Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000288 T 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 C 0.98 0.97 1.00 1.00 0.99 0.05 0.05 0.00 0.00 0.02 000307 + 0.12 0.05 0.03 0.00 0.05 - 0.88 0.95 0.97 1.00 0.95 0.22 0.10 0.05 0.00 0.09 000534 A 0.48 0.16 0.39 0.50 0.39 T 0.52 0.84 0.61 0.50 0.61 0.50 0.27 0.47 0.50 0.47 000728 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 000814 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 000835 T 0.20 0.02 0.00 0.06 0.08 A 0.80 0.98 1.00 0.94 0.92 0.32 0.04 0.00 0.12 0.14 000918 T 0.04 0.02 0.00 0.06 0.03 C 0.96 0.98 1.00 0.94 0.97 0.08 0.04 0.00 0.12 0.06 000955 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 001058 G 0.07 0.02 0.21 0.39 0.16 A 0.93 0.98 0.79 0.61 0.84 0.13 0.04 0.34 0.48 0.27 001161 G 0.18 0.02 0.00 0.08 0.07 T 0.82 0.98 1.00 0.92 0.93 0.30 0.04 0.00 0.15 0.13 001228 A 0.02 0.17 0.11 0.23 0.13 G 0.98 0.83 0.89 0.77 0.87 0.04 0.28 0.20 0.35 0.23 001429 C 0.19 0.02 0.00 0.07 0.08 G 0.81 0.98 1.00 0.93 0.92 0.31 0.05 0.00 0.12 0.14 001436 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 001458 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 001604 G 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 A 0.96 0.98 1.00 1.00 0.98 0.07 0.04 0.00 0.00 0.03 001653 G 0.06 0.02 0.00 0.00 0.02 C 0.94 0.98 1.00 1.00 0.98 0.11 0.04 0.00 0.00 0.04 001913 G 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 C 0.98 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.04 0.00 0.00 0.02 001915 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001919 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001951 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 002182 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.99 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 002198 C 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 002530 T 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 002591 T 0.12 0.05 0.00 0.06 0.05 C 0.88 0.95 1.00 0.94 0.95 0.22 0.09 0.00 0.11 0.10 002780 G 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 A 1.00 0.97 0.98 1.00 0.99 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 002796 + 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 - 1.00 0.97 0.98 1.00 0.99 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 002878 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 002999 C 0.19 0.05 0.00 0.04 0.08 T 0.81 0.95 1.00 0.96 0.92 0.31 0.09 0.00 0.08 0.14 003147 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 003151 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 003311 - 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 + 0.98 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.05 0.00 0.00 0.02 003363 G 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 A 0.96 0.98 1.00 1.00 0.98 0.07 0.04 0.00 0.00 0.03 003507 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003544 A 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 C 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 003602 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003835 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003889 G 0.06 0.20 0.02 0.12 0.10 A 0.94 0.80 0.98 0.88 0.90 0.11 0.33 0.05 0.22 0.19 003918 T 0.20 0.05 0.00 0.06 0.08 G 0.80 0.95 1.00 0.94 0.92 0.32 0.09 0.00 0.12 0.15 004516 - 0.04 0.02 0.00 0.04 0.03 + 0.96 0.98 1.00 0.96 0.97 0.08 0.04 0.00 0.08 0.05 004517 A 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 T 0.98 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.04 0.00 0.00 0.02 004828 G 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02 C 1.00 1.00 0.93 1.00 0.98 0.00 0.00 0.13 0.00 0.03 004996 T 0.12 0.07 0.14 0.02 0.09 C 0.88 0.93 0.86 0.98 0.91 0.20 0.13 0.24 0.04 0.16 005014 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 005053 T 0.06 0.05 0.17 0.02 0.07 G 0.94 0.95 0.83 0.98 0.93 0.11 0.09 0.28 0.04 0.13 005394 A 0.10 0.05 0.00 0.06 0.05 C 0.90 0.95 1.00 0.94 0.95 0.18 0.09 0.00 0.12 0.10 005645 + 0.23 0.07 0.00 0.07 0.09 - 0.77 0.93 1.00 0.93 0.91 0.35 0.13 0.00 0.12 0.17 006180 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 006317 C 0.08 0.07 0.21 0.42 0.19 T 0.92 0.93 0.79 0.58 0.81 0.14 0.13 0.34 0.49 0.31 006671 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 006678 C 0.12 0.09 0.23 0.40 0.21 T 0.88 0.91 0.78 0.60 0.79 0.21 0.17 0.35 0.48 0.33 007150 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 007239 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 007316 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 007502 G 0.05 0.03 0.00 0.00 0.02 A 0.95 0.97 1.00 1.00 0.98 0.09 0.05 0.00 0.00 0.04 007557 G 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.95 1.00 1.00 1.00 0.99 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 007657 C 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.95 1.00 1.00 1.00 0.99 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 007783 A 0.12 0.05 0.00 0.07 0.06 G 0.88 0.95 1.00 0.93 0.94 0.21 0.09 0.00 0.12 0.11 007795 G 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.95 1.00 1.00 1.00 0.99 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 007813 A 0.48 0.21 0.38 0.48 0.39 T 0.52 0.79 0.62 0.52 0.61 0.50 0.34 0.47 0.50 0.48 009025 G 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 1.00 0.98 0.07 0.00 0.05 0.00 0.03 009086 G 0.46 0.17 0.40 0.48 0.38 C 0.54 0.83 0.60 0.52 0.62 0.50 0.28 0.48 0.50 0.47 009102 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 009270 T 0.25 0.05 0.00 0.06 0.10 C 0.75 0.95 1.00 0.94 0.90 0.38 0.09 0.00 0.12 0.18 011506 C 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 T 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 011583 * 011787 - 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 + 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 011946 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 012173 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 012283 G 0.04 0.07 0.21 0.37 0.17 A 0.96 0.93 0.79 0.63 0.83 0.07 0.13 0.34 0.47 0.28 012461 A 0.28 0.00 0.00 0.05 0.09 T 0.72 1.00 1.00 0.95 0.91 0.40 0.00 0.00 0.09 0.17 012544 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 012633 G 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 012734 - 0.52 0.16 0.29 0.48 0.37 + 0.48 0.84 0.71 0.52 0.63 0.50 0.27 0.41 0.50 0.47 012796 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 013250 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 013570 G 0.08 0.00 0.14 0.02 0.06 A 0.92 1.00 0.86 0.98 0.94 0.14 0.00 0.24 0.04 0.11 013809 T 0.23 0.00 0.00 0.06 0.08 G 0.77 1.00 1.00 0.94 0.92 0.36 0.00 0.00 0.12 0.15 014049 T 0.22 0.00 0.00 0.06 0.08 C 0.78 1.00 1.00 0.94 0.92 0.34 0.00 0.00 0.12 0.14 014165 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 014351 A 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 014393 G 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 014454 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 014525 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 014622 - 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 + 0.88 1.00 1.00 1.00 0.97 0.21 0.00 0.00 0.00 0.06 014703 T 0.26 0.00 0.00 0.06 0.09 C 0.74 1.00 1.00 0.94 0.91 0.38 0.00 0.00 0.12 0.16 014783 G 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 0.00 0.03 014798 C 0.14 0.07 0.23 0.42 0.22 T 0.86 0.93 0.77 0.58 0.78 0.24 0.13 0.35 0.49 0.34 014990 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 015018 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 015019 C 0.06 0.00 0.14 0.02 0.05 G 0.94 1.00 0.86 0.98 0.95 0.10 0.00 0.24 0.04 0.10 015020 T 0.06 0.00 0.14 0.02 0.05 A 0.94 1.00 0.86 0.98 0.95 0.10 0.00 0.24 0.04 0.10 015093 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 015792 G 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 015864 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 015891 G 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 016166 G 0.06 0.00 0.15 0.02 0.06 A 0.94 1.00 0.85 0.98 0.94 0.11 0.00 0.26 0.05 0.11 016196 G 0.12 0.05 0.23 0.38 0.19 A 0.88 0.95 0.78 0.62 0.81 0.21 0.10 0.35 0.47 0.31 016287 T 0.14 0.00 0.00 0.05 0.05 C 0.86 1.00 1.00 0.95 0.95 0.24 0.00 0.00 0.09 0.10 016725 G 0.17 0.28 0.21 0.12 0.19 A 0.83 0.72 0.79 0.88 0.81 0.29 0.40 0.34 0.22 0.31 016855 G 0.40 0.12 0.26 0.48 0.33 A 0.60 0.88 0.74 0.52 0.67 0.48 0.21 0.39 0.50 0.44 016990 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 017209 G 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 017496 C 0.11 0.08 0.21 0.37 0.19 A 0.89 0.92 0.79 0.63 0.81 0.20 0.15 0.34 0.47 0.31 017633 G 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 017740 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 017753 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 018048 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 018356 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 018466 C 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 018536 T 0.12 0.07 0.23 0.42 0.21 G 0.88 0.93 0.77 0.58 0.79 0.21 0.13 0.35 0.49 0.33 018577 T 0.26 0.05 0.00 0.06 0.10 C 0.74 0.95 1.00 0.94 0.90 0.38 0.09 0.00 0.12 0.18 018632 - 0.02 0.05 0.09 0.02 0.04 + 0.98 0.95 0.91 0.98 0.96 0.04 0.09 0.17 0.04 0.08 019222 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 019228 T 0.37 0.14 0.23 0.48 0.31 C 0.63 0.86 0.77 0.52 0.69 0.46 0.24 0.35 0.50 0.43 019394 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 019451 A 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.90 1.00 1.00 1.00 0.97 0.18 0.00 0.00 0.00 0.05 019468 T 0.26 0.05 0.00 0.06 0.10 C 0.74 0.95 1.00 0.94 0.90 0.38 0.09 0.00 0.12 0.18 019653 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 019664 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 019818 T 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.97 1.00 0.98 0.07 0.00 0.05 0.00 0.03 020029 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 020315 - 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 + 0.96 1.00 0.98 1.00 0.98 0.07 0.00 0.04 0.00 0.03 020337 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 020391 T 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 C 1.00 1.00 0.98 0.98 0.99 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 020784 G 0.46 0.07 0.27 0.46 0.33 C 0.54 0.93 0.73 0.54 0.67 0.50 0.13 0.40 0.50 0.44 020813 G 0.15 0.07 0.23 0.41 0.21 A 0.85 0.93 0.77 0.59 0.79 0.25 0.13 0.35 0.48 0.33 020981 + 0.28 0.00 0.00 0.05 0.09 - 0.72 1.00 1.00 0.95 0.91 0.40 0.00 0.00 0.09 0.17 021023 G 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.95 0.99 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 021085 A 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.95 0.99 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 021143 A 0.04 0.00 0.11 0.03 0.05 T 0.96 1.00 0.89 0.97 0.95 0.08 0.00 0.20 0.05 0.09 022437 T 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 022523 A 0.42 0.15 0.29 0.50 0.35 T 0.57 0.85 0.71 0.50 0.65 0.49 0.26 0.41 0.50 0.45 022669 G 0.20 0.03 0.00 0.06 0.07 A 0.80 0.97 1.00 0.94 0.93 0.32 0.05 0.00 0.12 0.13 022751 C 0.05 0.02 0.00 0.00 0.02 T 0.95 0.98 1.00 1.00 0.98 0.09 0.05 0.00 0.00 0.03 022797 C 0.19 0.05 0.00 0.06 0.08 T 0.81 0.95 1.00 0.94 0.92 0.31 0.09 0.00 0.12 0.15 022908 - 0.21 0.31 0.31 0.21 0.25 + 0.79 0.69 0.69 0.79 0.75 0.33 0.42 0.43 0.33 0.38 023236 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 023498 A 0.17 0.34 0.23 0.13 0.22 G 0.83 0.66 0.77 0.87 0.78 0.29 0.45 0.35 0.23 0.34 023978 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 024148 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 024164 - 0.50 0.53 0.39 0.19 0.39 + 0.50 0.47 0.61 0.81 0.61 0.50 0.50 0.48 0.31 0.48 024347 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 024405 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 025418 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 025535 G 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 1.00 0.98 0.07 0.00 0.04 0.00 0.03 025745 T 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02 C 1.00 1.00 0.93 1.00 0.98 0.00 0.00 0.13 0.00 0.03 026058 G 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 026171 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 026291 G 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 026332 G 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 A 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 026443 - 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 + 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 026658 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 026930 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 027006 C 0.41 0.18 0.36 0.50 0.37 T 0.59 0.82 0.64 0.50 0.63 0.48 0.30 0.46 0.50 0.46 027099 A 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 027397 G 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.95 1.00 1.00 1.00 0.99 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 027581 + 0.04 0.05 0.11 0.03 0.06 - 0.96 0.95 0.89 0.97 0.94 0.08 0.09 0.20 0.05 0.11 027936 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 028264 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 028371 A 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.95 1.00 1.00 1.00 0.99 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 028462 G 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.97 0.99 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 028632 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 028742 G 0.00 0.00 0.07 0.04 0.03 A 1.00 1.00 0.93 0.96 0.97 0.00 0.00 0.13 0.08 0.05 029228 G 0.26 0.05 0.00 0.07 0.09 A 0.74 0.95 1.00 0.93 0.91 0.39 0.09 0.00 0.12 0.17 029297 T 0.29 0.02 0.00 0.06 0.10 A 0.71 0.98 1.00 0.94 0.90 0.41 0.04 0.00 0.12 0.18 029510 G 0.26 0.77 0.45 0.23 0.42 A 0.74 0.23 0.55 0.77 0.58 0.38 0.35 0.50 0.35 0.49 029968 A 0.06 0.05 0.24 0.42 0.19 C 0.94 0.95 0.76 0.58 0.81 0.12 0.09 0.36 0.49 0.31 029994 C 0.06 0.02 0.00 0.00 0.02 T 0.94 0.98 1.00 1.00 0.98 0.11 0.04 0.00 0.00 0.04 030286 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 030697 T 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 030834 A 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 G 0.97 0.97 0.95 1.00 0.98 0.05 0.05 0.09 0.00 0.05 031137 C 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 031508 T 0.22 0.00 0.00 0.06 0.08 A 0.78 1.00 1.00 0.94 0.92 0.35 0.00 0.00 0.12 0.15 031620 - 0.60 0.07 0.27 0.48 0.36 + 0.40 0.93 0.73 0.52 0.64 0.48 0.13 0.40 0.50 0.46 031680 - 0.46 0.07 0.25 0.48 0.32 + 0.54 0.93 0.75 0.52 0.68 0.50 0.13 0.38 0.50 0.44 031808 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 031980 G 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 A 0.92 1.00 0.98 1.00 0.97 0.14 0.00 0.04 0.00 0.05 032047 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 032104 A 0.06 0.07 0.23 0.41 0.19 G 0.94 0.93 0.77 0.59 0.81 0.11 0.13 0.35 0.48 0.31 032153 T 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 1.00 0.98 0.07 0.00 0.04 0.00 0.03 032262 T 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 032682 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 032739 G 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 032812 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 033115 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 033474 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 033553 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 034086 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 034181 C 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 034258 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 034445 G 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 0.00 0.03 034682 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 034778 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 034832 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 034870 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 034880 C 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 T 1.00 1.00 1.00 0.94 0.98 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 034920 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 034942 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 035027 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 035067 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 035164 G 0.40 0.14 0.27 0.48 0.33 T 0.60 0.86 0.73 0.52 0.67 0.48 0.24 0.40 0.50 0.44 035271 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 035281 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 035287 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 035503 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 035609 G 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 035684 - 0.10 0.21 0.16 0.31 0.19 + 0.90 0.79 0.84 0.69 0.81 0.19 0.33 0.27 0.43 0.31 035702 G 0.19 0.10 0.24 0.43 0.24 A 0.81 0.90 0.76 0.57 0.76 0.30 0.17 0.36 0.49 0.36 036029 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 036219 A 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 G 0.97 1.00 0.98 1.00 0.99 0.05 0.00 0.04 0.00 0.02 037092 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 037591 T 0.24 0.00 0.00 0.06 0.08 C 0.76 1.00 1.00 0.94 0.92 0.36 0.00 0.00 0.12 0.15 037689 A 0.23 0.00 0.00 0.06 0.08 G 0.77 1.00 1.00 0.94 0.92 0.36 0.00 0.00 0.12 0.15 037692 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 037859 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 037958 G 0.24 0.00 0.00 0.06 0.09 A 0.76 1.00 1.00 0.94 0.91 0.36 0.00 0.00 0.12 0.16 038068 - 0.34 0.69 0.45 0.23 0.40 + 0.66 0.31 0.55 0.77 0.60 0.45 0.43 0.50 0.35 0.48 038245 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 038350 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 038359 G 0.06 0.00 0.00 0.06 0.03 A 0.94 1.00 1.00 0.94 0.97 0.11 0.00 0.00 0.12 0.06 038725 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 039118 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 039360 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 039584 G 0.02 0.05 0.11 0.02 0.05 A 0.98 0.95 0.89 0.98 0.95 0.04 0.09 0.20 0.04 0.09 039784 T 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 039864 C 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 T 0.95 1.00 0.98 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 0.00 0.04 039877 T 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 C 0.95 1.00 0.98 1.00 0.98 0.09 0.00 0.05 0.00 0.03 039927 A 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 G 0.96 0.98 1.00 1.00 0.98 0.08 0.05 0.00 0.00 0.03 040198 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 040285 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000307: a 002796: T 003311: GTAA 004516: t 005645: a 011787: TGCC 012734: t 014622: ttttt 018632: taa 020315: TG 020981: a 022908: tttt 024164: TCTT 026443: C 027581: t 031620: t 031680: t 035684: attt 038068: t Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop 011583 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 0.98 1.00 1.00 0.98 0.99