************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 sirt1.phase.inp sirt1.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST sirt1.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates sirt1.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual sirt1.phase.out_recom : estimates of recombination parameters sirt1.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 95 Number of Loci: 60 Positions of loci: 682 940 1058 1064 2003 2083 3699 5292 5943 6625 6627 7236 7240 7692 7848 8042 10498 11283 11535 15374 16125 16320 16490 16496 16947 17108 17218 18082 18483 18631 18766 19434 19506 19844 20115 20414 21606 21684 21914 22112 23323 23626 23670 24739 25212 25220 26332 26454 26753 26870 27244 27541 28277 31883 32649 33339 33555 34185 36021 36549 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file sirt1.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 AAAGCICTACCGAAACACCACCGCADGCICAGTGGICCAATATGCCTGGCCADACITDTC 2.000000 2 AAAGCICTACCGGGATACCACCGCGDGTDCCGTCGITCAATATGCTCGACTAIATITICT 1.000000 3 AAAGCICTACCGGGATACGACCGCGDGTDCCGTCGICCAATATGCTCGACTAIATITICT 12.000000 4 AAAGCICTACCGGGATACGACCGCGDGTDCCGTCGITCAATATGCTCGACTAIATITICT 3.000000 5 AAAGCICTACCGGGATGTGACCGTAIGTDCCATCGICCAATATGCTCGACTAIATITICT 2.000000 6 AAAGCICTACCGGGATGTGACCATGIGTDCCATCGICCAATATGCTCGACTAIATITICT 1.000000 7 AAAGCITTACCGGGATGTGACCGTAIGTDCCATCGICCAATATGCTCGACTAIATITICT 8.000000 8 AAAGCITTACCGGGATGTGACCATGIGTDCCATCGICCAATATGCTCGACTAIATITICT 16.000000 9 AAAGTICTAATGGGATACGAGCGCADGTDCCGTCGICCGATATGCTCGACTAIATICICT 25.000000 10 AAGGCICTGCCGGGATACGACTGCGDATDCCGTCGITCAACGGGCTCGACTGIATITICT 5.000000 11 ACAGCDCTACCGAAACACCACCGCADGCICAGTGGICCAATATGCCTGGCCADACITDTC 16.000000 12 ACAGCDCTACCGGAATACCGCCGCADGCICCGTGTDCCAGTATGTCTCACCAIATITICC 4.000000 13 ACAGCDCTACCGGAATACCGCCGCADGCICCGGGTDCCAGTATGTCTCACCAIATITICC 11.000000 14 ACAGCDCTACCGGGATACGACCGCGDGTICCGTCGITCAATATGCTCGACTAIATITICT 2.000000 15 ACACCDCAACCAGAGTACCGCCGCADGCITCGTGGICAAGTATTTCTCAGCAIGTITICC 1.000000 16 ACACCDCAACCAGAGTACCGCCGCADGCITCGTGGICAAGTATTTCTCAGCAIGTDTICC 49.000000 17 ACACCDCAACCAGAGTACCGCCGCADGCITCGTGGICAAGTATTTCTCAGCAIGTDTICT 2.000000 18 ACACCDCTACCAGAGTACCGCCGCADGCITCGTGGICAAGTATTTCTCAGCAIGTDTICC 9.000000 19 ACACCDCTACCGGAATACCACCGCADGCICAGTGGICCAATGGGCCTGGCCADATITDCC 2.000000 20 GAGGCICTGCCGGGATACGACTGCGDATDCCGTCGITCAACGGGCTCGACTGIATITICT 18.000000 21 GCACCDCAACCAGAGTACCGCCGCADGCITCGTGGICAAGTATTTCTCAGCAIGTDTICC 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (11,16) D002: (7,20) D003: (11,16) D004: (2,16) D005: (1,14) D006: (11,19) D007: (7,11) D008: (11,16) D009: (4,11) D010: (12,13) D011: (13,18) D012: (3,19) D013: (4,13) D014: (3,16) D015: (11,11) DY01: (4,11) DY02: (13,13) DY03: (7,11) DY04: (11,13) DY05: (3,13) DY06: (1,14) DY07: (11,12) DY08: (7,12) DY09: (11,13) DY10: (8,13) DY11: (3,13) DY12: (11,12) E101: (16,16) E102: (16,16) E103: (18,18) E104: (16,16) E105: (3,16) E106: (16,16) E107: (3,16) E108: (10,21) E109: (3,16) E110: (16,16) E111: (3,8) E112: (8,18) E113: (16,16) E114: (16,16) E115: (5,8) E116: (16,16) E117: (16,18) E118: (16,18) E119: (8,16) E120: (8,8) E121: (11,16) E122: (8,16) H101: (7,20) H102: (10,16) H103: (5,6) H104: (16,16) H105: (8,11) H106: (17,17) H107: (7,16) H108: (16,16) H109: (10,16) H110: (13,18) H111: (8,20) H112: (3,16) H113: (7,15) H114: (3,16) H115: (3,8) H116: (3,16) H117: (16,16) H118: (9,20) H119: (9,20) H120: (7,16) H121: (16,18) H122: (8,20) X101: (9,20) X102: (9,9) X103: (9,9) X104: (9,9) X105: (20,20) X106: (9,9) X107: (8,16) X108: (20,20) X109: (9,10) X110: (8,9) X111: (9,20) X112: (8,20) X113: (16,20) X114: (9,16) X115: (9,10) X116: (9,20) X117: (9,20) X118: (9,9) X119: (8,16) X120: (16,20) X121: (18,20) X122: (9,9) X123: (9,16) X124: (9,9) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 A [C] A G C [D] C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 D002 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C G T A I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 D003 A [C] A G C [D] C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 D004 A A A G [C] I C T A C C G G G A T A C C A C C G C G D G T D C C G T C G I T C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 D005 A (A) A G C (I) C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C A (C) A G C (D) C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T I C C G T C G I T C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T 0 D006 A [C] A G C [D] C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C A [C] A [C] C [D] C T A C C G G A A T A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T G G G C C T G G C C A D A T I T D C C 0 D007 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C G T A I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A G C D C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C 0 D008 A [C] A G C [D] C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 D009 A A A G [C] I C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T D C C G T C G I T C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A [C] A G C [D] C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C 0 D010 A C A G C D C T A C C G G A A T A C C G C C G C A D G C I C C G T G T D C C A G T A T G T C T C A C C A I A T I T I C C A C A G C D C T A C C G G A A T A C C G C C G C A D G C I C C G G G T D C C A G T A T G T C T C A C C A I A T I T I C C 0 D011 A C A G C D C T A C C G G A A T A C C G C C G C A D G C I C C G G G T D C C A G T A T G T C T C A C C A I A T I T I C C A C A C C D C T A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 D012 A A A G C I C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T D C C G T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A [C] A [C] C [D] C T A C C G G A A T A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T G G G C C T G G C C A D A T I T D C C 0 D013 A A A G [C] I C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T D C C G T C G I T C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A G C D C T A C C G G A A T A C C G C C G C A D G C I C C G G G T D C C A G T A T G T C T C A C C A I A T I T I C C 0 D014 A A A G C I C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T D C C G T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 D015 A C A G C D C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C A [C] A G C [D] C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C 0 DY01 A A A G [C] I C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T D C C G T C G I T C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A [C] A G C [D] C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C 0 DY02 A C A G C D C T A C C G G A A T A C C G C C G C A D G C I C C G G G T D C C A G T A T G T C T C A C C A I A T I T I C C A C A G C D C T A C C G G A A T A C C G C C G C A D G C I C C G G G T D C C A G T A T G T C T C A C C A I A T I T I C C 0 DY03 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C G T A I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A G C D C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C 0 DY04 A C A G C D C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C A C A G C D C T A C C G G A A T A C C G C C G C A D G C I C C G G G T D C C A G T A T G T C T C A C C A I A T I T I C C 0 DY05 A A A G C I C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T D C C G T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A G C D C T A C C G G A A T A C C G C C G C A D G C I C C G G G T D C C A G T A T G T C T C A C C A I A T I T I C C 0 DY06 A A A G C [I] C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C A C A G C [D] C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T I C C G T C G I T C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T 0 DY07 A C A G C D C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C A C A G C D C T A C C G G A A T A C C G C C G C A D G C I C C G T G T D C C A G T A T G T C T C A C C A I A T I T I C C 0 DY08 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C G T A I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A G C D C T A C C G G A A T A C C G C C G C A D G C I C C G T G T D C C A G T A T G T C T C A C C A I A T I T I C C 0 DY09 A C A G C D C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C A C A G C D C T A C C G G A A T A C C G C C G C A D G C I C C G G G T D C C A G T A T G T C T C A C C A I A T I T I C C 0 DY10 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C A T G I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A G C D C T A C C G G A A T A C C G C C G C A D G C I C C G G G T D C C A G T A T G T C T C A C C A I A T I T I C C 0 DY11 A A A G C I C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T D C C G T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A G C D C T A C C G G A A T A C C G C C G C A D G C I C C G G G T D C C A G T A T G T C T C A C C A I A T I T I C C 0 DY12 A C A G C D C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C A C A G C D C T A C C G G A A T A C C G C C G C A D G C I C C G T G T D C C A G T A T G T C T C A C C A I A T I T I C C 0 E101 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E102 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E103 A C A C C D C T A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C A C A C C D C T A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E104 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E105 A A A G C I C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T D C C G T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E106 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E107 A A A G C I C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T D C C G T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E108 (A) A G G C I C (T) G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T (G) C A C C D C (A) A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E109 A A A G C I C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T D C C G T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E110 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E111 A A A G C I C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T D C C G T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C A T G I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T 0 E112 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C A T G I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A C C D C T A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E113 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E114 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E115 A A A G C I (C) T A C C G G G A T G T G A C C G T A I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A A A G C I (T) T A C C G G G A T G T G A C C A T G I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T 0 E116 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E117 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C A C A C C D C T A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E118 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C A C A C C D C T A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E119 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C A T G I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E120 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C A T G I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C A T G I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T 0 E121 A C A G C D C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 E122 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C A T G I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 H101 A A A G C I [T] T A C C G G G A T G T G A C C G T A I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 H102 A A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 H103 A A A G C I C T A C C G G G A T G T G A C C G T A I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A A A G C I C T A C C G G G A T G T G A C C A T G I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T 0 H104 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 H105 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C A T G I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A G C D C T A C C G A A A C A C C A C C G C A D G C I C A G T G G I C C A A T A T G C C T G G C C A D A C I T D T C 0 H106 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C T 0 H107 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C G T A I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 H108 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 H109 A A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 H110 A C A G C D C T A C C G G A A T A C C G C C G C A D G C I C C G G G T D C C A G T A T G T C T C A C C A I A T I T I C C A C A C C D C T A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 H111 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C A T G I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 H112 A A A G C I C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T D C C G T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 H113 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C G T A I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T I T I C C 0 H114 A A A G C I C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T D C C G T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 H115 A A A G C I C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T D C C G T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C A T G I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T 0 H116 A A A G C I C T A C C G G G A T A C G A C C G C G D G T D C C G T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 H117 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 H118 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 H119 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 H120 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C G T A I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 H121 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C A C A C C D C T A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 H122 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C A T G I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 X101 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 X102 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T 0 X103 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T 0 X104 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T 0 X105 G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 X106 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T 0 X107 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C A T G I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 X108 G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T [G] A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 X109 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T A A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 X110 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C A T G I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T 0 X111 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 X112 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C [A] T [G] I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 X113 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 X114 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 X115 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T A A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 X116 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 X117 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 X118 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T 0 X119 A A A G C I T T A C C G G G A T G T G A C C A T G I G T D C C A T C G I C C A A T A T G C T C G A C T A I A T I T I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 X120 A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 X121 A C A C C D C T A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C G A G G C I C T G C C G G G A T A C G A C T G C G D A T D C C G T C G I T C A A C G G G C T C G A C T G I A T I T I C T 0 X122 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T 0 X123 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T A C A C C D C A A C C A G A G T A C C G C C G C A D G C I T C G T G G I C A A G T A T T T C T C A G C A I G T D T I C C 0 X124 A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T A A A G T I C T A A T G G G A T A C G A G C G C A D G T D C C G T C G I C C G A T A T G C T C G A C T A I A T I C I C T END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = ? ? ? ? ? = T = = = G A = A C = = = ? = = ? ? = = = = = C A = = = = = ? ? = A = = = G C = = G G C = = D ? C I = D T = = ? ? ? ? ? = A = = = A G = G T = = = ? = = ? ? = = = = = T C = = = = = ? ? = G = = = T T = = C A G = = I ? T D = I C = 0 D002 A ? ? ? ? ? T = A = = = = = = = G T = = = C = T ? I G = = = = A = = = = C = = = T A T = = = = = = = = A = = = = = = ? = G ? ? ? ? ? C = G = = = = = = = A C = = = T = C ? D A = = = = G = = = = T = = = C G G = = = = = = = = G = = = = = = ? = 0 D003 = ? ? ? ? ? = T = = = G A = A C ? = ? A = = ? ? = = = = = C A = = ? = = = C = A = = = G C = = G G C = = D A C I = ? T = = ? ? ? ? ? = A = = = A G = G T ? = ? G = = ? ? = = = = = T C = = ? = = = A = G = = = T T = = C A G = = I G T D = ? C = 0 D004 = ? ? ? ? ? = T = = = G = G A = = = = A = = = = G = = T D C = = = ? = = T C = A = = = G C T C G = C T = ? A = I = = = T = ? ? ? ? ? = A = = = A = A G = = = = G = = = = A = = C I T = = = ? = = C A = G = = = T T C T C = G C = ? G = D = = = C 0 D005 = (A) = ? = (I) = = = = = = A A = C ? = ? = = = = = A = = C = = A = = ? = = C = ? ? = = = = = C T = G = C = D = C = = D T C = (C) = ? = (D) = = = = = = G G = T ? = ? = = = = = G = = T = = C = = ? = = T = ? ? = = = = = T C = A = T = I = T = = I C T 0 D006 ? ? ? ? ? ? = = = = = = A = = C = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = C = = = ? = ? ? ? ? ? ? = = = = = = G = = T = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = T = = = ? = 0 D007 = A = = = I T = = = = = G G = T G T G = = = = T = I = T D = C A = ? = = = = = = = ? ? = = T C = A = T = I = T = = I ? T = C = = = D C = = = = = A A = C A C C = = = = C = D = C I = A G = ? = = = = = = = ? ? = = C T = G = C = D = C = = D ? C 0 D008 = ? ? ? = ? = T = = = G A = A C = = = A = = = = = = = = = C A = = ? = = = C = A = ? ? G C = = G G C = = D A C I = D T = = ? ? ? = ? = A = = = A G = G T = = = G = = = = = = = = = T C = = ? = = = A = G = ? ? T T = = C A G = = I G T D = I C = 0 D009 ? ? ? ? ? ? = = = = = = G G = T = = G = = = = = G = = T D = C = = C = = T = = = = = = = = T C = A = T = I = T = = I C T ? ? ? ? ? ? = = = = = = A A = C = = C = = = = = A = = C I = A = = G = = C = = = = = = = = C T = G = C = D = C = = D T C 0 D010 ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = ? = = ? ? = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = ? = = ? ? = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 D011 ? = = G = = = = = ? ? G = = A = = = = = = = = = = = = = = C = = G = T ? ? ? = = = = = G = = = = = C = = = A = I = = = = ? = = C = = = = = ? ? A = = G = = = = = = = = = = = = = = T = = T = G ? ? ? = = = = = T = = = = = G = = = G = D = = = = 0 D012 = ? ? ? ? ? = = = = = = = G = = = = G = = = = = G = = T D = C = = C = = = = = = = ? ? = = T C = A = T = I = = = = I ? T = ? ? ? ? ? = = = = = = = A = = = = C = = = = = A = = C I = A = = G = = = = = = = ? ? = = C T = G = C = D = = = = D ? C 0 D013 ? ? ? ? ? ? = = = = = = = G = = = = G A = = = = G = = T D = = = T C G I T = = A = = = = C T C G = = T = = = = = = = ? T ? ? ? ? ? ? = = = = = = = A = = = = C G = = = = A = = C I = = = G G T D C = = G = = = = T C T C = = C = = = = = = = ? C 0 D014 = A = G ? ? = T = = = G = G A = = = G ? = = = = G = = T D C = = = C = ? ? ? ? ? = = = G C T C G = C T = ? A = I = = ? T = C = C ? ? = A = = = A = A G = = = C ? = = = = A = = C I T = = = G = ? ? ? ? ? = = = T T C T C = G C = ? G = D = = ? C 0 D015 ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 DY01 = ? ? ? ? ? = = = = = = G G = T = = G = = = = = G = = T D = C = = C = = T = = = = = = = = T C = A = T = I = T = = I C T = ? ? ? ? ? = = = = = = A A = C = = C = = = = = A = = C I = A = = G = = C = = = = = = = = C T = G = C = D = C = = D T C 0 DY02 ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 DY03 = A = = = I T = = = = = G G = T G T G = = = = T = I = T D = C A = C = = = = = = = = = = = T C = A = T = I = T = = I ? T = C = = = D C = = = = = A A = C A C C = = = = C = D = C I = A G = G = = = = = = = = = = = C T = G = C = D = C = = D ? C 0 DY04 = = = = = = = = = = = = A = = C = = = A = = = = = = = = = = A = T = G I = = = A = = = = C = = G G = = = D = C = = D T = = = = = = = = = = = = = G = = T = = = G = = = = = = = = = = C = G = T D = = = G = = = = T = = C A = = = I = T = = I C = 0 DY05 = A = = = I ? = = = = = = G = = = = G A = = = = G = = T D = = = T C G I = = = A = ? ? = C T C G = = T = = = = = = = = T = C = = = D ? = = = = = = A = = = = C G = = = = A = = C I = = = G G T D = = = G = ? ? = T C T C = = C = = = = = = = = C 0 DY06 ? A = = ? ? = = = = = = A A = C = = C ? = = = = A = = C = = A = = G = ? ? ? ? ? = ? ? = = C T = G = ? ? D = C = = ? ? C ? C = = ? ? = = = = = = G G = T = = G ? = = = = G = = T = = C = = C = ? ? ? ? ? = ? ? = = T C = A = ? ? I = T = = ? ? T 0 DY07 = ? ? ? = = = = = = = = A = = C = = = ? = = = = = = = = = = A = = = G ? ? ? ? ? = ? ? = C = = ? G = = = D = C = = ? ? = = ? ? ? = = = = = = = = G = = T = = = ? = = = = = = = = = = C = = = T ? ? ? ? ? = ? ? = T = = ? A = = = I = T = = ? ? = 0 DY08 = A = = ? ? T = = = = = = G = = G T G A = = = ? ? I = T D = = A = ? G I = = = A = = = = C T C ? ? = T = = = = = = = ? T = C = = ? ? C = = = = = = A = = A C C G = = = ? ? D = C I = = G = ? T D = = = G = = = = T C T ? ? = C = = = = = = = ? C 0 DY09 = = = = = = = = = = = = A = = C = = = ? = = = = = = = = = = A = T = G I = = ? ? = ? ? = C = = G G = = = ? = C = = D T = = = = = = = = = = = = = G = = T = = = ? = = = = = = = = = = C = G = T D = = ? ? = ? ? = T = = C A = = = ? = T = = I C = 0 DY10 = A = = = I T = = = = = = G = = G T G A = = A T ? I = T D = = A T C G I = = = A = = = = C T C G = = T = = = = = = ? ? T = C = = = D C = = = = = = A = = A C C G = = G C ? D = C I = = G G G T D = = = G = = = = T C T C = = C = = = = = = ? ? C 0 DY11 = A = = = I = = = = = = = G = = ? = G A = = = = G = = T D = = = T C G I = = = A = = ? = C T C G = = T = = = = = = = = T = C = = = D = = = = = = = A = = ? = C G = = = = A = = C I = = = G G T D = = = G = = ? = T C T C = = C = = = = = = = = C 0 DY12 = = = = = = = = = = = = A = = C = = = A = = = = = = = = = = A = = = G I = = = A = = = = C = = ? G = = = D = C = = D T = = = = = = = = = = = = = G = = T = = = G = = = = = = = = = = C = = = T D = = = G = = = = T = = ? A = = = I = T = = I C = 0 E101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E102 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 E103 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 E104 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = 0 E105 = A = G = I = T = = = G = G A = = = G A = = = = ? ? ? T D C = = = C = = = C = A = ? ? G C T C G = C T = = A = I = = = T = C = C = D = A = = = A = A G = = = C G = = = = ? ? ? C I T = = = G = = = A = G = ? ? T T C T C = G C = = G = D = = = C 0 E106 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 E107 ? ? ? ? ? ? ? T = = = G = G A = = = G A = = = = G = = T D C = = = C = ? ? ? = ? = ? ? G C T C G = C T = = A = I = ? ? T ? ? ? ? ? ? ? A = = = A = A G = = = C G = = = = A = = C I T = = = G = ? ? ? = ? = ? ? T T C T C = G C = = G = D = ? ? C 0 E108 (A) ? ? ? ? ? = (T) G = = G = G A = = = G A = T = = G = A T D C = = = C = = T C = A C ? ? G C T C G = C T G = A = I = = ? T (G) ? ? ? ? ? = (A) A = = A = A G = = = C G = C = = A = G C I T = = = G = = C A = G T ? ? T T C T C = G C A = G = D = = ? C 0 E109 = A = G = I = T = = = G = G A = = = G A = = = = G = = T D C = = = C = = = C = A = = = G C T C G = C T = = A = I = = = T = C = C = D = A = = = A = A G = = = C G = = = = A = = C I T = = = G = = = A = G = = = T T C T C = G C = = G = D = = = C 0 E110 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E111 = ? = = = = C = = = = = = = = = A C = = = = G C ? D = = = = = G = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = T = = = = = = = = = G T = = = = A T ? I = = = = = A = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 E112 = A = G = I T = = = = G = G A = G T G A = = A T ? I = T D C = A = C = = = C = A = ? ? G C T C G = C ? = = A = I = = ? T = C = C = D C = = = = A = A G = A C C G = = G C ? D = C I T = G = G = = = A = G = ? ? T T C T C = G ? = = G = D = = ? C 0 E113 = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 E114 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 E115 = = = = = = (C) = = = = ? = = = = = = = = = = G = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = ? = = = = = = = = = = A = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E116 = = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = ? ? = = = ? ? = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = ? ? = = = ? ? = = = = = ? = = = ? = = 0 E117 = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E118 = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 0 E119 = A = G = I T T = = = G = G A = G T G A = = A T ? I = T D C = A = C = ? ? ? ? ? = ? ? G C T C G = C ? = = A = I = ? ? T = C = C = D C A = = = A = A G = A C C G = = G C ? D = C I T = G = G = ? ? ? ? ? = ? ? T T C T C = G ? = = G = D = ? ? C 0 E120 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E121 = = = G = = = T = = = G A = A C = = = A = = = = = = = = = C A = = = = = = C = A = ? ? G C = = G G C = = D A C I = D T = = = = C = = = A = = = A G = G T = = = G = = = = = = = = = T C = = = = = = A = G = ? ? T T = = C A G = = I G T D = I C = 0 E122 = A = G ? ? ? T = = = G = G A = G T G A = = A T ? I = T D C = A = C = = ? ? = A = = = G C T C G = C T = = A = I = ? ? T = C = C ? ? ? A = = = A = A G = A C C G = = G C ? D = C I T = G = G = = ? ? = G = = = T T C T C = G C = = G = D = ? ? C 0 H101 A = A = = = ? = A = = = = = = = G T = = = C = T ? I G = = = = A = = = = C = = = T ? ? ? = = = = = = = A = = = = = = ? = G = G = = = ? = G = = = = = = = A C = = = T = C ? D A = = = = G = = = = T = = = C ? ? ? = = = = = = = G = = = = = = ? = 0 H102 = A G G = I = T G = = G = G A = = = G A = T = = G = A T D C = = = C = = T C = A ? ? ? G C T C G = C T G = A = I = = = T = C A C = D = A A = = A = A G = = = C G = C = = A = G C I T = = = G = = C A = G ? ? ? T T C T C = G C A = G = D = = = C 0 H103 = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = G = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = A = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 H104 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 H105 = A = = ? ? T = = = = = G G = T G T G = = = A T ? I = T D = C A = C = ? ? ? = ? = ? ? = = T C = A = T = I = T = = I ? T = C = = ? ? C = = = = = A A = C A C C = = = G C ? D = C I = A G = G = ? ? ? = ? = ? ? = = C T = G = C = D = C = = D ? C 0 H106 = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H107 = ? ? ? ? ? T T = ? ? G = G A = G T G A = = = T = I = T D C = A = C = = = C = A = = = G C T C G = C T = = A = I = = ? T = ? ? ? ? ? C A = ? ? A = A G = A C C G = = = C = D = C I T = G = G = = = A = G = = = T T C T C = G C = = G = D = = ? C 0 H108 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H109 = A G G = I = T G = = G = G A = = = G A = T = = G = A T D C = = = C = = T C = A C ? ? G C T C G = C T G = A = I = = = T = C A C = D = A A = = A = A G = = = C G = C = = A = G C I T = = = G = = C A = G T ? ? T T C T C = G C A = G = D = = = C 0 H110 = = = G = = = = = = = G = = A = = = = = = = = = = = = = = C = = G = T D = C = = = = = G = = = = = C = = = A = I = = = = = = = C = = = = = = = A = = G = = = = = = = = = = = = = = T = = T = G I = A = = = = = T = = = = = G = = = G = D = = = = 0 H111 A = A = = = T = A = = = = = = = G T = = = C A T ? I G = = = = A = = = = C = = = T A ? = = = = = = = = A = = = = = = ? = G = G = = = C = G = = = = = = = A C = = = T G C ? D A = = = = G = = = = T = = = C G ? = = = = = = = = G = = = = = = ? = 0 H112 = A = G = I ? T = = = G = G A = = = G A = = = = G = = T D C = = = C = = = C = A = ? ? G C T C G = C T = = A = I = = ? T = C = C = D ? A = = = A = A G = = = C G = = = = A = = C I T = = = G = = = A = G = ? ? T T C T C = G C = = G = D = = ? C 0 H113 ? A = G = I T T = = = G = G A = G T G A = = = T = I = T D C = A = C = = = C = A = ? ? G C T C G = C T = = A = = = = ? T ? C = C = D C A = = = A = A G = A C C G = = = C = D = C I T = G = G = = = A = G = ? ? T T C T C = G C = = G = = = = ? C 0 H114 = A = G = I = T = = = G = ? A = = = G A = = = = G = = T D C = = = C = = = C = A = = = G C T C G = C T = = A = I = = = T = C = C = D = A = = = A = ? G = = = C G = = = = A = = C I T = = = G = = = A = G = = = T T C T C = G C = = G = D = = = C 0 H115 = = = = = = C = = = = = = = = = ? C = = = = G C ? D = = = = = G = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = T = = = = = = = = = ? T = = = = A T ? I = = = = = A = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 H116 ? A = G = I = T = = = G = G A = = = G A = = = = G = = T D C = = = C = = = C = A = = = G C T C G = C T = = A = I = = = T ? C = C = D = A = = = A = A G = = = C G = = = = A = = C I T = = = G = = = A = G = = = T T C T C = G C = = G = D = = = C 0 H117 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 H118 A = A = T = = = A A T = = = = = = = = = G C = = A = G = = = = = = ? ? = C = G = T A T = = = = = = = = A = ? ? = C = = = G = G = C = = = G C C = = = = = = = = = C T = = G = A = = = = = = ? ? = T = A = C G G = = = = = = = = G = ? ? = T = = = 0 H119 A = A = T = ? = A A T = = = = = = = = = G C = = A = G = = = = = = = = = C = G = T ? ? = = = = = = = = A = = = = ? = = = G = G = C = ? = G C C = = = = = = = = = C T = = G = A = = = = = = = = = T = A = C ? ? = = = = = = = = G = = = = ? = = = 0 H120 = A = G = I T T = = = G = G A = G T G A = = = T ? I = T D C = A = C = = = C = A = = = G C T C G = C T = = A = I = = ? T = C = C = D C A = = = A = A G = A C C G = = = C ? D = C I T = G = G = = = A = G = = = T T C T C = G C = = G = D = = ? C 0 H121 = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H122 A = A = = = T = A = = = = = = = G T = = = C A T ? I G = = = = A = = = = C = = = T ? ? ? ? ? = = = = = A = = = = = = ? = G = G = = = C = G = = = = = = = A C = = = T G C ? D A = = = = G = = = = T = = = C ? ? ? ? ? = = = = = G = = = = = = ? = 0 X101 A = A = T = = = A A T = = = = = = = = = G C = = A = G = = = = = = = = = C = G = T ? ? = = = = = = = = A = = = = C = = = G = G = C = = = G C C = = = = = = = = = C T = = G = A = = = = = = = = = T = A = C ? ? = = = = = = = = G = = = = T = = = 0 X102 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X103 ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X104 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X105 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X106 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 X107 = A = G = I ? T = = = G = G A = ? T G A = = A T ? I = T D C = A = C = ? ? ? ? ? = ? ? G C T C G = C T = = A = I = = ? T = C = C = D ? A = = = A = A G = ? C C G = = G C ? D = C I T = G = G = ? ? ? ? ? = ? ? T T C T C = G C = = G = D = = ? C 0 X108 ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 X109 = = A = T = = = A A T = = = = = = = = = G C = = A = G = = = = = = = = = C = G = T A T = = = = = = = = A = = = = C = = = = = G = C = = = G C C = = = = = = = = = C T = = G = A = = = = = = = = = T = A = C G G = = = = = = = = G = = = = T = = = 0 X110 = = = = C = ? = = C C = = = = = G T = = C = A T ? I = = = = = A = = = ? ? ? A = = = = = = = = = = = = = = ? ? = T = ? = = = = = T = ? = = A T = = = = = A C = = G = G C ? D = = = = = G = = = ? ? ? G = = = = = = = = = = = = = = ? ? = C = ? = 0 X111 A = A = T = = = A A T = = = = = = = = = G C = = A = G = = = = = = = = = ? ? ? ? T A ? = = = = = = = = A = = = = C = = = G = G = C = = = G C C = = = = = = = = = C T = = G = A = = = = = = = = = ? ? ? ? C G ? = = = = = = = = G = = = = T = = = 0 X112 A = A = = = T = A = = = = = = = G T = = = C ? T ? I G = = = = A = = = = C = = = T A T = = = = = = = = A = = = = = = ? = G = G = = = C = G = = = = = = = A C = = = T ? C ? D A = = = = G = = = = T = = = C G G = = = = = = = = G = = = = = = ? = 0 X113 A C A C = D = ? A = = A = A G = = = C G = C = = A = G C I T = = = G = = C A = G T A T T T C T C = G C A = G = D = ? = C G A G G = I = ? G = = G = G A = = = G A = T = = G = A T D C = = = C = = T C = A C G G G C T C G = C T G = A = I = ? = T 0 X114 = A = G T I = T = A T G = G A = = = G A G = = = = = = T D C = = = C = ? ? ? ? ? = ? ? G C T C G = C T = = ? = I C = ? T = C = C C D = A = C C A = A G = = = C G C = = = = = = C I T = = = G = ? ? ? ? ? = ? ? T T C T C = G C = = ? = D T = ? C 0 X115 = = A = T = = = A A T = = = = = = = = = G C = = A = G = = = = = = = = = C = G = T A ? = = = = = = = = A = = = = C = = = = = G = C = = = G C C = = = = = = = = = C T = = G = A = = = = = = = = = T = A = C G ? = = = = = = = = G = = = = T = = = 0 X116 A = A = T = = = A A T = = = = = = = = = ? C = = A = G = = = = = = = = ? ? ? G = T A ? = = = = = = = = A = = = = C = = = G = G = C = = = G C C = = = = = = = = = ? T = = G = A = = = = = = = = ? ? ? A = C G ? = = = = = = = = G = = = = T = = = 0 X117 A = A = T = = = A A T ? ? ? ? ? = = = = G C = = A = G = = = = = = = = = C = G = T A T = = = = = = = = A = = = = C = = = G = G = C = = = G C C ? ? ? ? ? = = = = C T = = G = A = = = = = = = = = T = A = C G G = = = = = = = = G = = = = T = = = 0 X118 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X119 = A = G = I T T = = = G = G A = G T G A = = A T ? I = T D C = A = C = = = C = A = = = G C T C G = C T = = A = I = = ? T = C = C = D C A = = = A = A G = A C C G = = G C ? D = C I T = G = G = = = A = G = = = T T C T C = G C = = G = D = = ? C 0 X120 A C A C = D ? A A = = A = A G = = = C G = C = = A = G C I T = = = G = = C A = G T A T T T ? T C = G C A = G = D = = = ? G A G G = I ? T G = = G = G A = = = G A = T = = G = A T D C = = = C = = T C = A C G G G C ? C G = C T G = A = I = = = ? 0 X121 A C A C = D = = A = = A = A G = = = C G = C = = A = G C I T = = = G = = C A = G T A T T T C T C = G C A = G = D = = = C G A G G = I = = G = = G = G A = = = G A = T = = G = A T D C = = = C = = T C = A C G G G C T C G = C T G = A = I = = = T 0 X122 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X123 = A = G T I = T = A T G = G A = = = G A G = = = = = = T D C = = = C = = = C G A = = = G C T C G = C T = = A = I C = = T = C = C C D = A = C C A = A G = = = C G C = = = = = = C I T = = = G = = = A A G = = = T T C T C = G C = = G = D T = = C 0 X124 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = ? ? ? ? ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? = = ? ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = ? ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = ? ? ? ? ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = ? 1.00 = = ? ? = = = = = 1.00 1.00 = = ? = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = = ? ? ? ? ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 0.61 = ? = 0.61 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = ? = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = ? = = 1.00 = ? ? = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? = = = = = = = ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = ? ? ? = ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = ? = = = 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? ? = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = ? ? = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? ? = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 ? ? ? ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? ? ? ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? ? = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 ? = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = ? ? = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? ? ? = ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 = = ? ? 1.00 = ? ? ? = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? ? ? ? = ? ? = 1.00 = = ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = ? ? = = 1.00 = = ? ? 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? ? = ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = ? = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? ? ? = ? = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 0.61 ? ? ? ? ? = 0.61 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0.56 = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = ? ? = = = ? ? = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? ? ? ? = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = ? ? 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? = ? = ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? 1.00 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = ? ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = ? ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? ? ? ? = = = = = 1.00 = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = ? ? ? ? = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? ? ? ? = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = ? = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? ? 1.00 1.00 ? = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? ? ? ? ? = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = ? = 1.00 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 0.99 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS