Site Genotype1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 HD-chi2 XD-chi2 Total-chi2 000079 CC 0 0 0 2 2 CT 4 6 2 6 18 TT 23 16 20 15 74 0.173 0.548 0.050 1.252 0.506 000091 AA 0 0 0 0 0 AC 1 0 0 0 1 CC 26 22 22 23 93 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 000262 CC 27 22 21 24 94 CT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 000562 GG 0 0 0 0 0 GT 0 0 0 1 1 TT 27 22 22 22 93 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 000651 CC 21 16 20 12 69 CT 6 6 2 9 23 TT 0 0 0 2 2 0.422 0.548 0.050 0.028 0.003 000739 -- 0 0 0 0 0 +- 3 0 0 0 3 ++ 24 22 22 23 91 0.093 0.000 0.000 0.000 0.025 000754 GG 0 0 0 0 0 GT 1 0 0 0 1 TT 26 22 22 23 93 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 000769 GG 0 2 2 1 5 GT 14 9 8 12 43 TT 13 11 12 11 47 3.308 0.007 0.153 1.059 1.489 001359 AA 24 16 18 17 75 AT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.015 0.003 001365 -- 0 0 1 1 2 +- 3 2 9 6 20 ++ 21 14 7 11 53 0.107 0.071 0.746 0.023 0.005 001758 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 1 0 2 TT 25 22 21 24 92 0.010 0.000 0.012 0.000 0.011 001785 AA 27 22 22 23 94 AT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 001810 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 1 0 1 TT 27 22 21 24 94 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 001834 AA 25 22 22 24 93 AT 2 0 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 001916 AA 0 0 0 0 0 AC 0 2 7 10 19 CC 27 20 15 14 76 0.000 0.050 0.787 1.662 1.173 001944 AA 5 6 10 4 25 AG 17 13 10 12 52 GG 5 3 2 8 18 1.815 0.917 0.050 0.020 0.964 001968 -- 19 16 20 14 69 +- 7 6 2 7 22 ++ 0 0 0 2 2 0.629 0.548 0.050 0.616 0.025 004972 AA 0 0 0 0 0 AC 1 2 7 9 19 CC 26 20 15 15 76 0.010 0.050 0.787 1.278 1.173 004992 CC 0 0 0 0 0 CT 0 2 0 0 2 TT 27 20 22 24 93 0.000 0.050 0.000 0.000 0.011 005257 AA 23 22 22 24 91 AC 3 0 0 0 3 CC 0 0 0 0 0 0.097 0.000 0.000 0.000 0.025 005749 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 1 0 2 GG 27 18 19 21 85 0.000 0.014 0.013 0.000 0.012 005913 -- 0 0 0 0 0 +- 0 0 0 2 2 ++ 27 20 21 19 87 0.000 0.000 0.000 0.053 0.011 006894 -- 15 13 19 11 58 +- 8 4 1 10 23 ++ 0 0 0 2 2 1.019 0.302 0.013 0.017 0.025 007160 AA 0 1 1 0 2 AG 7 5 3 2 17 GG 9 10 14 11 44 1.254 0.118 1.655 0.090 0.051 007666 AA 26 20 15 15 76 AG 0 2 7 9 18 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.050 0.787 1.278 1.054 007740 AA 26 22 22 23 93 AG 0 0 0 1 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 008191 CC 0 0 0 0 0 CT 3 0 0 0 3 TT 23 22 22 24 91 0.097 0.000 0.000 0.000 0.025 008607 AA 24 22 22 24 92 AG 3 0 0 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.093 0.000 0.000 0.000 0.024 011794 AA 6 6 10 4 26 AT 16 12 10 13 51 TT 2 3 1 7 13 3.311 0.583 0.583 0.243 2.232 011841 AA 24 21 21 23 89 AG 0 0 0 1 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 012056 AA 19 22 21 24 86 AG 6 0 0 0 6 GG 0 0 0 0 0 0.465 0.000 0.000 0.000 0.105 012110 AA 0 0 2 0 2 AT 1 11 3 0 15 TT 24 11 16 24 75 0.010 2.444 4.954 0.000 1.316 012558 AA 0 0 0 1 1 AT 0 2 6 5 13 TT 21 18 13 10 62 0.000 0.055 0.668 0.118 0.112 013392 AA 0 0 0 0 0 AT 1 2 7 8 18 TT 26 20 15 11 72 0.010 0.050 0.787 1.351 1.111 013536 AA 0 2 1 0 3 AC 10 7 3 2 22 CC 17 13 18 17 65 1.395 0.505 2.296 0.059 0.435 013909 AA 0 0 0 0 0 AT 0 0 1 0 1 TT 25 22 21 23 91 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 014122 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 1 0 1 GG 25 22 21 23 91 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 015578 -- 24 21 21 22 88 +- 3 0 0 0 3 ++ 0 0 0 0 0 0.093 0.000 0.000 0.000 0.026 015630 -- 0 2 2 1 5 +- 12 9 8 11 40 ++ 12 11 12 12 47 2.667 0.007 0.153 0.618 0.893 015699 CC 27 20 15 15 77 CT 0 2 7 9 18 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.050 0.787 1.278 1.040 016126 AA 5 6 10 4 25 AG 17 13 10 13 53 GG 5 3 2 7 17 1.815 0.917 0.050 0.243 1.455 016152 AA 26 22 22 24 94 AG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 016337 GG 0 0 0 2 2 GT 2 6 2 7 17 TT 25 16 20 15 76 0.040 0.548 0.050 0.730 0.768 016401 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 0 0 2 GG 25 22 22 24 93 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 016408 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 1 0 1 GG 27 22 21 24 94 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 016679 CC 26 22 22 24 94 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 016772 CC 26 11 17 16 70 CT 1 11 3 8 23 TT 0 0 2 0 2 0.010 2.444 5.290 0.960 0.005 016844 GG 20 16 20 12 68 GT 7 6 2 10 25 TT 0 0 0 2 2 0.599 0.548 0.050 0.002 0.029 017091 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 27 22 22 23 94 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 018409 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 0 0 1 TT 26 20 22 22 90 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 018470 GG 0 0 0 0 0 GT 3 0 0 0 3 TT 24 22 22 24 92 0.093 0.000 0.000 0.000 0.024 019423 AA 0 0 0 2 2 AG 6 6 2 7 21 GG 21 16 19 15 71 0.422 0.548 0.053 0.730 0.091 019555 AA 26 22 20 24 92 AG 0 0 1 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 019756 AA 26 22 20 24 92 AG 0 0 1 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 019884 GG 26 21 21 24 92 GT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 019963 CC 26 22 21 23 92 CT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 020216 GG 25 13 18 23 79 GT 1 7 3 0 11 TT 0 2 1 0 3 0.010 0.505 2.296 0.000 7.706 020318 GG 0 0 0 0 0 GT 3 0 0 0 3 TT 23 22 22 23 90 0.097 0.000 0.000 0.000 0.025 020441 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 25 22 22 23 92 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 020454 GG 0 0 0 0 0 GT 1 0 0 0 1 TT 25 22 22 23 92 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 020477 CC 3 3 2 7 15 CT 15 13 10 12 50 TT 8 6 10 4 28 1.021 0.917 0.050 0.087 0.870 020497 CC 26 22 22 20 90 CT 0 0 0 3 3 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.112 0.025 020557 AA 25 22 22 23 92 AT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 020699 AA 27 22 22 23 94 AG 0 0 0 1 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 020776 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 3 4 GG 26 22 21 21 90 0.010 0.000 0.000 0.107 0.044 020832 AA 26 22 21 24 93 AC 1 0 0 0 1 CC 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 020969 CC 24 16 18 15 73 CT 3 6 2 7 18 TT 0 0 0 2 2 0.093 0.548 0.055 0.730 0.483 020976 GG 26 22 21 24 93 GT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 020998 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 27 22 21 23 93 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 021010 AA 27 20 21 24 92 AG 0 2 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.050 0.000 0.000 0.011 021089 CC 27 22 21 20 90 CT 0 0 0 3 3 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.112 0.025 021324 CC 26 22 22 24 94 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 021628 GG 20 16 20 12 68 GT 7 6 2 10 25 TT 0 0 0 2 2 0.599 0.548 0.050 0.002 0.029 021686 GG 0 0 0 0 0 GT 0 0 0 1 1 TT 27 22 22 23 94 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 021944 CC 5 6 8 4 23 CT 15 11 7 13 46 TT 4 2 2 7 15 1.526 0.851 0.060 0.243 0.931 023037 AA 0 2 1 0 3 AG 10 7 3 4 24 GG 17 13 17 20 67 1.395 0.505 2.136 0.198 0.217 023095 CC 24 22 21 24 91 CT 3 0 0 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.093 0.000 0.000 0.000 0.025 023187 AA 20 16 19 12 67 AT 7 6 2 10 25 TT 0 0 0 2 2 0.599 0.548 0.053 0.002 0.035 023529 AA 4 3 2 7 16 AG 17 13 6 13 49 GG 4 6 10 4 24 3.240 0.917 0.516 0.243 1.079 023669 AA 25 22 19 23 89 AG 0 0 0 1 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 023765 -- 21 21 16 24 82 +- 4 1 1 0 6 ++ 0 0 0 0 0 0.189 0.012 0.016 0.000 0.110 024067 AA 24 22 20 24 90 AG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 024132 AA 12 13 16 20 61 AG 13 8 3 4 28 GG 0 1 1 0 2 3.086 0.027 1.976 0.198 0.346 024681 CC 12 11 12 12 47 CT 13 9 7 11 40 TT 0 2 2 1 5 3.086 0.007 0.399 0.618 0.893 024865 AA 21 11 15 16 63 AG 4 11 4 7 26 GG 0 0 2 0 2 0.189 2.444 3.070 0.741 0.129 024872 AA 19 16 19 11 65 AG 6 6 2 10 24 GG 0 0 0 2 2 0.465 0.548 0.053 0.017 0.015 024917 CC 26 22 22 20 90 CT 1 0 0 3 4 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.112 0.044 025198 AA 27 21 20 21 89 AT 0 0 0 3 3 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.107 0.025 025347 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 3 3 TT 27 20 20 21 88 0.000 0.000 0.000 0.107 0.026 025367 GG 0 0 0 0 0 GT 1 0 0 0 1 TT 25 20 20 24 89 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 025386 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 9 1 11 TT 25 20 11 23 79 0.010 0.000 1.686 0.011 0.381 025436 AA 24 20 20 24 88 AT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 025602 CC 20 20 20 22 82 CT 6 0 0 0 6 TT 0 0 0 0 0 0.442 0.000 0.000 0.000 0.110 025619 AA 0 0 0 0 0 AG 3 0 0 0 3 GG 23 20 20 22 85 0.097 0.000 0.000 0.000 0.026 026188 AA 0 2 2 1 5 AG 12 9 8 10 39 GG 12 11 12 12 47 2.667 0.007 0.153 0.374 0.723 026395 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 25 22 22 21 90 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 026505 -- 0 0 0 0 0 +- 1 0 0 0 1 ++ 25 22 22 22 91 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 027222 CC 0 0 0 0 0 CT 0 1 0 0 1 TT 20 13 21 16 70 0.000 0.019 0.000 0.000 0.004 027583 AA 22 21 20 23 86 AT 3 0 0 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.102 0.000 0.000 0.000 0.026 027637 AA 0 0 0 0 0 AG 7 0 0 4 11 GG 18 22 18 18 76 0.663 0.000 0.000 0.220 0.396 027762 CC 12 13 18 18 61 CT 13 7 3 4 27 TT 0 1 1 0 2 3.086 0.002 2.296 0.220 0.245 028075 AA 14 13 18 19 64 AG 13 7 3 4 27 GG 0 1 1 0 2 2.714 0.002 2.296 0.209 0.190 028101 CC 26 20 22 23 91 CG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 028117 GG 4 2 2 7 15 GT 17 12 10 12 51 TT 6 6 10 4 26 1.913 1.250 0.050 0.087 1.432 028262 CC 25 19 18 24 86 CG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 028264 CC 25 19 18 24 86 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 028330 GG 26 19 20 23 88 GT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 028391 CC 24 19 20 24 87 CG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.042 0.000 0.000 0.000 0.011 028889 CC 26 22 22 22 92 CG 0 0 0 2 2 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.045 0.011 028926 GG 26 19 19 23 87 GT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 029293 AA 0 0 0 0 0 AG 1 2 7 9 19 GG 26 16 14 15 71 0.010 0.062 0.840 1.278 1.253 029385 GG 0 0 0 0 0 GT 1 0 0 0 1 TT 26 20 20 24 90 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 029990 AA 0 0 0 0 0 AC 0 0 0 2 2 CC 25 20 18 19 82 0.000 0.000 0.000 0.053 0.012 030111 AA 26 17 17 18 78 AG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 030202 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 1 0 1 TT 24 14 17 20 75 0.000 0.000 0.015 0.000 0.003 030338 -- 20 15 13 12 60 +- 6 5 0 6 17 ++ 0 0 0 1 1 0.442 0.408 0.000 0.048 0.028 032154 GG 0 0 0 0 0 GT 0 0 0 1 1 TT 22 22 21 21 86 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 032171 CC 20 22 22 22 86 CG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.050 0.000 0.000 0.000 0.012 034387 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 0 0 1 TT 20 16 16 18 70 0.012 0.000 0.000 0.000 0.004 034897 GG 25 22 22 24 93 GT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000739: agat 001365: at 001968: TAGCTGCCGCCG 005913: aac 006894: gg 015578: A 015630: T 023765: AAGTGGATGAAGATTTTTATATTTT 026505: ccatcc 030338: TC