Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Total-hz 000123 T 0.01 G 0.99 0.01 000231 A 0.44 G 0.56 0.49 000444 A 0.01 T 0.99 0.01 000486 T 0.01 C 0.99 0.01 000590 T 0.01 C 0.99 0.01 000613 C 0.46 T 0.54 0.50 000737 A 0.47 C 0.53 0.50 000759 T 0.01 C 0.99 0.03 001040 C 0.01 T 0.99 0.01 001131 C 0.01 G 0.99 0.03 001133 - 0.08 + 0.92 0.14 001484 A 0.01 T 0.99 0.02 001520 G 0.01 T 0.99 0.01 001659 T 0.01 C 0.99 0.01 001678 T 0.01 C 0.99 0.02 001758 - 0.28 + 0.72 0.40 002271 T 0.01 C 0.99 0.01 002328 A 0.01 T 0.99 0.01 002562 T 0.01 C 0.99 0.01 002735 A 0.01 G 0.99 0.01 002884 T 0.01 C 0.99 0.01 017595 C 0.49 T 0.51 0.50 017600 T 0.14 C 0.86 0.23 017651 G 0.07 A 0.93 0.14 017727 G 0.01 T 0.99 0.02 017794 T 0.14 C 0.86 0.24 017939 C 0.36 T 0.64 0.46 018054 A 0.01 G 0.99 0.01 018299 T 0.36 C 0.64 0.46 018416 T 0.13 C 0.87 0.23 018489 G 0.08 C 0.92 0.15 018613 G 0.05 C 0.95 0.10 018634 T 0.08 C 0.92 0.15 018813 T 0.01 C 0.99 0.02 018852 C 0.01 T 0.99 0.01 018900 T 0.01 G 0.99 0.01 018955 G 0.02 A 0.98 0.04 019233 C 0.01 T 0.99 0.01 019427 A 0.01 G 0.99 0.02 019488 T 0.01 C 0.99 0.02 019583 A 0.26 G 0.74 0.38 019736 C 0.09 T 0.91 0.17 019759 T 0.31 C 0.69 0.43 019812 T 0.09 G 0.91 0.17 019815 G 0.10 C 0.90 0.17 022807 T 0.06 C 0.94 0.11 022996 T 0.01 G 0.99 0.01 023019 G 0.01 A 0.99 0.02 023021 C 0.01 G 0.99 0.01 023109 C 0.01 T 0.99 0.01 023113 G 0.37 C 0.63 0.47 023133 C 0.01 T 0.99 0.01 023148 A 0.03 T 0.97 0.05 023295 T 0.08 C 0.92 0.14 023331 G 0.01 A 0.99 0.01 023358 G 0.01 A 0.99 0.01 024333 G 0.11 A 0.89 0.20 024379 A 0.01 C 0.99 0.01 024452 A 0.01 G 0.99 0.01 024652 T 0.01 C 0.99 0.01 024653 A 0.01 G 0.99 0.02 024817 C 0.01 A 0.99 0.01 025004 T 0.01 C 0.99 0.02 025203 A 0.21 G 0.79 0.33 025394 C 0.14 G 0.86 0.24 025469 T 0.13 C 0.87 0.22 025827 - 0.13 + 0.87 0.23 025959 T 0.08 A 0.92 0.15 026066 G 0.02 T 0.98 0.03 026115 T 0.01 C 0.99 0.01 026121 G 0.01 A 0.99 0.01 032668 T 0.01 C 0.99 0.02 032690 A 0.01 T 0.99 0.01 032755 T 0.01 C 0.99 0.01 032874 T 0.40 C 0.60 0.48 033116 A 0.01 C 0.99 0.02 033148 C 0.01 T 0.99 0.01 033200 T 0.38 C 0.62 0.47 033445 T 0.28 C 0.72 0.40 033637 A 0.27 G 0.73 0.40 033871 C 0.38 T 0.62 0.47 033878 T 0.12 C 0.88 0.22 033879 G 0.01 A 0.99 0.02 034030 A 0.06 C 0.94 0.11 034120 T 0.21 C 0.79 0.33 034144 T 0.06 C 0.94 0.11 034154 A 0.06 G 0.94 0.11 034581 T 0.01 C 0.99 0.02 034601 G 0.03 A 0.97 0.05 034837 A 0.01 C 0.99 0.01 034913 A 0.01 G 0.99 0.01 035258 T 0.01 C 0.99 0.01 035456 G 0.12 A 0.88 0.21 035476 A 0.04 G 0.96 0.08 035505 G 0.13 T 0.87 0.23 035519 C 0.36 T 0.64 0.46 035583 - 0.01 + 0.99 0.02 035586 G 0.04 A 0.96 0.08 035665 A 0.21 G 0.79 0.34 035680 G 0.37 A 0.63 0.47 035763 A 0.13 G 0.87 0.23 035989 G 0.34 A 0.66 0.45 036134 G 0.08 T 0.92 0.15 046918 C 0.04 T 0.96 0.07 046967 T 0.22 C 0.78 0.34 046972 G 0.01 C 0.99 0.01 047080 A 0.01 C 0.99 0.01 047691 G 0.32 A 0.68 0.43 057532 G 0.10 A 0.90 0.17 057611 T 0.38 C 0.62 0.47 057647 T 0.01 C 0.99 0.01 057659 T 0.01 G 0.99 0.02 057725 T 0.01 C 0.99 0.01 057737 C 0.03 T 0.97 0.06 057792 A 0.45 T 0.55 0.49 058335 A 0.08 G 0.92 0.15 058505 A 0.30 G 0.70 0.42 058563 G 0.01 T 0.99 0.02 058722 T 0.35 C 0.65 0.45 058744 T 0.01 A 0.99 0.01 058746 T 0.01 G 0.99 0.01 058936 T 0.01 C 0.99 0.02 059479 T 0.24 C 0.76 0.37 059613 A 0.08 G 0.92 0.15 059814 A 0.04 G 0.96 0.07 062672 A 0.10 G 0.90 0.17 062811 T 0.08 G 0.92 0.15 062822 A 0.14 G 0.86 0.24 062931 A 0.02 G 0.98 0.03 063008 T 0.16 C 0.84 0.26 063066 C 0.09 A 0.91 0.17 063278 G 0.05 A 0.95 0.09 063347 T 0.01 C 0.99 0.01 063391 G 0.01 T 0.99 0.01 063739 G 0.25 A 0.75 0.38 063784 G 0.01 A 0.99 0.02 063803 G 0.01 A 0.99 0.01 063814 T 0.01 G 0.99 0.01 063815 T 0.01 C 0.99 0.01 063830 T 0.45 C 0.55 0.50 064079 C 0.01 G 0.99 0.01 064111 A 0.23 G 0.77 0.36 064144 G 0.01 A 0.99 0.01 064209 C 0.09 T 0.91 0.16 064391 A 0.01 G 0.99 0.01 064411 T 0.45 C 0.55 0.49 064534 T 0.45 C 0.55 0.49 064538 C 0.04 T 0.96 0.07 064674 G 0.30 A 0.70 0.42 064741 C 0.01 G 0.99 0.01 066260 A 0.04 G 0.96 0.08 066297 A 0.31 C 0.69 0.43 066314 C 0.19 T 0.81 0.30 066423 T 0.14 G 0.86 0.24 066793 C 0.01 T 0.99 0.01 066919 C 0.24 T 0.76 0.36 066949 A 0.10 G 0.90 0.17 067082 G 0.01 T 0.99 0.02 067228 + 0.01 - 0.99 0.01 067517 A 0.09 G 0.91 0.16 067583 G 0.01 C 0.99 0.01 067681 T 0.08 G 0.92 0.15 067804 A 0.43 T 0.57 0.49 067865 C 0.10 T 0.90 0.18 067894 C 0.43 T 0.57 0.49 067895 A 0.09 G 0.91 0.17 067953 A 0.39 G 0.61 0.47 068047 T 0.10 C 0.90 0.17 068099 C 0.10 T 0.90 0.18 068239 G 0.34 A 0.66 0.45 068383 T 0.43 C 0.57 0.49 068385 T 0.01 C 0.99 0.02 068418 C 0.06 G 0.94 0.12 068428 A 0.01 G 0.99 0.02 068440 T 0.05 C 0.95 0.09 068470 A 0.01 G 0.99 0.01 068501 T 0.01 G 0.99 0.01 068579 A 0.08 G 0.92 0.15 068603 T 0.01 A 0.99 0.02 076631 G 0.46 C 0.54 0.50 077019 T 0.01 C 0.99 0.02 077278 T 0.11 G 0.89 0.19 077451 G 0.42 A 0.58 0.49 077566 T 0.10 A 0.90 0.17 077604 T 0.05 A 0.95 0.10 077784 A 0.13 G 0.87 0.23 081851 G 0.47 A 0.53 0.50 081864 T 0.01 C 0.99 0.02 081893 C 0.47 G 0.53 0.50 081898 A 0.01 G 0.99 0.02 081969 T 0.02 C 0.98 0.03 082046 T 0.08 C 0.92 0.15 082149 A 0.01 G 0.99 0.01 082296 A 0.05 G 0.95 0.10 082576 G 0.01 A 0.99 0.02 082580 C 0.14 T 0.86 0.24 082637 A 0.10 G 0.90 0.18 082689 G 0.01 C 0.99 0.02 082776 + 0.01 - 0.99 0.02 082837 + 0.49 - 0.51 0.50 082919 T 0.49 G 0.51 0.50 083144 T 0.01 G 0.99 0.01 083210 A 0.01 G 0.99 0.01 083247 T 0.01 G 0.99 0.02 083320 C 0.47 T 0.53 0.50 083321 A 0.47 G 0.53 0.50 083330 T 0.23 C 0.77 0.35 083362 G 0.01 A 0.99 0.02 083475 T 0.01 C 0.99 0.01 083578 T 0.41 C 0.59 0.49 083612 G 0.47 A 0.53 0.50 083653 T 0.01 C 0.99 0.01 083739 G 0.47 A 0.53 0.50 085312 G 0.47 T 0.53 0.50 085410 A 0.47 G 0.53 0.50 085461 G 0.01 A 0.99 0.02 085481 T 0.23 C 0.77 0.35 085511 T 0.01 C 0.99 0.01 085528 T 0.47 C 0.53 0.50 085537 C 0.23 T 0.77 0.35 085542 T 0.32 C 0.68 0.43 085549 T 0.47 G 0.53 0.50 085552 G 0.01 C 0.99 0.02 085558 G 0.47 A 0.53 0.50 085754 C 0.09 T 0.91 0.17 085806 G 0.01 A 0.99 0.01 085840 T 0.01 G 0.99 0.02 086189 A 0.25 G 0.75 0.37 086233 + 0.23 - 0.77 0.35 086365 T 0.23 C 0.77 0.35 086440 G 0.43 T 0.57 0.49 086548 A 0.23 C 0.77 0.35 086612 A 0.01 G 0.99 0.01 091914 A 0.33 G 0.67 0.44 092116 T 0.01 C 0.99 0.01 092319 T 0.01 C 0.99 0.01 092343 T 0.02 G 0.98 0.03 092451 T 0.04 C 0.96 0.07 092520 T 0.32 G 0.68 0.44 092926 G 0.01 A 0.99 0.03 093168 C 0.01 G 0.99 0.01 093205 T 0.04 C 0.96 0.08 093282 C 0.01 T 0.99 0.01 093293 T 0.08 G 0.92 0.14 093316 C 0.06 T 0.94 0.10 093410 T 0.06 C 0.94 0.10 093517 T 0.04 C 0.96 0.07 093906 C 0.05 T 0.95 0.10 093922 T 0.04 C 0.96 0.08 094008 C 0.09 T 0.91 0.17 094114 C 0.05 G 0.95 0.10 094133 T 0.05 C 0.95 0.10 094308 G 0.01 A 0.99 0.02 094335 T 0.06 C 0.94 0.11 094416 A 0.05 G 0.95 0.09 094473 C 0.05 T 0.95 0.09 094557 A 0.02 C 0.98 0.03 094570 T 0.06 C 0.94 0.11 094581 T 0.01 C 0.99 0.02 094633 A 0.03 C 0.97 0.05 094749 C 0.47 G 0.53 0.50 094822 C 0.06 T 0.94 0.10 094917 T 0.06 C 0.94 0.10 094983 T 0.32 C 0.68 0.43 095006 T 0.15 G 0.85 0.25 095108 A 0.05 G 0.95 0.10 095749 G 0.06 A 0.94 0.11 095774 A 0.01 G 0.99 0.01 095883 T 0.01 C 0.99 0.02 096082 T 0.02 C 0.98 0.04 096176 G 0.05 C 0.95 0.10 096275 + 0.05 - 0.95 0.09 096353 A 0.01 C 0.99 0.01 096363 A 0.01 G 0.99 0.01 096399 T 0.06 C 0.94 0.11 096523 T 0.01 C 0.99 0.02 096546 T 0.01 C 0.99 0.01 096551 A 0.47 C 0.53 0.50 098513 A 0.06 G 0.94 0.11 098580 T 0.03 C 0.97 0.05 098622 A 0.03 G 0.97 0.06 098794 T 0.03 C 0.97 0.06 098826 A 0.33 T 0.67 0.44 098859 C 0.05 G 0.95 0.10 099240 T 0.03 C 0.97 0.05 099520 A 0.06 G 0.94 0.11 099638 T 0.06 C 0.94 0.11 099745 T 0.03 C 0.97 0.06 099872 C 0.01 A 0.99 0.02 099963 A 0.05 C 0.95 0.10 100009 A 0.05 G 0.95 0.09 100198 A 0.14 C 0.86 0.24 100330 A 0.04 G 0.96 0.07 100352 A 0.01 G 0.99 0.02 104244 C 0.03 T 0.97 0.06 104261 C 0.02 T 0.98 0.03 104288 T 0.12 C 0.88 0.22 104482 A 0.01 G 0.99 0.01 104519 C 0.01 G 0.99 0.01 104557 T 0.01 A 0.99 0.03 104607 T 0.02 C 0.98 0.04 104634 T 0.09 C 0.91 0.17 104678 G 0.01 C 0.99 0.01 105087 T 0.44 C 0.56 0.49 105255 - 0.02 + 0.98 0.05 105378 T 0.13 G 0.87 0.23 105383 T 0.01 C 0.99 0.01 105384 A 0.06 G 0.94 0.12 105482 T 0.02 C 0.98 0.03 105501 G 0.01 A 0.99 0.02 105532 T 0.01 C 0.99 0.01 105565 T 0.02 C 0.98 0.03 105619 A 0.02 G 0.98 0.04 105748 T 0.02 C 0.98 0.04 105853 C 0.01 T 0.99 0.01 105906 T 0.01 G 0.99 0.01 106045 A 0.09 G 0.91 0.17 106233 A 0.03 G 0.97 0.05 106299 T 0.04 G 0.96 0.07 Note: Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001133: G 001758: AGAG 025827: tcatgtc 035583: a 067228: A 082776: A 082837: AGGGC 086233: c 096275: CTGT 105255: tgtgag