************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 map2k.phase.inp map2k.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST map2k.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates map2k.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual map2k.phase.out_recom : estimates of recombination parameters map2k.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 95 Number of Loci: 72 Positions of loci: 173 576 1133 3846 3950 4470 15800 24088 24392 25975 27514 32627 32941 34006 34713 35067 35685 42466 42832 43643 43914 44186 44302 44701 45438 53514 54143 54294 54406 54966 55090 55101 55408 55732 56141 60818 61246 61353 62518 62588 62966 63115 63491 73015 73377 73648 73710 74706 75562 76161 77598 87245 87694 88889 89715 94466 95010 108130 108168 109965 112297 113105 114834 119681 119983 120581 120623 120827 122356 122956 125156 125166 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file map2k.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 ACTCGATTCGCCGTAATGACGCIGGTGGTGGGTATAGCTTCGACTGATGGAAADAGGCGAGICTTIGADGCT 1.000000 2 ACTCGATTCGCCGTAATGACGCIGGTGGTGGGTATAGCTTCGACTGATGGAAADAGGCGGGICTAIAGDAAA 1.000000 3 ACTCGATTCGCGGTAATGACGCIGGTGGTGGGTATAGCTTCGACTGATGGAAADAGGCGGGICTAIAGDAAA 1.000000 4 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGDGCGTGAGICTTIAADGCA 8.000000 5 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGDGCGTGAGITTTIAADGCA 2.000000 6 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGIGCGCGAGICTTIAADGCA 3.000000 7 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGIGCGCGAGICTTDGADGAA 1.000000 8 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGIGCGCGAGICTAIAGDAAA 1.000000 9 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGIGCGCGGGICTAIAGDGAT 1.000000 10 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGIGCGCGGADCTAIAGDACA 3.000000 11 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGIGCGTGAGITTTIAADGAA 5.000000 12 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGIGCGTGAGITTTIAADGAT 1.000000 13 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGIGCGTGAGITTTIAADGCA 35.000000 14 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGIGCGTGAGITTTIAGDGCA 1.000000 15 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGIGCGTGAGITCTIAADGAA 1.000000 16 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGIGCGTGAGITCTIAADGCA 1.000000 17 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGIGCGTAAGICCTIAADGAT 1.000000 18 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGIGCGTAAGICCTIAADGCT 1.000000 19 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTACACCTCCGACTGATGAGAGIGCGTGAGITTTIAADGCA 9.000000 20 ACTCGATTCGCGGTAGTATGGCDGGTGACGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAADGCGCGGGICTAIAGDACA 1.000000 21 ACTCGATTCGCGGTAGTGAGGCIGGTGGCAGGTATAGCTTCGACTGATAAGAAIGCATGAGICCTIAAIGAA 3.000000 22 ACTCGATTCGCGGTAGTGAGGCIGGTGGCAGGTATAGCTTCGACTGATAAGAAIGCATGAGICCTIAAIGCA 3.000000 23 ACTCGATTCGCGGTAGTGAGGCIGGTGGCAGGTATAGCTTCGACTGATAAGAAIGCATGAGITTTIAGDGCA 1.000000 24 ACTCGATTCGCGGTAGTGAGGCIGGTGGCAGGTACAGCTTCGACTGATAAGAAIGCATGAGICCTIAAIGCA 2.000000 25 ACTCGATTCGCGGTAGTGTGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGIGCGTGAGITTTIAADGAA 1.000000 26 ACTCGATTCGCGGTAGCGACGCIGGTGACGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAADGCGCGGADCTAIAGDACT 1.000000 27 ACTCGATTCGCGGTAGCGAGGCIGGTGGCGGGTATAGCTTCGACTGATGAGAAIGCGCGAGICTAIAGDACA 1.000000 28 ACTCGATTCGCGGCGGTGAGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGIGCGTGAGITTTIAADGAA 1.000000 29 ACTCGATTCTTCGTAATGACGCIGGTGGTGGGTATAGCTTCGACTAACGGAAADAGGCGAGICTTDGADGAA 12.000000 30 ACTCGATTCTTCGTAATGACGCIGGTGGTGGGTATAGCTTCGACTAACGGAAADAGGCGAGICTTDGADGAT 1.000000 31 ACTCGATTCTTCGTAATGACGCIGGTGGTGGGTATAGCTTCGACTAACGGAAADAGGCGAGICTTDGADGCA 1.000000 32 ACTCGATTCTTCGTAATGACGCIGGTGGTGGGTATAGCTTCGACTAACGGAAADAGGTGAGICTTIAADGCA 1.000000 33 ACTCGATTCTTCGTAATGACGCIGGTGGTGGGTATAGCTTCGACTAATGGAAADAGGCGAGICTTDGADGAA 1.000000 34 ACTCGATTCTTCGTAATGACGCIGGTGGTGGGTACAGCTTCGACTAACGGAAADAGGCGAGICTTDGADGAT 1.000000 35 ACTCGATTCTTCGTAATGACGCIGGTGGTGGGTACAGCTTCGACTAACGGAAADAGGCGGGICTAIAGDAAA 1.000000 36 ACTCGATTCTTCGTAATGACGCIGGTGGTGGGTACAGCTTCGACTAACGGAAADAGGTGAGICTTIAADGAA 2.000000 37 ACTCGATTGGCGGTAGTGAGGCIGGTGGCGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAGDGCGCGAGICTTIGADGAA 1.000000 38 ACTCGGTTCGCGGTAGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGATGAGAGIGCGCGAGICTTDGADGAA 1.000000 39 ACTCGGAGGGCGGTGGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGTTGAGAGIGCGCGAGITTTIAADGCA 1.000000 40 ACTCGGAGGGCGGTGGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGTTGAGAGIGCGCGGADCTAIAGDAAT 1.000000 41 ACTCGGAGGGCGGTGGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGTTGAGAGIGCGTGAGICCTIAAIGCA 1.000000 42 ACTCGGAGGGCGGTGGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGTTGAGAGIGCGTAAGICCTIAADGAT 4.000000 43 ACTCGGAGGGCGGTGGTATGGCDGGTGGCAGTTATACCTCCGACTGTTGAGAGIGCGTAAGICCTIAADGCA 4.000000 44 ACTCGGAGGGCGACGGTGAGAAIAACGGCATGAGTGGTTTGACGCGATGAAAGDGCGTAAGITCTIAADGCA 1.000000 45 ACTCGGAGGGCGACGGTGAGAAIAACGGCATGAGTGGTTTGACGCGATGAAGGDGCGTAAGICCTIAADGCA 1.000000 46 ACTCGGAGGGCGACGGTGAGAAIAACCGCATGAGTGGTTTGACGTGATGAAGGDGCGTAAGICCTIAADGCA 1.000000 47 ACTCGGAGGGCGACGGTGAGAAIAACCGCATGAGTGGTTTGACGCGATGAAGGDGCGCGGADCTAIAGDACA 1.000000 48 ACTCGGAGGGCGACGGTGAGAAIAACCGCATGAGTGGTTTGACGCGATGAAGGDGCGTGAGITTTIAADGCA 1.000000 49 ACTCGGAGGGCGACGGTGAGAAIAACCGCATGAGTGGTTTGACGCGATGAAGGDGCGTAAGICCTIAADGAT 4.000000 50 ACTCGGAGGGCGACGGTGAGAAIAACCGCATGAGTGGTTTGACGCGATGAAGGDGCGTAAGICCTIAADGCA 12.000000 51 ACTCGGAGGGCGACGGTGAGAAIAACCGCATGAGCGGTTTGACGCGATGAAGGDGCGTAAGICCTIAADGCA 1.000000 52 ACTGAATTCGCCGTAATGAGGCIGGTGGTGGGTATAGCTTCGACTGATGGAAADAGGCGAGICTTIGADGAA 3.000000 53 ACTGAATTCGCCGTAATGAGGCIGGTGGTGGGTATAGCTTCGACTGATGGAAADAGGCGAGICTTDGADGAA 1.000000 54 ACTGAATTCGCCGTAATGAGGCIGGTGGTGGGTATAGCTTCGACTGATGGAAADAGGCGAGICTAIAADGAA 1.000000 55 ACTGAATTCGCCGTAATGAGGCIGGTGGTGGGTATAGCTTCGACTGATGGAAADAGGCGGGICTAIAGDAAT 1.000000 56 ACTGAATTCGCCGTAATGAGGCIGGTGGTGGGTATAGCTTCGACTGATGGAAADAGGTGAGICTTIAADGAA 2.000000 57 ACTGAATTCGCCGTAATGAGGCIGGTGGTGGGTATAGCTTCGACTGATGGAAADAGGTGAGITTTIAADGCA 1.000000 58 ACCCGATTCGCGGTAGTGAGACIGGTGGCGGGTATAGTTTCGACTGATGAGAAIGCGCGAGICTTDGADGAA 1.000000 59 ACCCGATTCGCGGTAGCGACGCIGGTGACGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAADGCGCGGADCTAIAGDAAT 1.000000 60 TCCCGATTCGCGGTAGCGACGCIGGTGACGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAADGCGTGAGICTTIAADGAA 1.000000 61 TGTCGGAGGGCGACGGTGAGAAIAACCGCATGAGTGGTTTGACGCGATGAAGGDGCGTAAGICCTIAADGCA 1.000000 62 TGCCGATTCGCGGTAGCGACGCIGGTGACGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAADGCGCGAGICTTDGADGAA 3.000000 63 TGCCGATTCGCGGTAGCGACGCIGGTGACGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAADGCGCGAGICTTDGADGCA 1.000000 64 TGCCGATTCGCGGTAGCGACGCIGGTGACGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAADGCGCGGGICTAIAGDACA 3.000000 65 TGCCGATTCGCGGTAGCGACGCIGGTGACGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAADGCGCGGAICTAIAGDAAT 1.000000 66 TGCCGATTCGCGGTAGCGACGCIGGTGACGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAADGCGCGGADCTAIAGDAAT 7.000000 67 TGCCGATTCGCGGTAGCGACGCIGGTGACGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAADGCGCGGADCTAIAGDACA 5.000000 68 TGCCGATTCGCGGTAGCGACGCIGGTGACGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAADGCGCGGADCTAIAGDACT 2.000000 69 TGCCGATTCGCGGTAGCGACGCIGGTGACGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAADGCGTGAGITTTIAADGCA 3.000000 70 TGCCGATTCGCGGTAGCGACGCIGGTGACGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAADGCGTAAGICCTIAADGCA 2.000000 71 TGCCGATTCGCGGTAGCGACGCIGGTCATGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAADGCGCGGADCTAIAGDAAT 2.000000 72 TGCCGATTCGCGGTAGCGACGCDGGTGACGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAADGCGCGGGICTAIAGDACA 1.000000 73 TGCCGATTCGCGGTAGCGTCGCIGGTGACGGGTATAGCCTCGACTGATGAAAADGCGCGGADCTAIAGDACA 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (4,29) D002: (30,34) D003: (36,53) D004: (12,19) D005: (3,8) D006: (29,29) D007: (13,54) D008: (13,17) D009: (29,58) D010: (5,27) D011: (29,62) D012: (35,62) D013: (32,36) D014: (52,67) D015: (38,2) DY01: (29,31) DY02: (13,56) DY03: (21,61) DY04: (16,52) DY05: (29,37) DY06: (7,25) DY07: (29,29) DY08: (52,55) DY09: (15,33) DY10: (1,29) DY11: (56,62) DY12: (29,60) E101: (50,66) E102: (4,63) E103: (46,50) E104: (41,59) E105: (40,50) E106: (50,69) E107: (11,13) E108: (13,26) E109: (13,66) E110: (49,71) E111: (42,43) E112: (13,66) E113: (42,69) E114: (13,13) E115: (11,70) E116: (13,68) E117: (18,43) E118: (13,70) E119: (4,49) E120: (11,42) E121: (13,47) E122: (13,67) H101: (4,19) H102: (13,21) H103: (19,43) H104: (13,13) H105: (29,50) H106: (50,66) H107: (4,13) H108: (9,44) H109: (13,67) H110: (13,13) H111: (13,67) H112: (66,66) H113: (10,66) H114: (10,71) H115: (28,50) H116: (13,43) H117: (57,67) H118: (13,49) H119: (68,73) H120: (39,65) H121: (10,42) H122: (13,49) X101: (6,64) X102: (22,50) X103: (11,50) X104: (13,13) X105: (13,50) X106: (13,64) X107: (13,13) X108: (11,19) X109: (4,50) X110: (21,23) X111: (22,45) X112: (13,19) X113: (6,19) X114: (13,22) X115: (14,72) X116: (4,13) X117: (19,50) X118: (5,13) X119: (6,13) X120: (48,51) X121: (19,20) X122: (24,69) X123: (4,19) X124: (24,64) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G D G C G T G A G I C T T I A A D G C A A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G C G A G I C T T D G A D G A A 0 D002 A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G C G A G I C T T D G A D G A T A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A C A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G C G A G I C T T D G A D G A T 0 D003 A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A (C) A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G (T) G A G I C T T (I) (A) A D G A A A C T G A A T T C G C C G T A A T G A G G C I G G T G G T G G G T A (T) A G C T T C G A C T G A T G G A A A D A G G (C) G A G I C T T (D) (G) A D G A A 0 D004 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A (T) A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G A T A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A (C) A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 D005 A C T C G A T T C G C G G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T G A T G G A A A D A G G C G G G I C T A I A G D A A A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G C G A G I C T A I A G D A A A 0 D006 A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G C G A G I C T T D G A D G A A A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G C G A G I C T T D G A D G A A 0 D007 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G (T) G A G I (T) T T I A A D G (C) A A C T G A A T T C G C C G T A A T G A G G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T G A T G G A A A D A G G (C) G A G I (C) T A I A A D G (A) A 0 D008 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G (C) (A) A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T A A G I C C T I A A D G (A) (T) 0 D009 A C (T) C G A T T C T T C G T A A T G A C (G) C I G G T G G T G G G T A T A G (C) T T C G A C T A A C G G A A A D A G G C G A G I C T T D G A D G A A A C (C) C G A T T C G C G G T A G T G A G (A) C I G G T G G C G G G T A T A G (T) T T C G A C T G A T G A G A A I G C G C G A G I C T T D G A D G A A 0 D010 A C T C G A T T C G C G G T A G (T) A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G (D) G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G (C) G A G G C I G G T G G C G G G T A T A G C T T C G A C T G A T G A G A A (I) G C G C G A G I C T A I A G D A C A 0 D011 A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G C G A G I C T T D G A D G A A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G A G I C T T D G A D G A A 0 D012 A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A C A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G C G G G I C T A I A G D A A A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G A G I C T T D G A D G A A 0 D013 A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G T G A G I C T T I A A D G C A A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A C A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G T G A G I C T T I A A D G A A 0 D014 A C T G A A T T C G C C G T A A T G A G G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T G A T G G A A A D A G G C G A G I C T T I G A D G (A) A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A (C) A 0 D015 A C T C G (G) T T C G C (G) G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G C G A G I C T T D G A D G A A A C T C G (A) T T C G C (C) G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T G A T G G A A A D A G G C G G G I C T A I A G D A A A 0 DY01 A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G C G A G I C T T D G A D G A A A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G C G A G I C T T D G A D G C A 0 DY02 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T G A A T T C G C C G T A A T G A G G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T G A T G G A A A D A G G T G A G I C T T I A A D G A A 0 DY03 (A) (C) T C G A T T C G C G G T A G T G A G G C I G G T G G C A G G T A T A G C T T C G A C T G A T A A G A A I G C A T G A G I C C T I A A I G (A) A (T) (G) T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G (C) A 0 DY04 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T (C) T I A A D G (C) A A C T G A A T T C G C C G T A A T G A G G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T G A T G G A A A D A G G C G A G I C (T) T I G A D G (A) A 0 DY05 A C T C G A T T (C) T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G C G A G I C T T D G A D G A A A C T C G A T T (G) G C G G T A G T G A G G C I G G T G G C G G G T A T A G C [C] T C G A C T G A T G A A A G D G C G C G A G I C T T I G A D G A A 0 DY06 A C T C G A T T C G C G G T A G T (A) T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G C G A G I C T T D G A D G A A A C T C G A T T C G C G G T A G T (G) T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G A A 0 DY07 A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G C G A G I C T T D G A D G A A A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G C G A G I C T T D G A D G A A 0 DY08 A C T G A A T T C G C C G T A A T G A G G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T G A T G G A A A D A G G C G A G I C T T I G A D G A (A) A C T G A A T T C G C C G T A A T G A G G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T G A T G G A A A D A G G C G G G I C T A I A G D A A (T) 0 DY09 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T (C) T I A A D G A A A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T A A T G G A A A D A G G C G A G I C (T) T D G A D G A A 0 DY10 A C T C G A T T C G C C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T G A T G G A A A D A G G C G A G I C T T I G A D G C T A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G C G A G I C T T D G A D G A A 0 DY11 A C T G A A T T C G C C G T A A T G A G G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T G A T G G A A A D A G G T G A G I C T T I A A D G A A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G A G I C T T D G A D G A A 0 DY12 A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G (C) G A G I C T T (D) (G) A D G A A T C C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G (T) G A G I C T T (I) (A) A D G A A 0 E101 A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G (C) (A) T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A (A) (T) 0 E102 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G D G C G T G A G I C T T I A A D G C A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G A G I C T T D G A D G C A 0 E103 A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G T G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G C A A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G C A 0 E104 A C T C G G A G G G C G G T G G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G T T G A G A G I G C G (T) G (A) (G) (I) C (C) (T) I A (A) (I) (G) (C) (A) A [C] C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G (C) G (G) (A) (D) C (T) (A) I A (G) (D) (A) (A) (T) 0 E105 A C T C G G A G G G C G G T G G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G T T G A G A G I G C G (C) (G) (G) (A) [D] C (T) (A) I A (G) D (A) (A) (T) A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G (T) (A) (A) (G) [I] C (C) (T) I A (A) D (G) (C) (A) 0 E106 A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G C A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 E107 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G A A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 E108 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A C T 0 E109 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G (C) (A) T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A (A) (T) 0 E110 A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G A T T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T [C] A T G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A A T 0 E111 A C T C G G A G G G C G G T G G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G T T G A G A G I G C G T A A G I C C T I A A D G A T A C T C G G A G G G C G G T G G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G T T G A G A G I G C G T A A G I C C T I A A D G C A 0 E112 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G (C) (A) T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A (A) (T) 0 E113 A C T C G G A G G G C G G T G G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G T T G A G A G I G C G T A A G I C C T I A A D G A T T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 E114 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 E115 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G (A) A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G T [A] A G I C C T I A A D G (C) A 0 E116 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C (A) T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A C (T) 0 E117 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T [A] A G I C C T I A A D G C (T) A C T C G G A G G G C G G T G G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G T T G A G A G I G C G T [A] A G I C C T I A A D G C (A) 0 E118 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T (G) A G I (T) (T) T I A A D G C A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G T (A) A G I (C) (C) T I A A D G C A 0 E119 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G D G C G T G A G I C T T I A A D G C A A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G A T 0 E120 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G A A A C T C G G A G G G C G G T G G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G T T G A G A G I G C G T A A G I C C T I A A D G A T 0 E121 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G (T) G (A) (G) [I] (T) T (T) I A (A) D (G) C A A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G (C) G (G) (A) [D] (C) T (A) I A (G) D (A) C A 0 E122 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A C A 0 H101 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G D G C G T G A G I C T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A C A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 H102 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G (C) A A C T C G A T T C G C G G T A G T G A G G C I G G T G G C A G G T A T A G C T T C G A C T G A T A A G A A I G C A T G A G I C C T I A A I G (A) A 0 H103 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A C A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T C G G A G G G C G G T G G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G T T G A G A G I G C G T A A G I C C T I A A D G C A 0 H104 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 H105 A C T C G A T T C T T C G T A A T G A C G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T A A C G G A A A D A G G C G A G I C T T D G A D G A A A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G C A 0 H106 A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G (C) (A) T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A (A) (T) 0 H107 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G D G C G T G A G I C T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 H108 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G C G G G I (C) T A I A G D G A T A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C G G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A A G D G C G T A A G I (T) C T I A A D G C A 0 H109 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A C A 0 H110 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 H111 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A C A 0 H112 T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T [G] A [C] G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A A T T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A A T 0 H113 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G C G G A D C T A I A G D A (C) (A) T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A (A) (T) 0 H114 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G C G G A D C T A I A G D A C A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T C A [T] G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A A T 0 H115 A C T C G A T T C G C G G C G G T G [A] G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G (A) A A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G (C) A 0 H116 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T C G G A G G G C G G T G G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G T T G A G A G I G C G T A A G I C C T I A A D G C A 0 H117 A C T G A A T T C G C C G T A A T G A G G C I G G T G G T G G G T A T A G C T T C G A C T G A T G G A A A D A G G T G A G I T T T I A A D G C A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A C A 0 H118 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G (C) (A) A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G (A) (T) 0 H119 T G C C G A T T C G C G G T A G C G (A) C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A C T T G C C G A T T C G C G G T A G C G (T) C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G A D C T A I A G D A C A 0 H120 A C T C G G A G G G C G G T G G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G T T G A G A G I G C G [C] G (A) (G) [I] (T) T (T) I A (A) D (G) (C) (A) T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G [C] G (G) (A) [I] (C) T (A) I A (G) D (A) (A) (T) 0 H121 A C T C G A (T) (T) (C) G C G G T (A) G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G (A) T G A G A G I G C G C G G A D C T A I A G D A (C) (A) A C T C G [G] (A) (G) (G) G C G G T (G) G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G (T) T G A G A G I G C G T A A G I C C T I A A D G (A) (T) 0 H122 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G (C) (A) A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G (A) (T) 0 X101 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G C G A G I C T T I A A D G C A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G G I C T A I A G D A C A 0 X102 A C T C G A T T C G C G G T A G T G A G G C I G G T G G C A G G T A T A G C T T C G A C T G A T A A G A A I G C A T G A G I C C T I A A I G C A A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G C A 0 X103 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G (A) A A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G (C) A 0 X104 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 X105 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G C A 0 X106 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G G I C T A I A G D A C A 0 X107 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A [T] A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 X108 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A (T) A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G A A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A (C) A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 X109 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G D G C G T G A G I C T T I A A D G C A A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G C A 0 X110 A C T C G A T T C G C G G T A G T G A G G C I G G T G G C A G G T A T A G C T T C G A C T G A T A A G A A I G C A T G A G I C C T I A A I G (A) A A C T C G A T T C G C G G T A G T G A G G C I G G T G G C A G G T A T A G C T T C G A C T G A T A A G A A I G C A T G A G I T T T I A G D G (C) A 0 X111 A C T C G A T T C G C G G T A G T G A G G C I G G T G G C A G G T A T A G C T T C G A C T G A T A A G A A I G C A T G A G I C C T I A A I G C A A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C G G C A T G A G T G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G C A 0 X112 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A C A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 X113 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A (T) A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G C G A G I C T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A (C) A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 X114 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G T G A G G C I G G T G G C A G G T A [T] A G C T T C G A C T G A T A A G A A I G C A T G A G I C C T I A A I G C A 0 X115 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A G D G C A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C D G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G G I C T A I A G D A C A 0 X116 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G D G C G T G A G I C T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 X117 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A (C) A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G (T) G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G C A 0 X118 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G D G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 X119 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G C G A G I C T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 X120 A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G (T) G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T C G G A G G G C G A C G G T G A G A A I A A C C G C A T G A G (C) G G T T T G A C G C G A T G A A G G D G C G T A A G I C C T I A A D G C A 0 X121 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A C A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G G I C T A I A G D A C A 0 X122 A C T C G A T T C G C G G T A G T G A G G C I G G T G G C A G G T A C A G C T T C G A C T G A T A A G A A I G C A T G A G I C C T I A A I G C A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 X123 A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A T A C C T C C G A C T G A T G A G A G D G C G T G A G I C T T I A A D G C A A C T C G A T T C G C G G T A G T A T G G C D G G T G G C A G T T A C A C C T C C G A C T G A T G A G A G I G C G T G A G I T T T I A A D G C A 0 X124 A C T C G A T T C G C G G T A G T G A G G C I G G T G G C A G G T A C A G C T T C G A C T G A T A A G A A I G C A T G A G I C C T I A A I G C A T G C C G A T T C G C G G T A G C G A C G C I G G T G A C G G G T A T A G C C T C G A C T G A T G A A A A D G C G C G G G I C T A I A G D A C A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = ? ? = ? = = G ? G = = = G = A ? G = = D = ? = = = C A = T = = = = C = = C ? ? = = ? ? = T = ? G = G = G ? = T = = = = = = = I A = ? = C = = = = ? ? = ? = = T ? C = = = A = G ? C = = I = ? = = = T G = G = = = = G = = T ? ? = = ? ? = C = ? A = A = A ? = C = = = = = = = D G = ? = A = 0 D002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D003 = = = C G = ? = = T T = = = = ? = = ? C = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = A = C = = = = ? = = = = (T) = = = = = = = (I) (A) = = = = = = = = G A = ? = = G C = = = = ? = = ? G = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = G = T = = = = ? = = = = (C) = = = = = = = (D) (G) = = = = = 0 D004 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = C A 0 D005 = = = = = = = = = = = = = = = A = G ? C = = I = = = = = T G = G = = ? = G = = T = = ? = = = = = = G A = ? D A G = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = A ? G = = D = = = = = C A = T = = ? = C = = C = = ? = = = = = = A G = ? I G C = = = A = = = = = = = = = = = = 0 D006 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D007 = = = C G = ? = = = = G = = = G = A T = = = D = = = = = C A = T = = = = C = = C = = = = = = = = ? A ? = G I G C = (T) = = = = (T) = T = = = = = (C) = = = = G A = ? = = = = C = = = A = G A = = = I = = = = = T G = G = = = = G = = T = = = = = = = = ? G ? = A D A G = (C) = = = = (C) = A = = = = = (A) = 0 D008 = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = G = = ? T T = = = = = = (C) (A) = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = A = = ? C C = = = = = = (A) (T) 0 D009 = ? (T) ? ? ? = = = T T C = = = A = = = C (G) = = = ? = = = T = = = = = = = = (C) = = = = = = = A = C = ? A = = D A G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? (C) ? ? ? = = = G C G = = = G = = = G (A) = = = ? = = = C = = = = = = = = (T) = = = = = = = G = T = ? G = = I G C = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D010 = = = = = = = = = = = = = = = = (T) A T = = = D = = = = = = A = T = = = = C = = C = = = = = = = = = = = = G (D) = = = T = = = = T = T = = A ? G = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) G A = = = I = = = = = = G = G = = = = G = = T = = = = = = = = = = = = A (I) = = = C = = = = C = A = = G ? A = = 0 D011 A C T = = = = = = ? T C = = = A T = = = = = = = = = = G T = = = = = = = = = T = = = = = = A = C = G ? = = = A G = = = = = = = = = ? ? = = = = = T G C = = = = = = ? C G = = = G C = = = = = = = = = = A C = = = = = = = = = C = = = = = = G = T = A ? = = = G C = = = = = = = = = ? ? = = = = = 0 D012 A C T = = = = = = ? T C = = = A T = = = = = = = = = = G T = = = ? = C = = = T = = = = = = A = C = G ? ? ? = A G = = = G = = = = A I A G = A = = T G C = = = = = = ? C G = = = G C = = = = = = = = = = A C = = = ? = T = = = C = = = = = = G = T = A ? ? ? = G C = = = A = = = = T D G A = G = = 0 D013 = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? C = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? A = 0 D014 A C T G A = = = = = = C = = = A T = = G = = = = = = = G T = = = ? = = = = = T = = = = = = = = = = G = = = = A G = = = A G I = = T = G A = G (A) = T G C C G = = = = = = G = = = G C = = C = = = = = = = A C = = = ? = = = = = C = = = = = = = = = = A = = = = G C = = = G A D = = A = A G = A (C) = 0 D015 = = = = = (G) = = = = = (G) = = = G = A T G = = D = = = = = C A = T = = = = C = = C = = = = = = = = ? A G = G I G C = = = A = = = = T D G A = G = = = = = = = (A) = = = = = (C) = = = A = G A C = = I = = = = = T G = G = = = = G = = T = = = = = = = = ? G A = A D A G = = = G = = = = A I A G = A = = 0 DY01 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = A = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = 0 DY02 = = = C G = = = = = = G = = = G = A T = = = D = ? = = = C A = T = = = = C = = C = = = = = = = = ? A ? = G ? G C = = = = = = T = = = = = = = C = = = = G A = = = = = = C = = = A = G A = = = I = ? = = = T G = G = = = = G = = T = = = = = = = = ? G ? = A ? A G = = = = = = C = = = = = = = A = 0 DY03 (A) (C) = = = A T T C = = = G T A ? = = ? = G C = G G T G = ? = G = T A = A = C = = C G A C T = = = A = G A A I = = A = G = = = = = = = = = I = (A) = (T) (G) = = = G A G G = = = A C G ? = = ? = A A = A A C C = ? = T = A G = G = T = = G A C G C = = = G = A G G D = = G = A = = = = = = = = = D = (C) = 0 DY04 = = = C G = = = = = = G = = = G = A T = = = D = = = = = C A = T = = = = C = = C = = = = = = = = = A G = G I G C = T = ? = = T (C) = = A = ? = (C) = = = = G A = = = = = = C = = = A = G A = = = I = = = = = T G = G = = = = G = = T = = = = = = = = = G A = A D A G = C = ? = = C (T) = = G = ? = (A) = 0 DY05 = = = = = = = = (C) T T C = = = A = = = C = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = ? ? = = = = = A = ? = G = = A = A G = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = (G) G C G = = = G = = = G = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = ? ? = = = = = G = ? = A = = G = G C = = = = = = = = = I = = = = = = 0 DY06 ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = C = = D G = ? = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = T = = I A = ? = = = 0 DY07 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY08 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = T = G A = G = (A) = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = A = A G = A = (T) 0 DY09 = = = = = = = = = G C G = = = G = A T G = = D = = = = = C A = T = = = = C = = C = = = = = G = = = A G = G I G C = T = = = = T (C) = I A = = = = = = = = = = = = = = T T C = = = A = G A C = = I = = = = = T G = G = = = = G = = T = = = = = A = = = G A = A D A G = C = = = = C (T) = D G = = = = = 0 DY10 = = = = ? = = = = G C = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = T = = ? = = = = = = = = = = = = = = I = = = = C T = = = = ? = = = = T T = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = C = = ? = = = = = = = = = = = = = = D = = = = A A 0 DY11 A C T G A = = = = = = C = = = A T = = G = = = = = ? = G ? = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G = = = = A G = T = = = = = = = I A = = = = = T G C C G = = = = = = G = = = G C = = C = = = = = ? = A ? = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A = = = = G C = C = = = = = = = D G = = = = = 0 DY12 A = T = = = = = = T T C = = = A T = = = = = = = = ? = G T = = = = = = = = = T = = = = = = A = C = ? = = = = ? G = (C) = = = = = = = (D) (G) = ? = = = T = C = = = = = = G C G = = = G C = = = = = = = = ? = A C = = = = = = = = = C = = = = = = G = T = ? = = = = ? C = (T) = = = = = = = (I) (A) = ? = = = 0 E101 A C T = = G A G G = = = A C G = T = = G A A = A A C C G = A T = ? G = G = T T = G A C G C = = = = = ? G G = = = = T A A G I = C T = = A = G (C) (A) T G C = = A T T C = = = G T A = C = = C G C = G G T G A = G G = ? A = A = C C = C G A C T = = = = = ? A A = = = = C G G A D = T A = = G = A (A) (T) 0 E102 ? ? T = = = = = = = = = = = = = T A T G = = D = = = ? G = A = T = = = = C = T C = = = = = = = = = = G = G = = = = T = = = = = = = I A = = = = = ? ? C = = = = = = = = = = = = = C G A C = = I = = = ? A = G = G = = = = G = C T = = = = = = = = = = A = A = = = = C = = = = = = = D G = = = = = 0 E103 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = T = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = C = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E104 = ? T ? ? G A G G = = = = = G = T A ? G = = D = = ? = G = A = T = = = = C = T C = = = = = = T = = = ? = G I = ? ? (T) = (A) (G) (I) = (C) (T) = = (A) (I) (G) (C) (A) = ? C ? ? A T T C = = = = = A = C G ? C = = I = = ? = A = G = G = = = = G = C T = = = = = = A = = = ? = A D = ? ? (C) = (G) (A) (D) = (T) (A) = = (G) (D) (A) (A) (T) 0 E105 = = = = = = = = = = = = G T = = = ? T = G C D G G T G = = = G T ? A = A C C = C C G A C T = T = = = G A = I = = = (C) (G) (G) (A) ? = (T) (A) = = (G) = (A) (A) (T) = = = = = = = = = = = = A C = = = ? A = A A I A A C C = = = T G ? G = G G T = T G A C G C = A = = = A G = D = = = (T) (A) (A) (G) ? = (C) (T) = = (A) = (G) (C) (A) 0 E106 A C ? = = G A ? G = ? = A C G = T = = G A A = A ? C C G ? A T = A G = G = T T = G A C G ? = = = = = = G G = = = = = A = = = C C = = = = ? = = = T G ? = = A T ? C = ? = G T A = C = = C G C = G ? T G A ? G G = T A = A = C C = C G A C ? = = = = = = A A = = = = = G = = = T T = = = = ? = = = 0 E107 = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = A = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = 0 E108 = = = = = = = = = = = = = = = = T A T G = = ? = ? = = G = A = T ? = = ? C = T C = = = = = = = = = = G = G ? ? = = T = A G I T = T = = A ? ? = A = = = = = = = = = = = = = = = = C G A C = = ? = ? = = A = G = G ? = = ? G = C T = = = = = = = = = = A = A ? ? = = C = G A D C = A = = G ? ? = T 0 E109 A C T = = = ? = = = = = = = = = T A T G = = D = ? = = G = A = T = = = = C = T C = = = = = = = = = = G = G I = = = T = A ? ? T = T = = A ? ? (C) (A) T G C = = = ? = = = = = = = = = C G A C = = I = ? = = A = G = G = = = = G = C T = = = = = = = = = = A = A D = = = C = G ? ? C = A = = G ? ? (A) (T) 0 E110 A ? T = = ? A G G = = = A C G = T ? = G A ? = A ? ? ? G C A T = ? G = ? = T T ? G A C G C = = = = = = G G = = = = T A A G I = C T = = A ? ? = = T ? C = = ? T T C = = = G T A = C ? = C G ? = G ? ? ? A T G G = ? A = ? = C C ? C G A C T = = = = = = A A = = = = C G G A D = T A = = G ? ? = = 0 E111 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C A 0 E112 A C T = = = = = = = = = = = = = T A T G = = D = = = = G = A = T = = = = C = T C = = = = = = = = = = G = G I = = = T = A G I T = T = = A = G (C) (A) T G C = = = = = = = = = = = = = C G A C = = I = = = = A = G = G = = = = G = C T = = = = = = = = = = A = A D = = = C = G A D C = A = = G = A (A) (T) 0 E113 A ? ? = = G A G G = = = = = G = T A T G = = ? = ? = = G = A = T = = = = C = T C = = = = = = T = = = G = G I = = = = A = = = C C = = = = = = A T T ? ? = = A T T C = = = = = A = C G A C = = ? = ? = = A = G = G = = = = G = C T = = = = = = A = = = A = A D = = = = G = = = T T = = = = = = C A 0 E114 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0 E115 A C T = = ? = = = = = = = = = = T A ? G = = D = ? = = ? = A = T = = = = C = T C = = = = = = = = = = ? = G I = = = ? ? = = = T T = = = = ? ? (A) = T G C = = ? = = = = = = = = = = C G ? C = = I = ? = = ? = G = G = = = = G = C T = = = = = = = = = = ? = A D = = = ? ? = = = C C = = = = ? ? (C) = 0 E116 A C T = = ? = = = = = = = = = = T A T G = = ? = = = = G = A = T ? = = ? C = T C = = = = = = = = = = G = G I = = = T = A G I T = T = = A ? G = (A) T G C = = ? = = = = = = = = = = C G A C = = ? = = = = A = G = G ? = = ? G = C T = = = = = = = = = = A = A D = = = C = G A D C = A = = G ? A = (T) 0 E117 = = = = = A T T C = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = (T) = = = = = G A G G = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = (A) 0 E118 A C T = = = = = = = = = = = = ? T A T G = = D = = = = ? ? A = T ? = = = C = T C = = = = = = = = = = G = G I = = = = (G) = = = (T) (T) = = = = ? = = = T G C = = = = = = = = = = = = ? C G A C = = I = = = = ? ? G = G ? = = = G = C T = = = = = = = = = = A = A D = = = = (A) = = = (C) (C) = = = = ? = = = 0 E119 = = = = = A T T C = = = G T A ? = ? T = G C D G G ? G = = = G T ? A = A C C ? ? C G A C T = = = = = ? A = = = = = = G = = = = T = = = = = = C A = = = = = G A G G = = = A C G ? = ? A = A A I A A ? C = = = T G ? G = G G T ? ? G A C G C = = = = = ? G = = = = = = A = = = = C = = = = = = A T 0 E120 = = = = = A T T C = = = = = A = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = ? = = = = = = = G = = = T T = = = = ? = = A = = = = = G A G G = = = = = G = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = ? = = = = = = = A = = = C C = = = = ? = = T 0 E121 = = = = = A ? T C = = = G T A = = ? ? = G C D G G T G = = = G T T A = A C C = ? C G A C T = = = = = ? A = I = = ? (T) = (A) (G) ? (T) = (T) = = (A) = (G) = = = = = = = G ? G G = = = A C G = = ? ? = A A I A A C C = = = T G A G = G G T = ? G A C G C = = = = = ? G = D = = ? (C) = (G) (A) ? (C) = (A) = = (G) = (A) = = 0 E122 A C T = = = = = = = = = = = = = T A ? G = = D = ? = = G = A = T = = = = C = T C = = = = = = = = = = G = G I = = = T = A G I T = T = = A = ? = = T G C = = = = = = = = = = = = = C G ? C = = I = ? = = A = G = G = = = = G = C T = = = = = = = = = = A = A D = = = C = G A D C = A = = G = ? = = 0 H101 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = ? ? ? = = = C = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = ? ? ? = = = T = = = = = = = = = 0 H102 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = A T = = = ? = = = = = ? = = T ? = = = C = = C = = = = = = = = G = = = ? = = = G = = = = = T T = = = = ? = (C) = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = G A = = = ? = = = = = ? = = G ? = = = G = = T = = = = = = = = A = = = ? = = = A = = = = = C C = = = = ? = (A) = 0 H103 = = = = = A ? T C = = ? = = A = = = = = = = = = ? = = = ? = = = ? = C = = = = ? = = = = = = A = = = = = ? = = = = = G = = = T T = = = = = = = = = = = = = G ? G G = = ? = = G = = = = = = = = = ? = = = ? = = = ? = T = = = = ? = = = = = = T = = = = = ? = = = = = A = = = C C = = = = = = = = 0 H104 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = 0 H105 = = = = = A ? T C T T C G T A A = = = C G C = G G ? G = ? G G = ? A = A = C = = C G A C T A = C = G = A A = A G = C G = = = = T = D G = = = A = = = = = = G ? G G G C G A C G G = = = G A A = A A ? C = ? A T = ? G = G = T = = G A C G C G = T = A = G G = G C = T A = = = = C = I A = = = C = 0 H106 A C T = = G A G G = = = A C G = T = = G A A = A A C C G ? A T = A G = G = T T = G A C G C = = = = = ? G G = = = = T A A G I = C T = = A ? G (C) (A) T G C = = A T T C = = = G T A = C = = C G C = G G T G A ? G G = T A = A = C C = C G A C T = = = = = ? A A = = = = C G G A D = T A = = G ? A (A) (T) 0 H107 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? D = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? I = = = = = = = = T = = = = = = = = = 0 H108 = = = ? ? ? T T C = = = G T A = = ? ? = G C D G ? T = = = = G T T A = A C C = C C G A C ? ? = = = = G = = I = = = C G G = = (C) T A = = G = = A T = = = ? ? ? A G G = = = A C G = = ? ? = A A I A ? C = = = = T G A G = G G T = T G A C G ? ? = = = = A = = D = = = T A A = = (T) C T = = A = = C A 0 H109 A C T = = ? = = = = = = = = = = T A T G = = D = = = = G = A = T = = = = C = T C = = = = = = = = = = G = G I ? = = ? ? A G I T = T = = A = G = = T G C = = ? = = = = = = = = = = C G A C = = I = = = = A = G = G = = = = G = C T = = = = = = = = = = A = A D ? = = ? ? G A D C = A = = G = A = = 0 H110 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 H111 A C T = = = = = = = = = = = = = T A T G = = D = = ? = G ? A = T ? = = = C = T C = = = = = = = = = = G = G I = = = T = A G I T = T = = A = G = = T G C = = = = = = = = = = = = = C G A C = = I = = ? = A ? G = G ? = = = G = C T = = = = = = = = = = A = A D = = = C = G A D C = A = = G = A = = 0 H112 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = ? ? ? = = = ? = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = ? ? ? = = = ? = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = 0 H113 A C T = = = = = = = = = = = = ? T A T G = = D = = = = G ? A = T ? = = = C = T C = = = = = = = = = = G = G I = = = = = = = = = = = = = = ? = (C) (A) T G C = = = = = = = = = = = = ? C G A C = = I = = = = A ? G = G ? = = = G = C T = = = = = = = = = = A = A D = = = = = = = = = = = = = = ? = (A) (T) 0 H114 A C T = = = = = = = = = = = = = T A T G = = D = = = G G ? A = T ? ? = = ? ? T ? = = = = = = = = = = ? = G I = = = = = = = = = = = = = = ? ? C A T G C = = = = = = = = = = = = = C G A C = = I = = = C A ? G = G ? ? = = ? ? C ? = = = = = = = = = = ? = A D = = = = = = = = = = = = = = ? ? A T 0 H115 ? ? = = = A T T ? = = = G = = = = = ? = G C D G ? T G = = = G T T A = A C C = C C G A C T = = = = = G A = I = = = = G = = = T T = = = = ? ? (A) = ? ? = = = G A G ? = = = A = = = = = ? = A A I A ? C C = = = T G A G = G G T = T G A C G C = = = = = A G = D = = = = A = = = C C = = = = ? ? (C) = 0 H116 ? ? = ? ? ? T T C ? = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? = = = ? = = = ? ? ? = = = = = ? ? = = = = A = = = ? = = = = = = ? ? ? ? ? T ? ? ? ? ? = = = = ? ? = ? ? ? A G G ? = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? = = = ? = = = ? ? ? = = = = = ? ? = = = = T = = = ? = = = = = = ? ? ? ? ? C ? ? ? ? ? = = = = 0 H117 A C T G A = = = = = = C = = = A T = ? G = = = = = = = G T = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G = = = = A G = T = A G I T = T = = A ? G = = T G C C G = = = = = = G = = = G C = ? C = = = = = = = A C = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A = = = = G C = C = G A D C = A = = G ? A = = 0 H118 = = = = = A T T C = = = G T A = = ? T = G C D G G T G = = = G T T A = A C C = C C G A C T = = = = = G A = I = = = ? ? = = = T T = = = = = = (C) (A) = = = = = G A G G = = = A C G = = ? A = A A I A A C C = = = T G A G = G G T = T G A C G C = = = = = A G = D = = = ? ? = = = C C = = = = = = (A) (T) 0 H119 = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = (A) = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = ? = = = ? ? = ? = = T = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = (T) = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = ? = = = ? ? = ? = = A 0 H120 A C T = = ? A G G = = = = = G = T A ? G = = D = = = ? ? ? A = T ? = = = C = T C = = = = = = T = = = ? = G I = = = ? ? (A) (G) ? (T) = (T) = = (A) ? (G) (C) (A) T G C = = ? T T C = = = = = A = C G ? C = = I = = = ? ? ? G = G ? = = = G = C T = = = = = = A = = = ? = A D = = = ? ? (G) (A) ? (C) = (A) = = (G) ? (A) (A) (T) 0 H121 = = = = = ? (T) (T) (C) = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = (A) = = = = = = = = = = C G G A D = T A = = G ? A (C) (A) = = = = = ? (A) (G) (G) = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = (T) = = = = = = = = = = T A A G I = C T = = A ? G (A) (T) 0 H122 = = = = = A T T C = = = G T A = = ? T = G C D G G T G = = = G T T A = A C C = C C G A C T = = = = = G A = I = = = = G = = = T T = = = = ? = (C) (A) = = = = = G A G G = = = A C G = = ? A = A A I A A C C = = = T G A G = G G T = T G A C G C = = = = = A G = D = = = = A = = = C C = = = = ? = (A) (T) 0 X101 A C T = = = = = = = = = = = = = T A T G = = D = = = = G = A = T = = = = C = T C = = = = = = = = = = ? = G I = = = = = A = = = = T = = A ? G = = T G C = = = = = = = = = = = = = C G A C = = I = = = = A = G = G = = = = G = C T = = = = = = = = = = ? = A D = = = = = G = = = = A = = G ? A = = 0 X102 = = = ? ? A T T C = = = G T A = = ? ? = G C = G ? T G = = = G = T A = A = C = = C G A C T = = = A = G A A I = = A = G = = = = ? = = = = I = = = = = = ? ? G A G G = = = A C G = = ? ? = A A = A ? C C = = = T = A G = G = T = = G A C G C = = = G = A G G D = = G = A = = = = ? = = = = D = = = 0 X103 = = = = = ? ? T C = = = G T A = = ? ? = G C D G G T G = = = G T T A = A C C = C C G A C T = = = = = G A = I = = = ? ? = = = T T = = = = = = (A) = = = = = = ? ? G G = = = A C G = = ? ? = A A I A A C C = = = T G A G = G G T = T G A C G C = = = = = A G = D = = = ? ? = = = C C = = = = = = (C) = 0 X104 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X105 = = = = = A T T C = ? = G T A = = ? ? = G C D G G T G = ? = G T ? ? ? A C C = C C G A C T = = = = = G A = ? = = = = G = = = T T = ? ? = ? = = = = = = = = G A G G = ? = A C G = = ? ? = A A I A A C C = ? = T G ? ? ? G G T = T G A C G C = = = = = A G = ? = = = = A = = = C C = ? ? = ? = = = 0 X106 A C T = = = = = = = = = = = = ? T A T G = = D = = ? ? ? ? A = T = = = = C = T C = = = = = = = = = = G = G I ? ? ? T = A = = T = T = = A = G = = T G C = = = = = = = = = = = = ? C G A C = = I = = ? ? ? ? G = G = = = = G = C T = = = = = = = = = = A = A D ? ? ? C = G = = C = A = = G = A = = 0 X107 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = 0 X108 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = (T) = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? A = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = (C) = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? C = 0 X109 = = = = = A T T C = = = G T A ? ? ? ? = G C D G G T G = = = G T T A ? A C C = C C G A C T = = = ? = G A = = = = = = G = = = = T = = = = = = = = = = = = = G A G G = = = A C G ? ? ? ? = A A I A A C C = = = T G A G ? G G T = T G A C G C = = = ? = A G = = = = = = A = = = = C = = = = = = = = 0 X110 = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C C = = = A I = (A) = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = = = G D = (C) = 0 X111 = = = = = A T T C = = = G T A = = ? ? = G C = G G T = = = = G = T A = A = C = = C G A C T = = = A = G A A I = = A = G = = = = = = = = = I = = = = = = = = G A G G = = = A C G = = ? ? = A A = A A C = = = = T = A G = G = T = = G A C G C = = = G = A G G D = = G = A = = = = = = = = = D = = = 0 X112 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 X113 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = T = = = = = = = = = 0 X114 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = A ? = = = D = = = = = = = = T = = ? = C = = C = = = = = = = = G = = = G = = = G ? ? = = = T T = = = = D = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = G ? = = = I = = = = = = = = G = = ? = G = = T = = = = = = = = A = = = A = = = A ? ? = = = C C = = = = I = = = 0 X115 A C T = = = = = = = = = = = = = T A T G = = = = = = = G = A = T = = ? = C = T C = = = = = = = = = = G = G I = = = T = A = = T = T = = = = G = = T G C = = = = = = = = = = = = = C G A C = = = = = = = A = G = G = = ? = G = C T = = = = = = = = = = A = A D = = = C = G = = C = A = = = = A = = 0 X116 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = C = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = T = = = = = ? = = = 0 X117 = = = = = A T T C ? ? = G T A = = A ? = G C D G G ? G = = = G T T A (C) A C C = C C G A C T = = = = ? G A = I = ? ? = G ? = = T T = = = = = = = = = = = = = G A G G ? ? = A C G = = G ? = A A I A A ? C = = = T G A G (T) G G T = T G A C G C = = = = ? A G = D = ? ? = A ? = = C C = = = = = = = = 0 X118 = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X119 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? C = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? T = = = = T = = = = = = = = = 0 X120 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = T T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = C C = = = = = = = = 0 X121 ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = A = T = = C = C = T C = = = = = = = = = = G = ? I = = = T = A = = T = T = = A = G = = ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = G = G = = T = G = C T = = = = = = = = = = A = ? D = = = C = G = = C = A = = G = A = = 0 X122 A C T = = = ? = = = = = = = = = T = ? G = = = = = = = G = A = = = = C = = = T = = = = = = = = = A = G = = I = = A = = = = = C C = = = = I = = = T G C = = = ? = = = = = = = = = C = ? C = = = = = = = A = G = = = = T = = = C = = = = = = = = = G = A = = D = = G = = = = = T T = = = = D = = = 0 X123 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = C = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = T = = = = = ? ? = = 0 X124 A ? T = = = = = = = ? = = = = = T = = G = = = = = = = G = A = = = = C = = = T = = = = = = = = = A = G = = I = = A T = A = = = C T = = A I G = = T ? C = = = = = = = ? = = = = = C = = C = = = = = = = A = G = = = = T = = = C = = = = = = = = = G = A = = D = = G C = G = = = T A = = G D A = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = ? ? = ? = = 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 ? ? = = ? ? = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? = = 1.00 1.00 = = = = ? = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 0.83 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = ? = = = = 0.83 = = = = = = = 0.83 0.83 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0.66 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 0.99 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? = 1.00 = = 1.00 = = ? = = = = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = ? 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 0.88 = = = = 0.88 = 1.00 = = = = = 0.58 = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = = = = = = 0.76 0.87 = ? 0.58 ? ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 0.58 = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = = 0.58 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.68 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 0.79 = = = 0.93 = = = = 0.93 = 0.93 = = 0.93 ? 0.93 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 0.87 = = = = = = 0.52 = = = = = 0.72 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = ? 1.00 ? = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 0.97 = 0.50 0.50 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 0.82 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? = = 1.00 0.87 = = 1.00 = ? = 0.68 = = = = = = = = = 0.51 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = ? ? = = = = = 1.00 = ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = 0.61 = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 0.60 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 0.78 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 1.00 = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = ? = 1.00 ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 0.96 = = = = = = = 0.96 0.96 = = = = = 0.98 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = ? 1.00 = 0.77 = = = = = = = 0.77 0.77 = ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 0.63 0.65 ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0.99 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = ? = 1.00 1.00 = ? ? 0.64 = 0.64 0.64 0.64 = 0.64 0.64 = = 0.64 0.64 0.64 0.64 0.64 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 0.61 0.61 0.61 0.61 ? = 0.61 0.61 = = 0.61 = 0.61 0.84 0.84 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 ? 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? = ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? ? = 0.92 1.00 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 0.95 = 0.95 ? ? 0.95 = 0.95 = = 0.95 ? ? 0.78 0.84 1.00 ? 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 ? = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = ? = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 0.96 = 0.96 0.96 0.96 0.96 = 0.96 = = 0.96 = 0.96 0.81 0.88 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? = ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = 0.96 0.96 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = ? = = ? = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 = = = ? ? = = = 1.00 1.00 = = = = ? ? 0.67 = 0.99 0.99 0.99 = = ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 0.84 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = 0.57 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = ? ? 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 0.79 = = = 0.79 0.79 = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 0.93 0.93 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? = = 1.00 = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? 1.00 = 1.00 = = ? 0.70 = 0.70 0.70 ? 0.70 = 0.70 = = 0.70 = 0.70 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 0.93 = 0.93 0.93 0.93 0.93 = 0.93 = = 0.93 = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = ? = = 1.00 ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = ? = 0.69 = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = ? = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = ? = = = ? = 1.00 = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = ? 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 0.98 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 0.97 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 0.64 0.66 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 0.93 0.93 0.93 = = 0.63 0.93 0.93 = = 0.93 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = ? ? 0.92 0.92 0.92 0.92 = 0.92 = = 0.92 = 0.92 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? = 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 0.92 = 0.92 0.92 0.92 0.92 = 0.92 = = 0.92 = 0.92 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = ? ? ? = = = ? = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = 0.72 0.72 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? ? = = ? ? 1.00 ? = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? ? 0.81 = ? ? = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 ? = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = ? = = = ? = = = ? ? ? = = = = = ? ? = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = ? ? ? ? ? 0.99 ? ? ? ? ? = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? ? = = = 0.99 0.99 = = = = = = 0.83 0.83 = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = 0.56 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = ? = = = ? ? = ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = ? ? ? 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = ? = 1.00 1.00 = = = ? ? 0.53 0.53 ? 0.53 = 0.53 = = 0.53 ? 0.53 0.54 0.54 = = = = = ? 0.84 0.84 0.84 = = = = = 0.84 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 0.84 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 0.63 0.63 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 0.99 = = = 0.99 0.99 = = = = ? = 0.82 0.82 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = = = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? ? = = = 1.00 1.00 = = = = = = 0.74 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = ? = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? ? = ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0.79 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 0.84 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.87 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 ? ? = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 0.96 0.96 0.96 = = = = = = = = = = = = = 0.96 0.96 0.96 0.96 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 0.79 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? = 0.99 ? = = 0.99 0.99 = = = = = = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 0.55 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = ? 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 0.99 = = = = = ? ? = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = END PHASEPROBS