************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /net/nickerson/lims/bin/phase/PHASE2 -d1 fgfr4.phase.inp fgfr4.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST fgfr4.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates fgfr4.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual fgfr4.phase.out_recom : estimates of recombination parameters fgfr4.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 95 Number of Loci: 20 Positions of loci: 850 1110 2458 3457 3680 3738 4502 5332 5668 6186 6297 6655 7158 8114 9328 9908 9934 10600 12943 13164 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file fgfr4.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 TGCIIDAGTCCTAGCCGTGG 1.000000 2 TGCIIDAGTCCTAGTCGTGG 51.000000 3 TGCIIDGGTCCTAGCCGTGG 21.000000 4 TGCIIDGGTCCTAGCCGCGG 4.000000 5 TGCIIDGGTCCTAACTGTGG 67.000000 6 TGCIIDGTTCCTAGCCGTGG 1.000000 7 TGCIIIGGCACCAGCCGCGG 6.000000 8 TCCDDIGTCATCAGCCGCGG 1.000000 9 TCTDDIGTCATCAGCCGCGG 4.000000 10 TCTDDIGTCATCAGCCGCAA 2.000000 11 TCTDDIGTCATCGGCCGCGG 17.000000 12 CGCIIDGTTCCTAGCCACAA 15.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (2,3) D002: (2,3) D003: (3,9) D004: (3,11) D005: (6,7) D006: (2,12) D007: (2,5) D008: (12,12) D009: (7,9) D010: (5,10) D011: (3,3) D012: (5,9) D013: (12,12) D014: (5,5) D015: (3,10) DY01: (12,12) DY02: (4,11) DY03: (4,12) DY04: (3,7) DY05: (5,8) DY06: (3,12) DY07: (5,7) DY08: (3,5) DY09: (4,9) DY10: (3,3) DY11: (5,7) DY12: (4,11) E101: (5,11) E102: (2,5) E103: (11,11) E104: (2,3) E105: (2,3) E106: (2,11) E107: (2,2) E108: (2,3) E109: (2,5) E110: (3,5) E111: (11,12) E112: (5,11) E113: (2,12) E114: (5,11) E115: (3,11) E116: (2,3) E117: (3,5) E118: (5,5) E119: (5,11) E120: (5,5) E121: (5,11) E122: (2,3) H101: (2,5) H102: (2,5) H103: (2,5) H104: (5,11) H105: (5,11) H106: (2,5) H107: (5,11) H108: (2,5) H109: (2,5) H110: (5,5) H111: (2,2) H112: (2,5) H113: (2,5) H114: (1,5) H115: (5,7) H116: (5,5) H117: (5,11) H118: (5,5) H119: (2,5) H120: (5,5) H121: (2,5) H122: (2,3) X101: (2,5) X102: (2,2) X103: (2,5) X104: (2,5) X105: (2,12) X106: (2,2) X107: (2,5) X108: (5,12) X109: (5,12) X110: (2,5) X111: (2,5) X112: (2,5) X113: (2,5) X114: (2,5) X115: (2,5) X116: (2,5) X117: (2,2) X118: (5,12) X119: (2,5) X120: (2,5) X121: (5,5) X122: (2,2) X123: (2,5) X124: (5,5) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G 0 D002 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G 0 D003 T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G T C T D D I G T C A T C A G C C G C G G 0 D004 T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G 0 D005 T G C I I D G (T) T C C T A G C C G [T] G G T G C I I I G (G) C A C C A G C C G C G G 0 D006 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G C G C I I D G T T C C T A G C C A C A A 0 D007 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 D008 C G C I I D G T T C C T A G C C A C A A C G C I I D G T T C C T A G C C A C A A 0 D009 T G C I I I G G C A C C A G C C G C G G T C T D D I G T C A T C A G C C G C G G 0 D010 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T C T D D I G T C A T C A G C C G C A A 0 D011 T G C I I D G G T C C T A G C C G [T] G G T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G 0 D012 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T C T D D I G T C A T C A G C C G C G G 0 D013 C G C I I D G T T C C T A G C C A C A A C G C I I D G T T C C T A G C C A C A A 0 D014 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 D015 T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G T C T D D I G T C A T C A G C C G C A A 0 DY01 C G C I I D G T T C C T A G C C A C A A C G C I I D G T T C C T A G C C A C A A 0 DY02 T G C I I D G G T C C T A G C C G C G G T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G 0 DY03 T G C I I D G G T C C T A G C C G C G G C G C I I D G T T C C T A G C C A C A A 0 DY04 T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G T G C I I I G G C A C C A G C C G C G G 0 DY05 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T C C D D I G T C A T C A G C C G C G G 0 DY06 T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G C G C I I D G T T C C T A G C C A C A A 0 DY07 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T G C I I I G G C A C C A G C C G C G G 0 DY08 T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 DY09 T G C I I D G G T C C T A G C C G C G G T C T D D I G T C A T C A G C C G C G G 0 DY10 T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G 0 DY11 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T G C I I I G G C A C C A G C C G C G G 0 DY12 T G C I I D G G T C C T A G C C G C G G T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G 0 E101 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G 0 E102 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 E103 T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G 0 E104 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G 0 E105 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G 0 E106 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G 0 E107 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G 0 E108 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G 0 E109 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 E110 T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 E111 T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G C G C I I D G T T C C T A G C C A C A A 0 E112 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G 0 E113 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G C G C I I D G T T C C T A G C C A C A A 0 E114 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G 0 E115 T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G 0 E116 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G 0 E117 T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 E118 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 E119 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G 0 E120 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 E121 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G 0 E122 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G 0 H101 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 H102 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 H103 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 H104 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G 0 H105 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G 0 H106 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 H107 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G 0 H108 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 H109 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 H110 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 H111 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G 0 H112 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 H113 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A [A] C [T] G T G G 0 H114 T G C I I D (A) G T C C T A G C C G T G G T G C I I D (G) G T C C T A A C T G T G G 0 H115 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T G C I I I G G C A C C A G C C G C G G 0 H116 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 H117 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T C T D D I G T C A T C G G C C G C G G 0 H118 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 H119 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 H120 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 H121 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 H122 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A G C C G T G G 0 X101 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 X102 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G 0 X103 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 X104 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 X105 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G C G C I I D G T T C C T A G C C A C A A 0 X106 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G 0 X107 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 X108 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G C G C I I D G T T C C T A G C C A C A A 0 X109 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G C G C I I D G T T C C T A G C C A C A A 0 X110 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 X111 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 X112 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 X113 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 X114 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 X115 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 X116 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 X117 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G 0 X118 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G C G C I I D G T T C C T A G C C A C A A 0 X119 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 X120 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 X121 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 X122 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G 0 X123 T G C I I D A G T C C T A G T C G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G 0 X124 T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G T G C I I D G G T C C T A A C T G T G G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = ? ? A = = = = = = = T ? ? = = = = = = = ? ? G = = = = = = = C ? ? = = = 0 D002 = = = = = = A = ? ? ? = = = T = = = ? ? = = = = = = G = ? ? ? = = = C = = = ? ? 0 D003 ? G C ? ? ? = ? ? ? ? T = = = = = T = = ? C T ? ? ? = ? ? ? ? C = = = = = C = = 0 D004 = G C I I ? = G ? C C T A = = = = T = = = C T D D ? = T ? A T C G = = = = C = = 0 D005 = = = = = D = (T) T C = T = = = = = ? = = = = = = = I = (G) C A = C = = = = = ? = = 0 D006 T = = = = = A ? = = ? = = = T = G ? ? G C = = = = = G ? = = ? = = = C = A ? ? A 0 D007 = = = = ? ? A = = ? ? = = G T C = ? = = = = = = ? ? G = = ? ? = = A C T = ? = = 0 D008 = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? ? = 0 D009 = G C I I ? = G = = C = = = = = = = = = = C T D D ? = T = = T = = = = = = = = = 0 D010 = G C I I D = G T C C T = A = T = T ? G = C T D D I = T C A T C = G = C = C ? A 0 D011 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 D012 = G C I I ? = G T C C T = A = T = ? = = = C T D D ? = T C A T C = G = C = ? = = 0 D013 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 D014 = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = 0 D015 = G C I I D = G T C C T = = = = = ? G G = C T D D I = T C A T C = = = = = ? A A 0 DY01 = ? = ? = = ? = ? = = = = = = = = ? = = = ? = ? = = ? = ? = = = = = = = = ? = = 0 DY02 = G C I I ? = G T ? ? T A = = = = = = = = C T D D ? = T C ? ? C G = = = = = = = 0 DY03 ? ? = = = = = ? = = = = = = = = G = G G ? ? = = = = = ? = = = = = = = = A = A A 0 DY04 = = = = = D = = T C = T = = = = = T = = = = = = = I = = C A = C = = = = = C = = 0 DY05 = G = I I ? = G ? C C T = A = T = T = = = C = D D ? = T ? A T C = G = C = C = = 0 DY06 T = = = = = = G = = = = = = = = G ? G G C = = = = = = T = = = = = = = = A ? A A 0 DY07 = = = = = D = = T C = T = ? = T = T = = = = = = = I = = C A = C = ? = C = C = = 0 DY08 = = = = = = = = = = = = = G = C = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = T = ? = = 0 DY09 = G C ? I ? = G T C C T = = = = = = ? = = C T ? D ? = T C A T C = = = = = = ? = 0 DY10 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 0 DY11 = = = = = D = = T C = T = A = T = ? = = = = = = = I = = C A = C = G = C = ? = = 0 DY12 = G C I I ? = ? T C C T A = = = = = = = = C T D D ? = ? C A T C G = = = = = = = 0 E101 ? ? C I I D = ? T C C T A A = T = T = = ? ? T D D I = ? C A T C G G = C = C = = 0 E102 = = = = = = ? = = = = = = G T C = ? = = = = = = = = ? = = = = = = A C T = ? = = 0 E103 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E104 = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = = = G = = = = = = = C = = = = = 0 E105 = ? ? ? = = A ? = = = = = = T = = = = = = ? ? ? = = G ? = = = = = = C = = = = = 0 E106 = G C I ? D A G T C C T A = T = = T = = = C T D ? I G T C A T C G = C = = C = = 0 E107 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 E108 = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = = = G = = = = = = = C = = = = = 0 E109 = = = = = = A ? = = = = = G T C = = = = = = = = = = G ? = = = = = A C T = = = = 0 E110 = = = = = = ? = = = = = = G = C = = = = = = = = = = ? = = = = = = A = T = = = = 0 E111 T C T D D ? = = C A T C G = = = G = G G C G C I I ? = = T C C T A = = = A = A A 0 E112 = G C I I ? = G T C C T A A = T = T = = = C T D D ? = T C A T C G G = C = C = = 0 E113 T = = ? = = A G ? = = = = = T = G T ? G C = = ? = = G T ? = = = = = C = A C ? A 0 E114 = G C I I D = G T C C T A A = T = T = = = C T D D I = T C A T C G G = C = C = = 0 E115 = G C I I D = G T C C T A = = = = T = = = C T D D I = T C A T C G = = = = C = = 0 E116 = = = = = = A = = = = = = = T = = ? = = = = = = = = G = = = = = = = C = = ? = = 0 E117 = = = ? = = = = = = = = = G = C = = = = = = = ? = = = = = = = = = A = T = = = = 0 E118 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 E119 = G C I ? ? = ? ? C C T A A = T = T = = = C T D ? ? = ? ? A T C G G = C = C = = 0 E120 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E121 = G C ? I ? = ? ? C C T A A = T = T ? = = C T ? D ? = ? ? A T C G G = C = C ? = 0 E122 = = = = = = ? = = = = = = = T = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = C = = = = = 0 H101 = = = = ? ? A = = = = = = G T C = = = = = = = = ? ? G = = = = = = A C T = = = = 0 H102 = = = ? = = A = = = = = = G T C = = = = = = = ? = = G = = = = = = A C T = = = = 0 H103 = = = ? = = A = = = = = = G T C = ? = = = = = ? = = G = = = = = = A C T = ? = = 0 H104 = G C I I D = G T ? C T A A = T = T = = = C T D D I = T C ? T C G G = C = C = = 0 H105 = G C ? I ? = G T C C T A A = T = T = = = C T ? D ? = T C A T C G G = C = C = = 0 H106 = ? = = = = A = = ? ? = = ? T C = = = = = ? = = = = G = = ? ? = = ? C T = = = = 0 H107 = G C ? I ? = G ? C C T A A = T = T = = = C T ? D ? = T ? A T C G G = C = C = = 0 H108 = = = = ? = A = = = = = = G T C = = = = = = = = ? = G = = = = = = A C T = = = = 0 H109 = = = = = = ? = = = = = = G T C = = = = = = = = = = ? = = = = = = A C T = = = = 0 H110 = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 H111 = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = ? = = 0 H112 = = = = = = A = = = = = = G T C = ? = = = = = = = = G = = = = = = A C T = ? = = 0 H113 ? = ? = = = ? ? = = = = = ? T ? ? ? = = ? = ? = = = ? ? = = = = = ? C ? ? ? = = 0 H114 = = = = = = (A) = = = = = = G = C = = = = = = = = = = (G) = = = = = = A = T = = = = 0 H115 ? ? = ? = D = = T C = T = A = T = T ? = ? ? = ? = I = = C A = C = G = C = C ? = 0 H116 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 0 H117 = G C I I ? = G T ? C T A A = T = ? ? = = C T D D ? = T C ? T C G G = C = ? ? = 0 H118 = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = 0 H119 = = = = = = ? = = = = = = G T C = ? = = = = = = = = ? = = = = = = A C T = ? = = 0 H120 = ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = 0 H121 = = = ? = = A = = = = = = G T C = ? = = = = = ? = = G = = = = = = A C T = ? = = 0 H122 ? = = = ? ? A ? = = = = = = T = = = = = ? = = = ? ? G ? = = = = = = C = = = = = 0 X101 = = = ? = = A = = = = = = G T C = ? = = = = = ? = = G = = = = = = A C T = ? = = 0 X102 = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = 0 X103 = = = = = = ? = = = = = = G T C = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = A C T = ? ? = 0 X104 = = = = = = A = = = = = = G T C = = = = = = = = = = G = = = = = = A C T = = = = 0 X105 T = = = = = A G = = = = = = T = G ? G ? C = = = = = G T = = = = = = C = A ? A ? 0 X106 = = = = = ? = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = ? = = 0 X107 = = = ? = = A = = = = = = G T C = ? = = = = = ? = = G = = = = = = A C T = ? = = 0 X108 T = = = = = = G = = = = = A = T G ? G G C = = = = = = T = = = = = G = C A ? A A 0 X109 T = = ? = = ? ? = = = = = A = T G T ? ? C = = ? = = ? ? = = = = = G = C A C ? ? 0 X110 = = = = = = A = = ? ? = = G T C = = ? = = = = = = = G = = ? ? = = A C T = = ? = 0 X111 ? ? = = = = ? = ? = = = = G T C = ? = = ? ? = = = = ? = ? = = = = A C T = ? = = 0 X112 = = ? = = = A = = = = = = ? T C = = = = = = ? = = = G = = = = = = ? C T = = = = 0 X113 = = = = = = A = = = = = = G T C = = = = = = = = = = G = = = = = = A C T = = = = 0 X114 = = = = = = ? = ? = = = = G T C = ? = = = = = = = = ? = ? = = = = A C T = ? = = 0 X115 = = = ? = = A = = = = = = G T C = ? = = = = = ? = = G = = = = = = A C T = ? = = 0 X116 = = = ? = = A = = = = = = G T C = = = = = = = ? = = G = = = = = = A C T = = = = 0 X117 = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? ? = 0 X118 T = = = ? ? ? ? ? ? = = = A = T G ? ? ? C = = = ? ? ? ? ? ? = = = G = C A ? ? ? 0 X119 = = = = = = A = = = = = = G T ? ? = = = = = = = = = G = = = = = = A C ? ? = = = 0 X120 ? ? ? = = = ? = = = = = = G T C = = = = ? ? ? = = = ? = = = = = = A C T = = = = 0 X121 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = 0 X122 ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 X123 = ? = = = = A = = = = = = G T C = = = = = ? = = = = G = = = = = = A C T = = = = 0 X124 = = = ? ? ? = ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = ? ? ? = ? ? = = = = = = = = ? ? = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = ? ? 1.00 = = = = = = = 1.00 ? ? = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? = = = 1.00 = = = ? ? ? 1.00 1.00 ? ? ? = ? ? ? ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 0.58 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = ? = = 1.00 = = = = = 1.00 ? = = ? = = = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = = = = ? ? 1.00 = = ? ? = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? 1.00 1.00 = ? = ? = = ? = ? = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? = = = 1.00 1.00 ? 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? ? = = 1.00 ? = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = ? = = 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 1.00 1.00 ? ? = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 ? = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = 1.00 = = ? ? = = ? 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 ? = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = ? = ? = = = ? ? = = = = = ? 1.00 ? ? ? = = = = = = = = 0.68 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = ? ? = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = = ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = ? = = = ? ? 1.00 ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 ? = = = = = ? = = ? = = = = = = = = ? = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = ? = = ? ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? = = = = = = 1.00 = = ? ? = = 1.00 1.00 1.00 = = ? = ? ? = = = = ? = ? = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? = ? = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = = ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = ? ? = 1.00 = = = ? ? ? ? ? ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 ? ? = = = ? ? ? = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? ? ? = ? ? = = = = = = = = ? ? = END PHASEPROBS