Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop hz 000082 A 0.01 T 0.99 0.01 000089 G 0.03 A 0.97 0.07 000361 G 0.09 C 0.91 0.16 000589 T 0.02 C 0.98 0.04 000633 T 0.02 C 0.98 0.04 000945 G 0.01 A 0.99 0.01 000987 T 0.31 C 0.69 0.43 001017 A 0.03 G 0.97 0.05 001445 G 0.15 A 0.85 0.26 004580 A 0.06 T 0.94 0.12 004680 - 0.13 + 0.87 0.23 004695 A 0.06 G 0.94 0.11 004697 A 0.22 G 0.78 0.34 004806 T 0.01 C 0.99 0.01 005071 G 0.49 A 0.51 0.50 005094 - 0.01 + 0.99 0.01 005173 G 0.48 A 0.52 0.50 005531 G 0.09 A 0.91 0.17 005615 T 0.18 C 0.82 0.30 005650 T 0.29 C 0.71 0.41 005736 T 0.46 C 0.54 0.50 008416 T 0.01 C 0.99 0.01 008480 T 0.49 C 0.51 0.50 008553 T 0.02 C 0.98 0.04 008559 A 0.05 T 0.95 0.09 008801 + 0.01 - 0.99 0.02 008899 T 0.01 C 0.99 0.01 009209 + 0.05 - 0.95 0.10 009307 T 0.50 C 0.50 0.50 009352 C 0.49 T 0.51 0.50 009402 T 0.30 C 0.70 0.42 009514 T 0.16 C 0.84 0.27 009632 T 0.05 C 0.95 0.09 009663 T 0.29 C 0.71 0.41 009773 T 0.01 C 0.99 0.01 013895 A 0.05 G 0.95 0.10 013950 C 0.04 T 0.96 0.08 014016 G 0.30 A 0.70 0.42 014197 G 0.01 A 0.99 0.01 014210 - 0.47 + 0.53 0.50 014223 A 0.07 G 0.93 0.13 014394 T 0.31 C 0.69 0.42 014434 T 0.31 C 0.69 0.42 014723 C 0.50 T 0.50 0.50 014770 T 0.19 C 0.81 0.31 014904 + 0.28 - 0.72 0.40 015058 T 0.11 C 0.89 0.19 015162 T 0.50 G 0.50 0.50 015189 G 0.02 A 0.98 0.04 015218 T 0.01 C 0.99 0.01 015416 T 0.01 A 0.99 0.02 015535 C 0.46 T 0.54 0.50 015717 G 0.03 T 0.97 0.06 015785 T 0.05 C 0.95 0.10 015860 A 0.01 G 0.99 0.01 016171 T 0.02 C 0.98 0.04 016172 A 0.49 G 0.51 0.50 016185 C 0.01 T 0.99 0.01 016308 C 0.04 A 0.96 0.08 016314 A 0.04 G 0.96 0.08 016381 T 0.01 C 0.99 0.01 016431 C 0.01 G 0.99 0.02 016733 C 0.01 T 0.99 0.01 016847 T 0.11 C 0.89 0.20 016981 - 0.01 + 0.99 0.01 017064 T 0.01 C 0.99 0.01 017796 - 0.33 + 0.67 0.44 017896 C 0.40 A 0.60 0.48 018267 G 0.01 A 0.99 0.01 018287 T 0.03 C 0.97 0.06 018595 C 0.49 T 0.51 0.50 019508 A 0.03 G 0.97 0.07 019509 C 0.03 A 0.97 0.07 019580 A 0.10 G 0.90 0.18 019688 G 0.02 A 0.98 0.04 019730 C 0.04 T 0.96 0.08 019751 A 0.01 G 0.99 0.01 019755 T 0.04 C 0.96 0.07 019914 A 0.49 C 0.51 0.50 020512 T 0.01 G 0.99 0.01 020556 G 0.01 A 0.99 0.01 020667 T 0.10 C 0.90 0.18 021257 T 0.01 C 0.99 0.01 021282 G 0.02 A 0.98 0.03 021417 A 0.01 G 0.99 0.01 021632 A 0.17 C 0.83 0.28 021667 T 0.26 C 0.74 0.39 021841 T 0.27 C 0.73 0.39 021855 A 0.01 G 0.99 0.02 021946 G 0.01 A 0.99 0.01 022172 G 0.27 T 0.73 0.39 022227 A 0.02 G 0.98 0.04 022322 T 0.29 G 0.71 0.41 022398 G 0.10 A 0.90 0.18 026036 G 0.01 A 0.99 0.02 026082 T 0.29 C 0.71 0.41 026100 T 0.01 C 0.99 0.01 026144 A 0.32 G 0.68 0.44 026210 T 0.40 A 0.60 0.48 026230 T 0.27 C 0.73 0.39 026720 T 0.38 G 0.62 0.47 026892 A 0.01 G 0.99 0.01 026945 A 0.01 G 0.99 0.01 027067 + 0.01 - 0.99 0.01 027227 G 0.18 A 0.82 0.29 027243 T 0.02 C 0.98 0.04 027271 G 0.02 A 0.98 0.04 027585 A 0.41 G 0.59 0.49 027683 A 0.01 C 0.99 0.01 027693 C 0.01 G 0.99 0.01 027731 T 0.01 C 0.99 0.01 027736 C 0.29 T 0.71 0.41 027901 A 0.01 G 0.99 0.03 028144 A 0.17 G 0.83 0.28 028410 T 0.01 C 0.99 0.01 028435 A 0.28 G 0.72 0.40 028450 G 0.11 T 0.89 0.19 028456 G 0.10 A 0.90 0.19 028492 C 0.27 G 0.73 0.39 028498 T 0.45 C 0.55 0.49 031198 A 0.01 G 0.99 0.01 031344 G 0.17 A 0.83 0.28 031416 - 0.30 + 0.70 0.42 031461 G 0.01 A 0.99 0.01 031657 G 0.32 C 0.68 0.43 031937 A 0.14 G 0.86 0.24 031977 T 0.01 C 0.99 0.01 032131 A 0.15 G 0.85 0.25 032200 T 0.13 G 0.87 0.22 032202 G 0.41 A 0.59 0.49 032400 G 0.01 A 0.99 0.01 032431 C 0.02 G 0.98 0.03 032453 C 0.02 T 0.98 0.03 032894 T 0.40 C 0.60 0.48 033006 G 0.02 C 0.98 0.04 033149 A 0.01 G 0.99 0.01 033289 T 0.01 A 0.99 0.01 033295 T 0.01 C 0.99 0.01 033342 A 0.01 G 0.99 0.01 033540 A 0.01 G 0.99 0.01 033775 T 0.01 C 0.99 0.01 033843 T 0.41 G 0.59 0.48 034105 A 0.02 G 0.98 0.03 034234 C 0.11 G 0.89 0.20 034320 A 0.01 G 0.99 0.01 034556 A 0.10 G 0.90 0.19 034747 T 0.39 C 0.61 0.48 034774 T 0.29 C 0.71 0.41 034963 C 0.01 A 0.99 0.01 034996 G 0.29 A 0.71 0.42 035040 C 0.01 G 0.99 0.02 035233 T 0.29 C 0.71 0.41 035307 A 0.01 G 0.99 0.01 035446 G 0.01 A 0.99 0.01 035543 A 0.01 G 0.99 0.01 035781 A 0.10 G 0.90 0.18 037223 C 0.01 G 0.99 0.01 037708 T 0.12 C 0.88 0.21 037727 T 0.11 C 0.89 0.19 037755 A 0.01 C 0.99 0.01 037771 G 0.01 A 0.99 0.01 037934 C 0.29 A 0.71 0.41 038488 T 0.30 C 0.70 0.42 038496 A 0.44 G 0.56 0.49 038551 T 0.02 C 0.98 0.03 038558 A 0.30 G 0.70 0.42 039508 G 0.29 A 0.71 0.41 039677 G 0.43 T 0.57 0.49 039800 T 0.40 C 0.60 0.48 040149 T 0.43 A 0.57 0.49 040170 A 0.15 G 0.85 0.26 040824 A 0.01 C 0.99 0.01 040890 T 0.01 C 0.99 0.01 040934 G 0.44 A 0.56 0.49 041267 A 0.38 G 0.62 0.47 041411 G 0.01 C 0.99 0.01 041502 T 0.37 C 0.63 0.47 043060 A 0.29 G 0.71 0.41 043151 T 0.02 C 0.98 0.04 043210 T 0.01 C 0.99 0.01 043337 C 0.01 G 0.99 0.02 043662 C 0.02 G 0.98 0.03 043693 A 0.15 G 0.85 0.25 043705 G 0.44 C 0.56 0.49 043766 + 0.41 - 0.59 0.48 047864 T 0.13 C 0.87 0.23 047918 T 0.01 G 0.99 0.01 048079 A 0.01 G 0.99 0.02 048150 A 0.01 G 0.99 0.01 048287 A 0.02 G 0.98 0.03 048309 G 0.02 A 0.98 0.03 048337 G 0.02 A 0.98 0.03 048676 T 0.15 C 0.85 0.26 048723 C 0.01 G 0.99 0.01 049256 T 0.29 C 0.71 0.41 049365 T 0.01 C 0.99 0.01 049372 A 0.01 G 0.99 0.01 049518 G 0.46 A 0.54 0.50 049553 T 0.02 C 0.98 0.03 049573 G 0.46 A 0.54 0.50 049643 T 0.02 C 0.98 0.04 049683 C 0.02 T 0.98 0.03 049690 A 0.02 C 0.98 0.03 049742 T 0.29 C 0.71 0.41 049843 A 0.42 G 0.58 0.49 049942 T 0.01 C 0.99 0.01 050415 A 0.01 C 0.99 0.01 050515 C 0.10 G 0.90 0.18 050520 T 0.10 C 0.90 0.18 050765 T 0.01 C 0.99 0.01 050766 T 0.01 G 0.99 0.01 051026 + 0.01 - 0.99 0.01 051032 T 0.08 C 0.92 0.15 051092 T 0.01 C 0.99 0.02 051232 A 0.02 G 0.98 0.03 051248 T 0.10 C 0.90 0.18 051527 T 0.39 C 0.61 0.48 051739 A 0.01 G 0.99 0.01 051905 A 0.01 G 0.99 0.01 051914 A 0.01 G 0.99 0.01 051925 C 0.31 T 0.69 0.43 051987 C 0.46 T 0.54 0.50 052043 T 0.39 C 0.61 0.48 052095 A 0.14 G 0.86 0.24 052259 A 0.14 G 0.86 0.24 052651 C 0.04 T 0.96 0.09 053252 A 0.02 C 0.98 0.03 053438 C 0.44 G 0.56 0.49 055509 G 0.02 A 0.98 0.03 055719 T 0.01 C 0.99 0.01 055764 T 0.40 C 0.60 0.48 056022 - 0.28 + 0.72 0.41 056173 T 0.02 C 0.98 0.04 056179 C 0.02 T 0.98 0.04 056271 G 0.02 A 0.98 0.04 Note: pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 004680: TCTGTCCCTCCTGAGG 005094: CA 008801: GGTGCTGTT 009209: TGGCCAC 014210: TGCCCCTT 014904: GGGAGA 016981: T 017796: T 019911: G 027067: G 031416: ag 043766: GG 051026: TGTT 056022: TTTTG