Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop 000082 A 1 T 175 000089 G 6 A 170 000361 G 16 C 164 000589 T 3 C 163 000633 T 3 C 165 000945 G 1 A 161 000987 T 49 C 109 001017 A 4 G 156 001445 G 22 A 124 004580 A 11 T 159 004680 - 24 + 154 004695 A 8 G 132 004697 A 33 G 117 004806 T 1 C 177 005071 G 88 A 90 005094 - 1 + 169 005173 G 79 A 87 005531 G 16 A 154 005615 T 31 C 139 005650 T 50 C 122 005736 T 79 C 93 008416 T 1 C 165 008480 T 86 C 90 008553 T 4 C 174 008559 A 8 T 168 008801 + 2 - 174 008899 T 1 C 175 009209 + 9 - 161 009307 T 78 C 78 009352 C 77 T 79 009402 T 50 C 116 009514 T 27 C 141 009632 T 8 C 162 009663 T 49 C 121 009773 T 1 C 175 013895 A 9 G 171 013950 C 8 T 172 014016 G 54 A 126 014197 G 1 A 179 014210 - 84 + 96 014223 A 6 G 82 014394 T 55 C 125 014434 T 55 C 125 014723 C 27 T 27 014770 T 20 C 86 014904 + 49 - 125 015058 T 19 C 157 015162 T 88 G 88 015189 G 4 A 172 015218 T 1 C 175 015416 T 2 A 170 015535 C 79 T 93 015717 G 5 T 165 015785 T 9 C 159 015860 A 1 G 159 016171 T 4 C 172 016172 A 87 G 89 016185 C 1 T 173 016308 C 7 A 163 016314 A 7 G 163 016381 T 1 C 169 016431 C 2 G 162 016733 C 1 T 169 016847 T 19 C 151 016981 - 1 + 175 017064 T 1 C 173 017796 - 29 + 59 017896 C 46 A 70 018267 G 1 A 173 018287 T 5 C 171 018595 C 87 T 91 019508 A 3 G 83 019509 C 3 A 85 019580 A 18 G 162 019688 G 4 A 174 019730 C 8 T 172 019751 A 1 G 179 019755 T 7 C 173 019914 A 88 C 90 020512 T 1 G 175 020556 G 1 A 177 020667 T 18 C 160 021257 T 1 C 177 021282 G 3 A 177 021417 A 1 G 179 021632 A 29 C 145 021667 T 46 C 128 021841 T 46 C 126 021855 A 2 G 170 021946 G 1 A 171 022172 G 43 T 117 022227 A 3 G 157 022322 T 46 G 114 022398 G 16 A 144 026036 G 2 A 168 026082 T 49 C 119 026100 T 1 C 167 026144 A 51 G 107 026210 T 67 A 101 026230 T 45 C 123 026720 T 63 G 101 026892 A 1 G 169 026945 A 1 G 171 027067 + 1 - 165 027227 G 29 A 135 027243 T 3 C 161 027271 G 3 A 157 027585 A 68 G 96 027683 A 1 C 163 027693 C 1 G 163 027731 T 1 C 163 027736 C 47 T 117 027901 A 2 G 142 028144 A 29 G 145 028410 T 1 C 165 028435 A 49 G 125 028450 G 18 T 150 028456 G 18 A 154 028492 C 41 G 111 028498 T 68 C 84 031198 A 1 G 169 031344 G 20 A 98 031416 - 53 + 123 031461 G 1 A 175 031657 G 48 C 104 031937 A 20 G 126 031977 T 1 C 157 032131 A 23 G 133 032200 T 21 G 143 032202 G 67 A 95 032400 G 1 A 171 032431 C 3 G 169 032453 C 3 T 169 032894 T 71 C 105 033006 G 4 C 172 033149 A 1 G 179 033289 T 1 A 165 033295 T 1 C 165 033342 A 1 G 165 033540 A 1 G 159 033775 T 1 C 169 033843 T 69 G 101 034105 A 3 G 173 034234 C 20 G 158 034320 A 1 G 175 034556 A 18 G 154 034747 T 67 C 103 034774 T 50 C 124 034963 C 1 A 179 034996 G 53 A 127 035040 C 2 G 178 035233 T 51 C 127 035307 A 1 G 163 035446 G 1 A 175 035543 A 1 G 175 035781 A 18 G 158 037223 C 1 G 171 037708 T 21 C 159 037727 T 19 C 161 037755 A 1 C 179 037771 G 1 A 179 037934 C 51 A 127 038488 T 52 C 122 038496 A 77 G 97 038551 T 3 C 171 038558 A 52 G 122 039508 G 51 A 125 039677 G 75 T 99 039800 T 71 C 107 040149 T 77 A 101 040170 A 27 G 151 040824 A 1 C 171 040890 T 1 C 171 040934 G 75 A 97 041267 A 65 G 107 041411 G 1 C 171 041502 T 63 C 107 043060 A 51 G 127 043151 T 4 C 174 043210 T 1 C 175 043337 C 2 G 174 043662 C 3 G 175 043693 A 26 G 152 043705 G 79 C 99 043766 + 74 - 106 047864 T 24 C 156 047918 T 1 G 179 048079 A 2 G 178 048150 A 1 G 179 048287 A 3 G 175 048309 G 3 A 175 048337 G 3 A 175 048676 T 27 C 151 048723 C 1 G 179 049256 T 52 C 128 049365 T 1 C 173 049372 A 1 G 175 049518 G 81 A 97 049553 T 3 C 175 049573 G 81 A 97 049643 T 4 C 176 049683 C 3 T 177 049690 A 3 C 177 049742 T 51 C 127 049843 A 75 G 103 049942 T 1 C 179 050415 A 1 C 179 050515 C 18 G 162 050520 T 18 C 158 050765 T 1 C 151 050766 T 1 G 149 051026 + 1 - 163 051032 T 13 C 149 051092 T 2 C 162 051232 A 3 G 169 051248 T 18 C 160 051527 T 64 C 100 051739 A 1 G 175 051905 A 1 G 175 051914 A 1 G 175 051925 C 55 T 123 051987 C 82 T 98 052043 T 67 C 105 052095 A 25 G 151 052259 A 24 G 150 052651 C 8 T 170 053252 A 3 C 169 053438 C 79 G 101 055509 G 3 A 173 055719 T 1 C 173 055764 T 69 C 103 056022 - 30 + 76 056173 T 2 C 104 056179 C 2 T 106 056271 G 2 A 106 Note: pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 004680: TCTGTCCCTCCTGAGG 005094: CA 008801: GGTGCTGTT 009209: TGGCCAC 014210: TGCCCCTT 014904: GGGAGA 016981: T 017796: T 019911: G 027067: G 031416: ag 043766: GG 051026: TGTT 056022: TTTTG