************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 sod2x.phase.inp sod2x.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST sod2x.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates sod2x.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual sod2x.phase.out_recom : estimates of recombination parameters sod2x.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 32 Positions of loci: 442 697 1392 1546 1742 1752 1807 1950 2246 2797 3449 3480 3534 6569 7067 7693 7832 8673 9412 9416 9656 9698 9884 9994 10031 11049 13035 13349 14200 14274 14341 14587 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file sod2x.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GAGACGCACAATGDACCTDGCAAGTTGCTTCA 64.000000 2 GAGACGCACAATGDACCTDGCAAGTTGATTCA 8.000000 3 GAGACGCACAATGITCTCIGCATTGGACCCTC 1.000000 4 GAGACGCACAATGITCTCIGCATTGGAACCTC 3.000000 5 CAGACGCACAATGDTCCTDGCAATGGACTCCA 1.000000 6 CAGACGCACAGTTITCCTDGTAATTGGCTCCA 1.000000 7 CAAACGCACAGTTITCCTDGCAATGGGCTCCA 1.000000 8 CAAACGCACAGTTITCCTDGTAATTGGCTCCA 1.000000 9 CAAACGCACAGTTITCCTDACAATTGGCCCCA 7.000000 10 CGGCCGCATGGTTITTCCIGCAATTGGCCCCA 1.000000 11 CGGCCGCATGGTTITTCCIGTAATGGGCCCCA 1.000000 12 CGGCCGCATGGTTITTCCIGTGATGGGCCCCA 37.000000 13 CGGCCGCATGGTTITTCCIGTGTTGGGCCCTC 1.000000 14 CGGCCACATGGCTITCCTDACAATTGGCCCCA 2.000000 15 CGGCCACATGGCTITCCCIGTAATGGACCCCA 8.000000 16 CGGCTAGGTGATGDTCCTDGCAATGGGCTCCA 3.000000 17 CGGCTAGGTGGCTITCCTDGCAATGGGCTCCA 1.000000 18 CGGCTAGGTGGCTITCTCIGCATTGGACCCTC 39.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (1,1) P002: (12,18) P003: (15,18) P004: (15,17) P005: (1,12) P006: (12,18) P007: (1,1) P008: (2,18) P009: (1,1) P010: (1,1) P011: (7,10) P012: (18,18) P013: (1,4) P014: (12,12) P015: (1,12) P016: (12,12) P017: (1,16) P018: (12,12) P019: (2,12) P020: (1,12) P021: (1,9) P022: (12,12) P023: (1,15) P024: (3,18) P025: (1,12) P026: (1,12) P027: (1,1) P028: (1,12) P029: (1,14) P030: (1,9) P031: (1,1) P032: (5,18) P033: (1,18) P034: (1,2) P035: (1,4) P036: (12,18) P037: (1,18) P038: (12,12) P039: (1,2) P040: (1,18) P041: (1,15) P042: (12,14) P043: (1,12) P044: (1,18) P045: (13,18) P046: (9,18) P047: (15,18) P048: (1,1) P049: (1,12) P050: (9,18) P051: (12,18) P052: (1,1) P053: (1,18) P054: (1,18) P055: (1,12) P056: (8,9) P057: (1,6) P058: (1,12) P059: (11,18) P060: (1,18) P061: (9,18) P062: (1,12) P063: (1,2) P064: (15,18) P065: (1,12) P066: (2,18) P067: (1,2) P068: (2,18) P069: (12,18) P070: (1,4) P071: (12,12) P072: (1,12) P073: (1,1) P074: (1,1) P075: (18,18) P076: (12,18) P077: (1,15) P078: (12,18) P079: (9,18) P080: (16,18) P081: (1,18) P082: (1,18) P083: (1,18) P084: (1,15) P085: (1,18) P086: (18,18) P087: (12,16) P088: (1,1) P089: (1,12) P090: (1,12) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A 0 P002 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P003 C G G C C A C A T G G C T I T C C C I G T A A T G G A C C C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P004 C G G C C A C A T G G C T I T C C C I G T A A T G G A C C C C A C G G C T A G G T G G C T I T C C T D G C A A T G G G C T C C A 0 P005 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P006 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P007 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A 0 P008 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G A T T C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P009 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A 0 P010 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A 0 P011 C A A A C G C A C A G T T [I] T C C T D G C A A T G G G C T C C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G C A A T T G G C C C C A 0 P012 C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P013 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G (C) T T C A G A G A C G C A C A A T G I T C T C I G C A T T G G A (A) C C T C 0 P014 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P015 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P016 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P017 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C T A G G T G A T G D T C C T D G C A A T G G G C T C C A 0 P018 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P019 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G A T T C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P020 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P021 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C A A A C G C A C A G T T I T C C T D A C A A T T G G C C C C A 0 P022 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P023 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C A C A T G G C T I T C C C I G T A A T G G A C C C C A 0 P024 G A G A C G C A C A A T G I T C T C I G C A T T G G A C C C T C C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P025 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P026 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P027 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A 0 P028 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P029 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C A C A T G G C T I T C C T D A C A A T T G G C C C C A 0 P030 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C A A A C G C A C A G T T I T C C T D A C A A T T G G C C C C A 0 P031 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A 0 P032 C A G A C G C A C A A T G D T C C T D G C A A T G G A C T C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P033 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P034 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G A T T C A 0 P035 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G (C) T T C A G A G A C G C A C A A T G I T C T C I G C A T T G G A (A) C C T C 0 P036 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P037 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P038 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P039 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G A T T C A 0 P040 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P041 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C A C A T G G C T I T C C C I G T A A T G G A C C C C A 0 P042 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A C G G C C A C A T G G C T I T C C T D A C A A T T G G C C C C A 0 P043 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P044 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P045 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G T T G G G C C C T C C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P046 C A A A C G C A C A G T T I T C C T D A C A A T T G G C C C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P047 C G G C C A C A T G G C T I T C C C I G T A A T G G A C C C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P048 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A 0 P049 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P050 C A A A C G C A C A G T T I T C C T D A C A A T T G G C C C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P051 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P052 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A 0 P053 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P054 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P055 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P056 C A A A C G C A C A G T T I T C C T D G T A A T T G G C T C C A C A A A C G C A C A G T T I T C C T D A C A A T T G G C C C C A 0 P057 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C A G A C G C A C A G T T I T C C T D G T A A T T G G C T C C A 0 P058 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P059 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T A A T G G G C C C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P060 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P061 C A A A C G C A C A G T T I T C C T D A C A A T T G G C C C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P062 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P063 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G A T T C A 0 P064 C G G C C A C A T G G C T I T C C C I G T A A T G G A C C C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P065 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P066 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G A T T C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P067 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G A T T C A 0 P068 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G A T T C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P069 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P070 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G (C) T T C A G A G A C G C A C A A T G I T C T C I G C A T T G G A (A) C C T C 0 P071 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P072 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P073 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A 0 P074 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A 0 P075 C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P076 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P077 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C A C A T G G C T I T C C C I G T A A T G G A C C C C A 0 P078 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P079 C A A A C G C A C A G T T I T C C T D A C A A T T G G C C C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P080 C G G C T A G G T G A T G D T C C T D G C A A T G G G C T C C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P081 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P082 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P083 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P084 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C A C A T G G C T I T C C C I G T A A T G G A C C C C A 0 P085 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P086 C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C C G G C T A G G T G G C T I T C T C I G C A T T G G A C C C T C 0 P087 C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A C G G C T A G G T G A T G D T C C T D G C A A T G G G C T C C A 0 P088 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A 0 P089 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A 0 P090 G A G A C G C A C A A T G D A C C T D G C A A G T T G C T T C A C G G C C G C A T G G T T I T T C C I G T G A T G G G C C C C A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 P002 = = = = C G C A = = = T = ? = T C = = = T G A = = ? G = = = C A = = = = T A G G = = = C = ? = C T = = = C A T = = ? A = = = T C 0 P003 = = = = C = C A ? = = = = = = = C = = = T = A = = ? = = = = C A = = = = T = G G ? = = = = = = = T = = = C = T = = ? = = = = T C 0 P004 = = = = C = C A ? = = = = = = = = C I = T = ? ? ? = A = C = = = = = = = T = G G ? = = = = = = = = T D = C = ? ? ? = G = T = = = 0 P005 G A = A = = = = C A A = G D A C = T D = C A = G T T = = T T = = C G = C = = = = T G G = T I T T = C I = T G = T G G = = C C = = 0 P006 = = = = C G C A = = = T = = = T C = = = T G A = = = G = = = C A = = = = T A G G = = = C = = = C T = = = C A T = = = A = = = T C 0 P007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P008 ? ? = A C G C A C A A T G D A = C T D = = = A G T ? G A T T C A ? ? = C T A G G T G G C T I T = T C I = = = T T G ? A C C C T C 0 P009 ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0 P010 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 0 P011 = A A ? = = ? ? C A = = = ? = C = T D = = = = = G ? = = T = = = = G G ? = = ? ? T G = = = ? = T = C I = = = = = T ? = = C = = = 0 P012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P013 = = = = = = = = = = = = = D A = C T D = = = A G T T G (C) T T C A = = = = = = = = = = = = = I T = T C I = = = T T G G A (A) C C T C 0 P014 ? ? = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P015 G A = A = = = = C A A = G D A C = T D = C A = G T T = = T T = = C G = C = = = = T G G = T I T T = C I = T G = T G G = = C C = = 0 P016 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 0 P017 ? ? = ? C G C A C A = = = = A = = = = = = = ? ? ? T = = = T = = ? ? = ? T A G G T G = = = = T = = = = = = = ? ? ? G = = = C = = 0 P018 = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P019 G A = ? = = ? ? C A A = G D A C = T D = C A = G T ? = A T T = = C G = ? = = ? ? T G G = T I T T = C I = T G = T G ? = C C C = = 0 P020 G A = A = = ? ? C A A = G D A C = T D = C A = G T T = = T T = = C G = C = = ? ? T G G = T I T T = C I = T G = T G G = = C C = = 0 P021 G = G ? = = ? ? ? ? ? ? ? D A ? = = = G = = = G = T = = T T = = C = A ? = = ? ? ? ? ? ? ? I T ? = = = A = = = T = G = = C C = = 0 P022 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P023 G A = A = G = ? C A A T G D A = = T D = C = = G T T G = T T = = C G = C = A = ? T G G C T I T = = C I = T = = T G G A = C C = = 0 P024 G A = A C G C A C A A T G = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = C G = C T A G G T G G C T = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 P025 G A = A = = = = ? A A = G D A C = T D = C A = G T T = = T ? = = C G = C = = = = ? G G = T I T T = C I = T G = T G G = = C ? = = 0 P026 G A = A = = = = C A A = G D A C = T D = C A = G T T = = T T = = C G = C = = = = T G G = T I T T = C I = T G = T G G = = C C = = 0 P027 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P028 G A = A = = = = C A A = G D A C = T D = C A = G T ? = = T T = = C G = C = = = = T G G = T I T T = C I = T G = T G ? = = C C = = 0 P029 G A = A = G = = C A A T G D A = = = = G = = = G = T = = T T = = C G = C = A = = T G G C T I T = = = = A = = = T = G = = C C = = 0 P030 G = G ? = = ? ? = = A = G D A = = = = G = = = G = T = = T T = = C = A ? = = ? ? = = G = T I T = = = = A = = = T = G = = C C = = 0 P031 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P032 = A = A C G C A C A A T G D = = C T D = = = ? ? ? = = = T = C A = G = C T A G G T G G C T I = = T C I = = = ? ? ? = = = C = T C 0 P033 G A = A C G C A ? A A T G D A = C T D = = = A G T ? G = T T C A C G = C T A G G ? G G C T I T = T C I = = = T T G ? A = C C T C 0 P034 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 P035 = = = = = = = = = = = = = D A = C T D = = = A G T T G (C) T T C A = = = = = = = = = = = = = I T = T C I = = = T T G G A (A) C C T C 0 P036 = = = = C G C A = = = T = = = T C = = = T G A = = ? G = = = C A = = = = T A G G = = = C = = = C T = = = C A T = = ? A = = = T C 0 P037 G A = A C G C A C A A T G D A = C T D = = = A G T T G = T T C A C G = C T A G G T G G C T I T = T C I = = = T T G G A = C C T C 0 P038 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 P039 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 P040 G A = A C G C A C A A T G D A = C T D = = = A G T T G = ? T C A C G = C T A G G T G G C T I T = T C I = = = T T G G A = ? C T C 0 P041 G A = A = G = = C A A T G D A = = T D = ? ? = G T T G = T T = = C G = C = A = = T G G C T I T = = C I = ? ? = T G G A = C C = = 0 P042 = = = = = G = = = = = T = = = T = C I G T G = = G = ? ? = = = = = = = = = A = = = = = C = = = C = T D A C A = = T = ? ? = = = = 0 P043 G A = A = = = = C A A = G D A C = T D = C A = G T T = = T T = = C G = C = = = = T G G = T I T T = C I = T G = T G G = = C C = = 0 P044 G A = A C G C A C A A T G D A = C T D = = = A G T ? G = T T C A C G = C T A G G T G G C T I T = T C I = = = T T G ? A = C C T C 0 P045 = = = = C G C A = = = T = = = T C = = = T G = = = ? G = ? = = = = = = = T A G G = = = C = = = C T = = = C A = = = ? A = ? = = = 0 P046 = A A ? C G ? A ? ? = T = = = = C T D A = = A = T = G = = = C A = G G ? T A ? G ? ? = C = = = = T C I G = = T = G = A = = = T C 0 P047 = = = = C = C A = = = = = = = = C = = = T = A = = = = = = = C A = = = = T = G G = = = = = = = = T = = = C = T = = = = = = = T C 0 P048 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P049 G A = A = = = = C A A = G D A C = T D = C A = G T T = = T T = = C G = C = = = = T G G = T I T T = C I = T G = T G G = = C C = = 0 P050 = A A A C G C ? C A = T = = = = C T D A = = A = T = G = = = C A = G G C T A G ? T G = C = = = = T C I G = = T = G = A = = = T C 0 P051 = = = = C G C A = = = T = = = T C = = = T G A = = = G = = = C A = = = = T A G G = = = C = = = C T = = = C A T = = = A = = = T C 0 P052 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P053 G A = A C G C A C A A T G D A = C T D = = = A G T T G = T T C A C G = C T A G G T G G C T I T = T C I = = = T T G G A = C C T C 0 P054 G A = A C G C A C A A T G D A = C T D = = = A G T ? G = T T C A C G = C T A G G T G G C T I T = T C I = = = T T G ? A = C C T C 0 P055 G A = A = = = = C A A = G D A C = T D = C A = G T ? = = T T = = C G = C = = = = T G G = T I T T = C I = T G = T G ? = = C C = = 0 P056 = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = G T = = = = = = = T = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = A C = = = = = = = C = = = 0 P057 G = = = = = = = = = A = G D A = = = = = C = = G = T = = = T = = C = = = = = = = = = G = T I T = = = = = T = = T = G = = = C = = 0 P058 G A = ? ? ? ? = C A A = G D A C = T D = C A = G T ? = = T T = = C G = ? ? ? ? = T G G = T I T T = C I = T G = T G ? = = C C = = 0 P059 = = = = C G C A = = = T = = = T C = = = T = A = = = G = = = C A = = = = T A G G = = = C = = = C T = = = C = T = = = A = = = T C 0 P060 G A = A C G C A C A A T G D A = C T D = = = A G T ? G = T T C A C G = C T A G G T G G C T I T = T C I = = = T T G ? A = C C T C 0 P061 = A A ? C G C A ? ? = T = = = = C T D A = = A = T = G = = = C A = G G ? T A G G ? ? = C = = = = T C I G = = T = G = A = = = T C 0 P062 G A = ? ? ? ? = C A A = G D A C = T D = C A = G T T = = T T = = C G = ? ? ? ? = T G G = T I T T = C I = T G = T G G = = C C = = 0 P063 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = A = = = = 0 P064 = = = = C = C A = = = = = = = = C = = = T = A = = = = = = = C A = = = = T = G G = = = = = = = = T = = = C = T = = = = = = = T C 0 P065 G A = A = = = = C A A = G D A C = T D = C A = G T T = = ? ? = = C G = C = = = = T G G = T I T T = C I = T G = T G G = = ? ? = = 0 P066 G A = A C G C A C A A T G D A = C T D = = = A G T T G A T T C A C G = C T A G G T G G C T I T = T C I = = = T T G G A C C C T C 0 P067 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = 0 P068 G A = A C G C A C A A T G D A = C T D = = = A G T ? G A T T C A C G = C T A G G T G G C T I T = T C I = = = T T G ? A C C C T C 0 P069 = = = = C G C A = = = T = = = T C = = = T G A = = = G = = = C A = = = = T A G G = = = C = = = C T = = = C A T = = = A = = = T C 0 P070 = = = = ? = = = = = = = = D A = C T D = = = A G T T G (C) T T C A = = = = ? = = = = = = = = I T = T C I = = = T T G G A (A) C C T C 0 P071 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P072 G A = A = = = = C A A = G D A C = T D = C A = G T T = = T T = = C G = C = = = = T G G = T I T T = C I = T G = T G G = = C C = = 0 P073 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 P074 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P075 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P076 = = = = ? G C A = = = T = = = T C = = = T G A = = = G = = = C A = = = = ? A G G = = = C = = = C T = = = C A T = = = A = = = T C 0 P077 G A = A = G = = C A A T G D A = = T D = C = = G T T G = T T = = C G = C = A = = T G G C T I T = = C I = T = = T G G A = C C = = 0 P078 = = = = C G C A = = ? T = = = T C = = = T G A = = = G = = = C A = = = = T A G G = = ? C = = = C T = = = C A T = = = A = = = T C 0 P079 = A A ? C G C ? ? ? = T = = = = C T D A = = A = T = G = ? = C A = G G ? T A G ? ? ? = C = = = = T C I G = = T = G = A = ? = T C 0 P080 = = = = = = = = = = A T G D = = C T D = = = ? ? ? = G = ? = C A = = = = = = = = = = G C T I = = T C I = = = ? ? ? = A = ? = T C 0 P081 G A = A C G C A C A A T G D A = C T D = = = A G T T G = T T C A C G = C T A G G T G G C T I T = T C I = = = T T G G A = C C T C 0 P082 G A = A C G C A C A A T G D A = C T D = = = A G T T G = T T C A C G = C T A G G T G G C T I T = T C I = = = T T G G A = C C T C 0 P083 G A = A C G ? ? C A A T G D A = C T D = = = A G T T G = ? ? C A C G = C T A ? ? T G G C T I T = T C I = = = T T G G A = ? ? T C 0 P084 G A = A = G = = C A A T G D A = = T D = C = = G T T G = T T = = C G = C = A = = T G G C T I T = = C I = T = = T G G A = C C = = 0 P085 G A = A C G C A C A A T G D A = C T D = = = A G T T G = T T C A C G = C T A G G T G G C T I T = T C I = = = T T G G A = C C T C 0 P086 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P087 = = = = C G C A = = G = T I = T = C I = T G ? ? ? ? = = ? ? ? = = = = = T A G G = = A = G D = C = T D = C A ? ? ? ? = = ? ? ? = 0 P088 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P089 G A = A = = = = C A A = G D A C = T D = C A = G T T = = T T = = C G = C = = = = T G G = T I T T = C I = T G = T G G = = C C = = 0 P090 G A = A = = = = C A A = G D A C = T D = C A = G T T ? ? ? T = = C G = C = = = = T G G = T I T T = C I = T G = T G G ? ? ? C = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = ? = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 0.98 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 1.00 1.00 ? = = ? ? 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.55 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? ? = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? = = ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = = ? ? ? ? ? ? ? 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = = ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 0.99 0.99 0.99 = = = ? ? ? = = = 0.99 = 0.99 0.99 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.56 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = ? ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = ? = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 ? 1.00 ? ? = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.98 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 0.98 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.55 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = ? ? ? = 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = = END PHASEPROBS