************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 hsf2x.phase.inp hsf2x.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST hsf2x.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates hsf2x.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual hsf2x.phase.out_recom : estimates of recombination parameters hsf2x.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 95 Number of Loci: 43 Positions of loci: 79 651 769 1365 1916 1944 1968 4972 6894 7160 7666 11794 12110 12558 13392 13536 15630 15699 16126 16337 16772 16844 19423 20216 20477 20969 21628 21944 23037 23187 23529 24132 24681 24865 24872 25386 26188 27637 27762 28075 28117 29293 30338 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file hsf2x.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 TCGICGDCDAATTTTADCGTCGGGCCGTAAAGTAATAATGGGD 11.000000 2 TCGICGDCDAATTTTADCGTCGGGCCGTAAAGTAATAGTGGGD 1.000000 3 TCGICGDCDAATTTTADCGTCGGTCCGTAAAGTAATAGTGGGD 14.000000 4 TCGICGDCDAATTTTCDCGTCGGGCCGTGAAGTAATAGTGGGD 3.000000 5 TCGICGDCDGATTTTADCGTCGGTCCGTAAAATAATAGTGGGD 1.000000 6 TCGICGDCDGATTTTADCGTCGGTCCGTAAAGTAATAGTGGGD 2.000000 7 TCGICGDADGATTTACDCGTCGGGCCGTGAAATAATAGCAGAD 1.000000 8 TCGIAGDCDGAATTTCICATTGGGTCGCGAGACGATGGCATGD 1.000000 9 TCGIAGDADGGTTAACDTGTCGGGCCGTGAAATAATAGCAGAD 18.000000 10 TCTICADCDGAATTTCICATCGGGTCGCGAGACAATGGCATGD 45.000000 11 TCTICADCDGAATTTCICATCGGGTCGCGAGACGATGGCATGD 4.000000 12 TCTICADCDGAATTTCICATTGGGTCGCGAGACGATGGCATGD 7.000000 13 TCTICADCDGAAATTCICATTGGGTCGCGAGACGATGGCATGD 19.000000 14 TCTICAICDGAATTTCICATCGGGTCGCGAGACAATGGCATGD 1.000000 15 TCTICGDCDGATTTTCICGTCGGGTCGTGAAACAATGGCAGGD 4.000000 16 TCTICGDCIGATTTTCICGTCTAGCCTTGTAACAGTGGCAGGI 3.000000 17 TCTDCADCDGAATTTCICATCGGGTCGCGAGACAATGGCATGD 14.000000 18 TCTDCADCDGAATTTCICATCGGGTCGCGAGACAACGGCATGD 11.000000 19 TCTDCADCDGAATATCICATCGGGTCGCGAGACAATGGCATGD 1.000000 20 TTTICGDCIAATTTTCICGTCTGGCCTTGTAACAGTGGCAGGD 3.000000 21 TTTICGICIAATTTTCICGTCTGGCCTTGTAACAGTGGCAGGD 1.000000 22 TTTICGICIGAATATCICGTCGGGTCGCGAGACAATGGCATGD 2.000000 23 CCGICGDCDAATTTTADCGTCGGGCCGTAAAGTAATAGTGGGD 1.000000 24 CTTICGICDGATTTTCICGGCTAGCTTTGTGACAGTGGCAGGI 1.000000 25 CTTICGICIGATTTTCICGTCTAGCTTTGTAACAGTGGCAGGI 1.000000 26 CTTICGICIGATTTTCICGGCTAGCTTTGTAACAGTGGCAGGI 20.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,10) D002: (1,22) D003: (10,15) D004: (16,23) D005: (10,17) D006: (14,16) D007: (4,26) D008: (1,10) D009: (11,15) D010: (11,18) D011: (1,10) D012: (16,17) D013: (10,22) D014: (13,26) D015: (1,10) DY01: (7,10) DY02: (10,10) DY03: (10,10) DY04: (3,10) DY05: (10,15) DY06: (4,15) DY07: (10,10) DY08: (2,10) DY09: (1,10) DY10: (11,25) DY11: (1,10) DY12: (4,21) E101: (13,26) E102: (3,13) E103: (3,13) E104: (10,26) E105: (9,13) E106: (10,26) E107: (10,17) E108: (10,13) E109: (5,6) E110: (10,13) E111: (6,10) E112: (9,10) E113: (3,26) E114: (3,10) E115: (3,10) E116: (13,26) E117: (10,13) E118: (10,13) E119: (3,3) E120: (13,17) E121: (3,13) E122: (10,26) H101: (10,18) H102: (9,17) H103: (10,18) H104: (13,13) H105: (18,26) H106: (3,9) H107: (10,18) H108: (9,10) H109: (18,24) H110: (3,18) H111: (9,11) H112: (13,13) H113: (9,13) H114: (9,18) H115: (10,13) H116: (10,18) H117: (17,17) H118: (10,18) H119: (10,13) H120: (9,17) H121: (3,10) H122: (3,3) X101: (1,12) X102: (9,17) X103: (9,20) X104: (12,26) X105: (9,10) X106: (1,9) X107: (9,12) X108: (1,26) X109: (10,12) X110: (9,26) X111: (26,26) X112: (8,26) X113: (9,17) X114: (17,26) X115: (12,20) X116: (9,19) X117: (10,12) X118: (1,17) X119: (10,10) X120: (26,26) X121: (12,20) X122: (9,26) X123: (17,26) X124: (17,18) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G G C C G T A A A G T A A T A A T G G G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 D002 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G G C C G T A A A G T A A T A A T G G G D T T T I C G I C I G A A T A T C I C G T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 D003 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T I C G D C D G A T T T T C I C G T C G G G T C G T G A A A C A A T G G C A G G D 0 D004 (T) C T I C G D C I G A T T T T C I C G T C T A G C C T T G T A A C A G T G G C A G G I (C) C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G G C C G T A A A G T A A T A G T G G G D 0 D005 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 D006 T C T I C A (I) C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T I C G (D) C I G A T T T T C I C G T C T A G C C T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 D007 T C G I C G D C D A A T T T T C D C G T C G G G C C G T G A A G T A A T A G T G G G D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 D008 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G G C C G T A A A G T A A T A A T G G G D T C T [I] C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 D009 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D T C T I C G D C D G A T T T T C I C G T C G G G T C G T G A A A C A A T G G C A G G D 0 D010 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A C G G C A T G D 0 D011 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G G C C G T A A A G T A A T A A T G G G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 D012 T C T I C G D C I G A T T T T C I C G T C T A G C C T T G T A A C A G T G G C A G G I T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A [T] G G C A T G D 0 D013 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T T T I C G I C I G A A T A T C I C G T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 D014 T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 D015 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G G C C G T A A A G T A A T A A T G G G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 DY01 T C G I C G D (A) D G A T T T A C D C G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D T C T I C A D (C) D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 DY02 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 DY03 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 DY04 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A G T A A T A G T G G G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 DY05 T C T [I] C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T I C G D C D G A T T T T C I C G T C G G G T C G T G A A A C A A T G G C A G G D 0 DY06 T C G I C G D C D A A T T T T C D C G T C G G G C C G T G A A G T A A T A G T G G G D T C T I C G D C D G A T T T T C I C G T C G G G T C G T G A A A C A A T G G C A G G D 0 DY07 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 DY08 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G G C C G T A A A G T A A T A G T G G G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 DY09 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G G C C G T A A A G T A A T A A T G G G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 DY10 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G T C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 DY11 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G G C C G T A A A G T A A T A A T G G G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 DY12 T C G I C G (D) C D A A T T T T C D C G T C G G G C C G T G A A G T A A T A G T G G G D T T T I C G (I) C I A A T T T T C I C G T C T G G C C T T G T A A C A G T G G C A G G D 0 E101 T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 E102 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A G T A A T A G T G G G D T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 E103 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A G T A A T A G T G G G D T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 E104 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 E105 T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 E106 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 E107 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 E108 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 E109 T C G I C G D C D G A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A A T A A T A G T G G G D T C G I C G D C D G A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A G T A A T A G T G G G D 0 E110 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 E111 T C G I C G D C D G A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A G T A A T A G T G G G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 E112 T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 E113 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A G T A A T A G T G G G D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 E114 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A G T A A T A G T G G G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 E115 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A G T A A T A G T G G G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 E116 T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 E117 T C T [I] C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 E118 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 E119 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A G T A A T A G T G G G D T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A G T A A T A G T G G G D 0 E120 T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 E121 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A G T A A T A G T G G G D T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 E122 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 H101 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A C G G C A T G D 0 H102 T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 H103 T C T [I] C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A C G G C A T G D 0 H104 T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 H105 T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A C G G C A T G D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 H106 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A G T A A T A G T G G G D T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D 0 H107 T C T [I] C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A C G G C A T G D 0 H108 T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 H109 T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A C G G C A T G D C T T I C G I C D G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T G A C A G T G G C A G G I 0 H110 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A G T A A T A G T G G G D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A C G G C A T G D 0 H111 T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 H112 T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 H113 T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 H114 T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A C G G C A T G D 0 H115 T C T [I] C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 H116 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A C G G C A T G D 0 H117 T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 H118 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A C G G C A T G D 0 H119 T C T [I] C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T I C A D C D G A A A T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 H120 T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 H121 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A G T A A T A G T G G G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 H122 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A G T A A T A G T G G G D T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G T C C G T A A A G T A A T A G T G G G D 0 X101 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G G C C G T A A A G T A A T A A T G G G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 X102 T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 X103 T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D T T T I C G D C I A A T T T T C I C G T C T G G C C T T G T A A C A G T G G C A G G D 0 X104 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 X105 T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D T C T [I] C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 X106 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G G C C G T A A A G T A A T A A T G G G D T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D 0 X107 T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 X108 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G G C C G T A A A G T A A T A A T G G G D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 X109 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 X110 T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 X111 C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 X112 T C G I A G D C D G A A T T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 X113 T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 X114 T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 X115 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D T T T I C G D C I A A T T T T C I C G T C T G G C C T T G T A A C A G T G G C A G G D 0 X116 T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D T C T D C A D C D G A A T A T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 X117 T C T [I] C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D 0 X118 T C G I C G D C D A A T T T T A D C G T C G G G C C G T A A A G T A A T A A T G G G D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 X119 T C T [I] C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D 0 X120 C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 X121 T C T I C A D C D G A A T T T C I C A T T G G G T C G C G A G A C G A T G G C A T G D T T T I C G D C I A A T T T T C I C G T C T G G C C T T G T A A C A G T G G C A G G D 0 X122 T C G I A G D A D G G T T A A C D T G T C G G G C C G T G A A A T A A T A G C A G A D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 X123 T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D C T T I C G I C I G A T T T T C I C G G C T A G C T T T G T A A C A G T G G C A G G I 0 X124 T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A T G G C A T G D T C T D C A D C D G A A T T T C I C A T C G G G T C G C G A G A C A A C G G C A T G D END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = G = = G = = = A = T = = = A D = G = = = = = C = = T A = A G T = = = A A T G G = = = = T = = A = = = G = A = = = C I = A = = = = = T = = C G = G A C = = = G G C A T = = 0 D002 = C G = = = D = D ? = T = ? = A ? = = = = = = = C = = T A = A G T = = = ? A T G G = = = T T = = = I = I ? = A = ? = C ? = = = = = = = T = = C G = G A C = = = ? G C A T = = 0 D003 = = = = = A = = ? = = A = = = = = = A = = = = = = = = C = = G = = = = = = = = = T = = = = = = = G = = ? = = T = = = = = = G = = = = = = = = T = = A = = = = = = = = = G = = 0 D004 (T) = T ? = = = = I ? = = = = = C I = = = = T A = = = T = G T = A C = G = G = C A = = I (C) = G ? = = = = D ? = = = = = A D = = = = G G = = = G = A A = G T = A = A = T G = = D 0 D005 = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D006 = = = = = A (I) = D ? = A = = = = = = A = = G G = T = G C = A G = = = A = = = = = T = D = = = = = G (D) = I ? = T = = = = = = G = = T A = C = T T = T A = = = G = = = = = G = I 0 D007 T C G = = = D = D ? = ? ? = = = D = = T = G G = = C G = = A = G ? ? ? = A = T G = = D C T T = = = I = I ? = ? ? = = = I = = G = T A = = T T = = T = A ? ? ? = G = C A = = I 0 D008 = = G ? = G = = = A = T = ? = A D = G = = = = = C = = T A = A G T = = = ? A T G G = = = = T ? = A = = = G = A = ? = C I = A = = = = = T = = C G = G A C = = = ? G C A T = = 0 D009 = = = = = A = = = = = A = = = = = = A = = = = = = = = C = = G = = G = = = = = = T = = = = = = = G = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = T = = A = = A = = = = = = G = = 0 D010 = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = G = T = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = A = C = = = = = = = 0 D011 = = G = = G = = = A = T = = = A D = G = = = = = C = = T A = A G T = = = A A T G G = = = = T = = A = = = G = A = = = C I = A = = = = = T = = C G = G A C = = = G G C A T = = 0 D012 = = = I = G = = I ? = T = = = = = = G = = T A = C = T T = T A = = = G ? = = = = G = I = = = D = A = = D ? = A = = = = = = A = = G G = T = G C = A G = = = A ? = = = = T = D 0 D013 = C = = = A D = D ? = = = ? = = ? = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = T = = = G I = I ? = = = ? = = ? = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 D014 T C = = = A D = D ? ? A A = = = = = A T T G G = T C G C = A G = = G A = = = = = T = D C T = = = G I = I ? ? T T = = = = = G G C T A = C T T T = T A = = A G = = = = = G = I 0 D015 = = G = = G = = = A = ? ? ? = A D = G = = = = = C = = T A = A G T = = = A A T G G = = = = T = = A = = = G = ? ? ? = C I = A = = = = = T = = C G = G A C = = = G G C A T = = 0 DY01 = = G = = G = (A) = = = T = = A = D = G = = = = = C = = T = = A = T = = = A = = = G A = = = T = = A = (C) = = = A = = T = I = A = = = = = T = = C = = G = C = = = G = = = T G = 0 DY02 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 0 DY03 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = 0 DY04 = = G = = G = = = A = T = = = A D = G = = = = T C = = ? A = A G T = = = A = T G G = = = = T = = A = = = G = A = = = C I = A = = = = G T = = ? G = G A C = = = G = C A T = = 0 DY05 = = = ? = A = = = = = A = = = = = = A = = = = = = = = ? = = G = = = = = ? = ? = T = = = = = ? = G = = = = = T = = = = = = G = = = = = = = = ? = = A = = = = = ? = ? = G = = 0 DY06 = = G = = = = = ? ? = ? = = = = D = = = = = = = C = = = = = = G T = = = A = T G = = = = = T = = = = = ? ? = ? = = = = I = = = = = = = T = = = = = = A C = = = G = C A = = = 0 DY07 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = = = 0 DY08 = = G = = G = = ? ? = T = ? = A D = G = = = = = C = = T A = A G T = = = A = T G G = = = = T = = A = = ? ? = A = ? = C I = A = = = = = T = = C G = G A C = = = G = C A T = = 0 DY09 = = G = = G = = = A = T = = = A D = G = = = = = C = = T A = A G T = = = A A T G G = = = = T = = A = = = G = A = = = C I = A = = = = = T = = C G = G A C = = = G G C A T = = 0 DY10 T C = = = A D = D ? = A = = = = = = A = = G G = T C G C = A G = = G A = = = = = T = D C T = = = G I = I ? = T = = = = = = G = = T A = C T T T = T A = = A G = = = = = G = I 0 DY11 = = G = = G = = = A = T = ? = A D = G = = = = = C = = T A = A G T = = = A A T G G = = = = T = = A = = = G = A = ? = C I = A = = = = = T = = C G = G A C = = = G G C A T = = 0 DY12 = C G = = = (D) = ? ? = = = = = = ? = = = = G = = = = G = = A = G T = A = A ? T G = = = = T T = = = (I) = ? ? = = = = = = ? = = = = T = = = = T = = T = A C = G = G ? C A = = = 0 E101 T C = ? = A D = ? ? = A A = = = = = A T T G G = T C G C = A G = = G A = = = = = T = D C T = ? = G I = ? ? = T T = = = = = G G C T A = C T T T = T A = = A G = = = = = G = I 0 E102 = = G = = G = = = A = T T = = A D = G = C = = T C = = ? A = A G T A = = A = T G G = = = = T = = A = = = G = A A = = C I = A = T = = G T = = ? G = G A C G = = G = C A T = = 0 E103 = = G = = G = = = A = T T = = A D = G = C = = T C = = ? A = A G T A = = A = T G G ? = = = T = = A = = = G = A A = = C I = A = T = = G T = = ? G = G A C G = = G = C A T ? = 0 E104 T C = = = A D = D ? = A = = = = = = A T = G G = T C G C = A G = = = A = = = = = T = ? C T = = = G I = I ? = T = = = = = = G G = T A = C T T T = T A = = = G = = = = = G = ? 0 E105 = = G ? A G = A = = G T T A A = D T G = C = = = C = = T = = A = T A = ? A = = = G A = = = T ? C A = C = = A A A T T = I C A = T = = = T = = C = = G = C G = ? G = = = T G = 0 E106 T C = = = A D = ? ? = A = = = = = = A T = G G = T C G C = A G = = = A = = = = = T = D C T = = = G I = ? ? = T = = = = = = G G = T A = C T T T = T A = = = G = = = = = G = I 0 E107 = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E108 = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = 0 E109 = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = A = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = G = = = = = = = = = = = 0 E110 = = = = = = = = ? = = = T = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = 0 E111 = = G = = G = = = = = T = = = A D = G = = = = T C = = T A = A G T = = = A = T G G = = = = T = = A = = = = = A = = = C I = A = = = = G T = = C G = G A C = = = G = C A T = = 0 E112 = = G = A G = A = = G T = A A = D T G = = = = = C = = T = = A = T = = = A = = = G A = = = T = C A = C = = A A = T T = I C A = = = = = T = = C = = G = C = = = G = = = T G = 0 E113 T C G ? = = D = D ? = = = = = A D = = T = G G T = C G = A A = G T = A = A = T G = = D C T T ? = = I = I ? = = = = = C I = = G = T A G = T T = G T = A C = G = G = C A = = I 0 E114 = = G = = G = = = A = T = ? = A D = G = = = = T C = = T A = A G T = = = A = T G G = = = = T = = A = = = G = A = ? = C I = A = = = = G T = = C G = G A C = = = G = C A T = = 0 E115 = = G = = G = = = A = T = = = A D = G = = = = T C = = T A = A G T = = = A = T G G = = = = T = = A = = = G = A = = = C I = A = = = = G T = = C G = G A C = = = G = C A T = = 0 E116 T C = = = A D = D ? = A A = = = = = A T T G G = T C G C = A G = = G A = = = = = ? = D C T = = = G I = I ? = T T = = = = = G G C T A = C T T T = T A = = A G = = = = = ? = I 0 E117 = = = ? = = = = ? = = = T = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = 0 E118 = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = ? 0 E119 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = 0 E120 = = = I = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = ? = = = = D = = = = = = = = T = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = ? = 0 E121 = = G ? = G = = = A = T T = = A D = G = C = = T C = = T A = A G T A = ? A = T G G ? = = = T ? = A = = = G = A A = = C I = A = T = = G T = = C G = G A C G = ? G = C A T ? = 0 E122 T C = = = A D = D ? = ? = ? = = = = A T = G G = T C G C = A G = = = A = = = = = T = D C T = = = G I = I ? = ? = ? = = = = G G = T A = C T T T = T A = = = G = = = = = G = I 0 H101 = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = 0 H102 = = G I A G = A = = G T = A A = D T G = = = = = C = = ? = = A = T = = = A = = = G A = = = T D C A = C = = A A = T T = I C A = = = = = T = = ? = = G = C = = = G = = = T G = 0 H103 = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = ? 0 H104 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 H105 T C = D = A D = D ? = A = = = = = = A T = G G = T C G C = A G = = = A C = = = = T = ? C T = I = G I = I ? = T = = = = = = G G = T A = C T T T = T A = = = G T = = = = G = ? 0 H106 = = = = C = = C = A A ? ? T T A = C = = = = ? T = = = = A = = G = = = = = = T G = G ? = = = = A = = A = G G ? ? A A C = T = = = = ? G = = = = G = = A = = = = = = C A = A ? 0 H107 = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = ? 0 H108 = = G = A G = A = = G T = A A = D T G = = = = = C ? = T ? ? A = T = = = A = = = G A = = = T = C A = C = = A A = T T = I C A = = = = = T ? = C ? ? G = C = = = G = = = T G = 0 H109 T C = D = A D = = = = A = = = = = = A T = G G = T C G C = A = = = = A C = = = = T = ? C T = I = G I = = = = T = = = = = = G G = T A = C T T T = T = = = = G T = = = = G = ? 0 H110 = = G I = G = = = A = T = = = A D = G = = = = T C = = T A = A G T = = T A ? T G G = = = = T D = A = = = G = A = = = C I = A = = = = G T = = C G = G A C = = C G ? C A T = = 0 H111 = = G ? A G = A = = G T = A A = D T G = = = = = C ? = ? = = ? ? T A = ? A = = = G A = = = T ? C A = C = = A A = T T = I C A = = = = = T ? = ? = = ? ? C G = ? G = = = T G = 0 H112 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H113 = = G = A G = A = = G T T A A = D T G = C = = = C = = T = = ? = T A = = A ? = = G A = = = T = C A = C = = A A A T T = I C A = T = = = T = = C = = ? = C G = = G ? = = T G = 0 H114 = = G I A G = A = ? G T = A A = D T G = = = = = C = = T = = ? ? T = = T A = = = G A ? = = T D C A = C = ? A A = T T = I C A = = = = = T = = C = = ? ? C = = C G = = = T G ? 0 H115 = = = ? = = = = = = = = T = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = ? 0 H116 = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = ? = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = ? 0 H117 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = ? 0 H118 = = = I = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = ? = = = = = = = = D = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = ? = = = = = 0 H119 = = = ? = = = = = = = = T = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = A = ? = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = G = ? = = = = = ? = 0 H120 = = G I A G = A = = G T = ? A = D T G = = = = = C = = ? = = A = ? ? ? = A = = = G A = = = T D C A = C = = A A = ? T = I C A = = = = = T = = ? = = G = ? ? ? = G = = = T G = 0 H121 = = G = = G = = = A = T = = = A D = G = = = = T C = = T A = A G T = = = A ? T G G = = = = T = = A = = = G = A = = = C I = A = = = = G T = = C G = G A C = = = G ? C A T = = 0 H122 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X101 = = G ? = G = = = A = T = = = A D = G = C = = = C = = T A = A G T A = = A A T G G = = = = T ? = A = = = G = A = = = C I = A = T = = = T = = C G = G A C G = = G G C A T = = 0 X102 = = G I A G = A = = G T = A A = D T G = = = = = C = = T = = A = T = = = A = = = G A = = = T D C A = C = = A A = T T = I C A = = = = = T = = C = = G = C = = = G = = = T G = 0 X103 = C G = A = = A D ? G = = A A = D T = = = G = = = = G = = A = = T = A = A = = = = A ? = T T = C = = C I ? A = = T T = I C = = = T = = = = T = = T = = C = G = G = = = = G ? 0 X104 T C = = = A D = D ? = A = = = = = = A T T G G = T C G C = A G = = G A = = = = = T = D C T = = = G I = I ? = T = = = = = = G G C T A = C T T T = T A = = A G = = = = = G = I 0 X105 = = G ? A G = A = = G T = A A = D T G = = = = = C = = T = = A = T = = = A = = = G A = = = T ? C A = C = = A A = T T = I C A = = = = = T = = C = = G = C = = = G = = = T G = 0 X106 = = = = C = = C = A A = = ? T A = C = = = = = = = = = = A = = G = = = = = A T G = G = = = = = A = = A = G G = = ? A C = T = = = = = = = = = = G = = A = = = = = G C A = A = 0 X107 = = G = A G = A = = G T = ? ? ? D T G = C = = = C = = T = = A = T A = = A ? ? = G A = = = T = C A = C = = A A = ? ? ? I C A = T = = = T = = C = = G = C G = = G ? ? = T G = 0 X108 ? ? G = = = D = D ? = = = ? ? ? D = = T = G G = = C G = A A = G T = A = A A T G = = D ? ? T = = = I = I ? = = = ? ? ? I = = G = T A = = T T = G T = A C = G = G G C A = = I 0 X109 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 0 X110 T C G = A = D A D ? G = = A A = D T = T = G G = = C G = = A = = T = A = A = = = = A ? C T T = C = I C I ? A = = T T = I C = G = T A = = T T = = T = = C = G = G = = = = G ? 0 X111 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 X112 T C G = A = D = D ? = A = = = = = = A T T G G = T C G C = A G = = G A = = = = = T = D C T T = C = I = I ? = T = = = = = = G G C T A = C T T T = T A = = A G = = = = = G = I 0 X113 = = G I A G = A = = G T = ? A = D T G = = = = = C = = T = = A = T = = = A = = = G A = = = T D C A = C = = A A = ? T = I C A = = = = = T = = C = = G = C = = = G = = = T G = 0 X114 T C = D = A D = D ? = A = ? ? ? = = A T = G G = T C G C = A G = = = A = = = = = T = D C T = I = G I = I ? = T = ? ? ? = = G G = T A = C T T T = T A = = = G = = = = = G = I 0 X115 = C = = = A = = D ? = A = = = = = = A = T G = = T = G C = A G = = G A = = = = = T = ? = T = = = G = = I ? = T = = = = = = G = C T = = C = T T = T A = = A G = = = = = G = ? 0 X116 = = G I A G = A = = G T = = A = D T G = = = = = C = = T = = A = T = = = ? ? ? ? ? A = = = T D C A = C = = A A = = T = I C A = = = = = T = = C = = G = C = = = ? ? ? ? ? G = 0 X117 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = 0 X118 = = G I = G ? = ? ? = T = ? ? ? D = G = = = = = C = = T A = A G T = = = A A T G G = = = = T D = A ? = ? ? = A = ? ? ? I = A = = = = = T = = C G = G A C = = = G G C A T = = 0 X119 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 X120 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X121 = C = ? = A = = D ? = A = ? = = = = A = T G = = T = G C = A G = = G A = = = = = T = = = T = ? = G = = I ? = T = ? = = = = G = C T = = C = T T = T A = = A G = = = = = G = = 0 X122 T C G = A = D A D ? G = = A A = D T = T = G G = = C G = = A = = T = A = A = = = = A D C T T = C = I C I ? A = = T T = I C = G = T A = = T T = = T = = C = G = G = = = = G I 0 X123 T C = D = A D = D ? = A = = = = = = A T = G G ? ? C G C = A G = = = A = = = = = T = D C T = I = G I = I ? = T = = = = = = G G = T A ? ? T T T = T A = = = G = = = = = G = I 0 X124 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = ? = 1.00 ? = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 0.50 = 1.00 ? = = = = 1.00 ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 0.51 = 1.00 ? = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? = ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 0.98 = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = ? = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = ? ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 0.81 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = ? = ? = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = ? ? = ? = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = ? ? = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 0.86 = ? ? = = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = ? = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? ? = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 ? = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = ? = 1.00 = = = ? = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = 0.99 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = ? = ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = ? = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? = ? = = ? ? 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = ? = = 1.00 = ? ? ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? = = = ? ? ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = ? ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = ? ? ? ? ? 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = ? ? = 1.00 = ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = ? = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = END PHASEPROBS