Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000109 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 000251 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 000426 C 0.10 0.24 0.33 0.35 0.25 T 0.90 0.76 0.67 0.65 0.75 0.17 0.36 0.44 0.46 0.38 000456 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 001013 A 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 G 0.85 1.00 1.00 1.00 0.96 0.25 0.00 0.00 0.00 0.08 001107 A 0.44 0.20 0.11 0.02 0.21 C 0.56 0.80 0.89 0.98 0.79 0.49 0.33 0.20 0.04 0.33 001510 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 001731 A 0.16 0.00 0.00 0.00 0.04 T 0.84 1.00 1.00 1.00 0.96 0.27 0.00 0.00 0.00 0.08 002121 C 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 002147 T 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 002539 T 0.03 0.24 0.08 0.08 0.11 G 0.97 0.76 0.92 0.92 0.89 0.05 0.36 0.15 0.15 0.19 003111 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 003120 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 003555 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 003762 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 006995 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 007157 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 007795 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 009384 C 0.15 0.00 0.06 0.00 0.06 G 0.85 1.00 0.94 1.00 0.94 0.26 0.00 0.10 0.00 0.11 009394 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 010258 + 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 - 0.88 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.07 010279 G 0.29 0.21 0.07 0.02 0.15 A 0.71 0.79 0.93 0.98 0.85 0.41 0.33 0.13 0.04 0.26 010685 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 010898 C 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.90 1.00 1.00 1.00 0.97 0.18 0.00 0.00 0.00 0.05 011081 A 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 011226 G 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 011287 T 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 011726 C 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 011732 C 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 012061 G 0.15 0.00 0.05 0.00 0.05 A 0.85 1.00 0.95 1.00 0.95 0.25 0.00 0.09 0.00 0.10 012301 G 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.07 012484 T 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 012574 T 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 012646 T 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.88 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.07 012715 A 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 G 1.00 1.00 1.00 0.93 0.98 0.00 0.00 0.00 0.13 0.04 012732 G 0.13 0.00 0.00 0.00 0.04 A 0.87 1.00 1.00 1.00 0.96 0.23 0.00 0.00 0.00 0.07 012905 A 0.70 0.47 0.43 0.36 0.50 T 0.30 0.53 0.57 0.64 0.50 0.42 0.50 0.49 0.46 0.50 012943 T 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.19 0.00 0.00 0.00 0.06 013376 - 0.25 0.24 0.07 0.02 0.15 + 0.75 0.76 0.93 0.98 0.85 0.38 0.36 0.13 0.05 0.26 013532 A 0.12 0.00 0.00 0.00 0.04 G 0.88 1.00 1.00 1.00 0.96 0.21 0.00 0.00 0.00 0.07 013547 C 0.61 0.24 0.11 0.02 0.27 T 0.39 0.76 0.89 0.98 0.73 0.48 0.36 0.19 0.05 0.39 013742 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 014158 G 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 014178 G 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.13 0.00 0.00 0.00 0.04 014242 C 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 T 1.00 0.95 0.97 1.00 0.98 0.00 0.09 0.06 0.00 0.04 014329 G 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.13 0.00 0.00 0.00 0.04 019221 C 0.06 0.37 0.53 0.48 0.34 T 0.94 0.63 0.47 0.52 0.66 0.10 0.47 0.50 0.50 0.45 019295 C 0.40 0.53 0.33 0.55 0.45 G 0.60 0.47 0.68 0.45 0.55 0.48 0.50 0.44 0.50 0.49 019515 C 0.19 0.00 0.05 0.00 0.07 T 0.81 1.00 0.95 1.00 0.93 0.31 0.00 0.09 0.00 0.13 019534 C 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 019565 A 0.06 0.39 0.53 0.45 0.33 G 0.94 0.61 0.47 0.55 0.67 0.10 0.48 0.50 0.50 0.44 019925 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 019945 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 020067 T 0.20 0.00 0.07 0.00 0.07 G 0.80 1.00 0.93 1.00 0.93 0.32 0.00 0.13 0.00 0.14 020356 A 0.33 0.43 0.30 0.50 0.39 C 0.67 0.57 0.70 0.50 0.61 0.44 0.49 0.42 0.50 0.48 020518 A 0.20 0.24 0.11 0.00 0.13 G 0.80 0.76 0.89 1.00 0.87 0.33 0.36 0.20 0.00 0.23 021113 T 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 021248 A 0.22 0.25 0.11 0.00 0.15 G 0.78 0.75 0.89 1.00 0.85 0.35 0.38 0.20 0.00 0.25 021720 A 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 021827 T 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 C 1.00 1.00 1.00 0.94 0.98 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 021952 C 0.20 0.00 0.05 0.00 0.07 T 0.80 1.00 0.95 1.00 0.93 0.32 0.00 0.09 0.00 0.13 022098 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 022187 C 0.38 0.44 0.32 0.48 0.41 T 0.62 0.56 0.68 0.52 0.59 0.47 0.49 0.44 0.50 0.48 022461 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 022586 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 023136 T 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 023595 C 0.19 0.00 0.00 0.00 0.05 G 0.81 1.00 1.00 1.00 0.95 0.31 0.00 0.00 0.00 0.09 024530 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 024585 T 0.02 0.08 0.08 0.08 0.06 C 0.98 0.92 0.92 0.92 0.94 0.04 0.15 0.15 0.15 0.12 024782 G 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 025285 G 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 T 1.00 1.00 0.95 0.98 0.98 0.00 0.00 0.09 0.04 0.03 025417 T 0.20 0.18 0.02 0.00 0.11 C 0.80 0.82 0.98 1.00 0.89 0.32 0.30 0.04 0.00 0.19 025565 G 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 A 0.94 1.00 0.98 1.00 0.98 0.12 0.00 0.04 0.00 0.04 025983 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 025988 G 0.00 0.00 0.11 0.02 0.03 T 1.00 1.00 0.89 0.98 0.97 0.00 0.00 0.19 0.05 0.06 026389 C 0.11 0.00 0.05 0.00 0.04 A 0.89 1.00 0.95 1.00 0.96 0.20 0.00 0.09 0.00 0.08 026496 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 026501 C 0.11 0.00 0.05 0.00 0.04 T 0.89 1.00 0.95 1.00 0.96 0.20 0.00 0.09 0.00 0.08 026650 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 027094 G 0.50 0.36 0.55 0.48 0.47 A 0.50 0.64 0.45 0.52 0.53 0.50 0.46 0.50 0.50 0.50 027143 T 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 A 0.96 1.00 0.98 1.00 0.98 0.07 0.00 0.04 0.00 0.03 027159 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 027312 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 027340 G 0.50 0.35 0.53 0.46 0.46 C 0.50 0.65 0.47 0.54 0.54 0.50 0.45 0.50 0.50 0.50 027484 T 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 1.00 0.98 0.08 0.00 0.04 0.00 0.03 029169 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 029194 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 029265 A 0.39 0.43 0.41 0.52 0.44 C 0.61 0.57 0.59 0.48 0.56 0.48 0.49 0.48 0.50 0.49 029416 T 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 1.00 0.98 0.07 0.00 0.04 0.00 0.03 029617 G 0.42 0.38 0.48 0.50 0.44 T 0.58 0.62 0.52 0.50 0.56 0.49 0.47 0.50 0.50 0.49 030450 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 030478 G 0.44 0.40 0.55 0.52 0.48 A 0.56 0.60 0.45 0.48 0.52 0.49 0.48 0.50 0.50 0.50 030741 C 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 1.00 0.98 0.07 0.00 0.05 0.00 0.03 030770 G 0.00 0.05 0.10 0.00 0.03 A 1.00 0.95 0.90 1.00 0.97 0.00 0.09 0.17 0.00 0.06 030855 C 0.14 0.00 0.03 0.00 0.04 T 0.86 1.00 0.97 1.00 0.96 0.24 0.00 0.05 0.00 0.08 030919 T 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 C 0.94 1.00 0.97 1.00 0.98 0.10 0.00 0.05 0.00 0.04 031160 G 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 A 0.92 1.00 0.98 1.00 0.97 0.15 0.00 0.04 0.00 0.05 031363 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 010258: AATCAATC 013376: A