Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000108 A 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 G 1.00 0.93 0.95 1.00 0.97 0.00 0.13 0.09 0.00 0.05 000174 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 000195 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 000243 A 0.40 0.19 0.32 0.40 0.33 C 0.60 0.81 0.68 0.60 0.67 0.48 0.31 0.43 0.48 0.44 000340 G 0.02 0.14 0.00 0.00 0.04 C 0.98 0.86 1.00 1.00 0.96 0.04 0.24 0.00 0.00 0.07 000410 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 000438 G 0.39 0.05 0.26 0.36 0.27 A 0.61 0.95 0.74 0.64 0.73 0.48 0.10 0.39 0.46 0.40 000530 C 0.02 0.14 0.00 0.00 0.04 T 0.98 0.86 1.00 1.00 0.96 0.04 0.24 0.00 0.00 0.07 000533 C 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 000621 + 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 - 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 000654 A 0.06 0.02 0.16 0.19 0.11 G 0.94 0.98 0.84 0.81 0.89 0.10 0.04 0.27 0.30 0.19 000836 T 0.44 0.08 0.26 0.42 0.32 C 0.56 0.92 0.74 0.57 0.68 0.49 0.15 0.39 0.49 0.43 000924 T 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.97 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 000961 C 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 001141 G 0.02 0.14 0.00 0.00 0.04 A 0.98 0.86 1.00 1.00 0.96 0.04 0.24 0.00 0.00 0.07 001183 C 0.02 0.14 0.00 0.00 0.04 A 0.98 0.86 1.00 1.00 0.96 0.04 0.24 0.00 0.00 0.07 001358 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001607 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 001694 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 001821 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 002112 C 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 002163 A 0.00 0.02 0.19 0.19 0.11 T 1.00 0.98 0.81 0.81 0.89 0.00 0.04 0.31 0.30 0.19 002208 G 0.00 0.14 0.08 0.31 0.14 C 1.00 0.86 0.92 0.69 0.86 0.00 0.24 0.15 0.43 0.25 002350 G 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 002700 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 002768 T 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 002929 T 0.06 0.02 0.00 0.14 0.05 C 0.94 0.98 1.00 0.86 0.95 0.10 0.04 0.00 0.24 0.10 002977 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 003016 T 0.13 0.41 0.47 0.23 0.30 C 0.87 0.59 0.53 0.77 0.70 0.23 0.48 0.50 0.35 0.42 020306 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 020332 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 020407 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 020421 A 0.56 0.36 0.23 0.44 0.40 G 0.44 0.64 0.77 0.56 0.60 0.49 0.46 0.35 0.49 0.48 020478 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 020499 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 020530 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 020847 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 021091 T 0.00 0.00 0.07 0.02 0.02 C 1.00 1.00 0.93 0.98 0.98 0.00 0.00 0.13 0.04 0.04 021208 A 0.56 0.34 0.23 0.44 0.40 G 0.44 0.66 0.77 0.56 0.60 0.49 0.45 0.35 0.49 0.48 021409 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 023197 T 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 023583 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 023660 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 024858 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 024970 G 0.02 0.15 0.00 0.00 0.04 A 0.98 0.85 1.00 1.00 0.96 0.04 0.26 0.00 0.00 0.07 028415 C 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 028421 T 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 C 1.00 0.95 0.98 1.00 0.98 0.00 0.09 0.04 0.00 0.03 028435 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 028533 C 0.70 0.50 0.30 0.43 0.49 T 0.30 0.50 0.70 0.57 0.51 0.42 0.50 0.42 0.49 0.50 028623 A 0.04 0.45 0.41 0.17 0.26 T 0.96 0.55 0.59 0.83 0.74 0.07 0.50 0.48 0.28 0.38 028995 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 029079 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 029098 A 0.17 0.45 0.70 0.50 0.45 C 0.83 0.55 0.30 0.50 0.55 0.29 0.50 0.42 0.50 0.49 029651 + 0.34 0.29 0.18 0.16 0.25 - 0.66 0.71 0.82 0.84 0.75 0.45 0.41 0.30 0.27 0.37 030052 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 030070 A 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 G 1.00 1.00 1.00 0.91 0.98 0.00 0.00 0.00 0.16 0.04 030212 + 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 - 0.90 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 030988 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 031170 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 031202 C 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 031608 A 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 G 1.00 0.93 0.95 1.00 0.97 0.00 0.13 0.10 0.00 0.05 031732 A 0.52 0.34 0.25 0.44 0.39 G 0.48 0.66 0.75 0.56 0.61 0.50 0.45 0.38 0.49 0.48 031835 A 0.06 0.42 0.42 0.17 0.25 G 0.94 0.58 0.57 0.83 0.75 0.11 0.49 0.49 0.28 0.38 035043 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 035123 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 035323 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 035371 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 035496 C 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 035655 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 035726 T 0.02 0.16 0.00 0.00 0.04 C 0.98 0.84 1.00 1.00 0.96 0.04 0.27 0.00 0.00 0.08 036072 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 036251 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 036415 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 036602 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 036799 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 036864 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 036915 T 0.04 0.00 0.00 0.10 0.04 C 0.96 1.00 1.00 0.90 0.96 0.07 0.00 0.00 0.19 0.07 037140 T 0.06 0.02 0.07 0.12 0.07 C 0.94 0.98 0.93 0.88 0.93 0.10 0.04 0.13 0.22 0.13 037182 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 037262 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 037569 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 037617 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 037679 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 037706 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 037739 G 0.00 0.00 0.09 0.02 0.02 A 1.00 1.00 0.91 0.98 0.98 0.00 0.00 0.17 0.04 0.05 037782 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000621: T 029651: TTCCCC 030212: c