Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000166 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 000330 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 000562 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001672 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 002450 G 0.81 0.45 0.20 0.00 0.38 C 0.19 0.55 0.80 1.00 0.62 0.31 0.50 0.33 0.00 0.47 003276 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 003393 T 0.30 0.03 0.02 0.00 0.09 C 0.70 0.97 0.98 1.00 0.91 0.42 0.06 0.05 0.00 0.17 003488 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 005081 A 0.15 0.00 0.00 0.00 0.05 G 0.85 1.00 1.00 1.00 0.95 0.25 0.00 0.00 0.00 0.09 005101 T 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.97 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 005527 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 007572 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 007694 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 007911 A 0.17 0.19 0.00 0.00 0.09 G 0.83 0.81 1.00 1.00 0.91 0.29 0.30 0.00 0.00 0.16 008840 C 0.04 0.25 0.00 0.00 0.06 T 0.96 0.75 1.00 1.00 0.94 0.07 0.38 0.00 0.00 0.10 009747 C 0.26 0.21 0.35 0.26 0.28 A 0.74 0.79 0.65 0.74 0.72 0.39 0.34 0.45 0.39 0.40 009880 T 0.00 0.11 0.03 0.00 0.03 C 1.00 0.89 0.97 1.00 0.97 0.00 0.19 0.05 0.00 0.05 011278 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 012469 T 0.48 0.45 0.18 0.00 0.28 C 0.52 0.55 0.82 1.00 0.72 0.50 0.50 0.30 0.00 0.40 012553 T 0.16 0.00 0.02 0.00 0.05 C 0.84 1.00 0.98 1.00 0.95 0.27 0.00 0.04 0.00 0.09 012709 A 0.04 0.05 0.45 0.73 0.32 G 0.96 0.95 0.55 0.27 0.68 0.08 0.09 0.50 0.39 0.43 012714 T 0.46 0.45 0.18 0.00 0.28 C 0.54 0.55 0.82 1.00 0.72 0.50 0.50 0.30 0.00 0.40 013025 A 0.19 0.00 0.02 0.00 0.05 G 0.81 1.00 0.98 1.00 0.95 0.31 0.00 0.05 0.00 0.09 013322 + 0.08 0.03 0.02 0.00 0.03 - 0.92 0.97 0.98 1.00 0.97 0.15 0.05 0.05 0.00 0.07 013469 C 0.22 0.15 0.14 0.07 0.15 T 0.78 0.85 0.86 0.93 0.85 0.35 0.26 0.24 0.12 0.25 013511 - 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 + 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 013530 T 0.17 0.00 0.02 0.00 0.05 C 0.83 1.00 0.98 1.00 0.95 0.29 0.00 0.05 0.00 0.10 014165 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 017213 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 017819 A 0.10 0.37 0.24 0.67 0.34 G 0.90 0.63 0.76 0.33 0.66 0.17 0.47 0.36 0.44 0.45 018043 A 0.46 0.48 0.18 0.00 0.27 G 0.54 0.52 0.82 1.00 0.73 0.50 0.50 0.30 0.00 0.40 018268 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 018274 A 0.29 0.24 0.05 0.00 0.14 C 0.71 0.76 0.95 1.00 0.86 0.41 0.36 0.09 0.00 0.24 018667 T 0.13 0.14 0.14 0.00 0.11 C 0.87 0.86 0.86 1.00 0.89 0.23 0.24 0.24 0.00 0.19 018764 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 018814 G 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 019210 T 0.10 0.38 0.30 0.65 0.36 G 0.90 0.62 0.70 0.35 0.64 0.19 0.47 0.42 0.46 0.46 019228 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 019616 C 0.02 0.21 0.02 0.00 0.06 T 0.98 0.79 0.98 1.00 0.94 0.04 0.34 0.05 0.00 0.12 022570 T 0.42 0.46 0.19 0.11 0.30 C 0.58 0.54 0.81 0.89 0.70 0.49 0.50 0.31 0.19 0.42 022571 A 0.46 0.23 0.12 0.00 0.23 G 0.54 0.77 0.88 1.00 0.77 0.50 0.36 0.21 0.00 0.35 022782 T 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 022879 T 0.03 0.08 0.00 0.00 0.02 C 0.97 0.92 1.00 1.00 0.98 0.05 0.15 0.00 0.00 0.04 022958 G 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.95 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 023014 A 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.95 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.04 024206 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 024254 G 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 A 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 024323 T 0.44 0.28 0.15 0.00 0.22 G 0.56 0.72 0.85 1.00 0.78 0.49 0.40 0.26 0.00 0.34 025290 T 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 027048 T 0.31 0.18 0.16 0.08 0.19 C 0.69 0.82 0.84 0.92 0.81 0.43 0.30 0.27 0.15 0.31 027094 G 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 027295 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 027629 T 0.12 0.32 0.28 0.68 0.35 C 0.88 0.68 0.72 0.32 0.65 0.22 0.43 0.40 0.43 0.45 031781 C 0.39 0.36 0.23 0.00 0.27 T 0.61 0.64 0.77 1.00 0.73 0.48 0.46 0.36 0.00 0.39 032707 T 0.12 0.08 0.16 0.07 0.11 C 0.88 0.92 0.84 0.93 0.89 0.21 0.15 0.27 0.12 0.19 032822 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 033550 A 0.72 0.32 0.43 0.25 0.44 G 0.28 0.68 0.57 0.75 0.56 0.40 0.43 0.49 0.38 0.49 033589 T 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.15 0.00 0.00 0.00 0.05 033623 A 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 C 0.86 1.00 1.00 1.00 0.96 0.24 0.00 0.00 0.00 0.07 034106 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 034148 A 0.06 0.05 0.38 0.29 0.19 G 0.94 0.95 0.62 0.71 0.81 0.11 0.09 0.47 0.41 0.31 035099 C 0.44 0.40 0.24 0.04 0.28 G 0.56 0.60 0.76 0.96 0.72 0.49 0.48 0.36 0.08 0.40 035154 T 0.02 0.15 0.00 0.00 0.04 C 0.98 0.85 1.00 1.00 0.96 0.04 0.26 0.00 0.00 0.08 035362 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 035560 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 035630 G 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.95 1.00 0.99 0.00 0.00 0.09 0.00 0.02 035716 C 0.00 0.00 0.09 0.08 0.04 T 1.00 1.00 0.91 0.92 0.96 0.00 0.00 0.17 0.15 0.08 038096 T 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 C 1.00 0.98 1.00 0.98 0.99 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 039096 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 039210 A 0.15 0.14 0.16 0.00 0.11 G 0.85 0.86 0.84 1.00 0.89 0.25 0.24 0.27 0.00 0.20 039845 T 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.88 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 040249 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 040280 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 041358 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 041728 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 041734 T 0.02 0.25 0.16 0.67 0.27 C 0.98 0.75 0.84 0.33 0.73 0.04 0.38 0.27 0.44 0.40 042890 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 042906 + 0.37 0.20 0.48 0.27 0.33 - 0.63 0.80 0.52 0.73 0.67 0.46 0.33 0.50 0.39 0.44 043349 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 043467 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 043838 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 043855 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 044798 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 045137 T 0.02 0.16 0.00 0.00 0.04 C 0.98 0.84 1.00 1.00 0.96 0.04 0.27 0.00 0.00 0.08 045190 T 0.07 0.05 0.02 0.00 0.04 C 0.93 0.95 0.98 1.00 0.96 0.14 0.09 0.04 0.00 0.07 045273 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 045297 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 045330 A 0.24 0.05 0.02 0.00 0.09 C 0.76 0.95 0.98 1.00 0.91 0.37 0.09 0.04 0.00 0.16 045669 G 0.13 0.27 0.27 0.07 0.18 A 0.87 0.73 0.73 0.93 0.82 0.23 0.40 0.40 0.12 0.30 046373 C 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 G 0.83 1.00 1.00 1.00 0.95 0.28 0.00 0.00 0.00 0.09 046425 A 0.00 0.00 0.11 0.02 0.03 C 1.00 1.00 0.89 0.98 0.97 0.00 0.00 0.20 0.04 0.06 047250 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 047452 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 047603 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 048704 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 048918 G 0.27 0.32 0.25 0.00 0.20 A 0.73 0.68 0.75 1.00 0.80 0.39 0.44 0.38 0.00 0.32 049212 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 049327 T 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.95 1.00 1.00 1.00 0.99 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 049848 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 050178 A 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 G 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 050183 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 050278 G 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 050283 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 050780 T 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.97 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 050960 G 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 051150 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.04 051490 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 013322: c 013511: tcct 042906: GT