.000000 15 CGGCGTGGGGICGIGTDIADATGCAAGTCCAGGACTATGGTAACGGATCICTCTCGGCACGGGAGCAAA 1.000000 16 CGGCGTGGGGITTIGTDDTDGTACGGGACCAGGGTGACCACAGCGTATGIGTCTCGGCGCGGGCAACAG 1.000000 17 CGGCGTGGGGITTIGTDIADGGATGGAATCAAAACTGTCATAATGTATCICTCTCGGCGCGGGAGCAAA 1.000000 18 CGGCGTGGGGDCGIGTDITDGTACGGGACCAGGATGACCACAACGGATGDCTCTCGGCGCGAGCAACAA 4.000000 19 CGGCGTGGGGDCGIGTDITDGTACGGGACCAGGATGACCACAACGTGCGDGTCTCCGCGCGGGAGCAAA 1.000000 20 CGGCTTGGGGICTIGTDDTDGTACGGGTCCAGGGTGACCACAGCGTGCGDGTCTCGGCGCGGGAGCAAA 1.000000 21 CGGCTTGGGGITTIGTDDADGTGCAAGTCCAGGACTATGGTAACGGACGIGTCTCGGCGTGAGAGAAAG 1.000000 22 CGGCTTGGGGITTIGTDITDGTACGGGTCCAGGGCGACCACAGCGTGCGDCTCTCGGCGCGGGAGCCAA 1.000000 23 CGGCTTGGGGITTIGTDIADGGACGGGACCAGGGCGATCATAGCGTATGIGTCTCGGCGCGGGCAACAG 1.000000 24 CGGCTTGGGGITTIGTDIADGTGCAAGTCCAGGACTATGGTAACGGATGDCTCTCGGCGCGAGCAACAA 1.000000 25 CGGCTTGGGGITTIGTDIADATGCAAGTCCAGGACTATGATAACGGATCICTCTCGGCACGGGAGCAAA 1.000000 26 CGGCTTGGGGITTIGTDIADATGCAAGTCCAGGACTATGGTAACGGATCICTCTCGGCACGGGAGCAAA 10.000000 27 CTGCGTGACAICTIGTDIADGTACGGGACCAGGACTATGATAACGTATGIGTCTCGGCGTGAGCGAAAG 1.000000 28 CTGCGTAGCAICTDGTDIADGTACGGGTCCAGGATGACCACAACGGACGDGTCTCGGCGCGGGAGCAAA 1.000000 29 CTGTGTGAGAICTDGTDITDGTACGGGTCCAGGATGACCACAACGGATGDGTCTCGGCGCGAGCAACAA 2.000000 30 CTGTGTGAGAICTDATDIADGGACGGGACCAGGGCGATCATAGCGTATGICTCTCGGCGTGAGCAACAA 1.000000 31 CTGTGTGAGAICGIGTDDADGGACGGGTCCAGGGCGATCATAGCGTATGIGTCTCGGCGCGGGCAACAG 2.000000 32 CTGTGTGAGAICGIGTDITDGTACGGGACCAGGATGACCACAACGGATGDCTCTCGGCGCGAGCAACAA 1.000000 33 CTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGGACCAGGGTGACCACAGCGTATGIGTCTCGGCGCGGGCAACAG 1.000000 34 CTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGGTCCAGGATGACCACAACGGATGDGTCTCGGCGCGAGCAACAA 1.000000 35 CTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGGTCCAGGGTGACCACAGCGTGCGDGTCTCGGCGCGGGAGCAAA 1.000000 36 CTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGGTCCAAAACTGTCATAATGGACGICTCTCGGCGTGAGCGCAAG 1.000000 37 CTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGGTCCAAAACTGTCATAATGGGCGDGTCTCGGCGCGGGAGCAAA 1.000000 38 CTGTGTGAGADCTIGTDDADGGATGGAATCAAAACTGTCATAATGTACCICTCTCGGCGCGGGAGCAAA 1.000000 39 CTGTGTGAGADCTIGTDITDGTACGGGTCCAGGGCGATCATAGCGGACGICTCTCGGCGTGAGCAACAA 1.000000 40 CTGTGTGAGADCTIGTDIADGTACGGGACCAGGACTATGATAACGGATCDCTCTCGGCACGGGAGCAAA 1.000000 41 CTGTGTGAGADCTIATDIADGTACGGGACCAGGATGACCACAACGTATCICTCTCGGCACGGGAGCAAA 1.000000 42 CTGTGTGAGADCTIATDIADGTACGGGACCAGGATGACCACAGCGGACGICTCTCGGCGTGAGCAACAA 1.000000 43 CTGTGTGGGAICTIATDIADGTACGGGTCTAGGATGACCACAACGTATGICCCCTGACGTAAAAGAAGG 1.000000 44 CTGTGTGGGGICTIATDIADGTACGGGACCAGGATGACCACTACGTATGICCCCTGACGTAAAAGAAGG 1.000000 45 CTGTGTGGGGICTIATDIADGTACGGGACCAAGGCTATCATTATGGACGICTTTCGGTGTGGGAGAAAG 1.000000 46 CTGTGTGGGGICTIATDIADGTACGGGACCAAGGCTATCATTATGGACGIGTTTCGGTGTGGGAGAAAG 1.000000 47 CTGTGTGGGGICTIATDIADGTACGGGACCAAGGCTATCATTATGGATCICTCTCGGCACGGGAGCAAA 1.000000 48 CTCCGTGACAICTDGTDITDGTACGGGACCAGGATGACCACAACGGATGDGTCTCGGCGCGAGCAACAA 1.000000 49 CTCCGTGACAICTDGTDIADGTACGGGACTGGGATGACCACAACGTATGICTTTCGGTGTGGGAGAAAG 1.000000 50 CTCCGTGACAICGIGTDITDGTACGGGTCCAGGGTGACCACAGCGTGCGDGTCTCGGCGCGGGAGCAAA 2.000000 51 CTCCGTAGCAICTIACIIADGGATGGAATCAAAACTGTCATAATATATCICTCTCGGCACGGGAGCAAA 1.000000 52 CTCCGTAGCAICTDGTDDTDGTACGGGTCCAGGGTGACCACAGCGTGCGDGTCTCGGCGCGGGAGCAAA 1.000000 53 CTCCGTAGCAICTDGTDITDGTACGGGTCCAGGATGACCACAACGGATGDGTCTCGGCGCGAGCAACAA 2.000000 54 CTCCGTAGCAICTDGTDITDGTACGGGTCCAGGATGACCACTACGGATGDGTCTCGGCGCGAGCAACAA 1.000000 55 CTCCGTAGCAICTDGTDIADGGATGGAATCAAAACTGTCATAGCGTGCGDGTCTCGGCGCGGGAGCAAA 1.000000 56 CTCCGTAGCAICTDGTDIADGTACGGGACTGGGATGACCACAACGTATGICTTTCGGTGTGGGAGAAAG 1.000000 57 CTCCGTAGCAICTDGTDIADGTACGGGACTGGGATGACCACAACGTATGICCCCTGACGTAAAAGAAGG 5.000000 58 CTCCGTAGCAICTDGTDIADGTACGGGACTGGGATGACCACAACGTGCGDGTCTCGGCGCGGGAGCAAA 2.000000 59 CTCCGTAGCAICTDGTDIADGTACGGGTCTAGGATGACCACAACGTATGICCCCTGACGTAAAAGAAGG 9.000000 60 CTCCGTAGCAICTDGTDIADGTACGGGTCTGGGATGACCACAACGGATGDGTCTCGGCGCGAGCAACAA 1.000000 61 CTCCGTAGCAICTDGTDIADGTACGGGTCTGGGATGACCACAACGTATCDCTCTCGGCACGGGAGCAAA 1.000000 62 CTCCGTAGCAICTDGTIIADGGATGGAATCAAAACTGTCATAATGTATCICTCTCGGCGCGGGAGCAAA 1.000000 63 CTCCGTAGCAICTDGTIIADGTACGGGTCTAGGATGACCACAACGTATGICCCCTGACGTAAAAGAAGG 1.000000 64 CTCCGTAGCAICTDATDIADGGACGGGACCAGGGCGATCATAGCGTATGICTCTCGGTGTGAGCGAAAG 2.000000 65 CTCCGTAGCAICTDATDIADGGACGGGACCAGGGCGATCATAGCGTATGICTTTCGGTGTGGGAGAAAG 1.000000 66 TTGTGTGAGAICTIGTDDTDGTACGGGTCCAGGGTGACCACAGCGTGCGDGTCTCGGCGCGGGAGCAAA 1.000000 67 TTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGGACCAGGATGACCACAACGTATGICCCCTGACGTAAAAGAAGG 1.000000 68 TTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGGACCAGGATGACCACTACGGACGIGTCTCGGCGTGAGAGAAAG 1.000000 69 TTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGGACCAGGGTGACCACAGCGGACGIGTTTCGGTGTGGGAGAAAG 2.000000 70 TTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGGACCAGGGTGACCACAGCGTGCGDGTCTCGGCGCGGGAGCAAA 2.000000 71 TTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGGTCCAGGGTGACCACAGCGGACGIGTTTCGGTGTGGGAGAAAG 4.000000 72 TTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGGTCCAGGGTGACCACAGCGTATGICCCCTGACGTAAAAGAAGG 3.000000 73 TTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGGTCCAGGGTGACCACAGCGTGCGDGTCTCGGCGCGGGAGCAAA 23.000000 74 TTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGGTCCAGGGTGACCACAGCGTGCGDGTCTCGGCGTGAGAGAAAG 1.000000 75 TTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGGTCCAGGGTGACCACAGCGTGCGDGTCTCCGCGCGGGAGCAAA 7.000000 76 TTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGGTCCAGGGTGACCACAGCGTGCGIGTCTCCGCGCGGGAGCAAA 1.000000 77 TTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGGTCTGGGATGACCACAACGTATGICCCCTGACGTAAAAGAAGG 3.000000 78 TTGTGTGAGADCTIGTDDTDGTACGGAATCAAAACTGTCATAATATATCICTCTCGGCGCGGGAGCAAA 2.000000 79 TTGTGTGAGADCTIGTDDTIGTACGGGACCAGGACGATCATAACGTATGICCCTCGGCGTGAGAGAAAG 3.000000 80 TTGTGTGAGADCTIGTDDTIGTACGGGACCAGGACGATCATAACGTATGICCCTCGGCGTGAGAGCAAA 1.000000 81 TTGTGTGAGADCTIGTDDTIGTACGGGATCAAAACTGTCATAATATATCICTCTCGGCGCGGGAGCAAA 1.000000 82 TTGTGTGAGADCTIGTDDTIGTACGGAATCAAAACTGTCATAATATATCICTCTCGGCGCGGGAGCAAA 3.000000 83 TTGTGTGAGADCTIGTDDTIGTACGGAATCAAAACTGTCATAATATATCICTCTCGGCACGGGAGCAAA 1.000000 84 TTGTGTGAGADCTIGTDDADGTGCAAGTCCAGGACTATGGTAACGGACGIGTCTCGGCGTGAGAGAAAG 1.000000 85 TTGTGTGAGADCTIGTDDADGTGCAAGTCCAGGACTATGGTTGCGTGCGDGTCTCCGCGCGGGAGCAAA 1.000000 86 TTGTGTGAGADCTIGTDITDGTACGGGTCCAGGGTGACCACAGCGTATGICCCCTGGCGTAAAAGAAGG 1.000000 87 TTGTGTGAGADCTIGTDITDGTACGGGTCCAGGGTGACCACAGCGTATGICCCCTGACGTAAAAGAAGG 1.000000 88 TTGTGTGAGADCTIGTDIADGTACGGGACCAAGGCTATCATTATGGATCICTCTCGGCACGGGAGCAAA 1.000000 89 TTGTGTGAGADCTIGTDIADGTACGGGTCTGGGATGACCACAACGTATGICCCCTGACGTAAAAGAAGG 1.000000 90 TTGTGTGGGAICTIACDITIGTACGGGTCCAGGGTGACCACAGCGTGCGDGTCTCGGCGCGGGAGCAAA 1.000000 91 TTGTGTGGCAICTIACDITIGTACGGGACCAGGACGATCATAACGTATGDCTCTCGGCGCGAGCAACAA 1.000000 92 TTGTGCGAGAICTIACIIADGGATGGAATCAAAACTGTCATAATGTATCICTCTCGGCGCGGGAGCAAA 2.000000 93 TTGTGCGAGAICTIACIIADGGATGGAATCAAAACTGTCATAATAGATCICTCTCGGCACGGGAGCAAA 1.000000 94 TTGTGCGAGAICTIACIIADGGATGGAATCAAAACTGTCATAATATATCICTCTCGGCACGGGAGCAAA 5.000000 95 TTGTGCGAGAICTIACIIADGGATGGAATCAAAACTGTCATAATATGCGDGTCTCGGCGCGAGCAACAA 1.000000 96 TTGTGCGAGAICTIACIIADGGATGGAATCAAAACTGTCATTATATATCICTCTCGGCACGGGAGCAAA 1.000000 97 TTGTGCGAGAICTDGTDIADGTACGGGACTGGGATGACCACAACGGATGDCTCTCGGCGCGAGCAACAA 1.000000 98 TTGTGCGAGADCTIGTDDTDGTACGGGACCAGGGTGACCACAGCGGGCGDGTCTCGGCGCGGGAGCAAA 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (18,66) P002: (57,94) P003: (31,36) P004: (53,59) P005: (73,73) P006: (59,73) P007: (10,18) P008: (26,82) P009: (45,73) P010: (59,73) P011: (55,57) P012: (73,88) P013: (26,59) P014: (24,80) P015: (12,72) P016: (91,92) P017: (34,74) P018: (63,75) P019: (43,75) P020: (81,84) P021: (3,42) P022: (78,78) P023: (38,77) P024: (15,26) P025: (8,94) P026: (94,94) P027: (57,92) P028: (18,59) P029: (29,50) P030: (60,73) P031: (21,71) P032: (40,49) P033: (51,97) P034: (13,26) P035: (13,26) P036: (57,83) P037: (14,77) P038: (23,30) P039: (69,35) P040: (59,72) P041: (59,73) P042: (29,50) P043: (47,72) P044: (73,76) P045: (52,73) P046: (11,46) P047: (59,86) P048: (59,95) P049: (44,96) P050: (17,64) P051: (68,85) P052: (2,41) P053: (73,73) P054: (22,90) P055: (26,75) P056: (4,70) P057: (5,37) P058: (67,69) P059: (20,28) P060: (57,73) P061: (27,32) P062: (73,75) P063: (73,77) P064: (6,64) P065: (1,39) P066: (26,26) P067: (58,79) P068: (10,75) P069: (25,26) P070: (26,61) P071: (58,94) P072: (11,53) P073: (73,93) P074: (19,89) P075: (79,98) P076: (9,79) P077: (73,75) P078: (73,75) P079: (54,82) P080: (33,48) P081: (73,87) P082: (71,73) P083: (7,73) P084: (71,73) P085: (71,73) P086: (18,56) P087: (16,65) P088: (1,31) P089: (62,70) P090: (10,82) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 C G G C G T G G G G D C G I G T D I T D G T A C G G G A C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G D C T C T C G G C G C G A G C A A C A A T T G T G T G A G A I C T I G T D [D] T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P002 C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G A C T G G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G T T G T G C G A G A I C T I A C I I A D G G A T G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T A T A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A 0 P003 C T G T G T G A G A I C G I G T D D A D G G A C G G G T C C A G G G C G A T C A T A G C G T A T G I G T C T C G G C G C G G G C A A C A [G] C T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A A A A C T [G] T C A [T] A A T G G A C G I C T C T C G G C G T G A G C G C A A G 0 P004 C T C C G T A G C A I C T D G T D I T D G T A C G G G T C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G D G T C T C G G C G C G A G C A A C A A C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G T C T A G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G 0 P005 T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G [T] C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P006 C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G [T] C T [A] G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G [T] C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P007 C G G C G T G G G G I C G I G T D I T D G T A C G G G [A] C C A G G A T G A C C A C A A C G T A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A C G G C G T G G G G D C G I G T D I T D G T A C G G G A C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G D C T C T C G G C G C G A G C A A C A A 0 P008 C G G C T T G G G G I T T I G T D I A D A T G C A A G T C C A G G A C T A T G G T A A C G G A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T I G T A C G G [A] A T C A A A A C T G T C A T A A T A T A T C I C T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P009 C T G T G T G G G [G] I C T I A T D I A D G T A C G G G A C C A A G G C T A T C A T T A T G G A C G I (C) T T T C G G T G T G G G A G A A A G T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D (G) T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P010 C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G T C T A G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P011 C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G G A T G G A A T C A A A A C T G T C A [T] A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G A C T G G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G 0 P012 T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G [T] C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D [I] A D G T A C G G G A C C A A G G C T A T C A T T A T G G A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A 0 P013 C G G C T T G G G G I T T I G T D I A D A T G C A A G T C C A G G A C T A T G G T A A C G G A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G [T] C T [A] G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G 0 P014 C G G C T T G G G G I T T I G T D [I] A D G T G C A A G T C C A G G A C T A T G G T A A C G G A [T] G D C T C T C G G C G C G A G C A A C A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T I G T A C G G G A C C A G G A C G A T C A T A A C G T A T G I C C C T C G G C G T G A G A G C A A A 0 P015 C G G C G T G G G G I C G I G T D I T D G T A C G G G T C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G T T G T G T G A G A D C T I G T D [D] T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G 0 P016 T T G T G T G G (C) A I C T I A C D [I] T I G T A C G G G A C C A G G A C G A T C A T A A C G T A T G D C T C T C G G C G C G A G C A A C A A T T G T G C G A (G) A I C T I A C I I A D G G A T G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T G T A T C I C T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P017 (C) T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G D G T C T C G G C G C G A G C A A C A A (T) T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G T G A G A G A A A G 0 P018 C T C C G T A G C A I C T D G T (I) I A D G T A C G G G T C T A G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G T T G T G T G A G A D C T I G T (D) D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C C G C G C G G G A G C A A A 0 P019 C T G T G T G G G [A] I C T I A T D I A D G T A C G G G T C T [A] G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C C G C G C G G G A G C A A A 0 P020 T T G T G T G A G A D C T I G T D D T I G T A C G G G A T C A A A A C T G T C A T A A T A T A T C I C T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D [D] A D G T G C A A G T C C A G G A C T A T G G T A A C G G A C G I G T C T C G G C G T G A G A G A A A G 0 P021 C G G C G T G A G G I T T I G T D [D] T D G T A C G G G A C C A G G G T G A C C A C A G C G T A T G I G T C T C G G C G C G G G C A A C A [G] C T G T G T G A G A D C T I A T D I A D G T A C G G G A C C A G G A T G A C C A C A G C G G A C G I C T C T C G G C G T G A G C A A C A A 0 P022 T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T A T A T C I C T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T A T A T C I C T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P023 (C) T G T G T G A G A D C T I G T D D A D G G A T G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T G T A (C) C I C T C T C G G C G C G G G A G C A A A (T) T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C T [G] G G A T G A C C A C A A C G T A (T) G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G 0 P024 C G G C G T G G G G I C G I G T D I A D A T G C A A G T C C A G G A C T A T G G T A A C G G A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A C G G C T T G G G G I T T I G T D I A D A T G C A A G T C C A G G A C T A T G G T A A C G G A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A 0 P025 C G G C G T G G G G I C G I G T D I T D G T A C G G G A C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G D G T C T C G G C G C G A G C A A C A A T T G T G C G A G A I C T I A C I I A D G G A T G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T A [T] A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A 0 P026 T T G T G C G A G A I C T I A C I I A D G G A T G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T A T A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A T T G T G C G A G A I C T I A C I I A D G G A T G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T A T A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A 0 P027 C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G A C T G G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G T T G T G C G A G A I C T I A C I I A D G G A T G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T G T A T C I C T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P028 C G G C G T G G G G D C G I G T D I T D G T A C G G G A C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G D C T C T C G G C G C G A G C A A C A A C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G T C T A G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G 0 P029 C T G T G T G A G A I C T D G T D I T D G T A C G G G T C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G D G T C T C G G C G C G A G C A A C A A C T C C G T G A C A I C G I G T D I T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P030 C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G T C T G G G A T G A C C A C A A C G G A T G D G T C T C G G C G C G A G C A A C A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P031 (C) (G) G (C) [T] T G (G) G (G) (I) (T) T I G T D [D] A D G T G C A A G T C C A G G A C T A T G G T A A C G G A C G I G T C T C G G C G T G A G A G A A A G (T) (T) G (T) [G] T G (A) G (A) (D) (C) T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G G A C G I G T T T C G G T G T G G G A G A A A G 0 P032 C T (G) (T) G T G A (G) A (D) C T I G T D [I] A D G T A C G G G A C C A G G A C T A T G A T A A C G G A T C (D) C T C T C G G C A C G G G A G C A A A C T (C) (C) G T G A (C) A (I) C T D G T D I A D G T A C G G G A C T G G G A T G A C C A C A A C G T A T G (I) C T T T C G G T G T G G G A G A A A G 0 P033 C T C C G T A G [C] A I C T I A C I I A D G G A T G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T A T A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A T T G T G C G A G A I C T [D] G T D I A D G T A C G G G A C T G G G A T G A C C A C A A C G [G] A T G D C T C T C G G C G C G A G C A A C A A 0 P034 C G G C G T G G G G I C G I G T D I T D G T A C G G G T C C A G G A T G A C C A C A A C G T A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A C G G C T T G G G G I T T I G T D I A D A T G C A A G T C C A G G A C T A T G G T A A C G G A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A 0 P035 C G G C G T G G G G I C G I G T D I T D G T A C G G G T C C A G G A T G A C C A C A A C G T A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A C G G C T T G G G G I T T I G T D I A D A T G C A A G T C C A G G A C T A T G [G] T A A C G G A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A 0 P036 C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G A C T G G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G T T G T G T G A G A D C T I G T D D T I G T A C G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T A T A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A 0 P037 C G G C G T G G G G I C G I G T D I T D G T A C G G G T C C A G G A C T A T G G T A A C G [T] [G] C G I C T C T C G G C G T G A G A G A A A G T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C T G G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G 0 P038 C G G C [T] T G G G G I [T] T I G T D I A D G G A C G G G A C C A G G G C G A T C A T A G C G T A T G I G T C T C G G C G C G G G C A A C A [G] C T G T G T G [A] G A I C T [D] A T D I A D G G A C G G G A C C A G G G C G A T C A T A G C G T A T G I C T C T C G G C G T G A G C A A C A A 0 P039 (T) T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G (A) C C A G G G T G A C C A C A G C G G A C G I G T T T C G G T G T G G G A G A A A G (C) T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G (T) C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P040 C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G [T] C T [A] G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G T T G T G T G A G A D C T I G T D [D] T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G 0 P041 C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G T C T A G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P042 C T G T G T G A G A I C T D G T D I T D G T A C G G G T C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G D G T C T C G G C G C G A G C A A C A A C T C C G T G A C A I C G I G T D I T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P043 C T G T G T G G G [G] I C T I A T D I A D G T A C G G G A C C A A G G C T A T C A T T A T G [G] A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D [D] T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G 0 P044 T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G (D) G T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G (I) G T C T C C G C G C G G G A G C A A A 0 P045 C T C C G T A G C A I C T D G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P046 C G G C G T G G G G I C G I G T D I T D G T A C G G G T C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G D G T C T C G G C G C G A G C A A C A A C T G T G T G G G [G] I C T I A T D I A D G T A C G G G A C C A A G G C T A T C A T T A T G G A C G I G T T T C G G T G T G G G A G A A A G 0 P047 C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G T C T A G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G (A) C G T A A A A G A A G G T T G T G T G A G A D C T I G T D I T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T A T G I C C C C T G (G) C G T A A A A G A A G G 0 P048 C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G T C T A G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G T T G T G C G A G A I C T I A C I I A D G G A T G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T A T G C G D G T C T C G G C G C G A G C A A C A A 0 P049 C T G T G T G G G [G] I C T I A T D I A D G T A C G G G A C [C] [A] G G A T G A C C A C T A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G T T G T G C G A G A I C T I A C I I A D G G A T G G A A T C A A A A C T G T C A T T A T A T A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A 0 P050 C G G C G T G G G G I T T I G T D I A D G G A T G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T G T A T C I C T C T C G G C G C G G G A G C A A A C T C C G T A G C A I C T D A T D I A D G G A C G G G A C C A G G G C G A T C A T A G C G T A T G I C T C T C G G T G T G A G C G A A A G 0 P051 T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G [A] C C A G G A T G A C C A C T A C G G A C G I G T C T C G G C G T G A G A G A A A G T T G T G T G A G A D C T I G T D D A D G T G C A A G T C C A G G A C T A T G G T T G C G T G C G D G T C T C C G C G C G G G A G C A A A 0 P052 C (G) G (C) G T G A G (G) (I) C (G) I G T D I T D G G A C G G G A C C A G G G C G A T C A T A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A C (T) G (T) G T G A G (A) (D) C (T) I [A] T D I A D G T A C G G G A C C A G G A T G A C C A C A A C G T A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A 0 P053 T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P054 C G G C T T G G G G I T T I G T D I T D G T A C G G G T C C A G G G (C) G A C C A C A G C G T G C G D (C) T C T C G G C G C G G G A G C (C) A A T T G T G T G G G A I C T I A C D I T I G T A C G G G T C C A G G G (T) G A C C A C A G C G T G C G D (G) T C T C G G C G C G G G A G C (A) A A 0 P055 C G G C T T G G G G I T T I G T D I A D A T G C A A G T C C A G G A C T A T G G T A A C G G A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C C G C G C G G G A G C A A A 0 P056 C G G C G T G A G G I T T I G T D I A D G T A C G G G A C C A G G [G] C T [A] T C A T A A T G T G C G I C T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G A C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P057 C G G C G T G A G G I T T I G T D I A D G T A C G G G A C C A A [G] G C T [A] T C A T A A T G G A C G I C T C T C G G C G T G A G C G C A A G C T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A A A A C T G T C A [T] A A T G G G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P058 T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G A C C A G G A T G A C C A C [A] A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G A C C A G G G T G A C C A C A G C G G A C G I G T T T C G G T G T G G G A G A A A G 0 P059 C G G C [T] T G G G G I C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G (G) T G A C C A C A (G) C G (T) (G) C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A C T G C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G T C C A G G (A) T G A C C A C A (A) C G (G) (A) C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P060 C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G A C T G G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P061 C T G C G T G A [C] A I C [T] I G T D I A D G T A C G G G A C C A G G A C T A T G A T A A C G T A T G [I] G T C T C G G C G T G A G C G A A A G C T G T G T G A G A I C G I G T D I T D G T A C G G G A C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G D C T C T C G G C G C G A G C A A C A A 0 P062 T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C C G C G C G G G A G C A A A 0 P063 T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C T [G] G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G 0 P064 C G G C G T G G G [A] D C T I G T D I A D G T A C G G G [T] C [T] [G] G G A T G A C C A C A A C G [T] G C G I C T C T C G G C G T G A G A G A A A G C T C C G T A G C A I C T D A T D I A D G G A C G G G A C C A G G G C G A T C A T A G C G T A T G I C T C T C G G T G T G A G C G A A A G 0 P065 C G G C G T G A G G I C T I G T D I A D G T A C G A G T C C A G A A C T A T G A T A G C G G A C G D G T T T C G G T G T G G G A G A A A G C T G T G T G A G A D C T I G T D I T D G [T] A C G G G T C C A G G G C G A T C A T A G C G G A C G I C T C T C G G C G T G A G C A A C A A 0 P066 C G G C T T G G G G I T T I G T D I A D A T G C A A G T C C A G G A C T A T G G T A A C G G A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A C G G C T T G G G G I T T I G T D I A D A T G C A A G T C C A G G A C T A T G G T A A C G G A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A 0 P067 C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G A C T G G G A T G A C C A C A A C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T I G T A C G G G A C C A G G A C G A T C A T A A C G T A T G I C C C T C G G C G T G A G A G A A A G 0 P068 C G G C G T G G G G I C G I G T D I T D G T A C G G G A C C A G G A T G A C C A C A A C G T A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C C G C G C G G G A G C A A A 0 P069 C G G C T T G G G G I T T I G T D I A D A T G C A A G T C C A G G A C T A T G A T A A C G G A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A C G G C T T G G G G I T T I G T D I A D A T G C A A G T C C A G G A C T A T G G T A A C G G A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A 0 P070 C G G C T T G G G G I T T I G T D I A D A T G C A A G T C C A G G A C T A T G G T A A C G G A T C (I) C T C T C G G C A C G G G A G C A A A C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G T C T G G G A T G A C C A C A A C G T A T C (D) C T C T C G G C A C G G G A G C A A A 0 P071 C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G A C T G G G A T G A C C A C A A C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G C G A G A I C T I A C I I A D G G A T G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T A T A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A 0 P072 C G G C G T G G G G I C G I G T D I T D G T A C G G G T C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G D G T C T C G G C G C G A G C A A C A A C T C C G T A G C A I C T D G T D I T D G T A C G G G T C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G D G T C T C G G C G C G A G C A A C A A 0 P073 T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G [T] C C A G G G T G A C C A C A G C G (T) G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G C G A G A I C T I A C I I A D G G A T G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T A (G) A T C I C T C T C G G C A C G G G A G C A A A 0 P074 C (G) G C G T G [G] G (G) D C [G] I G T D I T D G T A C G G G (A) C C A G G A T G A C C A C A A C G T G C G D G T C T C C G C G C G G G A G C A A A [T] (T) G [T] G T G A G (A) D C T I G T D I A D G T A C G G G (T) C T G G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G 0 P075 T T G T G (T) G A G A D C T I G T D D T I G T A C G G G A C C A G G A C G A T C A T A A C G (T) A T G I C C C T C G G C G T G A G A G A A A G T T G T G (C) G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G A C C A G G G T G A C C A C A G C G (G) G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P076 C G G C G T G G G G I C G I G T D I T D G T A C G G G A C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G I C T C T C G G C G C G A G C A A C A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T I G T A C G G G A C C A G G A C G A T C A T A A C G T A T G I C C C T C G G C G T G A G A G A A A G 0 P077 T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C C G C G C G G G A G C A A A 0 P078 T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C C G C G C G G G A G C A A A 0 P079 C T C C G T A G C A I C T D G T D I T D G T A C G G G [T] C C A G G A T G A C C A C (T) A C G G A T G D G T C T C G G C G C G A G C A A C A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T I G T A C G G A A T C A A A A C T G T C A T (A) A T A T A T C I C T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P080 C T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G A C C A G G G T G A C C A C A G C G T A T G I G T C T C G G C G C G G G C A A C A [G] C T C C G T G A C A I C T [D] G T D I T D G T A C G G G A C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G D G T C T C G G C G C G A G C A A C A A 0 P081 T T G T G T G A G A D C T I G T D (D) T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D (I) T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T A T G I C C C C T G A C G T A A A A G A A G G 0 P082 T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G G A C G I G T T T C G G T G T G G G A G A A A G T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P083 C G G C G T G G G G I C G I G T D I T D G T A C G G G [A] C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G D C T C T C G G C G C G A G C A A C A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P084 T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G G A C G I G T T T C G G T G T G G G A G A A A G T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G T C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P085 T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G [T] C C A G G G T G A C C A C A G C G G A C G I G T T T C G G T G T G G G A G A A A G T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G [T] C C A G G G T G A C C A C A G C G T G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P086 C G G C G T G G G G D C G I G T D I T D G T A C G G G A C C A G G A T G A C C A C A A C G G A T G D C T C T C G G C G C G A G C A A C A A C T C C G T A G C A I C T D G T D I A D G T A C G G G A C T G G G A T G A C C A C A A C G T A T G I C T T T C G G T G T G G G A G A A A G 0 P087 C G G C G T G G G G I T T I G T D [D] T D G T A C G G G A C C A G G G T G A C C A C A G C G T A T G I G T C T C G G C G C G G G C A A C A [G] C T C C G T A G C A I C T D A T D I A D G G A C G G G A C C A G G G C G A T C A T A G C G T A T G I C T T T C G G T G T G G G A G A A A G 0 P088 C G G C G T G A G G I C T I G T D I A D G T A C G A G T C C A G A A C T A T G A T A G C G G A C G D G T T T C G G T G T G G G A G A A A G C T G T G T G A G A I C G I G T D D A D G G A C G G G T C C A G G G C G A T C A T A G C G T A T G I G T C T C G G C G C G G G C A A C A [G] 0 P089 C T C C G T A G C A I C T D G T I I A D G G A T G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T G T A T C I C T C T C G G C G C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T D G T A C G G G A C C A G G G T G A C C A C A G C G [T] G C G D G T C T C G G C G C G G G A G C A A A 0 P090 C G G C G T G G G G I C G I G T D I T D G T A C G G G A C C A G G A T G A C C A C A A C G [T] A T C I C T C T C G G C (A) C G G G A G C A A A T T G T G T G A G A D C T I G T D D T I G T A C G G A A T C A A A A C T G T C A T A A T A T A T C I C T C T C G G C (G) C G G G A G C A A A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 C G = C = = = G = G D ? ? ? = = = ? = ? ? ? = = ? = = A = = = = = A = = = = = = = = A = = G A T = = C = = = = = = = = = ? A = C A A C = = T T = T = = = A = A I ? ? ? = = = ? = ? ? ? = = ? = = T = = = = = G = = = = = = = = G = = T G C = = G = = = = = = = = = ? G = A G C A = = 0 P002 C = C C ? T A G C = = = = ? G T D ? = = = T = C ? ? G = C ? ? G G = T G A ? = = ? ? ? C G = = = G = = C = C T = A = G T ? ? ? ? = A = G G T = G T ? C G A G = = = = ? A C I ? = = = G = T ? ? A = T ? ? A A = C T G ? = = ? ? ? T A = = = C = = T = T C = G = A C ? ? ? ? = C = A A 0 P003 = = = = = = = = = = I = G = ? ? = = A ? ? ? = = ? = = = = = ? G G ? = G ? ? ? = ? ? ? C = ? ? ? = = G = = = = = = = = C = G = = A A C ? ? = = = = = = = = = = D = T = ? ? = = T ? ? ? = = ? = = = = = ? A A ? = T ? ? ? = ? ? ? T = ? ? ? = = C = = = = = = = = T = A = = G C A ? ? 0 P004 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = T = = = = = ? = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = G = = = D G T = T C = G = = C G = G ? A = C A A = = = = = = = = = ? = = = = = = = = A = = = = = ? = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = T = = = I C C = C T = A = = T A = A ? G = A G G 0 P005 = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P006 C = C C = = A G ? ? I = = ? = = = I A = = = = = ? = ? ? = ? ? = ? A = = = = = = = = A = = = A ? = I C C = C T = A = = T A A A = = A = G ? T = G T = = G A ? ? D = = ? = = = D T = = = = = ? = ? ? = ? ? = ? G = = = = = = = = G = = = G ? = D G T = T C = G = = C G G G = = C = A ? 0 P007 = = = = = = = = = ? I = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = T = = C I = = = = = = = = A = = G = A G C A = = = = = = = = = = = ? D = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = G = = G D = = = = = = = = G = = A = C A A C = = 0 P008 C G = C T = = G = ? I T = = = = = ? A D A = G = ? A ? T C ? ? G G = = = ? = G G = = = C G G = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = T T = T G = = A = ? D C = = = = = ? T I G = A = ? G ? A T ? ? A A = = = ? = C A = = = T A T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = 0 P009 C = = = ? = = G ? ? I ? ? = A = = ? A = = = = = = = = A ? ? ? A ? = C T ? T = = T T A T = G ? = = I (C) = T = = = = T = T ? = = = = A = = G T = = = ? = = A ? ? D ? ? = G = = ? T = = = = = = = = T ? ? ? G ? = T G ? C = = C A G C = T ? = = D (G) = C = = = = C = C ? = = = = C = = A 0 P010 C = C C ? ? ? G C = I ? ? ? = = = ? A = = = = = = = = = = ? ? = ? A = = = = = = ? ? A = = = A T = ? C C = C T = A = = T A A ? ? ? A = G G T = G T ? ? ? A G = D ? ? ? = = = ? T = = = = = = = = = = ? ? = ? G = = = = = = ? ? G = = = G C = ? G T = T C = G = = C G G ? ? ? C = A A 0 P011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = T = = A = T C ? A ? = C T G T = = ? ? G = = = G C = ? G T = T C = G = = C G G ? ? = C = A A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = C = = G = C T ? G ? = T G A C = = ? ? A = = = A T = ? C C = C T = A = = T A A ? ? = A = G G 0 P012 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? T = = = = = = = = ? = = ? ? ? = T G = C = = ? A G C = T G C G D G = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? A = = = = = = = = ? = = ? ? ? = C T = T = = ? T A T = G A T C I C = = = = = = = A = = = = = = = = = = 0 P013 = G G = T = G = G G = T = ? = = = = = = A = G = A A = ? = C ? = ? = C T = T G G ? ? = = = G = = C = = T = T C = G = A C ? G ? ? = C = A A = T C = G = A = C A = C = ? = = = = = = G = A = G G = ? = T ? = ? = T G = C C A ? ? = = = T = = G = = C = C T = A = G T ? A ? ? = A = G G 0 P014 C G = C T = = G = G I T = = = = = ? A D = = G = A A = T = = ? = ? = = T ? = G G ? = = = = G = ? = D = T = = = = = = = C = = = C A A C = = T T = T G = = A = A D C = = = = = ? T I = = A = G G = A = = ? = ? = = G ? = C A ? = = = = T = ? = I = C = = = = = = = T = = = A G C A = = 0 P015 C G = C = = = G = G I ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = ? A = = = = = = ? ? A = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = T = = = A = A D ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = ? G = = = = = = ? ? G = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P016 ? = = = = T = G (C) = = = = = = = D ? T I = T = C = = ? = C ? ? ? ? = ? G A = = = ? ? = C = = = = G D = = = = = = = = = = = A = C A A C = = ? = = = = C = A (G) = = = = = = = I ? A D = G = T = = ? = T ? ? ? ? = ? T G = = = ? ? = T = = = = C I = = = = = = = = = = = G = A G C A = = 0 P017 (C) = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? ? A = = = = = = = = A = = ? ? T = = = = = = = = = = = C = = = C A = C = A (T) = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? ? G = = = = = = = = G = = ? ? C = = = = = = = = = = = T = = = A G = A = G 0 P018 C = C C = = A G C = I = = D = = (I) ? A = = = = = = = = = = T ? = ? ? = = = = = = ? ? A = = = A T = I C C = C T G A = = T ? A ? ? = A = G G T = G T = = G A G = D = = I = = (D) ? T = = = = = = = = = = C ? = ? ? = = = = = = ? ? G = = = G C = D G T = T C C G = = C ? G ? ? = C = A A 0 P019 C = = = = = = G ? ? I = = = A = = ? A = = = = = = = = = = T ? = ? A ? = = = = = ? ? A = = = A ? ? ? C C = C T G A = = T A A A = = A = G G T = = = = = = A ? ? D = = = G = = ? T = = = = = = = = = = C ? = ? G ? = = = = = ? ? G = = = G ? ? ? G T = T C C G = = C G G G = = C = A A 0 P020 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? T I = = A = G ? = ? T = ? A ? = = = G = C A ? = = T A T = ? C = C = = = = = = = = C = G = = = C = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? A D = = G = A ? = ? C = ? G ? = = = A = G G ? = = C G G = ? G = G = = = = = = = = T = A = = = A = = G 0 P021 = G = C = = = = = G I T = = G = = ? T = = = = = = = = = = = ? = ? G = = = = = = = = = = = T = T = = G = = ? ? = = = = C = G = = = = = ? ? = T = T = = = = = A D C = = A = = ? A = = = = = = = = = = = ? = ? A = = = = = = = = = = = G = C = = C = = ? ? = = = = T = A = = = = = ? ? 0 P022 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P023 (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = A ? ? G = T = = A ? T C ? A ? = C T ? T = = ? ? = T = = = (C) C = = T = T C = G = = C G G G ? = C = A A (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = T ? ? T = C = = G ? C T ? G ? = T G ? C = = ? ? = C = = = (T) G = = C = C T = A = = T A A A ? = A = G G 0 P024 = = = = G = = = = ? = C G = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = ? = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = T = = = = ? = T T = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = ? = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 P025 C G = C = T = G = G = = G = G T D ? T = = T = C = = G = C = ? ? ? = T G A ? ? = ? ? = C G ? = = G ? G = = = ? = = = G = = A ? ? ? A C = = T T = T = C = A = A = = T = A C I ? A = = G = T = = A = T = ? ? ? = C T G ? ? = ? ? = T A ? = = C ? C = = = ? = = = A = = G ? ? ? C A = = 0 P026 = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P027 C = C C = T A G C = = = = ? G T D ? = = = T = C = = G = C T ? ? ? = T G ? C = = C = = C = = = = G = = C = C T = A = = T ? A A = = A = G G T = G T = C G A G = = = = ? A C I ? = = = G = T = = A = T C ? ? ? = C T ? T = = T = = T = = = = C = = T = T C = G = = C ? G G = = C = A A 0 P028 = G G = = = G = G G D = G I = = = = T = = = = = = = = A = C ? = = = = = ? = = = = = = = = G = = = D = T = T C = G = = C G = G C A = C A A = T C = = = A = C A I = T D = = = = A = = = = = = = = T = T ? = = = = = ? = = = = = = = = T = = = I = C = C T = A = = T A = A A G = A G G 0 P029 = = G T = = = = G = = = T D = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = A = = G A T = = = = = = = = = = = = = A = C A A C = = = = C C = = = = C = = = G I = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = G = = T G C = = = = = = = = = = = = = G = A G C A = = 0 P030 C = C C = = A G C = I = = ? = = = ? A = = = = ? = = = = = T G = ? ? = = = = = = = = A = = G A T = = = = = = = = = = = = = A = C A A C = = T = G T = = G A G = D = = ? = = = ? T = = = = ? = = = = = C A = ? ? = = = = = = = = G = = T G C = = = = = = = = = = = = = G = A G C A = = 0 P031 (C) (G) = (C) ? = = (G) = (G) (I) (T) = = = = = ? A = = = G = A A = = = ? = ? ? ? C T = T G G T ? A = = = = = = = = = C = = = = C = = = A = = = = = = = (T) (T) = (T) ? = = (A) = (A) (D) (C) = = = = = ? T = = = A = G G = = = ? = ? ? ? T G = C C A C ? G = = = = = = = = = T = = = = T = = = G = = = = = = = 0 P032 = = (G) (T) = = = = (G) = (D) = = I = = = ? = = = = = = = = = = = ? A = = = C T = T G = T = ? = = G = ? C (D) = = C = = = = C A C = = = = = C = = A = = (C) (C) = = = = (C) = (I) = = D = = = ? = = = = = = = = = = = ? G = = = T G = C C = C = ? = = T = ? G (I) = = T = = = = T G T = = = = = A = = G 0 P033 C = C C = T A G ? = = = = ? A C I ? = = = G = T = = A = T ? A A ? = C ? ? T = = T ? = T A ? = = ? ? = = = = = = = = A = = G = A G C A = = T = G T = C G A ? = = = = ? G T D ? = = = T = C = = G = C ? G G ? = T ? ? C = = C ? = C G ? = = ? ? = = = = = = = = G = = A = C A A C = = 0 P034 = = = = ? = = = = = = C G = = = = = T = G = A = G G = = = ? ? = ? = ? ? = ? ? A C ? = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = T T = = = = = A = A = G = A A = = = ? ? = ? = ? ? = ? ? G T ? = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P035 = = = = ? = = = = = = C G ? = = = = T = G = A = G G = = = ? = = ? = ? G = C C ? ? ? = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = T T ? = = = = A = A = G = A A = = = ? = = ? = ? T = T G ? ? ? = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P036 C = C C ? = A G C = I = = D = = = ? A D = = = = = = G ? C T G G ? = T G A C = = C = = C G = = = G = = C = C T = A = G T ? A A = = A = G G T = G T ? = G A G = D = = I = = = ? T I = = = = = = A ? T C A A ? = C T G T = = T = = T A = = = C = = T = T C = G = A C ? G G = = C = A A 0 P037 C G = C ? = = G = G I = G = = = = ? = ? = = = = = = = = ? ? A = ? = ? ? = T G ? T = = = = ? ? C = = = T = T ? = G = = = ? = G = = = = A = T T = T ? = = A = A D = T = = = = ? = ? = = = = = = = = ? ? G = ? = ? ? = C C ? C = = = = ? ? T = = = C = C ? = A = = = ? = A = = = = G = 0 P038 = G = C ? ? ? ? = G = ? ? ? G = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = G = = ? ? = = = = C = G = = = = = ? ? = T = T ? ? ? ? = A = ? ? ? A = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = C = = ? ? = = = = T = A = = = = = ? ? 0 P039 (T) = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = (A) = = ? = = = = = = = = = = = = = = G A = = I = = T = = = = T = T ? = = = = A = = G (C) = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = (T) = = ? = = = = = = = = = = = = = = T G = = D = = C = = = = C = C ? = = = = C = = A 0 P040 ? = C C = = A G C = I = = ? = = = ? A = = = = = ? = = ? = ? ? = ? A ? = = = = = = ? A = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = G T = = G A G = D = = ? = = = ? T = = = = = ? = = ? = ? ? = ? G ? = = = = = = ? G = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 P041 C = C C = = A G C = I = = D = = = ? A = = = = = = = = = = T ? = = A = ? = = = = = = A = = = A T = I C C = C T = A = = T A A A = = A = G G T = G T = = G A G = D = = I = = = ? T = = = = = = = = = = C ? = = G = ? = = = = = = G = = = G C = D G T = T C = G = = C G G G = = C = A A 0 P042 = = G T = = = = ? = = = T D ? = = = = = = = = = = = = ? = ? = = ? ? = = = = = ? ? = A = = G ? T = = = = = ? = = = = = = = A ? C A A C = = = = C C = = = = ? = = = G I ? = = = = = = = = = = = = ? = ? = = ? ? = = = = = ? ? = G = = T ? C = = = = = ? = = = = = = = G ? A G C A = = 0 P043 C = = = = = = G ? ? I = = = A = = ? A = = = = = = = = ? ? ? = A ? = C T ? T = = ? T A T = ? = = C = = T = ? C = G = A C ? G ? ? = C = A A T = = = = = = A ? ? D = = = G = = ? T = = = = = = = = ? ? ? = G ? = T G ? C = = ? A G C = ? = = G = = C = ? T = A = G T ? A ? ? = A = G G 0 P044 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = ? = ? (D) = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = ? = ? (I) = = = = = C = = = = = = = = = = = = = 0 P045 C = C C = = A G C = I = = D = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = T = G T = = G A G = D = = I = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 0 P046 = G = C = = = = ? ? = = G = G = = = T = = = = = = = = T = = = G = ? T G = C = = C A = C = = = T = D = = C = = = = C = C ? A = C A = C = A = T = T = = = = ? ? = = T = A = = = A = = = = = = = = A = = = A = ? C T = T = = T T = T = = = C = I = = T = = = = T = T ? G = A G = A = G 0 P047 C = C C = = A G C = I = = D = = = = A = = = = = = = = = = ? ? = ? A = = = ? ? = ? ? A = = ? ? = = ? = = = = = = (A) = = = ? = = = = = = = = T = G T = = G A G = D = = I = = = = T = = = = = = = = = = ? ? = ? G = = = ? ? = ? ? G = = ? ? = = ? = = = = = = (G) = = = ? = = = = = = = = 0 P048 C = C C = T A G C = = = = D G T D ? = = = T = C = = G T C T ? G ? = T G A C = = C = = C G = A T = I C C = C T = A = = T A = A A G = A G G T = G T = C G A G = = = = I A C I ? = = = G = T = = A A T C ? A ? = C T G T = = T = = T A = G C = D G T = T C = G = = C G = G C A = C A A 0 P049 C = = = = T = G ? ? = = = = = T D ? = = = T = C ? = G = C ? ? G ? = T G A C = = C = = C G = = = G = = C = C T = A = G T A A A = = ? = G G T = = = = C = A ? ? = = = = = C I ? = = = G = T ? = A = T ? ? A ? = C T G T = = T = = T A = = = C = = T = T C = G = A C G G G = = ? = A A 0 P050 = G G = = = G = ? ? = T = I G = = = = ? ? = = T = = ? ? T = = A A A = T G ? = = = = A T = = = = C = = = = = = = = C = C = G ? ? = C = = A = T C = = = A = ? ? = C = D A = = = = ? ? = = C = = ? ? C = = G G G = G A ? = = = = G C = = = = G = = = = = = = = T = T = A ? ? = A = = G 0 P051 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = T ? ? = A = G G = ? = = = = ? ? T G ? C C A ? = A = = G ? = = ? = = = = = G = = = T = A = = = A = = G = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = A ? ? = G = A A = ? = = = = ? ? C T ? T G G ? = G = = T ? = = ? = = = = = C = = = C = G = = = C = = A 0 P052 = (G) = (C) = = = = = (G) (I) = (G) = ? = = = T ? ? G = = = = = = = = = = ? G C = = T = = T = G = = = ? C ? ? G = = = = = = = G = = = = = = = = = = = (T) = (T) = = = = = (A) (D) = (T) = ? = = = A ? ? T = = = = = = = = = = ? A T = = C = = C = A = = = ? T ? ? C = = = = = = = A = = = = = = = = = = 0 P053 ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P054 C G = C T = = = = G = T = = G T = = = D = = = = = = = = = ? = = ? ? (C) = = ? ? = = = = = = = = = ? ? (C) = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = T T = T G = = = = A = C = = A C = = = I = = = = = = = = = ? = = ? ? (T) = = ? ? = = = = = = = = = ? ? (G) = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = 0 P055 C G = C T = = G = G I T = = = = = I A = A = G = ? A = = = = ? = = ? C T = T G G T = A = = G A T C ? C = = = = G = = A = = = = = = = = = = T T = T G = = A = A D C = = = = = D T = G = A = ? G = = = = ? = = ? T G = C C A C = G = = T G C G ? G = = = = C = = G = = = = = = = = = = 0 P056 ? ? = C = = = = = ? ? T = = ? ? = I A = = = = = ? = = = = = ? = ? ? ? T ? ? ? ? ? = ? T = = = = = I C = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = T = = = = = ? ? C = = ? ? = D T = = = = = ? = = = = = ? = ? ? ? G ? ? ? ? ? = ? C = = = = = D G = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P057 = G = C = = = = = G I T = = = = = I A = = = = = ? = = ? = = = = ? G = ? ? ? ? = ? = = = = = A = = I C = = = = = = = = T = A = C = = = = G = T = T = = = = = A D C = = = = = D T = = = = = ? = = ? = = = = ? A = ? ? ? ? = ? = = = = = G = = D G = = = = = = = = C = G = A = = = = A 0 P058 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = A = = = = = = = ? A = = T = T = = C C C C T = A C = = A A A = = = = G = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = G = = = = = = = ? G = = G = C = = G T T T C = G T = = G G G = = = = A = 0 P059 = G = = ? = G = G G = = = I = = = D T = = = = = ? = = = = = = = ? (G) = = = = = = = = (G) = = (T) (G) = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = T = = ? = A = C A = = = D = = = I A = = = = = ? = = = = = = = ? (A) = = = = = = = = (A) = = (G) (A) = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = 0 P060 ? ? C C ? = A G ? = I = = D = = = I A ? ? = = = = = = ? ? ? G = = ? = = ? ? = ? = = A = = = A T = I C C = ? ? = A = = T A A A = = A = G G ? ? G T ? = G A ? = D = = I = = = D T ? ? = = = = = = ? ? ? A = = ? = = ? ? = ? = = G = = = G C = D G T = ? ? = G = = C G G G = = C = A A 0 P061 = = = C = = = = ? = = = ? = = = = = A = = = = = = = = = = = = ? ? = ? T = T G ? T = = = = T = = = ? G = = = = = = = = T = = ? = G = A = G = = = T = = = = ? = = = ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = ? ? = ? G = C C ? C = = = = G = = = ? C = = = = = = = = C = = ? = A = C = A 0 P062 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = 0 P063 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C ? = ? ? = = = = = = = ? G = = ? ? C = D G T = T C = G = = C ? G G = = C = A A = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T ? = ? ? = = = = = = = ? A = = ? ? T = I C C = C T = A = = T ? A A = = A = G G 0 P064 = G G = = = G = G ? D ? = I G ? = = = = = T = = ? = = ? ? ? ? = ? A ? = = ? = = C ? ? = = ? G C = = = = = = ? = = C = = = = = A = = = = = = T C = = = A = C ? I ? = D A ? = = = = = G = = ? = = ? ? ? ? = ? G ? = = ? = = T ? ? = = ? A T = = = = = = ? = = T = = = = = C = = = = = 0 P065 = G = C = = = = = G I = = = = = = = A ? ? ? = = = A = = = = = = ? A = T = = G ? = = = = = = = ? = D G = T ? ? = = T = = = G ? A G = A = G = T = T = = = = = A D = = = = = = = T ? ? ? = = = G = = = = = = ? G = G = = C ? = = = = = = = ? = I C = C ? ? = = C = = = A ? C A = C = A 0 P066 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = 0 P067 C = C C = = A G C = I = = D = = = I A D = = = = = = ? = = T G = ? = T = = C = = C = = = = = G C = D G T = = = = = = = C = G = = = C = = A T = G T = = G A G = D = = I = = = D T I = = = = = = ? = = C A = ? = C = = T = = T = = = = = A T = I C C = = = = = = = T = A = = = A = = G 0 P068 C G = C = = = G = G I = G = = = = I = = = = = = = = = A = = ? = ? A = = = = = = = = A = = = A T C I C = = = = G = = A = = = = = = = = = = T T = T = = = A = A D = T = = = = D = = = = = = = = = T = = ? = ? G = = = = = = = = G = = = G C G D G = = = = C = = G = = = = = = = = = = 0 P069 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 P070 = G G = T = G = G G = T = I = = = = = = A = G = A A = = = C A = = = C T = T G G ? = = = = G = = = (I) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T C = G = A = C A = C = D = = = = = = G = A = G G = = = T G = = = T G = C C A ? = = = = T = = = (D) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P071 C = C C = T A G C = = = = D G T D ? = ? ? T = C = = G = C T ? G G = T G A C = = C = = C G = G C G D G = = = = = = = G = = = = = = = = = = T = G T = C G A G = = = = I A C I ? = ? ? G = T = = A = T C ? A A = C T G T = = T = = T A = A T C I C = = = = = = = A = = = = = = = = = = 0 P072 = G G = = = G = G ? = = G I = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T C = = = A = C ? = = T D = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P073 = = = = = T = = = = D = = = G T D ? T = = ? = C = = G ? C = = G ? G T G A C = = C = G C G (T) G C G D G = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = I = = = A C I ? A = = ? = T = = A ? T = = A ? A C T G T = = T = A T A (G) A T C I C = = = = = = = A = = = = = = = = = = 0 P074 ? (G) = ? ? ? ? ? = (G) = ? ? ? = = = = T = = = = = = = = (A) = C A ? ? = = = = = = = = = = = = = G C = D G T = T C C G = = C G G ? = = C = A A ? (T) = ? ? ? ? ? = (A) = ? ? ? = = = = A = = = = = = = = (T) = T G ? ? = = = = = = = = = = = = = A T = I C C = C T G A = = T A A ? = = A = G G 0 P075 = = = = ? (T) = = = = = = = = = = = = = I = = = = ? = = = = = = = = A C = = T = = T = A = = (T) A T = I C C = = = = = = = T = A = = = A = = G = = = = ? (C) = = = = = = = = = = = = = D = = = = ? = = = = = = = = G T = = C = = C = G = = (G) G C = D G T = = = = = = = C = G = = = C = = A 0 P076 C G = C = = = G = G I = G = = = = I = D = = = = ? = = = = = ? = ? = T = = C = = C = = = = G = = = = = T = = = = = = = C = = = C A = C = A T T = T = = = A = A D = T = = = = D = I = = = = ? = = = = = ? = ? = C = = T = = T = = = = T = = = = = C = = = = = = = T = = = A G = A = G 0 P077 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = ? = = = = = = = = 0 P078 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = C = = = = ? = = = = = = = = 0 P079 C = C C = = A G C = I = = D = = = I = D = = = = = = G ? C = = G ? = ? G ? C = = C (T) = C G G = = G D G = = ? = = = = = = = A = C A A C = = T = G T = = G A G = D = = I = = = D = I = = = = = = A ? T = = A ? = ? T ? T = = T (A) = T A T = = C I C = = ? = = = = = = = G = A G C A = = 0 P080 = = G T = = = = ? ? D = = ? = = = D = = = = = = ? = = = = = ? = ? ? = = = = = = ? ? G = = T = = = I = = = ? = = = = = = ? G = = = = = ? ? = = C C = = = = ? ? I = = ? = = = I = = = = = = ? = = = = = ? = ? ? = = = = = = ? ? A = = G = = = D = = = ? = = = = = = ? A = = = = = ? ? 0 P081 = = = = = = = = = = = = = = = = = (D) = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = ? ? C = D G T = T C = G = = C G G G = = C = A A = = = = = = = = = = = = = = = = = (I) = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = ? ? T = I C C = C T = A = = T A A A = = A = G G 0 P082 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = G A ? = I = = T = = = = T = T = = ? ? ? A = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = T G ? = D = = C = = = = C = C = = ? ? ? C = = A 0 P083 ? ? ? ? ? = = G = G I = G = = = = I = = = = = = = = = ? = = = = ? A = = ? = = = ? = A = = G A T = = C = = = = = = = = = = A = C A A C = = ? ? ? ? ? = = A = A D = T = = = = D = = = = = = = = = ? = = = = ? G = = ? = = = ? = G = = T G C = = G = = = = = = = = = = G = A G C A = = 0 P084 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G A ? = I = = T = = = = T = T ? = ? ? ? A = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T G ? = D = = C = = = = C = C ? = ? ? ? C = = A 0 P085 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = ? = ? = = = = = = = = ? = = = G A ? = I = = T = = = = T = T ? = = = = A = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = ? = ? = = = = = = = = ? = = = T G ? = D = = C = = = = C = C ? = = = = C = = A 0 P086 = G G = = = G = G G D = G ? = = = = T = = = = = = = = = = C A = ? = = = ? = = = = ? = = = ? = = = D = = C = = = = ? = C = ? ? ? ? = C = A = T C = = = A = C A I = T ? = = = = A = = = = = = = = = = T G = ? = = = ? = = = = ? = = = ? = = = I = = T = = = = ? = T = ? ? ? ? = A = G 0 P087 = G G = = = G = G G = T = I G = = ? T ? ? T = = = = = = = = = = ? = ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = G = C = = = = C = C ? = = C A = C ? ? = T C = = = A = C A = C = D A = = ? A ? ? G = = = = = = = = = = ? = ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = C = T = = = = T = T ? = = A G = A ? ? 0 P088 = G = C = = = = = ? = = T ? = = = ? = = = T = = = A = ? = = = = ? A = T = = G = = = = = = ? ? C = D = = T = = ? = T = T ? = = A G = A ? ? = T = T = = = = = ? = = G ? = = = ? = = = G = = = G = ? = = = = ? G = G = = C = = = = = = ? ? T = I = = C = = ? = C = C ? = = C A = C ? ? 0 P089 C = C C = = A G C = I = = D = = I ? A = = ? = T ? = A = T = = A ? A C T G T = = T = A T = ? ? T C I C = = = = = = = = = = = = ? = = = = = T = G T = = G A G = D = = I = = D ? T = = ? = C ? = G = C = = G ? G T G A C = = C = G C = ? ? C G D G = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0 P090 C G = C ? ? = G = G I = G = = = = ? = D = = = = = = G = C = = G ? = T G A C = = C = = C G ? ? = = = = = = = = = = = (A) = = = ? ? = = = = = T T = T ? ? = A = A D = T = = = = ? = I = = = = = = A = T = = A ? = C T G T = = T = = T A ? ? = = = = = = = = = = = (G) = = = ? ? = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? = = = ? = ? ? ? = = ? = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = ? ? ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? ? = = 1.00 ? ? ? = = ? = = = = = ? 1.00 1.00 ? = 1.00 ? ? ? = ? ? ? 1.00 = ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 = = ? = = = 1.00 1.00 = = = = = ? = ? ? = ? ? = ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 ? 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = 1.00 ? ? 1.00 ? ? = 1.00 = = ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 ? ? ? 1.00 ? = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 0.80 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = ? 1.00 = = = = = = ? ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = ? = = ? ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = ? = 1.00 ? = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? = ? = = 1.00 ? = 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = ? 1.00 = = = = = = ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = 1.00 0.52 = = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? = 1.00 ? ? ? ? = ? 1.00 1.00 = = = ? ? = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 0.80 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 0.97 = 0.97 0.97 = = 0.97 0.97 0.97 = 0.97 = = 0.97 = = 0.59 ? 0.97 = = = = = = = = = = 1.00 ? = ? ? = = = = = = ? ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 0.99 = = = = = = 0.99 ? ? 0.99 = = = 0.99 = = ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 ? = ? 1.00 ? = = = = = ? ? 1.00 = = = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = ? 1.00 = ? 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 0.99 = 0.99 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = ? = ? 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.84 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 ? 1.00 ? = 1.00 1.00 ? 1.00 = = ? ? = 1.00 = = = 0.52 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = ? = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 ? ? = ? ? = 1.00 1.00 ? = = 1.00 ? 1.00 = = = ? = = = 1.00 = = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 0.99 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 0.97 = 0.97 0.97 = = 0.97 0.97 0.97 = 0.97 = = ? = = = ? 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 1.00 = ? ? = = = = = = = = 0.99 = = 0.99 0.99 0.99 = = = = = = = = = = = = = 0.99 = 0.99 0.99 0.99 0.99 = = 0.57 0.57 = 0.57 ? = = 0.57 = 0.57 0.57 0.57 = = = = = ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? = ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 0.83 0.83 = = = = 0.85 = 0.85 = = 0.94 = = = ? = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? = = 1.00 = ? 1.00 0.73 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = = = ? 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 ? = 1.00 ? ? 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 1.00 ? = = ? ? = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? ? = ? = ? ? = ? ? 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? = = ? = ? 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? = ? = = = = = = = = ? ? 1.00 = ? = ? ? = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = ? ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = ? = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? = 1.00 = ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? 0.52 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = 0.69 = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? = = = = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? = = = ? 1.00 = = = = = ? = = ? = ? ? = ? 1.00 ? = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 ? = = 1.00 = ? = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = ? = = = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = ? = ? = = ? ? = = = = = ? ? = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = = = = ? = = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 ? ? 1.00 = = = 1.00 = = ? 1.00 = = = = = = = = ? ? ? = 1.00 ? = 1.00 1.00 ? 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 = ? = = 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = ? = ? 0.65 = = = = = 0.96 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = ? 1.00 = = = ? ? = ? ? 1.00 = = ? ? = = ? = = = = = = 0.50 = = = ? = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? ? = = = = = 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? ? = = 1.00 = = ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = ? = = = = ? ? 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 ? = = ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 0.87 = 0.87 = = = = = 0.87 0.87 = 0.87 = ? = = = 1.00 ? ? 1.00 = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = ? 1.00 ? ? 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 0.91 = = = = = = = = = ? = = ? ? 0.51 = = ? ? = = = = = = = = = ? ? 0.51 = = = = = = = = = = = = = = = 0.51 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = = = = ? = = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = 1.00 = = = = = ? ? 1.00 = = ? ? = 1.00 1.00 = = = = = ? = = = = = ? = ? ? ? 1.00 ? ? ? ? ? = ? 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = ? = = ? = = = = ? 1.00 = ? ? ? ? = ? = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 0.99 0.95 = = = = = ? = = = = = = = ? 0.86 = = = = = = = = 0.86 = = 0.86 0.86 = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = ? ? 0.99 0.99 ? = 0.99 0.99 ? = 0.99 = = 0.99 = = = 1.00 1.00 ? ? = = = = = = ? ? ? 1.00 = = ? = = ? ? = ? = = 1.00 = = = 0.95 0.95 = 0.95 0.95 0.95 = ? ? = 0.95 = = 0.95 0.95 0.95 0.95 = = 0.95 = 0.95 0.95 = = = 1.00 = = = = ? = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? = ? 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = ? ? = = = = = = = ? 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 0.98 0.98 = = = 0.98 = 0.98 ? 0.98 ? = 0.98 1.00 ? = = = = = 1.00 = = ? = = ? ? ? ? = ? 1.00 ? = = ? = = 1.00 ? ? = = ? 1.00 1.00 = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 ? ? ? = = = 1.00 = = = = = = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = = = = = = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = 0.91 = = ? = ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 = = = 0.61 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = ? = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.54 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? 0.88 = ? ? ? ? ? = 0.88 = ? ? ? = = = = 1.00 = = = = = = = = 0.88 = 1.00 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? 0.53 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 0.83 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 0.98 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = ? = = = = = ? = ? = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 ? = ? 1.00 ? 1.00 = = 1.00 0.63 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 0.95 0.95 = = = = ? ? 1.00 = = ? = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = ? = ? ? = = = = = = ? ? 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? = = = = = = ? 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.89 = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = ? ? ? 1.00 = = 1.00 ? ? ? ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = ? 1.00 = = ? = = = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 0.91 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? = ? ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = ? = ? = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? = = = ? = = = = ? = = = ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = ? = 1.00 = ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? 1.00 ? ? 1.00 = = = = = = = = = = ? = ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 = = = = = ? = = 1.00 ? = = = ? = = = 1.00 = = = 1.00 = ? = = = = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 0.99 ? 1.00 = = ? = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = 0.85 = = = ? ? = = = = = END PHASEPROBS