Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000135 + 0.09 0.27 0.05 0.19 0.15 - 0.91 0.73 0.95 0.81 0.85 0.17 0.40 0.09 0.30 0.25 000291 A 0.17 0.41 0.09 0.21 0.22 G 0.83 0.59 0.91 0.79 0.78 0.28 0.48 0.17 0.33 0.34 000464 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 000678 C 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 000969 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 001032 T 0.02 0.11 0.00 0.00 0.03 G 0.98 0.89 1.00 1.00 0.97 0.04 0.20 0.00 0.00 0.06 001078 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001355 G 0.52 0.23 0.18 0.17 0.28 C 0.48 0.77 0.82 0.83 0.72 0.50 0.35 0.30 0.28 0.41 001458 + 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 - 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 001684 - 0.44 0.07 0.14 0.09 0.19 + 0.56 0.93 0.86 0.91 0.81 0.49 0.13 0.24 0.16 0.31 001750 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001815 T 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 C 1.00 0.97 0.93 1.00 0.98 0.00 0.05 0.13 0.00 0.04 002034 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 002120 G 0.56 0.24 0.18 0.17 0.29 A 0.44 0.76 0.82 0.83 0.71 0.49 0.36 0.30 0.28 0.41 002136 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 002450 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 002508 A 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 002862 A 0.48 0.23 0.18 0.17 0.27 T 0.52 0.77 0.82 0.83 0.73 0.50 0.35 0.30 0.28 0.39 003006 A 0.52 0.23 0.18 0.17 0.28 C 0.48 0.77 0.82 0.83 0.72 0.50 0.35 0.30 0.28 0.41 003277 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 003319 A 0.54 0.20 0.18 0.17 0.28 C 0.46 0.80 0.82 0.83 0.72 0.50 0.33 0.30 0.28 0.40 003568 + 0.52 0.11 0.18 0.15 0.24 - 0.48 0.89 0.82 0.85 0.76 0.50 0.20 0.30 0.25 0.37 003606 A 0.02 0.11 0.00 0.00 0.03 G 0.98 0.89 1.00 1.00 0.97 0.04 0.20 0.00 0.00 0.06 003711 - 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 + 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 003721 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003981 T 0.50 0.24 0.18 0.17 0.28 C 0.50 0.76 0.82 0.83 0.72 0.50 0.36 0.30 0.29 0.40 004026 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 004114 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 004343 C 0.50 0.24 0.18 0.17 0.28 T 0.50 0.76 0.82 0.83 0.72 0.50 0.36 0.30 0.28 0.40 004432 T 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 004433 A 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 G 1.00 0.95 0.95 1.00 0.98 0.00 0.09 0.09 0.00 0.04 004583 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 004705 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 004731 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 005199 T 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 005439 + 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 - 0.86 1.00 1.00 1.00 0.96 0.24 0.00 0.00 0.00 0.08 005469 C 0.02 0.14 0.00 0.00 0.04 T 0.98 0.86 1.00 1.00 0.96 0.04 0.24 0.00 0.00 0.07 005546 - 0.06 0.02 0.05 0.05 0.04 + 0.94 0.98 0.95 0.95 0.96 0.11 0.04 0.09 0.09 0.08 005587 A 0.02 0.11 0.00 0.00 0.03 G 0.98 0.89 1.00 1.00 0.97 0.04 0.20 0.00 0.00 0.06 005721 G 0.02 0.20 0.00 0.00 0.05 A 0.98 0.80 1.00 1.00 0.95 0.04 0.33 0.00 0.00 0.10 005744 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 005790 G 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.90 1.00 1.00 1.00 0.97 0.18 0.00 0.00 0.00 0.05 006254 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 006361 T 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.90 1.00 1.00 1.00 0.97 0.18 0.00 0.00 0.00 0.05 006685 T 0.02 0.12 0.00 0.00 0.03 G 0.98 0.88 1.00 1.00 0.97 0.04 0.22 0.00 0.00 0.07 007212 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 007276 A 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.97 0.99 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 007389 C 0.56 0.23 0.20 0.22 0.33 T 0.44 0.77 0.80 0.78 0.67 0.49 0.36 0.32 0.34 0.44 008191 G 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 008358 T 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 C 1.00 0.98 0.93 1.00 0.98 0.00 0.04 0.13 0.00 0.04 008364 A 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 008565 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 008663 G 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.97 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 008682 - 0.50 0.22 0.16 0.21 0.30 + 0.50 0.78 0.84 0.79 0.70 0.50 0.34 0.26 0.33 0.42 008880 A 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 G 1.00 1.00 1.00 0.93 0.98 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 009429 A 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.95 0.99 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 009499 C 0.56 0.20 0.18 0.17 0.29 G 0.44 0.80 0.82 0.83 0.71 0.49 0.33 0.30 0.28 0.41 009794 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 009837 C 0.00 0.07 0.02 0.00 0.02 T 1.00 0.93 0.98 1.00 0.98 0.00 0.13 0.04 0.00 0.04 010023 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 010071 A 0.54 0.23 0.18 0.15 0.28 C 0.46 0.77 0.82 0.85 0.72 0.50 0.35 0.30 0.25 0.40 010159 G 0.54 0.19 0.18 0.16 0.27 A 0.46 0.81 0.82 0.84 0.73 0.50 0.31 0.30 0.27 0.40 010272 + 0.20 0.07 0.14 0.10 0.13 - 0.80 0.93 0.86 0.90 0.87 0.31 0.13 0.24 0.17 0.22 010300 G 0.55 0.21 0.17 0.18 0.28 C 0.45 0.79 0.82 0.82 0.72 0.50 0.34 0.29 0.30 0.41 010362 C 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.95 0.99 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 010363 - 0.52 0.19 0.18 0.16 0.27 + 0.48 0.81 0.82 0.84 0.73 0.50 0.31 0.30 0.27 0.39 010546 C 0.54 0.18 0.16 0.17 0.28 T 0.46 0.82 0.84 0.82 0.72 0.50 0.30 0.27 0.29 0.40 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000135: T 001458: T 001684: GGGGCAAGATCTGATGGTTTTATAAGGGGAAA 003568: c 003711: c 005439: CACCCCTGTCTGCCGTCCCGCCA 005546: t 008682: T 010272: T 010363: T