Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000079 C 0.07 0.14 0.05 0.22 0.12 T 0.93 0.86 0.95 0.78 0.88 0.14 0.24 0.09 0.34 0.21 000091 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 000262 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 000562 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 000651 T 0.11 0.14 0.05 0.28 0.14 C 0.89 0.86 0.95 0.72 0.86 0.20 0.24 0.09 0.41 0.25 000739 - 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 + 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 000754 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 000769 G 0.26 0.30 0.27 0.29 0.28 T 0.74 0.70 0.73 0.71 0.72 0.38 0.42 0.40 0.41 0.40 001359 T 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.97 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 001365 - 0.06 0.06 0.32 0.22 0.16 + 0.94 0.94 0.68 0.78 0.84 0.12 0.12 0.44 0.35 0.27 001758 C 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 001785 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 001810 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 001834 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 001916 A 0.00 0.05 0.16 0.21 0.10 C 1.00 0.95 0.84 0.79 0.90 0.00 0.09 0.27 0.33 0.18 001944 G 0.50 0.43 0.32 0.58 0.46 A 0.50 0.57 0.68 0.42 0.54 0.50 0.49 0.43 0.49 0.50 001968 + 0.13 0.14 0.05 0.24 0.14 - 0.87 0.86 0.95 0.76 0.86 0.23 0.24 0.09 0.36 0.24 004972 A 0.02 0.05 0.16 0.19 0.10 C 0.98 0.95 0.84 0.81 0.90 0.04 0.09 0.27 0.30 0.18 004992 C 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 005257 C 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 005749 A 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 G 1.00 0.97 0.97 1.00 0.99 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 005913 - 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 + 1.00 1.00 1.00 0.95 0.99 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 006894 + 0.17 0.12 0.03 0.30 0.16 - 0.83 0.88 0.97 0.70 0.84 0.29 0.21 0.05 0.42 0.27 007160 A 0.22 0.22 0.14 0.08 0.17 G 0.78 0.78 0.86 0.92 0.83 0.34 0.34 0.24 0.14 0.28 007666 G 0.00 0.05 0.16 0.19 0.10 A 1.00 0.95 0.84 0.81 0.90 0.00 0.09 0.27 0.30 0.17 007740 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 008191 C 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 008607 G 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 011794 T 0.42 0.43 0.29 0.56 0.43 A 0.58 0.57 0.71 0.44 0.57 0.49 0.49 0.41 0.49 0.49 011841 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 012056 G 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.88 1.00 1.00 1.00 0.97 0.21 0.00 0.00 0.00 0.06 012110 A 0.02 0.25 0.17 0.00 0.10 T 0.98 0.75 0.83 1.00 0.90 0.04 0.38 0.28 0.00 0.19 012558 A 0.00 0.05 0.16 0.22 0.10 T 1.00 0.95 0.84 0.78 0.90 0.00 0.10 0.27 0.34 0.18 013392 A 0.02 0.05 0.16 0.21 0.10 T 0.98 0.95 0.84 0.79 0.90 0.04 0.09 0.27 0.33 0.18 013536 A 0.19 0.25 0.11 0.05 0.16 C 0.81 0.75 0.89 0.95 0.84 0.30 0.38 0.20 0.10 0.26 013909 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 014122 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 015578 + 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 - 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 015630 - 0.25 0.30 0.27 0.27 0.27 + 0.75 0.70 0.73 0.73 0.73 0.38 0.42 0.40 0.39 0.40 015699 T 0.00 0.05 0.16 0.19 0.09 C 1.00 0.95 0.84 0.81 0.91 0.00 0.09 0.27 0.30 0.17 016126 G 0.50 0.43 0.32 0.56 0.46 A 0.50 0.57 0.68 0.44 0.54 0.50 0.49 0.43 0.49 0.50 016152 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 016337 G 0.04 0.14 0.05 0.23 0.11 T 0.96 0.86 0.95 0.77 0.89 0.07 0.24 0.09 0.35 0.20 016401 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 016408 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 016679 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 016772 T 0.02 0.25 0.16 0.17 0.14 C 0.98 0.75 0.84 0.83 0.86 0.04 0.38 0.27 0.28 0.24 016844 T 0.13 0.14 0.05 0.29 0.15 G 0.87 0.86 0.95 0.71 0.85 0.23 0.24 0.09 0.41 0.26 017091 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 018409 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 018470 G 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 019423 A 0.11 0.14 0.05 0.23 0.13 G 0.89 0.86 0.95 0.77 0.87 0.20 0.24 0.09 0.35 0.23 019555 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 019756 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 019884 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 019963 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 020216 T 0.02 0.25 0.11 0.00 0.09 G 0.98 0.75 0.89 1.00 0.91 0.04 0.38 0.20 0.00 0.17 020318 G 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 020441 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 020454 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 020477 C 0.40 0.43 0.32 0.57 0.43 T 0.60 0.57 0.68 0.43 0.57 0.48 0.49 0.43 0.49 0.49 020497 T 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 C 1.00 1.00 1.00 0.93 0.98 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 020557 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 020699 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 020776 A 0.02 0.00 0.00 0.06 0.02 G 0.98 1.00 1.00 0.94 0.98 0.04 0.00 0.00 0.12 0.04 020832 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 020969 T 0.06 0.14 0.05 0.23 0.12 C 0.94 0.86 0.95 0.77 0.88 0.10 0.24 0.10 0.35 0.21 020976 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 020998 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 021010 G 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 021089 T 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 C 1.00 1.00 1.00 0.93 0.98 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 021324 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 021628 T 0.13 0.14 0.05 0.29 0.15 G 0.87 0.86 0.95 0.71 0.85 0.23 0.24 0.09 0.41 0.26 021686 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 021944 T 0.48 0.39 0.32 0.56 0.45 C 0.52 0.61 0.68 0.44 0.55 0.50 0.48 0.44 0.49 0.50 023037 A 0.19 0.25 0.12 0.08 0.16 G 0.81 0.75 0.88 0.92 0.84 0.30 0.38 0.21 0.15 0.27 023095 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 023187 T 0.13 0.14 0.05 0.29 0.15 A 0.87 0.86 0.95 0.71 0.85 0.23 0.24 0.09 0.41 0.26 023529 A 0.50 0.43 0.28 0.56 0.46 G 0.50 0.57 0.72 0.44 0.54 0.50 0.49 0.40 0.49 0.50 023669 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 023765 + 0.08 0.02 0.03 0.00 0.03 - 0.92 0.98 0.97 1.00 0.97 0.15 0.04 0.06 0.00 0.07 024067 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 024132 G 0.26 0.23 0.12 0.08 0.18 A 0.74 0.77 0.88 0.92 0.82 0.38 0.35 0.22 0.15 0.29 024681 T 0.26 0.30 0.26 0.27 0.27 C 0.74 0.70 0.74 0.73 0.73 0.38 0.42 0.39 0.39 0.40 024865 G 0.08 0.25 0.19 0.15 0.16 A 0.92 0.75 0.81 0.85 0.84 0.15 0.38 0.31 0.26 0.28 024872 G 0.12 0.14 0.05 0.30 0.15 A 0.88 0.86 0.95 0.70 0.85 0.21 0.24 0.09 0.42 0.26 024917 T 0.02 0.00 0.00 0.07 0.02 C 0.98 1.00 1.00 0.93 0.98 0.04 0.00 0.00 0.12 0.04 025198 T 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 A 1.00 1.00 1.00 0.94 0.98 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 025347 C 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 T 1.00 1.00 1.00 0.94 0.98 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 025367 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 025386 C 0.02 0.00 0.23 0.02 0.06 T 0.98 1.00 0.78 0.98 0.94 0.04 0.00 0.35 0.04 0.11 025436 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 025602 T 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.88 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.07 025619 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 026188 A 0.25 0.30 0.27 0.26 0.27 G 0.75 0.70 0.73 0.74 0.73 0.38 0.42 0.40 0.39 0.39 026395 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 026505 - 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 + 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 027222 C 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.96 1.00 1.00 0.99 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 027583 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 027637 A 0.14 0.00 0.00 0.09 0.06 G 0.86 1.00 1.00 0.91 0.94 0.24 0.00 0.00 0.17 0.12 027762 T 0.26 0.21 0.11 0.09 0.17 C 0.74 0.79 0.89 0.91 0.83 0.38 0.34 0.20 0.17 0.29 028075 G 0.24 0.21 0.11 0.09 0.17 A 0.76 0.79 0.89 0.91 0.83 0.37 0.34 0.20 0.16 0.28 028101 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 028117 G 0.46 0.40 0.32 0.57 0.44 T 0.54 0.60 0.68 0.43 0.56 0.50 0.48 0.43 0.49 0.49 028262 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 028264 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 028330 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 028391 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 028889 G 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 028926 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 029293 A 0.02 0.06 0.17 0.19 0.11 G 0.98 0.94 0.83 0.81 0.89 0.04 0.10 0.28 0.30 0.19 029385 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 029990 A 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.95 0.99 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 030111 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 030202 C 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.97 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 030338 + 0.12 0.12 0.00 0.21 0.12 - 0.88 0.88 1.00 0.79 0.88 0.20 0.22 0.00 0.33 0.21 032154 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 032171 G 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.95 1.00 1.00 1.00 0.99 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 034387 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 034897 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000739: agat 001365: at 001968: TAGCTGCCGCCG 005913: aac 006894: gg 015578: A 015630: T 023765: AAGTGGATGAAGATTTTTATATTTT 026505: ccatcc 030338: TC