************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 fosbx.phase.inp fosbx.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST fosbx.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates fosbx.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual fosbx.phase.out_recom : estimates of recombination parameters fosbx.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 95 Number of Loci: 27 Positions of loci: 463 493 925 1547 1819 2414 3314 3334 3509 3619 5046 5121 5151 5263 5736 7090 7172 7212 7308 7926 8829 9491 10398 10438 10572 10586 10756 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file fosbx.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 IAGGIGGCTGCTGGGGTTDGGCTGTDA 27.000000 2 IAGGIGGCTGCTGGGGTTDGGCAGADA 2.000000 3 IAGGIGGCTGCTGGGTTTIGAGTGTIA 1.000000 4 IAGGDCAATGTCGAGGCTDGGCTAAIA 1.000000 5 IAGGDCAATGTCGAGTTTIGAGTGTIA 1.000000 6 IACGIGGCTGCTGGGGTCDCGCAGADA 26.000000 7 IACGDGGCTGCTGGGGTCDCGCAGADA 2.000000 8 IGGGIGGCTGCTGGGTTTDGACTGTIA 10.000000 9 DAGAICGCCCCTCGAGCTDGGCTAAIA 18.000000 10 DAGAICGCCCCTGGGGCTDGACTGTDG 28.000000 11 DAGAICGCCCCTGGGTCTDGACTGTDG 2.000000 12 DAGAICGCTCCTGGGGTTDGGCAGADA 4.000000 13 DAGAICGATGTCGAGTTTDGACTGTIA 1.000000 14 DAGAICAATGTCGAGTTTIGAGTGTIA 1.000000 15 DAGGIGGCTGCTGGGGTTDGGCTGTDA 1.000000 16 DAGGDCGCTGCTGGGGTTDGGCAGTIA 1.000000 17 DAGGDCGATGTCGAGTTTDGACTGTIA 5.000000 18 DAGGDCAATGCTGGGTTTIGAGTGTIA 1.000000 19 DAGGDCAATGTCGAGGCTDGGCTAAIA 5.000000 20 DAGGDCAATGTCGAGTTTIGGCTGTDA 1.000000 21 DAGGDCAATGTCGAGTTTIGAGTGTIA 52.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,9) D002: (1,1) D003: (2,6) D004: (1,1) D005: (6,12) D006: (1,17) D007: (7,14) D008: (1,17) D009: (6,12) D010: (7,13) D011: (1,15) D012: (1,6) D013: (9,21) D014: (1,21) D015: (1,6) DY01: (1,6) DY02: (6,9) DY03: (6,17) DY04: (1,12) DY05: (1,6) DY06: (21,21) DY07: (2,6) DY08: (6,17) DY09: (1,12) DY10: (1,6) DY11: (1,6) DY12: (6,17) E101: (21,21) E102: (10,21) E103: (1,16) E104: (19,21) E105: (9,21) E106: (6,21) E107: (21,21) E108: (1,19) E109: (4,5) E110: (11,21) E111: (10,21) E112: (6,21) E113: (9,21) E114: (21,21) E115: (21,21) E116: (6,19) E117: (6,9) E118: (19,21) E119: (21,21) E120: (1,21) E121: (21,21) E122: (10,21) H101: (10,21) H102: (1,10) H103: (10,10) H104: (10,21) H105: (18,21) H106: (9,10) H107: (1,21) H108: (9,10) H109: (10,21) H110: (9,10) H111: (1,21) H112: (10,11) H113: (9,21) H114: (9,21) H115: (6,20) H116: (1,10) H117: (9,21) H118: (6,10) H119: (6,19) H120: (6,9) H121: (1,21) H122: (21,21) X101: (6,6) X102: (6,8) X103: (1,21) X104: (9,21) X105: (9,10) X106: (8,9) X107: (6,8) X108: (9,10) X109: (1,21) X110: (8,10) X111: (10,10) X112: (3,9) X113: (10,21) X114: (8,21) X115: (8,8) X116: (10,21) X117: (8,21) X118: (8,10) X119: (10,21) X120: (10,21) X121: (10,21) X122: (21,21) X123: (10,10) X124: (8,21) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A 0 D002 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A 0 D003 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C A G A D A I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A 0 D004 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A 0 D005 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A D A G A I C G C T C C T G G G G T T D G G C A G A D A 0 D006 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A D A G G D C G A T G T C G A G T T T D G A C T G T I A 0 D007 I A [C] G D G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A [D] A G [A] I C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 D008 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A D A G G D C G A T G T C G A G T T T D G A C T G T I A 0 D009 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A D A G A I C G C T C C T G G G G T T D G G C A G A D A 0 D010 I A [C] G D G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A D A G [A] I C G A T G T C G A G T T T D G A C T G T I A 0 D011 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A D A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A 0 D012 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A 0 D013 D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 D014 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 D015 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A 0 DY01 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A 0 DY02 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A 0 DY03 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A D A G G D C G A T G T C G A G T T T D G A C T G T I A 0 DY04 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A D A G A I C G C T C C T G G G G T T D G G C A G A D A 0 DY05 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A 0 DY06 D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 DY07 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C A G A D A I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A 0 DY08 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A D A G G D C G A T G T C G A G T T T D G A C T G T I A 0 DY09 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A D A G A I C G C T C C T G G G G T T D G G C A G A D A 0 DY10 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A 0 DY11 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A 0 DY12 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A D A G G D C G A T G T C G A G T T T D G A C T G T I A 0 E101 D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E102 D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E103 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C (T) G T (D) A D A G G D C G C T G C T G G G G T T D G G C (A) G T (I) A 0 E104 D A G G D C A A T G T C G A G G C T D G G C T A A I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E105 D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E106 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E107 D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E108 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A D A G G D C A A T G T C G A G G C T D G G C T A A I A 0 E109 I A G G D C A A T G T C G A G G C T D G G C T A A I A I A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E110 D A G A I C G C C C C T G G G T C T D G A C T G T D G D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E111 D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E112 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E113 D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E114 D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E115 D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E116 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A D A G G D C A A T G T C G A G G C T D G G C T A A I A 0 E117 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A 0 E118 D A G G D C A A T G T C G A G G C T D G G C T A A I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E119 D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E120 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E121 D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 E122 D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 H101 D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 H102 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G 0 H103 D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G 0 H104 D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 H105 D A G G D C A A T G C T G G G T T T I G A G T G T I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 H106 D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G 0 H107 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 H108 D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G 0 H109 D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 H110 D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G 0 H111 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 H112 D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G D A G A I C G C C C C T G G G T C T D G A C T G T D G 0 H113 D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 H114 D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 H115 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G G C T G T D A 0 H116 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G 0 H117 D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 H118 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G 0 H119 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A D A G G D C A A T G T C G A G G C T D G G C T A A I A 0 H120 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A 0 H121 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 H122 D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 X101 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A 0 X102 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A I G G G I G G C T G C T G G G T T T D G A C T G T I A 0 X103 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 X104 D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 X105 D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G 0 X106 I G G G I G G C T G C T G G G T T T D G A C T G T I A D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A 0 X107 I A C G I G G C T G C T G G G G T C D C G C A G A D A I G G G I G G C T G C T G G G T T T D G A C T G T I A 0 X108 D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G 0 X109 I A G G I G G C T G C T G G G G T T D G G C T G T D A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 X110 I G G G I G G C T G C T G G G T T T D G A C T G T I A D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G 0 X111 D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G 0 X112 I A G G I G G C T G C T G G G T T T I G A G T G T I A D A G A I C G C C C C T C G A G C T D G G C T A A I A 0 X113 D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 X114 I G G G I G G C T G C T G G G T T T D G A C T G T I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 X115 I G G G I G G C T G C T G G G T T T D G A C T G T I A I G G G I G G C T G C T G G G T T T D G A C T G T I A 0 X116 D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 X117 I G G G I G G C T G C T G G G T T T D G A C T G T I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 X118 I G G G I G G C T G C T G G G T T T D G A C T G T I A D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G 0 X119 D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 X120 D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 X121 D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 X122 D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A 0 X123 D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G D A G A I C G C C C C T G G G G C T D G A C T G T D G 0 X124 I G G G I G G C T G C T G G G T T T D G A C T G T I A D A G G D C A A T G T C G A G T T T I G A G T G T I A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 I = = G = G = = T G = = G = G = T = = = = = = G T D = D = = A = C = = C C = = C = A = C = = = = = = A A I = 0 D002 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D003 = = ? ? = = = = ? ? = = = = = = = T = G = = = = = = = = = ? ? = = = = ? ? = = = = = = = C = C = = = = = = = 0 D004 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D005 ? ? ? G = G = = = G = ? = = = = = C = C = = = = = = = ? ? ? A = C = = = C = ? = = = = = T = G = = = = = = = 0 D006 ? ? ? = I G = C = = C T = G = G = = = = G = = = = D = ? ? ? = D C = A = = T C = A = T = = = = A = = = = I = 0 D007 ? = ? ? D G G C = = C T = G = G = C D C G C A = A D = ? = ? ? I C A A = = T C = A = T = T I G A G T = T I = 0 D008 ? ? = = I G = C = = C T = G = G = = = = G = = = = D = ? ? = = D C = A = = T C = A = T = = = = A = = = = I = 0 D009 I = C G = G = = = G = ? = = = = = C = C = = = = = = = D = G A = C = = = C = ? = = = = = T = G = = = = = = = 0 D010 I = ? ? D G = C = = C T = G = G = C = C G = A = A D ? D = ? ? I C = A = = T C = A = T = T = G A = T = T I ? 0 D011 I = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? D = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? 0 D012 = = G = = = ? ? ? ? = = = = = = = T = G = = T = T = = = = C = = = ? ? ? ? = = = = = = = C = C = = A = A = = 0 D013 = = = A I = G C C C C T C G A G C = D = G C ? ? ? ? ? = = = G D = A A T G T C G A G T T = I = A G ? ? ? ? ? 0 D014 I = = = ? G G C = = C T = G = G = = D = G C = = = D = D = = = ? C A A = = T C = A = T = = I = A G = = = I = 0 D015 = = ? = = = = = = = = = = = = = = T = G = = ? ? ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = C = C = = ? ? ? ? ? 0 DY01 = = G = = = = = = = = = = = = = = T = G = = T = T = = = = C = = = = = = = = = = = = = = C = C = = A = A = = 0 DY02 I = C G = G = = T ? = = G = G = T C = C ? ? A G = D ? D = G A = C = = C ? = = C = A = C T = G ? ? T A = I ? 0 DY03 I = C = I G ? ? ? ? C T = G = G = C = C ? = A = A D ? D = G = D C ? ? ? ? T C = A = T = T = G ? = T = T I ? 0 DY04 I = = G = G = = = G = ? ? = = = = = = = = = T = T = ? D = = A = C = = = C = ? ? = = = = = = = = = A = A = ? 0 DY05 = = G = = = ? ? = ? = = = = = = = T = G = = T = T = = = = C = = = ? ? = ? = = = = = = = C = C = = A = A = = 0 DY06 = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = 0 DY07 = = G = = = = = = = = = = = = = = T = G = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = C = C = = = = = = = 0 DY08 I = C = I G = C = ? C T = G = G = C = C G = A = A D = D = G = D C = A = ? T C = A = T = T = G A = T = T I = 0 DY09 I = = G = G = = = G = ? ? = = = = = = = = = T = T = = D = = A = C = = = C = ? ? = = = = = = = = = A = A = = 0 DY10 = = ? = = = = = = = = = = = = = = T = G = = T = T = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = C = C = = A = A = ? 0 DY11 = = G = = = ? ? ? ? = = = = = = = T = G = = T = T = = = = C = = = ? ? ? ? = = = = = = = C = C = = A = A = = 0 DY12 I = C = I G ? ? = = C T = G = G = C = C G = A = A D = D = G = D C ? ? = = T C = A = T = T = G A = T = T I = 0 E101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E102 = = = A I = ? ? C C C T = G = G ? ? ? = = C = = = D G = = = G D = ? ? T G T C = A = T ? ? ? = = G = = = I A 0 E103 I = = = I G = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = (D) = D = = = D C = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = (I) = 0 E104 = = = = = = = = = = = = = = ? G C = D = G C = A A = = = = = = = = = = = = = = = = ? T T = I = A G = G T = = 0 E105 = = = A I = G C ? ? C T C G A G C = D = G C = A A = = = = = G D = A A ? ? T C G A G T T = I = A G = G T = = 0 E106 I = C = I G ? C = = C T = G = G = C D C G C A = A D = D = G = D C ? A = = T C = A = T = T I G A G T = T I = 0 E107 = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E108 I = = = I G G C = = C T = G = = T = = = = = = G T D = D = = = D C A A = = T C = A = = C = = = = = = A A I = 0 E109 = = = = = = = = = = = = = = = G C = D = G C = A A = = = = = = = = = = = = = = = = = T T = I = A G = G T = = 0 E110 = = = A I = ? ? C C C T = G = = C = D = = C = = = D G = = = G D = ? ? T G T C = A = = T = I = = G = = = I A 0 E111 = = = A I = G C C C C T = G = G C = D = = C = = = D G = = = G D = A A T G T C = A = T T = I = = G = = = I A 0 E112 I = C = I G G C = = C T = G = G = C D C G C A = A D = D = G = D C A A = = T C = A = T = T I G A G T = T I = 0 E113 = = ? A I = G C C C ? ? ? ? A G C = D = G C = A A = = = = ? G D = A A T G ? ? ? ? G T T = I = A G = G T = = 0 E114 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E115 = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E116 I = C = I G G C = = C T = G = = T C = C = = A G = D = D = G = D C A A = = T C = A = = C T = G = = T A = I = 0 E117 I = C G = G = = T G = = G = G = T C = C = = A G = D = D = G A = C = = C C = = C = A = C T = G = = T A = I = 0 E118 = = = = = = = = = = = = = = = G C = D = G C = A A = ? = = = = = = = = = = = = = = = T T = I = A G = G T = ? 0 E119 = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E120 I = = = I G G C = = C T = G = G = = D = G C = = = D ? D = = = D C A A = = T C = A = T = = I = A G = = = I ? 0 E121 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 E122 = = = A I = G C C C C T = G = G C = D = = C = = = D G = = = G D = A A T G T C = A = T T = I = = G = = = I A 0 H101 = = = A I = G C ? ? C T = G = G C = D = = C = = = D G = = = G D = A A ? ? T C = A = T T = I = = G = = = I A 0 H102 I = = G = G = = T G = = = = = = T = = = G = = = = = A D = = A = C = = C C = = = = = = C = = = A = = = = = G 0 H103 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H104 = = = A I = G C C C C T = G = G C = D = = C = = = D ? = = = G D = A A T G T C = A = T T = I = = G = = = I ? 0 H105 = = = = = = = = = = C T = G = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = T C = A = = = = = = = = ? ? ? ? ? 0 H106 = = = = = = = = = = = = C = A = = = = = G = = A A I A = = = = = = = = = = = = G = G = = = = = A = = G T D G 0 H107 I = = = I G G C = = C T = G = G = = D = G C = = = D = D = = = D C A A = = T C = A = T = = I = A G = = = I = 0 H108 = = = = = = = = = = = = C = A = = = = = G = = A A I A = = = = = = = = = = = = G = G = = = = = A = = G T D G 0 H109 = = = A I = ? ? ? ? C T = G = G C = D = = C = = = D G = = = G D = ? ? ? ? T C = A = T T = I = = G = = = I A 0 H110 = = = = = = = = = = = = C = A = = = = = G = = A A I A = = = = = = = = = = = = G = G = = = = = A = = G T D G 0 H111 I = = = I G G C = ? C T = G = G = = D = G C = = = D = D = = = D C A A = ? T C = A = T = = I = A G = = = I = 0 H112 = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = 0 H113 = = = A I = G C C C C T C G A G C = D = G C = A A = = = = = G D = A A T G T C G A G T T = I = A G = G T = = 0 H114 = = = A I = G C C C C T C G A G C = D = G C = A A = = = = = G D = A A T G T C G A G T T = I = A G = G T = = 0 H115 I = C = I G G C = = C T = G = G = C D C = = A = A = = D = G = D C A A = = T C = A = T = T I G = = T = T = = 0 H116 I = = G = G = = T G = = = = = = T = = = G = = = = = A D = = A = C = = C C = = = = = = C = = = A = = = = = G 0 H117 = = = A I = ? ? ? C C T C G A G C = D = G C = A A = = = = = G D = ? ? ? G T C G A G T T = I = A G = G T = = 0 H118 I = C G = G = = T G = = = = = = T C = C G = A = A = A D = G A = C = = C C = = = = = = C T = G A = T = T = G 0 H119 I = C = I G G C = = C T = G = = T C = C = = A G = D = D = G = D C A A = = T C = A = = C T = G = = T A = I = 0 H120 I = C G = G = = T G = = G = G = T C = C = = A G = D = D = G A = C = = C C = = C = A = C T = G = = T A = I = 0 H121 I = = = I G G C = = C T = G = G = = D = G C = = = D = D = = = D C A A = = T C = A = T = = I = A G = = = I = 0 H122 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X102 = A C = = = = = = = = = = = = G = C = C G = A = A D = = G G = = = = = = = = = = = = T = T = G A = T = T I = 0 X103 I = = = I G G C = = C T = G = G = = D = G C = = = D = D = = = D C A A = = T C = A = T = = I = A G = = = I = 0 X104 = = = A I = G C C C C T C G A G C = D = G C = A A = = = = = G D = A A T G T C G A G T T = I = A G = G T = = 0 X105 = = = = = = = = = = = = C = A = = = = = G = = A A I A = = = = = = = = = = = = G = G = = = = = A = = G T D G 0 X106 I G = G = G = = T G = = G = G T T = = = A = = G T = = D A = A = C = = C C = = C = A G C = = = G = = A A = = 0 X107 = A C = = = = = = = = = = = = G = C = C G = A = A D = = G G = = = = = = = = = = = = T = T = G A = T = T I = 0 X108 = = = = = = = = = = = = C = A = = = = = G = = A A I A = = = = = = = = = = = = G = G = = = = = A = = G T D G 0 X109 I = = = I G G C = = C T = G = G = = D = G C = = = D = D = = = D C A A = = T C = A = T = = I = A G = = = I = 0 X110 I G = G = G = = T G = = = = = T T = = = = = = = = I A D A = A = C = = C C = = = = = G C = = = = = = = = D G 0 X111 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X112 I = = G = G = = T G = = G = G T T = I = A G = G T = = D = = A = C = = C C = = C = A G C = D = G C = A A = = 0 X113 = = = A I = G C C C C T = G = G C = D = = C = = = D G = = = G D = A A T G T C = A = T T = I = = G = = = I A 0 X114 I G = = I G G C = = C T = G = = = = D = = C = = = = = D A = = D C A A = = T C = A = = = = I = = G = = = = = 0 X115 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X116 = = = A I = G C C C C T = G = G C = D = = C = = = D G = = = G D = A A T G T C = A = T T = I = = G = = = I A 0 X117 I G = = I G G C = = C T = G = = = = D = = C = = = = = D A = = D C A A = = T C = A = = = = I = = G = = = = = 0 X118 I G = G = G = = T G = = = = = T T = = = = = = = = I A D A = A = C = = C C = = = = = G C = = = = = = = = D G 0 X119 = = = A I = G C C C C T = G = G C = D = = C = = = D G = = = G D = A A T G T C = A = T T = I = = G = = = I A 0 X120 = = = A I = G C C C C T = G = G C = D = = C = = = D G = = = G D = A A T G T C = A = T T = I = = G = = = I A 0 X121 = = = A I = G C C C C T = G = G C = D = = C = = = D G = = = G D = A A T G T C = A = T T = I = = G = = = I A 0 X122 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 X123 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X124 I G = = I G G C = = C T = G = = = = D = = C = = = = = D A = = D C A A = = T C = A = = = = I = = G = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? ? = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = ? = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = ? ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = ? = ? ? 0.97 0.97 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = ? = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = 1.00 = = = ? ? ? ? = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 = = = ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = ? ? ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = ? ? = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? = = 1.00 = = = ? ? = ? = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = ? ? = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? = = 1.00 = = = ? ? ? ? = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 0.51 = = 0.51 = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = END PHASEPROBS