Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop hz 000088 A 0.01 G 0.99 0.01 000520 T 0.05 C 0.95 0.09 000779 A 0.02 G 0.98 0.03 000812 - 0.01 + 0.99 0.01 001012 A 0.03 G 0.97 0.05 001014 T 0.02 C 0.98 0.03 001139 G 0.01 C 0.99 0.02 001548 C 0.01 G 0.99 0.01 001586 C 0.02 T 0.98 0.04 001631 G 0.01 C 0.99 0.01 001691 A 0.01 T 0.99 0.01 001722 T 0.21 C 0.79 0.33 001822 G 0.03 C 0.97 0.07 002142 T 0.02 C 0.98 0.05 002506 T 0.02 C 0.98 0.03 002535 T 0.05 C 0.95 0.09 002578 G 0.02 A 0.98 0.04 003085 G 0.01 C 0.99 0.01 003138 A 0.01 G 0.99 0.01 003552 A 0.01 C 0.99 0.02 003901 T 0.25 C 0.75 0.38 004086 A 0.01 G 0.99 0.01 004247 G 0.06 T 0.94 0.12 004253 A 0.01 C 0.99 0.01 004419 T 0.01 C 0.99 0.01 004513 T 0.05 A 0.95 0.10 004896 T 0.01 C 0.99 0.01 004914 G 0.01 A 0.99 0.02 005120 A 0.05 G 0.95 0.09 005161 T 0.01 C 0.99 0.02 005181 C 0.01 T 0.99 0.01 005357 G 0.05 T 0.95 0.09 005996 T 0.05 C 0.95 0.10 006242 T 0.01 C 0.99 0.02 006800 T 0.01 C 0.99 0.01 007256 G 0.02 A 0.98 0.03 007615 G 0.01 T 0.99 0.01 008089 C 0.01 A 0.99 0.02 008660 A 0.01 G 0.99 0.01 008691 G 0.02 A 0.98 0.03 009015 C 0.02 A 0.98 0.04 009497 T 0.03 G 0.97 0.06 010263 C 0.39 T 0.61 0.48 010355 T 0.19 A 0.81 0.31 010589 C 0.40 T 0.60 0.48 010785 A 0.01 G 0.99 0.01 010856 A 0.02 G 0.98 0.03 011057 A 0.01 C 0.99 0.01 011254 A 0.01 G 0.99 0.01 011427 A 0.01 G 0.99 0.02 011569 T 0.08 G 0.92 0.15 011573 A 0.01 G 0.99 0.01 012253 G 0.01 A 0.99 0.01 012478 G 0.13 C 0.87 0.22 012678 G 0.01 A 0.99 0.01 012869 G 0.05 T 0.95 0.09 013140 T 0.27 C 0.73 0.39 013187 A 0.01 G 0.99 0.01 013313 C 0.03 G 0.97 0.05 013317 T 0.01 C 0.99 0.01 013318 G 0.01 A 0.99 0.02 013497 C 0.01 T 0.99 0.01 Note: pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000812: A