************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 ela1x.phase.inp ela1x.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST ela1x.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates ela1x.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual ela1x.phase.out_recom : estimates of recombination parameters ela1x.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 51 Positions of loci: 464 548 794 1173 1545 1553 1959 1987 2218 2739 2916 3565 4043 4139 4780 4825 4867 4948 5474 7365 8436 8653 9098 9888 11461 12087 13061 13099 13924 15010 15103 15564 16199 16754 16855 18104 18663 18792 18892 19061 19263 19758 19912 19982 20081 20487 21000 21052 21117 21369 21477 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file ela1x.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 G 1 GCCAIDGGAGTCCACCTAGCCCGGGAAAGGDTTATDACACADAAGGGTG 1.000000 2 G 1 GCCAIDGGAGTCCACCTATCCCGGGAAAGGDTTATDACACADAAGGGTG 77.000000 3 G 1 GCCAIDGGAGTCCACCTATCCCGGGAAAGGDTTATDACACADAAGAGTG 9.000000 4 G 1 GCCAIDGGAGTCCACCTTTCCCGGGAAAGGDTTATDACGCADGAGGGTG 3.000000 5 G 1 GCCAIDGGGGTCCACCTATCCCGGGAAAGGDTTATDACACADAAGGGTG 2.000000 6 G 1 GCCADITGAGTCTACCGTGTCTCCGGAAGGITTATDGAGCAIAGTGATG 1.000000 7 G 1 GTCAIDGGAGTCCACCTATCCCGGGAAAGGDTTATDACACADAAGGGTG 4.000000 8 G 1 GTCAIDGGAGTCCACCTATCCCGGGAAAGGDTTATDACACADAAGAGTG 1.000000 9 G 1 GTCGDIGCAGTTTACTGTGTCTCCGGAAGAITTATDGAGCAIAGTGATA 15.000000 10 G 2 GCCAIDGGAGTCCACCTATCCCGGGAAAGGDTTATDACACADAAGGGTG 1.000000 11 G 2 GCCAIDGGAGTCCACCTTTCCCGGGAGAGGITCATDACGCADGAGGGCG 5.000000 12 G 2 GTCADIGGGAGCCGACGTGCCTCGGGAGGGICTGCIACGTADGAGGGTG 1.000000 13 G 2 GTCADITGAGTCCACCGTGTTTCCGAAAAGITCATDACGCGDGAGGGCG 1.000000 14 G 2 GTCADITGAGTCTACCGTGTTTCCAGAAAGITCATDACGCADGAGGGCG 9.000000 15 G 2 GTCADITGAGTCTACCGTGTTTCCAGAAAGITCATDACGCGDGAGGGCG 17.000000 16 G 4 CTGADIGGGAGCCGACGTGCCTCGGGAGGGICTGTIACGTADGAGGGTG 3.000000 17 G 4 CTGADIGGGAGCCGACGTGCCTCGGGAGGGICTGCIACGTADGAGGGTG 18.000000 18 G 4 CTGADITGAGTCTACCGTGTTTCCAGAAAGITCATDACGCGDGAGGGCG 1.000000 19 A 4 GTCADIGGGATCCACCGTGCCTCGGGGAGGITTATDACGCADAAGGGTG 3.000000 20 A 4 GTCADIGGGATCCACCGTTCCCCGGGAGGGICTGTIACGTADGAGGGCG 1.000000 21 A 4 GTCADIGGGATCCACCGTTCCCCGGGGGGGITTATDACGCADGAGGGTG 2.000000 22 A 4 GTCADIGGGATCCACCGTTCCCGGGAGAGGITCATDACGCADGAGGGCG 3.000000 23 A 4 GTCADIGGGATCCACCGTTCCCGGGGGGGGITTATDACGCADGAGGGTG 1.000000 24 A 4 GTCADIGGGATCCACCGTTCCTCGGGAGGGICTGTIACGTADGAGGGCG 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (2,15) P002: (8,19) P003: (2,4) P004: (2,14) P005: (2,2) P006: (2,3) P007: (9,15) P008: (2,2) P009: (2,2) P010: (2,17) P011: (2,17) P012: (2,17) P013: (2,15) P014: (9,14) P015: (3,9) P016: (2,2) P017: (2,4) P018: (9,22) P019: (17,17) P020: (2,15) P021: (2,15) P022: (2,6) P023: (15,17) P024: (2,15) P025: (2,2) P026: (2,19) P027: (2,2) P028: (2,5) P029: (11,21) P030: (2,2) P031: (13,15) P032: (2,11) P033: (2,9) P034: (2,2) P035: (14,17) P036: (2,3) P037: (3,14) P038: (9,9) P039: (9,11) P040: (1,2) P041: (16,16) P042: (11,14) P043: (2,2) P044: (2,2) P045: (3,9) P046: (2,17) P047: (15,19) P048: (2,14) P049: (7,14) P050: (2,21) P051: (2,2) P052: (2,9) P053: (2,9) P054: (2,2) P055: (12,18) P056: (7,17) P057: (2,4) P058: (7,17) P059: (2,14) P060: (9,17) P061: (2,22) P062: (17,17) P063: (14,15) P064: (2,23) P065: (2,16) P066: (2,15) P067: (2,2) P068: (2,15) P069: (2,15) P070: (2,10) P071: (2,2) P072: (2,3) P073: (7,17) P074: (2,2) P075: (3,9) P076: (9,15) P077: (17,17) P078: (2,9) P079: (2,15) P080: (11,22) P081: (2,5) P082: (2,2) P083: (2,17) P084: (2,2) P085: (2,3) P086: (2,3) P087: (2,17) P088: (2,2) P089: (20,24) P090: (15,15) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C [G] D G A G G G C G 0 P002 G [1] G T C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G A G T G A 4 G T C A D I G G G A T C C A C C G T G C C T C G G G G A G G I T T A T D A C G C A D A A G G G T G 0 P003 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T T T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C G C A D G A G G G T G 0 P004 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G 0 P005 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P006 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G A G T G 0 P007 G 1 G T C G D I G C A G T T T A C T G T G T C T C C G G A A G A I T T A T D G A G C A I A G T G A T A G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G 0 P008 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P009 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P010 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G 0 P011 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G 0 P012 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G 0 P013 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G 0 P014 G 1 G T C G D I G C A G T T T A C T G T G T C T C C G G A A G A I T T A T D G A G C A I A G T G A T A G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G 0 P015 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G A G T G G 1 G T C G D I G C A G T T T A C T G T G T C T C C G G A A G A I T T A T D G A G C A I A G T G A T A 0 P016 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P017 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T T T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C G C A D G A G G G T G 0 P018 G 1 G T C G D I G C A G T T T A C T G T G T C T C C G G A A G A I T T A T D G A G C A I A G T G A T A A 4 G T C A D I G G G A T C C A C C G T T C C C G G G A G A G G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G 0 P019 G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G 0 P020 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G 0 P021 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C [G] D G A G G G C G 0 P022 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A D I T G A G T C T A C C G T G T C T C C G G A A G G I T T A T D G A G C A I A G T G A T G 0 P023 G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G 0 P024 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G 0 P025 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P026 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G A 4 G T C A D I G G G A T C C A C C G T G C C T C G G G G A G G I T T A T D A C G C A D A A G G G T G 0 P027 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P028 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G G G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P029 G 2 G C C A I D G G A G T C C A C C T T T C C C G G G A G A G G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G A 4 G T C A D I G G G A T C C A C C G T T C C C C G G G G G G G I T T A T D A C G C A D G A G G G T G 0 P030 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P031 G 2 G T C A D I T G A G T C C A C C G T G T T T C C G A A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G 0 P032 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 2 G C C A I D G G A G T C C A C C T T T C C C G G G A G A G G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G 0 P033 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G T C G D I G C A G T T T A C T G T G T C T C C G G A A G A I T T A T D G A G C A I A G T G A T A 0 P034 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P035 G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G 0 P036 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G A G T G 0 P037 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G A G T G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G 0 P038 G 1 G T C G D I G C A G T T T A C T G T G T C T C C G G A A G A I T T A T D G A G C A I A G T G A T A G 1 G T C G D I G C A G T T T A C T G T G T C T C C G G A A G A I T T A T D G A G C A I A G T G A T A 0 P039 G 1 G T C G D I G C A G T T T A C T G T G T C T C C G G A A G A I T T A T D G A G C A I A G T G A T A G 2 G C C A I D G G A G T C C A C C T T T C C C G G G A G A G G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G 0 P040 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A G C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P041 G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G T I A C G T A D G A G G G T G G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G T I A C G T A D G A G G G T G 0 P042 G 2 G C C A I D G G A G T C C A C C T T T C C C G G G A G A G G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G 0 P043 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P044 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P045 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G A G T G G 1 G T C G D I G C A G T T T A C T G T G T C T C C G G A A G A I T T A T D G A G C A I A G T G A T A 0 P046 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G 0 P047 G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G A 4 G T C A D I G G G A T C C A C C G T G C C T C G G G G A G G I T T A T D A C G C A D A A G G G T G 0 P048 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G 0 P049 G [1] G T C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G 0 P050 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G A 4 G T C A D I G G G A T C C A C C G T T C C C C G G G G G G G I T T A T D A C G C A D G A G G G T G 0 P051 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P052 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G T C G D I G C A G T T T A C T G T G T C T C C G G A A G A I T T A T D G A G C A I A G T G A T A 0 P053 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G T C G D I G C A G T T T A C T G T G T C T C C G G A A G A I T T A T D G A G C A I A G T G A T A 0 P054 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P055 G 2 G T C A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G G 4 C T G A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G 0 P056 G [1] G T C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G 0 P057 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T T T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C G C A D G A G G G T G 0 P058 G [1] G T C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G 0 P059 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G 0 P060 G 1 G T C G D I G C A G T T T A C T G T G T C T C C G G A A G A I T T A T D G A G C A I A G T G A T A G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G 0 P061 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G A 4 G T C A D I G G G A T C C A C C G T T C C C G G G A G A G G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G 0 P062 G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G 0 P063 G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G 0 P064 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G A 4 G T C A D I G G G A T C C A C C G T T C C C G G G G G G G G I T T A T D A C G C A D G A G G G T G 0 P065 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G T I A C G T A D G A G G G T G 0 P066 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G 0 P067 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P068 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G 0 P069 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G 0 P070 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 2 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P071 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P072 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G A G T G 0 P073 G [1] G T C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G 0 P074 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P075 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G A G T G G 1 G T C G D I G C A G T T T A C T G T G T C T C C G G A A G A I T T A T D G A G C A I A G T G A T A 0 P076 G 1 G T C G D I G C A G T T T A C T G T G T C T C C G G A A G A I T T A T D G A G C A I A G T G A T A G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G 0 P077 G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G 0 P078 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G T C G D I G C A G T T T A C T G T G T C T C C G G A A G A I T T A T D G A G C A I A G T G A T A 0 P079 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G 0 P080 G 2 G C C A I D G G A G T C C A C C T T T C C C G G G A G A G G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G A 4 G T C A D I G G G A T C C A C C G T T C C C G G G A G A G G I T C A T D A C G C A D G A G G G C G 0 P081 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G G G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P082 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P083 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G [C] I A C G T A D G A G G G T G 0 P084 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P085 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G A G T G 0 P086 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G A G T G 0 P087 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 4 C T G A D I G G G A G C C G A C G T G C C T C G G G A G G G I C T G C I A C G T A D G A G G G T G 0 P088 G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G G 1 G C C A I D G G A G T C C A C C T A T C C C G G G A A A G G D T T A T D A C A C A D A A G G G T G 0 P089 A 4 G T C A D I G G G A T C C A C C G T T C C C C G G G A G G G I C T G T I A C G T A D G A G G G C G A 4 G T C A D I G G G A T C C A C C G T T C C [T] C G G G A G G G I C T G T I A C G T A D G A G G G C G 0 P090 G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G G 2 G T C A D I T G A G T C T A C C G T G T T T C C A G A A A G I T C A T D A C G C G D G A G G G C G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 = 1 ? C = = I D G ? ? = = = C = = = T A T C C ? G G ? A = = G = D = T = = = = = A = ? ? ? = = = = T = = 2 ? T = = D I T ? ? = = = T = = = G T G T T ? C C ? G = = A = I = C = = = = = G = ? ? ? = = = = C = 0 P002 ? ? ? = = = I D = = A G = = = = = = T A T = = C G = = A A = = = D = = = = = = = ? ? = = ? = ? A = = = ? ? ? = = = D I = = G A = = = = = = G T G = = T C = = G G = = = I = = = = = = = ? ? = = ? = ? G = = = 0 P003 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = ? ? = ? ? = = = = = = A = = = A = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = ? ? = ? ? = = = = = = G = = = G = = = = = = 0 P004 = 1 ? C = = I D G = = = = = C = = = T ? T C C ? G G G A = = G = D = T = = = = = A ? = = ? = = = = T = = 2 ? T = = D I T = = = = = T = = = G ? G T T ? C C A G = = A = I = C = = = = = G ? = = ? = = = = C = 0 P005 = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = 0 P006 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = A = = = 0 P007 = 1 ? = = G = = G C = = = T = = = T = = = = C ? = = ? ? = = G A = = T = = = G A ? ? A I A G T = ? T A = 2 ? = = A = = T G = = = C = = = C = = = = T ? = = ? ? = = A G = = C = = = A C ? ? G D G A G = ? C G 0 P008 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? 0 P009 = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? ? ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? ? ? = = 0 P010 = 1 ? ? C = I D = = A G T = = A C = T A T = = C G = = A = ? ? = D T = A T D = = ? ? = = A = = = = = = = 4 ? ? G = D I = = G A G = = G A = G T G = = T C = = G = ? ? = I C = G C I = = ? ? = = G = = = = = = 0 P011 = ? ? ? C = I D = = A G T = = A C = T A T = = C G = = A = ? = = D T = A T D = = A C = = A = = = = = = = ? ? ? G = D I = = G A G = = G A = G T G = = T C = = G = ? = = I C = G C I = = G T = = G = = = = = = 0 P012 = ? ? ? C = I D ? = A G T = = A C = T A T = = C G = = A = A = = D T = A T D = = A ? = = A = = = = = = = ? ? ? G = D I ? = G A G = = G A = G T G = = T C = = G = G = = I C = G C I = = G ? = = G = = = = = = 0 P013 = ? ? ? = = I D G = = = = = C = = = T A T C C C G G G A = = G = ? = ? = = = = = A = A = A = = = = T = = ? ? ? = = D I T = = = = = T = = = G T G T T T C C A G = = A = ? = ? = = = = = G = G = G = = = = C = 0 P014 = 1 ? = = G = = G C = = = T = = = T = = = = C = = = G = = = G A = = T = = = G A = ? = I ? G T = A ? A = 2 ? = = A = = T G = = = C = = = C = = = = T = = = A = = = A G = = C = = = A C = ? = D ? A G = G ? G 0 P015 = = ? C = A I D ? G = = = C ? = = ? T ? T C = C G G ? ? = ? ? G ? = = = = = A C A ? = D = A G A G = G = = ? T = G D I ? C = = = T ? = = ? G ? G T = T C C ? ? = ? ? A ? = = = = = G A G ? = I = G T G A = A 0 P016 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 P017 = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = A ? ? ? ? = ? ? ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = G ? ? ? ? = ? ? ? = = 0 P018 G 1 ? = = G = = = C A G = T T = = T = = G T = T C C = G A = = A = = T = = = G A = = = I A G T = A T A A 4 ? = = A = = = G G A = C C = = C = = T C = C G G = A G = = G = = C = = = A C = = = D G A G = G C G 0 P019 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 P020 = 1 ? ? = = I D G = = = = = C = = = T A T C C ? G G G A = = G = D = T = = = = = A = A = A = = = = T ? = 2 ? ? = = D I T = = = = = T = = = G T G T T ? C C A G = = A = I = C = = = = = G = G = G = = = = C ? 0 P021 = 1 ? C = = I D G = = = = = C = = = T A T C C ? G G ? ? = = G = D = T ? = = = = ? ? ? ? ? = = = = T ? = 2 ? T = = D I T = = = = = T = = = G T G T T ? C C ? ? = = A = I = C ? = = = = ? ? ? ? ? = = = = C ? 0 P022 = = = ? = = I D G = = = = = C = = = T A T C = C G G = A = = = = D = = = = = A C A ? = D = A G = G = = = = = ? = = D I T = = = = = T = = = G T G T = T C C = G = = = = I = = = = = G A G ? = I = G T = A = = 0 P023 = 2 G = C = = = T = A G T = ? ? ? ? = = = T T = = C A = = A A ? = T C ? T D = = = ? G = = = = = = C = = 4 C = G = = = G = G A G = ? ? ? ? = = = C C = = G G = = G G ? = C T ? C I = = = ? A = = = = = = T = 0 P024 = 1 = C = = I D ? = = = = = C = = = T ? T C C ? G G G A = = G = D = T = = = = = A ? A = A = = = = T = = 2 = T = = D I ? = = = = = T = = = G ? G T T ? C C A G = = A = I = C = = = = = G ? G = G = = = = C = 0 P025 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = 0 P026 G 1 = ? = = ? ? ? = A G = = = = = = T A T = ? C G = = A A = = = D = = = = = = = A = = = = = = = = = = A 4 = ? = = ? ? ? = G A = = = = = = G T G = ? T C = = G G = = = I = = = = = = = G = = = = = = = = = = 0 P027 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 P028 = = ? ? = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 P029 G 2 ? C = = I D ? = A G = = = = = = T = = = = = G = = A = ? ? = ? = C = = = = = = ? = = = = = = = C = A 4 ? T = = D I ? = G A = = = = = = G = = = = = C = = G = ? ? = ? = T = = = = = = ? = = = = = = = T = 0 P030 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P031 = ? ? = = = = = = = = = = = C = = = ? ? = = = = = = G A = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = T = = = ? ? = = = = = = A G = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = 0 P032 = 1 = = = = = = = = = = = = = ? = ? = ? = = = = = = = = A = = = D = T = = = = = A ? = = A = = = ? T ? = 2 = = = = = = = = = = = = = ? = ? = ? = = = = = = = = G = = = I = C = = = = = G ? = = G = = = ? C ? 0 P033 ? ? ? ? = A I D = G = = = C C = = C T ? T C = ? G G ? ? = ? ? G D ? = = = = A C ? ? ? ? = A G = G = G ? ? ? ? = G D I = C = = = T T = = T G ? G T = ? C C ? ? = ? ? A I ? = = = = G A ? ? ? ? = G T = A = A 0 P034 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 P035 = 2 ? = C = = = T = A G T = T A C = = = = T T = = C A = = A A = = T C A T D = = = ? = = = = = = = C = = 4 ? = G = = = G = G A G = C G A = = = = C C = = G G = = G G = = C T G C I = = = ? = = = = = = = T = 0 P036 = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = ? = 0 P037 = 1 = ? = = I D G = = = = = C = = = T A T C C C G G G A = = G = D = T = = = = = A = = = A = = A = T = = 2 = ? = = D I T = = = = = T = = = G T G T T T C C A G = = A = I = C = = = = = G = = = G = = G = C = 0 P038 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 P039 = 1 ? T = G D I = C = = = T T = = T G = G T = T C C = G A = = A = = T = = = G A = = = I A G T = A T A = 2 ? C = A I D = G = = = C C = = C T = T C = C G G = A G = = G = = C = = = A C = = = D G A G = G C G 0 P040 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P041 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P042 = = ? C = = I D ? = = = ? ? C = = = T = T C C ? G G G A G = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? T = = D I ? = = = ? ? T = = = G = G T T ? C C A G A = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P043 = = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? 0 P044 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P045 = ? ? ? = A I D = G = = = C C = = C T A T C = C G G ? ? = = = G D = = = = = A C A = = D ? A G A G = ? = ? ? ? = G D I = C = = = T T = = T G T G T = T C C ? ? = = = A I = = = = = G A G = = I ? G T G A = ? 0 P046 = 1 ? ? C = I D = = A G T = ? A ? ? T A T = = C G = = A = A = = D T = A T D = = A C = = A = = = = = ? = 4 ? ? G = D I = = G A G = ? G ? ? G T G = = T C = = G = G = = I C = G C I = = G T = = G = = = = = ? 0 P047 G 2 = = = = = = T = A G ? = ? ? ? ? = ? = T ? = = C A = A = A = = = C = = = = = = = G = G = = = = C = A 4 = = = = = = G = G A ? = ? ? ? ? = ? = C ? = = G G = G = G = = = T = = = = = = = A = A = = = = T = 0 P048 = 1 = C = = I D G = = = = = C = = = T A T C C C G G G A = = G = D = T = = = = = A = = = ? = = = = T = = 2 = T = = D I T = = = = = T = = = G T G T T T C C A G = = A = I = C = = = = = G = = = ? = = = = C = 0 P049 = ? = = = = I D ? = = = = = C = = = T A T C C C G G G A = = G ? D ? ? = = = = = A = = = A = = = = T = = ? = = = = D I ? = = = = = T = = = G T G T T T C C A G = = A ? I ? ? = = = = = G = = = G = = = = C = 0 P050 G 1 = ? = = I D = = A G = = = = = = T A = = ? = G = = A A ? ? = D = = = = = = = A = = = A = = = = = = A 4 = ? = = D I = = G A = = = = = = G T = = ? = C = = G G ? ? = I = = = = = = = G = = = G = = = = = = 0 P051 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = 0 P052 = = = ? = A ? ? ? G = ? = C C = = C T A T C ? C G G = A = = = G D = = = = = A C A = = D = A G = G = ? = = = ? = G ? ? ? C = ? = T T = = T G T G T ? T C C = G = = = A I = = = = = G A G = = I = G T = A = ? 0 P053 = = = ? = A I D ? G = = = C C ? = C T A T C = C G G = A = = = G D = = = = = A C A = = D = A G = G = G = = = ? = G D I ? C = = = T T ? = T G T G T = T C C = G = = = A I = = = = = G A G = = I = G T = A = A 0 P054 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P055 = 2 G = C = = = G = G A G = C G A = = ? = C C = = G G = = G G = = C T G C I = = = ? A = = = = = = T = = 4 C = G = = = T = A G T = T A C = = ? = T T = = C A = = A A = = T C A T D = = = ? G = = = = = = C = 0 P056 = ? ? = C = I D = = A G ? ? = A C = T A T = = C G = = A = A = = D T = A T D = = A C = = A = = = = = ? = ? ? = G = D I = = G A ? ? = G A = G T G = = T C = = G = G = = I C = G C I = = G T = = G = = = = = ? 0 P057 = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = A = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = A ? ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = T = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = G ? ? ? ? = = = = = = 0 P058 = ? ? = C = I D = = A G T = = A C = T A T = = C G = = A = A = = D ? ? A T D = = A C = = A = = = = = ? = ? ? = G = D I = = G A G = = G A = G T G = = T C = = G = G = = I ? ? G C I = = G T = = G = = = = = ? 0 P059 = 1 ? ? = = I D ? = = = = = C = = = T A T C C ? G G G A = ? G = D = T = = = = = A = = = A = = = = T ? = 2 ? ? = = D I ? = = = = = T = = = G T G T T ? C C A G = ? A = I = C = = = = = G = = = G = = = = C ? 0 P060 = ? G = C G = = = C A G ? T T A C T = = = T = = = C = = = A = A = T = A T D G A = C = I A G T = A = ? = ? C = G A = = = G G A ? C C G A C = = = C = = = G = = = G = G = C = G C I A C = T = D G A G = G = ? 0 P061 G 1 = ? = = I D = = A G = ? = = = = T A = = = = = = = = A ? = = D = T = = = = = A = = = A = = = = T = A 4 = ? = = D I = = G A = ? = = = = G T = = = = = = = = G ? = = I = C = = = = = G = = = G = = = = C = 0 P062 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P063 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = 0 P064 G ? = ? = = I D = = A G = = = = = = T A = = = = = = = A A ? ? = D = = = = = = = A = = = A = = = = = ? A ? = ? = = D I = = G A = = = = = = G T = = = = = = = G G ? ? = I = = = = = = = G = = = G = = = = = ? 0 P065 = 1 G ? C = I D = = A G T = = A C = T A T = = C G = = A = A = = D T = A = D = = A C ? ? ? = = = = = = = 4 C ? G = D I = = G A G = = G A = G T G = = T C = = G = G = = I C = G = I = = G T ? ? ? = = = = = = 0 P066 = 1 = C = = I D ? = = = = = C = = = T A T C C C G G G A = = G = D = T = = = = = A = A = A = = = = T = = 2 = T = = D I ? = = = = = T = = = G T G T T T C C A G = = A = I = C = = = = = G = G = G = = = = C = 0 P067 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P068 = 1 = ? = = I D G = = = ? = C = = = T A T C C ? G G G A = = G = D = T = = = = = A = A = A = = = = T = = 2 = ? = = D I T = = = ? = T = = = G T G T T ? C C A G = = A = I = C = = = = = G = G = G = = = = C = 0 P069 = 1 = C = = I D G = = = ? = C = = = T A T C C C G G G A = = G = D = T = = = = = A = A = A = = = = T = = 2 = T = = D I T = = = ? = T = = = G T G T T T C C A G = = A = I = C = = = = = G = G = G = = = = C = 0 P070 = 1 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 2 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P071 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P072 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = 0 P073 = ? ? = C = I D = = A G T = = A C = T A T = = C G = = A = A = = D T = A T D = = ? ? = = A ? ? ? ? = = = ? ? = G = D I = = G A G = = G A = G T G = = T C = = G = G = = I C = G C I = = ? ? = = G ? ? ? ? = = 0 P074 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P075 = = = C = A I D = G = = = C C = = C T A T C = ? G G ? A = ? ? G ? ? = = = = A C A = ? ? ? A G A G = G = = = T = G D I = C = = = T T = = T G T G T = ? C C ? G = ? ? A ? ? = = = = G A G = ? ? ? G T G A = A 0 P076 = 1 = = = G = = G C = = = T = = = T = = = = C = = = G = = = G A = = T = = = G A = = A I A G T = A T A = 2 = = = A = = T G = = = C = = = C = = = = T = = = A = = = A G = = C = = = A C = = G D G A G = G C G 0 P077 = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P078 = = = C = A I D ? G = = = C C = = C T A T C = C G G = A = = = G D = = = = = A C A = = D = A G = G = G = = = T = G D I ? C = = = T T = = T G T G T = T C C = G = = = A I = = = = = G A G = = I = G T = A = A 0 P079 = 1 ? C = = I D ? = = = ? = C = = = T A T C C C G G G A = = G = D = T = = = = = A = A = A = = = = T = = 2 ? T = = D I ? = = = ? = T = = = G T G T T T C C A G = = A = I = C = = = = = G = G = G = = = = C = 0 P080 G 2 = C = = I D = = A G = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? A 4 = T = = D I = = G A = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 P081 = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 P082 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P083 = 1 G C C = I D = = A G T = = A C = T A T = ? C G = = A = A = = ? ? = A ? D = = A C = = A = = = = = = = 4 C T G = D I = = G A G = = G A = G T G = ? T C = = G = G = = ? ? = G ? I = = G T = = G = = = = = = 0 P084 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P085 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = A = = = 0 P086 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = 0 P087 = 1 G C C = I D = = A G T = = A C = T A T = = C G = = A = A = = D T = A T D = = A C = = A = = = = = = = 4 C T G = D I = = G A G = = G A = G T G = = T C = = G = G = = I C = G C I = = G T = = G = = = = = = 0 P088 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 0 P089 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 P090 = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = ? ? ? = = = = 1.00 = ? ? ? = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = ? ? = = ? = ? 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? = ? ? = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 ? = = ? = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = 1.00 ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 ? = = ? ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? ? ? = = = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = ? = ? = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 ? = = ? 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? = ? ? 1.00 ? = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 0.94 1.00 = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? ? = ? ? ? = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 ? = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? = = = = ? ? ? ? ? = = = = 1.00 ? = = = ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? ? = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = 1.00 1.00 = ? = = ? ? ? = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? ? = ? = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? ? = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = ? = ? = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 ? = = 1.00 = = = ? 1.00 ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 ? ? = ? ? 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 1.00 ? ? ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = 1.00 = ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = = ? ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 0.93 1.00 = ? = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = ? ? ? ? = ? = 1.00 ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = ? = = = = 1.00 = = ? = = = = 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 ? ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 ? ? ? 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? = = = ? = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = = = = = = 1.00 = = ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = ? = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? ? ? = = = = = = = ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = ? = 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 ? = ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 = ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 ? = ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? ? = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = = 1.00 ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 ? 1.00 = ? ? 1.00 ? ? = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 0.93 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 ? = = = ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = ? ? = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = END PHASEPROBS