Site Genotype1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 HD-chi2 XD-chi2 Total-chi2 000130 AA 0 0 0 0 0 AT 4 0 0 0 4 TT 22 22 22 23 89 0.181 0.000 0.000 0.000 0.045 000134 -- 0 0 0 0 0 +- 4 0 0 0 4 ++ 22 22 22 23 89 0.181 0.000 0.000 0.000 0.045 000145 AA 22 21 21 23 87 AG 0 1 1 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.012 0.000 0.011 000420 AA 16 6 7 0 29 AG 5 14 12 11 42 GG 0 2 3 12 17 0.383 2.200 0.362 2.272 0.066 000516 AA 24 22 22 18 86 AG 3 0 0 6 9 GG 0 0 0 0 0 0.093 0.000 0.000 0.490 0.235 000522 AA 11 2 6 24 43 AT 12 17 11 0 40 TT 4 2 5 0 11 0.060 8.048 0.000 0.000 0.131 000739 AA 4 3 5 0 12 AG 12 17 12 1 42 GG 11 2 5 23 41 0.060 6.622 0.182 0.011 0.059 000783 CC 21 22 22 24 89 CG 6 0 0 0 6 GG 0 0 0 0 0 0.422 0.000 0.000 0.000 0.101 000793 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 22 24 94 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 000816 CC 7 5 5 0 17 CT 12 16 13 1 42 TT 8 1 4 23 36 0.326 5.594 0.747 0.011 0.592 001177 GG 11 10 18 24 63 GT 0 1 1 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.025 0.014 0.000 0.016 001211 CC 23 22 22 24 91 CT 4 0 0 0 4 TT 0 0 0 0 0 0.173 0.000 0.000 0.000 0.044 001255 CC 9 2 4 23 38 CG 12 17 13 1 43 GG 6 3 5 0 14 0.270 6.622 0.747 0.011 0.104 001775 CC 0 0 0 0 0 CT 2 3 0 0 5 TT 23 18 22 24 87 0.043 0.124 0.000 0.000 0.072 001821 -- 0 0 0 0 0 +- 0 1 0 0 1 ++ 25 20 22 24 91 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 001825 AA 25 20 22 24 91 AT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 001840 CC 0 0 0 0 0 CT 0 1 0 0 1 TT 25 20 22 24 91 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 001857 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 0 0 1 GG 25 20 22 24 91 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 002104 AA 25 20 22 24 91 AT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 009269 AA 14 14 16 12 56 AG 10 8 6 12 36 GG 2 0 0 0 2 0.013 1.086 0.548 2.667 1.929 009405 CC 24 21 21 19 85 CT 0 0 0 5 5 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.324 0.073 009406 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 1 6 7 GG 21 21 20 18 80 0.000 0.000 0.012 0.490 0.153 009444 CC 24 20 21 24 89 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 009475 CC 24 18 22 24 88 CT 2 3 0 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.042 0.124 0.000 0.000 0.071 009673 CC 24 21 21 24 90 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 010152 CC 0 0 0 0 0 CT 0 3 0 0 3 TT 23 19 22 23 87 0.000 0.118 0.000 0.000 0.026 010280 CC 0 0 0 0 0 CT 1 2 0 0 3 TT 22 19 22 24 87 0.011 0.053 0.000 0.000 0.026 010297 CC 0 0 0 0 0 CT 2 6 3 0 11 TT 20 15 19 24 78 0.050 0.583 0.118 0.000 0.386 010373 AA 0 0 0 0 0 AG 0 3 2 0 5 GG 22 18 20 24 84 0.000 0.124 0.050 0.000 0.074 010421 CC 18 18 20 24 80 CT 1 3 2 0 6 TT 0 0 0 0 0 0.014 0.124 0.050 0.000 0.112 010634 AA 27 22 21 24 94 AG 0 0 1 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 010960 AA 25 19 20 24 88 AT 2 3 2 0 7 TT 0 0 0 0 0 0.040 0.118 0.050 0.000 0.139 011052 -- 0 0 0 0 0 +- 1 0 0 0 1 ++ 26 22 22 24 94 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 011107 CC 5 0 0 0 5 CG 15 15 9 12 51 GG 7 7 13 12 39 0.371 5.886 1.455 2.667 5.087 011544 GG 0 0 0 0 0 GT 2 2 0 0 4 TT 22 17 21 21 81 0.045 0.059 0.000 0.000 0.049 011561 CC 0 0 0 0 0 CT 2 3 1 0 6 TT 22 16 20 21 79 0.045 0.140 0.012 0.000 0.114 011838 AA 0 0 0 0 0 AG 1 6 5 6 18 GG 20 13 16 15 64 0.012 0.668 0.383 0.583 1.246 012244 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 6 6 GG 23 20 21 14 78 0.000 0.000 0.000 0.623 0.115 012300 AA 0 0 0 0 0 AG 2 1 0 0 3 GG 21 19 21 21 82 0.048 0.013 0.000 0.000 0.027 012554 GG 22 19 21 19 81 GT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 012922 AA 0 0 0 0 0 AG 4 7 3 0 14 GG 23 15 19 24 81 0.173 0.787 0.118 0.000 0.601 013022 AA 0 0 0 0 0 AC 2 3 0 0 5 CC 25 19 22 24 90 0.040 0.118 0.000 0.000 0.069 013089 CC 0 0 0 0 0 CT 4 7 3 0 14 TT 23 15 19 24 81 0.173 0.787 0.118 0.000 0.601 013118 AA 27 22 22 20 91 AG 0 0 0 4 4 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.198 0.044 013433 AA 22 22 22 24 90 AG 4 0 0 0 4 GG 0 0 0 0 0 0.181 0.000 0.000 0.000 0.044 013666 CC 0 0 0 0 0 CT 0 1 1 0 2 TT 27 21 20 24 92 0.000 0.012 0.012 0.000 0.011 013724 -- 0 0 1 0 1 +- 3 7 8 0 18 ++ 24 15 12 24 75 0.093 0.787 0.053 0.000 0.005 014038 AA 24 19 21 24 88 AC 2 3 0 0 5 CC 0 0 0 0 0 0.042 0.118 0.000 0.000 0.071 014080 CC 27 18 12 7 64 CT 0 4 8 10 22 TT 0 0 1 7 8 0.000 0.220 0.053 0.667 7.077 014305 AA 24 21 21 20 86 AC 1 0 0 0 1 CC 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 014323 CC 24 18 21 20 83 CT 1 3 0 0 4 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.124 0.000 0.000 0.048 014338 AA 0 0 0 0 0 AG 1 3 0 0 4 GG 24 18 21 20 83 0.010 0.124 0.000 0.000 0.048 014346 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 0 0 2 GG 23 21 21 20 85 0.043 0.000 0.000 0.000 0.012 014538 AA 0 0 0 0 0 AG 1 3 0 0 4 GG 24 18 21 20 83 0.010 0.124 0.000 0.000 0.048 014806 AA 0 0 0 0 0 AG 7 0 0 0 7 GG 18 21 21 20 80 0.663 0.000 0.000 0.000 0.153 014892 GG 0 0 0 0 0 GT 2 3 2 0 7 TT 23 18 19 20 80 0.043 0.124 0.053 0.000 0.153 016694 AA 0 0 0 0 0 AG 2 2 1 0 5 GG 18 15 16 23 72 0.055 0.066 0.016 0.000 0.087 016786 GG 20 15 17 23 75 GT 1 3 0 0 4 TT 0 0 0 0 0 0.012 0.149 0.000 0.000 0.053 017254 CC 0 0 0 0 0 CT 2 3 0 0 5 TT 20 15 17 23 75 0.050 0.149 0.000 0.000 0.083 017290 CC 0 0 0 0 0 CT 1 3 0 0 4 TT 21 15 17 23 76 0.012 0.149 0.000 0.000 0.053 017332 CC 0 0 0 0 0 CT 1 3 0 0 4 TT 20 15 17 23 75 0.012 0.149 0.000 0.000 0.053 017383 CC 22 15 17 23 77 CT 0 3 0 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.149 0.000 0.000 0.029 017463 CC 0 0 3 0 3 CT 1 8 7 0 16 TT 21 10 7 23 61 0.012 1.469 0.279 0.000 1.967 017817 AA 0 0 0 0 0 AG 2 3 0 0 5 GG 23 17 21 24 85 0.043 0.131 0.000 0.000 0.073 017877 CC 23 17 21 24 85 CT 2 3 0 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.043 0.131 0.000 0.000 0.073 017949 CC 21 14 18 24 77 CT 4 6 3 0 13 TT 0 0 0 0 0 0.189 0.623 0.124 0.000 0.545 018036 CC 23 17 21 24 85 CT 2 3 0 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.043 0.131 0.000 0.000 0.073 018505 -- 0 0 0 0 0 +- 0 2 0 0 2 ++ 23 16 18 22 79 0.000 0.062 0.000 0.000 0.013 018630 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 21 15 18 19 73 0.000 0.000 0.000 0.013 0.003 018783 CC 25 18 19 24 86 CT 2 4 3 0 9 TT 0 0 0 0 0 0.040 0.220 0.118 0.000 0.235 018912 CC 27 21 21 24 93 CT 0 1 1 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.012 0.000 0.011 018928 AA 0 0 0 0 0 AG 2 4 3 0 9 GG 25 18 19 24 86 0.040 0.220 0.118 0.000 0.235 019158 CC 25 18 22 24 89 CG 2 3 0 0 5 GG 0 0 0 0 0 0.040 0.124 0.000 0.000 0.070 019287 AA 0 0 0 0 0 AT 0 0 0 1 1 TT 27 21 22 23 93 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 019349 GG 0 0 0 0 0 GT 0 1 1 0 2 TT 27 20 21 24 92 0.000 0.012 0.012 0.000 0.011 019402 CC 25 17 22 24 88 CT 2 3 0 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.040 0.131 0.000 0.000 0.071 024115 AA 0 0 0 0 0 AG 2 3 0 0 5 GG 20 18 21 21 80 0.050 0.124 0.000 0.000 0.078 024249 AA 18 14 18 21 71 AG 4 7 3 0 14 GG 0 0 0 0 0 0.220 0.840 0.124 0.000 0.685 024253 CC 20 17 17 20 74 CG 2 4 3 1 10 GG 0 0 0 0 0 0.050 0.233 0.131 0.012 0.336 024287 CC 20 18 19 19 76 CT 2 3 0 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.050 0.124 0.000 0.000 0.082 024335 AA 0 0 0 0 0 AC 2 3 0 0 5 CC 20 17 21 21 79 0.050 0.131 0.000 0.000 0.079 024339 AA 22 18 19 20 79 AT 0 2 2 0 4 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.055 0.053 0.000 0.051 024405 AA 22 16 12 5 55 AC 0 4 9 8 21 CC 0 0 0 7 7 0.000 0.247 1.562 0.737 4.769 024466 AA 0 0 0 0 0 AG 2 3 0 0 5 GG 20 17 21 21 79 0.050 0.131 0.000 0.000 0.079 024510 CC 0 0 0 0 0 CT 2 3 0 0 5 TT 20 17 21 21 79 0.050 0.131 0.000 0.000 0.079 024569 CC 18 13 18 21 70 CT 4 7 3 0 14 TT 0 0 0 0 0 0.220 0.900 0.124 0.000 0.694 024693 CC 20 17 21 21 79 CT 2 3 0 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.050 0.131 0.000 0.000 0.079 024704 GG 18 13 17 15 63 GT 4 7 4 5 20 TT 0 0 0 0 0 0.220 0.900 0.233 0.408 1.558 024722 CC 0 0 0 0 0 CT 4 7 3 0 14 TT 18 13 18 20 69 0.220 0.900 0.124 0.000 0.704 024814 CC 0 0 0 0 0 CT 5 0 0 0 5 TT 22 21 22 21 86 0.281 0.000 0.000 0.000 0.073 025033 CC 27 19 20 22 88 CT 0 3 2 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.118 0.050 0.000 0.071 025071 AA 0 0 0 0 0 AG 4 0 0 0 4 GG 23 21 22 21 87 0.173 0.000 0.000 0.000 0.046 025305 AA 23 15 19 22 79 AG 4 7 3 0 14 GG 0 0 0 0 0 0.173 0.787 0.118 0.000 0.616 026200 CC 22 15 20 21 78 CT 2 0 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.045 0.000 0.000 0.000 0.013 026201 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 1 0 2 GG 24 14 19 21 78 0.000 0.018 0.013 0.000 0.013 026264 CC 23 11 17 21 72 CT 1 4 3 0 8 TT 0 0 0 0 0 0.011 0.355 0.131 0.000 0.222 035237 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 14 8 17 22 61 0.000 0.000 0.000 0.011 0.004 035284 CC 24 15 18 23 80 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.017 0.000 0.000 0.003 035332 -- 24 16 21 23 84 +- 1 1 0 0 2 ++ 0 0 0 0 0 0.010 0.016 0.000 0.000 0.012 035373 CC 21 14 15 23 73 CG 3 2 4 0 9 GG 0 0 1 0 1 0.107 0.071 0.930 0.000 1.271 035406 AA 0 0 1 0 1 AG 4 3 4 0 11 GG 20 12 15 23 70 0.198 0.185 0.930 0.000 0.538 035487 CC 25 16 19 24 84 CT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.013 0.000 0.003 035771 AA 19 14 18 24 75 AT 4 0 1 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.209 0.000 0.014 0.000 0.083 035952 -- 25 19 22 24 90 +- 1 1 0 0 2 ++ 0 0 0 0 0 0.010 0.013 0.000 0.000 0.011 035987 CC 0 0 0 0 0 CT 6 0 1 6 13 TT 20 19 21 18 78 0.442 0.000 0.012 0.490 0.538 036012 CC 24 18 22 24 88 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 036196 AA 27 18 19 24 88 AG 0 4 3 0 7 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.220 0.118 0.000 0.139 036222 GG 0 0 0 0 0 GT 0 1 1 0 2 TT 27 21 21 24 93 0.000 0.012 0.012 0.000 0.011 036400 CC 27 22 22 22 93 CG 0 0 0 1 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 036543 CC 27 22 22 19 90 CG 0 0 0 5 5 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.324 0.069 036664 GG 25 19 22 24 90 GT 2 3 0 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.040 0.118 0.000 0.000 0.069 036776 CC 22 21 22 24 89 CT 5 0 0 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.281 0.000 0.000 0.000 0.070 036877 AA 4 0 0 0 4 AC 14 8 6 12 40 CC 7 11 16 12 46 0.465 1.351 0.548 2.667 1.674 037209 CC 25 19 22 21 87 CT 0 0 0 3 3 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.107 0.026 037587 CC 25 19 21 24 89 CT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 037588 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 25 19 22 23 89 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 039651 GG 24 20 21 22 87 GT 2 0 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.042 0.000 0.000 0.000 0.011 040173 -- 25 14 16 17 72 +- 1 1 2 2 6 ++ 0 0 0 0 0 0.010 0.018 0.062 0.059 0.125 040498 AA 25 22 22 23 92 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 040532 CC 0 0 0 0 0 CT 2 3 0 0 5 TT 25 19 22 24 90 0.040 0.118 0.000 0.000 0.069 040692 GG 0 0 0 0 0 GT 0 4 3 0 7 TT 27 18 19 24 88 0.000 0.220 0.118 0.000 0.139 040732 AA 25 19 22 24 90 AG 2 3 0 0 5 GG 0 0 0 0 0 0.040 0.118 0.000 0.000 0.069 040972 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 1 5 6 GG 26 22 21 18 87 0.000 0.000 0.012 0.342 0.103 041261 CC 23 21 20 21 85 CT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 041299 CC 21 19 21 21 82 CG 0 2 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.053 0.000 0.000 0.012 041460 -- 3 0 0 0 3 +- 11 8 6 11 36 ++ 6 9 15 10 40 0.314 1.609 0.583 2.644 2.216 041485 CC 23 20 21 22 86 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 041500 -- 21 15 18 21 75 +- 1 2 0 0 3 ++ 0 0 0 0 0 0.012 0.066 0.000 0.000 0.030 041597 CC 3 0 0 0 3 CT 13 11 8 11 43 TT 6 6 10 10 32 0.917 3.888 1.469 2.644 6.090 041643 AA 0 0 0 0 0 AG 1 2 0 0 3 GG 22 19 21 21 83 0.011 0.053 0.000 0.000 0.027 041665 -- 22 17 18 21 78 +- 1 4 3 0 8 ++ 0 0 0 0 0 0.011 0.233 0.124 0.000 0.205 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000134: t 001821: t 011052: a 013724: T 018505: tcac 035332: G 035952: GA 040173: T 041460: a 041500: TAAG 041665: AT