Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000133 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 000550 C 0.15 0.06 0.00 0.00 0.06 T 0.85 0.94 1.00 1.00 0.94 0.26 0.11 0.00 0.00 0.10 000574 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 000592 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 000727 T 0.23 0.00 0.00 0.00 0.06 C 0.77 1.00 1.00 1.00 0.94 0.36 0.00 0.00 0.00 0.12 000744 G 0.13 0.10 0.05 0.08 0.09 C 0.87 0.90 0.95 0.92 0.91 0.23 0.17 0.09 0.15 0.17 000917 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 000968 G 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 000979 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001090 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 001113 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001199 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001234 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 001551 A 0.20 0.19 0.11 0.02 0.13 G 0.80 0.81 0.89 0.98 0.87 0.32 0.31 0.19 0.04 0.23 001570 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 001703 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001743 A 0.13 0.14 0.05 0.00 0.08 G 0.87 0.86 0.95 1.00 0.92 0.23 0.24 0.09 0.00 0.15 001763 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001923 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001971 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001982 T 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.90 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 002143 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 002250 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 002320 G 0.04 0.12 0.05 0.00 0.05 C 0.96 0.88 0.95 1.00 0.95 0.07 0.21 0.09 0.00 0.09 003144 G 0.19 0.11 0.03 0.00 0.09 A 0.81 0.89 0.97 1.00 0.91 0.31 0.20 0.06 0.00 0.17 003194 C 0.19 0.11 0.03 0.00 0.09 T 0.81 0.89 0.97 1.00 0.91 0.31 0.20 0.06 0.00 0.17 003460 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003470 A 0.15 0.11 0.03 0.00 0.08 G 0.85 0.89 0.97 1.00 0.92 0.25 0.20 0.06 0.00 0.14 006177 T 0.21 0.18 0.05 0.00 0.11 A 0.79 0.82 0.95 1.00 0.89 0.34 0.29 0.09 0.00 0.20 006199 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 006246 G 0.18 0.14 0.05 0.00 0.09 A 0.82 0.86 0.95 1.00 0.91 0.30 0.24 0.09 0.00 0.17 006248 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 006429 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 006583 G 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 006675 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 006737 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 006871 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 011275 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 011406 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 011535 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 011633 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 011643 T 0.00 0.00 0.05 0.17 0.05 C 1.00 1.00 0.95 0.83 0.95 0.00 0.00 0.09 0.28 0.10 011852 A 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 G 0.98 0.98 0.95 1.00 0.98 0.04 0.05 0.09 0.00 0.04 011861 G 0.19 0.12 0.07 0.00 0.10 A 0.81 0.88 0.93 1.00 0.90 0.31 0.21 0.13 0.00 0.18 012150 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 012486 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 012698 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 012851 C 0.13 0.07 0.07 0.00 0.07 A 0.87 0.93 0.93 1.00 0.93 0.23 0.14 0.13 0.00 0.13 014277 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 014321 C 0.21 0.00 0.00 0.00 0.06 A 0.79 1.00 1.00 1.00 0.94 0.33 0.00 0.00 0.00 0.11 014403 A 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.95 1.00 0.99 0.00 0.00 0.09 0.00 0.02 014597 T 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 014667 T 0.13 0.14 0.07 0.00 0.09 C 0.87 0.86 0.93 1.00 0.91 0.23 0.24 0.13 0.00 0.16 014685 T 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 014772 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 014775 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 015079 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 015119 + 0.17 0.14 0.07 0.00 0.10 - 0.83 0.86 0.93 1.00 0.90 0.28 0.24 0.13 0.00 0.17 015499 C 0.17 0.14 0.07 0.00 0.10 T 0.83 0.86 0.93 1.00 0.90 0.29 0.24 0.13 0.00 0.18 015944 A 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 G 1.00 1.00 1.00 0.94 0.98 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 016045 C 0.22 0.00 0.00 0.00 0.06 G 0.78 1.00 1.00 1.00 0.94 0.35 0.00 0.00 0.00 0.12 016143 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 016242 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 016493 G 0.56 0.25 0.09 0.09 0.26 A 0.44 0.75 0.91 0.91 0.74 0.49 0.38 0.17 0.17 0.39 017355 - 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 + 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 017669 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 017799 C 0.22 0.00 0.00 0.00 0.06 A 0.78 1.00 1.00 1.00 0.94 0.35 0.00 0.00 0.00 0.12 018144 T 0.00 0.05 0.20 0.12 0.09 C 1.00 0.95 0.80 0.88 0.91 0.00 0.09 0.33 0.22 0.16 018314 A 0.19 0.11 0.05 0.08 0.11 G 0.81 0.89 0.95 0.92 0.89 0.30 0.20 0.09 0.15 0.20 018321 G 0.17 0.14 0.05 0.00 0.09 A 0.83 0.86 0.95 1.00 0.91 0.28 0.24 0.09 0.00 0.16 018323 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 018406 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 021965 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 022125 A 0.15 0.14 0.05 0.00 0.09 G 0.85 0.86 0.95 1.00 0.91 0.26 0.24 0.09 0.00 0.16 022193 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 022490 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 022548 C 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 022691 A 0.02 0.30 0.59 0.46 0.35 G 0.98 0.70 0.41 0.54 0.65 0.05 0.42 0.48 0.50 0.46 022723 T 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.95 1.00 0.99 0.00 0.00 0.09 0.00 0.02 022736 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 023090 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 023393 G 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 023446 G 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 023678 T 0.04 0.14 0.05 0.00 0.05 C 0.96 0.86 0.95 1.00 0.95 0.07 0.24 0.09 0.00 0.10 023703 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 023832 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 024095 G 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 024129 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 024197 C 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 024271 * 024280 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 024558 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 024703 C 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.15 0.00 0.00 0.00 0.05 024797 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 024903 C 0.68 0.18 0.10 0.07 0.26 T 0.33 0.82 0.90 0.93 0.74 0.44 0.29 0.17 0.14 0.38 024934 A 0.30 0.15 0.05 0.07 0.14 G 0.70 0.85 0.95 0.93 0.86 0.42 0.25 0.09 0.14 0.24 024965 A 0.30 0.14 0.05 0.07 0.14 G 0.70 0.86 0.95 0.93 0.86 0.42 0.24 0.09 0.14 0.24 024969 G 0.30 0.14 0.05 0.10 0.14 A 0.70 0.86 0.95 0.90 0.86 0.42 0.24 0.09 0.17 0.25 025041 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 025368 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 025503 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 025546 A 0.65 0.27 0.09 0.08 0.29 G 0.35 0.73 0.91 0.92 0.71 0.46 0.40 0.17 0.15 0.41 025612 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 025678 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 025712 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 026017 A 0.09 0.08 0.00 0.00 0.04 G 0.91 0.92 1.00 1.00 0.96 0.16 0.15 0.00 0.00 0.07 026075 C 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 026085 T 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 026124 A 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 026203 T 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 026290 G 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 026563 A 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 026837 T 0.07 0.03 0.17 0.00 0.06 C 0.93 0.97 0.83 1.00 0.94 0.13 0.05 0.28 0.00 0.12 027044 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 027211 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 027222 A 0.10 0.09 0.14 0.21 0.13 G 0.90 0.91 0.86 0.79 0.87 0.17 0.17 0.24 0.33 0.23 027280 C 0.63 0.25 0.09 0.08 0.28 T 0.37 0.75 0.91 0.92 0.72 0.46 0.38 0.17 0.15 0.40 027336 T 0.13 0.00 0.00 0.00 0.04 C 0.87 1.00 1.00 1.00 0.96 0.23 0.00 0.00 0.00 0.07 027337 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 027758 T 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 027766 G 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 027793 T 0.35 0.26 0.09 0.07 0.20 A 0.65 0.74 0.91 0.93 0.80 0.45 0.39 0.17 0.12 0.31 028067 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 028670 - 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 + 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 028820 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 028983 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 029063 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 029109 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 029205 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 029210 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 029217 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 029256 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 029336 C 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 029360 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 029661 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 030172 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 030212 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 030323 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 030354 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 030426 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 031596 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 031752 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 031860 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 031906 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 031961 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 031964 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 031990 C 0.77 0.25 0.11 0.13 0.33 T 0.23 0.75 0.89 0.87 0.67 0.36 0.38 0.20 0.23 0.44 032133 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 032205 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 032274 A 0.21 0.00 0.00 0.00 0.06 G 0.79 1.00 1.00 1.00 0.94 0.33 0.00 0.00 0.00 0.11 032387 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 032480 A 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02 C 1.00 1.00 0.93 1.00 0.98 0.00 0.00 0.13 0.00 0.03 032544 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 032671 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 032686 T 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.88 1.00 1.00 1.00 0.97 0.21 0.00 0.00 0.00 0.06 032687 A 0.00 0.00 0.11 0.00 0.03 G 1.00 1.00 0.89 1.00 0.97 0.00 0.00 0.20 0.00 0.05 032823 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 032956 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 032972 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 033017 - 0.04 0.18 0.45 0.43 0.27 + 0.96 0.82 0.55 0.57 0.73 0.08 0.30 0.50 0.49 0.40 033051 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 033111 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 033138 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 033205 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 033225 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 033230 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 033264 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 033399 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 033627 G 0.00 0.14 0.05 0.00 0.04 A 1.00 0.86 0.95 1.00 0.96 0.00 0.24 0.09 0.00 0.08 033711 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 033753 A 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 G 0.98 0.98 0.98 1.00 0.98 0.04 0.04 0.05 0.00 0.03 033763 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 033819 T 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 C 0.85 1.00 1.00 1.00 0.96 0.25 0.00 0.00 0.00 0.08 033913 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 034047 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 034123 A 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 G 1.00 0.94 1.00 0.95 0.97 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 036285 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 036535 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 036583 A 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 036591 + 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 - 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 036877 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 036956 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 037065 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 037088 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 037128 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 037262 T 0.17 0.13 0.05 0.14 0.12 G 0.83 0.87 0.95 0.86 0.88 0.29 0.23 0.09 0.24 0.22 037273 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 047314 T 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 047379 G 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 047425 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 047432 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 047460 G 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 047618 T 0.02 0.07 0.07 0.00 0.04 C 0.98 0.93 0.93 1.00 0.96 0.04 0.13 0.13 0.00 0.07 047727 T 0.02 0.14 0.07 0.00 0.05 C 0.98 0.86 0.93 1.00 0.95 0.04 0.24 0.13 0.00 0.10 047748 C 0.23 0.00 0.00 0.00 0.06 T 0.77 1.00 1.00 1.00 0.94 0.36 0.00 0.00 0.00 0.12 047795 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 047900 A 0.02 0.14 0.07 0.00 0.05 G 0.98 0.86 0.93 1.00 0.95 0.04 0.24 0.13 0.00 0.10 048085 C 0.71 0.29 0.11 0.13 0.33 G 0.29 0.71 0.89 0.87 0.67 0.41 0.42 0.20 0.23 0.44 048088 A 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 048313 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 048318 A 0.54 0.32 0.09 0.13 0.28 C 0.46 0.68 0.91 0.87 0.72 0.50 0.44 0.17 0.23 0.40 048343 A 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 048459 G 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 A 1.00 0.91 1.00 1.00 0.98 0.00 0.17 0.00 0.00 0.04 048507 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 048610 C 0.54 0.25 0.11 0.12 0.27 T 0.46 0.75 0.89 0.88 0.73 0.50 0.38 0.20 0.22 0.39 048718 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 048783 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 048821 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 048877 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 049025 T 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 G 0.85 1.00 1.00 1.00 0.96 0.25 0.00 0.00 0.00 0.08 049272 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 049472 T 0.54 0.25 0.09 0.12 0.26 G 0.46 0.75 0.91 0.88 0.74 0.50 0.38 0.17 0.22 0.39 049477 A 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 049569 A 0.19 0.11 0.05 0.12 0.12 G 0.81 0.89 0.95 0.88 0.88 0.30 0.20 0.09 0.22 0.21 049646 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 049705 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 049730 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 049813 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 049884 C 0.76 0.25 0.11 0.12 0.33 T 0.24 0.75 0.89 0.88 0.67 0.37 0.38 0.20 0.22 0.44 049908 C 0.22 0.00 0.00 0.00 0.06 T 0.78 1.00 1.00 1.00 0.94 0.35 0.00 0.00 0.00 0.12 049974 T 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 050195 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 050209 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 050228 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 050448 T 0.08 0.11 0.12 0.17 0.11 C 0.92 0.89 0.88 0.83 0.89 0.14 0.19 0.21 0.28 0.20 050518 C 0.74 0.24 0.12 0.14 0.33 T 0.26 0.76 0.88 0.86 0.67 0.38 0.36 0.21 0.24 0.44 050530 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 050698 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 050724 T 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 C 0.98 0.95 1.00 1.00 0.98 0.04 0.09 0.00 0.00 0.03 050730 G 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 C 0.80 1.00 1.00 1.00 0.94 0.32 0.00 0.00 0.00 0.11 050759 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 050780 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 050854 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 050860 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 050947 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 051031 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 051044 T 0.00 0.14 0.07 0.00 0.05 C 1.00 0.86 0.93 1.00 0.95 0.00 0.24 0.13 0.00 0.09 051091 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 051158 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 051195 T 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 051247 A 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 051251 T 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 051332 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 051793 C 0.86 0.38 0.23 0.29 0.45 T 0.14 0.62 0.77 0.71 0.55 0.24 0.47 0.35 0.41 0.50 051981 T 0.31 0.12 0.12 0.17 0.18 C 0.69 0.88 0.88 0.83 0.82 0.43 0.21 0.22 0.28 0.30 052174 A 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 G 0.85 1.00 1.00 1.00 0.96 0.26 0.00 0.00 0.00 0.08 052380 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 052465 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 052472 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 052534 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 052713 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 052787 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 052835 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 052879 C 0.09 0.09 0.11 0.17 0.12 G 0.91 0.91 0.89 0.83 0.88 0.17 0.17 0.20 0.28 0.20 053065 G 0.85 0.34 0.25 0.29 0.45 A 0.15 0.66 0.75 0.71 0.55 0.26 0.45 0.38 0.41 0.49 053405 * 053429 A 0.06 0.00 0.05 0.07 0.04 G 0.94 1.00 0.95 0.93 0.96 0.11 0.00 0.09 0.12 0.08 053452 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 054264 G 0.00 0.14 0.07 0.00 0.05 T 1.00 0.86 0.93 1.00 0.95 0.00 0.24 0.13 0.00 0.09 054352 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 054494 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 054503 A 0.26 0.09 0.11 0.17 0.16 G 0.74 0.91 0.89 0.83 0.84 0.38 0.17 0.20 0.28 0.27 054742 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 054965 A 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 054983 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 055072 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 055325 C 0.80 0.34 0.24 0.31 0.44 A 0.20 0.66 0.76 0.69 0.56 0.32 0.45 0.36 0.43 0.49 055435 G 0.78 0.34 0.25 0.31 0.44 A 0.22 0.66 0.75 0.69 0.56 0.35 0.45 0.38 0.43 0.49 055493 C 0.76 0.34 0.25 0.31 0.44 T 0.24 0.66 0.75 0.69 0.56 0.37 0.45 0.38 0.43 0.49 055614 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 055628 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 055855 T 0.46 0.20 0.12 0.15 0.24 C 0.54 0.80 0.88 0.85 0.76 0.50 0.32 0.21 0.26 0.36 055892 A 0.18 0.00 0.00 0.00 0.05 G 0.82 1.00 1.00 1.00 0.95 0.30 0.00 0.00 0.00 0.10 056025 A 0.29 0.23 0.11 0.15 0.20 G 0.71 0.77 0.89 0.85 0.80 0.41 0.35 0.20 0.26 0.32 056138 A 0.28 0.06 0.11 0.17 0.16 G 0.72 0.94 0.89 0.82 0.84 0.41 0.11 0.19 0.29 0.27 056375 T 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 G 0.85 1.00 1.00 1.00 0.96 0.25 0.00 0.00 0.00 0.08 056464 A 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 056591 T 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 C 0.80 1.00 1.00 1.00 0.94 0.32 0.00 0.00 0.00 0.11 056592 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 056894 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 056959 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 057001 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 057091 A 0.17 0.00 0.05 0.08 0.08 G 0.83 1.00 0.95 0.92 0.92 0.28 0.00 0.09 0.15 0.15 057138 G 0.09 0.12 0.05 0.00 0.06 A 0.91 0.88 0.95 1.00 0.94 0.17 0.21 0.09 0.00 0.12 057152 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 057155 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 057286 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 057383 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 057486 A 0.20 0.12 0.05 0.15 0.13 G 0.80 0.88 0.95 0.85 0.87 0.32 0.21 0.09 0.26 0.23 057487 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 057498 A 0.52 0.24 0.11 0.15 0.27 G 0.48 0.76 0.89 0.85 0.73 0.50 0.36 0.20 0.26 0.39 057607 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 057645 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 057715 T 0.20 0.14 0.14 0.24 0.18 C 0.80 0.86 0.86 0.76 0.82 0.32 0.24 0.24 0.36 0.30 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 015119: c 017355: c 028670: a 033017: GAG 036591: A Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop 024271 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 0.98 0.99 053405 C 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 A 0.26 0.09 0.12 0.15 0.16 G 0.74 0.89 0.88 0.80 0.82