Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop hz 000412 G 0.05 C 0.95 0.09 000442 G 0.41 C 0.59 0.48 000495 T 0.04 A 0.96 0.08 000664 T 0.01 C 0.99 0.02 000697 A 0.48 G 0.52 0.50 000839 C 0.01 G 0.99 0.01 000869 G 0.01 A 0.99 0.01 000931 G 0.01 C 0.99 0.01 000991 G 0.01 A 0.99 0.02 000992 A 0.01 G 0.99 0.01 001212 G 0.01 C 0.99 0.01 001392 A 0.05 G 0.95 0.10 001546 A 0.47 C 0.53 0.50 001657 T 0.01 G 0.99 0.03 001742 T 0.25 C 0.75 0.37 001752 A 0.30 G 0.70 0.42 001807 G 0.26 C 0.74 0.38 001857 C 0.01 G 0.99 0.01 001950 G 0.24 A 0.76 0.37 001961 C 0.01 G 0.99 0.01 002228 T 0.01 G 0.99 0.01 002246 C 0.47 T 0.53 0.50 002396 T 0.01 A 0.99 0.01 002497 G 0.01 A 0.99 0.01 002519 C 0.01 A 0.99 0.01 002787 A 0.01 G 0.99 0.01 002797 A 0.47 G 0.53 0.50 002946 A 0.01 G 0.99 0.01 003141 C 0.01 G 0.99 0.01 003175 G 0.01 A 0.99 0.01 003263 G 0.03 C 0.97 0.05 003449 A 0.46 G 0.54 0.50 003480 C 0.28 T 0.72 0.41 003482 G 0.02 A 0.98 0.04 003532 G 0.02 A 0.98 0.04 003534 G 0.45 T 0.55 0.49 003558 A 0.01 G 0.99 0.01 003622 G 0.01 A 0.99 0.02 003731 G 0.01 A 0.99 0.01 006507 C 0.01 G 0.99 0.01 006569 - 0.44 + 0.56 0.49 007067 A 0.40 T 0.60 0.48 007303 T 0.04 G 0.96 0.07 007397 G 0.02 A 0.98 0.05 007648 G 0.01 A 0.99 0.01 007693 T 0.22 C 0.78 0.35 007696 A 0.01 G 0.99 0.01 007703 A 0.03 C 0.97 0.05 007832 T 0.24 C 0.76 0.36 008673 T 0.49 C 0.51 0.50 008986 + 0.01 - 0.99 0.01 009028 A 0.01 G 0.99 0.02 009234 T 0.01 C 0.99 0.01 009235 G 0.01 A 0.99 0.01 009412 - 0.49 + 0.51 0.50 009416 A 0.05 G 0.95 0.10 009417 C 0.01 G 0.99 0.01 009422 - 0.01 + 0.99 0.01 009456 G 0.01 A 0.99 0.01 009656 T 0.27 C 0.73 0.39 009684 A 0.01 G 0.99 0.01 009698 G 0.21 A 0.79 0.34 009884 T 0.25 A 0.75 0.37 009994 G 0.42 T 0.58 0.49 010009 T 0.01 G 0.99 0.01 010031 T 0.49 G 0.51 0.50 010176 T 0.01 C 0.99 0.02 010312 - 0.01 + 0.99 0.01 010844 C 0.01 T 0.99 0.01 010845 G 0.01 A 0.99 0.01 011049 T 0.41 G 0.59 0.48 012891 C 0.01 G 0.99 0.01 013004 T 0.04 C 0.96 0.08 013005 A 0.02 G 0.98 0.03 013035 A 0.30 G 0.70 0.42 013234 T 0.02 A 0.98 0.05 013267 G 0.05 A 0.95 0.09 013324 - 0.03 + 0.97 0.06 013349 A 0.06 C 0.94 0.12 013409 A 0.03 G 0.97 0.06 013526 T 0.01 C 0.99 0.01 014196 T 0.03 C 0.97 0.06 014200 T 0.44 C 0.56 0.49 014269 C 0.01 G 0.99 0.01 014274 T 0.39 C 0.61 0.48 014275 T 0.01 A 0.99 0.01 014290 C 0.05 T 0.95 0.09 014341 T 0.25 C 0.75 0.37 014373 G 0.01 A 0.99 0.01 014387 C 0.01 G 0.99 0.01 014587 C 0.24 A 0.76 0.37 014705 A 0.02 G 0.98 0.04 014799 A 0.04 G 0.96 0.08 Note: pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 006569: ATTTC 008986: T 009412: ACGG 009422: AAAACTG 010312: ca 013324: AGTATTTAAAGGC