Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Total-hz 000186 A 0.09 G 0.91 0.17 000225 G 0.16 A 0.84 0.27 000445 T 0.45 C 0.55 0.50 000596 C 0.33 G 0.67 0.44 000690 - 0.10 + 0.90 0.18 000968 C 0.27 G 0.73 0.39 001091 A 0.01 G 0.99 0.01 001515 C 0.40 T 0.60 0.48 001546 G 0.01 A 0.99 0.02 001952 A 0.39 G 0.61 0.47 001957 A 0.30 G 0.70 0.42 002277 A 0.01 G 0.99 0.01 002349 T 0.01 C 0.99 0.02 002487 A 0.01 T 0.99 0.02 002583 T 0.01 G 0.99 0.01 002756 T 0.01 C 0.99 0.01 002915 G 0.01 C 0.99 0.02 003031 A 0.02 T 0.98 0.03 003420 T 0.40 G 0.60 0.48 003948 T 0.41 C 0.59 0.48 004056 G 0.01 C 0.99 0.01 004103 G 0.01 T 0.99 0.01 004109 A 0.01 T 0.99 0.01 004172 A 0.27 G 0.73 0.39 004211 A 0.01 G 0.99 0.01 004247 T 0.01 C 0.99 0.01 004577 G 0.01 C 0.99 0.01 004697 A 0.01 T 0.99 0.01 004795 G 0.01 A 0.99 0.02 004814 T 0.12 C 0.88 0.21 004849 G 0.29 T 0.71 0.41 005069 - 0.01 + 0.99 0.01 005086 - 0.40 + 0.60 0.48 005236 T 0.41 C 0.59 0.48 005509 - 0.01 + 0.99 0.01 005546 A 0.01 C 0.99 0.01 005654 T 0.01 C 0.99 0.02 005657 G 0.01 A 0.99 0.01 005887 G 0.01 C 0.99 0.02 005892 A 0.01 G 0.99 0.01 005900 + 0.01 - 0.99 0.01 005940 G 0.02 T 0.98 0.03 006120 T 0.01 C 0.99 0.01 006149 T 0.01 A 0.99 0.01 006307 G 0.01 C 0.99 0.01 006382 A 0.01 G 0.99 0.01 006443 T 0.01 C 0.99 0.01 006549 T 0.01 C 0.99 0.02 006550 A 0.38 G 0.62 0.47 006586 T 0.01 A 0.99 0.01 006729 T 0.11 C 0.89 0.19 006745 A 0.01 G 0.99 0.01 006892 + 0.01 - 0.99 0.01 006971 G 0.01 A 0.99 0.02 007269 T 0.25 C 0.75 0.38 007450 + 0.09 - 0.91 0.17 007646 T 0.10 C 0.90 0.19 007765 A 0.01 C 0.99 0.02 007807 T 0.09 C 0.91 0.17 007852 T 0.01 C 0.99 0.02 007958 T 0.01 C 0.99 0.01 008066 A 0.01 G 0.99 0.02 008111 A 0.01 G 0.99 0.02 008144 T 0.01 C 0.99 0.01 008505 T 0.01 C 0.99 0.01 008560 A 0.44 G 0.56 0.49 008601 A 0.10 G 0.90 0.19 009145 A 0.01 G 0.99 0.02 009182 G 0.14 A 0.86 0.24 009575 T 0.01 C 0.99 0.02 009773 G 0.01 A 0.99 0.01 009889 A 0.01 G 0.99 0.02 010259 G 0.41 A 0.59 0.48 010390 T 0.01 C 0.99 0.01 010670 A 0.01 G 0.99 0.01 010845 T 0.01 C 0.99 0.01 010899 A 0.01 G 0.99 0.01 011032 C 0.17 T 0.83 0.28 011143 A 0.01 G 0.99 0.02 011294 G 0.01 A 0.99 0.01 011423 A 0.01 G 0.99 0.01 011434 T 0.01 C 0.99 0.02 011488 T 0.24 C 0.76 0.37 011530 T 0.01 C 0.99 0.02 011563 A 0.01 G 0.99 0.01 011622 C 0.17 T 0.83 0.28 011837 A 0.43 G 0.57 0.49 012120 G 0.01 C 0.99 0.01 012121 T 0.01 C 0.99 0.01 012181 G 0.01 C 0.99 0.01 012323 A 0.37 C 0.63 0.46 012334 A 0.31 T 0.69 0.43 012902 A 0.37 G 0.63 0.46 013043 T 0.36 C 0.64 0.46 013194 A 0.21 G 0.79 0.33 013469 T 0.40 G 0.60 0.48 013528 A 0.01 G 0.99 0.01 013699 A 0.01 G 0.99 0.01 013726 T 0.01 C 0.99 0.01 013727 A 0.01 G 0.99 0.01 014225 G 0.10 C 0.90 0.18 014292 G 0.02 A 0.98 0.04 014326 G 0.01 A 0.99 0.01 014509 T 0.01 G 0.99 0.02 014524 A 0.01 G 0.99 0.01 014531 C 0.06 T 0.94 0.12 014650 A 0.01 G 0.99 0.01 014738 T 0.01 C 0.99 0.01 014756 A 0.01 G 0.99 0.01 014769 A 0.04 G 0.96 0.07 014867 G 0.01 A 0.99 0.01 015174 G 0.02 C 0.98 0.03 015191 C 0.03 G 0.97 0.06 015214 A 0.19 G 0.81 0.31 015516 C 0.01 T 0.99 0.01 015611 A 0.01 G 0.99 0.01 015622 T 0.01 C 0.99 0.01 015765 T 0.01 G 0.99 0.01 015810 A 0.35 C 0.65 0.46 015910 C 0.23 T 0.77 0.35 015962 T 0.02 C 0.98 0.04 016246 G 0.01 A 0.99 0.02 016384 C 0.01 T 0.99 0.01 016493 A 0.20 G 0.80 0.32 016626 T 0.01 C 0.99 0.01 016769 A 0.30 G 0.70 0.42 016798 T 0.01 C 0.99 0.01 016859 T 0.01 C 0.99 0.01 017236 C 0.01 A 0.99 0.01 017349 T 0.01 C 0.99 0.01 017397 T 0.01 C 0.99 0.02 018112 A 0.26 G 0.74 0.39 018150 A 0.01 G 0.99 0.01 018190 C 0.19 T 0.81 0.31 018217 A 0.01 G 0.99 0.01 018383 A 0.01 C 0.99 0.01 018470 A 0.10 G 0.90 0.18 018669 - 0.01 + 0.99 0.01 018786 T 0.39 C 0.61 0.47 019146 T 0.38 C 0.62 0.47 019160 T 0.01 C 0.99 0.01 019163 T 0.01 C 0.99 0.02 019497 T 0.01 C 0.99 0.01 019703 T 0.30 C 0.70 0.42 019828 A 0.01 G 0.99 0.03 019844 T 0.27 C 0.73 0.39 020541 G 0.01 C 0.99 0.01 021141 A 0.01 G 0.99 0.01 021444 A 0.01 G 0.99 0.01 021689 T 0.01 A 0.99 0.01 021739 A 0.17 G 0.83 0.29 021794 G 0.01 T 0.99 0.01 022052 T 0.39 C 0.61 0.48 022104 C 0.20 T 0.80 0.32 022474 * 022478 + 0.01 - 0.99 0.01 022497 T 0.01 G 0.99 0.01 022773 A 0.02 G 0.98 0.05 022785 A 0.49 G 0.51 0.50 022812 - 0.44 + 0.56 0.49 022844 A 0.01 G 0.99 0.02 023017 A 0.01 G 0.99 0.01 023403 T 0.02 C 0.98 0.04 Note: Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000690: c 005069: ggggagg 005086: at 005509: tgccaagggg 005900: g 006892: A 007450: T 018669: actt 022478: ATT 022812: G Tri-allelic sites: Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Allele3 Total-pop 022474 T 0.01 A 0.38 G 0.61