************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 polsx.phase.inp polsx.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST polsx.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates polsx.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual polsx.phase.out_recom : estimates of recombination parameters polsx.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 56 Positions of loci: 186 225 445 596 690 968 1515 1952 1957 3420 3948 4172 4814 4849 5086 5236 6550 6729 7269 7450 7646 7807 8560 8601 9182 10259 11032 11488 11622 11837 12323 12334 12902 13043 13194 13469 14225 14531 15214 15810 15910 16493 16769 18112 18190 18470 18786 19146 19703 19844 21739 22052 22104 22474 22785 22812 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file polsx.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GACCICCGAGCACGDTGCCDCCAGAGTCTACAGCGGCTGCTGAGTGCCTTGCT 3 AI 20.000000 2 GACCICCGAGCACGDTGCCDCCAGAGTCTACAGCGTCTGCTGAGTGCCTTGCT 3 AI 2.000000 3 GACCICCGAGCACGDTGCCDCCAGGGTCTACAGCGGCTGCTGAGTGCCTTGCT 3 AI 1.000000 4 GACCIGCGAGCACGDTGCCDCCAGAGTCTACAGCGGCTGCTGAGTGCCTTGCT 3 AI 1.000000 5 GACCIGCGAGCGCTDTGCCDCCAGAGTCTACTGCGGCTGCTGGGTACCCCGCT 3 GD 1.000000 6 GACCDGCGGGCGCTDTGTCDTCAAGGTCTACTGCGGCTGCTGGGTGCCTTGCT 3 GI 2.000000 7 GACGIGTGGGCGCTICGCCDCCGGAATCTGCTGCGGCTGCTGGGTGCCCCGCT 3 GI 1.000000 8 GACGIGTGGGCGCTICGCCDCCGGAATCTGCTGCGGCTGCTGGGTGCCCCGCT 4 GI 1.000000 9 GACGIGTGGGCGCTICGCCDCCGGAATCTGCTGCAGCTACCAGGCGCCCCACC 3 AI 1.000000 10 GACGIGTGGGCGCTICGCCDCCGGAATCCGCTGCAGCTACCAGGCGCCCCACC 3 AI 1.000000 11 GACGIGTGGGCGCTICGCCDCCGGAACCTGCTGCAGCTACCAGGTGCCCCGCC 3 AI 1.000000 12 GACGIGTGGGCGCTICGCCDCCGGAACCCGCTGCAGCTACCAGGCGCCCCACC 3 AI 31.000000 13 GATGIGTAGTCGCTICACCDCTGGAATCTGATATGTCTGATGGGTGTTCCGTT 1 GD 1.000000 14 GATGIGTAGTTGCGDTGCCDCCAGAGTCTACAGCGGCTGCTGAGTGCCTTGCT 3 AI 1.000000 15 GATGIGTAGTTGCTICACCDCCGGAATCTGATATGTCTGATGGGTGTTCCGTT 3 GD 1.000000 16 GATGIGTAGTTGCTICACTDCCGGAATTTGATATGTCTGATGGATGCTCCGTT 1 GD 1.000000 17 GATGIGTAGTTGCTICACTDCCGGAATTTGATATGTCTGATGGATGTTCCGTT 1 AI 1.000000 18 GATGIGTAGTTGCTICACTDCCGGAATTTGATATGTCTGATGGATGTTCCGTT 1 GD 30.000000 19 GATGIGTAGTTGCTICACTDCCGGAATTTGATATGTCCGATGGATGTTCCGTT 1 GD 10.000000 20 GATGIGTAGTTGCTICACTDCCGGAACCCGCTGCAGCTACCAGGCGCCCCACC 3 AI 1.000000 21 GATGIGTAGTTGCTICACTDCTGGAATTTGATATGTCCGATGGATGTTCCGTT 1 GD 1.000000 22 GATGIGTAGTTGCTICGCCDCCAGAGTCTACAGCGTCTGATGGATGTTCCGTT 1 GD 4.000000 23 GATGIGTAGTTGTTICACCDCCGGAATCTGATATGTCTGATGGGTGTTCCGTT 1 GI 6.000000 24 GATGIGTAGTTGTTICACCDCTGGAATCTGATATGTCTGATGGGTGTTCCGTT 1 GI 2.000000 25 GATGIGTAGTTGTTICACCDCTGGAATCTGATATGTCTGATGGGTGTTCCGTT 1 GD 8.000000 26 GATGIGTAGTTGTTICACCDCTGGGATCTGATATGTCTGATGGGTGTTCCGTT 1 GD 4.000000 27 GGCCICCGAGCACGDTGCCDCCAGAGTCTACAGCGGCTGCTGAGTGCCTTGCT 3 AI 28.000000 28 GGCCICCGAGCATTICACCDCCGGGATCTGATATGTCTGATGGGTGTTCCGTT 1 GD 1.000000 29 AACCDGCGGGCGCTDTGTCITCAAGGTCTACTGCGGGTGCTGGGTACCCCGCT 3 GD 14.000000 30 AACCDGCGGGCGCTDTGTCITCAAGGTCTACTGCAGGTGCTGGGTACCCCGCT 3 GD 3.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (16,27) P002: (1,18) P003: (27,29) P004: (14,28) P005: (27,27) P006: (18,22) P007: (10,18) P008: (27,29) P009: (11,18) P010: (12,22) P011: (18,27) P012: (1,22) P013: (18,19) P014: (18,30) P015: (12,18) P016: (1,1) P017: (18,25) P018: (23,23) P019: (12,18) P020: (27,29) P021: (25,26) P022: (1,29) P023: (12,29) P024: (1,19) P025: (1,12) P026: (1,18) P027: (27,30) P028: (12,12) P029: (5,27) P030: (12,18) P031: (12,12) P032: (12,29) P033: (1,12) P034: (18,29) P035: (1,19) P036: (18,18) P037: (18,27) P038: (18,23) P039: (8,19) P040: (18,27) P041: (24,25) P042: (6,12) P043: (22,27) P044: (27,27) P045: (18,18) P046: (12,18) P047: (18,27) P048: (9,17) P049: (1,19) P050: (13,19) P051: (12,12) P052: (12,12) P053: (12,27) P054: (6,29) P055: (1,12) P056: (18,18) P057: (29,29) P058: (12,20) P059: (23,27) P060: (1,12) P061: (23,26) P062: (1,27) P063: (27,29) P064: (15,27) P065: (18,25) P066: (1,12) P067: (18,29) P068: (1,29) P069: (2,29) P070: (2,19) P071: (1,12) P072: (27,27) P073: (18,27) P074: (4,7) P075: (27,30) P076: (12,12) P077: (3,12) P078: (12,12) P079: (18,19) P080: (25,26) P081: (1,24) P082: (19,27) P083: (18,19) P084: (25,27) P085: (12,27) P086: (1,27) P087: (23,25) P088: (1,25) P089: (21,26) P090: (12,18) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G C T C C G T T 1 G D G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P002 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P003 G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C G G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D 0 P004 G A T G I G T A G T [T] [G] C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G G C C I C C G A G C [A] T T I C A C C D C C G G G A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G D 0 P005 G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P006 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G A T G I G T A G T T G C T I C G C C D C C A G A G T C T A C A G C G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P007 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A T C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P008 G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C G G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D 0 P009 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C T G C T G C A G C T A C C A G G T G C C C C G C C 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P010 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C G C C D C C A G A G T C T A C A G C G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P011 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P012 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C G C C D C C A G A G T C T A C A G C G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P013 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C C G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P014 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C A G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D 0 P015 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P016 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P017 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C T G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G D 0 P018 G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C C G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G I G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C C G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G I 0 P019 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P020 G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C G G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D 0 P021 G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C T G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G D G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C T G G G A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G D 0 P022 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C G G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D 0 P023 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C G G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D 0 P024 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C C G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P025 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I 0 P026 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P027 G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C A G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D 0 P028 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I 0 P029 G (A) C C I (G) C G A G C (G) C (T) D T G C C D C C A G A G T C T A C T G C G G C T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D G (G) C C I (C) C G A G C (A) C (G) D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P030 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P031 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I 0 P032 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C G G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D 0 P033 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I 0 P034 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C G G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D 0 P035 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C C G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P036 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P037 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P038 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C [C] G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G I 0 P039 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A T C T G C T G C G G C T G C T G G G T G C C C C G C T 4 G I G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C C G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P040 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P041 G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C T G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G I G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C T G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G D 0 P042 G A C C D G C G G G C G C T D T G T C D T C A A G G T C T A C T G C G G C T G C T G G G T G C C T [T] G C T 3 G I G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I 0 P043 G A T G I G T A G T T G C T I C G C C D C C A G A G T C T A C A G C G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P044 G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P045 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P046 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P047 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P048 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A T C T G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 A I 0 P049 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C C G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P050 G A T G I G T A G T (C) G C T I C A C C D C T G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G D G A T G I G T A G T (T) G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C C G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P051 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I 0 P052 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I 0 P053 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P054 G A C C D G C G G G C G C T D T G T C D T C A A G G T C T A C T G C G G C T G C T G G G T G C C T [T] G C T 3 G I A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C G G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D 0 P055 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I 0 P056 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P057 A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C G G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C G G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D 0 P058 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I 0 P059 G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C C G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G I G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P060 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I 0 P061 G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C C G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G I G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C T G G G A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G D 0 P062 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P063 G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C G G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D 0 P064 G A T G I G T A G T T G C T I C A C C D C C G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 3 G D G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P065 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C T G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G D 0 P066 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I 0 P067 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C G G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D 0 P068 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C G G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D 0 P069 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G T C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C G G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D 0 P070 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G T C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C C G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P071 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I 0 P072 G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P073 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P074 G A C C I G C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A T C T G C T G C G G C T G C T G G G T G C C C C G C T 3 G I 0 P075 G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I A A C C D G C G G G C G C T D T G T C I T C A A G G T C T A C T G C A G G T G C T G G G T A C C C C G C T 3 G D 0 P076 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I 0 P077 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G (G) G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G (A) A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I 0 P078 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I 0 P079 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C C G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P080 G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C T G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G D G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C T G G G A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G D 0 P081 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C T G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G I 0 P082 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C C G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P083 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C C G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D 0 P084 G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C T G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G D G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P085 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P086 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G G C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I 0 P087 G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C C G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G I G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C T G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G D 0 P088 G A C C I C C G A G C A C G D T G C C D C C A G A G T C T A C A G C G G C T G C T G A G T G C C T T G C T 3 A I G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C T G G A A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G [D] 0 P089 G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C T G G A A T T T G A T A T G T C C G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D G A T G I G T A G T T G T T I C A C C D C T G G G A T C T G A T A T G T C T G A T G G G T G T T C C G T T 1 G D 0 P090 G A C G I G T G G G C G C T I C G C C D C C G G A A C C C G C T G C A G C T A C C A G G C G C C C C A C C 3 A I G A T G I G T A G T T G C T I C A C T D C C G G A A T T T G A T A T G T C T G A T G G A T G T T C C G T T 1 G D END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 = A T G = G T A G T T G = T I C A = T = = = G = = A = T = G A T A T = T = = = ? ? = G A = = = T C C = T = 1 G D = G C C = C C G A G C A = G D T G = C = = = A = = G = C = A C A G C = G = = = ? ? = A G = = = C T T = C = 3 A I 0 P002 = = C C = C C G A G C A = G D T G = C = = = A = = G = C = A C A G C = G = = = ? ? = A G = = C ? T T = C = ? ? ? = = T G = G T A G T T G = T I C A = T = = = G = = A = T = G A T A T = T = = = ? ? = G A = = T ? C C = T = ? ? ? 0 P003 G G ? ? I C = = A = = A = G = = = C = D C = = G A = = = = = = A = = = = C = = = = = A = = G = = T ? = = = = A I A A ? ? D G = = G = = G = T = = = T = I T = = A G = = = = = = T = = = = G = = = = = G = = A = = C ? = = = = G D 0 P004 = A T G = ? T A G T ? ? C G D T G = = = = = A = A ? = = = A C A G C = G ? = = C = ? ? = = = ? C T ? = C = 3 A I = G C C = ? C G A G ? ? T T I C A = = = = = G = G ? = = = G A T A T = T ? = = A = ? ? = = = ? T C ? = T = 1 G D 0 P005 = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = ? ? = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = ? ? 0 P006 = = = = = = = = = = = = = = = = A = T = = = G = = A = T = G A T A T = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = C = = = A = = G = C = A C A G C = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 P007 = = C = = ? = G = G C = = = = = G = C = = = = = = = = C C = C = G C A G = = A ? ? A = G C = C C = ? A ? ? 3 ? ? = = T = = ? = A = T T = = = = = A = T = = = = = = = = T T = A = A T G T = = G ? ? G = A T = T T = ? G ? ? 1 ? ? 0 P008 G G ? ? I ? = = A = ? A = G = = = C = D C = = G A = = = = = = A = = = = C = = = = = A = = G = = T ? = ? ? = A I A A ? ? D ? = = G = ? G = T = = = T = I T = = A G = = = = = = T = = = = G = = = = = G = = A = = C ? = ? ? = G D 0 P009 = = C = = ? = G = G C = = = = = G = C = = = ? ? = = C C = = C = G C A G = = A C ? A = G = = C C = = = ? C 3 ? ? = = T = = ? = A = T T = = = = = A = T = = = ? ? = = T T = = A = A T G T = = G A ? G = A = = T T = = = ? T 1 ? ? 0 P010 = = C = = ? = G = G ? ? = = = = = = = = = = G = = ? C = C G ? ? ? ? ? G ? ? A ? ? A = G C = C ? = = A C C 3 A I = = T = = ? = A = T ? ? = = = = = = = = = = A = = ? T = T A ? ? ? ? ? T ? ? G ? ? G = A T = T ? = = G T T 1 G D 0 P011 = A T G = ? T A G T ? ? = T I C A = T = = = G = = ? = T = G A T ? ? = T ? ? = ? ? = G A = = T ? C C = T = 1 ? ? = G C C = ? C G A G ? ? = G D T G = C = = = A = = ? = C = A C A ? ? = G ? ? = ? ? = A G = = C ? T T = C = 3 ? ? 0 P012 = = C C = C C G A G C A = G D T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = ? ? = A G = = C C T T = C = 3 A I = = T G = G T A G T T G = T I C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = ? ? = G A = = T T C C = T = 1 G D 0 P013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P014 G = ? ? I = T A = T T = = = I C A C ? D C = G ? A A = T = G A = A T G T C = = A ? = = A = G T T = = = T = 1 = = A = ? ? D = C G = G C = = = D T G T ? I T = A ? G G = C = A C = G C A G G = = C ? = = G = A C C = = = C = 3 = = 0 P015 = = C = = = = G = G C = = = = = G = C = = = = = = = C C C = C = G C A G = = A C ? A = G C = C C = = A C C 3 A I = = T = = = = A = T T = = = = = A = T = = = = = = = T T T = A = A T G T = = G A ? G = A T = T T = = G T T 1 G D 0 P016 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? 0 P017 = = = = = = = = = = = = C = = = = = T = = C = = = = = T = = = = = = = = = = = = ? = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = C = = T = = = = = C = = = = = = = = = = = = ? = = G = = = = = = = = = = = = 0 P018 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P019 = = C = = = = G = G C = = = = = G = C = = = = = = = C C C = C = G C A G = = A C ? A = G C = C C = = A C C 3 A I = = T = = = = A = T T = = = = = A = T = = = = = = = T T T = A = A T G T = = G A ? G = A T = T T = = G T T 1 G D 0 P020 G G ? ? I C = = A = = A = G = = = C = D C = = G A = = = = = = A = = = = C = = = = = A = = G = = T T = = = = A I A A ? ? D G = = G = = G = T = = = T = I T = = A G = = = = = = T = = = = G = = = = = G = = A = = C C = = = = G D 0 P021 = = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 P022 G = ? ? I ? = = A = ? ? = G = = = C = D C = = G A ? = = = = = A = = = = ? = = = = = A = = G = = T T = = = = A I A = ? ? D ? = = G = ? ? = T = = = T = I T = = A G ? = = = = = T = = = = ? = = = = = G = = A = = C C = = = = G D 0 P023 G = ? ? ? = T = = = = = = = I C = C ? D C = G G A A ? = C G = = = = A = C = A = C A = = C G = = ? ? A = C = A I A = ? ? ? = C = = = = = = = D T = T ? I T = A A G G ? = T A = = = = G = G = G = T G = = T A = = ? ? G = T = G D 0 P024 = = C C = ? C G A G ? ? = G D T G = C = = = A = = ? = C = A C A G ? ? G ? T = ? ? = A G = = C C T T = C = 3 A I = = T G = ? T A G T ? ? = T I C A = T = = = G = = ? = T = G A T A ? ? T ? C = ? ? = G A = = T T C C = T = 1 G D 0 P025 = = = C = C C = A = = A = G D T = = ? ? = = A = = G T = T A = A = = G = = = G = T G A = T = = = T T G = T = = = = = = G = G T = G = = G = T I C = = ? ? = = G = = A C = C G = T = = A = = = A = C A G = C = = = C C A = C = = = 0 P026 = = C C = C C G A G C A = G D T G = C = = = A = = G = C = A C A G C = G = = = C ? = A G = = C C T T = C = 3 A ? = = T G = G T A G T T G = T I C A = T = = = G = = A = T = G A T A T = T = = = A ? = G A = = T T C C = T = 1 G ? 0 P027 G G ? ? I C = = A = = A = G = = = C ? D C = = G A = = = = = = A = = G = C = = = = = A = = G = = T T = = = = A I A A ? ? D G = = G = = G = T = = = T ? I T = = A G = = = = = = T = = A = G = = = = = G = = A = = C C = = = = G D 0 P028 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P029 = (A) = = = (G) = = = = = (G) = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G = = A = = C C = = = = G D = (G) = = = (C) = = = = = (A) = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = A = = G = = T T = = = = A I 0 P030 = = C = = = = G = G C = = = = = G = C = = = ? ? = = C C C = C = G C A G = = A C ? A = G C = C C = = A C C 3 A I = = T = = = = A = T T = = = = = A = T = = = ? ? = = T T T = A = A T G T = = G A ? G = A T = T T = = G T T 1 G D 0 P031 = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P032 G = ? ? I = T = = = = = = = I C = C = D C = G G A A ? = C G = = = = A = C = A = C A = = C G = = = = A = C = A I A = ? ? D = C = = = = = = = D T = T = I T = A A G G ? = T A = = = = G = G = G = T G = = T A = = = = G = T = G D 0 P033 = = = C = C C = A = = A = G D T = = = = = = A = = G T = T A = A = = G = = = G = T G A = T = = = T ? G = T = = = = = = G = G T = G = = G = T I C = = = = = = G = = A C = C G = T = = A = = = A = C A G = C = = = C ? A = C = = = 0 P034 G = ? ? I = T A = T T = = = I C A C T ? C = G G A A = T = G A = A T = T C = = A ? = = A = G T T = = = T = 1 = = A = ? ? D = C G = G C = = = D T G T C ? T = A A G G = C = A C = G C = G G = = C ? = = G = A C C = = = C = 3 = = 0 P035 = = C C = C C G A G C A = G D T G = C = = = A = = G = C = A C A G C = G = T = C ? = A G = = C C T T = C = 3 A I = = T G = G T A G T T G = T I C A = T = = = G = = A = T = G A T A T = T = C = A ? = G A = = T T C C = T = 1 G D 0 P036 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P037 = A T G = G T A G T T G = T I C A = T = = = G = = A = T = G A T A T = T = = = A ? = G A = = T T C C = T = 1 G D = G C C = C C G A G C A = G D T G = C = = = A = = G = C = A C A G C = G = = = C ? = A G = = C C T T = C = 3 A I 0 P038 = = = = = = = = = = = = C = = = = = ? ? = ? = = = = = T = = = = = = = = = = = ? ? = = A = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = T = = = = = ? ? = ? = = = = = C = = = = = = = = = = = ? ? = = G = = = = = = = = = = = I 0 P039 = = C = = = = G = G C = = = = = G = C = = = = = = = = C = = C = G ? = G = T = C ? = = G = = C C = = = C = 4 = I = = T = = = = A = T T = = = = = A = T = = = = = = = = T = = A = A ? = T = C = A ? = = A = = T T = = = T = 1 = D 0 P040 = A T G = ? T A G T ? ? = T I C A = T = = = G = = ? ? T = G A T A ? = T ? = = ? ? = G A = = T T C C = T = 1 G D = G C C = ? C G A G ? ? = G D T G = C = = = A = = ? ? C = A C A G ? = G ? = = ? ? = A G = = C C T T = C = 3 A I 0 P041 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D 0 P042 = = ? ? D = C = = = = = = = D T = T = = T = A A G G T = T A = = = = G = = = G = T G = = T = = = ? ? G = T = G = = = ? ? I = T = = = = = = = I C = C = = C = G G A A C = C G = = = = A = = = A = C A = = C = = = ? ? A = C = A = 0 P043 = A T G = G T A G T T G = T I C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = ? ? = G A = = T T C C = T = 1 G D = G C C = C C G A G C A = G D T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = ? ? = A G = = C C T T = C = 3 A I 0 P044 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P045 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 P046 = = C = = = = G = G C = = = = = G = C = = = = = = = C C C = C = G C A G = = A ? ? A = G C = C C = = A C C 3 A I = = T = = = = A = T T = = = = = A = T = = = = = = = T T T = A = A T G T = = G ? ? G = A T = T T = = G T T 1 G D 0 P047 = A T G = ? T A G T ? ? = T I C A = T = = = G = = ? = T = G ? ? A ? = T ? = = ? ? = G A = = T T C C = T = 1 G D = G C C = ? C G A G ? ? = G D T G = C = = = A = = ? = C = A ? ? G ? = G ? = = ? ? = A G = = C C T T = C = 3 A I 0 P048 = = C = = = = G = G C = = = = = G = C = = = = = = = = ? = = C = G C A G = = A C ? A = G C = C C = = A C C 3 = = = = T = = = = A = T T = = = = = A = T = = = = = = = = ? = = A = A T G T = = G A ? G = A T = T T = = G T T 1 = = 0 P049 = = C C = C C G A G C A = G D T G = C = = = A = = G = C = A C A G C = G = T = ? ? = A G = = C C T T = C = 3 A I = = T G = G T A G T T G = T I C A = T = = = G = = A = T = G A T A T = T = C = ? ? = G A = = T T C C = T = 1 G D 0 P050 = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = C = = T = = = = = C = = = = = = = = = T = ? ? ? ? G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = T = = C = = = = = T = = = = = = = = = C = ? ? ? ? A = = = = = = = = = = = = 0 P051 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P052 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0 P053 = A = G = ? T = G = ? ? = T I C = = = = = = G = = ? C = C G ? ? ? ? ? = ? ? A = C A G = C = = ? C C A = C = = = = G = C = ? C = A = ? ? = G D T = = = = = = A = = ? T = T A ? ? ? ? ? = ? ? G = T G A = T = = ? T T G = T = = = 0 P054 G = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = G = = ? ? = = = = = I A = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = A = = ? ? = = = = = D 0 P055 = = = C = C C = A = = A ? ? ? T = = = = = = A = = G T = T A = A = = G = = = G = T G A = T = = = T T G = T = = = = = = G = G T = G = = G ? ? ? C = = = = = = G = = A C = C G = T = = A = = = A = C A G = C = = = C C A = C = = = 0 P056 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P057 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P058 = = C = = = = G = G C = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = A = T T = = = = = A = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P059 = A T G = G T A G T T G T T I C A = = = = = G = = A = = = G A T A T = T = = = A = = G = = = T T C C = T = 1 G = = G C C = C C G A G C A C G D T G = = = = = A = = G = = = A C A G C = G = = = C = = A = = = C C T T = C = 3 A = 0 P060 = = = C = C C = A = = A = G D T = = = = = = A = = G T ? ? A = A = = G = = = G = T G A = T = = = T T G = T = = = = = = G = G T = G = = G = T I C = = = = = = G = = A C ? ? G = T = = A = = = A = C A G = C = = = C C A = C = = = 0 P061 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = T = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D 0 P062 = A = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P063 G G ? ? I C = = A = = A = G = = = C = D C = = G A = = = = = = A = = = = C = = = = = A = = G = = T T = = = = A I A A ? ? D G = = G = = G = T = = = T = I T = = A G = = = = = = T = = = = G = = = = = G = = A = = C C = = = = G D 0 P064 = A T G = G T A G T T G = T I C A = = = = = G = = A = = = G A T A T = T = = = A = = G = = = T T C C = T = = G D = G C C = C C G A G C A = G D T G = = = = = A = = G = = = A C A G C = G = = = C = = A = = = C C T T = C = = A I 0 P065 = = = = = = = = = = = = C = = = = = T = = C = = = = = T = = = = = = = = = = = = ? = = A = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = C = = T = = = = = C = = = = = = = = = = = = ? = = G = = = = = = = = ? = = = 0 P066 = = = C = C C = A = = A = G D T = = = = = = A = = G T = T A = A = = G = = = G = T G A = T = = = T T G = T = = = = = = G = G T = G = = G = T I C = = = = = = G = = A C = C G = T = = A = = = A = C A G = C = = = C C A = C = = = 0 P067 G = ? ? I = T A = T T = = = I C A C ? ? C ? G G A A = T = G A = A T = T C = = A ? = = A = G T T = = = T = 1 ? ? A = ? ? D = C G = G C = = = D T G T ? ? T ? A A G G = C = A C = G C = G G = = C ? = = G = A C C = = = C = 3 ? ? 0 P068 G = ? ? I C = = A ? = A = G = = = C ? D C = = G A = = = = = = A = = = = C = = = = = A = = G = = T T = = = = A I A = ? ? D G = = G ? = G = T = = = T ? I T = = A G = = = = = = T = = = = G = = = = = G = = A = = C C = = = = G D 0 P069 G = ? ? I C = = A = = A = G = = = C = D ? ? = G A = = = = = = A = = = T C = = = = = A = = G = = T ? = = = = A I A = ? ? D G = = G = = G = T = = = T = I ? ? = A G = = = = = = T = = = G G = = = = = G = = A = = C ? = = = = G D 0 P070 = = C C = C C G A G C A = G D T G = C = = = A = = G = C = A C A G ? = = = T = ? ? = A G = = C C T T = C = 3 A I = = T G = G T A G T T G = T I C A = T = = = G = = A = T = G A T A ? = = = C = ? ? = G A = = T T C C = T = 1 G D 0 P071 = = = C = ? C = A = ? ? = G D T = = = = = = A = = ? T = T A = A = ? G = ? = G = T G A = T = = = T T G = T = = = = = = G = ? T = G = ? ? = T I C = = = = = = G = = ? C = C G = T = ? A = ? = A = C A G = C = = = C C A = C = = = 0 P072 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 P073 = A T G = G T A G T T G = T I C A = T = = = G = = A = T = G A T A T = T = = = A ? = G A = = T T C C = T = 1 G D = G C C = C C G A G C A = G D T G = C = = = A = = G = C = A C A G C = G = = = C ? = A G = = C C T T = C = 3 A I 0 P074 = = = C = = C = A = = A = G D T = = = = = = A = = G = = = A = A = = ? ? = = = = = = A = = = = = T ? = = = = A = = = = G = = T = G = = G = T I C = = = = = = G = = A = = = G = T = = ? ? = = = = = = G = = = = = C ? = = = = G = 0 P075 G G ? ? I C = = A = = A = G = = = C ? D C = = G A = = = = = = A = = G = C = = = = = A = = G = = T ? = = = = A I A A ? ? D G = = G = = G = T = = = T ? I T = = A G = = = = = = T = = A = G = = = = = G = = A = = C ? = = = = G D 0 P076 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P077 = = = C = C C = A = = A = G D T = = = = = = A = (G) G T = T A = A = = G = = = G = T G A = T = = = T T G = T = = = = = = G = G T = G = = G = T I C = = = = = = G = (A) A C = C G = T = = A = = = A = C A G = C = = = C C A = C = = = 0 P078 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0 P079 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P080 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P081 = = C C = C C G A G C A C G D T G = = = = C ? = = G = = = A C A G C = G = = = C = = A = = = C C T T = C = 3 A = = = T G = G T A G T T G T T I C A = = = = T ? = = A = = = G A T A T = T = = = A = = G = = = T T C C = T = 1 G = 0 P082 = A T G = G T A G T T G = T I C A = T = = = G = = A = T = G A T A T = T = C = A ? = G A = = T T C C = T = 1 G D = G C C = C C G A G C A = G D T G = C = = = A = = G = C = A C A G C = G = T = C ? = A G = = C C T T = C = 3 A I 0 P083 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P084 = A T G = G T A G T T G T T I C A = = ? = T G = = A = = = G A T A T = T = = = A = = G = = = T T C C = T = 1 G D = G C C = C C G A G C A C G D T G = = ? = C A = = G = = = A C A G C = G = = = C = = A = = = C C T T = C = 3 A I 0 P085 = A = G = G T = G = = G = T I C = = = = = = G = = A C = C G = T = = A = = = A = C A G = C = = = C C A = C = = ? = G = C = C C = A = = A = G D T = = = = = = A = = G T = T A = A = = G = = = G = T G A = T = = = T T G = T = = ? 0 P086 = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P087 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D 0 P088 = = C C = C C G A G C A C G D T G = = = = C A = = G = = = A C A G C = G = = = C = = A = = = C C T ? ? ? ? ? ? ? = = T G = G T A G T T G T T I C A = = = = T G = = A = = = G A T A T = T = = = A = = G = = = T T C ? ? ? ? ? ? ? 0 P089 = = = = = = = = = = = = C = = = = = T = = = = = A = = T = = = = = = = = = C = = ? = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = C = = = = = G = = C = = = = = = = = = T = = ? = = G = = = = = = = = = = = = 0 P090 = = C = = = = G = G C = = = = = G = C = = = = = = = C C C = C = G C A G = = A ? ? A = G C = C C = = A C C 3 A ? = = T = = = = A = T T = = = = = A = T = = = = = = = T T T = A = A T G T = = G ? ? G = A T = T T = = G T T 1 G ? END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 = ? ? = = = ? 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 ? ? 1.00 ? ? 1.00 1.00 ? ? 1.00 ? = = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 ? = ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 ? ? 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 ? ? = ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = ? ? 1.00 ? = = 1.00 = ? ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 ? 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 0.99 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.52 = = = 0.53 = = = = = 0.59 = 0.59 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? ? = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 ? = = ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 ? = 1.00 ? = = ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 0.60 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? ? ? = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? ? ? 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 0.98 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 ? = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 ? = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 0.99 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 ? = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 0.50 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? END PHASEPROBS