Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000130 A 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 000134 - 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 + 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 000145 G 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 A 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 000420 G 0.12 0.41 0.41 0.76 0.43 A 0.88 0.59 0.59 0.24 0.57 0.21 0.48 0.48 0.36 0.49 000516 G 0.06 0.00 0.00 0.12 0.05 A 0.94 1.00 1.00 0.88 0.95 0.10 0.00 0.00 0.22 0.09 000522 T 0.37 0.50 0.48 0.00 0.33 A 0.63 0.50 0.52 1.00 0.67 0.47 0.50 0.50 0.00 0.44 000739 A 0.37 0.52 0.50 0.02 0.35 G 0.63 0.48 0.50 0.98 0.65 0.47 0.50 0.50 0.04 0.45 000783 G 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 000793 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 000816 C 0.48 0.59 0.52 0.02 0.40 T 0.52 0.41 0.48 0.98 0.60 0.50 0.48 0.50 0.04 0.48 001177 T 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 G 1.00 0.95 0.97 1.00 0.98 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 001211 T 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 001255 G 0.44 0.52 0.52 0.02 0.37 C 0.56 0.48 0.48 0.98 0.63 0.49 0.50 0.50 0.04 0.47 001775 C 0.04 0.07 0.00 0.00 0.03 T 0.96 0.93 1.00 1.00 0.97 0.08 0.13 0.00 0.00 0.05 001821 - 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 + 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 001825 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 001840 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 001857 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 002104 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 009269 G 0.27 0.18 0.14 0.25 0.21 A 0.73 0.82 0.86 0.75 0.79 0.39 0.30 0.24 0.38 0.33 009405 T 0.00 0.00 0.00 0.10 0.03 C 1.00 1.00 1.00 0.90 0.97 0.00 0.00 0.00 0.19 0.05 009406 A 0.00 0.00 0.02 0.12 0.04 G 1.00 1.00 0.98 0.88 0.96 0.00 0.00 0.05 0.22 0.08 009444 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 009475 T 0.04 0.07 0.00 0.00 0.03 C 0.96 0.93 1.00 1.00 0.97 0.07 0.13 0.00 0.00 0.05 009673 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 010152 C 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 T 1.00 0.93 1.00 1.00 0.98 0.00 0.13 0.00 0.00 0.03 010280 C 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 T 0.98 0.95 1.00 1.00 0.98 0.04 0.09 0.00 0.00 0.03 010297 C 0.05 0.14 0.07 0.00 0.06 T 0.95 0.86 0.93 1.00 0.94 0.09 0.24 0.13 0.00 0.12 010373 A 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 G 1.00 0.93 0.95 1.00 0.97 0.00 0.13 0.09 0.00 0.05 010421 T 0.03 0.07 0.05 0.00 0.03 C 0.97 0.93 0.95 1.00 0.97 0.05 0.13 0.09 0.00 0.07 010634 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 010960 T 0.04 0.07 0.05 0.00 0.04 A 0.96 0.93 0.95 1.00 0.96 0.07 0.13 0.09 0.00 0.07 011052 - 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 + 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 011107 C 0.46 0.34 0.20 0.25 0.32 G 0.54 0.66 0.80 0.75 0.68 0.50 0.45 0.33 0.38 0.44 011544 G 0.04 0.05 0.00 0.00 0.02 T 0.96 0.95 1.00 1.00 0.98 0.08 0.10 0.00 0.00 0.05 011561 C 0.04 0.08 0.02 0.00 0.04 T 0.96 0.92 0.98 1.00 0.96 0.08 0.15 0.05 0.00 0.07 011838 A 0.02 0.16 0.12 0.14 0.11 G 0.98 0.84 0.88 0.86 0.89 0.05 0.27 0.21 0.24 0.20 012244 A 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 G 1.00 1.00 1.00 0.85 0.96 0.00 0.00 0.00 0.26 0.07 012300 A 0.04 0.03 0.00 0.00 0.02 G 0.96 0.97 1.00 1.00 0.98 0.08 0.05 0.00 0.00 0.03 012554 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 012922 A 0.07 0.16 0.07 0.00 0.07 G 0.93 0.84 0.93 1.00 0.93 0.14 0.27 0.13 0.00 0.14 013022 A 0.04 0.07 0.00 0.00 0.03 C 0.96 0.93 1.00 1.00 0.97 0.07 0.13 0.00 0.00 0.05 013089 C 0.07 0.16 0.07 0.00 0.07 T 0.93 0.84 0.93 1.00 0.93 0.14 0.27 0.13 0.00 0.14 013118 G 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 A 1.00 1.00 1.00 0.92 0.98 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 013433 G 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 013666 C 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 T 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 013724 - 0.06 0.16 0.24 0.00 0.11 + 0.94 0.84 0.76 1.00 0.89 0.10 0.27 0.36 0.00 0.19 014038 C 0.04 0.07 0.00 0.00 0.03 A 0.96 0.93 1.00 1.00 0.97 0.07 0.13 0.00 0.00 0.05 014080 T 0.00 0.09 0.24 0.50 0.20 C 1.00 0.91 0.76 0.50 0.80 0.00 0.17 0.36 0.50 0.32 014305 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 014323 T 0.02 0.07 0.00 0.00 0.02 C 0.98 0.93 1.00 1.00 0.98 0.04 0.13 0.00 0.00 0.04 014338 A 0.02 0.07 0.00 0.00 0.02 G 0.98 0.93 1.00 1.00 0.98 0.04 0.13 0.00 0.00 0.04 014346 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 014538 A 0.02 0.07 0.00 0.00 0.02 G 0.98 0.93 1.00 1.00 0.98 0.04 0.13 0.00 0.00 0.04 014806 A 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 G 0.86 1.00 1.00 1.00 0.96 0.24 0.00 0.00 0.00 0.08 014892 G 0.04 0.07 0.05 0.00 0.04 T 0.96 0.93 0.95 1.00 0.96 0.08 0.13 0.09 0.00 0.08 016694 A 0.05 0.06 0.03 0.00 0.03 G 0.95 0.94 0.97 1.00 0.97 0.10 0.11 0.06 0.00 0.06 016786 T 0.02 0.08 0.00 0.00 0.03 G 0.98 0.92 1.00 1.00 0.97 0.05 0.15 0.00 0.00 0.05 017254 C 0.05 0.08 0.00 0.00 0.03 T 0.95 0.92 1.00 1.00 0.97 0.09 0.15 0.00 0.00 0.06 017290 C 0.02 0.08 0.00 0.00 0.03 T 0.98 0.92 1.00 1.00 0.97 0.04 0.15 0.00 0.00 0.05 017332 C 0.02 0.08 0.00 0.00 0.03 T 0.98 0.92 1.00 1.00 0.97 0.05 0.15 0.00 0.00 0.05 017383 T 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 C 1.00 0.92 1.00 1.00 0.98 0.00 0.15 0.00 0.00 0.04 017463 C 0.02 0.22 0.38 0.00 0.14 T 0.98 0.78 0.62 1.00 0.86 0.04 0.35 0.47 0.00 0.24 017817 A 0.04 0.07 0.00 0.00 0.03 G 0.96 0.93 1.00 1.00 0.97 0.08 0.14 0.00 0.00 0.05 017877 T 0.04 0.07 0.00 0.00 0.03 C 0.96 0.93 1.00 1.00 0.97 0.08 0.14 0.00 0.00 0.05 017949 T 0.08 0.15 0.07 0.00 0.07 C 0.92 0.85 0.93 1.00 0.93 0.15 0.26 0.13 0.00 0.13 018036 T 0.04 0.07 0.00 0.00 0.03 C 0.96 0.93 1.00 1.00 0.97 0.08 0.14 0.00 0.00 0.05 018505 - 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 + 1.00 0.94 1.00 1.00 0.99 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 018630 C 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.97 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 018783 T 0.04 0.09 0.07 0.00 0.05 C 0.96 0.91 0.93 1.00 0.95 0.07 0.17 0.13 0.00 0.09 018912 T 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 C 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 018928 A 0.04 0.09 0.07 0.00 0.05 G 0.96 0.91 0.93 1.00 0.95 0.07 0.17 0.13 0.00 0.09 019158 G 0.04 0.07 0.00 0.00 0.03 C 0.96 0.93 1.00 1.00 0.97 0.07 0.13 0.00 0.00 0.05 019287 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 019349 G 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 T 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 019402 T 0.04 0.07 0.00 0.00 0.03 C 0.96 0.93 1.00 1.00 0.97 0.07 0.14 0.00 0.00 0.05 024115 A 0.05 0.07 0.00 0.00 0.03 G 0.95 0.93 1.00 1.00 0.97 0.09 0.13 0.00 0.00 0.06 024249 G 0.09 0.17 0.07 0.00 0.08 A 0.91 0.83 0.93 1.00 0.92 0.17 0.28 0.13 0.00 0.15 024253 G 0.05 0.10 0.07 0.02 0.06 C 0.95 0.90 0.93 0.98 0.94 0.09 0.17 0.14 0.05 0.11 024287 T 0.05 0.07 0.00 0.00 0.03 C 0.95 0.93 1.00 1.00 0.97 0.09 0.13 0.00 0.00 0.06 024335 A 0.05 0.07 0.00 0.00 0.03 C 0.95 0.93 1.00 1.00 0.97 0.09 0.14 0.00 0.00 0.06 024339 T 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 A 1.00 0.95 0.95 1.00 0.98 0.00 0.10 0.09 0.00 0.05 024405 C 0.00 0.10 0.21 0.55 0.21 A 1.00 0.90 0.79 0.45 0.79 0.00 0.18 0.34 0.50 0.33 024466 A 0.05 0.07 0.00 0.00 0.03 G 0.95 0.93 1.00 1.00 0.97 0.09 0.14 0.00 0.00 0.06 024510 C 0.05 0.07 0.00 0.00 0.03 T 0.95 0.93 1.00 1.00 0.97 0.09 0.14 0.00 0.00 0.06 024569 T 0.09 0.17 0.07 0.00 0.08 C 0.91 0.82 0.93 1.00 0.92 0.17 0.29 0.13 0.00 0.15 024693 T 0.05 0.07 0.00 0.00 0.03 C 0.95 0.93 1.00 1.00 0.97 0.09 0.14 0.00 0.00 0.06 024704 T 0.09 0.17 0.10 0.12 0.12 G 0.91 0.82 0.90 0.88 0.88 0.17 0.29 0.17 0.22 0.21 024722 C 0.09 0.17 0.07 0.00 0.08 T 0.91 0.82 0.93 1.00 0.92 0.17 0.29 0.13 0.00 0.15 024814 C 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 025033 T 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 C 1.00 0.93 0.95 1.00 0.97 0.00 0.13 0.09 0.00 0.05 025071 A 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 025305 G 0.07 0.16 0.07 0.00 0.08 A 0.93 0.84 0.93 1.00 0.92 0.14 0.27 0.13 0.00 0.14 026200 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 026201 A 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 G 1.00 0.97 0.97 1.00 0.99 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 026264 T 0.02 0.13 0.07 0.00 0.05 C 0.98 0.87 0.93 1.00 0.95 0.04 0.23 0.14 0.00 0.10 035237 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 035284 T 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 035332 + 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 - 0.98 0.97 1.00 1.00 0.99 0.04 0.06 0.00 0.00 0.02 035373 G 0.06 0.06 0.15 0.00 0.07 C 0.94 0.94 0.85 1.00 0.93 0.12 0.12 0.26 0.00 0.12 035406 A 0.08 0.10 0.15 0.00 0.08 G 0.92 0.90 0.85 1.00 0.92 0.15 0.18 0.26 0.00 0.15 035487 T 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.97 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 035771 T 0.09 0.00 0.03 0.00 0.03 A 0.91 1.00 0.97 1.00 0.97 0.16 0.00 0.05 0.00 0.06 035952 + 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 - 0.98 0.97 1.00 1.00 0.99 0.04 0.05 0.00 0.00 0.02 035987 C 0.12 0.00 0.02 0.12 0.07 T 0.88 1.00 0.98 0.88 0.93 0.20 0.00 0.04 0.22 0.13 036012 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 036196 G 0.00 0.09 0.07 0.00 0.04 A 1.00 0.91 0.93 1.00 0.96 0.00 0.17 0.13 0.00 0.07 036222 G 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 T 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 036400 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 036543 G 0.00 0.00 0.00 0.10 0.03 C 1.00 1.00 1.00 0.90 0.97 0.00 0.00 0.00 0.19 0.05 036664 T 0.04 0.07 0.00 0.00 0.03 G 0.96 0.93 1.00 1.00 0.97 0.07 0.13 0.00 0.00 0.05 036776 T 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 036877 A 0.44 0.21 0.14 0.25 0.27 C 0.56 0.79 0.86 0.75 0.73 0.49 0.33 0.24 0.38 0.39 037209 T 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 C 1.00 1.00 1.00 0.94 0.98 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 037587 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 037588 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 039651 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 040173 + 0.02 0.03 0.06 0.05 0.04 - 0.98 0.97 0.94 0.95 0.96 0.04 0.06 0.10 0.10 0.07 040498 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 040532 C 0.04 0.07 0.00 0.00 0.03 T 0.96 0.93 1.00 1.00 0.97 0.07 0.13 0.00 0.00 0.05 040692 G 0.00 0.09 0.07 0.00 0.04 T 1.00 0.91 0.93 1.00 0.96 0.00 0.17 0.13 0.00 0.07 040732 G 0.04 0.07 0.00 0.00 0.03 A 0.96 0.93 1.00 1.00 0.97 0.07 0.13 0.00 0.00 0.05 040972 A 0.00 0.00 0.02 0.11 0.03 G 1.00 1.00 0.98 0.89 0.97 0.00 0.00 0.04 0.19 0.06 041261 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 041299 G 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 041460 - 0.42 0.24 0.14 0.26 0.27 + 0.57 0.76 0.86 0.74 0.73 0.49 0.36 0.24 0.39 0.39 041485 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 041500 + 0.02 0.06 0.00 0.00 0.02 - 0.98 0.94 1.00 1.00 0.98 0.04 0.11 0.00 0.00 0.04 041597 C 0.43 0.32 0.22 0.26 0.31 T 0.57 0.68 0.78 0.74 0.69 0.49 0.44 0.35 0.39 0.43 041643 A 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 G 0.98 0.95 1.00 1.00 0.98 0.04 0.09 0.00 0.00 0.03 041665 + 0.02 0.10 0.07 0.00 0.05 - 0.98 0.90 0.93 1.00 0.95 0.04 0.17 0.13 0.00 0.09 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000134: t 001821: t 011052: a 013724: T 018505: tcac 035332: G 035952: GA 040173: T 041460: a 041500: TAAG 041665: AT