Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Total-hz 000188 C 0.01 T 0.99 0.01 000195 G 0.23 C 0.77 0.35 000273 G 0.03 A 0.97 0.05 000282 A 0.03 G 0.97 0.07 000705 T 0.19 C 0.81 0.31 000861 C 0.04 T 0.96 0.08 001032 G 0.01 T 0.99 0.01 001147 C 0.19 G 0.81 0.30 001149 A 0.01 G 0.99 0.01 001404 C 0.03 G 0.97 0.05 001691 T 0.03 G 0.97 0.06 001815 T 0.01 A 0.99 0.02 001953 A 0.01 C 0.99 0.01 001993 A 0.03 G 0.97 0.05 001999 A 0.01 T 0.99 0.01 002041 G 0.03 A 0.97 0.05 002091 C 0.03 T 0.97 0.05 002690 C 0.02 A 0.98 0.04 002691 A 0.06 G 0.94 0.10 002701 G 0.01 C 0.99 0.01 002772 T 0.01 A 0.99 0.02 003135 G 0.01 A 0.99 0.01 003371 A 0.03 G 0.97 0.06 003420 C 0.01 T 0.99 0.01 003471 C 0.01 A 0.99 0.01 012470 A 0.01 G 0.99 0.01 012550 C 0.03 G 0.97 0.05 012850 A 0.03 G 0.97 0.06 012919 A 0.01 G 0.99 0.01 013115 T 0.01 C 0.99 0.01 013324 T 0.04 C 0.96 0.08 013354 T 0.01 C 0.99 0.02 013821 A 0.01 G 0.99 0.02 013893 A 0.14 T 0.86 0.24 013998 G 0.02 T 0.98 0.04 013999 A 0.02 T 0.98 0.04 014248 A 0.33 G 0.67 0.44 014851 - 0.02 + 0.98 0.04 015067 A 0.03 G 0.97 0.05 015115 A 0.01 G 0.99 0.01 015228 C 0.09 T 0.91 0.16 015295 + 0.11 - 0.89 0.20 015450 A 0.01 G 0.99 0.01 015781 G 0.04 A 0.96 0.07 016382 G 0.03 T 0.97 0.05 016626 C 0.15 T 0.85 0.26 017180 A 0.22 G 0.78 0.34 017419 C 0.05 T 0.95 0.10 017928 A 0.01 C 0.99 0.01 018075 G 0.01 A 0.99 0.02 018201 T 0.02 C 0.98 0.04 018216 G 0.13 A 0.87 0.23 018663 A 0.03 G 0.97 0.05 018726 C 0.01 G 0.99 0.01 018974 T 0.04 G 0.96 0.08 019498 T 0.03 C 0.97 0.05 019677 T 0.11 C 0.89 0.19 019963 G 0.03 T 0.97 0.05 020098 G 0.02 A 0.98 0.04 020207 A 0.10 G 0.90 0.17 020361 + 0.18 - 0.82 0.29 020500 G 0.01 A 0.99 0.01 020587 G 0.01 A 0.99 0.01 021033 C 0.01 T 0.99 0.02 021037 G 0.06 T 0.94 0.11 021184 A 0.01 G 0.99 0.02 021287 C 0.11 G 0.89 0.20 021622 C 0.03 T 0.97 0.05 022452 C 0.01 T 0.99 0.02 022721 A 0.20 G 0.80 0.32 022985 G 0.01 A 0.99 0.01 023003 A 0.16 G 0.84 0.28 024093 G 0.01 A 0.99 0.03 024131 - 0.01 + 0.99 0.01 024350 G 0.20 A 0.80 0.32 024423 G 0.01 A 0.99 0.01 024469 A 0.01 G 0.99 0.01 024628 C 0.03 T 0.97 0.06 024645 T 0.01 C 0.99 0.02 024675 C 0.01 G 0.99 0.01 024896 A 0.03 G 0.97 0.05 025135 G 0.17 A 0.83 0.28 025232 C 0.33 T 0.67 0.44 025785 A 0.01 C 0.99 0.02 025805 A 0.03 G 0.97 0.05 025930 C 0.03 G 0.97 0.06 025953 A 0.36 C 0.64 0.46 026246 C 0.01 G 0.99 0.01 026644 T 0.01 C 0.99 0.01 026675 T 0.03 A 0.97 0.05 026925 A 0.03 G 0.97 0.05 026943 G 0.01 A 0.99 0.01 026967 T 0.03 C 0.97 0.05 027390 A 0.02 C 0.98 0.04 027411 A 0.11 G 0.89 0.19 029048 T 0.15 C 0.85 0.25 029072 T 0.11 C 0.89 0.19 029313 C 0.04 T 0.96 0.08 029362 T 0.01 C 0.99 0.01 029581 G 0.05 A 0.95 0.10 029784 A 0.22 G 0.78 0.35 029969 T 0.03 C 0.97 0.06 029977 T 0.01 C 0.99 0.01 030096 C 0.01 T 0.99 0.02 030220 G 0.01 T 0.99 0.01 030223 T 0.14 C 0.86 0.24 030608 T 0.04 C 0.96 0.08 030745 C 0.11 T 0.89 0.20 031096 T 0.01 C 0.99 0.02 031323 G 0.01 A 0.99 0.01 031399 T 0.04 C 0.96 0.07 032229 G 0.15 A 0.85 0.25 032238 T 0.01 C 0.99 0.01 032711 A 0.03 G 0.97 0.07 033932 C 0.12 A 0.88 0.22 034039 G 0.01 C 0.99 0.01 034070 A 0.27 C 0.73 0.39 034135 G 0.03 T 0.97 0.06 034284 C 0.03 T 0.97 0.06 034427 G 0.15 A 0.85 0.25 035677 C 0.21 A 0.79 0.33 036024 C 0.17 G 0.83 0.28 036656 A 0.01 G 0.99 0.01 037198 G 0.14 A 0.86 0.25 037245 T 0.01 C 0.99 0.01 037273 T 0.20 C 0.80 0.32 037517 A 0.01 G 0.99 0.02 037675 T 0.01 C 0.99 0.02 037804 A 0.01 G 0.99 0.02 037994 C 0.03 T 0.97 0.05 038035 A 0.15 G 0.85 0.26 038158 T 0.01 C 0.99 0.01 038754 - 0.03 + 0.97 0.06 038867 G 0.24 A 0.76 0.36 039199 T 0.01 G 0.99 0.01 039270 G 0.33 A 0.67 0.44 039579 T 0.01 C 0.99 0.01 039736 A 0.11 G 0.89 0.19 039817 T 0.02 C 0.98 0.04 041360 A 0.23 T 0.77 0.35 041406 A 0.01 G 0.99 0.01 041407 A 0.01 G 0.99 0.01 041414 C 0.05 T 0.95 0.10 041595 T 0.14 C 0.86 0.24 041776 C 0.03 A 0.97 0.05 041782 C 0.22 G 0.78 0.35 043185 A 0.01 G 0.99 0.01 043463 T 0.01 C 0.99 0.01 043562 G 0.01 A 0.99 0.01 043617 G 0.01 A 0.99 0.01 043821 T 0.01 A 0.99 0.01 044269 C 0.01 T 0.99 0.02 044749 + 0.01 - 0.99 0.01 045082 T 0.01 C 0.99 0.01 045131 A 0.01 C 0.99 0.01 045311 C 0.15 G 0.85 0.25 045316 T 0.04 C 0.96 0.08 045475 A 0.02 G 0.98 0.04 045925 G 0.01 A 0.99 0.01 046095 T 0.03 A 0.97 0.06 046216 A 0.03 G 0.97 0.05 046282 A 0.02 G 0.98 0.04 047461 T 0.01 G 0.99 0.02 047525 G 0.02 A 0.98 0.04 047944 G 0.02 A 0.98 0.03 048386 A 0.04 G 0.96 0.08 048699 G 0.01 A 0.99 0.01 050013 A 0.01 G 0.99 0.01 050369 C 0.03 T 0.97 0.07 050467 A 0.01 G 0.99 0.01 050541 A 0.01 G 0.99 0.01 050565 T 0.01 C 0.99 0.01 050568 A 0.01 G 0.99 0.01 050816 A 0.01 G 0.99 0.01 050866 + 0.14 - 0.86 0.25 050888 A 0.01 G 0.99 0.01 050925 T 0.03 C 0.97 0.05 051042 G 0.01 A 0.99 0.02 051095 A 0.01 G 0.99 0.02 051105 + 0.01 - 0.99 0.01 051204 A 0.19 G 0.81 0.31 051308 C 0.01 A 0.99 0.01 052592 A 0.01 G 0.99 0.02 053073 G 0.01 A 0.99 0.01 053141 C 0.01 T 0.99 0.01 053427 T 0.01 C 0.99 0.02 053436 T 0.01 G 0.99 0.01 053616 A 0.01 G 0.99 0.02 053764 G 0.03 A 0.97 0.07 054148 G 0.03 A 0.97 0.06 054500 A 0.01 G 0.99 0.01 054914 + 0.14 - 0.86 0.24 054940 A 0.01 G 0.99 0.01 055073 T 0.01 C 0.99 0.01 055194 + 0.19 - 0.81 0.31 055203 T 0.03 C 0.97 0.06 055246 T 0.03 A 0.97 0.06 055293 T 0.02 C 0.98 0.03 055599 C 0.14 T 0.86 0.24 056089 - 0.15 + 0.85 0.25 056135 T 0.03 C 0.97 0.07 056881 G 0.01 A 0.99 0.01 056956 C 0.01 T 0.99 0.01 057076 A 0.15 G 0.85 0.25 057234 A 0.22 G 0.78 0.34 057841 G 0.01 A 0.99 0.01 057878 A 0.01 G 0.99 0.01 057978 T 0.02 C 0.98 0.04 058116 A 0.03 G 0.97 0.06 058131 T 0.01 C 0.99 0.01 058168 T 0.01 C 0.99 0.01 058716 A 0.15 C 0.85 0.25 058939 A 0.12 G 0.88 0.21 060100 A 0.01 G 0.99 0.01 060263 A 0.01 G 0.99 0.01 060307 G 0.01 A 0.99 0.01 061013 T 0.05 G 0.95 0.10 061407 G 0.04 T 0.96 0.08 061476 C 0.09 G 0.91 0.17 061570 C 0.01 T 0.99 0.01 062550 C 0.03 G 0.97 0.06 062592 T 0.01 A 0.99 0.03 062633 A 0.01 G 0.99 0.01 063107 T 0.04 C 0.96 0.07 063135 A 0.01 G 0.99 0.01 063558 T 0.02 C 0.98 0.05 063684 C 0.01 T 0.99 0.02 063690 A 0.02 G 0.98 0.03 063825 C 0.03 T 0.97 0.06 064672 A 0.01 G 0.99 0.02 064795 G 0.15 A 0.85 0.25 065279 G 0.01 C 0.99 0.01 065620 C 0.35 T 0.65 0.46 065887 T 0.15 A 0.85 0.26 066178 G 0.35 A 0.65 0.46 066191 T 0.03 G 0.97 0.05 066328 A 0.25 G 0.75 0.38 066382 C 0.05 T 0.95 0.09 066643 A 0.04 G 0.96 0.07 066746 T 0.01 C 0.99 0.03 066780 T 0.01 C 0.99 0.03 066795 T 0.01 C 0.99 0.03 066890 T 0.05 A 0.95 0.09 067386 A 0.33 C 0.67 0.44 067685 C 0.01 A 0.99 0.02 067911 C 0.01 T 0.99 0.01 068248 G 0.09 A 0.91 0.17 068612 C 0.01 T 0.99 0.01 068687 T 0.01 C 0.99 0.01 068748 A 0.01 G 0.99 0.02 068806 G 0.32 A 0.68 0.43 069613 T 0.01 C 0.99 0.01 069931 G 0.01 C 0.99 0.02 069960 T 0.02 C 0.98 0.03 070165 G 0.01 A 0.99 0.01 070266 T 0.04 C 0.96 0.07 070290 - 0.06 + 0.94 0.12 070948 A 0.06 G 0.94 0.11 071187 G 0.13 A 0.87 0.23 071278 T 0.12 G 0.88 0.21 071334 A 0.01 G 0.99 0.01 072077 A 0.03 G 0.97 0.05 072184 C 0.35 T 0.65 0.45 072246 A 0.01 G 0.99 0.01 072253 T 0.05 C 0.95 0.09 072358 G 0.01 T 0.99 0.01 072383 T 0.01 C 0.99 0.01 072579 T 0.08 C 0.92 0.15 072580 A 0.01 G 0.99 0.01 073022 G 0.01 A 0.99 0.01 073067 C 0.01 A 0.99 0.01 073260 G 0.01 A 0.99 0.01 073313 + 0.03 - 0.97 0.07 073387 C 0.01 T 0.99 0.01 073412 A 0.01 G 0.99 0.01 073499 G 0.01 C 0.99 0.01 073502 T 0.03 C 0.97 0.05 073660 G 0.01 A 0.99 0.01 075368 G 0.05 C 0.95 0.10 075431 T 0.01 C 0.99 0.01 075873 T 0.06 C 0.94 0.11 076298 - 0.05 + 0.95 0.10 076575 A 0.01 G 0.99 0.03 076638 A 0.01 G 0.99 0.01 076749 + 0.01 - 0.99 0.01 076961 A 0.01 G 0.99 0.01 077111 T 0.01 C 0.99 0.02 077216 - 0.19 + 0.81 0.31 077278 A 0.01 G 0.99 0.01 077355 G 0.31 A 0.69 0.42 077589 - 0.03 + 0.97 0.07 077633 A 0.01 G 0.99 0.01 077830 C 0.05 G 0.95 0.09 077958 A 0.01 G 0.99 0.01 078112 C 0.27 G 0.73 0.39 078508 G 0.34 A 0.66 0.45 079103 A 0.10 C 0.90 0.18 079212 A 0.01 G 0.99 0.02 080142 G 0.01 T 0.99 0.01 080155 G 0.01 A 0.99 0.01 080164 G 0.01 C 0.99 0.01 080287 G 0.04 A 0.96 0.08 080808 T 0.01 C 0.99 0.01 081000 C 0.38 G 0.62 0.47 081145 T 0.01 C 0.99 0.01 081464 A 0.01 G 0.99 0.02 081475 G 0.18 A 0.82 0.30 081747 T 0.01 C 0.99 0.01 081910 A 0.06 G 0.94 0.11 081921 A 0.29 G 0.71 0.41 082123 A 0.01 G 0.99 0.01 082133 - 0.06 + 0.94 0.11 082201 T 0.01 C 0.99 0.03 082233 A 0.01 G 0.99 0.01 082272 T 0.02 C 0.98 0.04 082358 G 0.04 C 0.96 0.08 082401 C 0.01 T 0.99 0.01 082864 A 0.06 G 0.94 0.11 082967 G 0.07 C 0.93 0.13 084643 G 0.10 A 0.90 0.19 084845 T 0.01 C 0.99 0.02 084878 A 0.01 G 0.99 0.02 084881 G 0.01 A 0.99 0.01 085274 C 0.09 T 0.91 0.16 085482 G 0.01 T 0.99 0.02 085640 T 0.01 C 0.99 0.01 085760 A 0.33 G 0.67 0.44 085891 T 0.01 C 0.99 0.02 086057 T 0.01 C 0.99 0.02 086062 A 0.19 G 0.81 0.31 086139 A 0.01 G 0.99 0.01 086218 G 0.35 A 0.65 0.46 086426 T 0.01 G 0.99 0.01 086551 C 0.13 G 0.87 0.23 086693 A 0.02 G 0.98 0.04 086744 + 0.03 - 0.97 0.06 086761 A 0.05 G 0.95 0.10 086856 A 0.01 G 0.99 0.01 087351 T 0.01 A 0.99 0.01 088138 G 0.04 A 0.96 0.08 088180 T 0.01 C 0.99 0.02 088201 T 0.01 C 0.99 0.02 088202 A 0.03 G 0.97 0.06 089016 T 0.01 C 0.99 0.01 089017 G 0.35 A 0.65 0.46 089190 T 0.01 C 0.99 0.01 089246 G 0.03 A 0.97 0.06 089264 A 0.03 G 0.97 0.06 089896 T 0.01 G 0.99 0.01 089918 C 0.28 T 0.72 0.40 090022 G 0.34 A 0.66 0.45 Note: Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 014851: t 015295: TG 020361: T 024131: at 038754: g 044749: GGGTC 050866: a 051105: TG 054914: AGCT 055194: AA 056089: t 070290: c 073313: t 076298: c 076749: ggggtgccgagg 077216: tttattttcttt 077589: ga 082133: tcacgcggggtgggtggcgagggtcccc 086744: G