************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 pcnax.phase.inp pcnax.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST pcnax.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates pcnax.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual pcnax.phase.out_recom : estimates of recombination parameters pcnax.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 24 Positions of loci: 188 806 1589 1613 1810 2162 2282 2805 3407 3822 3960 4475 4873 4922 4937 6018 6027 6438 6477 6574 6661 7234 7274 7305 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file pcnax.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GICCACCAGAICCACCGCCGCICD 1.000000 2 GICCACCAGAICCACCGCCGCDCD 1.000000 3 GICCACCAGAICCACCGCGGCICD 81.000000 4 GICCACCAGCICCACCGCCGCICD 1.000000 5 GICCACCAACDCCACCGCGGCICD 1.000000 6 GICCATCAGAICCACCGCCGCICD 1.000000 7 GICCATCAGAICCACCGCCGCDCD 39.000000 8 GICCATCAGAICCACCGCGGCICD 1.000000 9 GICCATCAGAITCACCGCCGCDCD 14.000000 10 GIGAGCCAGAICCACCGCGGCICD 1.000000 11 CICCACTAACDCTATCCTCATIGI 1.000000 12 CICCATCGACICCACCGCCGCICD 5.000000 13 CICCATCGACICCGCTGCCGCICD 10.000000 14 CDGAGCTAGAICTATCCTCATIGI 1.000000 15 CDGAGCTAACDCTATCCTCATIGI 22.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (3,7) P002: (3,9) P003: (10,14) P004: (7,13) P005: (5,7) P006: (3,7) P007: (3,7) P008: (3,7) P009: (3,3) P010: (3,15) P011: (3,12) P012: (3,7) P013: (2,3) P014: (3,7) P015: (7,9) P016: (3,3) P017: (9,12) P018: (4,12) P019: (3,3) P020: (3,3) P021: (1,13) P022: (3,3) P023: (3,3) P024: (3,3) P025: (3,7) P026: (3,7) P027: (3,9) P028: (3,7) P029: (13,15) P030: (3,7) P031: (7,11) P032: (7,15) P033: (3,3) P034: (3,7) P035: (3,3) P036: (3,3) P037: (3,7) P038: (12,15) P039: (3,3) P040: (3,3) P041: (13,15) P042: (3,12) P043: (3,3) P044: (3,7) P045: (3,7) P046: (7,9) P047: (3,3) P048: (3,9) P049: (9,9) P050: (7,13) P051: (3,3) P052: (15,15) P053: (3,3) P054: (3,7) P055: (7,9) P056: (15,15) P057: (3,15) P058: (3,3) P059: (13,13) P060: (3,15) P061: (3,15) P062: (7,15) P063: (3,9) P064: (7,8) P065: (3,13) P066: (3,9) P067: (3,3) P068: (3,3) P069: (3,3) P070: (3,3) P071: (3,3) P072: (3,7) P073: (7,15) P074: (7,7) P075: (3,7) P076: (3,7) P077: (7,7) P078: (3,7) P079: (3,13) P080: (6,13) P081: (9,15) P082: (9,15) P083: (3,7) P084: (3,3) P085: (7,15) P086: (7,7) P087: (7,15) P088: (15,15) P089: (15,15) P090: (3,9) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P002 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I T C A C C G C C G C D C D 0 P003 (G) [I] [G] A G C (C) A G A I C C A C C G C G G C I C D (C) [D] [G] A G C (T) A G A I C T A T C C T C A T I G I 0 P004 G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D C I C C A T C G A C I C C G C T G C C G C I C D 0 P005 G I C C A (C) C A A C D C C A C C G C (G) G C (I) C D G I C C A (T) C A G A I C C A C C G C (C) G C (D) C D 0 P006 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P007 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P008 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P009 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P010 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P011 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D C I C C A T C G A C I C C A C C G C C G C I C D 0 P012 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P013 G I C C A C C A G A I C C A C C G C C G C D C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P014 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P015 G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D G I C C A T C A G A I T C A C C G C C G C D C D 0 P016 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P017 G I C C A T C A G A I T C A C C G C C G C D C D C I C C A T C G A C I C C A C C G C C G C I C D 0 P018 G I C C A C C A G C I C C A C C G C C G C I C D C I C C A T C G A C I C C A C C G C C G C I C D 0 P019 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P020 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P021 G I C C A C C A G A I C C A C C G C C G C I C D C I C C A T C G A C I C C G C T G C C G C I C D 0 P022 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P023 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P024 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P025 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P026 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P027 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I T C A C C G C C G C D C D 0 P028 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P029 C I C C A T C G A C I C C G C T G C C G C I C D C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P030 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P031 G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D C I C C A C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P032 G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P033 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P034 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P035 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P036 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P037 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P038 C I C C A T C G A C I C C A C C G C C G C I C D C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P039 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P040 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P041 C I C C A T C G A C I C C G C T G C C G C I C D C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P042 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D C I C C A T C G A C I C C A C C G C C G C I C D 0 P043 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P044 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P045 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P046 G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D G I C C A T C A G A I T C A C C G C C G C D C D 0 P047 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P048 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I T C A C C G C C G C D C D 0 P049 G I C C A T C A G A I T C A C C G C C G C D C D G I C C A T C A G A I T C A C C G C C G C D C D 0 P050 G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D C I C C A T C G A C I C C G C T G C C G C I C D 0 P051 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P052 C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P053 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P054 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P055 G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D G I C C A T C A G A I T C A C C G C C G C D C D 0 P056 C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P057 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P058 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P059 C I C C A T C G A C I C C G C T G C C G C I C D C I C C A T C G A C I C C G C T G C C G C I C D 0 P060 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P061 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P062 G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P063 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I T C A C C G C C G C D C D 0 P064 G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P065 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D C I C C A T C G A C I C C G C T G C C G C I C D 0 P066 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I T C A C C G C C G C D C D 0 P067 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P068 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P069 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P070 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P071 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P072 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P073 G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P074 G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P075 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P076 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P077 G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P078 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P079 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D C I C C A T C G A C I C C G C T G C C G C I C D 0 P080 G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C I C D C I C C A T C G A C I C C G C T G C C G C I C D 0 P081 G I C C A T C A G A I T C A C C G C C G C D C D C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P082 G I C C A T C A G A I T C A C C G C C G C D C D C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P083 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P084 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D 0 P085 G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P086 G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D 0 P087 G I C C A T C A G A I C C A C C G C C G C D C D C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P088 C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P089 C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I C D G A G C T A A C D C T A T C C T C A T I G I 0 P090 G I C C A C C A G A I C C A C C G C G G C I C D G I C C A T C A G A I T C A C C G C C G C D C D END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 = = = = = ? ? = ? ? ? = = = = ? ? = G = = I ? = = = = = = ? ? = ? ? ? = = = = ? ? = C = = D ? = 0 P002 = = = ? = C = ? = = = C = = = = = = G = = I ? = = = = ? = T = ? = = = T = = = = = = C = = D ? = 0 P003 (G) ? ? = = = (C) = = = = = C = C = G C G G C = C D (C) ? ? = = = (T) = = = = = T = T = C T C A T = G I 0 P004 G = = ? = = = A G A = = = A = C = = = = = D = = C = = ? = = = G A C = = = G = T = = = = = I = = 0 P005 ? = = = = (C) = = A C D = = = = = = = (G) = = (I) ? = ? = = = = (T) = = G A I = = = = = = = (C) = = (D) ? = 0 P006 = = = = = C = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = D = = 0 P007 = = ? ? ? C = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = ? ? ? T = = = = = = = = = = = = C = = D = = 0 P008 = = = = = C = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = D = = 0 P009 = = ? ? = ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = 0 P010 G I ? C ? = C ? G A I = C = C = G C G G C = C D C D ? A ? = T ? A C D = T = T = C T C A T = G I 0 P011 ? = = = = C = A G A ? = = = = ? ? ? G = = = = = ? = = = = T = G A C ? = = = = ? ? ? C = = = = = 0 P012 = = = = = C = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = D = = 0 P013 = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = I = = 0 P014 = = = ? ? C = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = = ? ? T = = = = = = = = = = = = C = = D = = 0 P015 = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = 0 P016 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = 0 P017 G = ? ? ? ? ? A G A = T = = = ? ? = = = = D = = C = ? ? ? ? ? G A C = C = = = ? ? = = = = I = = 0 P018 ? = = ? = C = ? G = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = T = ? A = = = = = = = = = = = = = = = 0 P019 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P020 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P021 G = = = = C = A ? A = = = A = C = = = = = = = = C = = = = T = G ? C = = = G = T = = = = = = = = 0 P022 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P023 = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = 0 P024 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P025 = = = = = ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? I = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? D = = 0 P026 = = = ? = C = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = = ? = T = = = = = = = = = = = = C = = D = = 0 P027 = = = = = C = = = = = C = = = = = = G = = I = = = = = = = T = = = = = T = = = = = = C = = D = = 0 P028 = = = = = C = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = D = = 0 P029 = I C C A T C G = = I = C G C T G C = G C = C D = D G A G C T A = = D = T A T C C T = A T = G I 0 P030 = = = = = C = = = = = = = = = ? ? = G = = I = = = = = = = T = = = = = = = = = ? ? = C = = D = = 0 P031 G = = = = T C = G A I = C = C = G C = G C D ? D C = = = = C T = A C D = T = T = C T = A T I ? I 0 P032 G I C C A T C = G A ? = C = C = G C = G C D ? D C D G A G C T = A C ? = T = T = C T = A T I ? I 0 P033 = = = = = ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = 0 P034 = = = = = C = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = D = = 0 P035 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = 0 P036 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P037 = = = = = C = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = D = = 0 P038 = ? C C A T C ? = = I = C = C = G C = G C = C D = ? G A G C T ? = = D = T = T = C T = A T = G I 0 P039 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P040 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P041 = ? C C A ? ? ? = = I = C G C ? ? C = G C = C D = ? G A G ? ? ? = = D = T A T ? ? T = A T = G I 0 P042 G = = = = C = A G A = = = = = = = = G = = = = = C = = = = T = G A C = = = = = = = = C = = = = = 0 P043 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = 0 P044 = = = = = C = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = D = = 0 P045 = = = = = C = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = D = = 0 P046 = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = 0 P047 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P048 = = = = = C = = = = = C = = = = = = G = = I = = = = = = = T = = = = = T = = = = = = C = = D = = 0 P049 = = = = = ? ? ? = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = ? ? = = = ? = = = 0 P050 G = = ? = = = ? G A = = = A = C = = = = = D = = C = = ? = = = ? A C = = = G = T = = = = = I = = 0 P051 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P052 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = 0 P053 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P054 = = = = = C = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = D = = 0 P055 = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = 0 P056 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P057 G ? C C A ? ? = G A I = C = C ? ? C G G C = C D C ? G A G ? ? = A C D = T = T ? ? T C A T = G I 0 P058 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P059 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P060 G ? C C A = C = G A I = C = C = G C G G C = C D C ? G A G = T = A C D = T = T = C T C A T = G I 0 P061 G ? C C A = C = G A I = C = C = G C G G C = C D C ? G A G = T = A C D = T = T = C T C A T = G I 0 P062 G I ? ? A T C = G A I = C = C = G C = G C D ? D C D ? ? G C T = A C D = T = T = C T = A T I ? I 0 P063 = = = = = C = = = = = C = = = = = = G = = I = = = = = = = T = = = = = T = = = = = = C = = D = = 0 P064 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = C = = D = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = G = = I = = 0 P065 G = = = = ? ? A G A = = = A = ? ? = G = = = = = C = = = = ? ? G A C = = = G = ? ? = C = = = = = 0 P066 = = = = = C = = = = = C = = = = = = G = = I ? = = = = = = T = = = = = T = = = = = = C = = D ? = 0 P067 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P068 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P069 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P070 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P071 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P072 = = = = = C = = = = = = = = = ? ? = G = = I = = = = = = = T = = = = = = = = = ? ? = C = = D = = 0 P073 G I C C A ? ? = G A I = C = C ? ? ? ? ? ? D ? ? C D G A G ? ? = A C D = T = T ? ? ? ? ? ? I ? ? 0 P074 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 0 P075 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = G = = I = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = C = = D = = 0 P076 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = G = = I ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = C = = D ? ? 0 P077 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P078 = = = = = C = = = = = = = = = = = = G = = I ? ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = C = = D ? ? 0 P079 G = = = = C = A G A = = = A = C = = G = = = = = C = = = = T = G A C = = = G = T = = C = = = = = 0 P080 G = = = = = = A G A = = = A = C = = = = = = = = C = = = = = = G A C = = = G = T = = = = = = = = 0 P081 G ? C C A ? ? = G A I T C = C ? ? C = G C D ? D C ? G A G ? ? = A C D C T = T ? ? T = A T I ? I 0 P082 G I ? C A T C = G A I T C = C = G C = G C D ? D C D ? A G C T = A C D C T = T = C T = A T I ? I 0 P083 = = = = = C = = = = = ? ? ? ? = = = G = = I = = = = = = = T = = = = = ? ? ? ? = = = C = = D = = 0 P084 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P085 G I C C A T C = G A I = C = C = G C = G C D ? D C D G A G C T = A C D = T = T = C T = A T I ? I 0 P086 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P087 G I C C A T C = G A I = C = C = G C = G C D ? D C D G A G C T = A C D = T = T = C T = A T I ? I 0 P088 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P089 = = = = = ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = 0 P090 = = = = = C = = = = = C = = = = = = G = = I ? = = = = = = T = = = = = T = = = = = = C = = D ? = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = ? ? = ? ? ? = = = = ? ? = 1.00 = = 1.00 ? = = = = ? = 1.00 = ? = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 ? = 0.60 ? ? = = = 0.60 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = ? = = = = 0.55 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 0.55 = = 0.55 ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = ? ? = ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 ? = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = = = ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = 1.00 = ? ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? ? = = = = 1.00 = = ? = = ? = 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? 1.00 = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? = 1.00 = = 1.00 = = 0.98 = = = = 0.99 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = ? ? = = = ? = = = 1.00 = = ? = = = ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? ? = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? ? 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 ? = END PHASEPROBS