************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 fgf10.phase.inp fgf10.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST fgf10.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates fgf10.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual fgf10.phase.out_recom : estimates of recombination parameters fgf10.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 63 Positions of loci: 406 1302 2620 3233 5355 16384 17011 17710 19101 19176 26763 27080 28001 28210 28232 28566 28636 34423 35149 35407 41629 41783 41869 41981 42118 43186 43639 43745 54950 55433 55444 56460 56720 61339 61568 61942 62040 62144 62205 62446 62501 62907 74964 77470 77491 77622 78284 79005 79703 80281 80942 81089 82521 83451 84141 84923 85258 85464 86053 86338 87004 87013 87056 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file fgf10.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GGCGCGTGCAATACTCGTTGAGAGGCGGGCGCTGTGTTTGGAGGCGTGTTGGTCIAAGCTGAG 1.000000 2 GGCGCGTGTATTGTCCAAAATTGTCCAGATGCCACTCTTAAAGAAGTACAAACADATCCGGGC 1.000000 3 GGCGCGTGTATTGTCCAAAATTGTCCAGATGCCACTCTTAAAGAAGTACAGACADATCCGGGC 1.000000 4 GGCGCGTGTATTGTCCAATATGATGCAGACGCTGCGTTTGGAGAAGTATTGGTCIGAGCGGGG 1.000000 5 GGCGCGTGTATTGTCCAATATTGTCCAGATGCCACTCTTAAAGAAGTACAGATCDATGCGGGG 4.000000 6 GGCGCGTGTATTGTCCAATATTGTCCAGATGCTACTCTTAAAGAAGTACAGGTCDATGCGGGG 2.000000 7 GGCGCGTGTATTGTCCAATATTGTCCAGATCCTACTCTTAAAGAAGTACTGGTCDAAGCGAGG 9.000000 8 GGCGCGTGTATTGTCCATTGAGAGGCGGGCGCTGTGTTTGGAGGCGTGTTGGTCIAAGCGGAG 1.000000 9 GGCGCCTGTATTGTCCAAAATTGTCCAGATGCCACTCTTAAAGAAGTACAAACADATCCGGGC 3.000000 10 GGCGCCTGTGATACTCGTTGAGAGGCAGGCGCTGTGTTTGGAGGCGTGTTGGTCIAAGCGGAG 2.000000 11 GGCGTGTACAATACTCGTTGAGAGGCGGGCGCTGTGTTTGGAGGCGTGTTGGTCIAAGCGGAG 47.000000 12 GGCGTGTACAATACTTGTTGAGAGGCGGGCGCTGTGTTTGGAGGCGTGTTGGTCIAAGCGGAG 19.000000 13 GGCGTGTGCAATACTCGTTGAGAGGCAGGCGCTGTGTTTGGAGGCGTGTTGGTCIAAGCGGAG 1.000000 14 GGCGTGTGCAATACTCGTTGAGAGGCGGGCGCTGTGTTTGGAGGCGTGTTGGTCIAAGCGGAG 1.000000 15 GGCGTGTGCAATACTCGTTGAGAGGTGGGCGCTGTGTTTGGAGGCGTGTTGGTCIAAGCTGAG 2.000000 16 GGCGTGTGTATTGTCCAAAATTGTCCAGATGCCACTCTTAAAGAAGTACAAACADATCCGGGC 2.000000 17 GGCGTGTGTATTGTCCAAAATTGTCCAGATGCCACTCTTAAAGACGTACAGACADATCCGGGC 1.000000 18 GGCGTGTGTATTGTCCAAAATTGTCCAGATGCCACTCTAAAAGAAGTACAAACADATCCGGGC 4.000000 19 GGCGTCCGTAACGCCCGTTGTGAGGCATACGGTACTCCTAAGTAAACGTTGGTCIGAGTGGGG 2.000000 20 GGCTCGTACAATACTCGTTGAGAGGCGGGCGCTGTGTTTGGAGGCGTGTTGGTCIAAGCGGAG 1.000000 21 GGCTCGTGTATTGTCCAAAATTGTCCAGATGCCACTCTTAAAGAAGTACAGACCDATGCGGGG 1.000000 22 GGCTCCTGTGTTGTCCGATATGATGCAGACGCTGCGTTTGGAGAAGTATTGGTCIGAGCGGGG 2.000000 23 GGCTCCTGTGTTGTCCGATATGATGCAGACGCTGCTTTTAAAGAAGTACAGACCDATGCGGGG 3.000000 24 GGCTCCTGTGTTGTCCGATATGATGCAGACGCTGCTTTTAAAGAAGTGTTGGCCIGAGCGGGG 3.000000 25 GGCTCCTGTGTTGTCCGATATGATGCAGACGCTGCTTTTAAAGACGTGTTGGTCIAAGCGGAG 1.000000 26 GGTTCGTGTATTGTCCAAAATTGTCCAGATGCCACTCTTAAAGAAGTACAAACADATCCGGGC 23.000000 27 GGTTCGTGTATTGTCCAAAATTGTCCAGATGCCACTCTAAAAGAAGTACAAACADATCCGGGC 6.000000 28 GGTTCCCGTAACGCCCGTTGTGAGGCATACGGTACTCCTAAGTAAACGTTGGTCIGAGTGGGG 3.000000 29 GCCGTGTGCAATACTCGTTGAGAGGTGGGCGCTGTGTTTGGAGGCGTGTTGGTCIAAGCTGAG 13.000000 30 TGCGCGTGTATTGTCCAAAATTGTCCAGATGCCACTCTTAAAGAAGTACAAACADATCCGGGC 1.000000 31 TGCGCCCGTAACGCCCGTTGTGAGGCATACGGTACTCCTAAGTAAACGTTGGTCIGAGTGGGG 18.000000 32 TGCGCCCGTAACGCCCGTTGTTGTCCATACGGTACTCCTAAGTAAACGTTGGTCIGAGTGGGG 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (11,26) P002: (11,12) P003: (6,26) P004: (10,11) P005: (11,29) P006: (11,31) P007: (29,31) P008: (11,16) P009: (7,12) P010: (11,12) P011: (21,31) P012: (11,15) P013: (11,31) P014: (11,26) P015: (11,11) P016: (12,31) P017: (5,11) P018: (13,22) P019: (26,29) P020: (11,18) P021: (8,23) P022: (7,18) P023: (7,27) P024: (9,27) P025: (11,26) P026: (11,11) P027: (11,12) P028: (11,29) P029: (5,25) P030: (7,26) P031: (7,12) P032: (4,5) P033: (12,26) P034: (16,26) P035: (9,9) P036: (11,31) P037: (11,11) P038: (7,28) P039: (26,29) P040: (11,26) P041: (12,19) P042: (6,32) P043: (12,26) P044: (26,29) P045: (11,24) P046: (27,31) P047: (26,31) P048: (11,11) P049: (12,12) P050: (12,22) P051: (11,15) P052: (7,11) P053: (12,29) P054: (18,29) P055: (11,26) P056: (11,19) P057: (20,28) P058: (11,29) P059: (23,31) P060: (11,12) P061: (11,28) P062: (11,29) P063: (7,27) P064: (3,31) P065: (31,31) P066: (27,29) P067: (24,26) P068: (11,26) P069: (26,27) P070: (11,26) P071: (11,31) P072: (12,31) P073: (11,26) P074: (5,11) P075: (31,31) P076: (12,24) P077: (7,26) P078: (12,26) P079: (18,26) P080: (14,17) P081: (11,12) P082: (11,11) P083: (12,26) P084: (11,11) P085: (29,30) P086: (11,29) P087: (11,31) P088: (1,23) P089: (11,31) P090: (2,10) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P002 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P003 G G C G C G T G T A T T G T C C A A T A T T G T C C A G A T G C T A C T C T T A A A G A A G T A C A G G T C D A T G C G G G G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P004 G G C G C (C) T G T G A T A C T C G T T G A G A G G C A G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T (G) T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P005 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G C C G T G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G T G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C T G A G 0 P006 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G T G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P007 G [C] C G T G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G T G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C T G A G T G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P008 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P009 G G C G C G T G T A T T G T C C A A T A T T G T C C A G A T C C T A C T C T T A A A G A A G T A C T G G T C D A A G C G A G G G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P010 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P011 G G C (T) C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A G A C C D A T G C G G G G T G C (G) C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P012 G G C G T G T A C A A T A C T [C] G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G T G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C T G A G 0 P013 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G T G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P014 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P015 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P016 G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G T G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P017 G G C G C G T G T A T T G T C C A A T A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A G A T C D A T G C G G G G G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P018 G G C G T G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G C A G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C T C C T G T G T T G T C C G A T A T G A T G C A G A C G C T G C G T T T G G A G A A G T A T T G G T C I G A G C G G G G 0 P019 G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C G C C G T G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G T G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C T G A G 0 P020 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T A A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P021 G G C G C G T G T A T T G T C C A T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C T C C T G T G T T G T C C G A T A T G A T G C A G A C G C T G C T T T T A A A G A A G T A C A G A C C D A T G C G G G G 0 P022 G G C G C G T G T A T T G T C C A A T A T T G T C C A G A T C C T A C T C T T A A A G A A G T A C T G G T C D A A G C G A G G G G C G T G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T A A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P023 G G C G C G T G T A T T G T C C A A T A T T G T C C A G A T C C T A C T C T T A A A G A A G T A C T G G T C D A A G C G A G G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T A A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P024 G G C G C C T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T A A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P025 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P026 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P027 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P028 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G C C G T G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G T G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C T G A G 0 P029 G G C G C G T G T A T T G T C C A A T A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A G A T C D A T G C G G G G G G C T C C T G T G T T G T C C G A T A T G A T G C A G A C G C T G C T T T T A A A G A C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P030 G G C G C G T G T A T T G T C C A A T A T T G T C C A G A T C C T A C T C T T A A A G A A G T A C T G G T C D A A G C G A G G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P031 G G C G C G T G T A T T G T C C A A T A T T G T C C A G A T C C T A C T C T T A A A G A A G T A C T G G T C D A A G C G A G G G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P032 G G C G C G T G T A T T G T C C [A] A T A T G A T G C A G A C G C T G C G T T T G G A G A A G T A T T G G T C I G A G C G G G G G G C G C G T G T A T T G T C C A A T A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A G A T C D A T G C G G G G 0 P033 G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P034 G G C G T G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P035 G G C G C C T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C G G C G C C T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P036 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G T G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P037 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P038 G G C G C G T G T A T T G T C C A A T A T T G T C C A G A T C C T A C T C T T A A A G A A G T A C T G G T C D A A G C G A G G G G T T C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P039 G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C G [C] C G T G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G T G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C T G A G 0 P040 G G C G T G T A C A A T A C T [C] G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P041 G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P042 [G] G C G C (G) (T) G T A (T) (T) G (T) C C (A) (A) T (A) T T G T C C A G A T G C T A C T C T T A A A G A A G T A C A G G T C D A T G C G G G G [T] G C G C (C) (C) G T A (A) (C) G (C) C C (G) (T) T (G) T T G T C C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P043 G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P044 G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C G C C G T G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G T G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C T G A G 0 P045 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C T C C T G T G T T G T C C G A T A T G A T G C A G A C G C T G C T T T T A A A G A A G T G T T G G C C I G A G C G G G G 0 P046 G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T A A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C T G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P047 G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C T G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P048 G G C G T G T A C A A T A C T [C] G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P049 G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P050 G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C T C C T G T G T T G T C C G A T A T G A T G C A G A C G C T G C G T T T G G A G A A G T A T T G G T C I G A G C G G G G 0 P051 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G T G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C T G A G 0 P052 G G C G C G T G T A T T G T C C A A T A T T G T C C A G A T C C T A C T C T T A A A G A A G T A C T G G T C D A A G C G A G G G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P053 G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G C C G T G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G T G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C T G A G 0 P054 G G C G T G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T A A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C G C C G T G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G T G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C T G A G 0 P055 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P056 G G C G T G T A C A A T A C T [C] G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G [T] C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P057 G G (C) T C G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G (T) T C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P058 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G C C G T G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G T G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C T G A G 0 P059 G G C T C C T G T G T T G T C C G A T A T G A T G C A G A C G C T G C T T T T A A A G A A G T A C A G A C C D A T G C G G G G T G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P060 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P061 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G T T C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P062 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G C C G T G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G T G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C T G A G 0 P063 G G C G C G T G T A T T G T C C A A T A T T G T C C A G A T C C T A C T C T T A A A G A A G T A C T G G T C D A A G C G A G G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T A A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P064 (G) G C G [C] G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A G A C A D A T C C G G G C (T) G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P065 T G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G T G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P066 G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T A A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C G C C G T G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G T G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C T G A G 0 P067 G G C T C C T G T G T T G T C C G A T A T G A T G C A G A C G C T G C T T T T A A A G A A G T G T T G G C C I G A G C G G G G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P068 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P069 G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T A A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P070 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P071 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G T G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P072 G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G T G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P073 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P074 G G C G C G T G T A T T G T C C A A T A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A G A T C D A T G C G G G G G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P075 T G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G T G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P076 G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C T C C T G T G T T G T C C G A T A T G A T G C A G A C G C T G C T T T T A A A G A A G T G T T G G C C I G A G C G G G G 0 P077 G G C G C G T G T A T T G T C C A A T A T T G T C C A G A T C C T A C T C T T A A A G A A G T A C T G G T C D A A G C G A G G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P078 G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P079 G G C G [T] G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T (A) A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T (T) A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P080 G G C G [T] G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G [T] G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A C G T A C A G A C A D A T C C G G G C 0 P081 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P082 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P083 G G C G T G T A C A A T A C T T G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G T T C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P084 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G 0 P085 G C C G T G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G T G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C T G A G T G C G C G T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C 0 P086 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G G C C G T G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G T G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C T G A G 0 P087 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G T G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P088 [G] G C G C G T G C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C T G A G G G C T C C T G T G T T G T C C G A T A T G A T G C A G A C G C T G C T T T T A A A G A A G T A C A G A C C D A T G C G G G G 0 P089 G G C G T G T A C A A T A C T C G T T G A G A G G C G G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G [T] G C G C C C G T A A C G C C C G T T G T G A G G C A T A C G G T A C T C C T A A G T A A A C G T T G G T C I G A G T G G G G 0 P090 G G C G C (G) T G T A T T G T C C A A A A T T G T C C A G A T G C C A C T C T T A A A G A A G T A C A A A C A D A T C C G G G C G G C G C (C) T G T G A T A C T C G T T G A G A G G C A G G C G C T G T G T T T G G A G G C G T G T T G G T C I A A G C G G A G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 = = C G T ? = ? C = A = ? C T = G T ? G A G A G G ? G = G C = ? T G T G T = = G G = = G C = = G T T G G T C I = A G = = = A G = = T T C ? = ? T = T = ? T C = A A ? A T T G T C ? A = A T = ? C A C T C = = A A = = A A = = A C A A A C A D = T C = = = G C 0 P002 = ? ? = = = = = = = = = ? = = C = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = T = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = 0 P003 ? ? C G ? = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = ? = = = G G T C = = = G = ? = = G ? ? T T ? = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = ? = = = A A C A = = = C = ? = = C 0 P004 = = ? = ? (C) = G T G = = = = = = = = = = = = = = = ? A = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? (G) = A C A = = = = = = = = = = = = = = = ? G = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P005 = G = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? G = = = = C = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? T = = = 0 P006 G = = = ? G T A C = = T A = T = = = = = A = = = = = G G G = = C = G T G T T = G G A G G C G T = = = = = = = = A = = C = = A = T = = = ? C C G T = = C G = C = = = = = T = = = = = A T A = = G = A C T C C = A A G T A A A C = = = = = = = = G = = T = = G = 0 P007 G ? = = T G T = C = = T A = T = = = = = A = = = = ? G G G = = C ? G T G T T = G G A G G C G T = = = = = ? ? = A = = C T = A = T ? = = C C C = T = = C G = C = = = = = T = = = = ? A T A = = G ? A C T C C = A A G T A A A C = = = = = ? ? = G = = T G = G = 0 P008 = = ? ? = = = A C = A = A C T = G T T G A G A G G ? G = G C = = T G T G T = = G G = = G C = = G T T G G T C ? = A G = = = A G = = ? ? = = = G T = T = G T C = A A A A T T G T C ? A = A T = = C A C T C = = A A = = A A = = A C A A A C A ? = T C = = = G C 0 P009 = = ? = C = = G T = T = ? T C C A A ? A T T G T C = A = A T C = ? A C T C = = A A = = A A = = A C = = = = ? D = = = = = A G = = = ? = T = = A C = A = ? C T T G T ? G A G A G G = G = G C G = ? G T G T = = G G = = G C = = G T = = = = ? I = = = = = G A = 0 P010 ? = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P011 G = = (T) = G T = = = ? T = T = = A A A A = T G T C = = G = T = ? C = ? = = T = = = A G = = G T ? C A = A C = D A T = C = = = = T = = (G) = C C = = = ? C = C = = G T T G = G A G G = = T = C = ? T = ? = = C = = = G T = = A C ? T T = G T = I G A = T = = = = 0 P012 = = = = = = = A = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = C = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = G = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = T = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = 0 P013 G = = = T G T A C = = T A = T = = = = = A = = = = = G G ? = = C = G T G T T = G G A G ? ? G T = = = ? ? = = = A = = C = = A = T = = = C C C G T = = C G = C = = = = = T = = = = = A T ? = = G = A C T C C = A A G T ? ? A C = = = ? ? = = = G = = T = = G = 0 P014 = = C G T = = A C = A = A C T = G T T G A G A G G ? ? ? G C = ? T G T G T = = G G = = G C = = G T T G G T C ? = A G = = = A G = = T T C = = G T = T = G T C = A A A A T T G T C ? ? ? A T = ? C A C T C = = A A = = A A = = A C A A A C A ? = T C = = = G C 0 P015 = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P016 G = = = T G T A C ? = T A = T T = = = = A = = = = = G G G = = ? = G T G T T = G G A G G C G T = = = = = = = = A = = C = = A = T = = = C C C G T ? = C G = C C = = = = T = = = = = A T A = = ? = A C T C C = A A G T A A A C = = = = = = = = G = = T = = G = 0 P017 ? = = = C = = G T = T = G T C = A A = A T T G T C = A = A T = ? C A C T C = = A A = = A A = = A C A = A = = D = T = = = = G = ? = = = T = = A C = A = A C T = G T = G A G A G G = G = G C = ? T G T G T = = G G = = G C = = G T T = G = = I = A = = = = A = 0 P018 = = = G T G = = C A A = A C T = = T = G A = = G = = = = ? = = = = = T = = = = = ? = = G C = = G ? ? = = = = = A = ? ? = = A = = = = T C C = = T G T = G T C = = A = A T = = T = = = = ? = = = = = C = = = = = ? = = A A = = A ? ? = = = = = G = ? ? = = G = 0 P019 = G T T C = = = T = T = G T C = A A A A T T G T C C A = A T = = C A C T C = = A A = = A A = = A C A A A C A D = T C = G = G C = C C G T = = = C = A = A C T = G T T G A G A G G T G = G C = = T G T G T = = G G = = G C = = G T T G G T C I = A G = T = A G 0 P020 = = = = = = = A C = A = A C T = G T T G A G A G G = G = G C = = T G T G T = T G G = = G C = = G T T G G T C I = A G = = = A G = = = = = = = G T = T = G T C = A A A A T T G T C = A = A T = = C A C T C = A A A = = A A = = A C A A A C A D = T C = = = G C 0 P021 = = = G = G = = = A = = = = = = A T = G A = = G = = G = G = = = = = T G = = = G ? = = G C = = G T T ? ? T = I = A = = = = A = = = = T = C = = = G = = = = = = G A = A T = = T = = A = A = = = = = C T = = = A ? = = A A = = A C A ? ? C = D = T = = = = G = 0 P022 ? ? = = C = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = ? ? = = C = T = = = = = T = = = = = = = = = = T G G T C = = A G = = A = G ? ? = = T = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = ? ? = = G = C = = = = = A = = = = = = = = = = A A A C A = = T C = = G = C 0 P023 ? = C G = = = = ? ? = = = = = = = ? T = = = = = = = = = = = C = T = = = = = T = = = = = = = = = = T G G T C = = A G = = A = G ? = T T = = = = ? ? = = = = = = = ? A = = = = = = = = = = = G = C = = = = = A = = = = = = = = = = A A A C A = = T C = = G = C 0 P024 = = C G ? C = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = T T ? G = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = 0 P025 ? ? C G T = = ? C = A = A C T = G T T G A G A G G = G = G C = = T G T G T = = G G ? = G C = = ? T T G G T C I = A G = = = A G ? ? T T C = = ? T = T = G T C = A A A A T T G T C = A = A T = = C A C T C = = A A ? = A A = = ? C A A A C A D = T C = = = G C 0 P026 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P027 = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = 0 P028 = G = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = C = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = 0 P029 = = = G = G = = = A = = = = = = A = = = = T G = C = = = = T = ? C A = = C = = = = = = = A = = A C A ? ? = = D = T = = = = G = = = = T = C = = = G = = = = = = G = = = = G A = G = = = = C = ? T G = = T = = = = = = = C = = G T T ? ? = = I = A = = = = A = 0 P030 ? = C G = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = C = T = = = = = = = = = = = = = = = = T G G T C = = A G = = A = G ? = T T = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = A A A C A = = T C = = G = C 0 P031 = = = = C = = G ? ? T = G T C C ? A = A T T G T C = A = A T C = = A C T C = = A A = = A A = = A C = = = = = D = = = = = A G = = = = = T = = A ? ? A = A C T T ? T = G A G A G G = G = G C G = = G T G T = = G G = = G C = = G T = = = = = I = = = = = G A = 0 P032 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = G A = G = = = = C = ? T G = G T = = G G = = = = = = = T T ? ? = = I G A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = T G = C = = = = T = ? C A = T C = = A A = = = = = = = C A ? ? = = D A T = = = = = = 0 P033 ? ? C ? T = = A C = A = ? C T T G T T G A G A G G ? ? ? G C = = T G T G T = = G G = = ? C = ? ? T T G G T C I = A G = = = A G ? ? T ? C = = G T = T = ? T C C A A A A T T G T C ? ? ? A T = = C A C T C = = A A = = ? A = ? ? C A A A C A D = T C = = = G C 0 P034 = = C G T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = T T C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = 0 P035 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P036 G = = ? T G T A ? ? = T A = T = = = = = A = = = = = G G G = = C = G T G T T = G G A G G C G T = = = = = ? ? = A = ? ? = = A = T = = ? C C C G ? ? = C G = C = = = = = T = = = = = A T A = = G = A C T C C = A A G T A A A C = = = = = ? ? = G = ? ? = = G = 0 P037 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 0 P038 = = C G = G T = = = T T = T = = A ? = A = T G T C = = G = T C C = = = = = T = = = A G = = G T A C = = = = = D A = = C = A = = = = T T = C C = = = A C = C = = G ? = G = G A G G = = T = C G G = = = = = C = = = G T = = A C G T = = = = = I G = = T = G = = 0 P039 ? ? T T C = = = T = T = G T C = A A A A T T G T C C A = A ? ? = C A C T C = = A A = = A A = = A C A A A C A D = T C = G = G C ? ? C G T = = = C = A = A C T = G T T G A G A G G T G = G ? ? = T G T G T = = G G = = G C = = G T T G G T C I = A G = T = A G 0 P040 = = C G T = = A ? ? A = A C T ? ? T T G A G A G G = G = G C = = T G T G T = = G G = = ? C = = G T T G G T C I = A G = ? = A G = = T T C = = G ? ? T = G T C ? ? A A A T T G T C = A = A T = = C A C T C = = A A = = ? A = = A C A A A C A D = T C = ? = G C 0 P041 = ? = = = G T A ? ? = T A = T T ? = = = A = = = = = G G G = = C = G T G T T = G G A G G C G ? = = = = = = = ? A = ? ? = = A = = ? = = = C C G ? ? = C G = C C ? = = = T = = = = = A T A = = G = A C T C C = A A G T A A A ? = = = = = = = ? G = ? ? = = G = 0 P042 ? = = = = (G) (T) = = = (T) (T) = (T) = = (A) (A) = (A) = = = = = = = G = T = C = = = = = T = = = A G ? ? G T A C A = ? = = D A T = C = = = = ? = = = = (C) (C) = = = (A) (C) = (C) = = (G) (T) = (G) = = = = = = = T = C = G = = = = = C = = = G T ? ? A C G T T = ? = = I G A = T = = = = 0 P043 = = C G T = = A C = A = A C T T G T ? G A G A G G = G = G C = = T G T G T = = G G = = G C = = ? T T G G T C I = A G = = = A G = = T T C = = G T = T = G T C C A A ? A T T G T C = A = A T = = C A C T C = = A A = = A A = = ? C A A A C A D = T C = = = G C 0 P044 ? G T T C = = = T = T = G T C = A A A A T T G T C C A = A T = = C A C T C = = A A = = A A = = A C A A A C A D = T C = G = G C ? C C G T = = = C = A = A C T = G T T G A G A G G T G = G C = = T G T G T = = G G = = G C = = G T T G G T C I = A G = T = A G 0 P045 = = = G T G = A C A A = A C T = = T ? G A = = G = = G = G = = = = = T G = = = G G = = G C = ? = = = ? ? ? = = A = = = ? = A = = = = T C C = G T G T = G T C = = A ? A T = = T = = A = A = = = = = C T = = = A A = = A A = ? = = = ? ? ? = = G = = = ? = G = 0 P046 G = T T = G T = = = T T = T = = A A A A = T G T C = = G = T = C C = = = = T A = = A G ? = G T A C A A A C A ? A T C C = = = C T = C G = C C = = = A C = C = = G T T G = G A G G = = T = C = G T = = = = C T = = G T ? = A C G T T G G T C ? G A G T = = = G 0 P047 ? ? T T = G T = = = T ? = T = = A A A A = T G T C = = G = T = C C = = = = T = = = A ? = = G T A C A A A C A D A T C C = = = C ? ? C G = C C = = = A ? = C = = G T T G = G A G G = = T = C = G T = = = = C = = = G ? = = A C G T T G G T C I G A G T = = = G 0 P048 = ? = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P049 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = 0 P050 ? = = G T G = ? C A A = A C T T = T = G A = = G = = G = G = = = = = T = = = = = = ? = G C = = G = = ? ? = = ? A = = = = = A = ? = = T C C = ? T G T = G T C C = A = A T = = T = = A = A = = = = = C = = = = = = ? = A A = = A = = ? ? = = ? G = = = = = G = 0 P051 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = G = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = T = = = 0 P052 = = = = C ? ? G T = T = G T C = A A = A T T G T C = A = A T C = = A C T C = = A A = = A A = = A ? = = = ? ? D = = ? ? = A G = = = = = T ? ? A C = A = A C T = G T = G A G A G G = G = G C G = = G T G T = = G G = = G C = = G ? = = = ? ? I = = ? ? = G A = 0 P053 ? G = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = C = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = G = = = ? C = = = = = G = = = = = = = C = = = = = = = = = T = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = T = = = 0 P054 ? G = = = = = = T = T = G T C = A A A A T T G T C C A = A T = ? C A C T C = A A A = = A A = = A C A A A C A D = T C = G = G C ? C = = = = = = C = A = A C T = G T T G A G A G G T G = G C = ? T G T G T = T G G = = G C = = G T T G G T C I = A G = T = A G 0 P055 ? ? C G T ? = A C = A = A C T = G T T G A G A G G = G = G C = = T G T G T = = G G = = ? C = = G ? ? G G T C I = A G = = = A G ? ? T T C ? = G T = T = G T C = A A A A T T G T C = A = A T = = C A C T C = = A A = = ? A = = A ? ? A A C A D = T C = = = G C 0 P056 = = = = ? G T A ? ? = T ? ? ? ? ? = = = A = = = = = G ? ? ? ? C = G T G T T = G G A G G C G T = = = = = = = = A = = ? = = A = = = = = ? C C G ? ? = C ? ? ? ? ? = = = T = = = = = A ? ? ? ? G = A C T C C = A A G T A A A C = = = = = = = = G = = ? = = G = 0 P057 = = (C) = = G T A C = = T A = T = = = = = ? ? ? ? ? = G G G = = C = G T G T T = G G A G G C G ? = = = = = = = = A = = C = ? ? ? = = (T) = = C C G T = = C G = C = = = = = ? ? ? ? ? = A T A = = G = A C T C C = A A G T A A A ? = = = = = = = = G = = T = ? ? ? 0 P058 = G = = = ? ? A = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = G = = = = C = = = ? ? G = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = T = = = 0 P059 G = ? T = ? T = = G T T = T = = = A = A = = = T = = = G = = = C = G = = T T = = = A G = = G T A C A = A C = D A T = C = = = = T = ? G = ? C = = A A C = C = = = T = G = = = G = = = T = = = G = A = = C C = = = G T = = A C G T T = G T = I G A = T = = = = 0 P060 ? ? = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P061 = = C G T G T A C = = T A = T = = = = = A = = = = = G G G = = C = G T G T T = G G A G G C G T = = = ? ? ? ? ? A = = ? = = A = = = T T C C C G T = = C G = C = = = = = T = = = = = A T A = = G = A C T C C = A A G T A A A C = = = ? ? ? ? ? G = = ? = = G = 0 P062 = G = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = C = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = 0 P063 = = C G = = = = = = = ? = = = = = = T = = = = = = = = = = = C = T = = = = = T = = = = = = = = ? = T G G ? ? ? = A G = = A = G = = T T = = = = = = = ? = = = = = = A = = = = = = = = = = = G = C = = = = = A = = = = = = = = ? = A A A ? ? ? = T C = = G = C 0 P064 (G) = = ? ? ? T = = = T T = T = = ? A A A = T G T C = = G = T = C C = = = = T = = = A G ? = G T A C A = A ? A D A T C C = = = C (T) = = ? ? ? C = = = A C = C = = ? T T G = G A G G = = T = C = G T = = = = C = = = G T ? = A C G T T = G ? C I G A G T = = = G 0 P065 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 P066 = G T T C = = = T = ? ? G T C = A A A A T T G T C C A = A T = = C A C T C = A A A = = A A = = A C A A A C A D = T C = G = G C = C C G T = = = C = ? ? A C T = G T T G A G A G G T G = G C = = T G T G T = T G G = = G C = = G T T G G T C I = A G = T = A G 0 P067 = = C ? = C = = = G = = = = = = G = T = = G A = G = = = = C = ? T G = = T = = = = = = = = = ? ? T T G G ? C I G A G = = = = G = = T ? = G = = = A = = = = = = A = A = = T G = C = = = = T = ? C A = = C = = = = = = = = = ? ? C A A A ? A D A T C = = = = C 0 P068 = = C G T = = A C = A = A C T = G T T G A G A G G = G = G C = = T G T G T = = G G = = G C = = G T T G G T C I = A G = = = A G = = T T C = = G T = T = G T C = A A A A T T G T C = A = A T = = C A C T C = = A A = = A A = = A C A A A C A D = T C = = = G C 0 P069 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 0 P070 = = C G T = = A C = A = A C T = G T T G A G A G G = G = G C = = T G T G T = = G G = = ? C = = G T ? G G T C I = A G = = = A G = = T T C = = G T = T = G T C = A A A A T T G T C = A = A T = = C A C T C = = A A = = ? A = = A C ? A A C A D = T C = = = G C 0 P071 G = = ? T G T A C = = T A = T = = = = = A = = = = = G G G = = C = G T G T T = G G A G G C G T = = = = = = = = A = = C = = A = T = = ? C C C G T = = C G = C = = = = = T = = = = = A T A = = G = A C T C C = A A G T A A A C = = = = = = = = G = = T = = G = 0 P072 G = = = T G T A C = = T A = T T = = = = A = = = = = G G G = = C = G T G T T = G G A G G C G T = = = = = = = = A = = C = = A = T = = = C C C G T = = C G = C C = = = = T = = = = = A T A = = G = A C T C C = A A G T A A A C = = = = = = = = G = = T = = G = 0 P073 ? ? C G T = = A C = A = A C T = ? T T G A G A G G = G = G C = ? T G T G T = = G G = = G C = = ? T T G G T C I = A G = = = A G ? ? T T C = = G T = T = G T C = ? A A A T T G T C = A = A T = ? C A C T C = = A A = = A A = = ? C A A A C A D = T C = = = G C 0 P074 = ? = = ? = = G T = T = G T C = A A = A T T G T C = A = A T = = C A C T C = = A A = = A A = = A C A ? ? = = D = T = = = = G = = ? = = ? = = A C = A = A C T = G T = G A G A G G = G = G C = = T G T G T = = G G = = G C = = G T T ? ? = = I = A = = = = A = 0 P075 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P076 = = = G T G = A C A A = A C T T = T = G A = = G = = G = ? ? ? = = = T G = = = G G = = G C = = = = = = = ? = = A = = = = = A = = = = T C C = G T G T = G T C C = A = A T = = T = = A = ? ? ? = = = C T = = = A A = = A A = = = = = = = ? = = G = = = = = G = 0 P077 = = C G = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = C ? T = = = = = = = = = = = = = = = = T ? ? T C = = A G = = A = G = = T T = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = G ? C = = = = = = = = = = = = = = = = A ? ? C A = = T C = = G = C 0 P078 = ? C G T = = A C = A = A C T T G T T G A G A G G = G = G C = = ? ? ? G T = = G G = = G C = = G ? ? G G T C ? ? A G = = = A G = ? T T C = = G T = T = G T C C A A A A T T G T C = A = A T = = ? ? ? T C = = A A = = A A = = A ? ? A A C A ? ? T C = = = G C 0 P079 ? ? C G ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? T T ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P080 = = = = ? = = = C = A = A C T = G T T G A G A G G = G = G C = = T G T G T = = G G = = G = = = G T T = G T C I = A G = = = A G = = = = ? = = = T = T = G T C = A A A A T T G T C = A = A T = = C A C T C = = A A = = A = = = A C A = A C A D = T C = = = G C 0 P081 = = = = = = = = ? ? = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 P082 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 P083 = = C G ? = = A C = A = A C T T G T T G A G A G G = G = ? C = = T G T G T = = G G = = G C = = G T T G G T C I = A G = = = A G = = T T ? = = G T = T = G T C C A A A A T T G T C = A = ? T = = C A C T C = = A A = = A A = = A C A A A C A D = T C = = = G C 0 P084 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P085 G C = ? T = = = C = A = A C T = G T T G A G A G G T G = G C = = T G T G T = = G G = = G C = = G T T ? ? T C I = A G = T = A G T G = ? C = = = T = T = G T C = A A A A T T G T C C A = A T = = C A C T C = = A A = = A A = = A C A ? ? C A D = T C = G = G C 0 P086 = G = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = C = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = 0 P087 G = = = T G T A C = = T A = T = = = = = A = = = = = G G G = = C = G T G T T = G G A G G C G T = = = = = = = = A = = C = = A = T = = = C C C G T = = C G = C = = = = = T = = = = = A T A = = G = A C T C C = A A G T A A A C = = = = = = = = G = = T = = G = 0 P088 ? = = ? = G = = C A A = A C T = = T = G A = = G = = G = G = = = = = T G = = = G G = = G C = = G T T = G T = I = A = = T = A = ? = = ? = C = = T G T = G T C = = A = A T = = T = = A = A = = = = = C T = = = A A = = A A = = A C A = A C = D = T = = G = G = 0 P089 ? ? ? ? T G T A C = = ? A = T = = = = = A = = = = = G G G = = C = G T G T T = G G A G G C G ? = = = = = = = = A = = C = = A = ? ? ? ? C C C G T = = ? G = C = = = = = T = = = = = A T A = = G = A C T C C = A A G T A A A ? = = = = = = = = G = = T = = G = 0 P090 = = = = = (G) = = = A T = G T C = A A A A T T G T C ? = = ? T = = C A C T C = = A ? = = A A = = A C A ? ? ? A D = T C = = = G C = = = = = (C) = = = G A = A C T = G T T G A G A G G ? = = ? C = = T G T G T = = G ? = = G C = = G T T ? ? ? C I = A G = = = A G END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = 1.00 1.00 1.00 ? = ? 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? ? = = = = = = = = = ? = = 1.00 = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? = = 1.00 = = ? = ? 0.87 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? 1.00 = = = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 0.99 ? = = 0.99 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.91 = = 0.88 = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = = ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? = = = = = 1.00 = ? ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = ? ? = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? ? 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = ? ? = 1.00 = ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 = ? = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = = = ? 1.00 = ? ? = = 1.00 = ? = = = = 0.63 0.63 = = = 0.63 0.63 = 0.63 = = 0.63 0.63 = 0.63 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = = = ? ? ? = = 1.00 = = = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 ? ? 0.99 0.99 = 1.00 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = ? = = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? ? = = ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = = = ? ? 1.00 = = ? ? = 1.00 1.00 = ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 ? ? ? ? ? = = = 1.00 = = = = = 1.00 ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = ? = = 1.00 = = = 0.88 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? = 1.00 = = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 = ? 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 0.99 0.99 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? ? ? ? ? 1.00 = = ? = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 0.78 = = ? ? ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = = ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = ? = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? ? ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.75 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.98 1.00 = ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = ? = = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 0.74 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 END PHASEPROBS