Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Total-hz 000137 T 0.01 C 0.99 0.01 000154 G 0.01 C 0.99 0.01 000182 T 0.02 C 0.98 0.03 000294 C 0.03 G 0.97 0.07 000757 C 0.28 A 0.72 0.41 000766 G 0.01 C 0.99 0.02 000868 T 0.01 A 0.99 0.02 001007 T 0.01 C 0.99 0.01 001021 C 0.06 T 0.94 0.11 001080 G 0.29 C 0.71 0.41 001167 A 0.06 T 0.94 0.12 001318 T 0.05 C 0.95 0.09 001339 G 0.06 A 0.94 0.11 001448 A 0.02 T 0.98 0.04 001571 A 0.02 C 0.98 0.04 001661 C 0.06 G 0.94 0.11 001887 T 0.02 C 0.98 0.04 002080 C 0.01 G 0.99 0.02 002215 G 0.01 A 0.99 0.02 002224 T 0.15 C 0.85 0.25 002662 C 0.08 T 0.92 0.14 002670 T 0.01 C 0.99 0.01 002754 G 0.35 C 0.65 0.45 002872 T 0.08 C 0.92 0.15 002932 C 0.05 G 0.95 0.09 003332 A 0.09 T 0.91 0.17 004089 C 0.05 G 0.95 0.09 004350 - 0.17 + 0.82 0.29 004381 G 0.01 C 0.99 0.01 004405 T 0.04 C 0.96 0.09 004560 G 0.01 A 0.99 0.01 004622 C 0.01 T 0.99 0.01 004710 G 0.10 A 0.90 0.17 004824 T 0.03 C 0.97 0.05 004875 A 0.03 G 0.97 0.07 004994 G 0.03 A 0.97 0.06 005274 G 0.01 A 0.99 0.01 005347 T 0.01 C 0.99 0.01 005394 T 0.07 A 0.93 0.13 005597 A 0.01 G 0.99 0.02 015961 A 0.01 G 0.99 0.03 016168 G 0.04 A 0.96 0.07 016659 G 0.02 A 0.98 0.04 016662 T 0.01 C 0.99 0.03 017035 G 0.03 A 0.97 0.06 017082 T 0.10 C 0.90 0.18 017764 T 0.02 A 0.98 0.05 018039 T 0.04 C 0.96 0.08 026752 G 0.28 C 0.72 0.41 027025 T 0.06 C 0.94 0.11 027210 C 0.01 T 0.99 0.02 027577 C 0.37 T 0.63 0.47 027640 C 0.04 T 0.96 0.09 027717 G 0.04 T 0.96 0.08 027945 G 0.02 C 0.98 0.04 027952 A 0.11 G 0.89 0.19 028120 G 0.01 A 0.99 0.01 028203 T 0.13 C 0.87 0.22 028248 T 0.05 A 0.95 0.09 028420 T 0.01 C 0.99 0.01 028477 C 0.07 A 0.93 0.13 028480 C 0.01 T 0.99 0.02 035519 + 0.02 - 0.98 0.04 035558 G 0.03 T 0.97 0.06 035839 T 0.11 C 0.89 0.20 035906 G 0.02 A 0.98 0.03 035972 A 0.02 G 0.98 0.04 036011 T 0.05 C 0.95 0.10 036012 A 0.11 G 0.89 0.20 036049 T 0.01 C 0.99 0.03 036093 G 0.05 A 0.95 0.09 036146 T 0.05 C 0.95 0.10 036223 C 0.06 T 0.94 0.11 036336 T 0.01 C 0.99 0.02 036584 C 0.01 T 0.99 0.02 036663 C 0.03 T 0.97 0.05 036708 A 0.12 C 0.88 0.21 036903 C 0.01 T 0.99 0.02 036927 - 0.16 + 0.84 0.27 036966 G 0.01 A 0.99 0.01 037036 A 0.31 T 0.69 0.43 037042 G 0.02 C 0.98 0.04 037116 T 0.01 G 0.99 0.01 037171 A 0.09 G 0.91 0.17 037245 G 0.10 A 0.90 0.18 037284 C 0.03 A 0.97 0.05 037334 C 0.09 T 0.91 0.17 037356 A 0.04 G 0.96 0.08 037399 C 0.02 T 0.98 0.04 037527 G 0.24 A 0.76 0.37 037535 G 0.05 A 0.95 0.10 046177 G 0.05 T 0.95 0.10 046320 C 0.01 T 0.99 0.01 046359 T 0.08 C 0.92 0.15 046468 T 0.01 C 0.99 0.01 046484 + 0.08 - 0.92 0.15 046508 C 0.01 T 0.99 0.01 046576 A 0.01 G 0.99 0.02 046687 G 0.01 C 0.99 0.01 046764 A 0.01 T 0.99 0.02 046991 A 0.12 T 0.88 0.21 047030 T 0.01 C 0.99 0.01 047117 - 0.06 + 0.94 0.11 047217 + 0.06 - 0.94 0.12 047231 T 0.41 G 0.59 0.48 047326 T 0.01 C 0.99 0.01 047557 C 0.03 T 0.97 0.07 047684 A 0.07 G 0.93 0.13 047898 C 0.01 G 0.99 0.02 048017 C 0.10 A 0.90 0.18 048112 G 0.02 A 0.98 0.03 048157 C 0.32 A 0.68 0.44 048271 C 0.38 T 0.62 0.47 050607 G 0.11 C 0.89 0.20 050685 A 0.45 G 0.55 0.49 050879 G 0.08 A 0.92 0.15 050889 T 0.01 C 0.99 0.01 050934 A 0.01 G 0.99 0.01 050996 T 0.01 C 0.99 0.01 051400 A 0.01 T 0.99 0.01 051572 T 0.06 G 0.94 0.11 051592 G 0.01 A 0.99 0.01 051748 T 0.01 C 0.99 0.01 051999 G 0.01 T 0.99 0.01 052040 A 0.01 G 0.99 0.01 052067 A 0.06 G 0.94 0.11 052086 A 0.11 G 0.89 0.20 052095 A 0.02 G 0.98 0.04 052126 T 0.01 C 0.99 0.02 052160 C 0.02 T 0.98 0.04 052327 T 0.07 C 0.93 0.13 052572 C 0.31 T 0.69 0.42 052708 A 0.01 G 0.99 0.01 052855 C 0.07 T 0.93 0.14 052954 A 0.01 G 0.99 0.02 053018 T 0.01 C 0.99 0.02 053137 C 0.23 A 0.77 0.36 053145 C 0.04 A 0.96 0.07 053190 G 0.01 A 0.99 0.01 053203 C 0.01 T 0.99 0.01 053469 G 0.05 A 0.95 0.10 053619 T 0.01 G 0.99 0.01 053798 A 0.01 G 0.99 0.02 066158 T 0.05 C 0.95 0.09 066187 A 0.02 G 0.98 0.03 066818 - 0.01 + 0.99 0.02 066941 C 0.08 G 0.92 0.15 067031 + 0.24 - 0.76 0.37 067156 A 0.48 G 0.52 0.50 067866 C 0.01 A 0.99 0.02 068455 T 0.25 C 0.75 0.38 068532 T 0.04 G 0.96 0.08 068750 - 0.06 + 0.94 0.11 069047 A 0.40 G 0.60 0.48 069165 G 0.01 A 0.99 0.02 069228 G 0.04 A 0.96 0.09 069449 A 0.04 C 0.96 0.08 069499 G 0.01 A 0.99 0.01 069509 T 0.12 C 0.88 0.21 069510 A 0.47 G 0.53 0.50 069615 A 0.01 G 0.99 0.01 069645 A 0.04 C 0.96 0.08 069782 A 0.01 G 0.99 0.01 069924 + 0.01 - 0.99 0.01 070013 G 0.01 C 0.99 0.02 070170 C 0.04 T 0.96 0.09 070439 C 0.06 T 0.94 0.11 070465 G 0.01 C 0.99 0.02 070720 A 0.01 G 0.99 0.01 070855 G 0.06 T 0.94 0.12 070941 T 0.01 C 0.99 0.01 071044 - 0.01 + 0.99 0.01 071323 C 0.01 T 0.99 0.02 071370 C 0.11 T 0.89 0.20 071401 T 0.01 C 0.99 0.01 071540 T 0.02 G 0.98 0.04 071630 G 0.02 C 0.98 0.04 071676 C 0.41 T 0.59 0.48 071998 G 0.01 A 0.99 0.01 072034 A 0.01 G 0.99 0.01 072109 C 0.01 T 0.99 0.01 072222 C 0.42 T 0.58 0.49 072233 G 0.05 C 0.95 0.10 072288 C 0.01 A 0.99 0.02 072395 G 0.01 A 0.99 0.02 072419 A 0.10 T 0.90 0.19 072446 A 0.09 T 0.91 0.17 072659 C 0.42 A 0.58 0.49 072704 A 0.06 G 0.94 0.10 072781 T 0.02 A 0.98 0.03 073161 G 0.04 C 0.96 0.08 073602 A 0.22 G 0.78 0.34 073704 T 0.01 C 0.99 0.02 073769 - 0.03 + 0.97 0.07 074210 T 0.20 G 0.80 0.32 074215 T 0.01 A 0.99 0.02 074322 T 0.43 C 0.57 0.49 074373 G 0.01 A 0.99 0.02 074413 T 0.11 G 0.89 0.19 074433 A 0.05 G 0.95 0.10 074555 G 0.01 A 0.99 0.01 074781 A 0.01 C 0.99 0.01 074799 G 0.01 A 0.99 0.01 074940 T 0.01 C 0.99 0.01 075120 T 0.04 C 0.96 0.07 075396 T 0.01 A 0.99 0.02 Note: Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 004350: T 035519: t 036927: t 046484: ttgt 047117: ACA 047217: A 066818: ctta 067031: TCT 068750: T 069924: A 071044: TTC 073769: TCATAA