Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000098 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 000364 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 000495 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 000584 C 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 000868 A 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 000972 A 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 001004 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001097 G 0.11 0.19 0.00 0.02 0.08 A 0.89 0.81 1.00 0.98 0.92 0.20 0.31 0.00 0.04 0.15 001375 T 0.02 0.39 0.41 0.59 0.34 A 0.98 0.61 0.59 0.41 0.66 0.04 0.47 0.48 0.48 0.45 001458 C 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 001581 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001660 T 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.97 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 001665 G 0.15 0.21 0.15 0.20 0.18 T 0.85 0.79 0.85 0.80 0.82 0.25 0.34 0.26 0.33 0.29 001849 T 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 001867 G 0.15 0.26 0.14 0.14 0.17 T 0.85 0.74 0.86 0.86 0.83 0.26 0.39 0.24 0.24 0.28 001878 T 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.97 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 001890 T 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 C 1.00 1.00 0.95 0.95 0.97 0.00 0.00 0.10 0.09 0.05 001926 G 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.91 1.00 1.00 1.00 0.98 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 002488 T 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 002612 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 002636 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 002813 C 0.54 0.43 0.52 0.41 0.48 T 0.46 0.57 0.48 0.59 0.52 0.50 0.49 0.50 0.48 0.50 002830 - 0.02 0.38 0.40 0.61 0.34 + 0.98 0.62 0.60 0.39 0.66 0.04 0.47 0.48 0.47 0.45 003813 C 0.18 0.56 0.43 0.55 0.42 T 0.82 0.44 0.57 0.45 0.58 0.30 0.49 0.49 0.50 0.49 003835 T 0.02 0.19 0.25 0.16 0.15 C 0.98 0.81 0.75 0.84 0.85 0.04 0.31 0.38 0.27 0.25 003865 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 003899 G 0.17 0.00 0.09 0.08 0.09 A 0.83 1.00 0.91 0.92 0.91 0.28 0.00 0.17 0.15 0.16 003978 A 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 004019 G 0.02 0.20 0.25 0.15 0.15 A 0.98 0.80 0.75 0.85 0.85 0.04 0.33 0.38 0.25 0.25 004133 A 0.04 0.05 0.00 0.00 0.02 G 0.96 0.95 1.00 1.00 0.98 0.07 0.09 0.00 0.00 0.04 004192 T 0.02 0.20 0.25 0.15 0.15 C 0.98 0.80 0.75 0.85 0.85 0.04 0.33 0.38 0.25 0.25 004361 C 0.48 0.09 0.11 0.07 0.20 T 0.52 0.91 0.89 0.93 0.80 0.50 0.17 0.20 0.12 0.32 004365 G 0.48 0.09 0.11 0.07 0.20 T 0.52 0.91 0.89 0.93 0.80 0.50 0.17 0.20 0.12 0.32 004445 - 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 + 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 004846 T 0.04 0.52 0.39 0.59 0.37 C 0.96 0.48 0.61 0.41 0.63 0.08 0.50 0.47 0.48 0.47 005200 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 005249 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 005289 A 0.08 0.09 0.00 0.00 0.04 G 0.92 0.91 1.00 1.00 0.96 0.14 0.17 0.00 0.00 0.08 005404 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 005605 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 005620 A 0.13 0.09 0.00 0.00 0.06 G 0.87 0.91 1.00 1.00 0.94 0.23 0.17 0.00 0.00 0.11 005793 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 005795 A 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 005801 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 005808 T 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 006120 C 0.07 0.50 0.39 0.56 0.37 G 0.93 0.50 0.61 0.44 0.63 0.14 0.50 0.47 0.49 0.47 006461 C 0.09 0.00 0.05 0.00 0.04 T 0.91 1.00 0.95 1.00 0.96 0.17 0.00 0.09 0.00 0.07 006475 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 006571 A 0.04 0.41 0.39 0.54 0.33 G 0.96 0.59 0.61 0.46 0.67 0.07 0.48 0.47 0.50 0.44 006639 T 0.24 0.00 0.11 0.08 0.12 C 0.76 1.00 0.89 0.92 0.88 0.37 0.00 0.20 0.15 0.20 006658 T 0.09 0.00 0.05 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.95 1.00 0.96 0.17 0.00 0.09 0.00 0.07 006753 A 0.09 0.00 0.05 0.00 0.04 C 0.91 1.00 0.95 1.00 0.96 0.17 0.00 0.09 0.00 0.07 006761 G 0.17 0.50 0.39 0.56 0.39 A 0.83 0.50 0.61 0.44 0.61 0.28 0.50 0.47 0.49 0.48 007040 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 007294 C 0.02 0.21 0.25 0.15 0.15 T 0.98 0.79 0.75 0.85 0.85 0.04 0.34 0.38 0.25 0.25 007309 G 0.09 0.00 0.05 0.00 0.04 A 0.91 1.00 0.95 1.00 0.96 0.17 0.00 0.09 0.00 0.07 007330 T 0.11 0.19 0.20 0.21 0.18 G 0.89 0.81 0.80 0.79 0.82 0.20 0.31 0.33 0.33 0.29 007519 T 0.02 0.21 0.23 0.15 0.14 C 0.98 0.79 0.77 0.85 0.86 0.04 0.34 0.35 0.25 0.25 007744 T 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.88 1.00 1.00 1.00 0.97 0.21 0.00 0.00 0.00 0.07 007794 C 0.18 0.50 0.34 0.54 0.39 G 0.82 0.50 0.66 0.46 0.61 0.30 0.50 0.45 0.50 0.47 007902 T 0.12 0.09 0.00 0.00 0.05 C 0.88 0.91 1.00 1.00 0.95 0.21 0.17 0.00 0.00 0.10 007909 A 0.10 0.20 0.20 0.21 0.18 G 0.90 0.80 0.80 0.79 0.82 0.17 0.33 0.33 0.33 0.29 007926 G 0.00 0.07 0.23 0.52 0.20 T 1.00 0.93 0.77 0.48 0.80 0.00 0.13 0.35 0.50 0.33 008017 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 008091 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 008878 C 0.92 0.27 0.36 0.33 0.48 T 0.08 0.73 0.64 0.67 0.52 0.15 0.40 0.46 0.44 0.50 009068 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 009087 T 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 C 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 009107 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 009122 C 0.11 0.18 0.20 0.22 0.18 G 0.89 0.82 0.80 0.78 0.82 0.20 0.30 0.33 0.34 0.29 009176 A 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.88 1.00 1.00 1.00 0.97 0.21 0.00 0.00 0.00 0.06 009305 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 009370 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 009745 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 010096 G 0.59 0.27 0.27 0.20 0.35 A 0.41 0.73 0.73 0.80 0.65 0.48 0.40 0.40 0.31 0.45 010239 A 0.15 0.18 0.23 0.21 0.19 G 0.85 0.82 0.77 0.79 0.81 0.25 0.30 0.35 0.33 0.31 010388 C 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 010438 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 010487 A 0.17 0.00 0.02 0.00 0.05 G 0.83 1.00 0.98 1.00 0.95 0.28 0.00 0.04 0.00 0.10 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002830: gtggctcacgcc 004445: ctt