************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 ppidx.phase.inp ppidx.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST ppidx.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates ppidx.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual ppidx.phase.out_recom : estimates of recombination parameters ppidx.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 23 Positions of loci: 262 1265 1272 3668 3746 4256 4618 5201 6800 7771 8526 8653 10194 10523 10838 10868 10880 12849 13492 13794 14968 15975 16638 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file ppidx.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 AGCGGIAGCTIGCAIAGGGAGTC 1.000000 2 AGCGGIAGTGIGCADAGGGCATC 2.000000 3 AGCGGIGGCTIGCAIAGGGAGTC 1.000000 4 AGCAGIAGCTIGCAIAGGGAGTC 1.000000 5 AAGGGIACTGIGCAIAGATAATC 3.000000 6 AAGGGIACTGIGCADAGATAATC 1.000000 7 AAGGGIGGCTIACAIAGGTAGGC 27.000000 8 AAGGGIGGCTIGCAIAGGTAGTC 8.000000 9 AAGGGIGGCTIGCAIAGGGCGTC 1.000000 10 AAGGGDAGCTIACAIAGGTAGGC 2.000000 11 AAGGGDAGCTIGCAIAGGTAGGC 1.000000 12 GGCGGIAGTGIGCADAGGGCATC 4.000000 13 GGCGGIAGTGIGCGDGGGGCATC 2.000000 14 GGCGGDAGTGIGCADAGGGCATC 1.000000 15 GGCGGDAGTGIGCGDGGGGCATC 1.000000 16 GGCGGDAGTGIGCGDGGGGCATG 96.000000 17 GGCGGDAGTGDGCGDGGGGCATG 12.000000 18 GGCAGIAGTGIGCADACAGCATC 5.000000 19 GGCAAIACTGIGTADACAGCATC 9.000000 20 GGGGGDAGTGIGCGDGGGGCATG 1.000000 21 GAGGGIACTGIGCAIAGATAATC 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (8,10) P002: (16,16) P003: (1,5) P004: (14,15) P005: (10,16) P006: (11,16) P007: (16,16) P008: (16,17) P009: (16,16) P010: (16,16) P011: (5,19) P012: (16,16) P013: (16,17) P014: (16,16) P015: (16,16) P016: (16,16) P017: (16,19) P018: (18,21) P019: (16,17) P020: (8,16) P021: (2,2) P022: (7,16) P023: (7,17) P024: (7,16) P025: (16,16) P026: (16,16) P027: (7,16) P028: (16,16) P029: (7,9) P030: (16,17) P031: (16,16) P032: (16,16) P033: (16,16) P034: (16,16) P035: (16,16) P036: (16,16) P037: (16,16) P038: (8,18) P039: (16,17) P040: (7,7) P041: (8,18) P042: (8,12) P043: (16,16) P044: (16,16) P045: (16,16) P046: (16,16) P047: (16,16) P048: (7,7) P049: (7,16) P050: (6,13) P051: (8,16) P052: (16,16) P053: (7,16) P054: (16,17) P055: (16,17) P056: (12,12) P057: (18,19) P058: (16,16) P059: (8,19) P060: (7,16) P061: (3,12) P062: (7,16) P063: (7,17) P064: (7,13) P065: (19,19) P066: (16,16) P067: (16,16) P068: (16,17) P069: (16,16) P070: (16,17) P071: (7,16) P072: (16,16) P073: (7,7) P074: (7,16) P075: (7,16) P076: (16,20) P077: (7,7) P078: (16,16) P079: (16,16) P080: (4,7) P081: (7,16) P082: (16,16) P083: (7,16) P084: (16,16) P085: (7,16) P086: (7,16) P087: (19,19) P088: (5,19) P089: (8,18) P090: (16,17) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 A A G G G I G G C T I G C A I A G G T A G T C A A G G G D A G C T I A C A I A G G T A G G C 0 P002 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P003 A G C G G I A G C T I G C A I A G G G A G T C A A G G G I A C T G I G C A I A G A T A A T C 0 P004 G G C G G D A G T G I G C A D A [G] [G] G C A T C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T C 0 P005 A A G G G D A G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P006 A A G G G D A G C T I G C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P007 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P008 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G D G C G D G G G G C A T G 0 P009 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P010 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P011 A A G G G I A C T G I G C A I A G A T A A T C G G C A A I A C T G I G T A D A C A G C A T C 0 P012 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P013 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G D G C G D G G G G C A T G 0 P014 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P015 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P016 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P017 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C A A I A C T G I G T A D A C A G C A T C 0 P018 G G C A G I A G T G I G C A D A C A G C A T C G A G G G I A C T G I G C A I A G A T A A T C 0 P019 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G D G C G D G G G G C A T G 0 P020 A A G G G I G G C T I G C A I A G G T A G T C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P021 A G C G G I A G T G I G C A D A G G G C A T C A G C G G I A G T G I G C A D A G G G C A T C 0 P022 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P023 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G D G C G D G G G G C A T G 0 P024 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P025 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P026 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P027 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P028 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P029 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T (A) G G C A A G G G I G G C T I G C A I A G G G (C) G T C 0 P030 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G D G C G D G G G G C A T G 0 P031 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P032 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P033 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P034 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P035 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P036 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P037 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P038 A A G G G I G G C T I G C A I A G G T A G T C G G C A G I A G T G I G C A D A C A G C A T C 0 P039 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G D G C G D G G G G C A T G 0 P040 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C 0 P041 A A G G G I G G C T I G C A I A G G T A G T C G G C A G I A G T G I G C A D A C A G C A T C 0 P042 A A G G G I G G C T I G C A I A G G T A G T C G G C G G I A G T G I G C A D A G G G C A T C 0 P043 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P044 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P045 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P046 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P047 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P048 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C 0 P049 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P050 A A G G G I A C T G I G C A D A G A T A A T C G G C G G I A G T G I G C G D G G G G C A T C 0 P051 A A G G G I G G C T I G C A I A G G T A G T C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P052 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P053 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P054 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G D G C G D G G G G C A T G 0 P055 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G D G C G D G G G G C A T G 0 P056 G G C G G I A G T G I G C A D A G G G C A T C G G C G G I A G T G I G C A D A G G G C A T C 0 P057 G G C A G I A G T G I G C A D A C A G C A T C G G C A A I A C T G I G T A D A C A G C A T C 0 P058 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P059 A A G G G I G G C T I G C A I A G G T A G T C G G C A A I A C T G I G T A D A C A G C A T C 0 P060 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P061 (A) G C G G I (G) G C T I G C A I A G G G A G T C (G) G C G G I (A) G T G I G C A D A G G G C A T C 0 P062 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P063 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G D G C G D G G G G C A T G 0 P064 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G I A G T G I G C G D G G G G C A T C 0 P065 G G C A A I A C T G I G T A D A C A G C A T C G G C A A I A C T G I G T A D A C A G C A T C 0 P066 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P067 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P068 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G D G C G D G G G G C A T G 0 P069 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P070 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G D G C G D G G G G C A T G 0 P071 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P072 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P073 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C 0 P074 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P075 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P076 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G G G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P077 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C 0 P078 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P079 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P080 A G C (A) G I A G C T I G C A I A G G G A G T C A A G (G) G I G G C T I A C A I A G G T A G G C 0 P081 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P082 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P083 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P084 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P085 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P086 A A G G G I G G C T I A C A I A G G T A G G C G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G 0 P087 G G C A A I A C T G I G T A D A C A G C A T C G G C A A I A C T G I G T A D A C A G C A T C 0 P088 A A G G G I A C T G I G C A I A G A T A A T C G G C A A I A C T G I G T A D A C A G C A T C 0 P089 A A G G G I G G C T I G C A I A G G T A G T C G G C A G I A G T G I G C A D A C A G C A T C 0 P090 G G C G G D A G T G I G C G D G G G G C A T G G G C G G D A G T G D G C G D G G G G C A T G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 = ? ? = = I G = = = = G = = = = = ? = = = T = = ? ? = = D A = = = = A = = = = = ? = = = G = 0 P002 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0 P003 = G C = = = = G C T ? = = = = = = ? G = G = = = A G = = = = C T G ? = = = = = = ? T = A = = 0 P004 = = = ? = = = = = = = = = A = ? ? ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = G = ? ? ? = ? = = = 0 P005 A A G ? = = = = C T = A = A I ? ? ? T A G G C G G C ? = = = = T G = G = G D ? ? ? G C A T G 0 P006 A A G = = = = = C T = = = A I ? ? ? T ? G G C G G C = = = = = T G = = = G D ? ? ? G ? A T G 0 P007 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0 P008 ? = = = = = = = = = I = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = D = = = = = = ? = = = = = 0 P009 ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 P010 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P011 A A G G G = = = = = ? = C = I = G = T A = = = G G C A A = = = = = ? = T = D = C = G C = = = 0 P012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P013 = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = 0 P014 = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 P015 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P017 = = = G G D = G = = = = C G = G G G = = = = G = = = A A I = C = = = = T A = A C A = = = = C 0 P018 = G C A = ? ? G = = = = = = D = C = G C = = = = A G G = ? ? C = = = = = = I = G = T A = = = 0 P019 ? = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = 0 P020 A A G = = I G = C T = = = A I A = = T A G = C G G C = = D A = T G = = = G D G = = G C A = G 0 P021 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P022 A A G = = I G = C T = A = A I A = = T A G G C G G C = = D A = T G = G = G D G = = G C A T G 0 P023 A A G = = I G = C T I A = A I A = = T A G G C G G C = = D A = T G D G = G D G = = G C A T G 0 P024 A A G = = I G ? C T = A = A I ? ? = T A G G C G G C = = D A ? T G = G = G D ? ? = G C A T G 0 P025 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P026 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P027 A A G = = I G = C T = A = A I A = = T A G G C G G C = = D A = T G = G = G D G = = G C A T G 0 P028 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P029 = = = = = = = = = = = A = = = = = = T (A) = G = = = = = = = = = = = = G = = = = = = G (C) = T = 0 P030 = = = = = = = = = = I ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D ? = = = = = = = = = = = 0 P031 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P032 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P033 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P034 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = 0 P035 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P036 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 P037 = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = 0 P038 ? A G G = = G = C T = = = = I = G G T A G = = ? G C A = = A = T G = = = = D = C A G C A = = 0 P039 = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = 0 P040 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P041 A A G G = = G ? C T = = = = I = G G T A G = = G G C A = = A ? T G = = = = D = C A G C A = = 0 P042 A A G = = = G = C T = = = = I = = = ? A G ? = G G C = = = A = T G = = = = D = = = ? C A ? = 0 P043 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P044 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P045 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0 P046 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P047 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P048 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 P049 ? A G = = I G = C T = A = A I A = = T A G G C ? G C = = D A = T G = G = G D G = = G C A T G 0 P050 A A G = = = = C = = ? = = A = A = A T ? = = = G G C = = = = G = = ? = = G = G = G G ? = = = 0 P051 A A G = = I G = C T = = = A I A = = T A G = C G G C = = D A = T G = = = G D G = = G C A = G 0 P052 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P053 A A G = = I G = C T = A = A I A = = T A G G C G G C = = D A = T G = G = G D G = = G C A T G 0 P054 = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = 0 P055 = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = 0 P056 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 P057 = = = = G = = G = = = = C = = = = = = = = = = = = = = A = = C = = = = T = = = = = = = = = = 0 P058 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 P059 A A G G G = G G C T = = C = I = G G T A G = = G G C A A = A C T G = = T = D = C A G C A = = 0 P060 A A G = = I G = C T = A = A I A = = T A G G C G G C = = D A = T G = G = G D G = = G C A T G 0 P061 (A) = = = = = (G) = C T = = = = I = = = = A G = = (G) = = = = = (A) = T G = = = = D = = = = C A = = 0 P062 A A G = = I G = C T = A = A I A = = T A G G C G G C = = D A = T G = G = G D G = = G C A T G 0 P063 A A G = = I G = C T I A = A I A = = T A G G C G G C = = D A = T G D G = G D G = = G C A T G 0 P064 A A G = = = G ? C T = A = A I A = = T A G G = G G C = = = A ? T G = G = G D G = = G C A T = 0 P065 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P066 = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = ? = ? = = = 0 P067 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P068 = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = 0 P069 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P070 = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = 0 P071 A A G = = I G = C T = A = A I A = = T A G ? C G G C = = D A = T G = G = G D G = = G C A ? G 0 P072 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P073 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P074 A A G = = I G = C T = A = A I A = = T A G ? C G G C = = D A = T G = G = G D G = = G C A ? G 0 P075 A A G = = I G = C T = A = A I A = = T ? G G C G G C = = D A = T G = G = G D G = = G ? A T G 0 P076 = = C = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = 0 P077 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 P078 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P079 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 P080 ? G C (A) = = A ? = = = G = = = = = = G = = ? = ? A G (G) = = G ? = = = A = = = = = = T = = ? = 0 P081 A A G = = I G = C T = A = A I A = = T A G G C G G C = = D A = T G = G = G D G = = G C A T G 0 P082 = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = ? = ? = 0 P083 A A G = ? I G = C T = A = A I A = = T A G G C G G C = ? D A = T G = G = G D G = = G C A T G 0 P084 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P085 A A G = = I G = C T = A = A I A = = T A G G C G G C = = D A = T G = G = G D G = = G C A T G 0 P086 A A G = = I G = C T = A = A I A = = T A G ? C G G C = = D A = T G = G = G D G = = G C A ? G 0 P087 = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 P088 A A G G G = = = = = = = C = I = G ? T A = = = G G C A A = = = = = = = T = D = C ? G C = = = 0 P089 A A G G = = G ? C ? = = = = I = G G T A G = ? G G C A = = A ? T ? = = = = D = C A G C A = ? 0 P090 = = = ? = = = = = = I = = = = = = ? = ? = ? ? = = = ? = = = = = = D = = = = = = ? = ? = ? ? END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = ? ? = = 0.99 0.99 = = = = 0.99 = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = = ? 1.00 = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? = ? = = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 0.99 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 0.63 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 0.99 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.73 = = = = = 0.62 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 0.99 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? 1.00 1.00 0.59 = = 1.00 ? = = = 0.98 = = = = = = 0.98 = = ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = ? = ? = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 ? = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = ? = ? ? END PHASEPROBS