Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000308 A 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 C 1.00 1.00 1.00 0.91 0.97 0.00 0.00 0.00 0.17 0.05 000347 T 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 C 1.00 1.00 1.00 0.91 0.97 0.00 0.00 0.00 0.17 0.05 000373 G 0.12 0.00 0.00 0.09 0.05 A 0.88 1.00 1.00 0.91 0.95 0.20 0.00 0.00 0.17 0.10 000481 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 000613 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 000687 G 0.00 0.00 0.00 0.12 0.04 A 1.00 1.00 1.00 0.88 0.96 0.00 0.00 0.00 0.21 0.08 000716 A 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.95 1.00 1.00 1.00 0.99 0.10 0.00 0.00 0.00 0.02 000957 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 001029 C 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 T 1.00 1.00 1.00 0.88 0.97 0.00 0.00 0.00 0.22 0.06 001061 G 0.20 0.10 0.14 0.21 0.16 A 0.80 0.90 0.86 0.79 0.84 0.32 0.17 0.24 0.33 0.28 001200 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001245 T 0.20 0.10 0.12 0.21 0.16 C 0.80 0.90 0.88 0.79 0.84 0.32 0.17 0.21 0.33 0.27 001284 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 001305 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 001534 T 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 C 1.00 1.00 1.00 0.88 0.97 0.00 0.00 0.00 0.22 0.06 001588 G 0.12 0.07 0.00 0.15 0.09 A 0.88 0.93 1.00 0.85 0.91 0.22 0.14 0.00 0.26 0.17 001644 T 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 C 1.00 1.00 1.00 0.85 0.96 0.00 0.00 0.00 0.26 0.08 001791 C 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.94 1.00 0.99 0.00 0.00 0.10 0.00 0.02 001826 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 001860 A 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 G 1.00 1.00 1.00 0.85 0.96 0.00 0.00 0.00 0.26 0.08 001865 G 0.19 0.07 0.14 0.20 0.15 C 0.81 0.93 0.86 0.80 0.85 0.30 0.14 0.24 0.31 0.26 001916 C 0.00 0.00 0.00 0.14 0.03 G 1.00 1.00 1.00 0.86 0.97 0.00 0.00 0.00 0.24 0.06 001968 T 0.10 0.07 0.00 0.17 0.08 C 0.90 0.93 1.00 0.83 0.92 0.18 0.13 0.00 0.28 0.15 002058 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 002304 G 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 C 1.00 1.00 1.00 0.87 0.97 0.00 0.00 0.00 0.23 0.06 002331 A 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 G 1.00 1.00 1.00 0.87 0.97 0.00 0.00 0.00 0.23 0.06 002395 T 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 C 1.00 1.00 1.00 0.87 0.97 0.00 0.00 0.00 0.23 0.06 002512 G 0.10 0.00 0.02 0.04 0.04 C 0.90 1.00 0.98 0.96 0.96 0.17 0.00 0.04 0.08 0.08 002627 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 002643 A 0.35 0.29 0.34 0.72 0.42 G 0.65 0.71 0.66 0.28 0.58 0.45 0.41 0.45 0.41 0.49 002656 T 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 C 1.00 1.00 1.00 0.87 0.97 0.00 0.00 0.00 0.23 0.06 002668 + 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 - 1.00 1.00 1.00 0.87 0.97 0.00 0.00 0.00 0.23 0.06 002735 T 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.95 1.00 0.99 0.00 0.00 0.09 0.00 0.02 004183 A 0.14 0.08 0.09 0.33 0.16 C 0.86 0.92 0.91 0.67 0.84 0.24 0.15 0.16 0.44 0.27 004203 A 0.27 0.12 0.16 0.43 0.24 G 0.73 0.88 0.84 0.57 0.76 0.40 0.21 0.26 0.49 0.37 004234 A 0.29 0.12 0.13 0.23 0.20 G 0.71 0.88 0.87 0.77 0.80 0.41 0.21 0.23 0.36 0.32 004246 T 0.27 0.12 0.16 0.43 0.24 A 0.73 0.88 0.84 0.57 0.76 0.40 0.21 0.26 0.49 0.37 004270 A 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 004286 T 0.00 0.00 0.00 0.20 0.04 C 1.00 1.00 1.00 0.80 0.96 0.00 0.00 0.00 0.32 0.08 004340 G 0.25 0.12 0.12 0.43 0.23 A 0.75 0.88 0.88 0.57 0.77 0.38 0.21 0.22 0.49 0.35 004497 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 004574 A 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 G 0.98 1.00 1.00 0.98 0.99 0.04 0.00 0.00 0.04 0.02 004612 A 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 G 1.00 1.00 1.00 0.87 0.97 0.00 0.00 0.00 0.23 0.05 004867 C 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02 T 0.98 1.00 1.00 0.96 0.98 0.04 0.00 0.00 0.08 0.03 005146 T 0.17 0.19 0.23 0.42 0.25 C 0.83 0.81 0.77 0.58 0.75 0.28 0.31 0.35 0.49 0.38 005302 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 005567 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 005577 A 0.00 0.05 0.11 0.00 0.04 C 1.00 0.95 0.89 1.00 0.96 0.00 0.09 0.20 0.00 0.07 005868 G 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 A 1.00 1.00 1.00 0.85 0.96 0.00 0.00 0.00 0.25 0.08 006135 G 0.00 0.00 0.00 0.14 0.04 A 1.00 1.00 1.00 0.86 0.96 0.00 0.00 0.00 0.24 0.07 006199 A 0.00 0.00 0.00 0.14 0.04 G 1.00 1.00 1.00 0.86 0.96 0.00 0.00 0.00 0.24 0.07 006206 G 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.95 1.00 1.00 1.00 0.99 0.10 0.00 0.00 0.00 0.02 006267 G 0.29 0.14 0.11 0.14 0.17 A 0.71 0.86 0.89 0.86 0.83 0.41 0.24 0.20 0.24 0.28 006334 T 0.00 0.00 0.00 0.14 0.04 C 1.00 1.00 1.00 0.86 0.96 0.00 0.00 0.00 0.24 0.07 006369 C 0.00 0.00 0.00 0.14 0.04 T 1.00 1.00 1.00 0.86 0.96 0.00 0.00 0.00 0.24 0.07 006493 C 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.99 0.12 0.00 0.00 0.00 0.02 006528 C 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 T 1.00 1.00 1.00 0.90 0.98 0.00 0.00 0.00 0.17 0.05 006573 C 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 G 1.00 1.00 1.00 0.90 0.98 0.00 0.00 0.00 0.17 0.04 006816 C 0.22 0.14 0.11 0.33 0.20 G 0.78 0.86 0.89 0.67 0.80 0.35 0.24 0.20 0.44 0.32 006829 C 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 T 1.00 1.00 1.00 0.85 0.96 0.00 0.00 0.00 0.25 0.07 007041 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 007065 T 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 C 1.00 1.00 1.00 0.85 0.96 0.00 0.00 0.00 0.25 0.07 007095 G 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 T 1.00 1.00 1.00 0.85 0.96 0.00 0.00 0.00 0.25 0.07 007204 A 0.15 0.18 0.23 0.42 0.24 C 0.85 0.82 0.77 0.58 0.76 0.25 0.30 0.35 0.49 0.37 007267 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 007327 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 009287 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 009829 C 0.02 0.00 0.00 0.15 0.04 G 0.98 1.00 1.00 0.85 0.96 0.04 0.00 0.00 0.25 0.08 009914 C 0.02 0.00 0.00 0.15 0.04 T 0.98 1.00 1.00 0.85 0.96 0.04 0.00 0.00 0.25 0.08 009915 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 010004 C 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.95 1.00 0.99 0.00 0.00 0.10 0.00 0.02 010097 - 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 + 1.00 1.00 1.00 0.85 0.96 0.00 0.00 0.00 0.25 0.07 010326 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 010756 T 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 C 1.00 1.00 1.00 0.92 0.98 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 010779 T 0.58 0.41 0.30 0.27 0.40 C 0.42 0.59 0.70 0.73 0.60 0.49 0.48 0.42 0.39 0.48 010780 A 0.02 0.00 0.00 0.15 0.04 C 0.98 1.00 1.00 0.85 0.96 0.04 0.00 0.00 0.25 0.08 010876 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 011048 T 0.02 0.00 0.00 0.15 0.04 C 0.98 1.00 1.00 0.85 0.96 0.04 0.00 0.00 0.25 0.08 011424 C 0.02 0.00 0.00 0.13 0.04 T 0.98 1.00 1.00 0.87 0.96 0.04 0.00 0.00 0.23 0.07 011571 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 011634 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 011654 A 0.02 0.00 0.00 0.13 0.04 C 0.98 1.00 1.00 0.87 0.96 0.04 0.00 0.00 0.23 0.07 011758 A 0.15 0.25 0.14 0.17 0.18 G 0.85 0.75 0.86 0.83 0.82 0.26 0.38 0.24 0.29 0.29 012027 A 0.02 0.00 0.00 0.15 0.04 T 0.98 1.00 1.00 0.85 0.96 0.04 0.00 0.00 0.25 0.08 012171 A 0.02 0.00 0.00 0.15 0.04 C 0.98 1.00 1.00 0.85 0.96 0.04 0.00 0.00 0.25 0.08 012212 C 0.02 0.00 0.00 0.15 0.04 T 0.98 1.00 1.00 0.85 0.96 0.04 0.00 0.00 0.25 0.08 012229 A 0.17 0.32 0.19 0.21 0.22 G 0.83 0.68 0.81 0.79 0.78 0.28 0.43 0.31 0.33 0.34 012323 T 0.17 0.25 0.19 0.17 0.19 G 0.83 0.75 0.81 0.83 0.81 0.28 0.38 0.31 0.28 0.31 012537 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 012778 T 0.48 0.34 0.20 0.08 0.27 G 0.52 0.66 0.80 0.92 0.73 0.50 0.45 0.33 0.15 0.40 012803 T 0.04 0.02 0.00 0.15 0.05 C 0.96 0.98 1.00 0.85 0.95 0.08 0.04 0.00 0.25 0.10 012993 A 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 G 1.00 1.00 1.00 0.85 0.96 0.00 0.00 0.00 0.25 0.07 013069 A 0.00 0.00 0.10 0.02 0.03 T 1.00 1.00 0.90 0.98 0.97 0.00 0.00 0.17 0.04 0.05 013072 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 013373 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 013512 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 013533 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 013564 C 0.00 0.05 0.05 0.17 0.07 T 1.00 0.95 0.95 0.82 0.93 0.00 0.10 0.09 0.29 0.12 013705 G 0.10 0.03 0.00 0.00 0.03 C 0.90 0.97 1.00 1.00 0.97 0.18 0.05 0.00 0.00 0.06 013757 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 014014 A 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 014058 C 0.33 0.30 0.60 0.58 0.46 G 0.68 0.70 0.40 0.42 0.54 0.44 0.42 0.48 0.49 0.50 014073 A 0.19 0.25 0.14 0.14 0.18 G 0.81 0.75 0.86 0.86 0.82 0.31 0.38 0.24 0.24 0.29 014174 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 014313 A 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 014510 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 014564 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 014901 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 014932 T 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 C 1.00 1.00 1.00 0.94 0.98 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 015044 C 0.00 0.00 0.00 0.16 0.04 T 1.00 1.00 1.00 0.84 0.96 0.00 0.00 0.00 0.27 0.08 015113 G 0.39 0.30 0.20 0.09 0.24 T 0.61 0.70 0.80 0.91 0.76 0.47 0.42 0.33 0.17 0.37 015156 T 0.39 0.30 0.20 0.09 0.24 C 0.61 0.70 0.80 0.91 0.76 0.47 0.42 0.33 0.17 0.37 015162 G 0.30 0.45 0.61 0.61 0.49 A 0.70 0.55 0.39 0.39 0.51 0.42 0.50 0.47 0.47 0.50 015228 T 0.02 0.00 0.05 0.16 0.06 C 0.98 1.00 0.95 0.84 0.94 0.04 0.00 0.09 0.27 0.11 015619 T 0.33 0.38 0.50 0.46 0.43 C 0.67 0.62 0.50 0.54 0.57 0.44 0.47 0.50 0.50 0.49 015768 A 0.00 0.00 0.00 0.13 0.04 G 1.00 1.00 1.00 0.87 0.96 0.00 0.00 0.00 0.23 0.08 015901 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 015904 T 0.35 0.25 0.18 0.46 0.31 C 0.65 0.75 0.82 0.54 0.69 0.45 0.38 0.30 0.50 0.43 015932 G 0.08 0.05 0.14 0.06 0.08 A 0.92 0.95 0.86 0.94 0.92 0.14 0.09 0.24 0.12 0.15 015948 G 0.37 0.25 0.32 0.33 0.32 A 0.63 0.75 0.68 0.67 0.68 0.46 0.38 0.43 0.44 0.43 015962 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 015969 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 015971 G 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.95 1.00 0.98 0.07 0.00 0.09 0.00 0.04 015975 - 0.65 0.45 0.34 0.35 0.46 + 0.35 0.55 0.66 0.65 0.54 0.45 0.50 0.45 0.46 0.50 016045 C 0.52 0.45 0.34 0.46 0.45 G 0.48 0.55 0.66 0.54 0.55 0.50 0.50 0.45 0.50 0.49 016117 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 016121 A 0.34 0.32 0.20 0.30 0.29 C 0.66 0.68 0.80 0.70 0.71 0.45 0.43 0.33 0.42 0.41 016231 T 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 C 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 016232 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 016275 T 0.07 0.20 0.09 0.15 0.13 C 0.93 0.80 0.91 0.85 0.87 0.14 0.33 0.17 0.26 0.22 016295 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 016319 T 0.22 0.61 0.52 0.59 0.47 G 0.78 0.39 0.48 0.41 0.53 0.35 0.47 0.50 0.48 0.50 016545 - 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 + 1.00 1.00 1.00 0.95 0.99 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 016831 A 0.22 0.00 0.05 0.15 0.11 C 0.78 1.00 0.95 0.85 0.89 0.35 0.00 0.09 0.25 0.20 016844 C 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 016963 * 016996 T 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 A 1.00 1.00 1.00 0.85 0.96 0.00 0.00 0.00 0.25 0.07 017006 T 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 C 1.00 1.00 1.00 0.85 0.96 0.00 0.00 0.00 0.25 0.07 017017 - 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 + 1.00 1.00 1.00 0.85 0.96 0.00 0.00 0.00 0.25 0.07 017049 + 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 - 1.00 1.00 1.00 0.85 0.96 0.00 0.00 0.00 0.25 0.07 017068 T 0.06 0.23 0.07 0.04 0.09 C 0.94 0.77 0.93 0.96 0.91 0.10 0.35 0.13 0.08 0.17 017145 T 0.37 0.23 0.36 0.38 0.34 G 0.63 0.78 0.64 0.62 0.66 0.46 0.35 0.46 0.47 0.45 017460 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 017507 T 0.06 0.25 0.07 0.02 0.09 C 0.94 0.75 0.93 0.98 0.91 0.11 0.38 0.13 0.04 0.17 017554 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 017565 C 0.00 0.00 0.00 0.14 0.03 T 1.00 1.00 1.00 0.86 0.97 0.00 0.00 0.00 0.24 0.07 017576 C 0.00 0.00 0.00 0.14 0.03 T 1.00 1.00 1.00 0.86 0.97 0.00 0.00 0.00 0.24 0.07 017594 G 0.00 0.00 0.00 0.14 0.03 A 1.00 1.00 1.00 0.86 0.97 0.00 0.00 0.00 0.24 0.07 017988 C 0.35 0.30 0.36 0.39 0.35 A 0.65 0.70 0.64 0.61 0.65 0.46 0.42 0.46 0.48 0.46 018030 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 018293 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 018786 G 0.10 0.00 0.05 0.00 0.04 A 0.90 1.00 0.95 1.00 0.96 0.17 0.00 0.09 0.00 0.08 018941 G 0.00 0.00 0.00 0.11 0.03 C 1.00 1.00 1.00 0.89 0.97 0.00 0.00 0.00 0.20 0.05 019009 G 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 019064 G 0.33 0.11 0.34 0.38 0.29 T 0.67 0.89 0.66 0.62 0.71 0.44 0.20 0.45 0.47 0.41 019080 A 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 T 1.00 1.00 1.00 0.85 0.96 0.00 0.00 0.00 0.25 0.07 019145 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 019148 T 0.15 0.41 0.14 0.04 0.18 C 0.85 0.59 0.86 0.96 0.82 0.25 0.48 0.24 0.08 0.29 019200 G 0.48 0.52 0.48 0.42 0.47 A 0.52 0.48 0.52 0.58 0.53 0.50 0.50 0.50 0.49 0.50 019225 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 019346 C 0.48 0.52 0.48 0.42 0.47 T 0.52 0.48 0.52 0.58 0.53 0.50 0.50 0.50 0.49 0.50 019371 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 019381 A 0.13 0.23 0.11 0.04 0.13 C 0.87 0.77 0.89 0.96 0.87 0.23 0.35 0.20 0.08 0.22 019696 T 0.52 0.48 0.43 0.42 0.46 C 0.48 0.52 0.57 0.58 0.54 0.50 0.50 0.49 0.49 0.50 020376 T 0.06 0.22 0.07 0.06 0.10 C 0.94 0.78 0.93 0.94 0.90 0.11 0.35 0.13 0.11 0.18 020390 A 0.04 0.00 0.05 0.08 0.04 G 0.96 1.00 0.95 0.92 0.96 0.08 0.00 0.09 0.15 0.08 020413 G 0.00 0.00 0.00 0.15 0.03 C 1.00 1.00 1.00 0.85 0.97 0.00 0.00 0.00 0.25 0.06 020801 G 0.09 0.00 0.05 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.95 1.00 0.96 0.17 0.00 0.09 0.00 0.07 020865 T 0.07 0.00 0.05 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.95 1.00 0.97 0.14 0.00 0.09 0.00 0.06 020942 A 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 020978 C 0.61 0.39 0.41 0.23 0.42 A 0.39 0.61 0.59 0.77 0.58 0.48 0.47 0.48 0.35 0.49 021081 G 0.09 0.00 0.05 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.95 1.00 0.96 0.17 0.00 0.09 0.00 0.07 021160 T 0.24 0.05 0.32 0.46 0.27 C 0.76 0.95 0.68 0.54 0.73 0.37 0.09 0.43 0.50 0.39 021183 G 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 021213 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 021333 G 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 021334 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 021440 A 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 021465 C 0.12 0.06 0.32 0.28 0.20 G 0.88 0.94 0.68 0.72 0.80 0.21 0.12 0.43 0.40 0.32 021668 A 0.17 0.09 0.20 0.35 0.21 T 0.83 0.91 0.80 0.65 0.79 0.28 0.17 0.33 0.46 0.33 021705 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 021725 A 0.20 0.20 0.45 0.71 0.39 C 0.80 0.80 0.55 0.29 0.61 0.32 0.33 0.50 0.41 0.48 021809 A 0.06 0.23 0.07 0.04 0.10 C 0.94 0.77 0.93 0.96 0.90 0.10 0.35 0.13 0.08 0.17 021922 T 0.50 0.39 0.40 0.21 0.39 G 0.50 0.61 0.60 0.79 0.61 0.50 0.47 0.48 0.33 0.47 021963 T 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 G 1.00 1.00 1.00 0.91 0.98 0.00 0.00 0.00 0.17 0.04 022937 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 022969 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 023089 C 0.21 0.41 0.10 0.04 0.19 T 0.79 0.59 0.90 0.96 0.81 0.33 0.48 0.17 0.08 0.31 023169 A 0.31 0.41 0.10 0.04 0.22 T 0.69 0.59 0.90 0.96 0.78 0.43 0.48 0.17 0.08 0.34 023180 T 0.04 0.11 0.29 0.33 0.18 C 0.96 0.89 0.71 0.67 0.82 0.07 0.20 0.41 0.44 0.30 023364 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 024175 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 025319 C 0.00 0.00 0.00 0.17 0.04 T 1.00 1.00 1.00 0.83 0.96 0.00 0.00 0.00 0.28 0.08 025367 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 025446 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 026076 G 0.00 0.00 0.00 0.14 0.03 A 1.00 1.00 1.00 0.86 0.97 0.00 0.00 0.00 0.24 0.07 026095 T 0.23 0.17 0.03 0.05 0.12 C 0.77 0.83 0.97 0.95 0.88 0.36 0.28 0.05 0.09 0.22 026114 G 0.06 0.05 0.03 0.00 0.03 A 0.94 0.95 0.97 1.00 0.97 0.11 0.09 0.05 0.00 0.07 026225 T 0.24 0.27 0.38 0.38 0.31 C 0.76 0.73 0.62 0.62 0.69 0.36 0.40 0.47 0.47 0.43 026673 A 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 G 1.00 1.00 1.00 0.85 0.96 0.00 0.00 0.00 0.25 0.07 026703 + 0.21 0.30 0.36 0.52 0.34 - 0.79 0.70 0.64 0.48 0.66 0.33 0.42 0.46 0.50 0.45 026897 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 027082 C 0.04 0.16 0.02 0.00 0.05 T 0.96 0.84 0.98 1.00 0.95 0.07 0.27 0.04 0.00 0.10 027247 A 0.30 0.32 0.34 0.52 0.37 G 0.70 0.68 0.66 0.48 0.63 0.42 0.43 0.45 0.50 0.47 027379 A 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.95 1.00 0.99 0.00 0.00 0.09 0.00 0.02 027409 C 0.03 0.03 0.11 0.22 0.10 T 0.97 0.97 0.89 0.78 0.90 0.05 0.06 0.19 0.34 0.19 028248 * 028278 A 0.09 0.28 0.30 0.41 0.26 G 0.91 0.72 0.70 0.59 0.74 0.17 0.40 0.42 0.48 0.39 028887 A 0.09 0.07 0.11 0.21 0.12 G 0.91 0.93 0.89 0.79 0.88 0.17 0.13 0.20 0.33 0.21 028924 A 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 G 1.00 1.00 1.00 0.88 0.97 0.00 0.00 0.00 0.22 0.06 029201 * 029764 G 0.27 0.18 0.09 0.06 0.15 A 0.73 0.82 0.91 0.94 0.85 0.39 0.30 0.17 0.12 0.26 029917 C 0.10 0.05 0.11 0.18 0.11 G 0.90 0.95 0.89 0.82 0.89 0.17 0.09 0.20 0.30 0.20 029974 A 0.15 0.26 0.32 0.43 0.29 G 0.85 0.74 0.68 0.57 0.71 0.26 0.39 0.43 0.49 0.41 029992 T 0.08 0.26 0.07 0.05 0.11 C 0.92 0.74 0.93 0.95 0.89 0.14 0.39 0.13 0.09 0.20 030078 A 0.38 0.42 0.41 0.50 0.43 G 0.62 0.57 0.59 0.50 0.57 0.47 0.49 0.48 0.50 0.49 030222 G 0.24 0.29 0.41 0.39 0.33 A 0.76 0.71 0.59 0.61 0.67 0.36 0.41 0.48 0.47 0.44 030333 T 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.95 1.00 0.99 0.00 0.00 0.09 0.00 0.02 030473 T 0.26 0.29 0.42 0.39 0.34 C 0.74 0.71 0.57 0.61 0.66 0.39 0.41 0.49 0.47 0.45 030474 A 0.26 0.29 0.45 0.39 0.34 G 0.74 0.71 0.55 0.61 0.66 0.39 0.41 0.50 0.47 0.45 030477 G 0.26 0.31 0.45 0.41 0.35 C 0.74 0.69 0.55 0.59 0.65 0.39 0.43 0.50 0.48 0.46 030669 T 0.06 0.02 0.00 0.00 0.02 C 0.94 0.98 1.00 1.00 0.98 0.11 0.04 0.00 0.00 0.04 030778 C 0.06 0.02 0.00 0.00 0.02 G 0.94 0.98 1.00 1.00 0.98 0.11 0.04 0.00 0.00 0.04 030823 C 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 A 1.00 1.00 1.00 0.88 0.97 0.00 0.00 0.00 0.21 0.06 030896 T 0.06 0.14 0.03 0.05 0.07 C 0.94 0.86 0.97 0.95 0.93 0.11 0.24 0.05 0.10 0.13 030998 A 0.20 0.16 0.35 0.27 0.24 G 0.80 0.84 0.65 0.73 0.76 0.32 0.27 0.45 0.40 0.37 031062 C 0.10 0.21 0.05 0.12 0.12 G 0.90 0.79 0.95 0.88 0.88 0.18 0.34 0.10 0.21 0.21 031114 A 0.20 0.10 0.30 0.16 0.19 G 0.80 0.90 0.70 0.84 0.81 0.32 0.18 0.42 0.27 0.31 031266 T 0.18 0.10 0.30 0.16 0.18 C 0.82 0.90 0.70 0.84 0.82 0.30 0.18 0.42 0.27 0.30 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002668: aT 010097: caattatata 015975: c 016545: t 017017: t 017049: A 026703: A Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop 016963 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 G 1.00 1.00 1.00 0.83 0.96 028248 T 0.09 0.26 0.25 0.28 0.21 C 0.44 0.16 0.20 0.33 0.30 G 0.46 0.58 0.55 0.39 0.49 029201 T 0.06 0.05 0.02 0.00 0.03 G 0.02 0.14 0.09 0.02 0.07 C 0.92 0.82 0.89 0.98 0.90