Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop hz 000339 A 0.38 G 0.62 0.47 000343 A 0.38 G 0.62 0.47 000450 G 0.43 C 0.57 0.49 000475 T 0.02 G 0.98 0.03 000613 A 0.08 G 0.92 0.14 000686 G 0.01 C 0.99 0.01 001404 T 0.06 C 0.94 0.11 001725 C 0.09 T 0.91 0.16 002191 - 0.01 + 0.99 0.01 002708 A 0.01 G 0.99 0.02 002863 G 0.04 T 0.96 0.07 003315 A 0.09 G 0.91 0.17 003486 T 0.01 C 0.99 0.02 004889 A 0.01 G 0.99 0.01 005067 T 0.02 C 0.98 0.04 005825 G 0.02 A 0.98 0.03 009026 T 0.03 C 0.97 0.05 009130 A 0.03 G 0.97 0.06 009190 T 0.07 C 0.93 0.14 009238 T 0.01 C 0.99 0.01 009251* 009330 G 0.02 A 0.98 0.04 009392 G 0.01 T 0.99 0.01 009434 C 0.30 T 0.70 0.42 009539 T 0.31 A 0.69 0.42 016008 A 0.01 G 0.99 0.01 016155 A 0.03 G 0.97 0.05 016198 G 0.01 A 0.99 0.01 016285 A 0.05 T 0.95 0.10 016302 C 0.05 T 0.95 0.10 016352 A 0.01 G 0.99 0.02 016504 C 0.01 G 0.99 0.01 016947 A 0.01 G 0.99 0.01 017124 A 0.10 T 0.90 0.18 017186 T 0.07 C 0.93 0.13 017293 G 0.34 T 0.66 0.45 017359 G 0.05 A 0.95 0.10 017983 A 0.01 G 0.99 0.02 018028 T 0.02 G 0.98 0.04 018059 C 0.37 T 0.63 0.47 018100 G 0.35 C 0.65 0.45 018337 C 0.01 G 0.99 0.01 018354 C 0.01 G 0.99 0.01 018651 A 0.02 G 0.98 0.03 018748 T 0.02 C 0.98 0.04 019219 A 0.01 G 0.99 0.01 019617 C 0.01 G 0.99 0.01 019646 T 0.35 C 0.65 0.46 019862 - 0.02 + 0.98 0.04 020037 T 0.02 C 0.98 0.03 020213 C 0.01 T 0.99 0.01 020530 A 0.01 G 0.99 0.01 020730 G 0.03 A 0.97 0.06 020756 T 0.36 C 0.64 0.46 020777 A 0.01 G 0.99 0.01 021388 T 0.30 C 0.70 0.42 022680 C 0.01 T 0.99 0.02 022902 T 0.34 C 0.66 0.45 022908 A 0.01 G 0.99 0.01 023028 C 0.01 A 0.99 0.02 023314 C 0.36 G 0.64 0.46 023718 C 0.49 T 0.51 0.50 024043 A 0.40 G 0.60 0.48 024057 + 0.01 - 0.99 0.01 024193 C 0.09 G 0.91 0.16 024323 T 0.49 C 0.51 0.50 024370 A 0.49 G 0.51 0.50 024528 T 0.05 C 0.95 0.10 024602 A 0.01 C 0.99 0.02 024784 - 0.01 + 0.99 0.02 024879 A 0.01 G 0.99 0.02 025094 T 0.01 C 0.99 0.01 025122 T 0.05 C 0.95 0.10 025148 - 0.02 + 0.98 0.04 025311 A 0.20 G 0.80 0.32 025742 A 0.01 G 0.99 0.01 025786 T 0.01 C 0.99 0.01 Note: pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002191: TG 019862: G 024057: T 024784: ca 025148: aac *Site 9251 was observed to have three alleles. The frequency for each allele is given below: Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Allele3 Total-pop 9251 A 0.01 C 0.01 G 0.98