Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Total-hz 000217 A 0.01 G 0.99 0.01 000401 A 0.14 G 0.86 0.24 000434 T 0.01 C 0.99 0.01 000502 G 0.02 C 0.98 0.03 000563 C 0.02 T 0.98 0.03 000670 T 0.14 C 0.86 0.24 000848 T 0.02 A 0.98 0.04 000850 A 0.01 G 0.99 0.01 000917 A 0.13 G 0.87 0.23 001021 A 0.47 C 0.53 0.50 001100 - 0.01 + 0.99 0.01 001144 G 0.01 A 0.99 0.01 001186 G 0.15 T 0.85 0.26 001412 C 0.01 G 0.99 0.01 001554 G 0.01 T 0.99 0.02 001622 T 0.01 C 0.99 0.01 001808 T 0.04 G 0.96 0.09 001925 T 0.01 C 0.99 0.01 001951 T 0.01 G 0.99 0.01 002181 T 0.01 C 0.99 0.01 002195 C 0.12 G 0.88 0.20 002256 - 0.01 + 0.99 0.01 002439 G 0.01 C 0.99 0.01 002487 T 0.15 C 0.85 0.25 002491 T 0.01 C 0.99 0.02 002509 T 0.01 G 0.99 0.02 002761 A 0.01 G 0.99 0.01 002859 T 0.01 G 0.99 0.01 003011 G 0.01 A 0.99 0.02 003447 T 0.07 C 0.93 0.13 003849 A 0.01 G 0.99 0.01 003882 C 0.01 A 0.99 0.01 003975 G 0.01 A 0.99 0.01 004064 C 0.45 T 0.55 0.49 004183 T 0.01 G 0.99 0.01 004279 A 0.21 C 0.79 0.33 004457 A 0.26 G 0.74 0.38 004485 C 0.22 T 0.78 0.35 004503 A 0.02 G 0.98 0.03 004559 T 0.26 A 0.74 0.38 004624 A 0.01 G 0.99 0.02 004690 C 0.01 A 0.99 0.02 004840 C 0.01 G 0.99 0.02 004970 A 0.02 G 0.98 0.03 005115 T 0.01 A 0.99 0.01 005231 A 0.01 G 0.99 0.01 005259 A 0.22 G 0.78 0.34 005337 A 0.33 G 0.67 0.44 005572 T 0.22 A 0.78 0.35 005631 A 0.37 G 0.63 0.47 006026 G 0.38 A 0.62 0.47 006096 G 0.24 A 0.76 0.37 006244 - 0.02 + 0.98 0.04 006255 G 0.02 A 0.98 0.03 006343 - 0.10 + 0.90 0.17 006516 C 0.01 T 0.99 0.01 006584 T 0.01 C 0.99 0.01 006605 T 0.01 C 0.99 0.01 006744 T 0.01 C 0.99 0.01 006763 G 0.01 A 0.99 0.01 006953 A 0.01 T 0.99 0.01 006991 T 0.01 C 0.99 0.01 007100 T 0.01 C 0.99 0.01 007122 T 0.10 C 0.90 0.18 007144 A 0.01 G 0.99 0.01 007345 A 0.01 G 0.99 0.02 007474 T 0.43 C 0.57 0.49 007487 A 0.02 G 0.98 0.03 007542 T 0.04 G 0.96 0.08 007614 T 0.41 G 0.59 0.48 007741 G 0.30 A 0.70 0.42 007915 G 0.01 C 0.99 0.01 008000 A 0.01 C 0.99 0.02 008014 - 0.07 + 0.93 0.13 008399 C 0.23 G 0.77 0.36 008471 T 0.09 C 0.91 0.17 008565 T 0.04 C 0.96 0.08 008755 A 0.01 G 0.99 0.02 008882 A 0.01 C 0.99 0.01 008924 G 0.15 A 0.85 0.26 009034 A 0.01 G 0.99 0.01 009174 T 0.06 C 0.94 0.11 009272 A 0.01 G 0.99 0.01 009345 A 0.01 G 0.99 0.01 009442 T 0.23 C 0.77 0.35 009472 G 0.09 A 0.91 0.16 009514 A 0.01 G 0.99 0.02 009752 G 0.02 A 0.98 0.03 009823 A 0.01 G 0.99 0.01 010106 C 0.01 G 0.99 0.01 010174 T 0.01 A 0.99 0.01 010589 T 0.29 G 0.71 0.41 010619 G 0.01 A 0.99 0.01 011064 C 0.49 G 0.51 0.50 011098 A 0.11 G 0.89 0.19 011280 C 0.01 T 0.99 0.01 011982 A 0.01 G 0.99 0.01 012034 A 0.03 G 0.97 0.06 012109 G 0.01 C 0.99 0.01 012227 + 0.37 - 0.63 0.47 012244 T 0.03 C 0.97 0.05 012245 A 0.01 G 0.99 0.01 012411 A 0.01 G 0.99 0.01 012520 T 0.02 C 0.98 0.05 012571 T 0.18 C 0.82 0.29 012648 C 0.06 G 0.94 0.12 012704 G 0.02 A 0.98 0.03 012713 A 0.01 C 0.99 0.01 012755 G 0.02 A 0.98 0.04 012768 T 0.04 G 0.96 0.08 012864 C 0.37 T 0.63 0.47 012959 G 0.01 C 0.99 0.01 013127 G 0.02 C 0.98 0.05 013342 G 0.42 A 0.58 0.49 013428 A 0.05 G 0.95 0.09 013489 C 0.03 T 0.97 0.06 013515 T 0.01 G 0.99 0.01 013750 T 0.30 C 0.70 0.42 014026 T 0.22 C 0.78 0.34 014094 A 0.01 G 0.99 0.01 014745 A 0.01 G 0.99 0.01 014774 A 0.02 G 0.98 0.04 014779 G 0.32 C 0.68 0.44 015353 A 0.31 G 0.69 0.42 015577 T 0.06 C 0.94 0.10 015578 T 0.09 G 0.91 0.16 015742 A 0.34 G 0.66 0.45 015804 T 0.01 C 0.99 0.02 015892 T 0.34 A 0.66 0.45 015929 C 0.02 T 0.98 0.03 015939 T 0.01 C 0.99 0.01 015979 A 0.34 G 0.66 0.45 016164 G 0.32 A 0.68 0.44 016288 C 0.34 T 0.66 0.45 016548 A 0.21 G 0.79 0.33 016669 T 0.01 G 0.99 0.01 016757 A 0.31 G 0.69 0.43 016818 G 0.01 A 0.99 0.02 016845 C 0.01 T 0.99 0.01 016852 T 0.32 C 0.68 0.44 016870 T 0.28 G 0.72 0.40 016993 A 0.31 T 0.69 0.43 017025 G 0.34 A 0.66 0.45 017377 C 0.02 G 0.98 0.04 017506 C 0.01 T 0.99 0.01 017533 C 0.22 T 0.78 0.35 017707 T 0.01 C 0.99 0.01 018159 T 0.01 C 0.99 0.01 018226 C 0.01 T 0.99 0.01 018277 G 0.35 A 0.65 0.46 018311 C 0.01 T 0.99 0.01 018952 A 0.01 C 0.99 0.01 018987 T 0.31 C 0.69 0.43 019167 T 0.34 C 0.66 0.45 019186 G 0.01 A 0.99 0.01 019222 - 0.45 + 0.55 0.50 019628 T 0.29 G 0.71 0.41 019638 T 0.20 G 0.80 0.32 019649 T 0.01 C 0.99 0.01 019658 A 0.02 G 0.98 0.05 019856 A 0.01 C 0.99 0.01 019866 T 0.02 C 0.98 0.05 019896 T 0.04 C 0.96 0.08 020126 - 0.08 + 0.92 0.15 020318 G 0.04 T 0.96 0.07 020470 G 0.03 A 0.97 0.05 020507 G 0.03 T 0.97 0.06 020509 T 0.01 C 0.99 0.01 020552 A 0.01 C 0.99 0.01 020560 G 0.30 A 0.70 0.42 020613 C 0.32 T 0.68 0.43 020987 A 0.05 G 0.95 0.10 021325 C 0.34 T 0.66 0.45 021626 T 0.35 A 0.65 0.46 022137 G 0.28 A 0.72 0.40 022452 A 0.31 C 0.69 0.43 022657 G 0.03 A 0.97 0.07 023428 A 0.04 G 0.96 0.08 023472 A 0.01 G 0.99 0.02 023473 T 0.01 A 0.99 0.02 024446 - 0.04 + 0.96 0.08 024474 C 0.01 G 0.99 0.02 024671 C 0.02 T 0.98 0.03 025079 T 0.03 C 0.97 0.06 025104 A 0.01 G 0.99 0.03 025160 C 0.01 G 0.99 0.01 025414 G 0.01 A 0.99 0.01 025457 T 0.01 A 0.99 0.01 025489 T 0.48 C 0.52 0.50 025504 C 0.01 G 0.99 0.01 025554 G 0.48 A 0.52 0.50 025594 T 0.34 C 0.66 0.45 025630 G 0.04 C 0.96 0.08 025649 C 0.02 G 0.98 0.04 025690 T 0.01 C 0.99 0.02 025708 A 0.02 G 0.98 0.03 025816 A 0.01 G 0.99 0.01 025901 A 0.01 T 0.99 0.02 026014 A 0.01 G 0.99 0.01 026029 T 0.01 C 0.99 0.01 026122 T 0.05 C 0.95 0.09 026981 A 0.01 G 0.99 0.01 027832 A 0.01 G 0.99 0.01 027844 T 0.49 C 0.51 0.50 027916 G 0.01 A 0.99 0.02 028058 G 0.49 C 0.51 0.50 028380 C 0.02 T 0.98 0.04 028481 C 0.35 A 0.65 0.46 028621 A 0.01 G 0.99 0.02 028815 G 0.01 C 0.99 0.01 028841 A 0.01 G 0.99 0.01 028890 G 0.01 C 0.99 0.01 029554 A 0.01 C 0.99 0.01 029623 * 029647 G 0.01 C 0.99 0.01 029694 G 0.14 T 0.86 0.25 029729 C 0.07 G 0.93 0.13 029840 T 0.36 C 0.64 0.46 029857 A 0.02 G 0.98 0.04 029907 T 0.36 G 0.64 0.46 030048 - 0.04 + 0.96 0.07 030098 A 0.01 G 0.99 0.02 030111 T 0.01 C 0.99 0.02 030133 T 0.02 G 0.98 0.04 030141 C 0.02 T 0.98 0.04 Note: Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001100: c 002256: at 006244: ag 006343: A 008014: GTGGAGGGGT 012227: AT 019222: taaa 020126: A 024446: cctttgagggagaagtc 030048: tgcctc Tri-allelic sites: Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Allele3 Total-pop 029623 G 0.10 T 0.36 C 0.54