************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 rpa2x.phase.inp rpa2x.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST rpa2x.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates rpa2x.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual rpa2x.phase.out_recom : estimates of recombination parameters rpa2x.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 95 Number of Loci: 58 Positions of loci: 122 209 244 254 3222 5100 5743 5793 5974 6408 7526 7646 7657 8331 8602 9367 9704 10267 10271 10283 10286 10703 11334 11498 11504 12837 12847 12882 12977 13388 13936 14994 15139 15484 15537 16278 16322 16342 17027 17542 17547 17685 18349 18837 20070 20712 21108 21225 21532 22789 24198 24562 25048 25159 25308 25426 25927 26040 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file rpa2x.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CAGACCAGCTGGATCTTGTGDGCATDGTGDCGATCGCGAGACADITCACAAGGCADAC 2.000000 2 CAGACCAGCTGGATCTTGTGDGCATDGTGDCGATCGCGCGACADICCACAAGGCADAC 1.000000 3 CCGACCAGCTGGATCTTGTGDGCATDGTADCGATCGCGAGACADITCGCATGGTAIAC 1.000000 4 CCGACCAGCTGGATCTTGTGDGCATDGTGDCGATCGCGAGACADITCACAAGGCADAC 3.000000 5 CCGACCAGCCGGATTTGGTGDGCGTIGTGDCGATAGCAAGACADICTAGCAAGCADGC 5.000000 6 CCGATCAGCTGGATCTTGTGDGCATDGTGDCGATCGCGAGACADITCACAAGGCADAC 1.000000 7 CCTGCTAGTTGGACCTTGTGDGCATDGTADCGATCTCGAGACADDTCACAAGGCADAT 2.000000 8 CCTGCTAGTTGGACCTTACTIGCATDGCADCGATCTCGAGACADDTCACAAGCCADAT 1.000000 9 CCTGCCAGCCGGGTTTGGTGDGCGTIGTGDCGATAGCAAGACADICTAGCAAGCADGC 1.000000 10 CCTGCCAGCCGAGTTTGGTGDCTGCIGTGDCAACAGCAAAGTGDICTAGCAAGCADGC 1.000000 11 CCTGCCAGCCGAGTTCGGTGDCCGCDGCADCAACAGCAAAGTGIICTAGCAAGCADGC 1.000000 12 CCTGCCAGCCGAGTTCGGTGDCCGCIGTGDCAACAGCAAGACADDTCACAAGGCCDAT 1.000000 13 CCTGCCAGCCGAGTTCGGTGDCCGCIGTGDCAACAGCAAAGTGDICTAGCAAGCADGC 8.000000 14 CCTGCCAGCCGAGTTCGGTGDCCGCIGTGDCAACAGCAAAGTGIICTAGCAAGCADAC 1.000000 15 CCTGCCAGCCGAGTTCGGTGDCCGCIGTGDCAACAGCAAAGTGIICTAGCAAGCADGC 29.000000 16 CCTGCCAGCCGAGTTCGGTGDCTGCIGTGDCAACAGCAAAGTGDICTAGCAAGCADGC 44.000000 17 CCTGCCAGCCGAGTTCGACTICCGCIGTGDCAACAGCAAAATGDICTAGCAAGCADGC 1.000000 18 CCTGCCAGCCGAGTTCGACTICCGCIGTGDCAACAGCAAAGTGDICTAGCAAGCADGC 6.000000 19 CCTGCCAGCCGAGTTCGACTICCGCIGTGDCAACAGCAAAGTGIICTAGCAAGCADGC 1.000000 20 CCTGCCAGCCGAGTTCGACTICTGCIGTGDCAACAGCAAAGTGDICTAGCAAGCADGC 1.000000 21 CCTGCCAGCCTAGTTCGGTGDCCGCIGTGDCAACAGCAAAGTGDICTAGCAAGCADGC 1.000000 22 TAGACTAGTTGGACCTTACTIGCATDGCADCGATCTCGAGACADDTCACAAGCCADAT 14.000000 23 TAGACTAGTTGGACCTGATGDGCATDGCADCGATCTCGAGACADDTCACAAGCCADAT 1.000000 24 TAGACTAGTTGGATCTTGTGDGCATDGTADCGATCTCGAGACADITCACAAGGCADAC 7.000000 25 TAGACTAGTTTGACCTTGTGDGCATDATADTGATCTCGAGACADDTCACAAGGCCDAT 3.000000 26 TAGACTAGTTTGACCTTGTGDGCATDATADTGATCTCGCGACADDTCACAAGGCADAT 6.000000 27 TAGACTAGTTTGACCTTGTGDGCATDATADTAATCTCGAGACADDTCAGAAGGCCDAT 1.000000 28 TAGACTAGTTTGACCTTACTIGCATDATADTGATCTCGAGACADDTCACAAGGCCDAT 9.000000 29 TAGACTAGTTTGACCTTACTIGCATDATADTGATCTCGCGACADDTCACAAGGCADAT 4.000000 30 TAGACTAGTTTGACCTTACTIGCATDATADTAATCTCGAGACADDTCACAAGGCCDAT 1.000000 31 TAGACTAGTTTGACTTTACTIGCATDATADTGATCTCGAGACADDTCACAAGGCCDAT 1.000000 32 TAGACCAGCTGGATCTTGTGDGCATDGTGDCGATCGCGAGACADITCACAAGGCADAC 3.000000 33 TAGACCAGCCGAGTTCGGTGDCCGCIGTGDCAACAGCAAAGTGIICTAGCAAGCADGC 3.000000 34 TAGACCAGCCGAGTTCGGTGDCTGCIGTGDCAACAGCAAAGTGDICTAGCAAGCADGC 1.000000 35 TAGACCAACTGGATCTTGTGDGCATDGTADCGGTCGTGAGACADITCGCATGGTAIAC 1.000000 36 TAGACCGACTGGATCTTGTGDGCATDGTAICGGTCGTGAGACADITCGCATGGTAIAC 10.000000 37 TAGATTAGTTGGACCTTGTGDGCATDGCADCGATCTCGAGACADDTCACAAGCCADAT 9.000000 38 TAGATTAGTTGGATCTTGTGDGCATDGTADCGATCTCGAGACADITCACAAGGCADAC 1.000000 39 TAGATCAACTGGATCTTGTGDGCATDGTADCGGTCGTGAGACADITCGCATGGTAIAC 1.000000 40 TAGATCGACTGGATCTTGTGDGCATDGTAICGGTCGTGAGACADITCGCATGGTAIAC 2.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (7,24) D002: (13,16) D003: (6,38) D004: (7,36) D005: (39,40) D006: (5,36) D007: (16,35) D008: (20,36) D009: (36,40) D010: (26,32) D011: (5,19) D012: (13,15) D013: (5,36) D014: (4,16) D015: (17,24) DY01: (13,24) DY02: (24,36) DY03: (13,18) DY04: (4,21) DY05: (1,18) DY06: (4,32) DY07: (18,36) DY08: (3,32) DY09: (18,24) DY10: (5,36) DY11: (5,18) DY12: (24,36) E101: (16,16) E102: (15,15) E103: (15,22) E104: (16,22) E105: (22,28) E106: (15,16) E107: (15,28) E108: (15,28) E109: (15,15) E110: (16,22) E111: (16,16) E112: (15,16) E113: (15,22) E114: (9,27) E115: (25,25) E116: (12,33) E117: (15,15) E118: (18,37) E119: (8,16) E120: (15,30) E121: (16,28) E122: (15,16) H101: (16,22) H102: (15,16) H103: (15,28) H104: (15,22) H105: (25,37) H106: (15,22) H107: (37,37) H108: (15,22) H109: (15,16) H110: (2,23) H111: (16,16) H112: (13,13) H113: (16,28) H114: (22,33) H115: (11,15) H116: (10,15) H117: (36,37) H118: (16,22) H119: (15,31) H120: (15,16) H121: (1,24) H122: (13,22) X101: (16,16) X102: (37,37) X103: (13,22) X104: (16,28) X105: (16,28) X106: (15,15) X107: (26,26) X108: (16,28) X109: (22,37) X110: (16,29) X111: (16,29) X112: (16,33) X113: (16,16) X114: (15,16) X115: (26,37) X116: (15,29) X117: (14,16) X118: (26,26) X119: (16,16) X120: (16,16) X121: (16,29) X122: (16,34) X123: (16,16) X124: (16,16) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 C C T G C T A G T T G G A C C T T G T G D G C A T D G T A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G G C A D A T T A G A C T A G T T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A D C G A T C T C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C 0 D002 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 D003 C C G A T C A G C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T G D C G A T C G C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C T A G A T T A G T T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A D C G A T C T C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C 0 D004 C C T G C T A G T T G G A C C T T G T G D G C A T D G T A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G G C A D A T T A G A C C G A C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A I C G G T C G T G A G A C A D I T C G C A T G G T A I A C 0 D005 T A G A T C A A C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A D C G G T C G T G A G A C A D I T C G C A T G G T A I A C T A G A T C G A C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A I C G G T C G T G A G A C A D I T C G C A T G G T A I A C 0 D006 C C G A C C A G C C G G A T T T G G T G D G C G T I G T G D C G A T A G C A A G A C A D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C C G A C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A I C G G T C G T G A G A C A D I T C G C A T G G T A I A C 0 D007 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C C A A C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A D C G G T C G T G A G A C A D I T C G C A T G G T A I A C 0 D008 C C T G C C A G C C G A G T T C G A C T I C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C C G A C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A I C G G T C G T G A G A C A D I T C G C A T G G T A I A C 0 D009 T A G A C C G A C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A I C G G T C G T G A G A C A D I T C G C A T G G T A I A C T A G A T C G A C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A I C G G T C G T G A G A C A D I T C G C A T G G T A I A C 0 D010 T A G A C T A G T T T G A C C T T G T G D G C A T D A T A D T G A T C T C G C G A C A D D T C A C A A G G C A D A T T A G A C C A G C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T G D C G A T C G C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C 0 D011 C C G A C C A G C C G G A T T T G G T G D G C G T I G T G D C G A T A G C A A G A C A D I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G A C T I C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C 0 D012 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C 0 D013 C C G A C C A G C C G G A T T T G G T G D G C G T I G T G D C G A T A G C A A G A C A D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C C G A C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A I C G G T C G T G A G A C A D I T C G C A T G G T A I A C 0 D014 C C G A C C A G C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T G D C G A T C G C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 D015 C C T G C C A G C C G A G T T C G A C T I C C G C I G T G D C A A C A G C A A A A T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A D C G A T C T C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C 0 DY01 C C T G C C A G C C G A G T T C G [G] [T] [G] [D] C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A D C G A T C T C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C 0 DY02 T A G A C T A G T T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A D C G A T C T C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C T A G A C C G A C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A I C G G T C G T G A G A C A D I T C G C A T G G T A I A C 0 DY03 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G [A] [C] [T] [I] C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 DY04 C C G A C C A G C T (G) G A T C T T G T G D G C A T D G T G D C G A T C G C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C C C T G C C A G C C (T) A G T T C G [G] [T] [G] [D] C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 DY05 C A G A C C A G C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T G D C G A T C G C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C C C T G C C A G C C G A G T T C G A C T I C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 DY06 C C G A [C] C A G C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T G D C G A T C G C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C T A G A C C A G C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T G D C G A T C G C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C 0 DY07 C C T G C C A G C C G A G T T C G A C T I C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C C G A C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A I C G G T C G T G A G A C A D I T C G C A T G G T A I A C 0 DY08 (C) (C) G A C C A G C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T (A) D C G A T C G C G A G A C A D I T C [G] C A T G G T A I A C (T) (A) G A C C A G C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T (G) D C G A T C G C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C 0 DY09 C C T G C C A G C C G A G T T C G A C T I C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A D C G A T C T C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C 0 DY10 C C G A C C A G C C G G A T T T G G T G D G C G T I G T G D C G A T A G C A A G A C A D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C C G A C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A I C G G T C G T G A G A C A D I T C G C A T G G T A I A C 0 DY11 C C G A C C A G C C G G A T T T G G T G D G C G T I G T G D C G A T A G C A A G A C A D I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G A C T I C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 DY12 T A G A C T A G T T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A D C G A T C T C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C T A G A C C G A C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A I C G G T C G T G A G A C A D I T C G C A T G G T A I A C 0 E101 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 E102 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C 0 E103 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T G G A C C T T A C T I G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 E104 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T G G A C C T T A C T I G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 E105 T A G A [C] T A G T T G G A C C T T [A] [C] [T] [I] G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T T A G A C T A G T T T G A C C T T [A] [C] [T] [I] G C A T D A T A D T G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G G C C D A T 0 E106 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 E107 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T T G A C C T T [A] [C] [T] [I] G C A T D A T A D T G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G G C C D A T 0 E108 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T T G A C C T T A C T I G C A T D A T A D T G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G G C C D A T 0 E109 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C 0 E110 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C [T] G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T G G A C C T T A C T I G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 E111 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 E112 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 E113 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T G G A C C T T A C T I G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 E114 C C T G C C A G C C G G G T T T G G T G D G C G T I G T G D C (G) A T A G C A A G A C A D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T T G A C C T T G T G D G C A T D A T A D T (A) A T C T C G A G A C A D D T C A G A A G G C C D A T 0 E115 T A G A C T A G T T T G A C C T T G T G D G C A T D A T A D T G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G G C C D A T T A G A C T A G T T T G A C C T T G T G D G C A T D A T A D T G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G G C C D A T 0 E116 (C) (C) (T) (G) C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A G A C A D D T C A C A A G G C C D A T (T) (A) (G) (A) C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C 0 E117 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C 0 E118 C C T G C C A G C C G A G T T C G A C T I C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A T T A G T T G G A C C T T G T G D G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 E119 C C T G C T A G T T G G A C C T T A C T I G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 E120 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T T G A C C T T A C T I G C A T D A T A D T A A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G G C C D A T 0 E121 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T T G A C C T T A C T I G C A T D A T A D T G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G G C C D A T 0 E122 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 H101 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T G G A C C T T A C T I G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 H102 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 H103 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T T G A C C T T [A] [C] [T] [I] G C A T D A T A D T G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G G C C D A T 0 H104 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T G G A C C T T A C T I G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 H105 T A G A C T A G T T T G A C C T T G T G D G C A T D A T A D T G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G G C C D A T T A G A [T] T A G T T G G A C C T T G T G D G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 H106 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T G G A C C T T A C T I G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 H107 T A G A T T A G T T G G A C C T T G T G D G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T T A G A [T] T A G T T G G A C C T T G T G D G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 H108 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T G G A C C T T A C T I G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 H109 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 H110 C A G A C C A G C T G G A T C T (T) (G) T G D G C A T D G T G D C G A T C G C G (C) G A C A D I (C) C A C A A G G C A D A C T A G A C T A G T T G G A C C T (G) (A) T G D G C A T D G C A D C G A T C T C G (A) G A C A D D (T) C A C A A G C C A D A T 0 H111 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 H112 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 H113 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T T G A C C T T A C T I G C A T D A T A D T G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G G C C D A T 0 H114 T A G A C T A G T T G G A C C T T A C T I G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T T A G A C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C 0 H115 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C D G C A D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C 0 H116 C C T G C C A G C C G A G T T (T) G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T (C) G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C 0 H117 T A G A C C G A C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A I C G G T C G T G A G A C A D I T C G C A T G G T A I A C T A G A T T A G T T G G A C C T T G T G D G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 H118 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T G G A C C T T A C T I G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 H119 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T T G A C T T T A C T I G C A T D A T A D T G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G G C C D A T 0 H120 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 H121 C A G A C C A G C T G G A T C T T G T G D G C A T D G T G D C G A T C G C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C T A G A C T A G T T G G A T C T T G T G D G C A T D G T A D C G A T C T C G A G A C A D I T C A C A A G G C A D A C 0 H122 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T G G A C C T T A C T I G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 X101 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 X102 T A G A T T A G T T G G A C C T T G T G D G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T T A G A [T] T A G T T G G A C C T T G T G D G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 X103 C C T G C C A G C C G A G T T C G [G] [T] [G] [D] C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T G G A C C T T A C T I G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 X104 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T T G A C C T T A C T I G C A T D A T A D T G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G G C C D A T 0 X105 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T T G A C C T T A C T I G C A T D A T A D T G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G G C C D A T 0 X106 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C 0 X107 T A G A C T A G T T T G A C C T T G T G D G C A T D A T A D T G A T C T C G C G A C A D D T C A C A A G G C A D A T T A G A C T A G T T T G A C C T T G T G D G C A T D A T A D T G A T C T C G C G A C A D D T C A C A A G G C A D A T 0 X108 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T T G A C C T T A C T I G C A T D A T A D T G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G G C C D A T 0 X109 T A G A C T A G T T G G A C C T T [A] [C] [T] [I] G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T T A G A [T] T A G T T G G A C C T T [G] [T] [G] [D] G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 X110 C C T G C C A G C C G A G T T C G (G) (T) (G) (D) C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T T G A C C T T (A) (C) (T) (I) G C A T D A T A D T G A T C T C G C G A C A D D T C A C A A G G C A D A T 0 X111 C C T G C C A G C C G A G T T C G (G) (T) (G) (D) C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T T G A C C T T (A) (C) (T) (I) G C A T D A T A D T G A T C T C G C G A C A D D T C A C A A G G C A D A T 0 X112 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C (T) G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G (D) I C T A G C A A G C A D G C T A G A C C A G C C G A G T T C G G T G D C (C) G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G (I) I C T A G C A A G C A D G C 0 X113 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 X114 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 X115 T A G A C T A G T T T G A C C T T G T G D G C A T D A T A D T G A T C T C G C G A C A D D T C A C A A G G C A D A T T A G A T T A G T T G G A C C T T G T G D G C A T D G C A D C G A T C T C G A G A C A D D T C A C A A G C C A D A T 0 X116 C C T G C C A G C C G A G T T C G (G) (T) (G) (D) C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T T G A C C T T (A) (C) (T) (I) G C A T D A T A D T G A T C T C G C G A C A D D T C A C A A G G C A D A T 0 X117 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C C G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G I I C T A G C A A G C A D (A) C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D (G) C 0 X118 T A G A C T A G T T T G A C C T T [G] [T] [G] [D] G C A T D A T A D T G A T C T C G C G A C A D D T C A C A A G G C A D A T T A G A C T A G T T T G A C C T T G T G D G C A T D A T A D T G A T C T C G C G A C A D D T C A C A A G G C A D A T 0 X119 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 X120 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 X121 C C T G C C A G C C G A G T T C G (G) (T) (G) (D) C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C T A G T T T G A C C T T (A) (C) (T) (I) G C A T D A T A D T G A T C T C G C G A C A D D T C A C A A G G C A D A T 0 X122 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C T A G A C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 X123 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C 0 X124 C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C C C T G C C A G C C G A G T T C G G T G D C T G C I G T G D C A A C A G C A A A G T G D I C T A G C A A G C A D G C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 C C T G ? = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = ? ? ? = = ? = = = = = T T A G A ? = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = ? ? ? = = ? = = = = = C 0 D002 ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D003 C C = = = C = = C = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = G = = = = = = G = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T A = = = T = = T = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = A = = = = = = T = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D004 C C T G ? T A G T = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = D = = A = = T C = = = = = = = D = = A = = A = = C = D = T T A G A ? C G A C = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = I = = G = = G T = = = = = = = I = = G = = T = = T = I = C 0 D005 = = = = = = A = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D006 C C = = = = A G = C = = = = T = G = = = = = = G = I = = G D = = A = A = C A = = = = = = = C ? ? G C A A = ? ? ? G = T A = = = = G A = T = = = = C = T = = = = = = A = D = = A I = = G = C = T G = = = = = = = T ? ? C A T G = ? ? ? A = 0 D007 C C T G = = = G = C = A G = T C G ? ? ? ? C T G C I = = G = = A A C A = C A = A G T G = = C ? ? G C A A = C = D G = T A G A = = = A = T = G A = C T T ? ? ? ? G C A T D = = A = = G G T C = T G = G A C A = = T ? ? C A T G = T = I A = 0 D008 C C T G = = A G = C = A G = T C G A C T I C T G C I = = G D = A A C A = C A = A G T G = = C T ? G C A A = C = D G = T A G A = = G A = T = G A = C T T G T G D G C A T D = = A I = G G T C = T G = G A C A = = T C ? C A T G = T = I A = 0 D009 = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0 D010 = = = = ? T = = T = T = = C = = = = = = = = = = = = A = A = T = = = = T = = C = = = = = D = = = = = = = = ? ? ? = T = = = = ? C = = C = G = = T = = = = = = = = = = = = G = G = C = = = = G = = A = = = = = I = = = = = = = = ? ? ? = C 0 D011 = = G A = = = = = = = G A = = T ? G T G D G = = T = = = = = = G = T = = = = = G A C A D = = = = = = = = = = = = = = = = T G = = = = = = = A G = = C ? A C T I C = = C = = = = = = A = C = = = = = A G T G I = = = = = = = = = = = = = = 0 D012 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = ? ? = = = = = = = = = = 0 D013 C C = = = ? A G = C = = = = T = G ? ? ? ? = = G = I = = G D = = A = A = C A = = = = = = ? ? T A G C A A = C = D G = T A = = = ? G A = T = = = = C = T ? ? ? ? = = A = D = = A I = = G = C = T G = = = = = = ? ? C G C A T G = T = I A = 0 D014 = = G A = = = = = T = G A = C T T ? ? ? ? G C A T D = = = = = G = T C = = G = ? ? C A = = T ? ? C A = G = = = = A = = = T G = = = = = C = A G = T C G ? ? ? ? C T G C I = = = = = A = C A = = A = ? ? T G = = C ? ? G C = A = = = = G = 0 D015 C C T G = C = = C C = A G = T C G A C T I C = G C I = = G = = A = C A G = A = A = T G = = C T = G C = A = = = = G = T A G A = T = = T T = G A = C T T G T G D G = A T D = = A = = G = T C T = G = G = C A = = T C = C A = G = = = = A = 0 DY01 C C T G = C = = C C = A G = T C G ? ? ? ? C = G C I = = G = ? A = C A G = A = A G T G = = C ? ? G C = A = = = = G = T A G A = T = = T T = G A = C T T ? ? ? ? G = A T D = = A = ? G = T C T = G = G A C A = = T ? ? C A = G = = = = A = 0 DY02 = = = = ? T A G T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = A = = T C = = = = = = = = = ? ? = ? A = = C = D = = = = = = ? C G A C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = G = = G T = = = = = = = = = ? ? = ? T = = T = I = = 0 DY03 = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY04 = = G A = = = = = T (G) G A = C T T ? ? ? ? G = A T D = = = = = G = T C = = G = ? ? C A = = T C = C A = G = = = = A = = = T G = = = = = C (T) A G = T C G ? ? ? ? C = G C I = = = = = A = C A = = A = ? ? T G = = C T = G C = A = = = = G = 0 DY05 = A G A = = = = = T = G A = C T T G T G D G = A T D = = = = = G = T C = = G = G A C A = = T ? ? C A = G = ? ? ? A = = C T G = = = = = C = A G = T C G A C T I C = G C I = = = = = A = C A = = A = A G T G = = C ? ? G C = A = ? ? ? G = 0 DY06 C C = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T A = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY07 C C T G = = A G = C = A G = T C G A C T I C = G C I = = G D = A A C A = C A = A G T G = = C ? ? G C A A = C = D G = T A G A = = G A = T = G A = C T T G T G D G = A T D = = A I = G G T C = T G = G A C A = = T ? ? C A T G = T = I A = 0 DY08 (C) (C) = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? ? = = T = = T = I = = (T) (A) = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? ? = = A = = C = D = = 0 DY09 C C T G = C = = C C = A G = T ? ? A C T I C = G C I = = G = = A = C A G = A = A G T G = = C T = G C = A = = = = G = T A G A = T = = T T = G A = C ? ? G T G D G = A T D = = A = = G = T C T = G = G A C A = = T C = C A = G = = = = A = 0 DY10 C C = = = = A G = C = = = = T = G = = = = = = G = I = = G D = = A = A = C A = = = = = = = C ? ? G C A A = C = D G = T A = = = = G A = T = = = = C = T = = = = = = A = D = = A I = = G = C = T G = = = = = = = T ? ? C A T G = T = I A = 0 DY11 = = G A = ? = = = = = G A ? = T = G T G D G = = T = = = = = = G = T = = = = = G A C A = = = ? ? = = = = = = = = = = = = T G = ? = = = = = A G ? = C = A C T I C = = C = = = = = = A = C = = = = = A G T G = = = ? ? = = = = = = = = = = 0 DY12 = = = = ? T A G T = = = = = = = = ? ? ? ? = ? ? ? = = = = D = = A = = T C = = = = = = = = = ? ? = = A = = C = D = = = = = = ? C G A C = = = = = = = = ? ? ? ? = ? ? ? = = = = I = = G = = G T = = = = = = = = = ? ? = = T = = T = I = = 0 E101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E102 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 0 E103 C C T G = C = = C C = A G T T C G G T G D C = G C I = T G = = A = C A G = A = A G T G I I C T = G C = A G = = = G C T A G A = T = = T T = G A C C T T A C T I G = A T D = C A = = G = T C T = G = G A C A D D T C = C A = G C = = = A T 0 E104 C C T G = C = = C C = A G T T C G G T G D C T G C I = T G = = A = C A G = A = A G T G = I C T = G C = A G = = = G C T A G A = T = = T T = G A C C T T A C T I G C A T D = C A = = G = T C T = G = G A C A = D T C = C A = G C = = = A T 0 E105 = = = = ? = = = = = G = = = = = = ? ? ? ? = = = = = G C = ? C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = A = = = = = = = ? = = = = = T = = = = = = ? ? ? ? = = = = = A T = ? T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = C = = = 0 E106 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = D = = = = = = = = = = = = = = 0 E107 C C T G = C = = C C G A G T T C G ? ? ? ? C = G C I G = G = C A = C A G = A = A G T G I I C ? ? ? C = A = = A = G C T A G A = T = = T T T G A C C T T ? ? ? ? G = A T D A = A = T G = T C T = G = G A C A D D T ? ? ? A = G = = C = A T 0 E108 C C T G = C = = C C G A G T T C G G T G D C = G C I G = G = C A = C A G = A = A G T G I I C ? ? G ? = A = = ? = G C T A G A = T = = T T T G A C C T T A C T I G = A T D A = A = T G = T C T = G = G A C A D D T ? ? C ? = G = = ? = A T 0 E109 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 E110 C C T G = C = = C C = A G T T C G G T G D C ? ? ? I = T G = = ? ? C A G = A = A G T G = I C T = G C = A G = = = G C T A G A = T = = T T = G A C C T T A C T I G ? ? ? D = C A = = ? ? T C T = G = G A C A = D T C = C A = G C = = = A T 0 E111 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = 0 E112 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = ? ? = = = = = = = = = = 0 E113 C C T G = ? = = C C = A G T T C G G T G D C = G C I = T G = = A = C A G = A = A G T G I ? ? T = G C = A G = = = G C T A G A = ? = = T T = G A C C T T A C T I G = A T D = C A = = G = T C T = G = G A C A D ? ? C = C A = G C = = = A T 0 E114 C C T G = C = = ? C G = G T T = G = = = = = = G = I G = G ? C (G) = = A ? ? ? = ? ? = = = I C ? ? = C = A = = A = G C T A G A = T = = ? T T = A C C = T = = = = = = A = D A = A ? T (A) = = C ? ? ? = ? ? = = = D T ? ? = A = G = = C = A T 0 E115 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E116 (C) (C) (T) (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G A C A D D T C = ? A = G = = C = A T (T) (A) (G) (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A G T G I I C T = ? C = A = = A = G C 0 E117 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = 0 E118 C C T G C C = = C C = A G ? T C G A C T I C = G C I = T G = = A = C A G = A = A G T G = I C T = ? ? = A G = = = G C T A G A T T = = T T = G A ? C T T G T G D G = A T D = C A = = G = T C T = G = G A C A = D T C = ? ? = G C = = = A T 0 E119 = = = = = T = = T T = G A ? C T T A C T I G C A T D = C A = = G = T C T = G = G A C A = D T ? ? C A = G C = = = A T = = = = = C = = C C = A G ? T C G G T G D C T G C I = T G = = A = C A G = A = A G T G = I C ? ? G C = A G = = = G C 0 E120 C C T G = C = = C C G A G T T C G G T G D C = G C I G = G = C = = C A G = A = A G T G I I C ? ? G C = A = = A = G C T A G A = T = = T T T G A C C T T A C T I G = A T D A = A = T = = T C T = G = G A C A D D T ? ? C A = G = = C = A T 0 E121 C C T G = ? = = ? C G A G T T C G G T G D C T G C I G = G = C A = C A G = A = A G T G = I C ? ? ? ? = A = = A = G C T A G A = ? = = ? T T G A C C T T A C T I G C A T D A = A = T G = T C T = G = G A C A = D T ? ? ? ? = G = = C = A T 0 E122 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = 0 H101 C C T G = C = = C C = A G T T C G G T G D C T G C I = T G = = A = C A G = A = A G T G = I C T = G C = A G = = = G C T A G A = T = = T T = G A C C T T A C T I G C A T D = C A = = G = T C T = G = G A C A = D T C = C A = G C = = = A T 0 H102 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = 0 H103 C C T G = C = = C C G A G T T C G ? ? ? ? C = G C I G = G = C A = C A G = A = A G T G I I C ? ? ? ? = A = = A = G C T A G A = T = = T T T G A C C T T ? ? ? ? G = A T D A = A = T G = T C T = G = G A C A D D T ? ? ? ? = G = = C = A T 0 H104 C C T G = C = = C C = A G T T C G G T G D C = G C I = T G = = A = C A G = A = A G T G I I C T ? G C = A G = = = G C T A G A = T = = T T = G A C C T T A C T I G = A T D = C A = = G = T C T = G = G A C A D D T C ? C A = G C = = = A T 0 H105 = = = = ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = A T = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = ? = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = G C = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = A = = = 0 H106 C C T G = C = = C C = A G T T C G G T G D C = G C I = T G = = A = C A G = A = A G T G I I C T = ? C = A G = = = G C T A G A = T = = T T = G A C C T T A C T I G = A T D = C A = = G = T C T = G = G A C A D D T C = ? A = G C = = = A T 0 H107 = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = 0 H108 C C T G = C ? ? C C = A G T T C G G T G D C = G C I = T G = = A = C A G = A = A G T G I I C T = G C = A G = = = G C T A G A = T ? ? T T = G A C C T T A C T I G = A T D = C A = = G = T C T = G = G A C A D D T C = C A = G C = = = A T 0 H109 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D ? ? = = ? ? = = = = = = = = 0 H110 C = = = = C = = C = = = = T = = (T) (G) = = = = = = = = = T G = = = = = = G = = (C) = = = = = I (C) = = = = = = G = = = = C T = = = = T = = T = = = = C = = (G) (A) = = = = = = = = = C A = = = = = = T = = (A) = = = = = D (T) = = = = = = C = = = = T 0 H111 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 0 H112 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H113 C C T G = C ? ? C C G A G T T C G G T G D C T G C I G = G = C A ? C A G = A = A G T G = I C T = G ? = A = = A = G C T A G A = T ? ? T T T G A C C T T A C T I G C A T D A = A = T G ? T C T = G = G A C A = D T C = C ? = G = = C = A T 0 H114 = = = = = ? = = T T = G A C C T T A C T I G = A T D = C A = = G = T C T = G = G A C A D D T ? ? C A = G C = = = A T = = = = = ? = = C C = A G T T C G G T G D C = G C I = T G = = A = C A G = A = A G T G I I C ? ? G C = A G = = = G C 0 H115 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = D = C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = I = T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H116 = = = = = = = = = = = = = ? = (T) = = = = = = T = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = (C) = = = = = = C = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = 0 H117 = = = = C C G A C = = = = T = = = = = = = = = = = = = T = I = = G = = G T = = = = = = = I = ? ? = = T = G T = I = C = = = = T T A G T = = = = C = = = = = = = = = = = = = C = D = = A = = T C = = = = = = = D = ? ? = = A = C C = D = T 0 H118 C C T G = C = = C C = A G T T C G G T G D C T G C I = T G = = A = C A G = A = A G T G = I C T = ? ? = A G = = = G C T A G A = T = = T T = G A C C T T A C T I G C A T D = C A = = G = T C T = G = G A C A = D T C = ? ? = G C = = = A T 0 H119 C C T G = C = = C ? G A G T = C G G T G D C = G C I G = G = C A = C A G = A = A G T G I I C ? ? G C = A = = A = G C T A G A = T = = T ? T G A C = T T A C T I G = A T D A = A = T G = T C T = G = G A C A D D T ? ? C A = G = = C = A T 0 H120 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = 0 H121 C = = = ? C = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = G = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = ? T = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = T = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H122 C C T G = C = = C C = A G T T C G G T G D C = G C I = T G = = A = C A G = A = A G T G = I C T = G ? = A G = = = G C T A G A = T = = T T = G A C C T T A C T I G = A T D = C A = = G = T C T = G = G A C A = D T C = C ? = G C = = = A T 0 X101 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = 0 X102 = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X103 C C T G = C ? ? C C = A G T T C G ? ? ? ? C = G C I = T G = = A = C A G = A = A G T G = I C ? ? G C = A G = = = G C T A G A = T ? ? T T = G A C C T T ? ? ? ? G = A T D = C A = = G = T C T = G = G A C A = D T ? ? C A = G C = = = A T 0 X104 C C T G = C = = C C G A G T T C G G T G D C T G C I G = G = C A = C A G = A = A G T G = I C T = G C = A = = A = G C T A G A = T = = T T T G A C C T T A C T I G C A T D A = A = T G = T C T = G = G A C A = D T C = C A = G = = C = A T 0 X105 C C T G = C = = C C G A G T ? C G G T G D C T G C I G = G = C A = C A G = A = A G T G = I C T ? G C = A = = A = G C T A G A = T = = T T T G A C ? T T A C T I G C A T D A = A = T G = T C T = G = G A C A = D T C ? C A = G = = C = A T 0 X106 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 X107 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X108 C C T G = C = = C C G A G T T C G G T G D C T G C I G = G = C A = C A G = A = A G T G = I C T = G ? = A = = A = G C T A G A = T = = T T T G A C C T T A C T I G C A T D A = A = T G = T C T = G = G A C A = D T C = C ? = G = = C = A T 0 X109 = = = = ? = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 0 X110 C C T G = ? = = ? C G A G T T C G (G) (T) (G) (D) C T G C I G = G = C A = C A G = A A A G ? G = I C T = G C = A = = = = G C T A G A = ? = = ? T T G A C C T T (A) (C) (T) (I) G C A T D A = A = T G = T C T = G C G A ? A = D T C = C A = G = = = = A T 0 X111 C C T G = C = = C ? G A G T T C G (G) (T) (G) (D) C T G C I G = G = C A = C A G = A A A G T G = I C T = G C = A = = = = G C T A G A = T = = T ? T G A C C T T (A) (C) (T) (I) G C A T D A = A = T G = T C T = G C G A C A = D T C = C A = G = = = = A T 0 X112 C C T G = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (D) = = = = ? = = = = = = = = = T A G A = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (I) = = = = ? = = = = = = = = = 0 X113 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 X114 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = ? = = = = = = = = = = 0 X115 = = = = C = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = A T = = T = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = T = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = G C = = C = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = C = = = = = 0 X116 C C T G = C = = C C G A G ? T C G (G) (T) (G) (D) C = G C I G = G = C A = C A G = A A A G T G I I C T = G C = A = = = = G C T A G A = T = = T T T G A ? C T T (A) (C) (T) (I) G = A T D A = A = T G = T C T = G C G A C A D D T C = C A = G = = = = A T 0 X117 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = ? ? = ? = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = ? ? = ? = = = = = = (G) = 0 X118 = = = = ? = = = = = = = ? = = ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = ? = = ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = ? = = 0 X119 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = 0 X120 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = 0 X121 C C T G = C = = C C G A G T ? C G (G) (T) (G) (D) C T G C I G = G = C A = C A G = A A A G T G = I C T = G C = A = = = = G C T A G A = T = = T T T G A C ? T T (A) (C) (T) (I) G C A T D A = A = T G = T C T = G C G A C A = D T C = C A = G = = = = A T 0 X122 C C T G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T A G A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X123 = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X124 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? = = ? = = = = = 1.00 ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.95 0.95 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 = 0.95 0.95 0.95 0.95 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? ? = ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 0.57 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 0.55 0.55 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.55 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? ? = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = = = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? ? ? = ? ? ? = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? ? = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 0.99 0.99 0.99 0.99 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? ? ? = = = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.97 0.97 0.97 0.97 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 ? = 1.00 = = ? = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.97 0.97 0.97 0.97 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = = = = = = = = = = 0.99 0.99 0.99 0.99 = ? = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 0.52 = = 1.00 ? ? ? = ? ? = = = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.55 0.55 0.55 0.55 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 0.97 0.97 0.97 0.97 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.96 0.96 0.96 0.96 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.97 0.97 0.97 0.97 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 0.99 0.99 0.99 0.99 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = 0.99 0.99 0.99 0.99 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? = = ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 0.54 0.54 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 0.50 = = = = = 1.00 0.50 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.97 0.97 0.97 0.97 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = ? = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0.53 = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.93 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 0.99 0.99 0.99 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 0.98 0.98 0.98 0.98 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.90 0.90 0.90 0.90 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.97 0.97 0.97 0.97 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 0.97 0.97 0.97 0.97 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.97 0.97 0.97 0.97 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.78 0.78 0.78 0.78 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.78 0.78 0.78 0.78 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = 0.62 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.62 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 0.77 0.77 0.77 0.77 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = ? = = = = = = 0.50 = = = = = ? = = = = = = = ? = = ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 0.78 0.78 0.78 0.78 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = END PHASEPROBS