************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 fgf20.phase.inp fgf20.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST fgf20.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates fgf20.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual fgf20.phase.out_recom : estimates of recombination parameters fgf20.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 49 Positions of loci: 387 438 530 822 861 1473 1544 2181 2223 2688 2737 2753 2756 2840 2887 2988 3017 3034 3147 3636 5480 5506 5541 6123 6259 6744 6819 7380 7682 7725 7961 8960 9170 9825 10027 10490 10686 10747 11127 11226 11493 11815 11852 11869 12400 12471 12476 12573 12773 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file fgf20.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 TAACTGTGCA 3 TCCGIGGCDCAGITTGAGAAGTAAAIAGTTTTDCGTAG 1.000000 2 TAACTGTGCA 3 TCCGIGGCDCAGITTGAGAAGTAAAIAGTTTTDTGCGG 10.000000 3 TAACTGCGCA 3 TCCGIGGCICAGICTGATAGGTGAGICCCATTDCTTAG 5.000000 4 TAACTGCGCG 1 CCTGDGCCICAGITTGAGAGGTAGAIAGCTTTICGCAC 1.000000 5 TAACTGCGCG 1 CCTGDGCCICAGITTGATAGGTAAAIAGCTTTDCGCAG 3.000000 6 TAACTGCGCG 1 CCTGDGCCICAGITTGATAGGTGAGICCCATTDCTTAG 2.000000 7 TAACTGCGCG 1 CCTGDGCCIGAAITTATGAGGTAGAIAGCTTTICGCAC 2.000000 8 TAACTGCGCG 3 TTCGIGGGDCAGITTGATAGGTAAAIAGCTTTDCGCAG 1.000000 9 TAACCGTACA 4 TCCGICGCICGGITGGATAGGTGAGIACCATCDCGTAG 1.000000 10 TAACCGCGGA 4 TCCGICGCICGGITGGATAGGCGAGIACCACTDCGTAG 1.000000 11 TAACCGCGGA 4 TCCGICGCICGGITGGATAGGCGAGIACCATTDCGTAG 6.000000 12 TAACCGCGGA 4 TCCGICGCIGAAITTATGAGGTAGAIAGCTTTICGCAC 1.000000 13 TAACCGCACA 4 TCCGICGCICGGITGGATAGGTGAGIACCATCDCGTAG 1.000000 14 TAACCGCAGA 4 TCCGICGCICGGITGGATAGGTGAGIACCATCDCGTAG 15.000000 15 TAACCGCAGA 4 TCCGICGCICGGITGGATAGGTGAGICCCATTDCTTAG 1.000000 16 TAACCGCAGG 1 CCCGICGCICGGITTATGAGGTGAGIACCTTTICGCAG 1.000000 17 TAACCGCAGG 1 CCTGDGCCICGGITGGATAGGTGAGIACCATCDCGTAG 1.000000 18 TAATTGCGCG 1 TCCGIGGCIGAAITTATGAGGTAGAIAGCTTTICGCAC 1.000000 19 TAATTGCGCG 1 CCTGDGCCICAGICTGATAGGTGAGICCCATTDCTTAG 3.000000 20 TAATTGCGCG 1 CCTGDGCCIGAAITTAATTGATGAGIACCACTDCGTAG 1.000000 21 TAATTGCGCG 1 CCTGDGCCIGAAITTATGAGGTAGAIAGCTTTICGCAC 20.000000 22 TAATTGCGCG 1 CCTGDGCCIGAAITTATGAGGTAGADAGCTTTICGCAC 12.000000 23 TAATTGCGCG 1 CCTGDGCCIGAAITTATGAGGCGAGIACCATTDCGTAG 1.000000 24 TAATTACGCG 3 TCCGIGGCICAGITTGATAGGTGAGIAGCATTDCGTAG 1.000000 25 TAGCTGCGCA 3 TCCGIGGCICAGITTGAGAGGTGAGIAGCTTTDCGTAG 5.000000 26 TAGCTGCGCA 3 TCCGIGGCICAGICTGATAGGTGAGICCCATTDCTTAG 1.000000 27 TAGCTGCGCG 1 CCTGDGCCICAGITTGAGAGGTGAGIAGCTTTDCGTAG 1.000000 28 TGACTGTGCA 3 TTCAIGGGDCAGDTTGATTGGTGAGIACCACTDCGTAG 15.000000 29 TGACTGTGCA 3 TTCGIGGGDCAGITTGATAGGCGAGIAGCTTTDCGTAG 1.000000 30 TGACTGTGCA 3 TTCGIGGGDCAGITTGATTGATGAGIAGCTTTICGCAC 4.000000 31 TGACTGTGCA 3 TTCGIGGGDCAGDTTGAGTGGTGAGIACCACTDCGTAG 1.000000 32 TGACTGTGCA 3 TTCGIGGGDCAGDTTGAGTGGTGAGIACCTCTICGCAC 1.000000 33 TGACTGTGCA 3 TTCGIGGGDCAGDTTGATTGGTGAGIACCACTDCGTAG 29.000000 34 TGACTGTGCA 3 TTCGIGGGDCAGDTTGATTGATGAGIACCACTDCGTAG 17.000000 35 TGACTGTGCA 3 TTCGIGGGDGAAITTATGAGGTGAGIACCACTDCGTAG 2.000000 36 AAGCTGCGCG 3 TCCGIGGCICAGITTGAGAGGCGAGIAGCATTDCGTAG 1.000000 37 AAGCTACGCA 3 TCCGIGGCICAGICTGATAGGTGAGICCCATTDCTTAG 3.000000 38 AAGCTACGCG 1 CCTGDGCCICAGICTGATAGGTGAGICCCATTDCTTAG 1.000000 39 AAGCTACGCG 3 TCCGIGGCICAGITTGATAGGTGAGIAGCATTDCGTAG 6.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (2,28) P002: (20,34) P003: (2,5) P004: (15,33) P005: (2,33) P006: (2,35) P007: (14,35) P008: (14,33) P009: (33,33) P010: (3,13) P011: (21,37) P012: (3,33) P013: (28,33) P014: (21,30) P015: (28,34) P016: (34,34) P017: (2,38) P018: (26,33) P019: (22,39) P020: (22,22) P021: (4,33) P022: (21,22) P023: (2,28) P024: (22,33) P025: (21,28) P026: (28,30) P027: (21,28) P028: (14,31) P029: (33,33) P030: (2,14) P031: (16,34) P032: (7,36) P033: (14,33) P034: (34,34) P035: (21,22) P036: (21,21) P037: (28,30) P038: (19,25) P039: (11,34) P040: (14,28) P041: (14,21) P042: (5,25) P043: (2,33) P044: (28,33) P045: (30,34) P046: (11,28) P047: (21,33) P048: (33,33) P049: (10,21) P050: (14,18) P051: (22,28) P052: (2,39) P053: (3,39) P054: (21,24) P055: (9,33) P056: (25,29) P057: (19,37) P058: (14,14) P059: (5,7) P060: (21,33) P061: (6,27) P062: (17,32) P063: (2,39) P064: (21,25) P065: (11,37) P066: (22,33) P067: (22,34) P068: (22,33) P069: (22,34) P070: (22,33) P071: (21,34) P072: (28,34) P073: (12,28) P074: (21,33) P075: (21,21) P076: (34,34) P077: (21,33) P078: (14,39) P079: (33,34) P080: (3,25) P081: (1,39) P082: (21,33) P083: (3,11) P084: (14,28) P085: (14,14) P086: (11,33) P087: (8,11) P088: (14,19) P089: (6,23) P090: (33,34) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 T A A C T G T G C A 3 T C C G I G G C D C A G I T T G A G A A G T A A A I A G T T T T D T G C G G T G A C T G T G C A 3 T T C A I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P002 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P003 T A A C T G T G C A 3 T C C G I G G C D C A G I T T G A G A A G T A A A I A G T T T T D T G C G G T A A C T G C G C G 1 C C T G D G C C I C A G I T T G A T A G G T A A A I A G C T T T D C G C A G 0 P004 T A A C C G C A G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I C C C A T T D C T T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P005 T A A C T G T G C A 3 T C C G I G G C D C A G I T T G A G A A G T A A A I A G T T T T D T G C G G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P006 T A A C T G T G C A 3 T C C G I G G C D C A G I T T G A G A A G T A A A I A G T T T T D T G C G G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D G A A I T T A T G A G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P007 T A A C C G C A G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D G A A I T T A T G A G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P008 T A A C C G C A G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P009 T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P010 T A A C T G C G C A 3 T C C G I G G C I C A G I C T G A T A G G T G A G I C C C A T T D C T T A G T A A C C G C A C A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G 0 P011 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C A A G C T A C G C A 3 T C C G I G G C I C A G I C T G A T A G G T G A G I C C C A T T D C T T A G 0 P012 T A A C T G C G C A 3 T C C G I G G C I C A G I C T G A T A G G T G A G I C C C A T T D C T T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P013 T G A C T G T G C A 3 T T C A I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P014 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G I T T G A T T G A T G A G I A G C T T T I C G C A C 0 P015 T G A C T G T G C A 3 T T C A I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P016 T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P017 T A A C T G T G C A 3 T C C G I G G C D C A G I T T G A G A A G T A A A I A G T T T T D T G C G G A A G C T A C G C G 1 C C T G D G C C I C A G I C T G A T A G G T G A G I C C C A T T D C T T A G 0 P018 T A (G) C T G C G C A 3 T C C G I G G C I C A G I C T G A T A G G T G A G I C C C A T T D C T T A G T G (A) C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P019 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A D A G C T T T I C G C A C A A G C T A C G C G 3 T C C G I G G C I C A G I T T G A T A G G T G A G I A G C A T T D C G T A G 0 P020 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A D A G C T T T I C G C A C T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A D A G C T T T I C G C A C 0 P021 T A A C T G C G C G 1 C C T G D G C C I C A G I T T G A G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G [G] T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P022 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A D A G C T T T I C G C A C 0 P023 T A A C T G T G C A 3 T C C G I G G C D C A G I T T G A G A A G T A A A I A G T T T T D T G C G G T G A C T G T G C A 3 T T C A I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P024 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A D A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P025 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C A I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P026 T G A C T G T G C A 3 T T C A I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G I T T G A T T G A T G A G I A G C T T T I C G C A C 0 P027 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C A I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P028 T A A C C G C A G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A (T) A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A (G) T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P029 T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P030 T A A C T G T G C A 3 T C C G I G G C D C A G I T T G A G A A G T A A A I A G T T T T D T G C G G T A A C C G C A G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G 0 P031 T A A C C G C A G G 1 C C C G I C G C I C G G I T T A T G A G G T G A G I A C C (T) (T) T (I) C G (C) A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C (A) (C) T (D) C G (T) A G 0 P032 T A A C T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G (T) A G A I A G C T T T I C G C A C A A G C T G C G C G 3 T C C G I G G C I C A G I T T G A G A G G (C) G A G I A G C A T T D C G T A G 0 P033 T A A C C G C A G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P034 T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P035 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A D A G C T T T I C G C A C 0 P036 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C 0 P037 T G A C T G T G C A 3 T T C A I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G I T T G A T T G A T G A G I A G C T T T I C G C A C 0 P038 T A A [T] T G C G C (G) (1) (C) C (T) G (D) G (C) C I C A G I C T G A T A G G T G A G I C C C A T T D C T T A G T A [G] C T G C G C (A) (3) (T) C (C) G (I) G (G) C I C A G I T T G A G A G G T G A G I A G C T T T D C G T A G 0 P039 T A A C C G C G G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G C G A G I A C C A T T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P040 T A A C C G C A G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C A I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P041 T A A C C G C A G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C 0 P042 T A A C T G C G C G 1 C C T G D G C C I C A G I T T G A T A G G T A A A I A G C T T T D C G C A G T A G C T G C G C A 3 T C C G I G G C I C A G I T T G A G A G G T G A G I A G C T T T D C G T A G 0 P043 T A A C T G T G C A 3 T C C G I G G C D C A G I T T G A G A A G T A A A I A G T T T T D T G C G G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P044 T G A C T G T G C A 3 T T C A I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P045 T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G I T T G A T T G A T G A G I A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P046 T A A C C G C G G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G C G A G I A C C A T T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C A I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P047 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P048 T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P049 T A A C C G C G G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G C G A G I A C C A C T D C G T A G T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C 0 P050 T A A C C G C A G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G T A A T T G C G C G 1 T C C G I G G C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C 0 P051 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A D A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C A I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P052 T A A C T G T G C A 3 T C C G I G G C D C A G I T T G A G A A G T A A A I A G T T T T D T G C G G A A G C T A C G C G 3 T C C G I G G C I C A G I T T G A T A G G T G A G I A G C A T T D C G T A G 0 P053 T A A C T G C G C A 3 T C C G I G G C I C A G I C T G A T A G G T G A G I C C C A T T D C T T A G A A G C T A C G C G 3 T C C G I G G C I C A G I T T G A T A G G T G A G I A G C A T T D C G T A G 0 P054 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T A A T T A C G C G 3 T C C G I G G C I C A G I T T G A T A G G T G A G I A G C A T T D C G T A G 0 P055 T A A C C G T A C A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P056 T A G C T G C G C A 3 T C C G I G G C I C A G I T T G A G A G G T G A G I A G C T T T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G I T T G A T A G G C G A G I A G C T T T D C G T A G 0 P057 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I C A G I C T G A T A G G T G A G I C C C A T T D C T T A G A A G C T A C G C A 3 T C C G I G G C I C A G I C T G A T A G G T G A G I C C C A T T D C T T A G 0 P058 T A A C C G C A G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G T A A C C G C A G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G 0 P059 T A A C T G C G C G 1 C C T G D G C C I C A G I T T G A T A G G T A A A I A G C T T T D C G C A G T A A C T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C 0 P060 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P061 T A (A) C T G C G C G 1 C C T G D G C C I C A G I T T G A T A G G T G A G I C C C A T T D C T T A G T A (G) C T G C G C G 1 C C T G D G C C I C A G I T T G A G A G G T G A G I A G C T T T D C G T A G 0 P062 T A A C C G C A G G 1 C C T G D G C C I C G G I T G G A (T) A G G T G A G I A C C (A) (T) (C) (D) C G (T) A (G) T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A (G) T G G T G A G I A C C (T) (C) (T) (I) C G (C) A (C) 0 P063 T A A C T G T G C A 3 T C C G I G G C D C A G I T T G A G A A G T A A A I A G T T T T D T G C G G A A G C T A C G C G 3 T C C G I G G C I C A G I T T G A T A G G T G A G I A G C A T T D C G T A G 0 P064 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T A G C T G C G C A 3 T C C G I G G C I C A G I T T G A G A G G T G A G I A G C T T T D C G T A G 0 P065 T A A C C G C G G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G C G A G I A C C A [T] T D C G T A G A A G C T A C G C A 3 T C C G I G G C I C A G I C T G A T A G G T G A G I C C C A T T D C T T A G 0 P066 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A D A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P067 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A D A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P068 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A D A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P069 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A D A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P070 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A D A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P071 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P072 T G A C T G T G C A 3 T T C A I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P073 T A A C C G C G G A 4 T C C G I C G C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C A I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P074 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P075 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C 0 P076 T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P077 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P078 T A A C C G C A G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G A A G C T A C G C G 3 T C C G I G G C I C A G I T T G A T A G G T G A G I A G C A T T D C G T A G 0 P079 T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P080 T A A C T G C G C A 3 T C C G I G G C I C A G I C T G A T A G G T G A G I C C C A T T D C T T A G T A G C T G C G C A 3 T C C G I G G C I C A G I T T G A G A G G T G A G I A G C T T T D C G T A G 0 P081 T A A C T G T G C A 3 T C C G I G G C D C A G I T T G A G A A G T A A A I A G T [T] T T D C G T A G A A G C T A C G C G 3 T C C G I G G C I C A G I T T G A T A G G T G A G I A G C A T T D C G T A G 0 P082 T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G T A G A I A G C T T T I C G C A C T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P083 T A A C T G C G C A 3 T C C G I G G C I C A G I C T G A T A G G T G A G I C C C A T T D C T T A G T A A C C G C G G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G C G A G I A C C A T T D C G T A G 0 P084 T A A C C G C A G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C A I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P085 T A A C C G C A G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G T A A C C G C A G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G 0 P086 T A A C C G C G G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G C G A G I A C C A T T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G 0 P087 T A A C T G C G C G 3 T T C G I G G G D C A G I T T G A T A G G T A A A I A G C T T T D C G C A G T A A C C G C G G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G C G A G I A C C A T T D C G T A G 0 P088 T A A C C G C A G A 4 T C C G I C G C I C G G I T G G A T A G G T G A G I A C C A T C D C G T A G T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I C A G I C T G A T A G G T G A G I C C C A T T D C T T A G 0 P089 T A A C T G C G C G 1 C C T G D G C C I C A G I T T G A T A G G T G A G I C C C A T T D C T T A G T A A T T G C G C G 1 C C T G D G C C I G A A I T T A T G A G G C G A G I A C C A T T D C G T A G 0 P090 T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G G T G A G I A C C A C T D C G T A G T G A C T G T G C A 3 T T C G I G G G D C A G D T T G A T T G A T G A G I A C C A C T D C G T A G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 = A = = = = = = = = = = C = G = = = C = = = = I = = = = G A A = = ? ? A = = G T T T = = T = C G = = G = = = = = = = = = = T = A = = = G = = = = D = = = = T T G = = ? ? G = = C C A C = = C = T A = 0 P002 = A = T = = C = = G 1 C C T = D = C ? ? G = A I = = A = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = = = = = = = G = C = = T = = A 3 T T C = I = G ? ? C = G D = = G = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = = = = = = 0 P003 = = = = = = ? = = A 3 T = C = I = G ? D = = = = = = = = G = A = = ? ? = = = ? ? ? = = = T = = G = = = = = = = ? = = G 1 C = T = D = C ? I = = = = = = = = T = G = = ? ? = = = ? ? ? = = = C = = A = 0 P004 = A = = ? = C A G = 4 = C = = = C = C I = G = I = G = = = A = = = ? ? = = C = = = T = = = T = = = = G = = ? = T G C = 3 = T = = = G = G D = A = D = T = = = T = = = ? ? = = A = = = C = = = G = = = 0 P005 = A = = = = = = = = = = C = = ? ? = C = = = = I = = = = G A A = = ? ? A = = G T ? T = = T = C G = = G = = = = = = = = = = T = = ? ? = G = = = = D = = = = T T G = = ? ? G = = C C ? C = = C = T A = 0 P006 ? ? ? ? ? = = = = = = = C = = = = = C = C = G = = = G A = = A = = A = A = = G T T T = = T = C G = ? ? ? ? ? = = = = = = = T = = = = = G = G = A = = = A T = = G = = G = G = = C C A C = = C = T A = 0 P007 = A = = ? = C A G = 4 = C = = = C = C I C G G = = G G A T = = = = ? = = = = = = = T C = = = = = = = G = = ? = T G C = 3 = T = = = G = G D G A A = = T A T G = = = = ? = = = = = = = C T = = = = = = 0 P008 = A = ? ? ? ? A G = 4 = C = = = C = C I = G = I = G = = = A = = = = = = = = = = = T C = ? ? ? = = = G = ? ? ? ? G C = 3 = T = = = G = G D = A = D = T = = = T = = = = = = = = = = = C T = ? ? ? = = 0 P009 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P010 = = = = T = = G = = 3 = = = = = G = = = = A = = C T = = = = = = = = = = ? C = = ? = T = = T = = = = = = = C = = A = = 4 = = = = = C = = = = G = = T G = = = = = = = = = = ? A = = ? = C = = G = = = 0 P011 T = A T = G = = = G 1 C = T = D = C ? = G = A = T = A T G = = = = A G A = A G = T = = I = G C = C A = G C = A = = = A 3 T = C = I = G ? = C = G = C = G A T = = = = G A G = C C = A = = D = T T = G 0 P012 = A = = = = C = = = = = C = = = = = C I = = = I C = = = = A = = = = = = = C = = = T = = = T = = = = G = = = = T = = = = = T = = = = = G D = = = D T = = = = T = = = = = = = A = = = C = = = G = = = 0 P013 = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P014 = A = T = = C = = G 1 C C T = D ? ? C I G = A = = = A ? G A = G = A G A = = = = = = = = = = = = = = G = C = = T = = A 3 T T C = I ? ? G D C = G = = = G ? T T = A = G A G = = = = = = = = = = = = = 0 P015 = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P016 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P017 T = A = = G ? = = A 3 T = C = I = G ? D = = = = T = = = G = A = = A = A = A G T T = = = T G C G = A = G = = A ? = = G 1 C = T = D = C ? I = = = = C = = = T = G = = G = G = C C C A = = = C T T A = 0 P018 = A (G) = = = C = = = = = C = = = = = C I = = = I C = = = = A = = = = = = = C = = = T = = = T = = = = G (A) = = = T = = = = = T = = = = = G D = = = D T = = = = T = = = = = = = A = = = C = = = G = = = 0 P019 T = A T = G ? = = = 1 C = ? ? ? ? ? = = G = A = = = A T G = = = = A G A D = = = ? = = I = = C = C A = G C = A ? = = = 3 T = ? ? ? ? ? = = C = G = = = G A T = = = = G A G I = = = ? = = D = = T = G 0 P020 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 0 P021 = A = = = = C = = G 1 C C T = D = C C I = = = I = = = = G A = ? ? A G A = = G = T T = I = = C = C = G = = = = T = = A 3 T T C = I = G G D = = = D = = = = T T = ? ? G A G = = C = A C = D = = T = G 0 P022 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = 0 P023 = A = = = = = = = = = = C = G = = = C = = = = I = = = = ? A A = = A = A = = G T T T = = T = C G = = G = = = = = = = = = = T = A = = = G = = = = D = = = = ? T G = = G = G = = C C A C = = C = T A = 0 P024 = A = T = = C = = G 1 C C T = D = C C I G = A I = = A T G A = = = A G A D = G = T T = I = = C = C = G = C = = T = = A 3 T T C = I = G G D C = G D = = G A T T = = = G A G I = C = A C = D = = T = G 0 P025 = A = T = = C = = G 1 C C T G D = C C I G = A I = = A T G A = = = A G A = = G = T T = I = = C = C = G = C = = T = = A 3 T T C A I = G G D C = G D = = G A T T = = = G A G = = C = A C = D = = T = G 0 P026 = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = D = = = = = = = G = = = = = = C = A C = D = = T = G = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = I = = = = = = = A = = = = = = G = T T = I = = C = C 0 P027 = A = T = = C = = G 1 C C T G D = C ? I G = A I = = A T G A = = = A G A = = G ? ? T = I = = C = C = G = C = = T = = A 3 T T C A I = G ? D C = G D = = G A T T = = = G A G = = C ? ? C = D = = T = G 0 P028 = A = = C = C A G = 4 = C = = = C = C I = G = I = G = = (T) A = = = = = = = = = = = T C = = = = = = = G = = T = T G C = 3 = T = = = G = G D = A = D = T = = (G) T = = = = = = = = = = = C T = = = = = = 0 P029 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P030 = = = = T = T G C = 3 = = = = = G = = D = A = = = T = = G = A = = A = A = = G T T = T = T = C G = = = = = C = C A G = 4 = = = = = C = = I = G = = = G = = T = G = = G = G = = C C A = C = C = T A = 0 P031 = A = = C = C A G G 1 C C = = = C = C I = G = I = = A T G A = G = ? = = = = = = (T) (T) = (I) = = (C) = = = G = = T = T G C A 3 T T = = = G = G D = A = D = = G A T T = A = ? = = = = = = (A) (C) = (D) = = (T) = = 0 P032 T = A = = = = = = = 1 C = T = D = C = = G = A = = = A T = = = = (T) A G A = = = = T = = I = = C = C A = G = = = = = = = 3 T = C = I = G = = C = G = = = G A = = = = (C) G A G = = = = A = = D = = T = G 0 P033 = A = = C = C A G = 4 = C = = = C = C I = G = I = ? ? = = A = = = = = = = = = = = T C = = = = = = = G = = T = T G C = 3 = T = = = G = G D = A = D = ? ? = = T = = = = = = = = = = = C T = = = = = = 0 P034 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 P035 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = ? = = = = = = = = 0 P036 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P037 = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = D = = = = = = = G = = = = = = C = A C = D = = T = G = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = I = = = = = = = A = = = = = = G = T T = I = = C = C 0 P038 ? ? ? ? = = = = = (G) (1) (C) = (T) = (D) = (C) ? = = = = = C = = = T = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = T = = = ? ? ? ? = = = = = (A) (3) (T) = (C) = (I) = (G) ? = = = = = T = = = G = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = G = = = 0 P039 = A = = C = C = G = 4 = C = = = C = ? I = G = I = G = = = A = G C = = = = = = = = T = = = = = = ? = G = = T = T = C = 3 = T = = = G = ? D = A = D = T = = = T = A T = = = = = = = = C = = = = = = ? 0 P040 = A = = C = C A G = 4 = C = G = C = ? I = G = I = G = = = A = = = = = = = = = = = T C = = = = = = = G = = T = T G C = 3 = T = A = G = ? D = A = D = T = = = T = = = = = = = = = = = C T = = = = = = 0 P041 = = = C C = = A G A 4 T = C = I C G = = C G G = = G G A T = = = = G A G = = C = A = C D = = T = G = = = T T = = G C G 1 C = T = D G C = = G A A = = T A T G = = = = A G A = = G = T = T I = = C = C 0 P042 = = A = = = = = = G 1 C = T = D = C ? = = = = = = = = = T = = = = A = A ? ? = = = = = = = = C = = = = G = = = = = = A 3 T = C = I = G ? = = = = = = = = = G = = = = G = G ? ? = = = = = = = = T = = 0 P043 = A = = = = = = = = = = C = = = = = C = = = = I = = = = G A A = = A = A = = G T T T = = T = C G = = G = = = = = = = = = = T = = = = = G = = = = D = = = = T T G = = G = G = = C C A C = = C = T A = 0 P044 = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = 0 P045 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = G = T ? ? ? ? ? ? = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = C = A ? ? ? ? ? ? = G 0 P046 = A = = C = C = G = 4 = C = G = C = C I = G = I = G = ? = A = = C = = = = = = = = T = = = = = = = = G = = T = T = C = 3 = T = A = G = G D = A = D = T = ? = T = = T = = = = = = = = C = = = = = = = 0 P047 = A = T = = C = = G 1 C C T = D = C C I G = A I = = A T G A = = = A G A = = G = T T = I = = C = C = G = C = = T = = A 3 T T C = I = G G D C = G D = = G A T T = = = G A G = = C = A C = D = = T = G 0 P048 = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P049 = = = C C = = = G A 4 T = C = I C G ? = C G G = = G G A T = = = C G A G = = C = A C = D = = T = G = = = T T = = = C G 1 C = T = D G C ? = G A A = = T A T G = = = T A G A = = G = T T = I = = C = C 0 P050 = = = C C = = A G A 4 = = = = = C = = = C G G = = G G A T = = = = G A G = = C = A = C D = = T = G = = = T T = = G C G 1 = = = = = G = = = G A A = = T A T G = = = = A G A = = G = T = T I = = C = C 0 P051 = A = T = = C = = G 1 C C T G D = C ? I G = A I = = A T G A = = = A G A D = G = ? T = I = = C = C = G = C = = T = = A 3 T T C A I = G ? D C = G D = = G A T T = = = G A G I = C = ? C = D = = T = G 0 P052 T = A = = G T = = A = = = = = = = = = D = = = = = = = = G = A = = A = A = = = T T = = = T = C G = A = G = = A C = = G = = = = = = = = = I = = = = = = = = T = G = = G = G = = = C A = = = C = T A = 0 P053 T = A = = G = = = A = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = C C = = = = = = T = = = A = G = = A = = = G = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = A G = = = = = = G = = = 0 P054 = = = = = G = = = = 1 C = T = D = C = = G = A = = = A T G = = = = A G A = = = = T = = I = = C = C = = = = = A = = = = 3 T = C = I = G = = C = G = = = G A T = = = = G A G = = = = A = = D = = T = G 0 P055 = A = = C = = A = = 4 = C = = = C = C I = G = I = G = = = A = = = = = = = = = = = T C = = = = = = = G = = T = = G = = 3 = T = = = G = G D = A = D = T = = = T = = = = = = = = = = = C T = = = = = = 0 P056 = A G = = = C = = = = = C = = = = = C I = = = = = = = = G = = = T = = = ? ? = = = = = = = = = = = = G A = = = T = = = = = T = = = = = G D = = = = = = = = T = = = C = = = ? ? = = = = = = = = = = = 0 P057 T = A T = G = = = G 1 C = T = D = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = A = G C = A = = = A 3 T = C = I = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 P058 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P059 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = C = G = = = G A T = = = = = A = = = = = = = = D = = = = G = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = G = A = = = A T G = = = = = G = = = = = = = = I = = = = C 0 P060 = A = T = = C = = G 1 C C T = D = C C I G = A I = = A T G A = = = A G A = = ? ? ? T = I = = C = C = G = C = = T = = A 3 T T C = I = G G D C = G D = = G A T T = = = G A G = = ? ? ? C = D = = T = G 0 P061 = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = C C = ? = = = = T = = = = = (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = A G = ? = = = = G = = = 0 P062 = A = = C = C A G G 1 C C T = D = C ? I = G = I = G = = (T) A = = = = = = = = = = (A) (T) (C) (D) = = (T) = (G) = G = = T = T G C A 3 T T C = I = G ? D = A = D = T = = (G) T = = = = = = = = = = (T) (C) (T) (I) = = (C) = (C) 0 P063 T = A = = G T = = A = = = = = = = = = D = = = = = = = = G = A = = A = A = = = T T = = = T = C G = A = G = = A C = = G = = = = = = = = = I = = = = = = = = T = G = = G = G = = = C A = = = C = T A = 0 P064 = = A T = = = = = G 1 C = T = D = C = = G = A = = = A T = = = = = A G A = = = = = = = I = = C = C = = G C = = = = = A 3 T = C = I = G = = C = G = = = G A = = = = = G A G = = = = = = = D = = T = G 0 P065 T = A = C G = = G = 4 = = = = = C = = = = G = = T G = = = = = = C = = = = A = = = ? ? ? ? ? ? = = A = G = T A = = C = 3 = = = = = G = = = = A = = C T = = = = = = T = = = = C = = = ? ? ? ? ? ? = = 0 P066 = A = T = = C = = G 1 C C T = D = C ? I G = A I = = A T G A = = = A G A D = G = T T = I = = C = C = G = C = = T = = A 3 T T C = I = G ? D C = G D = = G A T T = = = G A G I = C = A C = D = = T = G 0 P067 = A = T = = ? = = G 1 C C T = D = C ? I G = A I = = A T G A = G = A G A D = G = T T = I = = C = C = G = C = = ? = = A 3 T T C = I = G ? D C = G D = = G A T T = A = G A G I = C = A C = D = = T = G 0 P068 = A = T = = C = = G 1 C C T = D = C C I G = A I = = A T G A = = = A G A D = G = T T = I = = C = C = G = C = = T = = A 3 T T C = I = G G D C = G D = = G A T T = = = G A G I = C = A C = D = = T = G 0 P069 = A = T = = C = = G 1 C C T = D = C C I G = A I = = A T G A = G = A G A D = G = T T = I = = C = C = G = C = = T = = A 3 T T C = I = G G D C = G D = = G A T T = A = G A G I = C = A C = D = = T = G 0 P070 = A = T = = C = = G 1 C C T = D = C ? ? G = A I = = A T G A = = = A G A D = G = ? T = I = = C = C = G = C = = T = = A 3 T T C = I = G ? ? C = G D = = G A T T = = = G A G I = C = ? C = D = = T = G 0 P071 = A = T = = C = = G 1 C C T = D = C ? ? G = A I = = A T G A = G = A G A = = G = T T = I = = C = C = G = C = = T = = A 3 T T C = I = G ? ? C = G D = = G A T T = A = G A G = = C = A C = D = = T = G 0 P072 = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P073 = A = = C = C = G = 4 = C = G = C = C I G = A I = ? ? T G A = = = A G A = = G = T T = I = = C = C = G = = T = T = C = 3 = T = A = G = G D C = G D = ? ? A T T = = = G A G = = C = A C = D = = T = G 0 P074 = A = T = = ? = = G 1 C C T = D = C ? I G = A I = ? ? T G A = = = A G A = = G = ? T = I = = C = C = G = C = = ? = = A 3 T T C = I = G ? D C = G D = ? ? A T T = = = G A G = = C = ? C = D = = T = G 0 P075 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 P076 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P077 = A = T = = C = = G 1 C C T = D = C ? I G = A I = = A T G A = = = A G A = = G = T T = I = = C = C = G = C = = T = = A 3 T T C = I = G ? D C = G D = = G A T T = = = G A G = = C = A C = D = = T = G 0 P078 T = A = C G = A G A 4 = = = = = C = = = = G = = = G = = = = = = = = = = = = C = = = C = = = = = = A = G = T A = G C G 3 = = = = = G = = = = A = = = T = = = = = = = = = = = = G = = = T = = = = = = 0 P079 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P080 = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = T = = = = = = = = C C = A = = = = T = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = G = = = = = = = = A G = T = = = = G = = = 0 P081 T = A = = G T = = A = = = = = = = = = D = = = = = = = = G = A = = A = A = = = T ? = = = = = = = = A = G = = A C = = G = = = = = = = = = I = = = = = = = = T = G = = G = G = = = C ? = = = = = = = = 0 P082 = A = T = = C = = G 1 C C T = D = C C I G = A I = = A T G A = = = A G A = = G = ? T = I = = C = C = G = C = = T = = A 3 T T C = I = G G D C = G D = = G A T T = = = G A G = = C = ? C = D = = T = G 0 P083 = = = = T = = = C = 3 = = = = = G = = = = A = = C T = = = = = = T = = = = C = = = = = = = T = = = = = = = C = = = G = 4 = = = = = C = = = = G = = T G = = = = = = C = = = = A = = = = = = = G = = = 0 P084 = A = = C = C A G = 4 = C = G = C = C I = G = I = G = = = A = = = = = = = = = = = T C = = = = = = = G = = T = T G C = 3 = T = A = G = G D = A = D = T = = = T = = = = = = = = = = = C T = = = = = = 0 P085 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P086 = A = = ? = C = G = 4 = C = = = C = C I = G = I = G = = = A = = C = = = = = = = = T = = = = = = = = G = = ? = T = C = 3 = T = = = G = G D = A = D = T = = = T = = T = = = = = = = = C = = = = = = = 0 P087 = = = = T = = = C G 3 = T = = = G = G D = A = = = T = = = = = = T A = A = = G = T = = = = = C = = = = = = C = = = G A 4 = C = = = C = C I = G = = = G = = = = = = C G = G = = C = A = = = = = T = = 0 P088 = = = C C ? ? A G A 4 T = C = I C G ? = = G = = T G = = = = = = = = = = = A = = = = C = = G = = = = = = T T ? ? G C G 1 C = T = D G C ? = = A = = C T = = = = = = = = = = = C = = = = T = = T = = = 0 P089 = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = C ? ? = = = G A T = = = T = = = = C = = = = = = = T = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = G ? ? = = = A T G = = = C = = = = A = = = = = = = G = = = 0 P090 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = ? ? = = = ? ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = ? ? = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = ? ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? 1.00 = = ? = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 0.80 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 0.59 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? = = = = = = 0.61 0.61 = 0.61 = = 0.61 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 0.75 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? = = = = = 0.58 0.58 0.58 = 0.58 = 0.58 = 0.58 ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 ? ? ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 0.99 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? ? = = = = = = = = = = = 0.98 = 0.98 0.98 = 0.98 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 0.74 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 0.52 1.00 = = = = = = = = = = 0.50 0.75 0.76 0.50 = = 0.50 = 0.50 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = ? ? ? ? ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS