Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000064 G 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03 T 1.00 1.00 0.93 0.98 0.97 0.00 0.00 0.14 0.05 0.05 000237 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 000450 T 0.02 0.07 0.00 0.02 0.03 C 0.98 0.93 1.00 0.98 0.97 0.04 0.13 0.00 0.04 0.05 000590 G 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 000774 A 0.00 0.08 0.00 0.03 0.02 G 1.00 0.92 1.00 0.97 0.98 0.00 0.14 0.00 0.06 0.05 000785 A 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 000802 A 0.05 0.00 0.07 0.03 0.04 G 0.95 1.00 0.93 0.97 0.96 0.10 0.00 0.12 0.06 0.07 000894 C 0.41 0.32 0.28 0.04 0.26 A 0.59 0.68 0.72 0.96 0.74 0.48 0.43 0.40 0.08 0.38 001020 T 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.88 1.00 1.00 1.00 0.97 0.21 0.00 0.00 0.00 0.06 001066 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001530 A 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.95 1.00 1.00 1.00 0.99 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 001746 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 001819 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 001901 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 002022 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 002350 T 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 002565 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 002618 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 002797 A 0.37 0.33 0.25 0.07 0.26 G 0.63 0.67 0.75 0.93 0.74 0.47 0.44 0.38 0.12 0.38 002842 A 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 G 0.98 0.98 0.98 1.00 0.98 0.04 0.05 0.04 0.00 0.03 003161 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003177 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 003257 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 003287 T 0.12 0.20 0.23 0.02 0.14 C 0.88 0.80 0.78 0.98 0.86 0.20 0.33 0.35 0.04 0.23 003338 C 0.00 0.10 0.00 0.02 0.03 T 1.00 0.90 1.00 0.98 0.97 0.00 0.17 0.00 0.04 0.05 003512 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003542 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 003550 G 0.12 0.19 0.11 0.00 0.11 C 0.88 0.81 0.89 1.00 0.89 0.20 0.31 0.19 0.00 0.19 003556 C 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 T 0.96 0.98 1.00 1.00 0.98 0.07 0.05 0.00 0.00 0.03 003696 A 0.04 0.17 0.15 0.00 0.09 G 0.96 0.82 0.85 1.00 0.91 0.07 0.29 0.25 0.00 0.16 004036 A 0.13 0.18 0.20 0.02 0.13 G 0.87 0.82 0.80 0.98 0.87 0.23 0.30 0.33 0.04 0.23 004223 C 0.16 0.12 0.05 0.04 0.09 T 0.84 0.88 0.95 0.96 0.91 0.27 0.21 0.10 0.08 0.17 004483 G 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 004625 C 0.40 0.32 0.24 0.06 0.26 T 0.60 0.68 0.76 0.94 0.74 0.48 0.43 0.36 0.12 0.38 004751 C 0.00 0.00 0.07 0.02 0.02 G 1.00 1.00 0.93 0.98 0.98 0.00 0.00 0.13 0.04 0.04 004773 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 004778 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 004788 T 0.42 0.32 0.23 0.06 0.26 C 0.58 0.68 0.78 0.94 0.74 0.49 0.43 0.35 0.12 0.38 004894 - 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 + 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 004936 - 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 + 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 005183 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 005353 T 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 005368 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 005401 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 137659 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 137753 G 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 137782 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 138065 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 138180 T 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.97 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 138190 T 0.10 0.32 0.28 0.12 0.20 C 0.90 0.68 0.72 0.88 0.80 0.18 0.43 0.40 0.22 0.32 138201 G 0.10 0.32 0.28 0.12 0.20 A 0.90 0.68 0.72 0.88 0.80 0.18 0.43 0.40 0.22 0.32 138473 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 138629 G 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.95 1.00 0.99 0.00 0.00 0.09 0.00 0.02 138668 C 0.00 0.02 0.00 0.08 0.03 T 1.00 0.98 1.00 0.92 0.97 0.00 0.04 0.00 0.15 0.05 138683 T 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.95 1.00 0.99 0.00 0.00 0.09 0.00 0.02 139241 T 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.97 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 139337 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 139338 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 139352 A 0.35 0.00 0.03 0.00 0.11 G 0.65 1.00 0.97 1.00 0.89 0.46 0.00 0.05 0.00 0.20 139442 G 0.76 0.27 0.25 0.29 0.41 A 0.24 0.73 0.75 0.71 0.59 0.37 0.40 0.38 0.41 0.48 139622 T 0.08 0.05 0.07 0.00 0.05 G 0.92 0.95 0.93 1.00 0.95 0.15 0.09 0.14 0.00 0.10 139702 A 0.76 0.27 0.25 0.30 0.41 G 0.24 0.73 0.75 0.70 0.59 0.36 0.40 0.38 0.42 0.48 140071 A 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 C 1.00 1.00 0.98 0.98 0.99 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 140241 C 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 140814 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 141554 T 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 141682 G 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.95 1.00 1.00 1.00 0.99 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 142089 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 142162 A 0.76 0.24 0.25 0.23 0.39 G 0.24 0.76 0.75 0.77 0.61 0.37 0.36 0.38 0.35 0.48 142294 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 142391 A 0.02 0.02 0.09 0.00 0.03 G 0.98 0.98 0.91 1.00 0.97 0.04 0.05 0.17 0.00 0.06 142413 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 143140 A 0.12 0.19 0.07 0.23 0.15 G 0.88 0.81 0.93 0.77 0.85 0.20 0.31 0.13 0.35 0.26 143272 C 0.02 0.05 0.09 0.00 0.04 A 0.98 0.95 0.91 1.00 0.96 0.04 0.09 0.17 0.00 0.07 143622 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 143662 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 144281 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 144306 G 0.12 0.33 0.25 0.13 0.20 A 0.88 0.67 0.75 0.87 0.80 0.21 0.44 0.38 0.23 0.32 144446 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 144572 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 144684 C 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.88 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 144808 G 0.46 0.18 0.09 0.20 0.24 C 0.54 0.82 0.91 0.80 0.76 0.50 0.30 0.17 0.31 0.37 144838 C 0.12 0.30 0.25 0.13 0.19 G 0.88 0.70 0.75 0.87 0.81 0.20 0.42 0.38 0.23 0.31 145093 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 145423 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 145486 A 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 G 0.92 1.00 0.98 1.00 0.97 0.14 0.00 0.04 0.00 0.05 145494 - 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 + 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 145561 T 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 146284 A 0.04 0.41 0.48 0.55 0.35 G 0.96 0.59 0.52 0.45 0.65 0.07 0.48 0.50 0.50 0.45 146711 G 0.35 0.00 0.02 0.00 0.11 A 0.65 1.00 0.98 1.00 0.89 0.46 0.00 0.04 0.00 0.19 148296 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 148348 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 148359 A 0.04 0.40 0.50 0.58 0.37 G 0.96 0.60 0.50 0.42 0.63 0.07 0.48 0.50 0.49 0.46 148367 T 0.35 0.00 0.02 0.00 0.11 C 0.65 1.00 0.98 1.00 0.89 0.46 0.00 0.04 0.00 0.19 148456 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 148595 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 149259 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 149699 T 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 C 0.94 1.00 0.98 1.00 0.98 0.11 0.00 0.04 0.00 0.04 149766 G 0.12 0.09 0.16 0.00 0.09 C 0.88 0.91 0.84 1.00 0.91 0.20 0.17 0.27 0.00 0.16 149776 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 150358 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 150391 G 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 A 0.92 1.00 0.98 1.00 0.97 0.14 0.00 0.04 0.00 0.05 339249 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 339301 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 339391 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 339416 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 339437 C 0.00 0.11 0.10 0.17 0.09 T 1.00 0.89 0.90 0.83 0.91 0.00 0.20 0.17 0.29 0.17 339620 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 339629 C 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 340581 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 341010 G 0.13 0.25 0.15 0.03 0.14 A 0.87 0.75 0.85 0.97 0.86 0.23 0.38 0.26 0.05 0.24 341218 - 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 + 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 341240 A 0.06 0.39 0.45 0.04 0.22 G 0.94 0.61 0.55 0.96 0.78 0.10 0.47 0.50 0.08 0.34 341387 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 341806 - 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 + 1.00 1.00 1.00 0.95 0.99 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 341898 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 341900 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 342096 C 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 342194 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 342253 T 0.06 0.25 0.34 0.02 0.16 A 0.94 0.75 0.66 0.98 0.84 0.10 0.38 0.45 0.04 0.27 342436 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 342445 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 342585 A 0.00 0.11 0.09 0.19 0.09 T 1.00 0.89 0.91 0.81 0.91 0.00 0.20 0.17 0.30 0.17 342603 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 343016 G 0.24 0.41 0.41 0.69 0.43 A 0.76 0.59 0.59 0.31 0.57 0.37 0.48 0.48 0.43 0.49 343186 - 0.40 0.16 0.11 0.27 0.24 + 0.60 0.84 0.89 0.73 0.76 0.48 0.27 0.20 0.39 0.37 343384 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 343451 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 343502 C 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 343621 A 0.11 0.24 0.34 0.02 0.17 G 0.89 0.76 0.66 0.98 0.83 0.20 0.36 0.45 0.04 0.28 343739 C 0.31 0.40 0.41 0.67 0.45 T 0.69 0.60 0.59 0.33 0.55 0.43 0.48 0.48 0.44 0.49 343935 G 0.09 0.19 0.14 0.02 0.11 A 0.91 0.81 0.86 0.98 0.89 0.17 0.31 0.24 0.04 0.19 344180 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 473404 C 0.44 0.00 0.00 0.00 0.13 T 0.56 1.00 1.00 1.00 0.87 0.49 0.00 0.00 0.00 0.22 473521 A 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 473601 G 0.46 0.00 0.00 0.00 0.13 A 0.54 1.00 1.00 1.00 0.87 0.50 0.00 0.00 0.00 0.22 473907 - 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 + 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 474022 A 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 T 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 474032 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 474069 A 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 474617 - 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 + 0.98 1.00 1.00 0.98 0.99 0.04 0.00 0.00 0.04 0.02 474870 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 474965 T 0.15 0.16 0.23 0.38 0.23 C 0.85 0.84 0.77 0.62 0.77 0.25 0.27 0.35 0.47 0.35 475081 G 0.25 0.36 0.32 0.08 0.25 C 0.75 0.64 0.68 0.92 0.75 0.38 0.46 0.43 0.15 0.37 475130 A 0.12 0.07 0.00 0.00 0.05 C 0.88 0.93 1.00 1.00 0.95 0.20 0.13 0.00 0.00 0.09 475264 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 475409 A 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 C 1.00 0.98 0.98 0.98 0.98 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 475548 - 0.22 0.45 0.32 0.10 0.27 + 0.78 0.55 0.68 0.90 0.73 0.35 0.50 0.43 0.19 0.39 475578 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 475779 T 0.21 0.45 0.32 0.11 0.27 C 0.79 0.55 0.68 0.89 0.73 0.33 0.50 0.43 0.19 0.39 475860 G 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.88 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 476188 T 0.11 0.17 0.24 0.39 0.23 C 0.89 0.83 0.76 0.61 0.77 0.19 0.28 0.36 0.48 0.36 476213 A 0.11 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.89 1.00 1.00 1.00 0.98 0.19 0.00 0.00 0.00 0.05 476523 G 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 T 0.86 1.00 1.00 1.00 0.96 0.24 0.00 0.00 0.00 0.07 476896 A 0.42 0.00 0.00 0.00 0.11 G 0.58 1.00 1.00 1.00 0.89 0.49 0.00 0.00 0.00 0.19 487444 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 487449 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 487844 G 0.24 0.45 0.33 0.12 0.28 A 0.76 0.55 0.67 0.88 0.72 0.37 0.50 0.44 0.22 0.40 487862 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 488626 C 0.13 0.00 0.00 0.00 0.04 T 0.87 1.00 1.00 1.00 0.96 0.23 0.00 0.00 0.00 0.07 488648 C 0.24 0.45 0.32 0.12 0.28 G 0.76 0.55 0.68 0.88 0.72 0.37 0.50 0.43 0.22 0.40 488660 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 488747 G 0.24 0.45 0.32 0.12 0.28 T 0.76 0.55 0.68 0.88 0.72 0.37 0.50 0.43 0.22 0.40 488922 G 0.26 0.41 0.48 0.50 0.41 A 0.74 0.59 0.52 0.50 0.59 0.38 0.48 0.50 0.50 0.48 488960 A 0.24 0.45 0.32 0.12 0.28 G 0.76 0.55 0.68 0.88 0.72 0.37 0.50 0.43 0.22 0.40 488996 C 0.24 0.45 0.32 0.12 0.28 G 0.76 0.55 0.68 0.88 0.72 0.37 0.50 0.43 0.22 0.40 489160 A 0.13 0.00 0.00 0.00 0.04 G 0.87 1.00 1.00 1.00 0.96 0.23 0.00 0.00 0.00 0.07 489446 - 0.22 0.45 0.31 0.09 0.26 + 0.78 0.55 0.69 0.91 0.74 0.35 0.50 0.43 0.16 0.39 489451 G 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.90 1.00 1.00 1.00 0.97 0.19 0.00 0.00 0.00 0.05 489579 A 0.21 0.45 0.32 0.13 0.27 T 0.79 0.55 0.68 0.87 0.73 0.33 0.50 0.43 0.23 0.40 489627 T 0.19 0.45 0.32 0.09 0.26 A 0.81 0.55 0.68 0.91 0.74 0.31 0.50 0.43 0.16 0.38 489846 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 489898 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 489989 A 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 490007 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 490057 - 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 + 0.90 1.00 1.00 1.00 0.97 0.18 0.00 0.00 0.00 0.05 490162 + 0.21 0.45 0.32 0.13 0.27 - 0.79 0.55 0.68 0.87 0.73 0.33 0.50 0.43 0.23 0.40 490846 A 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 490892 T 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 490894 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 490974 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 491022 T 0.24 0.45 0.32 0.12 0.28 C 0.76 0.55 0.68 0.88 0.72 0.37 0.50 0.43 0.22 0.40 491037 T 0.24 0.45 0.32 0.12 0.28 C 0.76 0.55 0.68 0.88 0.72 0.37 0.50 0.43 0.22 0.40 491038 C 0.24 0.45 0.32 0.12 0.28 A 0.76 0.55 0.68 0.88 0.72 0.37 0.50 0.43 0.22 0.40 491079 G 0.00 0.00 0.09 0.19 0.07 C 1.00 1.00 0.91 0.81 0.93 0.00 0.00 0.17 0.30 0.13 491130 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 491350 T 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 C 0.98 0.98 0.98 1.00 0.98 0.04 0.04 0.04 0.00 0.03 491506 G 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 491528 G 0.24 0.45 0.32 0.12 0.28 A 0.76 0.55 0.68 0.88 0.72 0.37 0.50 0.43 0.22 0.40 491687 C 0.33 0.45 0.32 0.12 0.31 A 0.67 0.55 0.68 0.88 0.69 0.44 0.50 0.43 0.22 0.42 491735 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 491781 A 0.24 0.45 0.32 0.12 0.28 G 0.76 0.55 0.68 0.88 0.72 0.37 0.50 0.43 0.22 0.40 491789 A 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 491795 A 0.22 0.45 0.32 0.08 0.26 C 0.78 0.55 0.68 0.92 0.74 0.35 0.50 0.43 0.15 0.39 491807 C 0.00 0.00 0.09 0.19 0.07 A 1.00 1.00 0.91 0.81 0.93 0.00 0.00 0.17 0.30 0.13 491876 G 0.22 0.45 0.32 0.08 0.26 A 0.78 0.55 0.68 0.92 0.74 0.35 0.50 0.43 0.15 0.39 492078 A 0.11 0.41 0.48 0.50 0.36 G 0.89 0.59 0.52 0.50 0.64 0.20 0.48 0.50 0.50 0.46 492119 C 0.35 0.18 0.25 0.38 0.29 A 0.65 0.82 0.75 0.62 0.71 0.46 0.30 0.38 0.47 0.42 492239 T 0.17 0.45 0.32 0.12 0.26 C 0.83 0.55 0.68 0.88 0.74 0.29 0.50 0.43 0.22 0.39 492372 G 0.10 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.90 1.00 1.00 1.00 0.98 0.17 0.00 0.00 0.00 0.04 492476 A 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02 G 0.98 1.00 1.00 0.96 0.98 0.05 0.00 0.00 0.08 0.03 492888 G 0.02 0.14 0.18 0.00 0.08 A 0.98 0.86 0.82 1.00 0.92 0.04 0.24 0.29 0.00 0.14 492971 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 499018 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 499144 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 499190 C 0.06 0.41 0.43 0.40 0.31 G 0.94 0.59 0.57 0.60 0.69 0.10 0.48 0.49 0.48 0.43 499313 G 0.24 0.45 0.32 0.12 0.28 A 0.76 0.55 0.68 0.88 0.72 0.37 0.50 0.43 0.22 0.40 499435 A 0.20 0.43 0.32 0.10 0.26 G 0.80 0.57 0.68 0.90 0.74 0.32 0.49 0.43 0.19 0.38 499508 G 0.26 0.41 0.48 0.50 0.41 A 0.74 0.59 0.52 0.50 0.59 0.38 0.48 0.50 0.50 0.48 499527 T 0.17 0.27 0.20 0.08 0.18 C 0.83 0.73 0.80 0.92 0.82 0.28 0.40 0.33 0.15 0.29 499605 C 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 499654 A 0.00 0.14 0.09 0.04 0.06 G 1.00 0.86 0.91 0.96 0.94 0.00 0.24 0.17 0.08 0.12 499669 C 0.06 0.14 0.09 0.04 0.08 T 0.94 0.86 0.91 0.96 0.92 0.11 0.24 0.17 0.08 0.15 499686 C 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.95 1.00 0.99 0.00 0.00 0.09 0.00 0.02 500018 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 500231 + 0.37 0.45 0.31 0.11 0.31 - 0.63 0.55 0.69 0.89 0.69 0.46 0.50 0.43 0.19 0.43 500262 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 500267 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 500533 C 0.10 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.90 1.00 1.00 1.00 0.98 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 500628 G 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 T 1.00 0.95 0.97 1.00 0.98 0.00 0.10 0.05 0.00 0.04 500797 A 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 500822 T 0.25 0.45 0.33 0.12 0.28 C 0.75 0.55 0.67 0.88 0.72 0.38 0.50 0.44 0.22 0.41 500829 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 501031 T 0.25 0.45 0.33 0.12 0.28 C 0.75 0.55 0.67 0.88 0.72 0.38 0.50 0.44 0.22 0.41 501160 G 0.24 0.45 0.33 0.12 0.28 T 0.76 0.55 0.67 0.88 0.72 0.37 0.50 0.44 0.22 0.40 501407 T 0.37 0.42 0.33 0.12 0.31 G 0.63 0.58 0.67 0.88 0.69 0.46 0.49 0.44 0.22 0.42 501475 T 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02 C 0.98 1.00 1.00 0.96 0.98 0.04 0.00 0.00 0.08 0.03 501958 G 0.21 0.44 0.35 0.13 0.28 C 0.79 0.56 0.65 0.87 0.72 0.33 0.49 0.45 0.23 0.40 502191 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 502241 C 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 502248 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 502295 C 0.40 0.45 0.31 0.12 0.32 G 0.60 0.55 0.69 0.88 0.68 0.48 0.50 0.43 0.22 0.44 502302 G 0.14 0.45 0.32 0.08 0.24 A 0.86 0.55 0.68 0.92 0.76 0.24 0.50 0.43 0.15 0.37 502344 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 502700 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 502725 A 0.24 0.45 0.32 0.12 0.28 C 0.76 0.55 0.68 0.88 0.72 0.37 0.50 0.43 0.22 0.40 502786 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 502875 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 502998 G 0.13 0.00 0.00 0.00 0.04 A 0.87 1.00 1.00 1.00 0.96 0.23 0.00 0.00 0.00 0.07 503073 + 0.13 0.00 0.00 0.00 0.04 - 0.87 1.00 1.00 1.00 0.96 0.23 0.00 0.00 0.00 0.07 503276 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 503406 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 503518 G 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 T 1.00 0.93 1.00 1.00 0.98 0.00 0.13 0.00 0.00 0.03 503607 C 0.24 0.45 0.32 0.12 0.28 T 0.76 0.55 0.68 0.88 0.72 0.37 0.50 0.43 0.22 0.40 503608 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 503616 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 503626 A 0.24 0.45 0.32 0.12 0.28 G 0.76 0.55 0.68 0.88 0.72 0.37 0.50 0.43 0.22 0.40 504017 T 0.02 0.33 0.45 0.40 0.30 C 0.98 0.68 0.55 0.60 0.70 0.04 0.44 0.50 0.48 0.42 504107 A 0.39 0.47 0.32 0.12 0.32 G 0.61 0.53 0.68 0.88 0.68 0.48 0.50 0.43 0.22 0.44 504419 C 0.22 0.45 0.32 0.12 0.27 A 0.78 0.55 0.68 0.88 0.73 0.34 0.50 0.43 0.22 0.40 504472 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 504581 T 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.88 1.00 1.00 1.00 0.97 0.21 0.00 0.00 0.00 0.06 504603 G 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 504892 G 0.23 0.45 0.35 0.13 0.29 A 0.77 0.55 0.65 0.87 0.71 0.35 0.50 0.45 0.23 0.41 505072 C 0.13 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.87 1.00 1.00 1.00 0.97 0.23 0.00 0.00 0.00 0.07 505129 A 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.95 1.00 1.00 1.00 0.99 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 505268 G 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 A 0.83 1.00 1.00 1.00 0.95 0.28 0.00 0.00 0.00 0.09 541845 A 0.00 0.09 0.09 0.25 0.11 C 1.00 0.91 0.91 0.75 0.89 0.00 0.17 0.17 0.38 0.19 541905 T 0.00 0.09 0.09 0.25 0.11 C 1.00 0.91 0.91 0.75 0.89 0.00 0.17 0.17 0.38 0.19 542085 G 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 542275 A 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 542751 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 542868 - 0.04 0.07 0.09 0.00 0.05 + 0.96 0.93 0.91 1.00 0.95 0.08 0.13 0.17 0.00 0.10 542910 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 543001 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 543226 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 543524 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 543539 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 543590 T 0.06 0.00 0.02 0.10 0.05 C 0.94 1.00 0.98 0.90 0.95 0.10 0.00 0.04 0.19 0.09 543782 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 543871 T 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 549771 T 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 550142 G 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 A 1.00 1.00 0.98 0.90 0.97 0.00 0.00 0.04 0.19 0.06 550541 T 0.19 0.09 0.20 0.29 0.19 C 0.81 0.91 0.80 0.71 0.81 0.30 0.17 0.33 0.41 0.31 550603 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 551034 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 551050 + 0.09 0.25 0.17 0.06 0.14 - 0.91 0.75 0.83 0.94 0.86 0.17 0.38 0.28 0.12 0.24 551104 + 0.13 0.00 0.03 0.00 0.04 - 0.87 1.00 0.97 1.00 0.96 0.23 0.00 0.05 0.00 0.08 551201 C 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 551240 + 0.00 0.02 0.17 0.17 0.09 - 1.00 0.98 0.83 0.83 0.91 0.00 0.04 0.28 0.28 0.16 551266 A 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 551294 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 551395 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 551456 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 551689 T 0.22 0.36 0.45 0.54 0.39 A 0.78 0.64 0.55 0.46 0.61 0.35 0.46 0.50 0.50 0.48 551729 G 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 551931 G 0.07 0.12 0.09 0.00 0.07 T 0.93 0.88 0.91 1.00 0.93 0.13 0.21 0.17 0.00 0.13 552100 T 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 552264 C 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 T 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 552384 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 552506 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 552747 T 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.88 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 552971 T 0.00 0.10 0.18 0.27 0.13 A 1.00 0.90 0.82 0.73 0.87 0.00 0.18 0.30 0.39 0.23 553249 A 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 553281 G 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 553285 C 0.17 0.25 0.16 0.06 0.16 T 0.83 0.75 0.84 0.94 0.84 0.28 0.38 0.27 0.12 0.27 553531 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 634645 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 634727 A 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 634786 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 634857 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 634999 G 0.14 0.38 0.36 0.50 0.34 A 0.86 0.62 0.64 0.50 0.66 0.24 0.47 0.46 0.50 0.45 635107 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 635168 C 0.12 0.41 0.36 0.50 0.35 A 0.88 0.59 0.64 0.50 0.65 0.22 0.48 0.46 0.50 0.45 635474 T 0.00 0.02 0.14 0.25 0.10 C 1.00 0.98 0.86 0.75 0.90 0.00 0.04 0.24 0.38 0.18 635489 C 0.13 0.41 0.36 0.50 0.34 T 0.87 0.59 0.64 0.50 0.66 0.23 0.48 0.46 0.50 0.45 635518 A 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 635526 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 635527 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 635826 T 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 C 1.00 0.98 0.98 0.98 0.98 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 636031 + 0.25 0.13 0.06 0.10 0.14 - 0.75 0.87 0.94 0.90 0.86 0.38 0.23 0.10 0.19 0.24 636082 C 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.97 1.00 0.99 0.00 0.00 0.06 0.00 0.02 636083 T 0.12 0.46 0.41 0.58 0.40 C 0.88 0.54 0.59 0.42 0.60 0.22 0.50 0.48 0.49 0.48 636099 A 0.00 0.07 0.06 0.03 0.04 C 1.00 0.93 0.94 0.97 0.96 0.00 0.13 0.11 0.05 0.07 636233 T 0.00 0.16 0.07 0.07 0.07 A 1.00 0.84 0.93 0.93 0.93 0.00 0.27 0.13 0.12 0.13 636699 C 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.90 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.06 636754 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 636831 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 636889 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 637045 T 0.04 0.16 0.07 0.00 0.06 C 0.96 0.84 0.93 1.00 0.94 0.07 0.27 0.13 0.00 0.12 637091 A 0.48 0.25 0.30 0.12 0.29 G 0.52 0.75 0.70 0.88 0.71 0.50 0.38 0.42 0.22 0.42 637146 A 0.12 0.41 0.36 0.55 0.35 C 0.88 0.59 0.64 0.45 0.65 0.20 0.48 0.46 0.50 0.45 637208 A 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 G 0.96 1.00 1.00 0.98 0.98 0.07 0.00 0.00 0.04 0.03 637369 C 0.12 0.41 0.36 0.50 0.34 G 0.88 0.59 0.64 0.50 0.66 0.20 0.48 0.46 0.50 0.45 637402 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 637424 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 638109 A 0.11 0.38 0.36 0.50 0.33 G 0.89 0.62 0.64 0.50 0.67 0.20 0.47 0.46 0.50 0.44 638297 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 638497 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 638773 C 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 639306 A 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.95 1.00 0.99 0.00 0.00 0.09 0.00 0.02 639332 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 639357 G 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 639361 + 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 - 0.98 1.00 1.00 0.98 0.99 0.04 0.00 0.00 0.04 0.02 639490 T 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.97 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 639633 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 639890 T 0.13 0.41 0.38 0.50 0.35 C 0.87 0.59 0.62 0.50 0.65 0.23 0.48 0.47 0.50 0.45 639891 A 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 639907 G 0.13 0.41 0.38 0.50 0.35 A 0.87 0.59 0.62 0.50 0.65 0.23 0.48 0.47 0.50 0.45 639949 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 640008 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 640112 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 640114 T 0.13 0.41 0.36 0.50 0.34 A 0.87 0.59 0.64 0.50 0.66 0.23 0.48 0.46 0.50 0.45 640266 G 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 A 1.00 1.00 0.98 0.90 0.97 0.00 0.00 0.04 0.19 0.06 640582 - 0.13 0.41 0.36 0.50 0.34 + 0.87 0.59 0.64 0.50 0.66 0.23 0.48 0.46 0.50 0.45 640657 A 0.13 0.41 0.36 0.50 0.34 G 0.87 0.59 0.64 0.50 0.66 0.23 0.48 0.46 0.50 0.45 640945 C 0.13 0.41 0.36 0.50 0.34 T 0.87 0.59 0.64 0.50 0.66 0.23 0.48 0.46 0.50 0.45 640995 T 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 641077 G 0.13 0.41 0.36 0.50 0.34 A 0.87 0.59 0.64 0.50 0.66 0.23 0.48 0.46 0.50 0.45 674682 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 674683 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 674736 C 0.17 0.00 0.02 0.00 0.05 T 0.83 1.00 0.98 1.00 0.95 0.28 0.00 0.04 0.00 0.10 674768 C 0.13 0.41 0.36 0.50 0.34 T 0.87 0.59 0.64 0.50 0.66 0.23 0.48 0.46 0.50 0.45 674801 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 674892 T 0.46 0.25 0.30 0.12 0.29 C 0.54 0.75 0.70 0.88 0.71 0.50 0.38 0.42 0.22 0.41 674924 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 675116 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 675629 A 0.13 0.41 0.36 0.50 0.34 T 0.87 0.59 0.64 0.50 0.66 0.23 0.48 0.46 0.50 0.45 675667 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 675783 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 675789 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 675798 G 0.13 0.41 0.36 0.50 0.34 T 0.87 0.59 0.64 0.50 0.66 0.23 0.48 0.46 0.50 0.45 676071 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 676399 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 676758 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 676819 G 0.20 0.30 0.36 0.50 0.34 C 0.80 0.70 0.64 0.50 0.66 0.31 0.42 0.46 0.50 0.45 676828 T 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 C 0.98 0.98 1.00 0.98 0.98 0.04 0.04 0.00 0.04 0.03 676969 A 0.20 0.16 0.24 0.13 0.18 G 0.80 0.84 0.76 0.87 0.82 0.31 0.27 0.36 0.23 0.29 708997 A 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.97 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 709296 T 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 709685 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 709840 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 709874 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 710072 A 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 710216 G 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 710428 A 0.43 0.24 0.36 0.24 0.32 T 0.57 0.76 0.64 0.76 0.68 0.49 0.36 0.46 0.36 0.44 710456 C 0.35 0.40 0.36 0.46 0.39 T 0.65 0.60 0.64 0.54 0.61 0.46 0.48 0.46 0.50 0.48 710482 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 710736 A 0.06 0.19 0.16 0.09 0.12 G 0.94 0.81 0.84 0.91 0.88 0.11 0.31 0.27 0.17 0.21 710848 * 710941 G 0.02 0.14 0.14 0.15 0.11 A 0.98 0.86 0.86 0.85 0.89 0.04 0.24 0.24 0.25 0.19 711012 C 0.04 0.14 0.14 0.15 0.11 A 0.96 0.86 0.86 0.85 0.89 0.07 0.24 0.24 0.25 0.20 711325 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 711373 G 0.12 0.00 0.02 0.00 0.04 C 0.88 1.00 0.98 1.00 0.96 0.20 0.00 0.05 0.00 0.07 711861 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 712464 T 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.97 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 712690 T 0.06 0.02 0.00 0.00 0.02 C 0.94 0.98 1.00 1.00 0.98 0.11 0.05 0.00 0.00 0.04 712754 G 0.38 0.40 0.31 0.46 0.39 A 0.62 0.60 0.69 0.54 0.61 0.47 0.48 0.43 0.50 0.48 712896 - 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 + 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 713845 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 714211 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 004894: t 004936: g 145494: G 341218: C 341806: AT 343186: t 473907: a 474617: at 475548: aataa 489446: AGAA 490057: aat 490162: GATACA 500231: CAA 503073: AT 542868: gt 551050: T 551104: AGTT 551240: A 636031: T 639361: AT 640582: agcc 712896: c Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop 710848 A 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 T 0.26 0.43 0.36 0.44 0.37 G 0.74 0.57 0.64 0.50 0.62