************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 nr3c1.phase.inp nr3c1.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST nr3c1.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates nr3c1.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual nr3c1.phase.out_recom : estimates of recombination parameters nr3c1.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 38 Positions of loci: 922 1351 2471 3306 4176 4178 17133 17713 26377 27230 34339 34423 34571 56525 56840 57328 57678 60934 61498 62009 62211 78976 79450 84015 90570 91025 92338 103784 104532 105479 108472 109053 110186 119064 122989 123388 126728 127263 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file nr3c1.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 ITGGATTAGIATGTAICACGCACGTCCDGGCGCGTTGA 1.000000 2 ITGGATTAGIATGTAITACGCACGTTCDGGCGCGTTGA 10.000000 3 ITGGATTAGIATGTAITACGCACGTTCDTAAATCCTTA 2.000000 4 ITGAATGAGIATGTAITACGCACGTTTDGGCGCGTTGA 1.000000 5 DCGGATGAGIATGTAITCCGCACGTTCIGGCGCGTTGA 2.000000 6 DCGGGGGAGDATGTGDCACGCATCCTCDTAAATCCTTA 1.000000 7 DCGGGGGAGDCTGCGDCACACATCCTCDTAAATCCTTG 7.000000 8 DCGGGGGAGDCTGCGDCACACATCCTCDTGAATCCTTG 2.000000 9 DCGGGGGAGDCTGCGDCACGCATCCTCDGACGCGTTTG 2.000000 10 DCGGGGGAGDCTGCGDCACGCATCCTCDTAAATCCTTG 4.000000 11 DCGGGGGAGDCTGCGDCACGCATCCTCDTGAATCCTTG 1.000000 12 DCGGGGGAGDCTGTAICACGGCCCTCCDGGCGCGTTTA 1.000000 13 DCGGGGGAGDCTGTGDCACGCATCCTCDTAAGTGCTTA 1.000000 14 DCAGGGGGGIATGTAICAGGCATCTTCDTGAGTGCCTA 1.000000 15 DTGGATGAGIATGTAITACGCACGTTCDGGCGCGTTGA 12.000000 16 DTGGATGAGIATGTAITACGCACGTTTDGGCGCGTTTA 1.000000 17 DTGGATGAGIATGTAITCCGCACGTTCIGGCGCGTTGA 37.000000 18 DTGGATTAGIATGTAITACGCACGTTCDGGCGCGTTGA 1.000000 19 DTGGGGGAGIATGTAICACGCACCTTCDGGCGCGTTTA 2.000000 20 DTGGGGGAGIATGTAICACGCACCTTCDTGCGTGCTTA 1.000000 21 DTGGGGGAGDCTGCGDCACGCATCCTCDTGAGTCCTTG 2.000000 22 DTGGGGGAAIATTTAICACGCACCTTCDGGCGCGTTGA 1.000000 23 DTGGGGGAAIATTTAICACGCACCTTCDGGCGCGTTTA 4.000000 24 DTGGGGGAAIACGTAICACGCCCCTCCDGACGCGTTTA 1.000000 25 DTGGGGGAAIACGTAICACGGCCCTCCDGACGCGTTTA 30.000000 26 DTGGGGGAAIACGTAICACGGCCCTCCDGGCGCGTTTA 3.000000 27 DTGGGGGAAIACGTAICACGGCCCTCCIGACGCGTTTA 1.000000 28 DTGAATGAGIATGTAITACGCACGTTCDGGCGCGTTGA 3.000000 29 DTGAATGAGIATGTAITACGCACGTTTDGGCGCGTTGA 24.000000 30 DTGAATGAGIATGTAITACGCACGTCTDGGCGCGTTGA 1.000000 31 DTGAATGGGIATGTAITACGCACGTTTDGGCGCGTTGA 1.000000 32 DTAGGGGAGIATGTAICACGCACCTTCDTGCGTGCTTA 1.000000 33 DTAGGGGGGIATGTAICAGGCATCTTCDTGAGTGCCTA 13.000000 34 DTAGGGGGGIATGTGICAGGCATCTTCDTGAGTCCCTA 1.000000 35 DTAGGGGGGIATTTAICAGGCATCTTCDTGAGTGCCTA 4.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (2,7) P002: (29,35) P003: (33,34) P004: (3,3) P005: (9,9) P006: (10,10) P007: (17,28) P008: (17,25) P009: (17,25) P010: (17,29) P011: (23,23) P012: (7,25) P013: (17,29) P014: (2,25) P015: (17,29) P016: (2,29) P017: (2,29) P018: (6,13) P019: (25,25) P020: (26,28) P021: (2,32) P022: (15,15) P023: (25,25) P024: (17,25) P025: (25,25) P026: (15,17) P027: (29,29) P028: (11,17) P029: (15,29) P030: (7,7) P031: (5,25) P032: (15,29) P033: (17,33) P034: (17,29) P035: (26,28) P036: (4,29) P037: (2,25) P038: (15,18) P039: (25,25) P040: (1,29) P041: (16,17) P042: (33,35) P043: (17,33) P044: (15,33) P045: (29,35) P046: (25,25) P047: (17,25) P048: (2,25) P049: (8,17) P050: (19,29) P051: (24,25) P052: (14,21) P053: (17,33) P054: (10,25) P055: (7,25) P056: (7,29) P057: (22,29) P058: (17,29) P059: (15,33) P060: (17,33) P061: (26,29) P062: (12,29) P063: (25,25) P064: (15,35) P065: (19,23) P066: (17,17) P067: (17,17) P068: (17,30) P069: (21,5) P070: (17,17) P071: (17,17) P072: (25,25) P073: (17,29) P074: (17,33) P075: (2,17) P076: (2,17) P077: (25,27) P078: (7,10) P079: (8,15) P080: (33,33) P081: (17,17) P082: (17,17) P083: (17,25) P084: (25,25) P085: (17,33) P086: (29,33) P087: (15,29) P088: (15,20) P089: (23,31) P090: (2,29) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 I T G G A T T A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D C G G G G G A G D C T G C G D C A C A C A T C C T C D T A A A T C C T T G 0 P002 D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A D T A G G G G G G I A T T T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A 0 P003 D T A G G G G G G I A T G T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A D T A G G G G G G I A T G T G I C A G G C A T C T T C D T G A G T C C C T A 0 P004 [I] T G G A T T A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D T A A A T C C T T A I T G G A T T A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D T A A A T C C T T A 0 P005 D [C] G G [G] G G A G D C T G C G D C A C G C A T C C T C D G [A] C G C G T T T G D C G G G G G A G D C T G C G D C A C G C A T C C T C D G A C G C G T T T G 0 P006 D C G G G G G A G D C T G C G D C A C G C A T C C T C D T A A A T C C T T G D C G G G G G A G D C T G C G D C A C G C A T C C T C D T A A A T C C T T G 0 P007 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A 0 P008 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P009 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P010 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G [A] A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T [T] D G G C G C G T T G A 0 P011 D T G G G G G A A I A T T T A I C A C G C A C C T T C D G G C G C G T T T A D T G G G G G A A I A T T T A I C A C G C A C C T T C D G G C G C G T T T A 0 P012 D C G G G G G A G D C T G C G D C A C A C A T C C T C D T A A A T C C T T G D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P013 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T [T] D G G C G C G T T G A 0 P014 I T G G A T T A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P015 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P016 I T G G A T T A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P017 I T G G A T T A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P018 D [C] G G G G G A G [D] (A) T G T G D C A C G C A T C C T C D T A A A T C C T T A D [C] [G] G G G G [A] G [D] (C) T G T G D C A C G C A T C C T C D T A A G T G C T T A 0 P019 D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P020 D T G (G) [G] G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G G C G C G T T T A D T G (A) A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A 0 P021 [I] T (G) G (A) (T) (T) A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T (A) G (G) (G) (G) A G I A T G T A I C A C G C A C C T T C D T G C G T G C T T A 0 P022 D T G [G] A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T G G A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A 0 P023 D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P024 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P025 D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P026 D T G [G] A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A 0 P027 D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A [D] T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P028 D (C) G G G G G A G D C T G C G D C A C G C A T C C T C D T G A A T C C T T G D (T) G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A 0 P029 D T G [G] A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P030 D C G G G G G A G D C T G C G D C A C A C A T C C T C D T A A A T C C T T G D C G G G G G A G D C T G C G D C A C A C A T C C T C D T A A A T C C T T G 0 P031 D (C) G G [A] [T] G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D (T) G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P032 D T G [G] A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P033 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T A G G G G G G I A T G T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A 0 P034 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P035 D T G (G) [G] G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G G C G C G T T T A D T G (A) A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A 0 P036 I T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P037 I T G G A T T A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P038 D T G G A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T G G A T T A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A 0 P039 D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P040 I T G G A T T A G I A T G T A I C A C G C A C G T C C D G G C G C G T T G A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P041 D T G G A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T (T) A D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T (G) A 0 P042 D T A G G G G G G I A T G T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A D T A G G G G G G I A T T T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A 0 P043 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T A G G G G G G I A T G T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A 0 P044 D T G G A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T A G G G G G G I A T G T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A 0 P045 D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A D T A G G G G G G I A T T T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A 0 P046 D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P047 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P048 I T G G A T T A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P049 D C G G G G G A G D C T G C G D C A C A C A T C C T C D T G A A T C C T T G D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A 0 P050 D T G G G G G A G I A T G T A I C A C G C A C C T T C D G G C G C G T T T A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P051 D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G C C C C T C C D G A C G C G T T T A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P052 D C A G G G G G G I A T G T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A D T G G [G] [G] G A G D C T G C G D C A C G C A T C C T C D T G A [G] T C C T T G 0 P053 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T A G G G G G G I A T G T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A 0 P054 D C G G G G G A G D C T G C G D C A C G C A T C C T C D T A A A T C C T T G D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P055 D C G G G G G A G D C T G C G D C A C A C A T C C T C D T A A A T C C T T G D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P056 D C G G G G G A G D C T G C G D C A C A C A T C C T C D T A A A T C C T T G D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P057 D T G G G G G A A I A T T T A I C A C G C A C C T T C D G G C G C G T T G A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P058 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P059 D T G G A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T A G G G G G G I A T G T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A 0 P060 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T A G G G G G G I A T G T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A 0 P061 D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G G C G C G T T T A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P062 D C G G G G G A G D C T G T A I C A C G G C C C T C C D G G C G C G T T T A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P063 D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P064 D T G G A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T A G G G G G G I A T T T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A 0 P065 D T G G G G G A G I A T G T A I C A C G C A C C T T C D G G C G C G T T T A D T G G G G G A A I A T T T A I C A C G C A C C T T C D G G C G C G T T T A 0 P066 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A 0 P067 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A 0 P068 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T (T) C I G G C G C G T T G A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T (C) T D G G C G C G T T G A 0 P069 D (T) G G (G) (G) G A G D C T G C G D C A C G C A T C C T C D T G A G T C C T T G D (C) G G (A) (T) G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A 0 P070 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A 0 P071 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A 0 P072 D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P073 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P074 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T A G G G G G G I A T G T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A 0 P075 I T G G A T T A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A 0 P076 I T G G A T T A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A 0 P077 D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C I G A C G C G T T T A 0 P078 D C G G G G G A G D C T G C G D C A C A C A T C C T C D T A A A T C C T T G D C G G G G G A G D C T G C G D C A C G C A T C C T C D T A A A T C C T T G 0 P079 D C G G G G G A G D C T G C G D C A C A C A T C C T C D T G A A T C C T T G D T G G A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A 0 P080 D T A G G G G G G I A T G T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A D T A G G G G G G I A T G T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A 0 P081 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A 0 P082 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A 0 P083 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P084 D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A D T G G G G G A A I A C G T A I C A C G G C C C T C C D G A C G C G T T T A 0 P085 D T G G A T G A G I A T G T A I T C C G C A C G T T C I G G C G C G T T G A D T A G G G G G G I A T G T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A 0 P086 D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A D T A G G G G G G I A T G T A I C A G G C A T C T T C D T G A G T G C C T A 0 P087 D T G [G] A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P088 D T G G (A) (T) G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T G G (G) (G) G A G I A T G T A I C A C G C A C C T T C D T G C G T G C T T A 0 P089 D T G G G G G (A) A I A T T T A I C A C G C A C C T T C D G G C G C G T T T A D T G A A T G (G) G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A 0 P090 I T G G A T T A G I A T G T A I T A C G C A C G T T C D G G C G C G T T G A D T G A A T G A G I A T G T A I T A C G C A C G T T T D G G C G C G T T G A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 I T = = A T T = = I A = = T A I T = = G = = C G T = = = G G ? ? C G T = G A D C = = G G G = = D C = = C G D C = = A = = T C C = = = T A ? ? T C C = T G 0 P002 ? = ? A A T = A = = = = G = = = T = C = = = ? G = = T = G ? ? = C = T T G = ? = ? G G G = G = = = = T = = = C = G = = = ? C = = C = T ? ? = T = C C T = 0 P003 ? ? ? = = = = = = ? = = = = A = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = G = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = G = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = C = = = = 0 P004 ? ? = = ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? = = = = ? = ? ? = = ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? = = = = ? = 0 P005 ? ? ? = ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? = = = = = = ? ? ? = ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? = = = = = = 0 P006 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = ? = = = = = = 0 P007 = = = G ? ? = = = = = = = = = = = C = = = = ? = = = = I = = = = = = = = ? = = = = A ? ? = = = = = = = = = = = A = = = = ? = = = = D = = = = = = = = ? = 0 P008 = = = = A T = = ? = ? ? = = = = T C = = C A = G = T = I = ? = = = = = = G = = = = = G G = = ? = ? ? = = = = C A = = G C = C = C = D = ? = = = = = = T = 0 P009 = = = ? A T = = ? ? = T = = = = T C = = C ? = G = T = I = G ? = = = = = G = = = = ? G G = = ? ? = C = = = = C A = = G ? = C = C = D = A ? = = = = = T = 0 P010 ? = = ? = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = ? I = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = ? D = = = = = = = = = = 0 P011 ? = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 P012 = C = = ? ? = = G D C T = C G D = = = A C A T = C T = = T = A A ? C C = ? G = T = = ? ? = = A I A C = T A I = = = G G C C = T C = = G = C G ? G T = ? A 0 P013 ? = = G = = = = ? ? = = = = = = = C = = = = ? = = = ? I = = = = = = = = = = ? = = A = = = = ? ? = = = = = = = A = = = = ? = = = ? D = = = = = = = = = = 0 P014 I = = = A T T = G = = T ? = = = T = = = C ? = G = T = ? = ? = = = = = = G = D = = = G G G = A = = C ? = = = C = = = G ? = C = C = ? = ? = = = = = = T = 0 P015 = = = G ? ? = = = = = = = = = = = C = = = = = = = ? C I = = = = = = = = = = = = = A ? ? = = = = = = = = = = = A = = = = = = = ? T D = = = = = = = = = = 0 P016 I = = G = = T = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = C = = ? = = = = = = = = D = = A = = G = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = T = = ? = = = = = = = = 0 P017 I = = ? = = T ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = C ? = = = = = = = = = = D = = ? = = G ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = T ? = = = = = = = = = = 0 P018 ? ? ? = = = = ? = ? (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = C = = = = ? ? ? = = = = ? = ? (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = G = = = = 0 P019 ? = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P020 = = = (G) ? ? = = A = = C = = = = C = = = G C = C = C = = = = = ? = = = = ? = = = = (A) ? ? = = G = = T = = = = T = = = C A = G = T = = = = = ? = = = = ? = 0 P021 ? = (G) = (A) (T) (T) = = ? = = = = = = T = = = = = = G = = = = G = = = C = T = G = ? = (A) = (G) (G) (G) = = ? = = = = = = C = = = = = = C = = = = T = = = T = C = T = 0 P022 = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P023 = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P024 = = = = A T = = ? = ? ? = = = ? ? C = = C A = G = T = I = G = = = = = = G = = = = = G G = = ? = ? ? = = = ? ? A = = G C = C = C = D = A = = = = = = T = 0 P025 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P026 = = = ? = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 P027 ? = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P028 = (C) = = G G = = = D C = = C G D C A = = = = T C C = = D T = A A T C C = ? G = (T) = = A T = = = I A = = T A I T C = = = = C G T = = I G = C G C G T = ? A 0 P029 ? = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = ? = = = = ? = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = ? = = = = 0 P030 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P031 = (C) = = ? ? = = G = = T = = = = T C = = C A ? G = T = I = G = = = = = = G = = (T) = = ? ? = = A = = C = = = = C A = = G C ? C = C = D = A = = = = = = T = 0 P032 = = = ? = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = 0 P033 = = G = A T = A = = = = = = = = T C C = = = C G = ? = I G = ? = C = T T G = = = A = G G = G = = = = = = = = C A G = = = T C = ? = D T = ? = T = C C T = 0 P034 ? ? = ? = = = = = = = = = = = = ? C ? = = = = = = = C I = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = ? A ? = = = = = = = T D = = = = = = = = = = 0 P035 ? = = (G) ? ? = = A = ? ? = ? = = C = = ? G C = C = C = = = = = = = = = = T = ? = = (A) ? ? = = G = ? ? = ? = = T = = ? C A = G = T = = = = = = = = = = G = 0 P036 I = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = D = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 P037 ? = = = A T T ? G = = T = = = ? ? = = ? C A = G = T = ? = G = = = = = = G = ? = = = G G G ? A = = C = = = ? ? = = ? G C = C = C = ? = A = = = = = = T = 0 P038 = = = = = = G ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = T ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 P039 = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P040 I = ? ? = = T ? ? = ? ? = = = = C = = = = = = = = C C = = ? = = = = = = = = D = ? ? = = G ? ? = ? ? = = = = T = = = = = = = = T T = = ? = = = = = = = = 0 P041 = = = = = = = ? = = = = = = = = = A = = = = = = = = T D = = = = = = = = (T) = = = = = = = = ? = = = = = = = = = C = = = = = = = = C I = = = = = = = = (G) = 0 P042 ? = = ? ? ? = = = = = = G = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = = = T = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = 0 P043 ? = G = ? ? = A = = ? ? = = = = T C C = = = C G = = = I G = ? = C = T T G = ? = A = ? ? = G = = ? ? = = = = C A G = = = T C = = = D T = ? = T = C C T = 0 P044 = = G = A T = A = = = = = = = = T = C = = = C G = = = = G = ? = C = T T ? = = = A = G G = G = = = = = = = = C = G = = = T C = = = = T = ? = T = C C ? = 0 P045 ? = G A A T = ? = = = = G = = = T = C ? = = C G = = T = G = ? = C = T T G = ? = A G G G = ? = = = = T = = = C = G ? = = T C = = C = T = ? = T = C C T = 0 P046 = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P047 = = = = ? ? = = G = = T = = = = T C = = C A = G = T = I = G = = = = = = G = = = = = ? ? = = A = = C = = = = C A = = G C = C = C = D = A = = = = = = T = 0 P048 I = = = A T T = ? = ? ? ? = = = T = = = C A = G = T = = = ? = = = = = = G = D = = = G G G = ? = ? ? ? = = = C = = = G C = C = C = = = ? = = = = = = T = 0 P049 = C = = ? ? = = = D C = = C G D C A = A = = T C C = = D T = A A T C C = T G = T = = ? ? = = = I A = = T A I T C = G = = C G T = = I G = C G C G T = G A 0 P050 ? ? = G G G = = = = = = = = = = C = = = = = = C = = C = = = = = = = = ? T = ? ? = A A T = = = = = = = = = = T = = = = = = G = = T = = = = = = = = ? G = 0 P051 ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = C = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = G = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 P052 = C A = ? ? = G = I A = = T A ? ? = G = = = = = T = = = = = ? ? = G = C ? A = T G = ? ? = A = D C = = C G ? ? = C = = = = = C = = = = = ? ? = C = T ? G 0 P053 ? = ? = A T = A = = = = = = = = T C C = = = C G = = = I G = ? = C = T T G = ? = ? = G G = G = = = = = = = = C A G = = = T C = = = D T = ? = T = C C T = 0 P054 = C = = = = = = G D C T = C G D = = = = C A T = C T = = T = A A T ? C = = G = T = = = = = = A I A C = T A I = = = = G C C = T C = = G = C G C ? T = = A 0 P055 = C ? = ? ? = = G D C T = C G D = = = A C A T = C T = ? T = A A T C C = = G = T ? = ? ? = = A I A C = T A I = = = G G C C = T C = ? G = C G C G T = = A 0 P056 = C = G G G = = ? D ? ? = C G D C = = A = = T C C = C = T ? A A T C C = T G = T = A A T = = ? I ? ? = T A I T = = G = = C G T = T = G ? C G C G T = G A 0 P057 = = = G G G = = ? = = = T = = = C = = = = = = C = = C = = = = = = = = = = = = = = A A T = = ? = = = G = = = T = = = = = = G = = T = = = = = = = = = = = 0 P058 ? = = G = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = C I = = = = = = = = = = ? = = A = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = T D = = = = = = = = = = 0 P059 ? = G = ? ? = A = = ? ? = = = = ? = C = = = C G = = = = G = ? = C = T T G = ? = A = ? ? = G = = ? ? = = = = ? = G = = = T C = = = = T = ? = T = C C T = 0 P060 = = G = A T = A = = = = ? ? ? = T C C = = = C G = = = I G = ? = C = T T ? = = = A = G G = G = = = = ? ? ? = C A G = = = T C = = = D T = ? = T = C C ? = 0 P061 ? ? = G G G = ? A ? = C = = = ? ? = = = G C ? C = C C = = = = ? = = = = T = ? ? = A A T = ? G ? = T = = = ? ? = = = C A ? G = T T = = = = ? = = = = G = 0 P062 = C = G G G = = = D ? = = = = = C = = = G C = C = C C = = = = = = = = = T = = T = A A T = = = I ? = = = = = T = = = C A = G = T T = = = = = = = = = G = 0 P063 = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P064 = = G = A T = A ? = ? ? G = = = ? = C = = ? C G = = = = G ? ? = C = T T G = = = A = G G = G ? = ? ? T = = = ? = G = = ? T C = = = = T ? ? = T = C C T = 0 P065 = = = = = = = = G ? = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A ? = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P066 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P067 ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P068 = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = C = = = = = = = (T) C I = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = A = = = = = = = (C) T D = = = = = = = = ? = 0 P069 ? (T) = = (G) (G) = = = D C = ? C G D C A = = = = T C C = = D T = A = T ? C = T G ? (C) = = (A) (T) = = = I A = ? T A I T C = = = = C G T = = I G = C = C ? T = G A 0 P070 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 P071 = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 0 P072 = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P073 = = = G = = = ? = ? = = = = = = = C = = = = = = = = C I = = = ? = = = = = = = = = A = = = ? = ? = = = = = = = A = = = = = = = = T D = = = ? = = = = = = 0 P074 ? ? G ? A T = A = = = = = = = = T C C = = = C G = ? = I G = ? = C = T T G = ? ? A ? G G = G = = = = = = = = C A G = = = T C = ? = D T = ? = T = C C T = 0 P075 ? ? = = = = T = = = ? ? = = = = = A = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = ? ? = = = = G = = = ? ? = = = = = C = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = 0 P076 I = = = = = T = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = D = = = = = = = = ? = D = = = = = G = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = I = = = = = = = = ? = 0 P077 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = ? = = = = 0 P078 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P079 = C = = G G = ? = D C = = C G D C = = A = = T C C = = = T = A ? T C C = T G = T = = A T = ? = I A = = T A I T = = G = = C G T = = = G = C ? C G T = G A 0 P080 = = = = = = = = ? = ? ? = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 P081 = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = 0 P082 ? ? = = = = = ? = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P083 ? ? = ? ? ? = = G = ? ? = = = = T C = = C A = G = T = I = G = ? = = = = G = ? ? = ? ? ? = = A = ? ? = = = = C A = = G C = C = C = D = A = ? = = = = T = 0 P084 ? = = = ? ? ? ? ? = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = ? ? ? ? ? = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 P085 ? = G ? A T = A = = = = = = = = T C C = = = C G = = = ? G = ? ? C ? T T G = ? = A ? G G = G = = = = = = = = C A G = = = T C = = = ? T = ? ? T ? C C T = 0 P086 = = G ? A T = A = = = = = = = = T = C = = = C G = ? T = G = ? = ? = T T G = = = A ? G G = G = = = = = = = = C = G = = = T C = ? C = T = ? = ? = C C T = 0 P087 = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = 0 P088 = = = = (A) (T) ? = ? = ? ? = = = = T = = = = = = G = = = = G = = ? C = T = G = = = = = (G) (G) ? = ? = ? ? = = = = C = = = = = = C = = = = T = = ? T = C = T = 0 P089 = = ? G G G = (A) A = = = T = = = ? = = = = = = C = = C = = = ? = = = = = T = = = ? A A T = (G) G = = = G = = = ? = = = = = = G = = T = = = ? = = = = = G = 0 P090 ? ? ? G = = T ? = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = C = = = ? = = = = = = = ? ? ? A = = G ? = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = T = = = ? = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? = = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = ? ? = = ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? = = = = ? = ? ? ? = ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = 0.95 ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 1.00 = = ? = ? ? = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = = = = = = 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 = = ? ? = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = = = = 1.00 = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = ? = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = ? 1.00 ? = = 1.00 = = = = ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = = = 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = ? = ? = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 0.98 = = 1.00 = = 1.00 = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = 0.98 = = ? = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? = ? 0.61 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = ? = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.79 ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = ? = = = = ? = ? = 0.61 = 0.77 0.77 0.90 = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = ? = ? ? = = = ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.81 = = 0.95 0.95 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 ? = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.78 = = ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = ? 1.00 ? = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? = = 0.76 ? ? = = 1.00 = ? ? = ? = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = ? ? = = ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = ? ? = = 1.00 ? ? = ? ? = = = = 0.98 = = = = = = = = 0.98 0.95 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 0.97 1.00 = = = = = = = = 0.56 = ? = = ? ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = ? = 1.00 = ? ? = 1.00 = = ? ? = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 ? = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = ? ? ? = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = ? ? = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = ? 1.00 = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = ? ? = 1.00 = 1.00 ? 1.00 ? = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = ? ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 0.98 = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? = 1.00 = ? ? = 1.00 = = ? ? = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 ? = ? ? = 0.98 0.98 0.98 = ? 1.00 ? = 1.00 = = = ? ? = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = ? ? 0.99 = = = ? = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 0.51 1.00 1.00 = = = = = = = = ? = ? 0.56 = = 0.76 0.76 = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = ? ? 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? ? = = = = 1.00 = = = ? ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = ? = ? ? = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? ? ? = = 1.00 = ? ? = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = = = = 1.00 = ? = = = ? ? ? ? ? = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = ? ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = ? = ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = 0.87 0.87 ? = ? = ? ? = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 1.00 = 0.51 1.00 = = = 1.00 = = = ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? = = = = = 1.00 = ? ? ? 1.00 = = 1.00 ? = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = END PHASEPROBS