Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop hz 000374 G 0.01 A 0.99 0.01 000463 T 0.03 C 0.97 0.06 000519 C 0.01 T 0.99 0.02 000577 - 0.45 + 0.55 0.50 000605 T 0.01 C 0.99 0.01 000709 G 0.01 A 0.99 0.02 000973 G 0.06 C 0.94 0.11 000996 T 0.37 C 0.63 0.47 001010 C 0.01 A 0.99 0.01 001040 G 0.03 A 0.97 0.05 001326 A 0.01 G 0.99 0.01 001355 T 0.48 C 0.52 0.50 001710 T 0.01 C 0.99 0.02 001747 A 0.03 C 0.97 0.05 001800 G 0.03 A 0.97 0.07 001969 G 0.02 A 0.98 0.04 002168 A 0.01 G 0.99 0.01 002515 A 0.03 G 0.97 0.06 002518 A 0.02 G 0.98 0.04 002577 + 0.01 - 0.99 0.01 002587 A 0.03 G 0.97 0.06 002683 - 0.01 + 0.99 0.01 002829 T 0.03 A 0.97 0.05 002944 T 0.03 G 0.97 0.06 003306 - 0.03 + 0.97 0.06 003350 T 0.01 C 0.99 0.01 003392 G 0.03 C 0.97 0.05 003470 G 0.03 A 0.97 0.05 003873 C 0.03 T 0.97 0.06 008195 G 0.01 A 0.99 0.01 008227 A 0.01 G 0.99 0.01 008239 G 0.28 A 0.72 0.40 008722 T 0.03 G 0.97 0.05 008826 A 0.01 G 0.99 0.01 008837 G 0.27 A 0.73 0.39 008885 A 0.01 G 0.99 0.02 008923 A 0.03 G 0.97 0.06 009242 G 0.01 A 0.99 0.01 009261 - 0.06 + 0.94 0.12 009297 T 0.03 C 0.97 0.07 009546 A 0.01 C 0.99 0.01 009588 T 0.08 C 0.92 0.14 009736 A 0.01 T 0.99 0.02 009794 A 0.08 T 0.92 0.14 010032 C 0.03 G 0.97 0.05 010182 T 0.08 C 0.92 0.14 010268 C 0.01 A 0.99 0.01 010571 G 0.01 C 0.99 0.01 010601 G 0.04 A 0.96 0.07 011486 A 0.01 G 0.99 0.01 011491 C 0.09 T 0.91 0.16 011649 T 0.06 C 0.94 0.12 011694 A 0.01 C 0.99 0.01 012219 C 0.03 T 0.97 0.07 012221 C 0.02 T 0.98 0.03 012279 A 0.03 G 0.97 0.06 012327 C 0.03 T 0.97 0.06 012665 G 0.01 A 0.99 0.01 012797 C 0.01 T 0.99 0.01 012803 A 0.01 G 0.99 0.01 013320 - 0.01 + 0.99 0.01 013321 C 0.03 G 0.97 0.07 013483 A 0.05 G 0.95 0.10 013489 - 0.02 + 0.98 0.04 013529 T 0.03 C 0.97 0.05 013690 A 0.01 G 0.99 0.01 013961 A 0.01 G 0.99 0.01 014182 T 0.08 G 0.92 0.14 014424 T 0.06 C 0.94 0.11 014734 C 0.05 A 0.95 0.09 014794 G 0.10 A 0.90 0.18 014815 C 0.05 T 0.95 0.09 014878 T 0.08 G 0.92 0.14 023048 A 0.01 C 0.99 0.01 023075 C 0.01 T 0.99 0.01 023132 T 0.01 A 0.99 0.02 023140 T 0.37 C 0.63 0.47 023457* 023640 C 0.01 A 0.99 0.01 023825 C 0.01 T 0.99 0.02 024020 C 0.01 T 0.99 0.01 024215 A 0.01 T 0.99 0.01 024278 A 0.03 G 0.97 0.07 024789 C 0.02 T 0.98 0.05 027252 T 0.01 C 0.99 0.01 027667 C 0.01 A 0.99 0.01 027724 G 0.01 T 0.99 0.02 029398 C 0.01 T 0.99 0.01 029426 G 0.04 A 0.96 0.07 030227 + 0.01 - 0.99 0.03 030345 C 0.01 T 0.99 0.03 030410 T 0.01 G 0.99 0.03 030431 T 0.01 C 0.99 0.03 031140 T 0.08 C 0.92 0.15 031578 T 0.02 C 0.98 0.04 033714 G 0.01 A 0.99 0.01 033867 G 0.04 T 0.96 0.07 033934 T 0.01 G 0.99 0.01 034001 A 0.01 G 0.99 0.01 034018 A 0.01 G 0.99 0.01 034086 A 0.02 T 0.98 0.04 034603 G 0.06 C 0.94 0.11 034669 A 0.01 G 0.99 0.01 034761 C 0.01 G 0.99 0.01 034835 A 0.02 G 0.98 0.04 035857 T 0.02 G 0.98 0.03 039581 C 0.02 A 0.98 0.05 039621 C 0.06 T 0.94 0.11 039784 A 0.01 C 0.99 0.01 039881 C 0.05 A 0.95 0.10 040212 A 0.04 T 0.96 0.07 040364 C 0.01 T 0.99 0.01 040571 T 0.04 C 0.96 0.08 040888 G 0.03 C 0.97 0.06 041232 C 0.04 T 0.96 0.08 041335 G 0.02 C 0.98 0.03 041418 C 0.01 G 0.99 0.01 041425 T 0.01 G 0.99 0.01 041454 - 0.01 + 0.99 0.01 041469 T 0.01 G 0.99 0.02 041488 T 0.01 G 0.99 0.01 041753 T 0.01 G 0.99 0.01 043912 G 0.01 C 0.99 0.02 044194 T 0.01 C 0.99 0.01 044663 T 0.01 C 0.99 0.01 044945 T 0.01 A 0.99 0.01 Note: pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000577: C 002577: A 002683: GGGGGGAGGGA 003306: A 009261: GAAAGA 013320: c 013489: taag 030227: TA 041454: ag *Site 23457 was observed to have three alleles. The frequency for each allele is given below: Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Allele3 Total-pop 23457 T 0.01 A 0.03 C 0.96