************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 hmox2.phase.inp hmox2.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST hmox2.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates hmox2.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual hmox2.phase.out_recom : estimates of recombination parameters hmox2.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 38 Positions of loci: 139 240 512 543 568 820 1659 1847 1865 2305 2313 4189 4191 4556 4583 7369 10862 11112 11720 11909 19728 20060 22142 24388 25709 27061 28521 28748 30315 31521 32006 32467 34109 34171 35861 36095 36187 36489 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file hmox2.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CGATCCCGGGGTTCTGTCCCGCGCGCGTCGAGCGGGTG 1.000000 2 CGATCCCGGGGTTCTGTCACGCGCGCGTCGAGCGGGTC 5.000000 3 CGATCCCAGGGTTCTGATCCGTCGGCGTTGAGCAAGAC 1.000000 4 CGATCCCAGGGTTCTGTCACGCGGGCGTCGAGCGGGTG 1.000000 5 CGATCCCAGGGTTCTGTCACGCGCGCGTCGAGCGGGTG 39.000000 6 CGATCTCGGGACTATGATCCGTCGGCGTTGAGCAAGAC 77.000000 7 CGATCTCGGGACTATGATCCGTCGGCGTTGAGCAGGTG 1.000000 8 CGATCTCGGGACTATGATCCGTCGGCGTCGAGCGGGTG 1.000000 9 CGATCTCGGGACTATGATCCGCGCGCGTTGAGCAAGAC 1.000000 10 CGATCTCGGGACTATGATCCGCGCGCGTCGAGCGGGTG 1.000000 11 CGATCTCGGGACTATGATCCATCGGCGTTGAGCAAGAC 9.000000 12 CGATCTCGGGACTATGACACGCGCGCGTCGAGCGAGAC 1.000000 13 CGATCTCGGGACTCTGATCCGTCGGCGTTGAGCAAGAC 2.000000 14 CGATCTCGGGGTTCTGTCACGCGCGCGTCGAGCGGGAC 7.000000 15 CGACCCCAGGGTTCTGTCACGCGCGCGTCGAGCGGGTG 12.000000 16 CCATTTTGCGGCCCCCACACGCGCGCGTCGAGCGGGAC 5.000000 17 CCTTTTTGCAGCCCCCTCACGCGCGCGTCGAGCGGGTG 1.000000 18 ACTTTTTGGAGCCCCCACATGCGCAGTCCCTAAGGAAC 1.000000 19 ACTTTTTGCAGCCCCCACATGTGCAGTCCCTAAGGAAC 8.000000 20 ACTTTTTGCAGCCCCCACATGCGCAGTCCCTAAGGAAC 6.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (6,6) P002: (6,15) P003: (2,18) P004: (5,14) P005: (6,15) P006: (11,11) P007: (11,11) P008: (6,6) P009: (5,5) P010: (5,13) P011: (14,19) P012: (19,19) P013: (5,13) P014: (15,15) P015: (5,6) P016: (2,7) P017: (6,14) P018: (5,14) P019: (5,11) P020: (1,20) P021: (14,17) P022: (5,6) P023: (6,6) P024: (6,9) P025: (6,15) P026: (5,6) P027: (5,6) P028: (6,15) P029: (5,16) P030: (5,6) P031: (6,19) P032: (16,20) P033: (6,6) P034: (5,6) P035: (6,6) P036: (5,6) P037: (5,15) P038: (16,19) P039: (6,6) P040: (6,15) P041: (11,14) P042: (5,6) P043: (5,10) P044: (6,6) P045: (15,15) P046: (3,5) P047: (5,6) P048: (6,6) P049: (5,5) P050: (19,19) P051: (5,11) P052: (5,8) P053: (5,15) P054: (6,6) P055: (6,6) P056: (6,16) P057: (6,6) P058: (6,6) P059: (2,5) P060: (6,6) P061: (5,6) P062: (5,6) P063: (5,6) P064: (2,20) P065: (2,16) P066: (6,6) P067: (5,6) P068: (5,20) P069: (4,6) P070: (5,6) P071: (6,6) P072: (5,6) P073: (6,15) P074: (6,6) P075: (5,6) P076: (5,6) P077: (6,6) P078: (6,11) P079: (6,6) P080: (5,14) P081: (6,6) P082: (6,6) P083: (5,6) P084: (6,6) P085: (6,11) P086: (6,19) P087: (6,20) P088: (5,6) P089: (5,12) P090: (6,20) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P002 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A C C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G 0 P003 C G A T C C C G G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T C A C T T T T T G G A G C C C C C A C A T G C G C A G T C C C T A A G G A A C 0 P004 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G A C 0 P005 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A C C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G 0 P006 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C A T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C A T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P007 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C A T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C A T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P008 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P009 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G 0 P010 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T C T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P011 C G A T C T C G G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G A C A C T T T T T G C A G C C C C C A C A T G T G C A G T C C C T A A G G A A C 0 P012 A C T T T T T G C A G C C C C C A C A T G T G C A G T C C C T A A G G A A C A C T T T T T G C A G C C C C C A C A T G T G C A G T C C C T A A G G A A C 0 P013 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T C T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P014 C G A C C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A C C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G 0 P015 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P016 C G A T C C C [G] G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T (C) C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A G G T (G) 0 P017 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G A C 0 P018 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G A C 0 P019 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C A T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P020 C G A T C C C G G G G T T C T G T C (C) C G C G C G C G T C G A G C G G G T G A C T T T T T G C A G C C C C C A C (A) T G C G C A G T C C C T A A G G A A C 0 P021 C G A T C T C G G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G A C C C T T T T T G C A G C C C C C T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G 0 P022 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P023 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P024 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G C G C G C G T T G A G C A A G A C 0 P025 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A C C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G 0 P026 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P027 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P028 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A C C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G 0 P029 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C C A T T T T G C G G C C C C C A C A C G C G C G C G T C G A G C G G G A C 0 P030 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P031 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C A C T T T T T G C A G C C C C C A C A T G T G C A G T C C C T A A G G A A C 0 P032 C C A T T T T G C G G C C C C C A C A C G C G C G C G T C G A G C G G G A C A C T T T T T G C A G C C C C C A C A T G C G C A G T C C C T A A G G A A C 0 P033 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P034 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P035 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P036 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P037 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A C C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G 0 P038 C C A T T T T G C G G C C C C C A C A C G C G C G C G T C G A G C G G G A C A C T T T T T G C A G C C C C C A C A T G T G C A G T C C C T A A G G A A C 0 P039 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P040 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A C C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G 0 P041 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C A T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G A C 0 P042 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P043 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G C G C G C G T C G A G C G G G T G 0 P044 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P045 C G A C C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A C C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G 0 P046 C G A T C C C A G G G T T C T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G 0 P047 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P048 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P049 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G 0 P050 A C T T T T T G C A G C C C C C A C A T G T G C A G T C C C T A A G G A A C A C T T T T T G C A G C C C C C A C A T G T G C A G T C C C T A A G G A A C 0 P051 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C A T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P052 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T C G A G C G G G T G 0 P053 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A C C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G 0 P054 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P055 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P056 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C C A T T T T G C G G C C C C C A C A C G C G C G C G T C G A G C G G G A C 0 P057 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P058 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P059 C G A T C C C G G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T C C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G 0 P060 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P061 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P062 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P063 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P064 C G A T C C C G G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T C A C T T T T T G C A G C C C C C A C A T G C G C A G T C C C T A A G G A A C 0 P065 C G A T C C C G G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T C C C A T T T T G C G G C C C C C A C A C G C G C G C G T C G A G C G G G A C 0 P066 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P067 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P068 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G A C T T T T T G C A G C C C C C A C A T G C G C A G T C C C T A A G G A A C 0 P069 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G G G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P070 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P071 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P072 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P073 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A C C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G 0 P074 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P075 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P076 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P077 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P078 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C A T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P079 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P080 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G A C 0 P081 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P082 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P083 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P084 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P085 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C A T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P086 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C A C T T T T T G C A G C C C C C A C A T G T G C A G T C C C T A A G G A A C 0 P087 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C A C T T T T T G C A G C C C C C A C A T G C G C A G T C C C T A A G G A A C 0 P088 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G G G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C 0 P089 C G A T C C C A G G G T T C T G T C A C G C G C G C G T C G A G C G (G) G T G C G A T C T C G G G A C T A T G A C A C G C G C G C G T C G A G C G (A) G A C 0 P090 C G A T C T C G G G A C T A T G A T C C G T C G G C G T T G A G C A A G A C A C T T T T T G [C] A G C C C C C A C A T G C G C A G T C C C T A A G G A A C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 P002 = = = T = T = G = ? ? C = ? = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = ? C = = = C = C = A = ? ? T = ? = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = ? G 0 P003 C G ? = C C C = = ? = T T = T G T = = C = = = = G C G T ? G A G C = = G T = A C ? = T T T = = ? = C C = C C A = = T = = = = A G T C ? C T A A = = A A = 0 P004 = = = = = C = A = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = T G = = = = = T = G = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = A C 0 P005 = = = T = T = G = = ? C = A = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = A C = = = C = C = A = = ? T = C = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = T G 0 P006 = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 P007 = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 P008 = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P009 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P010 = = = = = C = A = = G T = = = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = ? G = = = = = T = G = = A C = = = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = ? C 0 P011 C G A = C = C = G G = T T = T G T = = C = C = = G C G T = G A G C = = G = = A C T = T = T = C A = C C = C C A = = T = T = = A G T C = C T A A = = A = = 0 P012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P013 = = = = = C = A = = G T = = = = T C A = = C G ? = = = = C = = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = = = = A T C = = T C ? = = = = T = = = = A A = A C 0 P014 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P015 = = = = = C = A = ? ? T = C = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = T G = = = = = T = G = ? ? C = A = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = A C 0 P016 = = = = = C ? ? ? ? ? T = C = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G = = = (C) = = = = = T ? ? ? ? ? C = A = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A = = = (G) 0 P017 ? ? = = = = = = = = A C = A = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = = = ? ? = = = = = = = = G T = C = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = = = 0 P018 = = = = = C = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? T G = = = = = T = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? A C 0 P019 = = = = = C = A = = G T = C = = ? ? A = G C G C = = = = C = = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = A = = ? ? C = A T C G = = = = T = = = = A A = A C 0 P020 C G A = C C C = G G = T T = T G T = (C) C = = = = G C G T = G A G C = = G T G A C T = T T T = C A = C C = C C A = (A) T = = = = A G T C = C T A A = = A A C 0 P021 = G A = C = C = G G = T T = T G = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = A C = C T = T = T = C A = C C = C C = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = T G 0 P022 = = = = = C = A = = G T = C = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = A = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = A C 0 P023 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P024 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = T C G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = C G C = = = = = = = = = = = = = = 0 P025 = ? = T = T = G = = A C = A = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = A C = ? = C = C = A = = G T = C = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = T G 0 P026 = = = = = C = A = = G T = ? = = T C A = = C G ? = = = = C = = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = ? = = A T C = = T C ? = = = = T = = = = A A = A C 0 P027 = = = = = C = A = = G T = C = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = A = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = A C 0 P028 = = = T = T = G = = A C = A = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = A C = = = C = C = A = = G T = C = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = T G 0 P029 = G = = C C C A G = = T T = T G T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T G = C = = T T T G C = = C C = C C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A C 0 P030 = = = = = C = A = = G T = ? ? = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = ? ? = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = A C 0 P031 C G A = C = C = G G A = T A T G = T C C = = C G G C G T T G A G C A A G = = A C T = T = T = C A G = C C C C = C A T = = G C A G T C C C T A A G G A = = 0 P032 C = A = = = = = = G = = = = = = = = = C = = = = G C G T = G A G C = = G = ? A = T = = = = = = A = = = = = = = = = T = = = = A G T C = C T A A = = A = ? 0 P033 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P034 = = = = = C = A = = G T = ? = = T C A = = C G C = = = = C ? = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = ? = = A T C = = T C G = = = = T ? = = = A A = A C 0 P035 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P036 = = = = = ? = A = = G T = C = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = T G = = = = = ? = G = = A C = A = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = A C 0 P037 = = = T = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P038 C = A = = = = = = G = = = = = = = = = C = C = = G C G T = G A G C = = G = = A = T = = = = = = A = = = = = = = = = T = T = = A G T C = C T A A = = A = = 0 P039 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P040 = = = T = T = G = = A C = A = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = A C = = = C = C = A = = G T = C = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = T G 0 P041 = = = = = = = = = = A C = ? = = A T C = A T C G = = = = T = = = = A A = = = = = = = = = = = = = G T = ? = = T C A = G C G C = = = = C = = = = G G = = = 0 P042 = = = = = C = A = = G T = C = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = A = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = A C 0 P043 = = = = = C = A = = G T = C = = T C A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = G = = A C = A = = A T C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P044 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P045 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P046 = = = = = = = = = = = = = = = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = A C = = = = = = = = = = = = = = = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = T G 0 P047 = = = = = C = A = = G T = C = = T C A = = C G ? = = = = C = = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = A = = A T C = = T C ? = = = = T = = = = A A = A C 0 P048 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P049 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 0 P050 ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P051 = = = = = ? = A = = G T = C = ? T C A = G C G C = = = = C = = = = G G = T G = = = = = ? = G = = A C = A = ? A T C = A T C G = = = = T = = = = A A = A C 0 P052 = = = = = C = A = = G T = C = = T C A = = C G C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = G = = A C = A = = A T C = = T C G = = = = = = = = = = = = = = 0 P053 = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P054 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 P055 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = 0 P056 = G = = C = C = G = A = T ? T G = T C = = T C G = = = = T ? ? = = A A = = = = C = = T = T = C = G = C ? C C = C A = = C G C = = = = C ? ? = = G G = = = 0 P057 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P058 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P059 = = = = = ? = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = ? = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G 0 P060 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 P061 = = = = = C = A = = G T = ? = = T C A = = C G C ? = = = C = = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = ? = = A T C = = T C G ? = = = T = = = = A A = A C 0 P062 ? ? ? ? ? ? = A = = G T = C = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = T G ? ? ? ? ? ? = G = = A C = A = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = A C 0 P063 = = = = = C = A = = G T = C = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = A = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = A C 0 P064 C G A = C C C = G G = T T = T G T = = C = = = = G C G T = G A G C = = G T = A C T = T T T = C A = C C = C C A = = T = = = = A G T C = C T A A = = A A = 0 P065 = G = = C C C = G = = T T = T G T = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = T = = C = = T T T = C = = C C = C C A = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = A = 0 P066 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 P067 = = = = = C = A = = G T = C ? = T C A = = C G ? = = = = ? = = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = A ? = A T C = = T C ? = = = = ? = = = = A A = A C 0 P068 C G A = C C C A G G = T T = T G T = = C = = = = G C G T = G A G C = = G T G A C T = T T T G C A = C C = C C A = = T = = = = A G T C = C T A A = = A A C 0 P069 = = = = = C = A = = G T = C = = T C A = = C G = = = = = C = = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = A = = A T C = = T C = = = = = T = = = = A A = A C 0 P070 = = = = = C = A = = G T = C = ? T C A = = C G C = = = = C ? ? = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = A = ? A T C = = T C G = = = = T ? ? = = A A = A C 0 P071 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = 0 P072 = = = = = C = A = = G T = ? = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = ? = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = A C 0 P073 = = = T = T = G = = A C = A = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = A C = = = C = C = A = = G T = C = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = T G 0 P074 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P075 = = = = = C = A = = G T = C = = ? ? A = = C G C = = = ? C = = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = A = = ? ? C = = T C G = = = ? T = = = = A A = A C 0 P076 = = = = = C = A = = G T = C = = T C A = = C G C = = = = C = = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = A = = A T C = = T C G = = = = T = = = = A A = A C 0 P077 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P078 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 P079 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P080 = = = = = C = A = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = T G = = = = = T = G = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = A C 0 P081 = = = = = = ? ? ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P082 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P083 = = = = = C = A = = G T = C = = T C A = = C G C = = = = ? = = = = G G = T G = = = = = T = G = = A C = A = = A T C = = T C G = = = = ? = = = = A A = A C 0 P084 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P085 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = G = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = A = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0 P086 C G A = C = C = G G A = T A T G = T C C = = C G G ? G T T ? ? G C A A G = = A C T = T = T = C A G = C C C C = C A T = = G C A ? T C C ? ? A A G G A = = 0 P087 C G A = C ? C = G G A = T A T G = T C C = T C ? G C G T T G A G C A A G = = A C T = T ? T = C A G = C C C C = C A T = C G ? A G T C C C T A A G G A = = 0 P088 = = = = = C ? ? ? ? ? T = ? ? = T C A = = C G ? = = = = ? = = = = G G = T G = = = = = T ? ? ? ? ? C = ? ? = A T C = = T C ? = = = = ? = = = = A A = A C 0 P089 = = = = = C ? ? ? ? ? T = ? = = T = = = = = = = = = = = ? = = = = = (G) = T G = = = = = T ? ? ? ? ? C = ? = = A = = = = = = = = = = = ? = = = = = (A) = A C 0 P090 C G A = C = ? ? ? ? ? = T ? T G = T C C = T C G G C G T T G A G C A A G = = A C T = T = ? ? ? ? ? = C ? C C = C A T = C G C A G T C C C T A A G G A = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 0.99 = 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 = ? = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 0.56 ? ? = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 0.63 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 0.99 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = = = ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 0.99 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = ? ? ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = = = ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 = ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0.61 = 0.92 0.92 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? ? ? = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = END PHASEPROBS